조세심판원 심사청구 부가가치세

지역주택조합 추진위원회의 사업과 관련하여 업무대행사가 수취한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 관련 매입세액은 불공제되는 것임

사건번호 심사-부가-2015-0019 선고일 2015.06.09

단지 지역주택조합 추진위원회의 업무대행사 역할을 한 사업자는 지역주택조합 또는 시행사의 역할을 하였다고 보기 어렵고, 지역주택조합 추진위원회의 사업과 관련한 세금계산서를 업무대행사가 수취한 경우 사실과 다른 세금계산서를 수취한 것에 해당하여 관련 매입세액 전부가 불공제되는 것임

주 문

이 건 심사청구는 기각합니다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2014.3.10.

○○ △△구 88번지에 부동산매매업을 목적으로 설립된 법인으로서 2014년 제1기 과세기간에 ㈜A디앤씨 등으로부터 세금계산서 4,108,469천원을 수취하고 부가가치세 410,846천원을 환급신청하였다. 나. 처분청은 청구법인의 2014년 제1기 부가가치세 환급신청에 대해 2014.8.3.부터 2014.8.6.까지 현장확인을 실시한 결과, ○○ △△구 335-30번지 일대의 주택건설사업을 추진하고 있는 (가칭)△△ B 지역주택조합[이하 “(가칭)지역주택조합”이라 한다]과 업무대행용역계약을 체결한 청구법인이 (가칭)지역주택조합 또는 시행사의 역할을 한 것으로 확인하였다. 이에 따라 처분청은 청구법인이 수취한 세금계산서 금액 4,108,469천원 중 153,846천원은 청구법인의 고유업무인 업무대행용역을 수행하기 위하여 수취한 세금계산서로 보아 매입세액을 공제하였으나, 이를 제외한 나머지 3,955,000천원(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)은 (가칭)지역주택조합이 부담할 비용으로서 이 중 ① 1,154,545천원[지구단위계획수립비용 800,000천원 및 지주작업비용(주택건설 사업지의 토지매입상 권리(미매입 토지 포함) 354,545천원]은 토지관련 세금계산서로 보아 관련 매입세액 115,454천원, ② 2,800,455천원은 추후 설립될 조합관련 과세·면세 공통매입 세금계산서로 보아 면세 관련 면적비율 89.48%로 안분계산한 면세관련 매입세액 250,619천원, 합계 366,073천원 및 기타매입세액 11천원을 불공제하는 한편, 초과환급신고가산세 36,608천원 등을 더한 402,692,382원을 청구법인이 환급신청한 410,846천원에서 차감하고 나머지 8,154천원을 2014.9.4. 환급결정하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2015.3.10. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장
  • 가. 청구법인은 향후 설립될 (가칭)지역주택조합 추진위원회로부터 위임받은 업무와 그 지원업무를 수행할 뿐 청구법인이 추진위원회의 업무에 대하여 자체적으로 의사를 결정하여 수행하는 (가칭)지역주택조합 또는 시행사가 아님

1. ‘시행사’란 자기 토지를 가지고 자기의 책임으로 일반인에게 공동주택 등의 건축물을 지어 분양하는 사업자를 일컫는 것이나, 청구법인은 청구법인 명의로 토지를 보유하지 않았으며, 또한 청구법인의 책임과 권한으로 사업의 목적물인 공동주택과 상가 등을 분양하지 않는바, 청구법인이 이 건 주택건설사업의 시행사가 될 수 없다.

2. 지역주택조합의 업무처리 순서상 조합이라는 경제적 실체가 만들어지기 이전까지 건설부지 선정용역, 지구단위계획변경용역, 조합원모집용역 등의 절차가 필수적으로 선행되어야 하고, 이러한 업무는 짧게 1년에서 길게는 10년도 넘게 걸리는 작업이 될 수 있으며, 엄청난 용역비용을 투입하고도 조합설립에까지 이르지 못하는 지역주택조합이 부지기수에 달하고 있는 것이 현실인바, 청구법인과 같은 업무대행사의 경우, 조합관련 업무를 대행하는 용역회사일 뿐, 지역주택사업과 관련된 자체적인 의사결정이나 사업과 관련된 책임과 권한이 전혀 없으므로 이러한 청구법인을 시행사의 지위로 보는 것은 부당하다(심사부가2009-0035, 2010.03.09. 참조).

3. “(가칭)△△ B 지역주택조합 조합가입 및 조합업무대행 계약서”와 “업무대행 용역계약서” 제4조제1항제1호, “자금관리 대리사무계약서” 제4조 제1항제2호 등 제반 계약서에 따르면, 시행사를 “(가칭)△△ B 지역주택조합”으로 명시하고 있고, 추진위원회가 “갑”의 지위로, 계약상대방이 “을”의 지위로, 청구법인은 계약상대방인 “을”의 지위 아래에 “입회인”으로 작성되어 있다. 업무대행 용역계약서상의 업무범위에 따르면, 청구법인은 향후 설립될 조합 추진위원회로부터 위임받은 업무와 그 지원업무를 수행할 뿐 청구법인이 추진위원회의 업무를 자체적으로 의사결정하여 수행할 수 없다.

  • 나. 쟁점세금계산서의 수취에 따른 매입세액은 공제되어야 함

1. 토지소유자가 아닌 청구법인에 대한 토지관련 매입세액 불공제는 부당함 현재와 미래에 있어서 관련 토지의 소유자가 아닌 청구법인이 지출한 지주작업비(354,545천원)와 지구단위계획수립용역비(800,000천원)에 대한 부가가치세 115,454천원을 토지관련 매입세액으로 보아 불공제한 처분은 부당함 (심사부가2009-0216, 2010.03.30, 심사부가 2009-0035, 2010.03.09, 전주지법2006구합696, 2007.01.11. 대법원2007두20744, 2010.01.14. 같은 뜻)

  • 가) 청구법인은 해당 사업부지 내 토지를 소유하였거나 앞으로도 소유할 예정에 있지 아니한바, 청구법인 입장에서 토지에 대한 자본적 지출이 발생할 여지가 없다.
  • 나) 처분청이 토지관련 자본적 지출로 판단한 지주작업비(354,545천원)는 토지의 가치상승 등의 자본적 지출과는 아무런 상관이 없는 비용으로서, 이는 토지사용승낙서 확보 혹은 토지매매가(假)계약서 확보 등의 작업대행료로서 단순한 중개수수료 성격의 용역비에 해당하는 것이다.
  • 다) 아울러, 지구단위계획수립용역비(800,000천원)와 관련하여 지구단위계획의 수립만으로 토지의 이용가치가 증가되었다고 볼 수는 없으며, 지구단위계획의 수립에 따른 토지의 이용가치 증가 혜택은 지역주택조합이 보게 되는데, 현재 시점에서 조합의 설립여부가 불투명한 상태임은 물론이고, 더 나아가 청구법인이 지구단위계획수립 대상토지의 소유주는 더욱 아닌바, 보유 토지도 없는 청구법인에게 토지관련 매입세액으로 보아 불공제하는 것은 부당하다. 이는 토지와 상관없이 과세용역인 대행수수료를 수령한 것이며, 향후 (가칭)지역주택조합의 조합설립 인가 후 조합이 정상적으로 진행될 경우 그 조합이 지구단위계획변경의 실질적인 혜택을 보게 되는 것이다.
  • 라) 따라서 추후 조합이 설립된 후 청구법인이 조합에 지구단위계획수립 관련 용역(권리)을 다시 조합에 공급(이전)할 때, 그 때 조합 입장에서의 매입세액을 토지관련 매입세액으로 불공제하여야 할 것이다.

2. 면세사업이 존재하지 않는 청구법인에게 공통매입관련 매입세액을 불공제한 것은 부당함 (가칭)지역주택조합의 업무대행을 한 청구법인이 (가칭)지역주택조합 또는 시행사의 역할을 한 것으로 보아 과세ㆍ면세 공통매입금액 2,800,455천원 중 향후 조합설립시 사업계획에 따른 면세공급가액 비율인 89.49%에 해당하는 매입세액을 면세관련 매입세액으로 보아 불공제한 처분은 부당함

  • 가) 처분청은 청구법인을 (가칭)지역주택조합 또는 시행사로 보았으나, 청구법인은 시행사의 지위에 있지 못할 뿐만 아니라, 지역주택조합과는 완전히 다른 실체이고, 지역주택조합의 특성상 최악의 경우 지역주택조합이 조합결성을 하지 못하는 사례도 다수 있어 지역주택조합이 결성되지 못할 수 있으나 청구법인은 지역주택조합의 결성여부와는 상관없이 지속될 것이다.
  • 나) 면세공급에 해당되는 국민주택규모 이하의 주택을 공급하는 주체는 향후 설립될 지역주택조합이지 청구법인이 아니며, 청구법인은 (가칭)지역주택조합 추진위원회와 체결한 정상적인 업무대행계약을 통하여 추진위원회가 위임하는 혹은 지시하는 업무를 대행하여 수행하고 그 용역대금을 별도로 받는 100% 과세용역을 제공하는 법인이다.
  • 다) 지역주택조합의 업무특성상 조합이 그 설립요건을 충족하여 조합설립인가를 득하는 시점에 청구법인과 같은 업무대행사는 조합설립시까지 위임받아 수행해 온 모든 재화와 용역(권리)을 다시 조합에 그대로 공급하여야 하는바, 청구법인과 같은 업무대행사가 용역을 제공받을 시점에 관련 매입세액이 향후 설립될 조합의 면세공급비율에 따라 불공제받을 경우, 추후 업무대행사가 조합으로 다시 재화나 용역(권리)을 공급하는 시점에 관련 매입세액을 다시 불공제 당하여야 하는바, 동일한 재화나 용역의 공급에 대해 이중으로 매입세액을 불공제당하는 불합리한 결과가 발생하게 된다.
3. 처분청 의견
  • 가. 청구법인은 (가칭)지역주택조합 또는 시행사의 역할을 하였으며, 만약 그렇지 않다면 청구법인은 (가칭)지역주택조합으로부터 용역대행수수료에 대하여만 세금계산서를 수취하여야 함에도 (가칭)지역주택조합이 거래처로부터 수취할 세금계산서를 수취한 것은 가공세금계산서에 해당하여 전액 매입세액 불공제 대상임

1. 청구법인에 대한 환급 현장확인 당시 2014.9.3. 청구법인 및 (가칭)지역주택조합 추진위원회가 “(가칭)△△ B 지역주택조합은 명칭만 있을 뿐 실지 조합이 조성되거나 사무실 등이 구체적으로 갖추어지지 않아 업무를 할 수 있는 상태가 아니었으며, 실질적으로 모든 업무를 청구법인이 추진하고 있다”고 진술하였는바, 청구법인 및 (가칭)지역주택조합 추진위원회 양측이 확인서를 통하여 “모든 용역업무 전반의 의사결정 권리와 책임은 청구법인에게 있고, 실제 청구법인이 수행하고 있음”을 확인한 사실로 보아 실질적으로 청구법인이 (가칭)지역주택조합 또는 시행사의 역할을 하였음이 입증되고 있으므로 이 건 매입세액불공제한 처분은 정당하다.

2. 만약, 청구법인이 (가칭)지역주택조합 또는 시행사의 역할을 하지 않은 것이 사실이라면, 청구법인은 업무대행사로서 (가칭)지역주택조합으로부터 용역대행수수료에 대하여만 세금계산서를 수취하여야 함에도 청구법인과 아무 권리의무도 없는 (가칭)지역주택조합 추진위원회의 거래처로부터 가공세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제받은 것에 해당하여 청구법인이 공제받은 매입세액 전액을 불공제하고조세범처벌법따른 고발대상에 해당한다고 할 것이다.

  • 나. 청구법인이 (가칭)지역주택조합 또는 시행사의 역할을 한 경우, 토지관련 매입세액과 추후 설립될 조합관련 과세·면세 공통매입에 따른 면세관련 매입세액을 불공제한 것은 정당함

1. 청구법인이 (가칭)지역주택조합 또는 시행사의 역할을 하지 않았다면 토지관련 매입세액 및 면세관련 매입세액 전액이 불공제되어야 함 청구법인은 (가칭)지역주택조합 또는 시행사의 역할을 하지 않는다는 전제하에 지출한 지구단위계획수립용역비(800,000천원)와 지주작업비(354,545천원)는 토지의 가치상승 등의 자본적 지출과 관련이 없으므로 토지관련 매입세액에 해당되지 않고, 또한, (가칭)지역주택조합의 사업계획에 따른 면세공급가액 비율인 89.49%에 상관없이 전액이 매입세액 공제대상이라고 주장하나, 이 경우에는 가공매입세금계산서에 해당하는 것이므로 이는 다툼이 되지 못한다.

2. (가칭)지역주택조합 또는 시행사의 역할을 한 청구법인의 토지관련 매입세액은 불공제 대상임

  • 가) 청구법인이 (가칭)지역주택조합 또는 시행사의 역할을 한 경우, 지구단위계획수립용역비의 계약목적이 대상사업지의 토지이용을 합리화, 구체화하고 도시기능의 증진, 미관의 개선 및 양호한 환경을 확보하기 위한 것으로 규정되어 있는 점으로 보아 이 또한 토지관련 매입세액임이 명확하다.
  • 나) 2014.6.자 “사업권양도양수 및 토지용역계약서”에 의하면, 사업권양수비와 토지용역비를 명확하게 구분하고 있으므로 지주작업비 또한 토지관련 매입세액임이 명확하다.

3. (가칭)지역주택조합 또는 시행사의 역할을 한 청구법인의 면세사업관련 매입세액은 불공제대상임 청구법인이 (가칭)지역주택조합 또는 시행사의 역할을 한 경우, 사업계획 및 과·면세 설계용역 내용 등에 의하여 확인되는 과세·면세 비율에 안분계산하여 면세공급가액 비율만큼을 면세관련 매입세액으로 보아 매입세액불공제한 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 청구법인이 업무대행사 역할을 한 것인지, (가칭)지역주택조합 또는 시행사 역할을 한 것인지

② 쟁점세금계산서가 토지관련 및 과세․면세 공통매입관련 세금계산서에 해당하는지 여부

  • 나. 관련법령 < 쟁점① 관련 > 1) 부가가치세법 제3조 【납세의무자】 (2014.1.1. 개정) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.
1. 사업자

2) 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것 3) 주택법 제2조 【정의】 (2014.

1.

14. 개정) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. (2009. 2. 3. 개정)

7. “사업주체”란 제16조에 따른 주택건설사업계획 또는 대지조성사업계획의 승인을 받아 그 사업을 시행하는 다음 각 목의 자를 말한다. (2009. 2. 3. 개정)

  • 다. 제9조에 따라 등록한 주택건설사업자 또는 대지조성사업자 (2009.2.3. 개정)
  • 라. 그 밖에 이 법에 따라 주택건설사업 또는 대지조성사업을 시행하는 자 (2009. 2. 3. 개정)

11. “주택조합”이란 많은 수의 구성원이 주택을 마련하거나 리모델링하기 위하여 결성하는 다음 각 목의 조합을 말한다. (2009. 2. 3. 개정)

  • 가. 지역주택조합: 다음 구분에 따른 지역에 거주하는 주민이 주택을 마련하기 위하여 설립한 조합 (2013. 8. 6. 개정)

1. ○○특별시ㆍ인천광역시 및 경기도 (2013. 8. 6. 개정)

  • 나. 직장주택조합: 같은 직장의 근로자가 주택을 마련하기 위하여 설립한 조합 (2009. 2. 3. 개정)
  • 다. 리모델링주택조합: 공동주택의 소유자가 그 주택을 리모델링하기 위하여 설립한 조합 (2009. 2. 3. 개정) 4) 주택법 제9조 【주택건설사업 등의 등록】

① 연간 대통령령으로 정하는 호수(戶數) 이상의 주택건설사업을 시행하려는 자 또는 연간 대통령령으로 정하는 면적 이상의 대지조성사업을 시행하려는 자는 국토교통부장관에게 등록하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 사업주체의 경우에는 그러하지 아니하다.

5. 제32조에 따라 설립된 주택조합(제10조제2항에 따라 등록사업자와 공동으로 주택건설사업을 하는 주택조합만 해당한다) 5) 주택법 시행령 제10조 【주택건설사업자 등의 범위 및 등록기준 등】 (2014.

2.

6. 개정)

① 법 제9조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 호수”란 단독주택의 경우에는 20호, 공동주택의 경우에는 20세대(제3조 제1항에 따른 도시형 생활주택의 경우와 같은 조 제2항 제1호의 경우에는 30세대)를 말하며, “대통령령으로 정하는 면적”이란 1만제곱미터를 말한다. (2011. 4. 6. 개정)

② 법 제9조에 따라 주택건설사업 또는 대지조성사업의 등록을 하려는 자는 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다. (2012. 7. 24. 후단삭제)

1. 자본금 3억원(개인인 경우에는 자산평가액 6억원) 이상 (2003. 11. 29. 개정)

2. 주택건설사업의 경우에는건설기술관리법 시행령별표 1의 규정에 의한 건축분야기술자 1인 이상, 대지조성사업의 경우에는 동표의 규정에 의한 토목분야기술자 1인 이상 (2005. 3. 8. 개정)

3. 사무실 면적 22제곱미터 이상 (2014. 2. 6. 개정) 6) 주택법 제10조 【공동사업주체】

① 토지소유자가 주택을 건설하는 경우에는 제9조제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 제9조에 따라 등록을 한 자(이하 "등록사업자"라 한다)와 공동으로 사업을 시행할 수 있다. 이 경우 토지소유자와 등록사업자를 공동사업주체로 본다.

② 제32조에 따라 설립된 주택조합(세대수를 증가하지 아니하는 리모델링주택조합은 제외한다)이 그 구성원의 주택을 건설하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 등록사업자(지방자치단체·한국토지주택공사 및 지방공사를 포함한다)와 공동으로 사업을 시행할 수 있다. 이 경우 주택조합과 등록사업자를 공동사업주체로 본다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 공동사업주체 간의 구체적인 업무·비용 및 책임의 분담 등에 관하여는 대통령령으로 정하는 범위에서 당사자 간의 협약에 따른다. 7) 주택법 제12조 【등록사업자의 시공】

① 등록사업자가 제16조에 따른 사업계획승인(건축법에 따른 공동주택건축허가를 포함한다)을 받아 분양 또는 임대를 목적으로 주택을 건설하는 경우로서 그 기술능력, 주택건설 실적 및 주택규모 등이 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 경우에는 그 등록사업자를건설산업기본법제9조에 따른 건설업자로 보며 주택건설공사를 시공할 수 있다. (2009. 2. 3. 개정)

② 제1항에 따라 등록사업자가 주택을 건설하는 경우에는건설산업기본법제40조ㆍ제44조ㆍ제93조ㆍ제94조 및 제98조부터 제101조까지의 규정을 준용한다. 이 경우 “건설업자”는 “등록사업자”로 본다. (2009. 2. 3. 개정) 8) 주택법 제16조 【사업계획의 승인】

① 대통령령으로 정하는 호수 이상의 주택건설사업을 시행하려는 자 또는 대통령령으로 정하는 면적 이상의 대지조성사업을 시행하려는 자는 사업계획승인신청서에 주택과 그 부대시설 및 복리시설의 배치도, 대지조성공사 설계도서 등 대통령령으로 정하는 서류를 첨부하여 다음 각 호의 사업계획승인권자(이하 "사업계획승인권자"라 한다. 국가 및 한국토지주택공사가 시행하는 경우와 대통령령으로 정하는 경우에는 국토교통부장관을 말하며, 이하 이 조, 제16조의2 및 제17조에서 같다)에게 제출하고 사업계획승인을 받아야 한다. 다만, 주택 외의 시설과 주택을 동일 건축물로 건축하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 9) 주택법 제32조 【주택조합의 설립 등】

① 많은 수의 구성원이 주택(제16조에 따른 사업계획의 승인을 받아 건설하는 주택을 말한다)을 마련하거나 리모델링하기 위하여 주택조합을 설립하려는 경우(제3항에 따른 직장주택조합의 경우는 제외한다)에는 관할 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 인가를 받아야 한다. 인가받은 내용을 변경하거나 주택조합을 해산하려는 경우에도 또한 같다. (2014.5.21. 개정)

② 제10조 제2항에 따라 주택조합과 등록사업자가 공동으로 사업을 시행하면서 시공할 경우 등록사업자는 시공자로서의 책임뿐만 아니라 자신의 귀책사유로 사업 추진이 불가능하게 되거나 지연됨으로 인하여 조합원에게 입힌 손해를 배상할 책임이 있다. (2009. 2. 3. 개정) 10) 주택법 시행령 제37조 【주택조합의 설립인가 등】

① 법 제32조제1항에 따라 주택조합의 설립·변경 또는 해산의 인가를 받으려는 자는 인가신청서에 다음 각 호의 구분에 따른 서류와 해당 주택건설대지의 100분의 80 이상의 토지에 대한 토지사용승낙서(지역·직장주택조합의 경우만 해당한다)를 첨부하여 주택조합의 주택건설대지(리모델링주택조합의 경우에는 해당 주택의 소재지를 말한다. 이하 같다)를 관할하는 시장(특별자치도의 경우에는 특별자치도지사를 말한다. 이하 같다)·군수 또는 구청장에게 제출하여야 한다. 이 경우 토지사용승낙의 비율을 산정할 때 등록사업자의 사용승낙분이 포함되어 있는 경우에는 이를 없는 것으로 본다.

1. 설립인가의 경우
  • 가. 지역·직장주택조합의 경우

(1) 창립총회의 회의록 (2) 조합장선출동의서

(3) 조합원 전원이 자필로 연명한 조합규약

(4) 조합원 명부 < 쟁점② 관련 > 1) 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

⑥ 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 재화 또는 용역을 공급하는 자이거나 공급받는 자가 아닌 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급하거나 발급받을 수 있다. 2) 부가가치세법 시행령 제12조 【등록번호】

② 관할 세무서장은 과세자료를 효율적으로 처리하기 위하여 법 제54조제4항 또는 제5항에 따른 자에게도 등록번호에 준하는 고유번호를 부여할 수 있다. 3) 부가가치세법 시행령 제67조 【세금계산서】

① 법 제32조제1항제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 고유번호"란 제12조제2항에 따라 부여받는 고유번호를 말한다. 4) 부가가치세법 시행령 제69조 【위탁판매 등에 대한 세금계산서 발급】

② 위탁매입 또는 대리인에 의한 매입의 경우에는 법 제32조제6항에 따라 공급자가 위탁자 또는 본인을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한다. 이 경우 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 덧붙여 적어야 한다. 5) 부가가치세법 제37조 【납부세액 등의 계산】 (2014.1.1. 개정)

① 매출세액은 제29조에 따른 과세표준에 제30조의 세율을 적용하여 계산한 금액으로 한다.

② 납부세액은 제1항에 따른 매출세액(제45조제1항에 따른 대손세액을 뺀 금액으로 한다)에서 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따라 공제되는 매입세액을 뺀 금액으로 한다. 이 경우 매출세액을 초과하는 부분의 매입세액은 환급세액으로 한다. 6) 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다. <개정 2014.1.1>

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 7) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 8) 부가가치세법 제40조 【공통매입세액의 안분】 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. 9) 부가가치세법 시행령 제80조 【토지에 관련된 매입세액】 (2014.2.21. 개정) 법 제39조제1항제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

  • 다. 사실관계

1. 청구법인의 부가가치세 환급신청세액 청구법인의 2014년 제1기 확정분 부가가치세 신고서에 의하면, 청구법인은 쟁점매입처로부터 4,108,469천원의 세금계산서를 수취하고 부가가치세 410,846천원을 환급신청하였다.

2. (가칭)지역주택조합의 사업자등록 여부 등 청구법인 및 처분청이 제출한 서류 등에 따르면, (가칭)지역주택조합은 처분청에 사업자등록 또는 고유번호를 등록하지 않았으며,주택법제9조에 따라 주택건설사업자 또는 대지조성사업자로 국토교통부장관에 등록한 사실, 같은 법제16조에 따른 주택건설사업계획 또는 대지조성사업계획의 승인을 받은 사업주체에 해당하는 사실, 같은 법제12조제1항에 따른 주택건설공사를 시공할 수 있는 건설업자인 사실, 같은 법 제32조에 따른 관할 구청장의 지역주택조합설립인가를 받은 사실도 나타나지 않는다.

3. 청구법인과 (가칭)지역주택조합 간의 주요 계약체결 내용

  • 가) 자금관리 대리사무 계약서 2014.5.15. (가칭)지역주택조합 추진위원회가 ㈜C신탁에게 자금관리 대리사무를 위임하면서 작성한 “(가칭)△△ B 지역주택조합 아파트 신축사업 자금관리 대리사무 계약서”에 의하면, (가칭)지역주택조합 추진위원회가 시행사로서 사업부지 확보 및 소요자금 조달, 공사비, 각종 용역비, 제세공과금 등 이 건 주택건설사업 수행시 발생하는 일체의 비용을 부담하는 것으로 나타나고, 청구법인은 (가칭)지역주택조합 내지 조합의 업무를 대행하는 자로서 청구법인의 모든 행위는 (가칭)지역주택조합 내지 조합에 귀속되는 것으로 나타나며, 계약의 주요내용은 다음과 같다. 자금관리 대리사무 계약서 [(가칭) △△ B 지역주택조합 아파트 신축사업] 위임자 (가칭) △△ B 지역주택조합 추진위원회(이하 “갑”이라 한다)와 수임자 ㈜C신탁(이하 “을”이라 한다), 갑의 업무대행자 청구법인(이하 “병” 이라 한다)은 ○○시 △△구 355-30호 일원(이하 “본 사업부지”라 한다)에 “△△ B 지역주택조합 공동주택 아파트 신축사업”(이하 “본 사업 ”이라 한다)을 추진함에 있어 다음과 같이 자금관리 대리사무계약(이하 “본 계약”이라 한다)을 체결하고 신의성실의 원칙에 따라 계약을 이행한다. 제2조(용어의 정의) “본 계약”에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다.

1. “조합”이라 함은 설립인가를 득할 예정인 “△△ B 지역주택조합”을 말한다.

2. “조합원”이라 함은 주택법 등 관계법령에 의해 조합원의 기준을 충족하는 자 로서 “갑”과 “조합원 가입계약”을 체결하고, “조합원 분담금” 및 “업무대행비”를 납부한 자를 말한다.

6. “업무대행비”라 함은 “조합원”이 “조합”과 체결한 조합원 가입계약에 따라 “조합”의 분담금 외 업무를 대행하는 수수료로서 “조합”(업무대행자)에 납부하는 소정의 금액을 말한다. 또한, 필요에 따라 초기 조합사업비로 대여 후 정산하는 것을 포함한다. 제4조(계약 당사자의 역할 및 업무) “갑”, “을”, “병”은 “본 사업”의 성공적인 수행을 위하여 다음과 같이 역할 및 업무를 분담하고 상호 협력하기로 한다.

① “본 계약”의 위임자로서 “갑”의 역할 및 업무범위는 다음과 같다.

1. “자금관리”를 “을”에게 위임

2. “본 사업” 시행 관련 시행자로서의 의무

3. 사업부지 확보 및 소요자금 조달

4. “PF대출금”을 “을”명의의 “자금관리계좌”로 이체

5. 사업부지 공부상 제한물권(근저당권, 지상권, 전세권 등), 보전처분(가압류, 가처분 등), 강제집행(민사상, 조세법상 등) 등 완전한 소유권행사를 제한하는 각종 제한 권리말소 및 설정방지

6. 조합설립인가, 사업계획승인(변경 포함), 사용승인 등 제반 인허가 업무

7. 조합설립 창립총회 시 “을”을 자금관리 대리사무사로 총회 인준 업무

8. 공사도급계약 및 업무대행, 사업권양수도(토지용역 포함), 설계, 감리 등 각종 용역계약 체결

9. 공사비, 각종 용역비, 제세공과금 등 본 건 사업수행시 발생하는 일체의 비용 부담

10. 조합원 모집 및 잔여세대 일반분양

11. 사업시행관련 소송 및 민원의 처리

12. “병”의 업무대행비의 집행 및 관리

13. “을”이 자금관리업무를 위하여 요구하는 서류의 제출 등 협조의무

14. 조합 재산처분 및 채무부담 등에 관하여 조합정관 등에 정한 바에 따라 이행하고, 조합원에게 통지하는 업무 등 조합관련 업무 일체

15. 기타 본 사업의 시행을 위하여 필요한 업무 일체

③ “본 사업”의 업무대행자로서 “병”의 역할 및 업무범위는 다음과 같다.

1. “갑”으로부터 위임받은 업무

1. 조합관련 행정지원 업무 2) 사업관련 인․허가(변경포함) 업무, 인․허가 조건 이행, 소송 및 민원 지원 업무

3. 모델하우스의 건립 및 운영 지원 업무 4) 공사도급계약 및 업무대행, 사업권양수도(토지용역포함), 설계․감리 등 각종 용역계약 체결 지원 업무

5. 조합원 모집업무의 지원 및 일반분양 관리 업무

6. “업무대행비”의 집행과 관리

7. 기타 업무대행용역 계약서에서 위임받은 업무

2. “을”이 자금관리를 위하여 요구하는 서류의 제출 등 협조 의무

3. 기타 “본 계약”에서 정한 업무 제5조(권한위임 및 법률효과의 귀속)

① “본 계약”에 의하여 “을”은 자금관리 대리사무를 수행하는 것 이외에 어떠한 책임과 의무를 부과받지 아니하고, “을”이 행한 모든 행위의 법률효과는 “갑” 내지는 조합에게 귀속된다.

② “병”은 “갑” 내지는 조합의 업무를 대행하는 자로서, “본 계약”에 따른 “병”의 모든 행위는 “갑” 내지는 조합에 귀속된다. 제8조(업무대행비의 입․출금 관리)

④ “업무대행비”의 입출금은 “갑”과 “병”이 체결한 용역계약(조합업무대행 용역계약 등)에 의거하여 “갑” 및 “병”의 요청에 의해 “을”이 집행한다.

⑤ 조합설립인가 전 본조 제4항의 “업무대행비” 집행시기는 “갑”과 조합원이 가입계약을 체결하고, 조합원이 “업무대행비 관리계좌”로 납부한 시점으로 한다. 이에 대하여 “갑” 및 “병”은 사전 동의한바, “을”에게 어떠한 이의도 제기하지 않기로 한다.

⑥ 제5항과 관련하여 “갑”은 조합원 가입계약시 아래의 내용이 포함된 별도의 확인서(확약서)를 징구하여 “을”에게 자금집행 요청시 제출하여야 한다. 이때 확인서(확약서)에는 조합원의 자필서명 및 인감날인과 인감증명서를 첨부 하여야 한다. 조합원 가입계약 체결시 납부한 “업무대행비”의 집행에 사전 동의하고, “업무대행비”는 환불이 불가함을 인정한다. 이에 “업무대행비” 집행과 관련 하여 자금관리 신탁사에 어떠한 이의도 제기하지 않을 것을 확약한다.

⑦ “업무대행비 관리계좌”로 수납한 “업무대행비”는 “갑”과 “병”의 요청 및 동의에 따라 “갑”과 “병”이 지정한 계좌로 송금하도록 한다. 제11조(조합설립인가 신청 및 토지소유권 확보)

① “갑”은 “본 사업”에 요구되는 조합원이 모집되는 경우, 지체 없이 “갑”의 책임 으로 지역주택조합설립(변경)인가를 관할관청으로부터 득하여야 한다.

② ‘갑“은 지역주택조합 설립인가 후 사업부지의 소유권을 완전하게 취득하여야 한다. 제21조(계약의 자동승계)

① 제11조에 의하여 지역주택조합설립 인가를 득하는 경우 “본 계약”상의 “갑”의 지위는 설립인가를 득한 지역주택조합에 자동으로 승계되는 것으로 하고, 조합 총회시 이를 인준 받아야 한다. 이에 대하여 계약당사자는 사전 동의하고, 필요시 별도의 변경계약을 체결하기로 한다.

② “갑”은 지역주택조합설립 인가를 득하는 경우 동 인가와 관련된 등록증명서, 사업자등록증 등의 서류를 “을”에게 제출하여야 한다.

③ “본 사업” 정산시까지 “을”은 제14조 제2항의 업무수행권한을 보장받으며, “본 계약” 당사자들은 “을”의 동의 없이 “을”을 “본 사업”에서 배제하거나 권한을 박탈할 수 없다. 만약 본 항을 위반할 경우 제15조 제2항의 보수액 중 “을”의 잔여보수액을 위약금으로 지급한다. 제23조(기타)

② 사업추진 관련 제세공과금 및 회계처리는 “갑”의 책임과 비용으로 처리한다.

⑤ “본 계약”은 조합설립시 자동승계되며, “본 계약”에 의한 자금관리업무 등 “을”이 행한 모든 행위의 법률효과는 “갑”내지는 조합원에게 귀속된다. 붙임: 1. 자금집행 요청서

2. 자금집행 기준표

214.5.15. 위임자(갑): (가칭) △△ B 지역주택조합 추진위원회 (날인) 수입자(을): ㈜C신탁 (날인) 업무대행자(병): 청구법인 (날인) ※ 붙임2: 자금집행 기준표(안, 예산서) 구분 금액 비고 수입 아파트분양수입금 316,375 아파트(SHIFT)분양수입금 28,938 상가분양 수입금 66,878 커뮤니티 분양수입금 7,520 업무 대행비 13,494 수입계 433,505 지출 공사비 154,425 직접 공사비, 철거비, 동사무소 공사비 포함 토지비 200,892 사유지, 국유지, 명도비, 법무사수수료, 토지용역비, 감정평가비, 사업권양도비 포함 용역비 8,680 설계비, 감리비, 측량비, 환경영향 평가, 교통영향평가, 지구단위계획 용역비 등 포함 광고/분양비 16,229 광고비, 모델하우스 건립비 및 운영비, 아파트분양수수료, 상가분양수수료 기타비용 28,324 예비비, 민원처리비, 업무대행비, 조합운영비 포함 (기타) 24,485 보증수수료, 각종 인․허가비용 금융 이자 등 투입계 433,405 예비비 100 (단위: 백만원)

  • 나) 업무대행계약서 2014.5.16.자 임시총회 회의 속기록에 의하면, (가칭)지역주택조합의 조합원 39명이 참석한 (가칭)지역주택조합 임시총회에서 제6호 안건인 “업무대행사 선정 및 계약체결의 건”이 심의결과 통과되었고, 이에 따른 2014.5.19. 청구법인이 (가칭)지역주택조합 추진위원회와 체결한 “업무대행 용역 계약서”에 의하면, 청구법인은 (가칭)지역주택조합의 업무대행자로서 “(가칭)지역주택조합 추진위원회로부터 위임받은 조합관련 행정 지원업무, 사업관련 제반 인·허가 업무, 주택홍보관의 건립 및 운영 지원업무, 공사도급계약 ․ 사업권양수도․설계․감리 등 각종 용역계약 체결 지원업무 등”을 수행하기로 한 것으로 나타난다. 한편, 청구법인의 업무대행용역 보수금액은 조합원에게 분양하는 아파트에 대해 세대수 및 세대당 업무대행비(59㎡ 18,000원, 84㎡ 21,000원)로 산정한 13,494,000천원, 일반분양하는 근린생활에 대해 예상매출의 3%에 상당한 금액으로 산정한 2,225,807천원, 합계 15,719,807천원으로 나타나고, 계약의 주요내용은 다음과 같다. 업무대행 용역계약서 [물건의 표시]

1. 사업명: △△ B 지역주택조합아파트 및 부대복리시설 신축사업 구분 내용 비고 대지위치

○○시 △△구 355-30번지 외 일원 지역지구 준주거지역 대지면적 23,728㎡(7,177.68평) 연면적 140,817㎡(42,597.19평) 용적률 469.30% 규모 지하 3층-지상 38층 8개동 935세대 및 기타 부대시설 구조 철근콘크리트 라멘조

2. 사업개요

※ 상기의 사업개요는 사업 인․허가 과정에서 변경될 수 있음 위 물건의 표시 사업(이하 “본 사업”)에 대하여 용역의뢰인 △△ B 지역주택조합 추진위원회(이하 “추진위원회”라 한다) 위원장 K(이하 “갑”이라 한다)과 “갑”의 조합관련 업무일체에 대하여 용역수급인 청구법인 대표이사 D (이하 “을”이라 한다)은 본 사업의 안정적이고 원활한 개발업무를 진행하기 위하여 다음과 같이 신의성실에 의거 업무대행용역계약(이하 “본 계약”)을 체결한다. 제4조(계약 당사자의 역할 및 업무) “갑”, “을”은 “본 사업”의 성공적인 수행을 위하여 다음과 같이 역할 및 업무를 분담하고 상호 협력하기로 한다.

① “본 계약”의 위임자로서 “갑”의 역할 및 업무범위는 다음과 같다.

1. “본 사업” 시행 관련 시행자로서의 의무

2. 사업부지 확보 및 소요자금 조달

3. 사업부지 공부상 제한물권(근저당권, 지상권, 전세권 등), 보전처분(가압류, 가처분 등), 강제집행(민사상, 조세법상 등) 등 완전한 소유권행사를 제한하는 각종 제한 권리말소 및 설정방지

4. 조합설립인가, 사업계획승인(변경 포함), 사용승인 등 제반 인허가 업무

5. 조합설립 창립총회 시 “을”을 업무대행사로 총회 인준 업무

6. 공사도급계약 및 업무대행, 사업권양수도(토지용역 포함), 설계, 감리 등 각종 용역계약 체결

7. 공사비, 각종 용역비, 제세공과금 등 본 건 사업수행시 발생하는 일체의 비용 부담

8. 조합원 모집 및 잔여세대 일반분양

9. 사업시행관련 소송 및 민원의 처리

10. “을”의 업무대행비의 집행 및 관리

11. 신탁사의 자금관리업무를 위하여 요구하는 서류의 제출 등 협조의무

12. 조합 재산처분 및 채무부담 등에 관하여 조합정관 등에 정한 바에 따라 이행하고, 조합원에게 통지하는 업무 등 조합관련 업무 일체

13. 기타 본 사업의 시행을 위하여 필요한 업무 일체

③ “본 사업”의 업무대행자로서 “을”의 역할 및 업무범위는 다음과 같다.

1. “갑”으로부터 제4조①항 제1-13호 위임받은 업무

1. 조합관련 행정지원 업무 2) 사업관련 인․허가(변경포함) 업무, 인․허가 조건 이행, 소송 및 민원 지원 업무

3. 주택홍보관의 건립 및 운영 지원 업무 4) 공사도급계약 및 업무대행, 사업권양수도(토지용역포함), 설계․감리 등 각종 용역계약 체결 지원 업무 5) 조합원 모집업무, 일반분양관리 업무 및 판매, 근생, 커뮤니티 시설 분 양 관련 업무

6. “업무대행비”의 집행과 관리 7) 기타 “△△ B 지역주택조합 아파트 가입 계약서”에서 위임받은 업무

2. 신탁사가 자금관리를 위하여 요구하는 서류의 제출 등 협조 의무

3. 기타 “본 계약”에서 정한 업무 제6조(업무대행비의 입․출금 관리)

3. “업무대행비”의 입출금은 본 계약에 의거하여 “갑”과 “을”의 동의 및 합의에 의한 요청에 신탁사가 집행한다.

4. 조합설립인가 전 “업무대행비” 집행시기는 “갑”과 조합원이 가입계약을 체결하고, 조합원이 “업무대행비계좌”로 납부한 시점으로 한다. 이에 대하여 “갑 ” 및 “을”은 본조 3항에 의거, 신탁사에게 어떠한 이의도 제기하지 않기로 한다.

5. 본조 4항과 관련하여 “갑”은 조합원 가입계약시 별도의 “자금관리집행 및 자금관리 대리사무 계약 동의서”를 징구하여 신탁사에게 자금집행 요청시 제출하여야 한다. 이때 “자금관리집행 및 자금관리 대리사무 계약 동의서”에는 조합원의 자필서명 및 인감날인과 인감증명서를 첨부하여야 한다.

6. “업무대행비 관리계좌”로 수납한 “업무대행비”는 “갑”과 “을”의 요청 및 동의에 따라 “갑”과 “을”이 지정한 계좌로 신탁사가 송금하도록 한다.

7. 제7조3항②호의 근린생활 업무대행료는 조합설립인가 후 1주일 내에 “갑”의 사업비에서 “을”에게 지급한다. 제7조(업무대행용역 보수 금액)

1. “갑”은 업무대행용역비는 조합원분담금과 별도로 하고 조합원 가입 계약시 전액 징구한다.

2. “갑”은 업무대행용역비에 대하여 조합원분담금과 구분하여 신탁사의 신탁계좌 에 입금한다.

3. “갑”은 “을”에게 공동주택 업무대행용역비 및 근린생활시설 용역비를 총분양금액의 3%를 업무대행비로 지급하기로 한다(vat 별도).

① 아파트 업무대행료 구 분 세대수 세대당 업무대행비(천원) 금액(천원) 비고 59㎡ 430 18,000 7,740,000 조합분양 84㎡ 274 21,000 5,754,000 조합분양 합계 704

• 13,494,000

② 근린생활 업무대행료 구 분 면적(㎡) 예상 매출액(천원) 금액(천원) 비고 지상1층 2,523.66 58,029,000 1,740,870 예상매출액×3% 지상2층 803.05 8,833,000 264,990 예상매출액×3% 사우나 445.50 3,118,500 93,555 예상매출액×3% 골프, 휘트니스 702.18 4,213,090 126,392 예상매출액×3% 합 계 4,474.39 74,193,590 2,225,807

4. “갑”과 “을”이 지정한 업무대행비 입금계좌는 다음과 같다. 구 분 은행명 계좌번호 예금주 업무대행비 입금계좌 신한은행 ***296 청구법인 D 제11조(계약의 효력 및 자동승계) 본 계약은 체결과 동시에 효력이 발생하며, 향후 관할관청으로부터 조합설립인가를 득하는 경우 본 계약상의 “갑”의 지위는 설립인가를 득한 △△ B 지역 주택조합에 자동으로 승계되고, 조합 총회시 “갑”의 책임으로 인준 받아야 하며, 이에 대하여 계약당사자는 사전 동의하고, 필요시 별도의 변경계약을 체결하기로 한다. 2014.5.19. 갑: (가칭) △△ B 지역주택조합 추진위원회 (날인) 을: 청구법인 (날인)

  • 다) (가칭)지역주택조합 조합가입 및 조합업무대행 계약서 (가칭) △△ B 지역주택조합 조합가입 및 조합업무대행 계약서 [목적물의 표시] 목적물: (가칭)△△ B 지역주택조합아파트 소재지: ○○시 △△구 355-30호외 수필지 사업명: (가칭)△△ B 지역조합아파트 및 부대 복리시설 신축사업 ※ 사업명과 시행사의 명칭은 조합설립인가 / 사업승인 과정에서 최종 확정한다. 사업규모: 사업지 면적 23,728.00㎡ / 건축 연면적 140,817.28㎡ / 지상3층 ~ 지상 38층 8개동 아파트 935세대(Shift 231세대 포함) 및 판매시설, 커뮤니티시설 ※ 사업규모는 사업진행 및 인․허가 과정에서 다소 변동될 수 있음 시행사: (가칭)△△ B 지역주택조합(이하 “갑”이라 한다) 조합원: (가칭)△△ B 지역주택조합 가입자(이하 “을”이라 한다) 업무대행사: 청구법인 (이하 “병”이라 한다) 시공예정사: ㈜E건설(이하 “시공사”라 한다) ※ 상 기 시공예정사는 조합설립인가시 조합 총회의 의결에 따라 공사도급계약을 체결함 자금관리자: ㈜C신탁 (이하 “자금관리사”라 한다) 제1조(총칙) “을”은 주택법 제32조, 동법 시행령 제37조 및 동법 시행규칙 제17조에 규정한 주택조합원 자격자로서 사업승인의 미확정상태에서 본 사업을 추진해야 하므로 이에 대한 관계업무 일체를 “병”에게 위임하여 사업시행을 대행하게 하고 그 보수로서 업무대행비를 “병”에게 지급하며, “갑”은 공사도급 계약 및 사업일정에 따라 조합원분담금 및 업무대행비를 완납한 세대에게 사업승인 면적(단, 인․허가시 증감이 있을 수 있음)에 의하여 아파트 1세대를 “을”에게 공급한다. 제2조(조합업무 대행자의 의무) “을”은 “갑”의 주택조합의 대표성을 인정하며, “을”의 권한 및 사업추진에 따른 다음 사항을 “갑”에게 위임하며, “갑”은 “병”에게 위임하여 상기 사업의 입주시점 까지 책임지고 성실하게 수행하여야 한다. 1) 조합업무 총괄(조합원 모집, 조합인가 및 조합구성, 조합원 관리 등 기타 사업 추진과 관련된 모든 업무 일체)

2. 토지 매입과 관련한 업무 3) 업무추진에 따른 관련업체 선정 및 계약체결(시공회사, 건축설계사무소, 법무사, 변호사, 회계사 등)

4. 공사도급계약 및 시공에 대한 감독의무

5. 조합원의 분담금 관리 협조

6. 기타 조합주택건립(준공, 입주, 청산)시까지의 관련 업무 일체 제4조(조합원분담금 및 업무대행비) “을”은 다음과 같이 조합원분담금 치 업무대행비를 부담한다. 주택형 조합원 분담금 및 업무대행비 (단위: 원) 조합원 분담금 업무대행비 59㎡형 395,000,000 18,000,000

2. 조합원분담금 및 업무대행비는 아래 계좌에 조합원이 개별로 각각 납입하여 자금관리사인 ㈜C신탁이 관리함을 원칙으로 하고 아래 계좌 이외에 입금된 조합원분담금 및 업무대행비는 어떠한 경우라도 인정하지 않는다. 조합원분담금 납입계좌 은행명 신한은행 계좌번호 392 예금주 ㈜C신탁 업무대행비 납입계좌 은행명 신한은행 계좌번호 480 예금주 ㈜C신탁 제7조(업무대행비의 부담) 1) “을” 또는 향후 사업승인 전에 구성되는 지역조합에서는 (가칭)△△ B 지역주택조합(추진위원회 포함) 및 업무대행사가 행한 사업에 대한 각종 계약의 체결, 사업의 결정, 지역주택조합 규약의 작성 등 제반행위에 관하여 숙지하고 동의 및 승인한다는 조건하에 본 사업에 참여하는 것으로 한다. 2) “을”은 조합의 원활한 업무 추진을 위하여 “병”에게 지급하여야 할 업무대행비를 제4조의 지정계좌로 납부한다. 3) 업무대행비는 “을”이 조합가입 신청한 날부터 조합원의 입주시까지 업무대행 보수대금으로서 업무대행비에 대하여는 별도의 회계정산 절차를 거치지 않으며, “을”은 “갑”과 “병” 및 시공사에게 이에 대한 반환 등의 어떠한 청구나 이의를 제기할 수 없다.

4. 본 사업의 수행 중 발생하는 사업비용(금융비용, 광고비 등 분양시 발생하는 비용, 기타 제비용)은 업무대행비에 포함되지 아니한다. 제10조(조합원분담금 및 업무대행비의 지출승인) 4) “을”이 신탁사에 납부한 업무대행비는 “갑”과 “병”이, 신탁사에 지급요청에 의거 “갑”과 “병”이 지정한 지급처로 단순 송금하는 방식으로 업무대행비를 사용하도록 하며, 경우에 따라 “갑”이 부족한 사업비로 대여 후 조합원분담금 으로 정산하기로 한다. 7) “을”이 신탁사에 납부한 업무대행비에 대하여 “본 계약서”, “본 규약”, “신탁 계약서” 및 “갑”과 “병”간에 체결한 업무대행계약서에 의거 집행된 사항에 대하여 “을”은 인정하며, 이의를 제기하지 않는다. 8) “본 사업”과 관련된 일체의 금원에 대하여 “본 규약” 제39조 1항에 의거 업무 및 재산상태와 회계에 관하여 감사하며, 조합원 정기총회에 보고한다. 9) “을”이 납부한 조합원분담금 및 업무대행비에 대하여 “본 규약”이 정한 조합원 총회에서 자금집행 승인 전에 (가칭)△△ B 지역주택조합 규약이 정한 총회에서 의결된 사업비를 “본 계약서” 제6조, 제7조, 제10조 각항․각호에 의거 자금집행에 대하여 “자금관리(집행) 및 자금집행관리 대리사무계약 동의서”(조합원9호서식)의 내용과 같이 “을”은 자금집행에 동의하며 이의를 제기하지 않는다. 제17조(특약사항)

1. 본 계약서는 “본 규약” 총회의 의결로서 “갑”, “을”, “병”이 각조의 권리와 의무를 갖는다. 2) “갑”이 “본 사업”을 추진하기 위하여 “본 규약” 및 “본 계약서”에 의거 업무 진행한 모든 행위에 대하여 “을”은 인정, 승인한 것으로 한다. 추후 관할구청 으로부터 조합설립인가를 득하기 전․후의 조합원 총회에서 본 사항에 대하여 추인 받는 것을 원칙으로 한다. 3) 본 계약서는 “본 규약”보다 우선키로 하며, 본 계약서의 효력은 날인과 동시에 성립되는 것으로 한다. 제19조(용어의 정의)

1. 본 규약: (가칭) △△ B 지역주택조합 추진위원회 규약

2. 본 사업: (가칭) △△ B 지역주택조합 아파트 및 부대 복리시설 신축 건립

3. 본 조합: (가칭) △△ B 지역주택조합 2014.6.3. 갑 - 시행자: 가칭지역주택조합 추진위원회 (날인) 을 - 조합원: F (날인) 병- 업무대행: 청구법인 (날인) 2014.6.3. 시행자 (가칭)지역주택조합 추진위원회와 조합원 F[2014.6.3. (가칭) 지역주택조합에 가입신청서를 작성하여 가입]간에 작성한 “(가칭)지역주택조합 조합가입 및 조합업무대행 계약서”에 의하면, 이 계약서에서도 청구법인은 업무대행사로 서명날인하였고, 조합원으로부터 업무대행비 18,000천원을 받기로 하였으며, 계약서의 주요 내용은 다음과 같다.

4. 청구법인의 2014년 제1기 과세기간 중 주요 매입처와의 계약내용 청구법인은 2014년 제1기 과세기간 중에 주요 매입처와 계약을 체결하였는바, 관련 계약사항은 다음과 같다.

  • 가) 조합원모집 이 건 이의신청 심리자료에 의하면, 청구법인은 2014.5.19. (가칭)지역주택조합 추진위원회와 ㈜A디앤씨 간에 조합원 모집업무를 부여하는 “조합원모집 용역계약서”를 작성한바, 청구법인은 입회자 업무대행사로 서명날인한 것으로 나타난다.
  • 나) 지구단위계획 수립 계약 2014.5.21. (가칭)지역주택조합 추진위원회와 ㈜G이엔씨건축사사무소 간에 작성한 “○○ △△구 356번지 일원 지구단위계획수립 용역계약서(2차 변경)”에 의하면, 청구법인은 입회인(업무대행사)로 서명날인이 되어 있고, (가칭)지역주택조합이 발주자이자 사업주체이며, 그 계약의 주요내용은 다음과 같다.

○○시 △△구 356번지 일원 지구단위계획수립 용역계약서(2차 변경) (용역의 표시)

1. 계약명

: ○○시 △△구 356번지 일원 지구단위계획 수립용역

2. 대지 위치

: ○○시 △△구 356번지 일원

3. 대지면적

: 약 23,728㎡(약 7,178평)

4. 용도구조

: 공동주택(Shift)

5. 계약기간

: 계약체결일 ~ 지구단위계획 결정․고시까지

6. 계약금액

: 금팔억원정(\800,000,000) Vat별도 상기 용역에 대하여 △△ B 지역주택조합 추진위원회(이하 “갑”이라 칭함)와 ㈜G이엔씨건축사사무소 대표이사 H(이하 “을”이라 칭함) 및 입회인(이하 “병”이라 칭함)은 상호 신의성실의 원칙에 따라 다음과 같이 계약을 체결하며, 계약서 3부를 기명날인하여 각각 1부씩 보관한다. 214.5.21. 발주자(갑): △△ B 지역주택조합 추진위원회 (날인) 수급인(을): ㈜G이엔씨건축사사무소 (날인) 입회인(업무대행사): 청구법인 (날인) 용역계약 일반조건 제1조(계약의 목적) “갑”은 대상사업지의 토지이용을 합리화․구체화하고 도시기능의 증진, 미관의 개선 및 양호한 환경을 확보하기 위하여 국토의계획및이용에관한법률, ○○시 도시기본계획, 국토해양부 지구단위수립계획지침 및 ○○시 도시계획조례(행정제2부시장 방침 등)에 따라 지구단위계획수립에 필요한 용역업무를 “을”에게 위임하고, “을”은 “갑”이 제시하는 사업계획에 따라 관계법령, 조례, 지침 등에 적합하도록 용역업무를 최선을 다해서 성실히 업무를 수행한다. 제13조(특약사항)

① 사업추진 중 “갑”의 사업주체(지역주택 조합 포함) 지위가 양도․양수되더라도 “ 갑”과 “을”의 계약은 자동 승계되는 것으로 보며, “갑”과 “을”이 합의 없이 “갑”이 타사에 사업권을 매각할 경우 제3조(보수 및 지급방법) 지급금액의 2배에 해당하는 금액을 위약벌로 지급하기로 한다.

  • 다) 사업권양수도 및 토지용역 계약서 2014.6. 미상일자에 (가칭)지역주택조합 추진위원회가 당초 ○○ △△구 355-30번지 일대 사업권을 가진 ㈜J디앤씨로부터 주택건설 사업지의 사업시행권 및 토지매입 계약상 권리(미매입 토지 포함)를 9,900,000천원(부가가치세 별도)에 양수하면서 작성한 “사업권양도양수 및 토지용역계약서”에 의하면, 청구법인은 업무대행사로 서명 날인한 것으로 나타나고, 양수인은 (가칭)지역주택조합 추진위원회로 나타나며, (가칭)지역주택조합이 본 계약 체결 이후 본 사업에 필요한 자금 일체를 조달하는 책임을 지며 본 개발사업의 시행주체로서 사업의 시행에 관한 일체의 권한을 갖는 것으로 나타난다. 또한, 특약사항 제13조제2항 및 제3항은 “(가칭)지역주택조합이 △△ B 지역주택조합 추진위원회의 총회의 의결에 따라 본 계약을 체결하였으며, 추후 지역주택조합설립인가 전․후의 조합원 총회에서 본 계약에 대하여 (가칭)지역주택조합의 책임하에 조합이 승계의결을 득하기로 하되, (가칭)지역주택조합이 조합원 총회에서 본 계약에 대하여 승계의결을 득하지 못하여 본 계약이 해지시 ㈜J디앤씨에게 일체의 손해배상을 청구하지 않기로 하고 (가칭)지역주택조합은 ㈜J디앤씨에게 본 계약서 9,900,000천원의 금액을 즉시 지급키로 한다”라고 하여 본 계약의 이행책임은 (가칭)지역주택조합에 있는 것으로 나타난다. 한편, 본 계약 특약사항 제13조제4항은 “양도/양수 및 토지용역비 지급에 대하여 (가칭)지역주택조합이 조합설립 미인가인 관계로 세금계산서를 발행할 수 없어 업무대행사인 청구법인에게 세금계산서를 발행하여 청구키로 하고, 청구법인은 (가칭)지역주택조합이 조합설립인가 후에는 (가칭)지역주택조합에게 인계한다”라고 나타나는바, 쟁점세금계산서와 관련하여 공급시기 이후에 인계하는 것으로 나타나고, 계약서의 주요 내용은 다음과 같다. 사업권양도양수 및 토지용역 계약서 [목적물 물건의 표시]
1. 사업시행권 양도양수 대상

구분 내용 비고 사업자 ㈜J디앤씨 대지위치

○○시 △△구 355-30번지 외 수필지 지역지구 제3종 주거지역 대지면적 23,728.00㎡ 연면적 140,779㎡(42,586.67평) 용적률 469.40% 규모 지하 3층-지상 38층 8개동 935세대 및 기타 부대시설 구조 철근콘크리트 라멘조 ※ 상기의 사업개요는 사업 인․허가 과정에서 변경될 수 있음

2. 사업지 토지매매 계약상 권리: 별첨(미제출) [계약의 취지]

① 위 목적물의 표시 1, 2에 대하여 ㈜J디앤씨는 ○○시 △△구 355-30호외 수필지상에 아파트개발(이하 “본 건 사업”)의 시행자로서 사업 시행권(이하 “본 건 사업시행권”) 및 사업부지에 대한 매매계약상 권리를 가지고 있다.

② 위 ①항의 ㈜J디앤씨에서 가지고 있는 본 건 사업시행권 및 토지매매 계약상 권리(미매입 토지포함)를 갖고 있는 ㈜J디앤씨(이하 “갑”이라 칭함)와 “본 사업권” 양수자인 “△△ B 지역주택조합 추진위원회” 추진위원장 (이하 “을”이라 칭한다)간에 “본 건 사업시행권” 및 토지매매 계약상 권리를 신의성실에 의거 다음과 같이 양도양수계약을 체결한다. 제2조(사업시행권 및 토지매입 계약상 권리 양도 대상물)

① 본 계약서 목적물의 표시상 “본 건 사업시행권” 및 “토지매입 계약상 권리”

② “갑”이 본 사업을 진행하기 위하여 2013.7.8.자로 ○○시도시건축공동위원회 (지구단위)를 통과된 일체의 권리

③ 위 ②항을 진행하면서 사업부지 내의 주민자치센터 협의사항 일체

④ “갑”이 본 사업을 위해 토지매입 계약상 권리 일체

⑤ “갑”이 본 사업을 진행하기 위하여 2007년부터 현재까지 진행된 모든 사항을 “갑”에게 양도한다.

⑥ “갑”이 본 사업을 진행하면서 기 투입된 비용은 제3조의 양수도 대금 외에 추가로 “을”은 “갑”에게 정산하여 준다. 제3조(양도/양수 및 토지용역비)

① “을”은 “갑”에게 본 건 사업지의 사업시행권 및 토지매입계약상 권리와 미 매입토지 완료조건으로 금구십구억원(\9,900,000천원)을 지급한다(Vat 별도).

② 위 ①항의 금구십구억원 중 사업시행권 양도/양수 대금으로 금육십억원(금60억원)으로 하고, 본 건 사업지의 토지매입상 권리 및 미계약된 토지매입 완료조건의 용역비로 금삼십구억원(금39억원)으로 한다.

③ 제2조의 ⑥항의 “갑”이 실투입비에 대하여는 증빙서류에 의거 양수도 대금과 별개로 정산하여 준다(설계비 등). 제5조(합의내용)

① “갑”은 제2조에서 정한 본 사업의 모든 사항 일체를 “을”에게 양도․양수하기로 하고, “을”은 본 건 양도․양수에 대한 대금을 제3조와 같이 대금을 제4조와 같이 “을”은 “갑”에게 지급하기로 한다.

② “갑”이 본 사업을 위해 본 계약서 체결 이전에 “갑”이 체결한 용역사(설계사무소 등)와 계약된 내용을 “을”은 승계한다.

⑤ “을”은 본 계약 체결 이후 본 사업에 필요한 자금 일체를 조달하는 책임을 지며 본 개발사업의 시행주체로서 사업의 시행에 관한 일체의 권한을 갖는다.

⑥ “을”은 본 건 사업시행권 등의 양수의 대가로 제3조에서 정한 양수대금에 추가하여, 본 건 사업상 토지매매계약의 명의변경 및 사업시행주체 변경을 하여야 한다. 제6조(본 건 사업부지 토지매입)

① “갑”은 전체 매입대상 토지면적 약 7,177평 중 국․공유지 면적 586.54평을 제외한 토지면적 6,590.46평의 95%인 토지면적 6,260.9평 이상을 매매계약을 “을”의 명의로 책임지고 매입완료한다.

② 전체 토지 중(국․공유지 제외) 95% 매매계약 체결 완료 시 “갑”의 책임을 다한 것으로 한다.

③ “갑”은 매입대상 토지조서에 표기한 전체 토지 매입예상 총금액을 금1천 9백 억원 이내로 한다. [단, 토지주가 일반 상관례에 벗어나는 토지매각 금액을 요구시 “을”과 협의하여 계약을 체결한 경우 예외로 한다] 제7조(사업부지 토지 기계약 체결한 토지매수상 권리)

① 본 계약서의 체결과 동시 “갑”이 토지주와 매입계약을 체결한 매입계약상 매수권리 일체에 대하여 “을”의 소유 및 권리로 한다. 또한 “을”은 “갑”이 토지주와 매입계약상 계약조건에 대하여 자동 승계한다.

② “갑”이 현지까지 토지매입계약한 토지 매수자의 명의를 “갑”에서 “을”의 명의로 계약서를 변경하여 준다. 제13조(특약사항)

② “을”은 △△ B 지역주택조합 추진위원회의 총회의 의결에 따라 본 계약을 체결하였으며, 추후 지역주택조합설립인가 전․후의 조합원 총회에서 본 계약에 대하여 “을”의 책임하에 조합이 승계의결을 득하기로 한다.

③ “을”이 조합원 총회에서 본 계약에 대하여 승계의결을 득하지 못하여 본 계약이 해지시 “갑”에게 일체의 손해배상을 청구하지 않기로 하고 “을”은 “갑”에게 본 계약서 제3조의 금액을 즉시 지급키로 한다.

④ 제4조[양도/양수 및 토지용역비 지급에 대하여 “갑”이 조합설립 미인가인 관계로 세금계산서를 발행할 수 없어 업무대행사인 청구법인에게 세금계산서를 발행하여 청구키로 한다. 청구법인은 “갑”이 조합설립인가 후에는 “갑”에게 인계한다]

⑤ △△ B 지역조합규약 조합원가입계약서, 신탁사의 대리사무계약서 등을 참조하여 “갑”이 신탁사에 청구하여 신탁사에서 “을”에게 직접 지급한다. 2014.6.. 양도인(갑): ㈜J디앤씨 (날인) 양수인(을): 가칭지역주택조합 추진위원회 (날인) 입회자(병: 업무대행사): 청구법인 (날인)

5. 처분청의 조사내용

  • 가) 청구법인에 대한 부가가치세 환급 현장확인보고서 내용 2014.8월 처분청의 청구법인에 대한 부가가치세 환급 현장확인보고서에 의하면, 청구법인이 제출한 청구법인과 (가칭)지역주택조합 간의 계약서 등을 근거로 처분청은 청구법인에 대한 현장확인결과, 청구법인의 고유업무인 대행용역을 수행하기 위한 매입세금계산서 153,110천원에 대한 매입세액공제는 적정한 것으로 판단하고, 청구법인이 ㈜A디앤씨외 6개 업체로부터 수취한 쟁점세금계산서 3,955백만원은 사업주체인 (가칭)지역주택조합이 부담할 비용이므로 토지관련 매입 1,154백만원에 대한 매입세액, 나머지 2,801백만원에 대한 과·면세 공통매입세액으로 보아 과·면세 면적비율에 따라 안분계산한 면세관련 매입세액을 불공제한 것으로 나타난다. 한편, 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서는 청구법인과 (가칭)지역주택조합간에 체결한 “업무대행 용역계약서상” (가칭)지역주택조합의 이 건 주택건설사업 시행관련 시행자로서의 업무와 관련된 것으로 청구법인이 (가칭)지역주택조합으로부터 업무대행료로 받은 내역은 확인되지 않으며, 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서에 대해 수취한 시기에 (가칭)지역주택조합에게 세금계산서를 교부한 사실도 확인되지 않는다. 부가가치세 (일반)환급 현장확인 보고서
4. 현장확인 내용
  • 가. 현장확인 경위

○ 사실과 다른 세금계산서 수취 혐의

  • 나. 확인내용

1. 사실관계 가) (가칭)△△ B 지역주택조합 추진위원회[조합장 K, 이하 “(가칭) 지역주택조합”이라 한다)]은 ○○ △△구 355-30호외 다수필지에 국민주택규모 이하의 공동주택 935세대(일부 시프트 예정)의 건축을 위해 조합원 모집 중임 나) (가칭)지역주택조합은 현장 확인일 현재 조합원 모집이 약 423명(약 50%)에 불과하여 조합원의 구성요건 등의 미충족으로 조합설립인가를 받지 못하여 세금계산서 등을 수취할 수 없음

• 토지 취득등기 불가[(가칭)지역주택조합과 가계약, 청구법인 업무대행]

• 계좌개설 불가[㈜C신탁의 계좌로 입출금]

• (가칭)지역주택조합의 명의로 분양계약서 작성[조합원과 가계약, 청구법인 업무대행] 다) 조합설립지연으로 2014.5.19. 청구법인과 업무대행 용역계약을 체결

• 청구법인은 가칭지역주택조합의 사업권양도양수 및 토지용역 계약, 조합원 모집 용역, 건축물 설계용역, ㈜C신탁과의 자금관리 대리사무계약 및 모델하우스 건축 등을 함에 있어 업무대행자로 참여함

• 청구법인 명의로 세금계산서를 수취하고, 2014년 제1기 확정신고를 하면서 부가가치세 410백만원 환급 신청함 라) 대금 수수관계

• 조합원 업무활동비, 분양대금(계약금): ㈜C신탁 계좌에 입금

• 청구법인이 거래처에 선지급한 경우 청구법인과 (가칭)지역주택조합이 ㈜C신탁에 자금집행청구서를 작성 하여 제출하면 ㈜C신탁은 청구법인의 계좌로 송금

• 청구법인이 거래처에 미지급한 경우 청구법인과 (가칭)지역주택조합이 ㈜C신탁에 자급집행청구서를 작성 하여 제출하면 ㈜C 신탁이 청구법인의 거래처에 직접 송금함 마) 청구법인은 (가칭)지역주택조합이 설립요건 충족으로 조합설립이 되고 사업자 등록이 되면 청구법인은 같은 금액으로 세금계산서 발행하고, (가 칭) 지역주택조합은 면세관련 매입세액불공제할 예정임

2. 매출: 해당 없음

3. 매입

  • 가) 주요 매입처 현황 (단위: 천원) 거래처 거래내역 세금계산서 내역 검토내역(계약내역 등) 일자 공급가액 ㈜J디앤씨 사업권 양도비 및 지주작업비 2014.06.30. 900,000 계약금 (계약총액 90억원) 토지관련 354,545천원 ㈜A디앤씨 분양모집 수수료 등 2014.05.29. 외 1,639,552 704세대 18억원 업무대행비 별도 ㈜G이엔씨건축사 설계용역 및 지구단위용역 등 2014.05.28.외 835,843 계약총액 51억원 건축설계 계약금 지구단위용역 8억 ㈜L에스디 모델하우스 2014.06.30 400,000 계약총액 4억원 진척 100% M실사 현수막 2014.06.07.외 117,250 117백만원 진척 100% N건업 비계공사대 2014.06.30. 41,445 41백만원 진척 100% ㈜O파트너스 도우미인건비 2014.06.05. 20,910 20백만원 진척 100% 계 3,955,000 (토지관련 매입 1,154,545천원)
  • 나) 확인내용

• 청구법인은 ○○ △△구 355-30외 다수필지에 대하여 지역 주택조합(미인가)과 업무대행용역계약을 체결하고 행정업무대행 등을 주로 하는 법인으로

• (가칭)지역주택조합과 청구법인이 체결한 업무대행용역계약서에 의하면 청구 법인은 조합관련 행정 지원업무, 사업관련 제반 인·허가 업무, 모 델하우스의 건립 및 지원업무, 공사도급계약·사업권양수도·설계·감리 등 각종 용역계약 체결 지원업무를 하는 것으로 확인되는바, 실질적으로 대금 집행업무 등을 보면 청구법인의 승낙이 없으면 불가능하고 관련업무의 모든 행위를 청구 법인이 주도한 것으로 보이는 만큼 사실과 다른 세금 계산서로 보기는 어려움

• 청구법인의 매입세금계산서 중 주요 매입처 이외의 통신비, 사무용품 (컴퓨터 및 주변기기) 등은 업무대행용역과 관련된 것으로 청구법인의 업무라 할 것이므로 매입세액공제는 적정함

• 다만, (가칭)지역주택조합이 추진하고 있는 지역주택 신축업무는 국민주택규모 이하의 주택관련 면세업무와 상가관련 과세업무가 포함되어 있는바, 청구법인이 주장하는 것처럼 단순 용역제공에 대한 대가가 아니라 실질적 으로 조합이 사업자등록을 할 수 없는 등 부득이한 사정으로 인하여 청구법인의 주도하에 사업주체인 (가칭)지역주택조합의 업무를 수행한 것에 불과하므로 실질적으로 조합의 업무라 할 것이므로 공통매입세액에 대하여 과·면세 면적비율로 안분한 면세관련매입세액은 불공제 대상임 ※ 신축계획안(140,817.28㎡)에 따른 과세(상가) 면세(국민주택) 비율 상가(14,791.51㎡): 주택(126,025.77㎡) = 10.51(과세): 89.49(면세)

5. 현장 확인자 의견

1) 상기 확인내용과 같이 청구법인의 고유업무인 대행용역을 수행하기 위한 매입 세금계산서 153,110천원에 대한 매입세액공제는 적정한 것으로 판단됨 2) 다만, 청구법인이 상기 ㈜A디앤씨외 6개 업체로부터 수취한 매 입 세금계산서 3,955백만원은 사업주체인 (가칭)지역주택조합이 부담할 비용이므로 토지관련 매입 1,154백만원에 대한 매입세액은 불공제하고, 나머지 2,801 백 만원은 과·면세 공통매입세액으로 보아 과·면세 면적비율에 따라 안분 계산한 면 세관련매입세액은 불공제하고 이 건 종결하고자 합니다.

2014. 8..

  • 나) 처분청이 청구법인 및 (가칭)지역주택조합 추진위원회로부터 받은 확인서 처분청은 위 현장확인 보고서의 조사내용에 따라 청구법인과 (가칭)지역주택조합으로부터 확인서를 받은바, 그 내용은 다음과 같다.

(1) 청구법인으로부터 받은 확인서 청구법인이 제출한 청구법인이 2014.9.3.자로 처분청에 확인해준 “㈜J씨앤디 업무대행 확인서”에 의하면, 그 주요 확인내용은 2014.5.19.자 청구법인이 가칭지역주택조합 추진위원회와 체결한 “업무대행 용역계약서”상 제4조(계약 당사자의 역할 및 업무)의 내용에 ② 4.를 추가한 것이고, “모든 용역 업무 전반의 의사결정 권리와 책임은 청구법인에 있고, 실제 청구법인이 수행하고 있음을 확인한다”라고 나타난다. ㈜J씨앤디 업무대행 확인서 사업명: △△ B 지역주택 조합 아파트 및 부대복지시설 신축사업(이하 “본 사업”)에 대하여 용역의뢰인 △△ B 지역주택조합 추진위원회 K (이하 “갑”이라 한다)과 “갑”의 조합관련 업무 일체에 대하여 용역수급인 청구법인 대표이사 D(이하 “을”이라 한다)은 본 사업의 안정적이고 원활한 개발업무를 진행하기 위하여 신의성실에 의거 업무대행용역계약(이하 “본 계약”)을 2014.5.19.자로 체결하였다. “갑”, “을”은 사업의 성공적인 수행을 위하여 역할 및 업무를 분담하고 상호 협력하기로 하였다.

① “본 계약”의 위임자로서 “갑”의 역할 및 업무범위는 다음과 같다.

1. ~

13. [※청구법인과 (가칭)지역주택조합간의 2014.519.자 “업무대행 용역 계약서” 참조]

② “본 사업”의 업무대행자로서 “을”의 역할 및 업무범위는 다음과 같다.

1. ~

3. [※청구법인과 (가칭)지역주택조합간의 2014.519.자 “업무대행 용역계약서” 참조]

4. 영역 업무 전반의 총 대행

1. 용역의 필요성 검토와 결정

2. 거래처 선정

3. 업무 추진

4. 기안서․견적서의 회수 및 분석

5. 용역사와 계약체결

6. 제반 의사결정 및 최종 승인

7. 관련 업무에 대한 책임 위와 같이 모든 용역 업무 전반의 의사결정 권리와 책임은 청구법인에 있고, 실제 청구법인이 수행하고 있음을 확인한다. 2014.9.3. 청구법인 (날인)

(2) 가칭지역주택조합 추진위원회로부터 받은 확인서 청구법인이 제출한 (가칭)지역주택조합 추진위원회가 2014.9.3.자로 처분청에 확인해준 “△△ B 지역주택조합 추진위 업무위탁 확인서”에 의하면, 그 주요 확인내용은 2014.5.19.자 청구법인이 (가칭)지역주택조합 추진위원회와 체결한 “업무대행 용역계약서”상 제4조(계약 당사자의 역할 및 업무)의 내용에 ② 4.를 추가한 것이고, “모든 용역 업무 전반의 의사결정 권리와 책임은 청구법인에 있고, 실제 청구법인이 수행하고 있음을 확인한다”라고 나타난다. △△ B 지역주택조합 추진위 업무위탁 확인서 사업명: △△ B 지역주택 조합 아파트 및 부대복지시설 신축사업(이하 “본 사업”)에 대하여 용역의뢰인 △△ B 지역주택조합 추진위원회 K (이하 “갑”이라 한다)과 “갑”의 조합관련 업무 일체에 대하여 용역수급인 청구법인 대표이사 D(이하 “을”이라 한다)은 본 사업의 안정적이고 원활한 개발 업무를 진행하기 위하여 신의성실에 의거 업무대행용역계약(이하 “본 계약”)을 2014.5.19.자로 체결하였다. “갑”, “을”은 사업의 성공적인 수행을 위하여 역할 및 업무를 분담하고 상호 협력하기로 하였다.

① “본 계약”의 위임자로서 “갑”의 역할 및 업무범위는 다음과 같다.

1. ~

13. [※청구법인과 (가칭)지역주택조합간의 2014.519.자 “업무대행 용역계약서” 참조]

② “본 사업”의 업무대행자로서 “을”의 역할 및 업무범위는 다음과 같다.

1. ~

3. [※청구법인과 (가칭)지역주택조합간의 2014.519.자 “업무대행 용역계약서” 참조]

4. 영역 업무 전반의 총 대행

1. 용역의 필요성 검토와 결정

2. 거래처 선정

3. 업무 추진

4. 기안서․견적서의 회수 및 분석

5. 용역사와 계약체결

6. 제반 의사결정 및 최종 승인

7. 관련 업무에 대한 책임 위와 같이 모든 용역 업무 전반의 의사결정 권리와 책임은 청구법인에 있고, 실제 청구법인이 수행하고 있음을 확인한다. 2014.9.3. (가칭)지역주택조합 추진위원회 (날인)

6. 청구법인이 제출한 지역주택조합지역 특성 업무흐름 등

  • 가) 지역주택조합의 특성 지역주택조합은 무주택자의 주택마련을 지원하기 위하여 주택법에서 규정하고 있는 주택조합으로써, 노후불량 건물의 재건축과 도심재개발의 재개발을 규정하고 있는도시및주거환경정비법(이하 ‘도정법’이라 한다)상의 주택조합인 정비사업조합(통상 ‘재건축조합’과 ‘재개발조합’을 통칭함)과는 그 성격을 달리하고 있다. 정비사업조합의 경우, 도정법제18조 규정에 의거 법인으로 등록하여야 하나, 지역주택조합은 관련 근거법인 주택법에서 그 법인등록 규정이 없는 바, 법인으로 등록이 불가능하고 기타단체로 존재하게 되며, 세무상으로도 도정법에 근거한 정비사업조합은 법인으로 의제되나, 주택법에 근거한 지역주택조합은 법인이 아닌 개인공동사업으로 보고 있다(재정경제부조세정책과-717, 2007.6.11, 서면인터넷방문상담1팀-1389, 2007.10.11 참조).
  • 나) 지역주택조합의 운용 지역주택조합제도는 일정한 지역 내에 거주하는 무주택 또는 전용면적 85㎡이하의 주택 1채를 소유한 세대주로 구성된 조합원이 자발적으로 조합을 구성하여 공동으로 토지를 매입하고, 시공사를 선정해 주택을 건설하는 제도이다. 지역주택조합의 경우 주택법 규정에서는 조합이 시행사가 되어 토지를 취득하고, 시공사를 선정하여 주택을 건설하는 것으로 규정하고 있으나, 실제는 조합이 설립되기 이전 사업초기인 추진단계에서 법률에서 규정하고 있는 조합 업무의 대부분이 이루어진다 할 것이다. 지역주택조합을 설립하기 위해서는

• 최초 사업대상 부지의 선정 작업,

• 사업부지의 80% 이상 확보(사용동의 또는 매수계약체결 등),

• 자치구청과 ○○시로부터 지구단위계획의 승인,

• 또한, 건축설계 등 사업계획을 수립,

• 주택예정건설세대수의 50% 이상의 주택법상 자격을 갖춘 조합원을 모집하여 지역주택조합의 설립인가 신청 등 조합설립 전에 이루어져야 하는 조합설립 추진업무가 매우 중요하고, 그 절차 또한 매우 까다롭다. 법률적으로는 상기의 절차들이 시행사인 조합이 건축주가 되어 행정용역사인 업무대행사를 선정하고, 공사도급업체인 시공사를 선정하여야 하나, 현실적으로는 지역주택조합의 설립 전에 상기의 모든 업무가 이루어져야 하는바, 추진위원회로부터 업무위임을 받은 업무대행사가 상기의 모든 업무를 위임받아 수행하게 되며, 시공사와의 공사도급계약 등 조합원 모집 이전에 추진위원회 명의(업무대행사는 입회인 혹은 업무대행사로 ‘갑’과 ‘을’이 아닌 ‘병’의 지위로 계약서에 날인함)로 이루어진 모든 계약은 조합원 모집 후 조합설립인가를 받은 다음에 지역주택조합이 계약을 그대로 승계하는 형식을 취하고 있다(자금관리대리사무계약서 참조).

  • 다) 지역주택조합의 성공여부 지역주택조합은 상기에서 설명한 바와 같이, 조합설립 전에 사업부지의 선정, 사업부지 내 토지의 80% 이상 확보, 조합원 모집 등의 업무가 사전에 이루어져야하는바, 사업성공 여부를 확신할 수 없는 초기 단계에서 자금부족과 사업성공여부에 대한 회의 등으로 인하여 많은 시행착오를 겪는 것이 통상의 지역주택조합 추진위원회이다. 그러므로 지역주택조합의 성공여부는 조합원의 원활한 확보, 사업부지내의 토지(사용승낙)의 원활한 획득, 가입조합원의 성실한 분담금 납부 및 업무대행사의 사업수행 능력 등에 달려 있다 할 것이다.
  • 라) 청구법인의 업무범위 청구법인은 부동산개발 등을 주목적으로 하는 법인으로 2014.5.19. (가칭)지역주택조합 추진위원회와 “업무대행 용역계약서”를 체결함으로써 (가칭)지역 주택조합 추진위원회의 업무대행사 업무를 맡고 있는바, 청구법인이 수행하는 업무는 대부분이 대행사로서 (가칭)지역주택조합 추진위원회의 업무지원 및 관리가 대부분이라 할 것이다.
  • 마) 청구법인의 실제업무 흐름 청구법인이 수행하는 업무는 크게 두 가지로, 그 하나는 (가칭)지역주택조합 추진위원회와의 업무대행 용역계약에 의거 (가칭)지역주택조합 추진위원회가 위임하는 업무를 수행하는 것(대행업무)이며, 두 번째는 고유업무로서 부동산 관련 업무(아직 실적은 없음)와 (가칭)지역주택조합 추진위원회에 대행위탁용역업무를 수행하고 추진위원회로부터 그 대행위탁수수료를 수령하는 것(자체업무)이다. 첫 번째, 추진위원회의 위임(대행)업무와 관련하여, 청구법인은 (가칭)지역주택조합 추진위원회가 위임하는 업무를 수행하고, 업무수행 완료 후 (가칭)지역주택조합 추진위원회에 대금결제를 청구하게 되며, (가칭)지역주택조합 추진위원회는 확인 후 그 대금을 ㈜C신탁에 자금의 집행을 요청하게 되며, ㈜C신탁의 자금집행으로 용역대금을 수령하여 용역제공업체에 다시 지급하거나 혹은 ㈜C신탁이 그 용역제공업체에 직접 대금을 지급함으로서 위임받은 업무를 완료하게 된다. 이 업무에 있어 용역제공업체와의 계약은 ‘갑’[(가칭)지역주택조합 추진위원회], ‘을’(용역제공업체), ‘입회인(업무대행자인 청구법인)’의 3자가 공동으로 계약서를 작성하게 된다(지구단위계획 용역계약서 사본 참조). 이러한 추진위원회의 위임을 받아 수행되는 대행위탁업무는 지역주택조합의 특성상 조합설립 이전에 이루어져야 하는바, 인가 후 설립된 조합명의로 계약서 작성이 원천적으로 불가능하고 더욱이 조합명의의 세금계산서 수수도 불가능하기 때문에 청구법인이 업무대행 용역계약에 의거 청구법인 명의로 세금계산서를 수수하게 되고, 추후 조합설립이 이루어지면 포괄승계계약에 의거 청구법인이 각 용역별로 다시 조합으로 전액 과세세금계산서를 발행하게 된다. 이때, 조합에서는 토지관련 매입세액은 전액 불공제처리하고, 과ㆍ면세사업과 관련된 매입세액은 그 구분 기준에 따라 공통매입세액 불공제처리하게 된다. 이러한 지역주택조합의 업무대행사(청구법인)를 통한 대행업무의 업무흐름을 간단한 그림으로 표시하면 다음과 같고, 이 건 불복청구의 대상이 되고 있는 것이 전부 상기의 대행업무에 해당되는 것들이다. 두 번째, 자체업무로서 부동산 관련업무(아직 실적 없어 설명 생략)와 대행수수료용역과 관련하여, 대행수수료 수령용역은 추진위원회의 위임업무를 수행하고, 추진위원회(실제는 조합설립인가 후 조합)로부터 업무대행수수료를 청구하여 수령하게 된다. 이러한 청구법인의 자체업무에 해당하는 단순한 업무대행수수료 업무의 업무흐름을 간단한 그림으로 표시하면 다음과 같다.
  • 라. 판단 먼저, 청구법인이 업무대행사 역할을 한 것인지, (가칭)지역주택조합 또는 시행사 역할을 한 것인지에 대해 살펴본다. 이 건의 경우, 2014.5.15. (가칭)지역주택조합 추진위원회가 ㈜C신탁에게 자금관리 대리사무를 위임하면서 작성한 “(가칭)△△ B 지역주택조합 아파트 신축사업 자금관리 대리사무 계약서”에 의하면, (가칭)지역주택조합 추진위원회가 시행사로서 사업부지 확보 및 소요자금 조달, 공사비, 각종 용역비, 제세공과금 등 이 건 주택건설사업 수행시 발생하는 일체의 비용을 부담하는 것으로 나타나고, 청구법인은 단지 (가칭)지역주택조합 내지 조합의 업무를 대행하는 자로서 청구법인의 모든 행위는 (가칭)지역주택조합 내지 조합에 귀속되는 것으로 나타나는 점, 2014.5.19. 청구법인이 (가칭)지역주택조합 추진위원회와 체결한 “업무대행 용역 계약서”에 의하면, 청구법인은 (가칭)지역주택조합의 업무대행자로서 “(가칭)지역주택조합 추진위원회로부터 위임받은 조합관련 행정 지원업무, 사업관련 제반 인·허가 업무, 주택홍보관의 건립 및 운영 지원업무, 공사도급계약․사업권양수도․설계․감리 등 각종 용역계약 체결 지원업무 등”을 수행하기로 한 것으로 나타나고, 청구법인이 직접 이 건 주택건설사업을 시행한다는 사실이 확인되지 않는 점, 2014.6.3. 시행자 (가칭)지역주택조합 추진위원회와 조합원 F 간에 작성한 “(가칭)지역주택조합 조합가입 및 조합업무대행 계약서”에 의하더라도 청구법인은 업무대행사로 서명날인한 점, 2014.6. 미상일자에 (가칭)지역주택조합 추진위원회가 ㈜J디앤씨로부터 주택건설 사업지의 사업시행권 및 토지매입 계약상 권리(미매입 토지 포함)를 9,900,000천원(부가가치세 별도)에 양수하면서 작성한 “사업권양도양수 및 토지용역계약서”에 의하면, 청구법인은 업무대행사로 서명 날인한 것으로 나타나고, 양수인은 (가칭)지역주택조합 추진위원회로 나타나며, (가칭)지역주택조합이 본 계약 체결 이후 본 사업에 필요한 자금 일체를 조달하는 책임을 지며 본 개발사업의 시행주체로서 사업의 시행에 관한 일체의 권한을 갖는 것으로 나타나고, 또한, 특약사항 제13조제3항은 “(가칭)지역주택조합이 조합원 총회에서 본 계약에 대하여 승계의결을 득하지 못하여 본 계약 해지시 ㈜J디앤씨에게 일체의 손해배상을 청구하지 않기로 하고 (가칭)지역주택조합은 ㈜J디앤씨에게 본 계약서 9,900,000천원의 금액을 즉시 지급키로 한다”라고 하여 본 계약의 이행책임은 (가칭)지역주택조합에 있는 것으로 나타나는 점, (가칭)지역주택조합이주택법제9조에 따라 주택건설사업자로 국토교통부장관에 등록한 사실, 같은 법제16조에 따른 주택건설사업계획의 승인을 받은 사업주체에 해당하는 사실, 같은 법 제32조에 따른 관할구청장의 지역주택설립인가를 받은 사실 등이 나타나지 않으나, 청구법인이 (가칭)지역주택조합 또는 시행사에 해당한다는 객관적인 증거도 없는 점 등 이상의 사실관계를 종합하면, 청구법인은 단지 (가칭)지역주택조합의 업무대행사 역할을 하였다고 보여지고, (가칭)지역주택조합 또는 시행사의 역할을 하였다고 보기는 어렵다고 판단된다. 다음으로, 쟁점세금계산서가 토지관련 및 과세․면세 공통매입관련 세금계산서에 해당하는지 여부에 대해 살펴본다. 살피건대, 처분청이 청구법인이 (가칭)지역주택조합 또는 시행사의 역할을 한 것으로 보아 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서 3,955,000천원 중 ① 1,154,545천원은 토지관련 매입세금계산서로서 관련 매입세액 115,454천원을 토지관련 매입세액으로 보아 불공제하고, ② 2,800,455천원은 추후 설립될 조합관련 과세·면세 공통매입 세금계산서로서 면세관련 면적비율 89.48%로 안분계산한 매입세액 250,619천원을 면세관련 매입세액으로 보아 불공제하는 방법으로 이 건 처분하기 위해서는 ○○ △△구 335-30번지 일대 주택건설사업에서 청구법인이 (가칭)지역주택조합 또는 시행사의 역할을 한 것에 해당되어야 할 것인바(심사부가2009-0035, 2010.3.9. 참조), 위에서 살펴본바와 같이, 청구법인은 (가칭)지역주택조합 또는 시행사의 역할을 하였다기보다는 (가칭)지역주택조합의 업무대행사 역할을 하였다고 봄이 상당함에도 청구법인이 (가칭)지역주택조합 또는 시행사의 역할을 한 것으로 보아 처분청이 이 건 쟁점세금계산서에 대하여 토지관련 매입세액 및 과세․면세 공통매입세액 중 면세 관련 매입세액을 불공제하는 방법의 이 건 처분은 합리적인 과세방법으로 보기 어려워 보인다. 그러나, 다른 한편으로 살피건대,부가가치세법제39조제1항제2호는 “발급받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하고 있어 자신의 사업을 위한 용역을 제공받고 세금계산서를 수취한 것으로 보기 어려운 경우에는 그 매입세액을 불공제하여야 할 것인바(조심2008서3310, 2009.06.30. 참조), 이 건의 경우, 청구법인은 단지 (가칭)지역주택조합 내지 조합의 업무를 대행하는 자로서 청구법인의 모든 행위는 (가칭)지역주택조합 내지 조합에 귀속되는 것으로 나타나고 있어 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서는 청구법인 자신의 사업과 관련된 것이 아닌 점, 청구법인이 ㈜A디앤씨외 6개 업체로부터 수취한 쟁점세금계산서 3,955,000천원은 시행사인 (가칭)지역주택조합 추진위원회가 부담할 비용으로서, 이 건 주택건설사업 시행자인 (가칭)지역주택조합 추진위원회의 업무와 관련된 것일 뿐만 아니라 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서에 대해 수취한 시기에 (가칭)지역주택조합 추진위원회에게 세금계산서를 교부한 사실도 확인되지 않는 점(조심2010전3637, 2011.2.7., 같은 뜻), 업무대행이란 “남을 대신하여 그 업무를 행한다”는 의미이므로 그 자체로 자신의 업무로 보기 어려운 측면이 있는 점(조심2008서3310, 2009.06.30., 같은 뜻), (가칭)지역주택조합 추진위원회가 추진하고 있는 이 건 주택건설사업의 부가가치세 과세․면세사업을 하기 위해서는 (가칭)지역주택조합 추진위원회 자신이 사업자등록을 하거나(서면인터넷방문상담3팀-1508, 2007.5.16. 같은 뜻), 부가가치세법 시행령제12조제2항에 따른 사업자등록번호에 준하는 고유번호를 부여받아 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역을 공급받은 경우에는부가가치세법제32조제1항제2호에 따라 공급받는 자인 (가칭)지역주택조합 추진위원회 자신의 사업자등록번호 또는 고유번호를 적어 쟁점세금계산서를 수취하여야 함에도 (가칭)지역주택조합 추진위원회의 업무대행사인 청구법인이 수취한 점 등 이상의 관련법령과 사실관계를 종합하면, (가칭)지역주택조합 추진위원회의 사업과 관련한 쟁점세금계산서를 청구법인이 자신의 사업과 관련 없이 수취한 이상 사실과 다른 세금계산서를 수취한 것에 해당하여 관련 매입세액 전부가 불공제되는 것이고, 이 건 매입세액 불공제액도 사실과 다른 세금계산서의 수취에 따른 전부 불공제되는 매입세액에 포함되는 이상 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)