쟁점거래처가 계약 해제사유로 교부한 수정(-)세금계산서가 거래의 실질을 반영한 정당한 세금계산서임

00 세무서장이 2015.10.1. 청구인에게 한 2014년 제1기 부가가치세 5,507,272원의 부과처분은 이를 취소합니다.

청구법인은 1991.2.28.부터 ‘경기 00로 32’에서 00건설(주)라는 상호로 토목․건축공사 건설업을 영위하고 있는 사업자로, ‘충남 00로 42, 304호’에서 일반건축공사 건설업을 영위하는 00건설주식회사(이하 “ 쟁점거래처 ”라 한다)로부터 ‘수원 00신축공사(이하 “ 쟁점공사 ”라 한다)’관련 공급대가 50,000천원의 매입세금계산서 1매(이하 “ 쟁점세금계산서 ”라 한다)를 거래일자 2014.6.13.로 하여 2014.6.20. 교부받았으나, 2014.6.27. 쟁점거래처는 계약해제 사유로 수정세금계산서(공급대가 △50,000천원)를 발행하였다. 청구법인은 쟁점거래처가 일방적으로 (-)수정세금계산서를 발행하였다고 주장하며, 2014.7.4. 거래사실 확인신청서(매입자발행세금계산서)를 처분청에 제출하였고, 처분청은 쟁점거래처의 관할세무서인 00세무서에 쟁점세금계산서에 대한 거래사실 확인을 요청하여, 천안세무서로부터 “쟁점세금계산서 발행 건은 계약해제된 것으로 확인된다.” 고 2014.8.7. 회신받아, 청구법인과 쟁점거래처간 하도급계약은 실질적 으로 계약해제된 것으로 판단하고 거래사실을 인정하지 않는다는 통보를 하였다. 이후 처분청은 2014년 제1기 부가가치세 매입세액불부합자료 생성에 따라 2015.10.1 쟁점세금계산서 매입세액을 불공제하여 청구법인에게 2014년 제1기 부가가치세 5,507,272원을 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2015.7.16. 과세전적부심사를 거쳐 2015.11.18. 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구법인은 쟁점거래처가 쟁점공사 진행중에 거래업체에 대한 공사비를 지급하지 못하여 2014.2.～2014.6.까지 법원의 채권가압류 결정 등 많은 민원이 발생하였고, 이에 원도급자인 청구법인에게 기성금 직불을 요청하여, 청구법인은 하도급계약시 작성된 기성금직불합의서 내용에 따라 공사대금을 직불하였으나, 쟁점거래처는 직불 완료된 그 다 음날 일방적인 (-)세금계산서 발행으로 거래를 무산시켰기에 이에 따른 매입세액불공제 처분은 부당하다고 주장한다.

처분청은 청구법인이 쟁점거래처의 일방적인 (-)수정세금계산서 발행에 대한 2014.7.4. 거래사실확인신청(매입자발행세금계산서)으로, 쟁점거래처 관할서인 00세무서에 거래사실 확인한바, 실질적으로 계약해제된 것으로 확인(천안세무서 법인세과-5874, 2015.8.7)되어, 청구법인의 매입세액을 부인한 당초처분은 정당하다고 주장한다.

• 가. 쟁점 쟁점거래처가 계약 해제사유로 교부한 수정(-)세금계산서가 거래의 실질을 반영한 정당한 세금계산서인지 여부
• 나. 관련 법령 1) 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 2) 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에 따라 세금계산서를 발급하려면 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 “전자세금 계산서”라 한다)를 발급하여야 한다.

③ 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하였을 때에는 대통령령으로 정하는 기한까지 대통령령으로 정하는 전자세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송 하여야 한다.

⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 “수정세금계산서”라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 “수정전자세금계산서”라 한다)를 발급할 수 있다. 3) 부가가치세법 시행령 제70조 【수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차】

① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

2. 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우: 계약이 해제된 때에 그 작성일은 계약해제일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 음의 표시를 하여 발급

• 다. 사실관계

1. 법인현황 국세청 전산자료에서 확인되는 청구법인과 쟁점거래처의 법인 인적사항은 다음과 같다. 2) 쟁점공사 하도급계약과 세금계산서 발행 등 쟁점공사에 대한 계약내용과 세금계산서 수수 내용을 제출된 증빙과 국세청 전산자료에 의거 확인하면, 쟁점거래처가 공사 진행 중 공사비 체불로 청구법인이 직불한 사실과, 하도급계약 해지 후 청구법인이 잔여공사를 마무리한 것이 나타나며, 이를 정리하면 다음과 같다.

1. 쟁점세금계산서 금액으로 대금지급은 ’14.6.2.(10백만원), ’14.6.26.(40백만원) 지급완료 되었으나, 이후 ’14.6.27. 쟁점거래처가 수정세금계산서(-50백만원)를 발행하였다.

2. 직불요청 대금지급은 하도급계약 체결시 ‘기성직불합의서’에 따라 ‘미불에 대하여 채권자들의 민원발생 및 청구가 있을 경우’ 원청사업자인 청구법인이 직접 쟁점거래처의 채권자에게 공사비를 지급하였다.

3. 처분청의 이 건 과세처분 경위 및 처분청 제출증빙 가) 청구법인은 2014.7.4. 처분청에 쟁점거래처가 임의로 쟁점세금계산서에 대한 수정(-)세금계산서를 발행하였다고 주장하며 ‘거래사실 확인신청서’를 제출하였고, 처분청은 쟁점거래처의 관할세무서인 천안세무서에 2014.7.8. ‘매입자발행세금계산서 관련 거래사실 확인요청’의 공문으로 거래사실을 조회하였다. 나) 00 세무서장은 00건설의 소명자료와 증빙을 근거로 ‘쟁점세금계산서와 관련된 거래는 실질적 계약해제가 확인되어 수정세금계산서는 정당하다’고 2014.8.7. 처분청에 통보하였다.

• 다) 쟁점거래처가 00세무서에 제출한 소명자료를 보면, 쟁점거래처는 청구법인의 2014.5.25.부터 2014.7.31. 계약연장에 동의하지 않았다고 주장하며, 날인하지 않은 계약서를 제출하였고, 청구법인이 2차계약변경(계약일 2014.5.16.)하였다고 주장하면서 제출한 계약서는 공사기간 연장이 2014.3.10.~2014.6.30.이며, 계약당사자의 날인이 있다. 청구법인이 쟁점거래처의 현장소장(00수)을 내세워 가설자재와 건자재업체와 직접 계약을 체결하고 대금도 지급하는 등 직영공사를 하였다고 주장하며, 다음의 확인서를 제출하였다. 00수 확인서(2014.7.4.): 쟁점거래처의 하도급 손실발생, 청구법인이 공사대금 직불 동의하였으나, 쟁점거래처와의 관계를 빌미로 자꾸 지급을 연체하였다는 내용이다. 00수(쟁점거래처 대표 배우자) 확인서(2014.7.4.): 청구법인 현장소장이 쟁점거래처 미지급금 관련 가압류 건을 빌미로 공사타절하고 청구법인 직영체제로 전환, 따라서 쟁점거래처는 쟁점세금계산서에 대한 책임과 의무가 없다는 내용이다. 2014.5.9. 발행 세금계산서(공급대가 80,000천원), 2014.5.20. 발행(8,500천원)건은 청구법인이 자재비, 경비에 처리하고 쟁점거래처에는 부가세와 소득세를 입금해주지 않아 체불된 상태이고, 쟁점세금계산서는 청구법인이 직영한 것으로 수정세금계산서 발행은 정당하다고 소명하였다. 라) 처분청은 2015.10.1. 청구법인의 2014년 제1기 매입세금계산서불부합자료에 따라 이 건 처분하였고, 불부합내용을 보면 쟁점거래처의 (-)수정전자세금계산서 공급대가 50,000천원이 청구법인이 신고한 전자매입세금계산서와의 차이임이 제출된 자료에 의거 확인된다.

4. 청구법인 주장과 제출증빙

• 가) 하도급계약 변경 청구법인과 쟁점거래처는 2014.3.10. 쟁점공사기간을 2014.5.31.까지로 1차 연장하고, 2014.5.16. 2차로 2014.6.30.까지 연장하는 하도급 변경계약을 작성한 사실이 건설공사 하도급계약서 및 계약보증서로 확인되며, * 2회 변경계약에 따라 쟁점거래처는 전문건설공제조합에 계약금액의 10%를 계약보증금액으로 가입하고 보증서를 발급받은 사실이 확인된다. 2014.6월경 쟁점공사는 당초 계약금액 319,000천원(공급가액: 290,000천원)에서 302,060천원(공급가액 274,600천원)으로 16,940천원 감액 변경되었으며, 이는 발주처인 00시설본부 경기남부시설단에서 설계변경으로 공사량 감소에 따라 감액되었음이 발주처에서 제출된 확인서에 의거 확인되나, 쟁점거래처의 계약변경 거부와 계약보증서 발급거부로 청구법인은 2014.6.26. 전문건설공제조합에 보증금 청구소송을 제기(공제조합은 계약취소 사유가 당사자간의 통모로 보고 보증금 지급거부)하고, 2014.7.2. 쟁점거래처와의 하도급계약을 해지하고 직영공사로 쟁점공사를 마무리 한 사실이 제출된 증빙에 의거 확인된다.
• 나) 청구법인의 공사대금 직불과 직영공사 쟁점거래처는 쟁점공사 이외 현장의 장비임대료 체불과 관련하여 청구법인을 제3채무자로 한 쟁점공사대금 가압류 결정(2014.2.20. 00지방법원), 쟁점공사 장비대금 미지급 민원(국민신문고 접수로 발주처에서 청구법인에게 소명요구, 청구법인은 쟁점거래처에 공사대금 미불이 없고, 동 민원은 쟁점거래처와의 계약건으로 소명) 등 다수의 민원발생으로, 청구법인에게 직불동의서(2014.5.7. 2층바닥 타설 인건비, 쟁점거래처 대표 00자 날인)와 가불직불요청공문(2014.5.13., 8,500천원), 인건비직불동의서(2014.6.26., 쟁점거래처 현장소장 00수 날인, 인건비 50,000천원) 등으로 직불을 요청하여, 청구법인이 공사대금을 채권자들에게 직접 지급하고 세금계산서를 교부받은 사실이 금융증빙과 세금계산서로 확인된다.
• 다) 수정세금계산서 쟁점거래처는 2014.6.27. ‘계약의 해제’를 수정사유로 하여 쟁점세금계산서 금액을 (-)수정전자세금계산서를 발행하였고, 청구법인은 2014.7.4. 처분청에 ‘매입자세금계산서 발행 거래사실 확인신청서’를 제출하였다.
• 라) 녹취록(청구법인 현장이사 00곤과 쟁점거래처 대표 배우자 00수) 청구법인이 제출한 녹취록은 2014.6.19. 00속기사무소에서 작성한 것으로 ‘쟁점공사 하도급 계약금액이 공사내용에 비해 낮아 실질적으로 쟁점거래처가 손실이 발생하고 있는 점에 대하여 실제 손실여부 입증 촉구와 청구법인의 대표에게 호소할 수 있는 여건 조성을 현장이사가 주선하라’는 내용이다.
• 마) 00수 확인서(2015.8.4. 작성, 처분청이 제출한 2015.7.4. 확인서 반박) 2015.8.4. 쟁점거래처의 현장소장이었던 이근수의 확인서를 보면, ‘쟁점거래처 사장이 청구법인 현장 이사에게 공사포기한 사실은 있었으나, 쟁점공사 타절은 없었고 재계약하였으며, 쟁점거래처의 현장소장으로 근무하였고, 인건비 연체로 청구법인으로부터 직불받은 사실, 2015.7.4. 확인서는 쟁점거래처에서 임의기재한 내용에 서명한 것임’이라는 내용이 나타난다.
• 라. 판단 이 건 청구법인이 쟁점거래처가 계약 해제사유로 교부한 수정(-)세금계산서는 정당한 계약기간에 용역이 완료되고 그 대금을 지급한 것을 쟁점거래처가 임의적 으로 발행한 것으로 부과처분은 취소되어야 한다고 주장하여 이에 대하여 살펴보면, 처분청이 제출한 쟁점거래처가 공사기간 연장을 동의하지 않아 사실상 계약이 해제되었다는 하도급계약서(날인되지 않은 계약서임)를 보면, 계약 연장기간은 2014.3.10~2014.7.31.까지이나, 이는 청구법인도 연장하였다고 주장하지 않는 대신에, 청구법인은 2014.3.10. 쟁점공사에 대한 쟁점거래처와의 하도급계약은 2회에 걸쳐 연장하였으며, 2014.6.30.까지 공사기간을 연장한 계약서를 제출하였고, 동 계약서의 계약금에 대하여 쟁점거래처가 전문건설공제조합에 보증계약을 행한 보증서도 제출한 점으로 보아 쟁점하도급계약은 2014.6.30.까지 연장된 것이 인정된다. 또한, 청구법인이 쟁점거래처가 채권자들에게 공사대금 직불을 요청하여 직불에 응했다는 주장으로 제출한 증빙을 검토하면, 쟁점거래처의 직불동의서(2014.5.7.), 직불요청공문(2014.5.13.) 에 따라 청구법인이 쟁점거래처의 채권자들에게 공사대금을 직불하여 주었고, 그에 대한 세금계산서를 수취한 사실이 확인되며, 쟁점세금계산서 관련 대금지급도 2014.6.26., 현장소장 00수를 통한 인건비직불동의서에 따라 공사대금(인건비)을 직불하였음이 금융증빙으로 입증되고 있다. 이상의 사실관계를 종합하면, 쟁점세금계산서 거래는 쟁점공사 현장 인부 15명의 2014.4.23.~2014.6.23.기간 동안의 인건비로 확인되고, 대금지급도 금융이체로 확인되어 정상거래임이 인정되는 반면, 쟁점거래처가 2014.6.27. (-)수정세금계산서를 발부한 특별한 사유가 없다고 보인다. 따라서 처분청이 청구법인에게 2014.6.27. 공급대가 50,000천원의 (-)수정세 금계산서를 인정하여 부가가치세를 경정한 부과처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장에 이유가 있다고 인정되므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.