부가가치세 과세표준에 포함하지 않는 국고보조금 지원 사업수행에 따라 발생한 매입세액 불공제

이 건 심사청구는 기각합니다.

청구법인은 2013년 제2기 부가가치세 신고 시 매출세액보다 매입세액이 더 많아 환급받을 세액을 15,936,342원으로 하여 부가가치세 환급 신고를 하였다. 처분청은 부가가치세 환급 신고와 관련하여 현장확인을 실시하는 과정에서 청구법인이 산업통상자원부 산하 한국ㅁㅁㅁ진흥원(이하 “진흥원”이라 한다)으로부터 보조금을 지원받는 ㅁㅁㅁ복지사업을 수행하였고 동 보조금은 부가가치세 과세표준에서 제외하여 신고하였음을 확인하고 이를 인정하였다. 다만, ㅁㅁㅁ복지사업의 일환으로 전국의 25개 복지시설과 다문화지원센터 등에 무상으로 기기를 지원하거나 ㅁㅁㅁ 멘토링 캠프를 실시하기 위하여 발생한 ㅁㅁ기기관련 스마트폰 매입 등과 관련된 매입세액 13,865,000원(이하 “쟁점 불공제 매입세액”이라 한다)은 자기의 과세사업을 위하여 공급받은 재화 및 용역으로 볼 수 없는 것으로 판단하고, 2014. 3. 14. 당초 신고한 환급세액에서 쟁점 불공제 매입세액을 제외하고 잔여액 684,856원을 환급결정·통지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2014. 6. 11. 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구법인은 ㅁㅁ관련 소프트웨어개발을 주업으로 하고 ㅁㅁ관련 기기의 판매 및 교육 등을 부대사업으로 영위하고 있는 업체로서 진흥원으로부터 255,000,000원의 연구활동비를 국고지원 받는 사업(이하 “ㅁㅁㅁ복지사업”이라 한다)에 응모하여 적격자로 선정되었다. 동 국고보조금의 지원조건은 진흥원이 지정한 과제별로 연구활동비를 집행하며 이의 집행에 수반되는 부가가치세는 청구법인이 부담하도록 되어 있으며, 동 진흥원의 지정과제 중에는 ㅁㅁ산업의 저변확대와 ㅁㅁ기기의 시장활성화 및 소외계층에 대한 공공사회적 기여를 목적으로 하는 교육분야가 포함되어 있다. 진흥원에서는 지정과제가 청구법인의 목적사업과 관련이 있고 이에 부합하기 때문에 적격사업자로 선정하였으므로 처분청이 국고지원 과제에 포함되어 있는 교육분야와 관련된 지출에 대하여 수익을 창출하지 못한다는 사유로 이를 사업과 관련없는 지출로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다. 또한, 정부지정과제의 수행에 따른 지출에 수반되는 부가가치세가 국고지원의 범위에서 제외되어 있는 상태에서 매입세액을 공제받지 못 하고 회사에서 전적으로 부담한다면 국고지원의 취지에도 부합하지 않다.

청구법인은 ㅁㅁㅁ복지사업 수행기관으로 선정되어 진흥원으로부터 보조금을 수령하여 전국의 25개 복지시설과 다문화지원센터 등에 무상으로 기기 지원 및 ㅁㅁ체험 멘토링 캠프를 실시하면서 교육용 ㅁㅁ와 스마트폰 등 관련 기자재를 매입하고 관련 매입세액을 공제하여 부가가치세 신고를 하였다. 청구법인이 수행한 지정과제와 관련하여 수령한 국고보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련없는 보조금으로 부가가치세법제29조제5항제4호의 규정에 따라 과세표준에 포함하지 아니하는 것을 인정하였다. 매출세액에서 공제하는 매입세액은 ｢부가가치세법｣제38조제1항제1호에서 “사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액”이라 규정하고 있으며, 여기서 자기의 사업이란 부가가치세법에서 규정하는 사업자의 “과세사업”을 의미한다고 해석하여야 한다. 따라서 청구법인이 전국의 복지시설과 다문화지원센터 등에 무상으로 공급한 것은 자기의 과세사업과 관련이 없으므로 매입세액 불공제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 부가가치세 과세표준에 포함하지 않는 국고보조금 지원 사업수행에 따라 발생한 매입세액 불공제 여부
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제29조 【과세표준】

⑤ 다음 각호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.

4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 2) 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액 3) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 4) 부가가치세법 제17조 【납부세액】(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것)

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액 5) 부가가치세법 제40조 【공통매입세액의 안분】 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

• 다. 사실관계

1. 청구법인의 법인등기부등본을 열람한 바, 목적사업은 다음과 같이 나타난다.

1. 교육용 및 완구 ㅁㅁ제조, 판매, 용역 및 교육업 2 ㅁㅁ부품 및 컨텐츠 제조 및 판매업

3. 지능형 ㅁㅁ제조 및 판매업

4. 지능형 자동화 장비 제조 및 판매업

6. 교배 및 교육기자재 제작, 수입 및 판매업

7. 컴퓨터 및 정보통신기기의 제조, 개발 및 판매업

8. 지능형ㅁㅁ관련 소프트웨어 및 하드웨어개발, 용역 및 판매업

9. 디지털 및 문화컨텐츠의 개발, 공급 및 라이센스업

11. 방문교육 및 프랜차이즈학원 사업

13. 위 각호에 관련된 부대사업 일체

2. 매입세액 불공제된 국고보조금 지원 사업인 ㅁㅁㅁ복지사업과 관련한 협약서는 총사업비 27,600만원(출연금(보조금) 25,500만원, 민간부담금(현물) 2,100만원)으로 하여 전담기관인 진흥원과 수행기관인 청구법인 간에 2013. 7월에 작성되었으며 사업계획서는 별도로 첨부하였다.

3. 위 2)와 관련한 사업계획서의 ㅁㅁㅁ복지사업 요약서에 나타난 주요사업은 ㅁㅁ창의교육과 ㅁㅁ멘토링캠프로 나타난다.

4. 청구법인은 ㅁㅁㅁ복지사업과 관련된 국고보조금은 ｢부가가치세법｣제29조제5항제4호에 따라 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금에 해당되어 부가가치세 과세표준에 포함하지 않고 신고하였으며, 처분청은 이를 인정하였다.

5. 처분청이 2013년 제2기 부가가치세 경정결정시 매입세액 불공제한 내역은 다음과 같이 청구인이 제시한 불복의 이유에 나타나며, 이는 처분청이 제출한 전자세금계산서 목록의 내용과 동일하다. (단위:원) 지출일자 공급자 내역 공급가액 부가가치세 계 138,650,000 13,865,000 2013.8.1 (주)aaa팩토리 ㅁㅁ기기 35,000,000 3,500,000 2013.8.30 17,500,000 1,750,000 2013.9.24 35,000,000 3,500,000 2013.8.30 (주)bbb플래닝 ㅁㅁ캠프운영 51,150,000 5,115,000

6. 위 5)와 관련한 전자세금계산서에 나타난 거래내역은 다음과 같다. (단위:개, 원) 작성일자 공급자 품목 수량 단가 공급가액 계 138,650,000 2013.8.1 (주)aaa팩토리 알버트 팝 패키지 100 290,000 29,000,000 스마트폰(베가레이서) 100 60,000 6,000,000 2013.8.30 알버트 팝 패키지 50 290,000 14,500,000 스마트폰(베가레이서) 50 60,000 3,000,000 2013.9.24 알버트 팝 패키지 100 290,000 29,000,000 스마트폰(베가레이서) 100 60,000 6,000,000 2013.8.30 (주)bbb플래닝 ㅁㅁ창의캠프 진행 및 총괄기획 1 51,150,000 51,150,000

7. 처분청이 제시한 청구법인 측의 입고증 사본에 따르면 (주)aaa팩토리로 부터 구입한 품목은 ㅁㅁ멘토링 캠프용, ㅁㅁ창의교육용으로 나타난다.

• 라. 판단 쟁점 불공제 매입세액과 관련된 국고보조금은 ｢부가가치세법｣제29조제5항제4호에 따라 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금에 해당되어 부가가치세 과세표준이 되는 공급가액에 포함하지 아니하는 것에 대하여는 처분청이나 청구법인 모두 이견이 없다. 위 국고보조금 지원 사업인 ㅁㅁㅁ복지사업은 ㅁㅁ산업의 저변확대와 ㅁㅁ기기의 시장 활성화 및 소외계층에 대한 공공사회적 기여를 목적으로 하는 교육분야가 포함되어 있고, 청구법인의 주업은 ㅁㅁ관련 소프트웨어개발이며 부대사업으로 ㅁㅁ관련 기기의 판매 및 교육 등을 하고 있으므로 처분청에서 “사업과 관련 없는 지출”로 보아 매입세액 불공제 처분한 것은 부당하다는 청구주장에 대하여 살펴보면, ｢부가가치세법｣제38조 및 제39조에서는 “사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액”은 공제하는 것이며, “면세사업등에 관련된 매입세액”은 공제하지 않는 것이라고 규정하고 있으며, 여기서 “면세사업등”이란 개정되기 전 ｢부가가치세법｣제17조제2항제6호의 “부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)”을 의미한다 할 것이다. 따라서 공제하지 아니하는 매입세액 해당여부 판단은 청구법인이 주장하는 바와 같이 회사의 목적사업에 부합하느냐의 여부가 아닌 면세사업등에 해당하느냐 아니냐에 따라야 할 것인바, 회사의 고유목적사업이라도 면세사업과 관련되거나 면제(비과세)되는 사업과 관련된 매입세액을 불공제하는 것이다. 또한, 비과세사업을 포함한 국고보조금과 관련한 공통매입세액 안분계산 규정에 대한 법원 판례에서는 “공통매입세액 안분계산 규정은 부가가치세 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 유추 적용되며(대법원2009두16268, 2011.9.8. 참조)”라고 판시하고 있어 단순히 회사의 목적사업 해당 여부가 아닌, 부가가치세가 과세되는 사업과 관련된 매입세액이냐 아니냐에 따라 공제여부를 판단하여야 할 것이다. 한편, 쟁점 불공제 매입세액과 관련하여 구입 용도를 살펴보면, 처분청이 제시한 청구법인의 입고증 사본에는 용도가 “ㅁㅁ창의교육용, ㅁㅁ멘토링 캠프용”으로 표시되어 있고, 또 다른 매입자료의 전자세금계산서에는 “ㅁㅁ창의캠프 진행 및 총괄기획”으로 확인되어 부가가치세가 과세되지 않는 사업인 ㅁㅁㅁ복지사업에 직접 사용된 것으로 판단된다. 따라서 쟁점 불공제 매입세액은 부가가치세가 과세되지 않는 ㅁㅁㅁ복지사업에 사용된 기자재를 매입함에 따라 발생한 것으로 ｢부가가치세법｣제40조에 따라 그 실지귀속이 면세사업등에 사용된 것으로 관련 매입세액 전액을 불공제한 이 건 처분은 정당한 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조제1항제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.