매출누락에 대한 종합소득세가 판결에 의하여 감액된 경우 관련 부가가치세를 경정청구할 수 있는지 여부

• 가. 청구인은 서울특별시 구 동 에서 **(이하 “쟁점사업장”이라 한다)라는 상호의 운송주선업을 운영하다 2004.12.31. 폐업한 사업자 로서 처분청은 쟁점사업장의 2004년 2기 부가가치세 신고시 (주)물산 및 **산업에 대한 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 포함한 315,432천원의 매출세금계산서를 신고누락한 것으로 확인되어 2009.12.1. 청구인에게

2004. 2기 부가가치세 51,040,150원을 부과처분하고, 이와 관련하여 주소지 관할세무서인 ***세무서장은 2010.5.11. 청구인에게 2004년 과세연도 종합소득세 91,505,610원을 부과처분 하였다.

• 나. 청구인은 부가가치세 및 종합소득세 부과처분(이하 “부가가치세 등”이라 한다)에 불복하여 심판청구를 거쳐 부가가치세 및 종합소득세 부과처분 무효 확인 및 부과처분취소 소송을 제기하였고, 고등법원에서 처분청의 부가가치세 부분은 기각 판결을, *세무서장의 종합소득세 부분은 승소판결을 받았으며, 2013.5.9. 대법원에서 확정판결을 받았다.
• 다. 처분청은 청구인이 2013.6.25. 종합소득세에 대한 대법원의 확정판결을 근거로 당초 부과처분한 2004. 2기 부가가치세 51,040,150원 중 (주)물산과 산업의 매출에 대한 부과처분을 취소해 달라는 부가가치세 경정청구에 대하여 2013.8.14. 경정청구 거부처분을 하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2013.10.31. 이건 심사청구를 하였다.

• 가. 쟁점이 되는 (주)물산 및 산업에 대한 매출세금계산서는 쟁점사업장의 직원이었던 안이 직인을 임의로 날인하고 내용도 임의로 기재하는 등 청구인 모르게 청구인 명의를 도용하여 실물 거래 없이 쟁점세금계산서를 발행한 사항이며, 이에 청구인의 남편은 위의 내용으로 안을 사문서 위조, 위조사문서 행사 등으로 형사고소 하였다.
• 나. 또한 2013.5.9. 처분청이 부과처분한 2004. 2기 부가가치세 51,040,150원 중 (주)물산 및 산업의 쟁점세금계산서는 청구인이 아닌 직원 안**의 명의도용으로 인하여 발행된 것으로 청구인의 수입금액으로 볼 수 없음이 대법원에서 확정됨에 따라 이는 국세기본법 시행령 제25조 의 2 【후발적 사유】에 해당하며, 대법원 판결이 난 후 2개월 이내인 2013.6.25. 제기한 경정청구는 적법하다고 판단된다.

• 가. 청구인은 쟁점사업장의 직원 안이 직인을 임의로 날인 및 명의를 도용하여 실물 거래 없이 쟁점세금계산서를 발행하였다며 청구인의 남편 박이 안**을 사문서위조, 위조사문서행사 등으로 형사 고소하였고,
• 나. 고등법원(사건번호 2012누3059 부가가치세및종합소득세부과처분무효확인)에 세무서장과 *세무서장을 상대로 소를 제기하여, 피고 세무서장에 대한 부가가치세 청구부분은 부적법하여 각하되었으며, 피고 ***세무서장에 대한 종합소득세 청구부부은 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 기각 판결을 받았다.(판결일자 2012.12.6.)
• 다. ***세무서장은 대법원(사건번호 2013두949 부가가치세 및 종합소득세 부과처분 무효확인)에 상고하였으나 국가패소 판결을 받았다(판결일자 2013.5.9.).
• 라. 위와 같이 동일 건에 대하여 기 기각(각하)처리 되었기에 국세기본법 제55조 5항 에 의거 불복청구를 중복하여 제기할 수 없으므로 청구인에게 한 2004. 2기 부가가치세 부과처분에 대한 경정청구 거부처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 매출누락에 대한 종합소득세 부과처분이 확정판결에 따라 감액결정된 경우 국세부과제척기간이 만료된 매출누락관련 부가가치세 부과처분에 대하여 경정청구 및 경정을 할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 1) 국세기본법 제45조 의 2【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때 2) 국세기본법 제26조 의 2【국세부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(포탈)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다. 1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간

• 가. 소득세법 제81조제3항제4호
• 나. 법인세법 제76조제9항제4호
• 다. 부가가치세법 제60조제2항제2호·제3항 및 제4항

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

4. 상속세·증여세는 제1호, 제1호의2, 제2호 및 제3호에도 불구하고 부과할 수 있는 날부터 10년간. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 부과할 수 있는 날부터 15년간으로 한다.

• 가. 납세자가 부정행위로 상속세·증여세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우
• 나. 상속세 및 증여세법 제67조 및 제68조에 따른 신고서를 제출하지 아니한 경우
• 다. 상속세 및 증여세법 제67조 및 제68조에 따라 신고서를 제출한 자가 대통령령으로 정하는 거짓 신고 또는 누락신고를 한 경우(그 거짓신고 또는 누락신고를 한 부분만 해당한다) 4의2. 부담부증여에 따라 증여세와 함께 소득세법 제88조제1항 후단에 따른 소득세가 과세되는 경우 그 소득세는 제4호에 따라 증여세에 대하여 정한 기간

5. 제2호와 제3호의 기간이 끝난 날이 속하는 과세기간 이후의 과세기간에 소득세법 제45조제3항, 법인세법 제13조제1호, 제76조의13제1항제1호 또는 제91조제1항제1호에 따라 이월결손금을 공제하는 경우에는 그 결손금이 발생한 과세기간의 소득세 또는 법인세는 제2호와 제3호에도 불구하고 이월결손금을 공제한 과세기간의 법정신고기한으로부터 1년간

② 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정·판결, 상호합의, 경정청구 또는 조정권고에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구 또는 행정소송법에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우

2. 조세조약에 부합하지 아니하는 과세의 원인이 되는 조치가 있는 경우 그 조치가 있음을 안 날부터 3년 이내(조세조약에서 따로 규정하는 경우에는 그에 따른다)에 그 조세조약의 규정에 따른 상호합의가 신청된 것으로서 그에 대하여 상호합의가 이루어진 경우

3. 제45조의2제2항 또는 국제조세조정에 관한 법률 제10조의2제1항 및 제19조제4항에 따른 경정청구 또는 같은 법 제10조의3제1항에 따른 조정권고가 있는 경우

③ 제2항제1호의 결정 또는 판결에서 명의대여 사실이 확인된 경우에는 제1항에도 불구하고 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년 이내에 명의대여자에 대한 부과처분을 취소하고 실제로 사업을 경영한 자에게 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다. 3) 국세기본법 시행령 제25조 의 2【후발적 사유】 법 제45조의2제2항제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제 되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우

• 다. 사실관계 1) 청구인의 불복청구에 대한 세목별 행정소송 진행상황은 다음과 같다. 구 분 행정 법원 고등법원 대법원 판결일자 2011.12.16. 2012.12.6. 2013.5.9. 사 건 부가가치세 및 종합소득세 부과처분 무효 확인 부가가치세 및 종합소득세 부과처분 무효 확인 부가가치세 및 종합소득세 부과처분 무효 확인 부가가치세 각하 (청구기간 도과) 기각 (행정법원판결 인용) 기각 (고등법원 판결 인용) 종합소득세 국승 (청구주장 이유없음) 일부국패 (청구주장 일부 이유있음) 일부국패 (고등법원 판결 인용) 2) 청구인의 부가가치세 및 종합소득세 부과처분취소 소송에서 국가가 패소한 서울고등법원2012누3059(2012.12.6. 판결 선고) 판결내용 중 쟁점세금계산서와 관련된 (주)물산과 산업에 대한 내용은 다음과 같다.

3. (주)물산, 산업에 대한 매출세금계산서에 관하여 (중략)

① 산업은 2004년 2기에 로부터 수령하였다는 매출세금계산서상 금액을 매입금액으로 신고하지 않은 점[(주)물산(이하 ‘물산’이라고만 한다)이 로부터 수령하였다는 매출세금계산서상 금액을 매입금액으로 신고하였는지 여부를 확인할 수 있는 자료는 제출되어 있지 않다] ② 의 2003년 2기 매출액은 29,638,182원, 2004년 1기 매출액은 26,656,000원인 반면 쟁점세금계산서 중 2004년 2기에 해당하는 세금계산서상 매출액은 합계 315,432,000원이고, 그 가운데 물산과 산업에 대한 매출액이 285,200,000원에 이르는 점, ③ 물산과 산업의 직원인 유는 원고가 안, 김(물산 및 산업의 대표자), 유를 상대로 제기한 손해배상청구소송(지방법원 2011가합호)에 증인으로 출석하여, 물산 및 산업이 로부터 매입하여 골프장에 납품하는 골프카트를 운반하기 위하여 **와 거래 하였다고 증언하면서도 물산 및 산업과 * 사이의 거래규모 등에 관하여 구체적인 증언을 하지 못하였고, **가 물산 및 산업에게 발행한 매출세금계산서 중 약 50% 정도의 금액에 해당하는 세금계산서는 실제 거래 없이 발행된 가공의 세금계산서라는 취지로 증언한 점, ④ 물산은 2004. 12. 3.부터 2005. 1. 25.까지 5회에 걸쳐 ** 또는 안을 수취인으로 하여 합계 3,160만 원을 송금하였을 뿐인데, 그 중 **를 수취인으로 하여 3차례에 걸쳐 송금한 금액의 실제 수취인은 물산의 직원 또는 안이었던 점, ⑤ 원고의 남편인 박이 김 및 유에게 안이 허위로 세금계산서를 발행하였다고 주장하면서 이에 따른 세금문제의 해결을 요구하자, 김 및 유는 박에게 약 700만 원을 지급한 점 등의 사정에 비추어 보면, 안이 실제 거래 없이 의 명의를 도용하여 물산 및 산업에 대한 세금계산서를 발행하고 그에 대한 대가로 세금계산서상의 금액 중 일부를 김 및 유로부터 지급받은 것으로 보이므로, 쟁점세금계산서 중 물산 및 산업에 대한 매출세금계산서는 사실과 다른 허위의 세금계산서라고 할 것이다. 3) 청구인은 2013.6.25. 처분청에 부가가치세 과세표준 및 세액의 결정(경정)청구서를 제출하였고, 처분청은 행정소송 중 각하판결로 종결된 사건에 대한 경정청구는 국세기본법 제45조 의 2에 의하여 결정 또는 경정할 이유가 없음을 통지하였다(세무서 부가가치세과-****, 2013.8.14.).

• 라. 판단 후발적인 사유에 기한 경정청구는 과세표준의 신고 또는 과세표준 및 세액의 결정이 있은 후 납세의무자 자신의 임의적 의사와는 관계없이 과세표준 및 세액의 기초가 된 사실에 중대한 변경사유가 발생한 경우 납세자를 보호하기 위하여 예외적으로 허용한 특별규정으로(대법원2007두13906, 2007.10.12. 참조) 제한적으로 해석해야 한다. 국세기본법제45조의2 제2항 제1호의 후발적 경정사유인 ‘과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에서 판결 등 에 의하여 다른 것으로 확정된 때’에 있어서 ‘판결 등’이라 함은 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 재판과정에서 투명하게 다투어졌고, 그것이 판결의 주문과 이유에 의하여 객관적으로 확인되는 민사사건의 판결과 자 백간주에 의한 판결이 나 임의조정, 강제조정, 재판상 화해 등을 의미(대법원2007두13906, 2007.10.12. 참조)하는 것으로 거래 또는 행위 등의 존부나 법률효과를 직접적으로 다룬 민사소송이나 당해 부과처분에 대한 조세행정소송을 의미한다고 보인다. 부가가치세 등 부과처분에 대하여만 쟁송이 제기되고 종합소득세 부과처분에 대하여는 쟁송이 제기되지 아니하여, 부가가치세 등 부과처분의 일부취소판결이 확정된 경우, 그 부가가치세 매출누락과 관련한 종합소득세 부과처분에 대한 경정결정은 국세기본법 제26조 의 2 제2항에 의하여 그 판결이 확정된 날부터 1년이 경과되기 전까지 할 수 있는 필요한 처분에 해당하지 않는다(법규과-4194, 2006.10.2. 참조). 청구인의 경우 부과가치세 부과처분에 대해서는 조세심판과 행정소송에서 청구기간 경과로 각하된바 있으므로 국세기본법제45조의2제 제2항 제1호의 후발적 경정사유인 ‘과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에서 판결 등에 의하여 다른 것으로 확정된 때’에 해당하지 않는다고 보인다. 따라서 청구인이 종합소득세에 대한 대법원의 확정판결을 근거로 당초 부과처분한 2004. 2기 부가가치세 매출에 대한 부과처분을 취소해 달라는 경정청구에 대하여 처분청이 경정청구를 거부한 처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.