본점 명의 세금계산서 수취분을 지점이 부가가치세 환급신고한 경우 지점에게 초과환급신고가산세를 부과함

청구법인은 2014.

6.

19. 00시 00구 00동 3-1번지에 ‘대한예수교장로회 교회’(이하 “본점”이라 한다)의 지점으로 설립된 법인으로서, 상기 사업장 소재지에 건축중인 교회비젼센터의 신축공사와 관련하여 매출세액 0원, 매입세액 336백만원 중 과세사업 관련 매입세액 87백만원, 차감 환급받을 세액 87백만원으로 하여 2014년 제1기 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 2014.

8. 환급현장확인을 실시한 결과, 본점의 매입세금계산서 수취분을 지점인 청구법인이 환급신고한 사실을 확인하여 환급을 거부하고 2014.

9.

22. 청구법인에게 2014년 제1기 부가가치세(초과환급신고가산세) 8백만원을 경정‧고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.

3.

12. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인은 처분청이 당초 신고에 대한 결정이나 경정 등 유효한 신고로서의 행정행위를 하기 전에 적법한 취하서로서 폐기 신청을 하였고, 본점 관할 부산진세무서에서 같은 건에 대하여 본점의 기한후신고를 받고 결정함으로써 국가가 행정행위를 종료하였으므로 당초 신고는 무효이며, 그에 따른 가산세 부과처분 역시 무효이다.
• 나. 매입세액의 안분계산에 있어 과세사업에 사용할 면적과 면세사업에 사용할 면적이 확정되지 않은 예상면적으로 안분하는 것은 예상적 계산에 불과하고 그 금액이 정산할 때 비로소 확정되는바, 예상면적을 바탕으로 신고하는 준공 전의 신고는 과소신고가산세나 초과환급가산세의 대상이 될 수 없다.
• 다. 청구법인은 지점의 사업자등록 전 본점 명의로 교부받은 세금계산서의 매입세액은 공제가 가능하다는 국세청 법령해석에 따라 청구법인이 환급신고를 한 것이다. 상기 해석을 본점에서 공제를 받을 수 있는 특례로 본다면 본점의 기한후신고가 정당할 것이고 지점에서 공제가 가능하다고 본다면 당초 신고가 적법하게 되는바, 납세지에 대한 판단이 어려운 정당한 사유가 있으므로 청구법인에 대한 가산세 부과처분은 부당하다.

• 가. 청구법인은 2014.

7.

25. 2014년 제1기 부가가치세 신고서를 전자 접수하였고, 동 신고서에 대한 취하서를 2014.

9.

22. 제출하였다. 홈택스 이용에 관한 규정(국세청고시 제2014-25호) 제16조에 의하면 전자신고로 환급신고를 한 경우 신고한 당일에만 삭제 요청할 수 있도록 규정되어 있으며, 청구법인은 당초 신고서에 대한 취하서를 환급현장확인 착수일 이후인 2014.

9.

국세기본법 시행령 제29조의 가산세 감면 사유에 해당하지 않는다.

• 나. 부가가치세법 상 납세의무자는 본점과 지점 각각의 사업자로 규정하고 있고, 지점 법인의 과다환급 신고시 가산세를 적용하지 않는다는 법령과 해석이 존재하지 않으므로 당초 가산세 부과처분은 타당하다.

• 가. 쟁점 본점 명의 세금계산서 수취분을 지점인 청구법인이 부가가치세 환급신고하여 청구법인에게 초과환급신고가산세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련법령 1) 국세기본법 제45조 【수정신고】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(소득세법 제73조제1항제1호 부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2제1항에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때 2) 국세기본법 제47조의3 【과소신고・초과환급신고가산세】

① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 및 농어촌특별세법 에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 과세표준 또는 납부세액을 신고하여야 할 금액보다 적게 신고(이하 이 조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, 부가가치세법에 따른 사업자가 같은 법 제48조제1항・제4항, 제49조제1항, 제66조 및 제67조에 따른 신고를 한 경우로서 영세율과세표준을 과소신고(신고하지 아니한 경우를 포함한다)한 경우에는 제2호에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액과 그 과소신고분(신고하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

2. 부가가치세, 개별소비세, 교통・에너지・환경세 및 주세의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 경우: 과소신고분 납부세액과 초과신고분(신고하여야할 금액을 초과한 금액을 말한다. 이하 같다) 환급세액을 합한 금액 3) 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등 】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

② 정부는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법 또는 세법에 따른 해당 가산세액에서 다음 각 호에서 정하는 금액을 감면한다.

1. 법정신고기한이 지난 후 제45조에 따라 수정신고한 경우(제47조의3에 따른 가산세만 해당하며, 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 과세표준수정신고서를 제출한 경우는 제외한다)에는 다음 각 목의 구분에 따른 금액

• 가. 법정신고기한이 지난 후 6개월 이내에 수정신고한 경우: 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 법정신고기한이 지난 후 6개월 초과 1년 이내에 수정신고한 경우: 해당 가산세액의 100분의 20에 상당하는 금액
• 다. 법정신고기한이 지난 후 1년 초과 2년 이내에 수정신고한 경우: 해당 가산세액의 100분의 10에 상당하는 금액 4) 국세기본법 제29조 【가산세 감면 제외 사유】 법 제48조 제2항 제1호 및 제2호에 따른 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 해당 국세에 관하여 세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 과세표준수정신고서 또는 기한후과세표준신고서를 제출한 경우

2. 해당 국세에 관하여 관할 세무서장으로부터 과세자료 해명 통지를 받고 과세표준수정신고서를 제출한 경우 5) 부가가치세법 제6조 【납세지】

① 사업자의 부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지로 한다.

② 제1항에 따른 사업장은 사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소로 하며, 사업장의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 6) 부가가치세법 제7조 【과세 관할】

① 사업자에 대한 부가가치세는 제6조제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 납세지를 관할하는 세무서장 또는 지방국세청장이 과세한다. 7) 부가가치세법 제8조 【사업자등록】

① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.

• 다. 사실관계

1. 국세통합전산망에 의해 확인되는 사실은 다음과 같다.

• 가) 청구법인은 2014.

6.

19. 00 00구 00동 3-1에서 소매/문구, 교구를 주업종으로 하여 지점 법인으로 설립되어 수익사업을 개시하였고, 본점은 1986.

6.

24. 00 000구 **동 395-7에 설립되어 2014.

7.

1. 소매/문구, 교구를 주업종으로 하여 수익사업을 개시하였다.

• 나) 청구법인은 2014.

7.

25. 2014년 제2기 부가가치세를 홈택스로 전자신고하였고 신고 내용은 다음과 같고, 부가가치세 신고시 청구법인의 사업장 지상에 신축중인 공사금액 495억원의 건물 공사와 관련하여 본점이 수취한 매입세금계산서의 공급가액 합계 3,360백만원 중 과세사업에 사용될 면적(25.96%)에 대한 매입세액 872백만원을 공제하여 환급신고하였다. (단위: 백만원) 구분 금액 세액 과세표준 및 매출세액 0 0 매입세액 세금계산서 수취분 1,827 182 예정신고누락분 1,532 153 공제받지 못할 매입세액 2,487 248 차감계 872 87 차감납부(환급)세액 -87

• 다) 본점은 상기 신축공사와 관련하여 수취한 매입세금계산서에 대하여 신고기한 내 신고하지 않았다가, 2014.

8.

18. 본점 소재지 관할 000세무서장에게 청구법인의 신고내용과 동일한 내용으로 기한후 신고하였고, 2014.

9.

19. 기한후 신고에 대하여 매입세액 불공제분(과세사업에 사용될 면적 비율 7.65%)을 재계산하여 수정신고하였으며, 동 신축공사와 관련한 공사대금, 매입세금계산서 합계표상의 공급가액, 본점이 수정신고한 매입세액 공제액 등에 대한 당사자간 다툼은 없다.

2. 처분청이 제출한 심리자료에 의하여 확인되는 사실은 다음과 같다.

• 가) 처분청의 환급현장확인 보고서와 현지확인결과통지, 과세예고통지서 등에 의하면, 처분청은 2014.

8.

21. 현지확인을 실시하여 2014.

8.

25. 청구법인에게 ‘본점 명의로 수취한 매입세금계산서 12매 3,360백만원을 청구법인이 착오 신고한 것에 대해 환급부인한다’는 내용의 현지확인결과통지 및 과세예고통지서를 보냈고, 청구법인의 조기결정신청에 따라 2014.

9.

22. 이 건 초과환급가산세 8백만원을 경정‧고지하였다.

• 나) 처분청은 교회건축 관련 담당자(건축위원회 간사 조00)로부터 ‘본점에서 수취한 매입세금계산서를 업무상 착오로 청구법인이 신고하였다’는 내용의 확인서를 수령하였다.
• 다) 국세청고시 제2014-25호(2014.

6. 30.)의 홈택스 이용에 관한 규정 제16조 제1항에 의하면, 전자신고 이용대상자가 전자신고 후 신고내용에 변경사유가 발생하여 제15조 제3항에 따라 서면으로 변경 신고한 경우 등, 전자신고 자료에 삭제사유가 발생한 경우에는 납세지 관할세무서장에게 법정신고기한 후 2일 이내에 별지 제3호 서식으로 전자신고 자료의 삭제를 요청할 수 있다고 규정되어 있다.

3. 청구법인은 2014.

9.

22. ‘당초 2014.

7.

25. 제출한 2014년 제1기(확정) 부가가치세 신고서를 취하한다’는 내용의 취하서를 제출하였다.

4. 청구법인은 국세청 법령해석에 따라 본점 명의로 교부받은 세금계산서의 매입세액을 공제받았다고 주장하면서 다음과 같은 법령해석(부가가치세과-2856, 2008.

9. 3.)을 제시하였다. 【질의】 법인사업자가 다른 지역에 부지를 매입하여 상가건물을 신축하고, 임대를 개시하는 시점에 별도로 지점 법인으로 사업자등록을 내려고 하는데, 지점 법인으로 사업자등록을 내기 전에 본점 명의로 교부받은 신축 관련 세금계산서의 매입세액 공제가 가능한지 여부 【회신】법인사업자가 본점소재지와 다른 장소에서 부동산임대업을 영위하기 위하여 관련 세금계산서를 지점 사업자등록 전에 본점 명의로 교부받은 경우 당해 세금계산서상의 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 있는 것임

• 라. 판단 국세기본법 제47조의3 에서 납세의무자가 환급세액을 초과신고한 경우 환급세액의 100분의 10을 가산세로 부과하도록 규정하고 있고, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고 납세의무 등을 위반한 경우에 납세의무자가 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니어서 이를 정당시 할 수 있는 사정이 있거나 의무이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 의무를 이행하지 못한 것을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의 과실은 고려되지 아니하는 것이다(대법원2000두5944, 2002. 4. 12. 등 다수 참조). 살피건대, 부가가치세법 제6조 및 제8조에서 사업자의 납세지는 각 사업장의 소재지로서 사업장마다 그 사업장을 관할하는 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다고 규정하고 있는바, 청구법인과 본점은 별개의 사업장으로서 각 사업장별로 부가가치세를 신고‧납부하여야 하는 점, 청구법인이 본점 명의로 수취한 매입세금계산서로 매입세액을 공제하여 환급 신고를 함으로써 신고하여야 할 금액보다 초과 신고하여 초과환급신고가산세 부과대상이 되는 점, 청구법인의 착오로 법에 명시된 납세지를 잘못 판단하거나, 국세청 법령해석을 달리 해석한 것은 납세의무 불이행에 대한 정당한 사유가 되지 않는 점, 청구법인이 2014.

7.

25. 제출한 당초 확정신고서에 의해 부가가치세 납세의무가 확정되었고, 확정신고에 오류‧탈루가 있는 경우에는 수정신고 또는 경정에 의하여서만 보정적으로 변경되므로 당초 신고행위가 취하서에 의해 무효인 법률행위가 되는 것은 아니며, 전자신고의 경우 법정신고기한 후 2일 이내 전자신고 자료의 삭제를 요청할 수 있도록 규정되어 있으나 청구법인은 처분청의 현지확인결과통지 및 과세예고통지 이후인 2014.

9. 22.에서야 비로소 취하서를 제출한 점 등을 종합적으로 고려할 때 처분청이 청구법인에게 초과환급신고가산세를 부과한 이 건 처분은 정당한 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.