단순히 확인서만에 의한 것이 아니라 실지 매입하였다고 볼 만한 거래대금의 증빙이 없다는 사실에 근거한 과세는 정당함

이 건 심사청구는 기각합니다.

가. 청구인은 2009.5.12.부터 ○○ △△시 976-6번지에서 ‘A횟집’(이하 “쟁점사업장”이라 한다)을 운영하는 사업자이다. 나. 처분청이 2014.4.부터 2014.4.20.까지 실시한 쟁점사업장에 대한 세무조사 결과, 2010년 제1기부터 2012년 제2기 과세기간의 매출액 89,599천원에 대한 부가가치세 및 종합소득세 신고누락, 가공매입 계산서 6매 수취금액 91,000천원(B호 20,000천원, C농산 21,000천원, D상회 50,000천원, 이하 업체는 “쟁점매입처”, 가공매입 계산서는 “쟁점계산서”라 한다)에 대한 필요경비 부인 및 의제매입세액 불공제, 종업원에 지급한 인건비 183,160천원에 대한 원천징수누락, 기타사항을 확인하고, 2014.6.3. 2010년 제1기부터 2012년 제2기까지 과세기간의 부가가치세 25,244,520원, 2010년부터 2012년까지의 과세연도의 종합소득세 8,844,120원, 2010년부터 2012년까지의 원천세(근로소득세) 4,199,030원, 합계 38,287,670원을 경정고지하였다. 다. 청구인은 경정고지세액 중 부가가치세 25,244,520원, 종합소득세 8,844,120원, 합계 34,088,640원에 대해 불복하여 이의신청을 거쳐 2014.12.22. 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인이 이 건 세무조사 당시 쟁점계산서를 실제거래 없이 수취하였다고 ‘가공매입 확인서’에 서명하였으나, ‘납품사실 확인서’ 및 ‘사실확인서’에 의해 실지 거래한 사실이 확인됨 가. 처분청의 쟁점사업장에 대한 세무조사 당시 청구인이 선임한 회계사(E)가 “처분청이 요구하는 ‘가공매입 확인서’에 서명하면, 세무조정을 통해 청구인에게 큰 불이익이 없을 것이다”라고 하여 청구인은 이를 믿고 ‘가공매입 확인서’에 서명하였으나, 처분청은 위 확인서를 근거로 쟁점계산서상 거래내역 전부를 부인하고 이 건 처분하였다. 나. 그러나, 현금거래 및 연계납품방식으로 인해 청구인의 계좌상 쟁점계산서의 매입대금 지출내역이 확인되지 않을 수 있어 쟁점매입처로부터 ‘납품사실 확인서’ 및 ‘사실확인서’를 받아 제출하는바, 쟁점계산서는 실제 거래에 따라 수취한 것이다. 다. 쟁점매입처가 수산물 및 과채류를 공급하고 관련 계산서를 과세관청에 신고한 사실이 있고, 쟁점사업장은 수산물과 과채류를 사용하지 않고는 영업을 할 수 없는 사업장이므로 청구인이 쟁점매입처로부터 쟁점사업장에 필수적으로 필요한 물품을 구입하고 수취한 쟁점계산서상 금액은 당연히 필요경비로 인정하여야 하며, 쟁점매입처에 대한 조사 없이 단지 가공매입 확인서만으로 한 이 건 처분은 부당하다.

청구인의 통장 입․출금내역상 쟁점매입처에 대금을 지급한 사실이 없을 뿐만 아니라 세무조사 당시 청구인이 쟁점계산서에 대해 가공매입 사실을 확인하였음 가. 처분청은 청구인이 서명한 ‘가공매입 확인서’만이 아니라, 청구인이 쟁점매입처에 실제 대금을 지급하였는지 여부, 쟁점계산서상 거래에 대한 적격증빙 수취 여부 등을 확인하고 이들을 종합적으로 검토하여 실제 거래가 없었다고 판단하여 이 건 처분한 것이다. 나. 따라서, 쟁점사업장의 특성상 청구인이 수산물과 과채류를 현금으로 구입하여 구체적인 증빙이 없을 수 있다고 보아 쟁점계산서상 거래내역이 쟁쟁점사업장에 필수적인 비용이므로 납품사실 확인서 및 사실확인서로 이를 실제 거래로 인정하여야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁점 세무조사 당시 실제 거래 없이 수취하였다고 인정하였다가 번복한 쟁점계산서가 실제 거래를 하고 수취한 것인지 여부
• 나. 관련법령 1) 국세기본법 제16조 【근거과세】

① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다. 2) 소득세법 제27조 【사업소득의 필요경비의 계산】

① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다. <개정 2010.12.27>

② 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대해서는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다.

③ 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 3) 부가가치세법 제42조 【면세농산물등 의제매입세액 공제특례】

① 사업자가 제26조 제1항 제1호 또는 제27조 제1호에 따라 부가가치세를 면제받아 공급받거나 수입한 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물(이하 “면세농산물등”이라 한다)을 원재료로 하여 제조ㆍ가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급에 대하여 부가가치세가 과세되는 경우(제28조에 따라 면세를 포기하고 영세율을 적용받는 경우는 제외한다)에는 면세농산물등을 공급받거나 수입할 때 매입세액이 있는 것으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다.

② 제1항은 사업자가 제48조 및 제49조에 따른 신고와 함께 대통령령으로 정하는 바에 따라 면세농산물등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하는 경우에만 적용한다. 4) 부가가치세법 시행령 제84조 【의제매입세액 계산】

③ 법 제42조제1항에 따라 매입세액을 공제받으려는 사업자는 기획재정부령으로 정하는 의제매입세액 공제신고서와 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 서류를 관할 세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 다만, 제조업을 경영하는 사업자가 농어민으로부터 면세농산물등을 직접 공급받는 경우에는 의제매입세액 공제신고서만 제출한다.

1. 소득세법제163조 또는법인세법제121조에 따른 매입처별 계산서합계표

2. 기획재정부령으로 정하는 신용카드매출전표등 수령명세서

⑤ 제3항에 따른 매입세액의 공제에 관하여는 제74조와 제75조를 준용한다. 5) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 6) 부가가치세법 시행령 제75조 【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제】 법 제39조제1항제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

• 다. 사실관계

1. 처분청이 이 건 과세가 정당하다며 제출한 증빙

• 가) 부가가치세 및 종합소득세 경정내역 처분청이 쟁점사업장에 대한 세무조사 당시 확인한 부가가치세 및 종합소득세 신고내역과 세무조사 결과 확인한 내역은 다음과 같다. 〈 부가가치세 신고 및 확인내역〉 (단위: 백만원) 구분 기별 당초신고 확인내역 고지세액 매출 매입 (의제매입) 실납부 세액 매출누락 가공매입 (가공의제매입) 계 합계 1,311 1,140 (889) 20 89 99 (91) 188 25 2012.1기 225 188 (150) 3.8 15 25 (25) 40 4.8 2012.2기 233 204 (166) 3.1 10

• 10 1.2 소계 458 392 (316) 6.9 25 25 (25) 50 6 2011.1기 216 193 (152) 3.1 17 21 (21) 38 5.1 2011.2기 227 193 (145) 3.9 15 25 (25) 40 5.1 소계 443 386 (297) 7 32 46 (46) 78 10.2 2010.1기 197 168 (132) 3.5 16

• 16 2.4 2010.2기 213 194 (144) 2.6 16 28 (20) 44 6.4 소계 410 362 (276) 6.1 32 28 (20) 60 8.8 가공매입 28백만원과 가공의제매입 20백만원과의 차액 8백만원은 가공세금계산서 수취금액임 ※ 매입란의 의제매입, 확인내역란의 가공의제매입은 () 내서 표기 〈 종합소득세 신고 및 확인내역〉 (단위: 백만원) 구분 연도별 신고 유형 당초신고 확인내역 고지세액 수입 금액 필요경비 소득금액 납부 세액 확인 (매출+매입) 인건비추인 가감 확인소득 계 1,314 1,245 68 3.7 203 (15) △ 183 20 8.8 2012년 외부조정 449 423 26 1.3 65(15 ) △62.4 2.6 2.6 2011년 추계 (기준율) 449 427 21 1.1 78 △66.7 11.3 4.3 2010년 추계 (기준율) 416 395 21 1.3 60 △53.9 6.1 1.9 2012년 확인금액 65백만원 = (경정확인 50백만원 + 부가세 수정신고금액 15백만원 미합산신고)

• 나) 처분청이 청구인으로부터 확인한 ‘가공매입 확인서’내역 처분청이 세무조사 당시 쟁점사업장의 계산서 수취내역 중 쟁점매입처의 경우 거래대금의 증빙이 없음에 따라 “실제 거래사실 없이 아래 3곳의 쟁점매입처로부터 쟁점계산서 91,000천원을 수취하여 부가가치세 등의 신고를 하였음을 확인합니다”라는 내용의 확인서를 2014.4.17. 청구인으로부터 직접 서명을 받았는바, 쟁점매입처의 세적사항과 쟁점계산서 수취내역은 다음표와 같다. 〈쟁점매입처 세적내역 및 쟁점계산서 내역〉 (단위: 백만원) 사업장소재지 상호 업종 대표자 개업일 (폐업일) 과세 기간 매수 공급 가액 합 계 6 91 △△ B호 어업/ 연안자망 F ’06.10.19. (계속) 2010.2기 1 20 ◇◇ C농산 도매/ 과실 G ’98.01.01. (’12.09.30) 2011.1기 2 21 ◇◇ D상회 (중앙청과121) 도매/ 과실 H ’06.08.07. (계속) 2011.2기 2 25 2012.1기 1 25

2. 청구인이 이 건 처분이 부당하다며 이의신청 시 제출한 증빙 등

• 가) 청구인이 제출한 납품사실 확인서 요약 청구인은 세무조사 당시 쟁점계산서를 실제 거래 없이 수취하여 부가가치세 의제매입세액 공제 및 종합소득세 필요경비 산입을 시인하고, 이 건 이의신청 시 “① 수산물은 활어 물차 운영사업자(J수산)를 통해 어민 및 수산물 유통업자 등 5명으로부터 납품받고 그 대금은 물차 운영사업자를 통해 어민 등에게 현금으로 지급하였고, ② 과채류는 중간상인(K)을 통한 연계납품 방식으로 C농산과 D상회로부터 구입하고 납품대금을 중간상인을 통해 현금으로 지급하였다”고 주장하면서 거래당사자들 명의의 ‘납품사실 확인서’ 7매를 실제 거래의 증빙으로 제출하였으며, 그 주요 내역은 다음 표와 같다. 〈 납품사실 확인서 내역 〉 (단위: 백만원) 쟁점계산서 납품사실 확인서 비고 작성(제출)자 납품내역 상호 과세 기간 금액 소재지 상호 (대표) 업종 개업일 (폐업일) 품목 기간 금액 납품방식 B호 ’10.2기 20 소계 53.9 금액기재분 ◉◉시 L호 어업/ 유자망 ’98.07.03. 수산물 ’11년 까지 10 납품 연락두절 ◉◉시 M상회 도,소매/활어 ’08.10.09. 수산물 ’10년 까지 10 납품 연락두절 ◉◉시 서호동 N수산 도,소매/활어 ’08.03.015 (’13.12.31) 수산물 ’11년 까지 10 납품 연락두절 ◉◉시 용남면 O호 어업/ 연안자망 ’04.04.26. 수산물 ’10년 까지 16.9 납품 연락두절 ◉◉시 광도면 P호 어업/ 연안자망 ’08.05.02. 수산물 ’10년 까지 7 납품 연락두절 ◉◉시 무전동 J수산 도매/ 생선 ’12.01.19. 수산물 ’10년 ~ ’12년 미기재 납품 (위 5곳 수산물) 물차 운영자 C농산 ’11.1기 21 △△시 A동 K 도매/ 채소 ’10.04.30. 과채류 ’10년 ~ ’12년 미기재 연계 납품 정상매입 주장 D상회 ’11.2기 ~ ’12.1기 50 C농산․D상회 → K → 쟁점사업장 ※ 물차 운영사업자인 J수산(Q) 납품사실 확인서의 납품내역(업체명) 기재란 5곳 업체명에는 O호 대신 납품사실 확인서를 미수취한 R호(10년 거래)를 기재함
• 나) 청구인이 제출한 납품사실 확인서 검토내용

① 쟁점매입처 B호의 경우, 청구인이 제출한 위 거래당사자들 명의의 납품사실 확인서에는 거래기간이 쟁점계산서상 과세기간(거래일자)과 일치되지 않거나 대략적으로 기재하였을 뿐만 아니라 금액이 기재되지 않은 확인서도 있다.

② 또한, 쟁점매입처 B호의 경우, 물차 운영사업자인 J수산(Q)을 통한 수산물 매입주장 금액은 J수산의 개업일자가 2012.1.19.임에도 2010년부터 거래를 주장하고 있을 뿐만 아니라 세무조사 당시 소득금액을 증액하여 과세한 종합소득금액이 20백만원(= 매출누락 89백만원 + 가공매입 91백만원 + 가공세금계산서 수취 8백만원 - 인건비 추인액 △183백만원 + 수정신고금액 종합소득 합산미신고 15백만원)인바, 쟁점계산서 전부가 정상거래인 경우 경정할 종합소득금액은 △71백만원(= 매출누락 89백만원 + 가공세금계산서 수취 8백만원 - 인건비 추인액 △183백만원 + 수정신고금액 종합소득 합산미신고 15백만원)이 되는 결과가 된다.

• 다) 납품사실 확인서를 제출한 업체로부터 쟁점사업장의 계산서 수취내역 한편, 이의신청 심리 당시 국세통합전산망에서 쟁점사업장이 2010년부터 2013년까지 과세기간 동안 납품사실 확인서를 제출한 7개 업체들로부터 수취한 계산서 내역을 조회한 결과는 다음표와 같다.

① 수산물의 경우 청구인이 제출한 납품사실 확인서상 거래처 5곳으로부터 이미 모두 계산서를 수취하였음이 확인되고, ② 과채류의 경우에도 2012년부터 2013년까지 납품사실 확인서상 거래처로 주장한 K로부터 이미 계산서를 수취한 사실이 확인되는바, 납품사실 확인서상 내역은 대부분 기 수취한 계산서에 대한 것이며, 청구인은 쟁점계산서에 대해서도 동일한 유형의 현금거래 등으로 보아 실제 거래를 인정해 줄 것을 요구할 뿐 실제 거래에 대한 직접적인 증빙은 제시하지 않았다. < 청구인이 납품사실 확인서를 작성한 업체로부터 수취한 계산서내역〉 (단위: 백만원) 구입품 업체명 업종 쟁점사업장의 계산서 수취내역 비고 과세기간 매입가액 수산물 L호 어업/유자망 2011년 10 M상회 도,소매/활어 2010년 10 N수산 도,소매/활어 2011년 10

• J수산: 매출 30(’12년) 매출 15(’13년) O호 어업/연안자망 2011년 16.9 P호 어업/연안자망 2011년 10

• J수산: 매출 15(’12년) 매출 6(’13년) J수산 (활어물차) 도매/ 생선 2013년 53

• N수산, P호로부터 위 거래에 대한 매입 과채류 K (중간상인) 도매/ 채소 2012년 20

• C농산: 매입 26(’11년)

• D상회: 매입 20(’11년) 매입 149(’13년) 2013년 9

3. 청구인이 이 건 처분이 부당하다며 심사청구 시 제출한 증빙 등 청구인은 쟁점매입처 중 C농산의 경우 이미 폐업되어 사실확인서를 받지 못하였고, B호의 경우 어업선박 선주라는 특수한 상황이라 만나기가 매우 어려워 사실확인서를 받지 못하였으나, 수산물(어류)를 중계납품한 J수산(대표 Q)의 사실확인서를 받아 제출하였으며, D상회의 경우 직접 ◇◇ 농산물센터를 방문하여 사실확인서를 받아 제출하였던바, 사실확인서의 주요내용은 다음과 같고, 사실확인서 작성의 기초가 되는 구체적인 일자별 거래물품, 거래명세서, 거래내역 기장내역, 거래물품 대금 수수대장 등의 증빙은 제출하지 않았다. < D상회 사실확인서 > 사실확인서 확인자 인적사항 D상회, H(◇◇ 34) 상기인은 아래와 같은 사실이 틀림없음을 확인합니다. 아 래

1. 상기인은 과일 농산물을 취급하는 도매업자로서 농산물을 아래와 같이 청구인에게 공급하여 계산서를 발행한 사실이 있습니다. 상호 등 업종 발행 계산서 과세기간 매수 공급가액(원) D상회 (**청과 121) 도매/과실 2011.2기 2 25,000,000 2012.1기 1 25,000,000

2. 공급방식은 상기인이 공급대행자(상호명, K, 대표자 S)에게 농산물을 건네주면, 그 공급대행자가 청구인에게 농산물을 인도하고, 상기인은 그 공급대행자로부터 농산물 대금을 현금으로 수령합니다. 따라서 상기인은 판매한 농산물 대금을 받았고, 수입처가 청구인이므로 계산서를 위 1.항과 같이 청구인에게 발행한 것입니다. 첨부자료: 사업자등록증, D상회 사무실 사진 2015.2.12. 상기인 D상회, H(날인) < J수산 사실확인서 > 사실확인서 확인자 인적사항 J수산, Q(◉◉ 26-13) 상기인은 아래와 같은 사실이 틀림없음을 확인합니다. 아 래

1. 상기인은 수산물 배달(물차) 대행자로서 B호 선주로부터 수산물을 공급받아 그 수산물을 청구인에게 공급한 사실이 틀림없고, 청구인으로부터 받은 수산물 대금은 현금으로서 그 수산물 대금을 B호 선주에게 지급하였으며, 이에 아래와 같이 계산서가 발행되어 그 계산서를 청구인에게 전달한 사실이 있음을 확인합니다. 상호 등 업종 발행 계산서 과세기간 매수 공급가액(원) B호(F) 어업/연안자망 2010.2기 1 20,000,000 첨부자료: 인감증명서 2015.1.29. 상기인 J수산, Q(날인)

• 라. 판단 살피건대,국세기본법제16조 제1항은 “납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다”고 규정하고 있고, “일반적으로 납세의무자의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙에 의함이 원칙이라고 하겠으나, 진정성립과 내용의 합리성이 인정되는 다른 자료에 의하여 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 때에는 그 다른 자료에 의하여서도 이를 경정할 수 있지만, 납세의무자가 제출한 매출누락사실을 자인하는 확인서에 매출사실의 구체적 내용이 들어 있지 않아 그 증거가치를 쉽게 부인할 수 없을 정도의 신빙성이 인정되지 아니한다면, 비록 납세의무자의 확인서라고 하더라도, 이는 실지조사의 근거로 될 수 있는 장부 또는 증빙서류에 갈음하는 다른 자료에 해당되지 아니한다”고 할 것이다(대법원96누,14227, 1998.7.10. 참조). 이 건의 경우, 쟁점계산서 전부가 정상거래인 경우 경정할 종합소득금액은 △71백만원(= 매출누락 89백만원 + 가공세금계산서 수취 8백만원 - 인건비 추인액 △183백만원 + 수정신고금액 종합소득 합산미신고 15백만원)이 되는 결과가 되는데, 이는 이의신청 심리 당시 국세통합전산망에서 쟁점사업장이 2010년부터 2013년까지의 과세기간 동안 납품사실 확인서를 제출한 7개 업체들로부터 수취한 계산서 내역을 조회한 결과, ① 수산물의 경우 청구인이 납품사실 확인서상 거래처 5곳으로부터 이미 모두 계산서를 수취하였음이 확인되고, ② 과채류의 경우에도 청구인이 납품사실 확인서상 거래처로 주장한 K(S)로부터 이미 계산서를 수취한 사실이 확인된바, 납품사실 확인서상 거래금액이 대부분 기 수취한 계산서에 해당하는 거래금액으로 인한 것으로 보이고, 납품사실 확인서상 거래금액에 대하여 실제 거래를 인정할 만한 증빙을 청구인이 제시하지 않은 점(심사소득2010-0124, 2011.04.20, 같은 뜻), 또한 청구인이 쟁점매입처 중 C농산의 경우 이미 폐업하였고, B호의 경우 선주를 만나기 어려워 사실확인서를 받지 못하였다고 하면서, 수산물(어류)를 중계납품하였다는 J수산(대표 Q)의 사실확인서와 과채류를 매입하였다는 D상회의 사실확인서를 받아 제출하였으나, 납품사실 확인서와 같이 사실확인서의 경우에도 작성의 그 기초가 되는 구체적인 일자별 거래물품, 거래명세서, 기장내역, 거래물품 대금 수수대장 등의 증빙을 제시하지 않은 점, 처분청이 청구인에 대한 세무조사 당시 쟁점사업장의 계산서 수취내역 중 쟁점매입처의 경우 거래대금의 증빙이 없음에 따라 “실제 거래사실 없이 아래 3곳의 쟁점매입처로부터 쟁점계산서 91,000천원을 수취하여 부가가치세 등의 신고를 하였음을 확인합니다”라는 내용의 확인서를 2014.4.17. 청구인으로부터 직접 서명을 받았는바, 처분청이 단순히 청구인으로부터 서명을 받은 확인서만에 의한 것이 아니라 쟁점계산서에 대하여 실지 매입하였다고 볼 만한 거래대금의 증빙이 없어 이러한 사실에 의하여 이 건 처분한 점 등 이상의 관련 법령과 사실관계를 종합하면, 쟁점계산서가 ‘납품사실 확인서’ 및 ‘사실확인서’에 의해 실지 거래한 사실이 확인된다는 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.