수기로 작성된 쟁점세금계산서가 공급시기가 속하는 과세기간에 발급된 것인지 여부

이건 심사청구는 기각합니다.

가. 청구법인은 2013.9.20. OO대학교산학협력단이 현금 280백만원, 현물(기술평가) 526백만원을 출자하여 설립한 특수목적회사로, 2013.10.15. 부가가치세법상 사업자등록을 하고 현물출자거래에 대한 종이세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받았으나 2013년 제2기 예정분 부가가치세를 무신고하였고, 2013년 제2기 확정신고시에도 매입세액공제신청을 누락하였으며, 2014.2.19. 쟁점매입세금계산서와 관련한 부가가치세 52,600천원을 환급하여 줄 것을 경정청구하였다.

• 나. 처분청은 청구법인이 2013년 제2기 부가가치세 과세표준신고서를 법정 신고기한내 제출하지 않아 경정청구를 할 수 없으므로, 환급이 불가하다는 취지의 경정청구 기각 통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 경정청구 기각결정에 대하여 2014.7.4. 이의신청을 제기하였으나 각하되었고, 2014.7.25. 기한후 신고를 한 후 2014.8.18. 매입세액불공제 통지를 받고 이에 불복하여 2014.10.20. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구법인의 부가세 신고내용 청구법인은 현물출자가 부가가치세 과세대상인지에 대한 인식을 못해 설립당시인 2013.9.30. 현물출자에 대하여 세금계산서를 교부받지 못하였다. 그러나 설립이후 시점인 2013.10.11. 현물출자가 부가세 과세대상이라는 사실을 인지하고 세금계산서를 발행해 줄 것을 출자기관인 OO대학교산학협력단에 요청하였으나 청구법인이 사업자등록이 되어있지 않아 전자세금계산서를 교부받을 수 없다는 사실을 알게 되어, 2013.10.15. 사업자등록을 하고, 동일자로 해당 현물출자거래에 대한 세금계산서를 교부받았다. 그러나 출자기관의 담당자는 세금계산서 지연 발급에 대한 가산세규정이 적용되는 것을 염려하여 전자세금계산서가 아닌 일반세금계산서를 교부하였으며, 청구법인 담당자는 동 세금계산서에 대한 매입세액공제신청을 예정신고 누락하였고 확정신고시에도(다른 매입매출과 관련한 과세거래는 전액 법 제32조에 따른 전자세금계산서를 발행하거나 교부하여 신고․납부되었으나) 매입세액공제 신청을 누락하였다.

(2) 청구법인의 매입세액공제를 위한 사후조치 OO대학교산학협력단은 2014.2.19. 현물출자거래에 대하여 부가가치세를 수정신고 하였고, 청구법인은 관할세무서에 매입세액공제에 대한 경정청구를 신청하였으나, 2014.4.17. 관련서류 미흡으로 ‘기각’ 결정을 받았다. 청구법인은 2014.7.4. 경정청구 기각에 대하여 이의신청을 하였으나, 법정신고기한내과세표준신고서를 제출하지 않았다는 이유로 ‘각하’ 결정을 받았고, 향후 불복청구를 위해서 기한후 신고를 하라는 처분청 권유에 따라 2014.7.25. 기한후 신고를 하였다.

(3) 결론 청구법인은 교육사업을 위하여 설립․운영되고 있으며, 대부분의 업무가 비영리교육사업이다. 청구법인은 법에서 정하고 있는 거래시점 이후인 사업자등록 시점에 세금계산서를 교부받았고, 예정신고 및 확정신고시 해당거래를 신고 누락한 사실을 인정하나, 이로 인해 출자기관은 2014.2.19. 수정신고를 통해 관련세액과 그 세액의 28.5%에 달하는 약 15백만원의 신고불성실가산세 등을 추가로 부담하여 신고를 이행하였는바, 거래사실이 확인된다고 할 것이다. 따라서 『부가가치세법』 시행령 제75조 제5호에 따라 매입세액이 공제되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 『부가가치세법』 제32조 제2항에 의하면 법인사업자는 대통령령이 정하는 전자적 방법으로 세금계산서를 발급해야 하고, 동법 제39조 제1항 제2호에 의하면 제32조에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 매입세액은 매출세액에서 공제되지 않지만, 시행령 제75조 제2항 제5호에 의하여 재화나 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 세금계산서를 발급받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우에 한하여 매입세액 공제가 가능하다. 청구법인은 현물출자 거래와 관련하여 재화의 공급시기가 속하는 과세기간에 세금계산서를 발급받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우라고 주장하나, 경정청구 내용에 의하면, 청구법인은 2013년 제2기 부가가치세 예정신고를 무신고 하였고, 공급자인 OO대학교산학협력단도 현물출자와 관련한 매출신고를 누락하여 과세기간 이후인 2014.2.17 수정신고를 했으며, 현물출자 계약서상 부가가치세와 관련한 내용이 전혀 없고 청구법인은 현물출자에 따른 부가가치세를 과세기간 내 지급하지도 않아, 청구법인이 공급시기가 속하는 과세기간 내 세금계산서를 발급받았는지 여부를 확인할 수 있는 자료가 없다. 오히려 이의신청시 제출한 OO대학교산학협력단 직원 조OO의 사실확인서에 의하면 쟁점세금계산서를 2013.10.10 발급하였고, 현물출자가 부가가치세 과세대상이라는 것과 전자세금계산서 제도를 숙지하지 못하였다고 기재하고 있으나, 청구법인이 2013.10.15. 사업자등록을 한 점으로 미루어 2013.10.10. 발급하는 것은 불가능하고, 조OO가 기안한 내부기안서에는 현물출자가 부가가치세 과세대상이라고 기재되어 있어 조OO의 사실확인서는 신뢰할 수 없다. 이를 종합하면, 쟁점세금계산서는 재화의 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 것으로 볼 수 없으므로 경정청구를 기각한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 수기로 작성된 쟁점세금계산서가 공급시기가 속하는 과세기간에 발급된 것인지 여부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에 따라 세금계산서를 발급하려면 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 "전자세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다. (2) 부가가치세법 제34조 【세금계산서 발급시기】

① ∼ ② (생략)

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

1. ∼2. (생략)

3. 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우 (3) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. (생략)

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 3.∼7. (생략)

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다. (4) 부가가치세법 시행령 제74조 【매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 등에 대한 매입세액 공제】 법 제39조 제1항 제1호 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. (생략)

2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표등 수령명세서를 국세기본법 시행령 제25조의3 에 따라 경정청구서와 함께 제출하여 제102조에 따른 경정기관이 경정하는 경우

3. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표등 수령명세서를 국세기본법 시행령 제25조의4 에 따른 기한후과세표준신고서와 함께 제출하여 관할 세무서장이 결정하는 경우 4.∼5. (생략) (5) 부가가치세법 시행령 제75조 【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제】 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. ∼4. (생략)

5. 법 제32조 제2항에 따른 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 발급(법 제34조 제3항에 따른 발급을 포함한다)받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우 (6) 국세기본법 제45조 【수정신고】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(소득세법 제73조제1항제1호 부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2제1항에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때 (7) 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때 (8) 국세기본법 제45조의3 【기한 후 신고】

① 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다. (단서 생략) (9) 국세기본법 시행령 제25조 【과세표준수정신고】

① 법 제45조에 따른 과세표준수정신고서에는 다음 각 호의 사항을 적어야 하며, 수정한 부분에 관하여 당초의 과세표준신고서에 첨부하여야 할 서류가 있는 경우에는 이를 수정한 서류를 첨부하여야 한다.

(10) 국세기본법 시행령 제25조의3 【경정 등의 청구】 법 제45조의2제1항ㆍ제2항 및 제4항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 하려는 자는 다음 각 호의 사항을 적은 결정 또는 경정 청구서를 제출(국세정보통신망을 활용한 제출을 포함한다)하여야 한다.

1. 청구인의 성명과 주소 또는 거소

2. 결정 또는 경정 전의 과세표준 및 세액

3. 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액

4. 결정 또는 경정의 청구를 하는 이유

(11) 국세기본법 시행령 제25조의4 【기한 후 과세표준신고】

① 법 제45조의3에 따라 기한 후 과세표준신고를 하려는 자는 기한후과세표준신고서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단
• 가) 사실관계

1. 출자내용 청구법인이 제출한 등기사항전부증명서와 기술지주회사 설립인가서에 의하면 청구법인은 2013.9.30. OO대학교산학협력단이 자본총액 806백만원(100%)을 출자하여 설립등기되었고, 자본총액 중 280백만원은 현금, 526백만원은 526백만원은 OO대학교산학협력단이 소유한 산업재산권을 감정기관의 평가를 받아 현물출자한 것으로 확인된다.

2. 사업자등록증 청구법인이 제출한 사업자등록증에 의하면 청구법인은 2013.10.15. 사업자등록증을 신규 교부받았음이 확인된다.

3. 종이세금계산서 청구법인은 위 현물출자거래에 대하여 공급자를 OO대학교산학협력단, 공급받는자를 청구법인, 거래일자 및 작성일자를 2013.9.30., 공급가액을 526백만원으로 하는 종이세금계산서를 제출하였다.

4. 재무제표 청구법인의 2013.12.31. 재무상태표에는 미지급금 53,700,000원이 계상되어 있고, 미지급금 명세서에 의하면 상기 금액은 기술현물출자 부가세 미지급분 52,600,000원과 회사설립과 관련된 법무사 비용 미지급분 1,100,000원으로 구성되어 있다.

5. 현물출자 진행 재가 공문 출자자 직원(조OO)이 OO대학교산학협력단 산학연구지원팀장에게 기안한 기술지주회사 현물출자 진행 재가와 관련된 2013.10.11. 공문을 보면 현물출자 금액에 대하여 다음과 같이 기재되어 있다.

1. 현물출자 금액: 526,000,000(VAT별도) ※ 현물출자의 경우 부가가치세 과세대상이며 관련 부가가치세는 기술지주회사에서 납부하고 이를 환급받기로 함 이의신청 결정문에 의하면 조OO는 쟁점세금계산서를 2010.10.10. 발급하였다는 사실확인서를 제출한 것으로 나타난다.

6. 경정청구 및 기각결정 청구법인은 2014.2.19. 현물출자와 관련된 부가가치세 52,600,000원을 환급해 달라고 경정청구 하였으나, 처분청은 2014.4.17. 공급시기가 속하는 과세기간에 세금계산서를 발급받았다고 볼 수 없어 기각 결정하였다.

7. 이의신청 및 각하결정 청구법인은 결정청구 기각결정에 대하여 이의신청을 하였으나, 처분청은 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 않은 청구법인은 경정청구를 할 수 없으므로 경정청구 기각결정은 단순히 환급이 불가하다는 내용을 알려주는 행위에 불과하므로 불복청구의 대상이 되는 처분이 없어 각하 결정하였다. 청구법인은 이 건 심사청구를 제기하기 위하여 2014.7.25. 기한후 신고를 하였고 처분청은 기한후 신고에 대하여 2014.8.18. 매입세액불공제 통지를 하였다.

• 나) 판 단 과세기간이 경과한 후에 작성한 세금계산서는 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성하였다 하더라도 "필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된 "세금계산서에 해당하므로 이 경우의 매입세액은 매출세액에세 공제 되어서는 아니된다(대법원2002두5771, 2004.11.18.). 청구법인은 OO대학교산학협력단의 현물출자와 관련하여 공급시기가 속한 과세기간에 세금계산서를 발급받았고, 그 거래사실도 확인되므로 『부가가치세법』시행령 제75조 제2항 제5호에 의하여 매입세액 공제가 가능하다고 주장하나, 청구법인은 현물출자일(2013.9.30.)에 세금계산서를 발급받지 않았음을 인정하고 있다. OO대학교산학협력단 직원의 사실확인서에 의하면 2013.10.10. 세금계산서를 발급했다고 기재되어 있는데 청구법인은 2013.10.15. 사업자등록을 신청하였으므로 2013.10.10. 청구법인의 사업자등록번호로 세금계산서를 발급하는 것은 불가능하다. OO대학교산학협력단 직원은 『부가가치세법』 제34조 제1항 제3호의 “관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우 재화나 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 세금계산서를 발급할 수 있다”는 규정을 이용하여 청구법인이 매입세액을 공제받을 수 있도록 사실확인서를 실제와 다르게 작성한 것으로 보인다. 한편 청구법인은 2013.10.15. 사업자등록을 하고 동일자로 세금계산서를 발급받았다고 하나 청구법인이 수령한 세금계산서는 전자세금계산서가 아니라 종이세금계산서이고, 청구법인이 세금계산서를 수령하면서 매입세액을 지급하지도 않았으며, 청구법인과 OO대학교산학협력단 모두 현물출자와 관련한 매입․매출 신고를 누락하여 실제 발행일자를 확인할 수 있는 자료가 전혀 없다. 더욱이 전자세금계산서 의무발급사업자가 전자세금계산서가 아닌 종이세금계산서를 발급하는 경우 세금계산서미발급가산세가 부과되므로, OO대학교산학협력단이 종이세금계산서를 발행한 이유가 세금계산서 발급시기 지연에 따른 가산세를 회피하기 위한 것이라는 청구법인 주장은 타당성이 없다. 또한 OO대학교산학협력단의 내부기안문에 의하면 공급자는 현물출자거래가 부가가치세 과세대상이라는 사실을 명확하게 인지하고 있었으므로 세금계산서를 실제로 발행했다면 매출과세표준에서 신고 누락할 이유가 없다. 이러한 점을 종합하면 청구법인이 제출한 종이세금계산서와 OO대학교산학협력단과 맺은 현물출자계약서 및 그 직원이 작성한 사실확인서만으로는 세금계산서를 공급시기가 속한 과세기간 내 발급받았음을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 청구법인이 수령한 종이세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.