지방자치단체가 건립하여 민간단체 등에 무상으로 위탁운영하고 있는 쟁점국민체육센터의 시설투자 관련 매입세액을 부인한 처분은 정당함

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구법인은 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시민의 건강증진 및 여가를 생활화하기 위하여 “ㅇㅇ국민체육센터”(지하 1층, 지상 4층 연면적 5,316.77㎡, 이하 “쟁점국민체육센터”라 한다)를 2009.6.17. 착공하여 2011.5.25. 준공하였고, 2011.12.20. 쟁점국민체육센터의 시설투자 관련 매입세액의 환급을 경정청구하여 2012.2.22. 668백만원을 환급받았으며, 2011.10.1.부터 2013.9.30.까지 2년간 ㅇㅇ시 생활체육회(이하 “쟁점생활체육회”라 한다)에게 쟁점국민체육센터를 위탁관리 운영하도록 하면서 1년 단위로 흑자가 발생하는 해의 운영수익을 30:70의 비율로 배분하도록 계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 하였고, 쟁점생활체육회는 쟁점국민체육센터 내 스포츠시설의 수입금액을 법인세 신고하여 왔다.
• 나. ㅇㅇ지방국세청장(이하 “감사관”이라 한다)은 2014년 1월 처분청에 대한 종합감사 시 청구법인이 쟁점국민체육센터를 쟁점생활체육회에 위탁운영하도록 한 것은 무상임대용역에 해당하여 부동산 임대업으로 볼 수 없으므로 쟁점국민체육센터의 시설투자관련 부가가치세 매입세액을 불공제하도록 시정요구 하였고, 처분청은 감사관의 시정요구에 따라 청구법인의 쟁점국민체육센터 시설투자 관련 매입세액을 불공제하고 초과환급신고 가산세 및 납부․환급불성실 가산세를 가산하여 2014.10.2. 2009년 제1기～2011년 제2기 부가가치세 964,959,940원(이하 “쟁점세액”이라 한다)을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.11.3. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. ‘공급으로 보지 아니한다.’가 사업성의 판단기준이 아니다.

1. 사업자가 사업과 관련하여 자가 소비하는 경우 재화의 공급으로 보지 아니한다(구 부가가치세법 제6조 제3항, 통칙6-16-1)거나 사업자가 사업을 포괄 양도하는 경우 등에도 재화의 공급으로 보지 아니한다(구 부가가치세법 제6조 제6항)하여 사업자의 사업성을 부인하여 매입세액을 불공제하지 아니한다. 즉 사업성의 판단유무는 부가가치세를 이연하거나 1) 사업을 위해 자기가 소비하든 2) 사업자가 제공하는 재화나 용역이 부가가치를 창출하는 데 이용되는가에 있다.

2. 또한 2013.6.7. 부가가치세법 제12조 제2항 이 개정되면서, ‘다만, 사업자가 대통령령으로 정하는 특수관계인에게 사업용 부동산의 임대용역 등 대통령령으로 정하는 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 본다.’라는 단서조항을 두고 있는데 이 조항은 과세형평을 제고하기 위하여 설치된 것이다. 즉 본문의 사업자 부담하는 세금보다 후단 부문의 사업자가 부담하는 세금이 더 많아야 동 조항의 입법취지에 부합하는 것이다. 그렇다면, 본문의 사업자나 후단의 사업자나 매입세액을 동일하게 공제하고, 매출세액은 후단의 사업자만 부담시킴으로써 과세형평을 제고 할 수 있으며, ‘용역의 공급으로 보지 아니한다.’란 과세의 포기를 의미하는 것이지 사업성의 유무를 의미하는 것이 아니라는 결론에 이르게 된다.

• 나. 청구법인이 부동산 임대사업자가 아니라고 볼 근거가 없다.

1. 구 부가가치세법 제12조 제2항 의 규정을 문리대로 해석하면 과세관청이 매출부가가치세의 과세를 포기한다는 규정이다. 처분청의 주장대로 입법자가 동 조문에 따라 매입세액을 불공제하려고 했다면, 구 부가가치세법 제39조 (공제하지 아니하는 매입세액)에 규정을 두거나, 구 부가가치세법 제12조 제2항 의 규정에 사업자가 대가없이 용역을 공급하는 경우 사업자가 아니라는 문구를 삽입하였을 것이다. 그럼에도 불구하고, 위의 내용을 다른 조문 등에 두지 않은 것은 용역의 무상공급에 대해서 매출부가가치세의 과세만을 포기한 것으로 해석하는 것이 입법의 취지에 부합하는 것이다.

2. 구 부가가치세법 제10조 제8항 에 재화를 담보로 제공하거나 사업을 포괄양수도 할 경우 재화의 공급으로 보지 아니한다는 규정을 두고 있으나, 재화의 공급이 아니라고 해서 매입세액을 불공제하지 않는다. 결국 ‘재화의 공급으로 보지 아니한다. 또는 용역의 공급으로 보지 아니한다.’라는 문구는 입법자가 매출 과세를 포기한다는 의미이지, 매입세액을 불공제한다거나, 사업자가 아니라는 의미가 아니므로, 위탁자가 부동산임대업자가 아니라는 해석은 잘못된 것이다.

3. 또한 구 부가가치세법 제26조 및 동법 시행령 제46조는 지방자치단체 등이 공급하는 재화 및 용역이 부가가치세 대상인지를 열거하는 규정이지 사업자인지 아닌지를 규정하는 조항이 아니므로 위탁자가 부동산임대업자가 아니라는 해석은 잘못된 것이다.

4. 위탁자의 용역무상공급이 최종소비자 즉 비사업자에게 공급된 경우에 한하여 부동산임대업이 아니다. 위탁자인 청구법인의 소유의 건물에서 수탁자가 부가가치세 과세대상이 되는 업무를 하고 있는 경우에는 위탁자는 여전히 사업자이며 부동산임대업자이다. 또한, 위탁자가 직영을 하든 위탁을 하든 최종소비자가 내는 부가가치세가 동일한데도 불구하고 위탁자를 부동산임대업자가 아니라고 해석하여 직영 시에는 건물에 대한 매입세액공제를 해주고, 위탁운영 시에는 건물에 대한 매입세액을 불공제하는 것은 최종소비자가 부가가치세를 부담한다는 부가가치세의 이론에도 반하는 잘못된 해석이다.

• 다. 결론 살피건대, 부가가치세법상 사업자의 정의에 부합하나 입법목적, 과세정책 등의 이유로 부가가치세를 면제 3) 하거나 과세대상에 포함하지 않는 경우라도 매입세액을 불공제 하는 규정은 구 부가가치세법 제17조 에 별도로 두고 있으며, 이는 납세자와 담세자가 다르기 때문이다. 부가가치세법상 사업성의 유무는 사업자가 부가가치세의 전가가 예상되는 지로 판단되어야 한다. 사업자 다른 사업자에게 재화 또는 용역을 공급하여도 과세대상에서 제외하는 것은 다른 사업자를 통하여 부가가치세가 회수 될 수 있는 것이 예상되면 재화의 공급이나 용역의 공급으로 보지 아니하더라도 사업성이 인정된다. 사업의 포괄양수도 등이 이에 해당하며, 사업자인 청구법인의 소유 부동산에 대해 매입세액을 공제받고 용역을 무상으로 공급하더라도, 사업자인 수탁자(쟁점생활체육회)를 통하여 최종소비자에게 부가가치세가 회수되므로 청구법인의 사업성은 인정되어야 한다. 끝으로, 부가가치세법 제12조 제2항 의 단서 부문의 입법취지가 과세형평을 제고하는 것이라면, 이 입법취지를 달성하려면, 사업자가 타인이든 특수관계인이든 용역을 무상으로 공급하는 경우, 매입세액은 공제하고, 매출세액을 부과하여야 하며, 이는 ‘공급으로 보지 아니한다.’란 과세권자가 과세를 포기하는 것으로 미루어 짐작할 수 있다.

• 가. 건물의 관리를 위탁함으로써 무상으로 사용․수익하도록 하는 경우에도 부가가치세법상 과세대상이 되는 사업인지 살펴보면

1. 무상의 용역공급은 구 부가가치세법 제7조 제3항 에 의하여 구 부가가치세법 제1조 의 과세대상인 용역의 공급에서 제외되므로, 무상의 용역을 공급하는 자를 구 부가가치세법 제2조 제1항 제1호 의 사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 ‘제1조에 따른 용역’을 공급하는 자에 해당한다고 볼 수 없으므로 비과세대상인 용역의 무상공급은 부가가치세법상 사업성이 인정되지 아니한다고 봄이 타당하다(인천지방법원2013구합11004, 2014.6.12.).

2. 또한 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하며, 구 부가가치세법 제17조 제1항 에 의하여 공제되는 매입세액은 사업자가 ‘자기의 사업’을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액이고, 여기서 말하는 사업은 부가가치세법상 사업, 즉 과세사업을 의미하므로, 용역의 무상공급은 비과세거래로서 부가가치세 비과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 매입세액은 면세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 매입세액과 아무런 차이가 없는 점(대법원2004두13288, 2006.10.27.)으로 미루어 볼 때 관련 예규(국세청 서면법규과-512, 2013.5.7. 및 기획재정부 부가가치세과-411, 2013.7.9.)에 따라 용역의 무상공급으로 보아 부동산임대업으로 볼 수 없으므로 고지한 당초 처분은 정당하다.

• 나. 청구법인과 쟁점생활체육회는 경제적 연관관계 및 운영에 지배적인 영향력을 행사하므로 특수관계인에 해당한다는 주장에 대하여 용역의 무상공급은 구 부가가치세법 제7조 제3항 에서는 특수관계인과의 무상공급에 대하여 과세에 언급이 없으며, 2012.1.1.부터 시행되므로 본 청구와 무관하며, 또한 청구법인과 쟁점생활체육회는 공익목적 사업의 효율적인 운영을 위하여 재정적인 지원을 하고 있을 뿐 국세기본법 시행령 제1조의2 제4항 에 해당되지 아니하 므로 지배적인 영향력을 행사한다고 볼 수 없으므로 특수관계인에 성립되지 아니한다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 쟁점국민체육센터를 무상임대한 것으로 보아 시설투자관련 부가가치세 매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령

1. 舊 부가가치세법 제7조 【용역의 공급】(2013.1.1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것)

③ 사업자가 대가(對價)를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 사업자가 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자에게 사업용 부동산의 임대용역 등 대통령령으로 정하는 용역을 공급하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2011.12.31>

2. 舊 부가가치세법 제12조 【면세】(2013.1.1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것)

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. <개정 2011.12.31>

18. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

19. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상(無償)으로 공급하는 재화 또는 용역

3. 舊 부가가치세법 시행령 제38조 【국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역에 대한 면세범위】(2012.1.25. 대통령령 제23527호로 개정되기 전의 것) 법 제12조제1항제18호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것을 말한다. <개정 2006.2.9, 2007.2.28, 2008.2.29, 2010.2.18, 2010.10.13, 2011.5.30>

3. 부동산 임대업, 도ㆍ소매업, 음식ㆍ숙박업, 골프장ㆍ스키장운영업, 기타 운동시설 운영업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다. 4) 부가가치세법 제12조 【용역 공급의 특례】(2014.1.1. 법률 제12167호로 개정된 것)

① 사업자가 자신의 용역을 자기의 사업을 위하여 대가를 받지 아니하고 공급함으로써 다른 사업자와의 과세형평이 침해되는 경우에는 자기에게 용역을 공급하는 것으로 본다. 이 경우 그 용역의 범위는 대통령령으로 정한다.

② 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 사업자가 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)에게 사업용 부동산의 임대용역 등 대통령령으로 정하는 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 본다. 5) 부가가치세법 제10조 【재화 공급의 특례】(2014.1.1. 법률 제12167호로 개정된 것)

⑦ 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매를 할 때에는 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다. 다만, 위탁자 또는 본인을 알 수 없는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 수탁자 또는 대리인에게 재화를 공급하거나 수탁자 또는 대리인으로부터 재화를 공급받은 것으로 본다.

⑧ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다. <개정 2014.1.1>

1. 재화를 담보로 제공하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것. 다만, 제52조제4항에 따라 그 사업을 양수받는 자가 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부한 경우는 제외한다. 6) 부가가치세법 시행령 제23조 【재화의 공급으로 보지 아니하는 사업 양도】(2014.2.21. 대통령령 제25196호로 개정된 것) 법 제10조제8항제2호 본문에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 사업장별(상법에 따라 분할하거나 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 구분하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(법인세법 제46조제2항 또는 제47조제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우, 조세특례제한법 제37조제1항 각 호의 요건을 갖춘 자산의 포괄적 양도의 경우 및 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 그 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다. <개정 2014.2.21>

3. 해당 사업과 직접 관련이 없는 토지ㆍ건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령으로 정하는 것 7) 부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】(2014.1.1. 법률 제12167호로 개정된 것)

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

19. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

20. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상(無償)으로 공급하는 재화 또는 용역 8) 부가가치세법 시행령 제46조 【국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】(2014.2.21. 대통령령 제25196호로 개정된 것) 법 제26조제1항제19호에 따른 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것으로 한다.

3. 부동산임대업, 도매 및 소매업, 음식점업ㆍ숙박업, 골프장 및 스키장 운영업, 기타 스포츠시설 운영업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

• 다. 사실관계

1. 쟁점국민체육센터의 사업현황 및 사업목적은 다음과 같다.

○ 위 치:

○ 부지면적: 7,071㎡, 건물연면적 5,316.77㎡(지하 1층, 지상 4층)

○ 착공일 2009.6.17., 준공일 2011.5.25., 개관일 2011.10.10.

○ 주요시설: 수영장, 헬스장, 에어로빅실 등

○ 생활체육의 보급 및 진흥 및 육성사업

○ 건전여가선용 프로그램 개발 및 보급사업

○ 생활체육 진흥

2. 청구법인과 쟁점생활체육회의 쟁점국민체육센터 관련 위탁계약내용은 다음과 같다. 쟁점국민체육센터 운영․관리의 위․수탁 협약서 ㅇㅇ시 사무의 민간위탁관리조례 제10조 및 ㅇㅇ시국민체육센터설치및운영조례 제12조의 규정에 의하여 쟁점국민체육센터 운영관리를 위․수탁함에 있어 “청구법인”을 “갑”이라 하고, “쟁점생활체육회”를 “을”이라 칭하여 “갑”과 “을”간에 아래와 같이 협약을 체결한다. (중략) 제3조(위․수탁기간) 계약의 기간은 2011.10.1.부터 2013.9.30.까지(2년)로 한다. 제6조(운영조건) ① “을”은 “갑”의 승인을 얻어 운영수입과 운영경비의 상계처리가 가능하며 국민체육센터의 효율적인 관리로 흑자가 발생할 경우 “갑”과 “을”이 30:70의 비율로 배분한다.

② 손실이 발생할 경우 시설운영 손실금 지원 금액은 “갑”이 “을”에게 1년간 운영에 대한 회계결산 후 지급하되, 시와 수탁자가 70:30의 비율로 배분한다.

③ “갑”은 당해연도 또는 다음연도 연간손실 예상액을 “을”에게 선지급 할 수 있으며, 이때 선지급액의 범위는 손실액의 80%범위내로 한다. 제7조(이용료 등) ① “을”은 시설 이용료 등을 이용자로부터 징수 할 때에는 국민 체육센터 운영조례에 정한 이용료 범위내에서 징수하며, 기준을 초과한 강습료, 프로그램 이용료 등을 결정할 때에는 “갑”의 사전 승인을 얻어야 한다.

② 반환에 대한 기준은 태백시 국민체육센터 설치 및 이용 조례 및 공정거래기준 또는 소비자 피해보상 규정을 준수하여 “을”이 반환한다. 제9조(수탁재산의 관리) ① “갑”이 “을”에게 위탁하는 국민체육센터의 시설물과 재산의 소유권은 “갑”에게 있다.

② “을”은 수탁시설의 선량한 관리자의 주의 의무를 다하여 관리하여야 하며 유지관리에 대하여 책임을 진다.

③ “을”은 안전사고 예방과 시설물의 안정적인 관리를 위하여 시설물 전반에 대하여 년 2회(6월, 12월)이상 안전점검을 실시하고 그 결과를 “갑”에게 제출하여야 하며, 정비 및 보수를 요하는 사항은 신속히 조치하여야 한다.

④ “을”은 수탁시설을 제3자에게 권리를 설정하거나, 전매 또는 교환할 수 없으며, 신설, 증․개축, 보수, 멸실 하고자 하는 경우에는 사전에 “갑”과 협의하여 승인을 얻어야 한다. 단, 시설물의 신설, 증․개축시에는 준공과 동시에 “갑”의 소유로 하여야 한다.

⑤ 국민체육센터 운영에 따른 시설유지관리 기본원칙은 “갑”은 건축, 구축물, 기계장치의 구조에 대한 신설, 변경, 개선, 중대보수, 하자를 담당하며, “을”은 “갑”이 책임지지 아니하는 시설 및 장비 등의 전반적인 유지보수 및 운영을 담당한다. 또한 내구연한이 경과된 기계설비, 장치류에 대하여는 “갑”이 보수, 교체하기로 한다.

⑥ “을”은 협약을 이유로 수탁재산에 대한 연고권, 매수권 등의 권리를 주장할 수 없다.

⑦ “을”은 “갑”의 재산을 행정적인 절차에 의하여 관리하여야 하며, “갑”은 원가절감 및 녹색환경을 위한 시설을 다각도로 검토 후 필요시 지원할 수 있다.

⑧ “을”은 수탁운영 시설 또는 장비의 선량한 관리를 위하여 수탁시설 운영 및 관리에 관한 시설물 운영일지, 시설물 관리현황, 시설물 안전점검 기록대장, 직원(전문직 포함)임용, 퇴직기록부, 프로그램운영계획 및 참여자 명부, 경리 관계 장부 및 서류, 현금출납부 대장을 작성 비치하여야 한다.

⑨ “을”은 관리위탁 대상 이외의 시설인 근린생활시설에 대해서는 물품 및 공유 재산관리법 제20조 내지 제27조의 규정에 의한 사용료를 매년 납부하여야 한다. 2011년 9월 15일 위탁자(갑): 청구법인 (인) 수탁자(을): 쟁점생활체육회 (인) * 쟁점계약은 2013.10.1. 부터 2016.12.31.까지(3년3월) 재연장 되었음

3. 쟁점생활체육회의가 청구법인에게 보고한 쟁점국민체육센터 운영수입 현황은 다음과 같다. (단위: 천원) 기간 구분 2011.1～2012.9 2012.10～2013.9 비고 Ⅰ. 수입

1. 회비수입

2. 임대수입

3. 대관수입

1. 보조금

2. 이자수입

3. 잡이익 수입합계 Ⅱ. 지출 Ⅲ. 차기이월금

4. 쟁점생활체육회의 사업자등록현황은 국세통합시스템에 의하여 다음과 같이 확인된다. 개업일 업태/종목 소재지 수익사업 개시일 1991.8.23.

• -

5. 쟁점생활체육회의 법인세 신고현황이 다음과 같이 국세통합시스템에 의하여 확인된다. (단위: 천원) 사업연도 2011 2012 2013 수입금액 소득금액

• 가) 쟁점생활체육회는 수입금액에 대한 부가가치세를 신고한 내역이 없음이 확인된다.
• 나) 쟁점생활체육회는 청구법인으로부터 부동산 임대업 관련 부가가치세 매입세금계산서를 수취한 사실이 없음이 확인된다.
• 라. 판단 위 사실관계 등을 종합하여 살피건대, 쟁점국민체육센터 운영․관리의 위․수탁 협약서 제6조에 의하면 청구법인과 쟁점국민체육센터는 쟁점국민체육센터의 운영수입에서 운영경비를 차감한 수익을 30:70의 비율로 배분하도록 하였으나, 위․수탁 협약 이후 흑자가 발생한 기간이 없어 청구법인은 쟁점국민체육센터를 쟁점생활체육회에게 사실상 무상으로 위탁하여 관리 운영하도록 하였고, 구 부가가치세법 제7조 제3항 에 의하여 용역의 무상공급은 구 부가가치세법 제1조 의 과세대상인 용역의 공급에서 제외되므로, 무상의 용역을 공급하는 자를 구 부가가치세법 제2조 제1항 제1호 의 사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 ‘제1조에 따른 용역’을 공급하는 자에 해당한다고 볼 수 없는 점, 지방자치단체인 청구법인이 행정자산인 쟁점국민체육센터를 쟁점생활체육회에게 위탁 운영하게 하였다는 사실만으로 그 사업성 여부에 관계없이 반드시 부동산 임대사업자의 지위에 있다고도 보기 어려운 점, 관련예규(기획재정부 부가가치세과-411, 2013.7.9.)에서 ｢지방자치단체가 지역경제의 활성화를 도모하기 위하여 공익시설을 사용하게 하고 유지․관리 비용에도 부족한 사용료를 받는 경우에는 부가가치세가 과세되는 부동산 임대업에 해당하지 아니 한다｣고 해석하고 있는 점 등을 종합해 볼 때 쟁점국민체육센터의 시설투자관련 매입세액은 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 보기 어렵다. 따라서 처분청이 쟁점국민체육센터의 시설투자 관련 부가가치세 매입세액을 공제 부인한 당초 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1) 구 부가가치세법 제6조 제6항 2) 구 부가가치세법 제6조 제3항 및 통칙 6-16-1 3) 구 부가가치세법 제17조 제2항 제6호 의 변천과정을 보면,

• 가. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업게 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액(10.1.1.개정)
• 나. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액(11.12.31.개정)
• 다. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 포함한다)을 공급받으면서 세금계산서를 발급받은 경우의 매입세액. 다만, 해당 재화 또는 용역을 공급한 사업자가 제1항의 납부세액을 모두 납부하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.(13.1.1.신설)
• 라. 부가가치세법 제39조 제1항 제7호에서는 ‘면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액(13.6.7.개정)으로 규정하고 있다.