쟁점세금계산서를 공급시기 도래 전에 발행되어 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분은 잘못이 없음

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구법인은 항공장구 제조업을 영위하는 사업자로 2013.10.1. (주)AA(이하 “청구외법인”이라 한다)와 공급대가 550백만원의 용역공급계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하였고, 2014.10.31.까지 용역을 공급하기로 하였으며, 청구외법인으로부터 2013.12.1. 계약금 및 중도금에 대한 공급대가 250백만원의 매입세금계산서와 2013.12.31. 공급대가 200백만원의 매입세금계산서(2013.12.31. 발행된 세금계산서를 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하였으며, 2013년 제2기 부가가치세 신고시 관련 매입세액 등을 공제하여 41,585,224원의 환급세액을 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 신고한 2013년 제2기 부가가치세 환급신청에 대한 현장확인을 실시한 후, 청구법인이 2013.12.31. 수취한 쟁점세금계산서를 공급시기가 도래하기 전 발행된 세금계산서로 보아 매입세액 불공제하고 세금계산서합계표 제출불성실, 초과환급신고 가산세를 가산하여 2014.3.31. 환급신청액 41,585,224원 중 21,818,184원을 차감한 19,767,040원을 환급하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2014.4.29. 이의신청을 거쳐 2014.8.21. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인과 청구외법인은 동반상생의 기업으로 굳이 계약서가 필요 없는 친밀한 사이로 2013.10.1. 최초 계약 후, 대금과 관련하여 협상하다가 2013년 연말에 대금을 낮추는 대신 연말까지 결제를 마무리하기로 하고 프로젝트의 중요 결과물인 특허권의 일부 양도에 구두 합의하면서 계약을 종료하였으며, 수정계약서를 따로 작성하지는 않았으나 처분청의 환급 현장확인을 받으면서 수정계약서를 제출하였다.
• 나. 수정계약 내용은 구두 합의한 대로 2013년 12월말로 용역의 공급을 완료하고, 계약금액은 총 450백만원으로 하며, 대금은 2014.3.31.까지 지급하기로 하였으므로 2013.12.31. 잔금 200백만원에 대하여 세금계산서를 발급한 것은 적정하다.
• 다. 청구외법인 관할세무서는 청구외법인이 발행한 쟁점세금계산서에 대하여 어떠한 문제제기를 제기하지 않았음에도 불구하고, 처분청이 쟁점세금계산서 발행의 부당함을 지적하며 환급신청을 거부처분한 것은 청구법인의 재무상태를 곤란하게 만들고, 상생협력 하고자 했던 청구법인과 청구외법인의 관계를 악화시켜 청구법인의 성장잠재력을 악화시키는 등 처분청의 이 건 처분은 부당하다.

• 가. 청구법인이 제출한 최초 계약서를 보면 계약기간이 6개월 이상이고, 계약금, 중도금, 잔금 등 3회 이상 분할지급 하고 있으므로 중간지급조건부 거래이며, 중도금 지급기일이 100백만원 2014.3.31. 및 100백만원 2014.7.31.로 기재되어 있고, 실제 중도금은 2014.2.11. 100백만원, 2014.4.3. 100백만이 지급되었으므로 2013.12.31. 발급된 쟁점세금계산서는 공급시기 도래 전 선발행세금계산서에 해당된다.
• 나. 청구법인은 당초 수정계약서 제시가 없다가 처분청이 환급 현장확인을 실시하면서 세금계산서 발급 및 용역의 공급시기가 문제되자, 현장확인 종결 후에 수정계약서를 소급 작성하여 제출하였고, 2013.12.31.로 공급이 완료되는 것으로 임의 작성하여 계약내용 대로 공급시기가 적정한 것으로 주장하나, 실제 용역의 공급이 동일자로 종료되었음을 판단할 수 있는 근거서류를 제시하지 못하므로 2013.12.31. 발급된 쟁점세금계산서를 공급시기 도래 전 선발급세금계산서로 보아 환급 부인한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점세금계산서를 공급시기 도래 전에 발행되어 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제하고 환급부인한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제15조 【재화의 공급시기】(2014.1.1. 법률 제12167 호로 개정되기 전의 것)

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 재화를 공급하는 경우 등의 재화의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 2) 부가가치세법 제16조 【용역의 공급시기】

① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 3) 부가가치세법 시행령 제28조 【구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기】(2014.1.1. 대통령령 제25057호로 개정되기 전의 것)

① 법 제15조제1항 후단에 따른 구체적인 거래 형태별 재화의 공급시기는 다음 표에 따른다.

② 반환조건부 판매, 동의조건부 판매, 그 밖의 조건부 판매 및 기한부 판매의 경우에는 그 조건이 성취되거나 기한이 지나 판매가 확정되는 때를 공급시기로 본다.

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 재화의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 재화가 인도되거나 이용가능하게 되는 날 이후에 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 재화가 인도되거나 이용가능하게 되는 날을 그 재화의 공급시기로 본다.

1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부판매의 경우

2. 완성도기준지급조건부로 재화를 공급하는 경우

3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 재화를 공급하는 경우 4) 부가가치세법 시행령 제29조 【할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다.

1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부조건부 또는 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우

2. 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우

3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우

4. 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우 5) 부가가치세법 시행규칙 제17조 【장기할부판매】(2014.3.14. 기획재정부령 제413호로 개정되기 전의 것. 이하 같음) 영 제28조제3항제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 장기할부판매"란 재화를 공급하고 그 대가를 월부, 연부 또는 그 밖의 할부의 방법에 따라 받는 것 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것을 말한다.

1. 2회 이상으로 분할하여 대가를 받는 것

2. 해당 재화의 인도일의 다음 날부터 최종 할부금 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 것 6) 부가가치세법 시행규칙 제18조 【중간지급조건부 재화의 공급】 영 제28조제3항제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 재화를 공급하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 재화를 인도하는 날 또는 재화를 이용가능하게 하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받는 경우

2. 국고금 관리법 제26조 에 따라 경비를 미리 지급받는 경우

3. 지방재정법 제73조 에 따라 선금급(先金給)을 지급받는 경우 7) 부가가치세법 시행규칙 제19조 【장기할부조건부 용역의 공급】 영 제29조제1항제1호에 따른 장기할부조건부로 용역을 공급하는 경우는 용역을 공급하고 그 대가를 월부, 연부 또는 그 밖의 할부의 방법에 따라 받는 것 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로 한다.

1. 2회 이상으로 분할하여 대가를 받는 것

2. 해당 용역의 제공이 완료되는 날의 다음 날부터 최종 할부금 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 것 8) 부가가치세법 시행규칙 제20조 【중간지급조건부 용역의 공급】 영 제29조제1항제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 용역의 제공을 완료하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받는 경우

2. 국고금 관리법 제26조 에 따라 경비를 미리 지급받는 경우

3. 지방재정법 제73조 에 따라 선금급을 지급받는 경우

9. 舊 부가가치세법 제9조 【거래 시기】

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 따른 시기가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 세금계산서 또는 제32조의 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급 시기로 본다.

10. 舊 부가가치세법 시행령 제22조 【용역의 공급시기】

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도 기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

• 다. 사실관계

1. 청구법인은 청구외법인으로부터 쟁점계약과 관련하여 세금계산서를 수취하고, 동일금액에 대하여 고정자산 매입으로 2013년 제2기 부가가치세를 신고하였음이 국세통합시스템에 의하여 확인된다.

2. 청구법인은 청구외법인과의 쟁점계약서(계약일 2013.10.1.)를 제출하였다. 3) 청구법인과 청구외법인간 용역계약서 관련 전자세금계산서의 사본을 제출하였다.

4. 처분청이 2014.3.3. ~ 3.14.까지 청구법인의 2013년 제2기 부가가치세 신고내용에 대한 환급 현장확인 주요내용은 아래와 같다.

• 현장확인자 의견 및 조치사항 매입 신고내용 중 대가 지급없이 선발급된 세금계산서 매입분(공급가액 1 81,818천원, 세액 18,182천원)에 대해 매입세액 불공제하여 환급하고 현장확인 종결하고자 함

5. 청구법인이 제출한 계약서, 세금계산서, 법인통장사본 등을 제출하였다.

6. 처분청의 현장확인 종결 후 청구법인은 수정계약서를 제출하였다.

7. 청구법인은 쟁점계약의 실제 용역완료시기를 2013.12.31.로 수정계약한 사실이 있음을 청구외법인으로부터 징취한 사실확인서를 제출하였다.

8. 청구외법인은 쟁점계약에 따라 용역의 공급완료 이후 관련 특허권을 청구법인에게 양도하기로 하였고, 청구법인과 청구외법인은 2014.2.4. 관련 특허권을 양도․양수하는 계약서를 작성한 사실이 청구법인이 제출한 자료에 의하여 확인된다.

9. 청구법인은 청구외법인으로부터 양수받은 특허권을 2014.8.14. 특허출원인 변경하였음이 출원사실증명원에 의하여 확인된다. 10) 청구법인은 2013사업연도 청구외법인에 대한 미지급금 원장의 내용을 제출하였다.

11. 청구외법인은 쟁점세금계산서를 포함하여 2013년 제2기 확정 부가가치세 납부세액이 70백만원이였고, 청구외법인은 납부세액을 2014.1.27. 납기연장 승인신청하였음이 국세통합시스템에 의하여 확인된다.

12. 청구외법인이 2014년 2월말 30백만원을 납부하지 못하자 관할세무서장은 2014.3.11. 납기연장을 승인취소하고, 2014년 3월말 납기로 2013년 제2기 부가가치세 70백만원을 무납부 당연경정하였으며, 청구외법인은 2014.4.1. 65백만원, 2014.6.30. 7백만원 등 가산금을 포함하여 합계 72백만원을 완납하였음이 국세통합시스템에 의하여 확인된다.

• 라. 판단 위 사실관계 등을 종합하여 살피건대, 청구법인과 청구외법인이 쟁점계약에 따른 용역을 2013년말 조기에 완료하면서 계약금액을 1억원 감액하는데 구두로 합의하였고, 합의한 내용을 2014.2.4. 수정계약서를 작성하여 문서화 하였으며, 수정계약서는 구두합의한 내용과 다름이 없으므로 쟁점세금계산서를 공급시기 도래 전에 발행되어 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다고 청구법인은 주장하나, 대금지급이 안된 상태에서 세금계산서를 발행한 것만으로는 2013년말 용역이 완료되었다고 볼 수 없는 점, 용역의 완료시기를 구두로 합의한 것만으로는 쟁점계약의 용역완료 여부를 청구법인이 충분히 입증했다고 볼 수 없는 점, 청구법인이 쟁점계약의 용역이 완료되었음을 입증할 만한 증빙을 제출하지 못하는 점 등을 종합해 볼 때 쟁점계약에 따른 용역은 조기에 완료되었다고 보기 어렵다. 따라서 처분청이 쟁점세금계산서를 공급시기 도래 전에 발행되어 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 당초 처분은 정당하다고 판단된다.

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.