쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당되는지 여부

이 건 심사청구는 기각합니다.

가. 청구법인은 부동산/매매업을 영위하는 법인으로서, 2012년 제2기 부가가치세 등의 환급과 관련하여 경정청구를 하였다. 나. ㅇㅇ세무서장(이하 “처분청” 이라 한다)은 2013.4. 22~4.26.까지 경정청구에 대한 환급 현지 확인을 실시하고, ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 A플라자 복합상가 신축공사(이하 “쟁점공사”라 한다) 와 관련하여 ㅇㅇ건설(주)(이하 “ㅇㅇ건설” 이라 한다)로부터 수취한 매입세금 계산서 중 2012년 7월분 세금계산서 1매 636,363,636원(공급가액, 이하 “쟁점세금계산서” 라 한다)이 2012년 6월에 공급시기가 완료된 것으로 보아 2013.5.15. 쟁점세금계산서를 매입세액 불공제하여 환급세액에서 감액하였으나, 청구법인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2013.9.6. 이 건 심사청구를 제기하였다.

본 건과 관련된 법규정을 살펴보면, 부가가치세법 시행령 제22조 (용역의 공급시기) 제2호에서 ‘그 대가의 각 부분을 받기로 한 때’로 표현하고 있으며 또한 ‘ 부가가치세법 기본통칙9-22-4에서도 건설용역의 공급계약서상 특정 내용에 따라’라고 표현하고 있고, 부가가치세법 시행령 제48조 제4항 에서 ‘계약에 따라 받기로 한 대가의 각부분’이라고 표현하고 있는바, 그러한 규정은 민법상 기본원리인 계약자유의 원칙을 최대한 존중하면서 납세자가 거래 시기 등의 조작을 통한 납부세액의 조절 및 탈세를 방지하기 위한 것이라 생각된다. 그러나 세법을 적용함에 있어서 계약자유의 원칙에 따라 계약된 모든 계약내용에 입각하여 사실을 판단하여 그 관련 세법을 적용하여야 하나, 처분청은 공사도급계약서의 건축공사 표준계약서만을 토대로 사실을 판단하여 법규정을 적용하는 것으로 보여지는바, 이는 명백한 잘못이 있다 할 것이다. 즉, 처분청은 공사도급계약서 특약사항 제2조(특약의 효력 및 계약의 우선순위)와 분양형토지신탁계약서 특약사항 제32조(우선적용) 제2항을 간과하고 있다 할 것이다. 본 건의 경우 계약에 따라 받기로 한 대가의 각 부분은 공사도급계약서의 특약사항 제2조 및 분양형 토지 신탁계약서의 특약사항 제32조 제2항에 의거 분양형 토지신탁계약서의 특약사항 제7조(공사비 지급방법 등) 제1항 및 제2항에서 약정한 금액이라 할 수 있으며, 그 금액은 ‘분양 수입금과 공사기성금의 70%‘ 중 적은 금액이라 할 수 있다. 그렇지만 청구법인은 (주)ㅇㅇ건설 및 그 하도급업체 등의 자금사정에 따라 1월기성분에서 7월기성분까지의 공사비를 지급함에 있어서 지급 약정액 누계 액보다 더 많은 금액을 지급하고(본건은 분양형토지신탁이므로 실지로는 ㅇㅇ신탁 (주)가 지급함) 그 지급액에 따른 세금계산서를 각각 수취한 것이며, 공사비의 잔여금액에 대하여는 공사완료일에 세금계산서를 수취한 것이다. 결론적으로 청구법인은 거래 시기를 조작할 목적 없이 1월기성분에서 7월 기성분까지의 지급분에 대하여 수취한 9매(7,149,100천원)의 세금계산서 모두는 부가가치세법 제9조 제3항 에 따라 수취한 적법한 세금계산서에 해당된다 할 것이고 공사비의 잔여금액에 대하여 수취한 세금계산서는 부가가치세법 제9조 제2항 에 따라 적법하게 수취한 것이라 할 것이다.

청구법인은 2011.6.28 작성된 신탁계약서상에 현금 범위 내에서 공사대금을 지급하기로 하고 이에 세금계산서를 발급하였으므로 정상적인 세금계산서라고 주장하나, 동계약서는 도급금액등 구체적인 약정 없이 신탁계약을 약정하는 계약서이고 추후 시공사와의 최종 계약서를 보면, 2011.11.03일 계약 도급인: ㅇㅇ신탁(주), 수급인: (주)ㅇㅇ건설, 시행 위탁자:청구법인의 이건 관련 최종 계약서에 의하면 공사기간:착공일로부터 9개월(2011.12.01~2012.08.31), 도급계약금액 11,500,000천원(공급가액 10,454,545천원)금액이 기재되어 있고 기성부분금(도급계약 금액)의 시기 및 방법 『준공시까지 공사대금의 70%를 기성부분금으로 지급하고, 잔여공사대금30%는 “갑”의 투입금 신탁사무처리비용 및 신탁보수의 상환 및 변제가 완료된 이후 지급하는 것으로 기재되어 있고, 공사도급 계약조건을 보면 제19조(기성부분금) 계약서에 기성부분금에 관하여 명시한 때에는 “을”은 이에 따라 기성부분에 대한 검사를 요청할 수 있으며 이때 “갑”은 지체없이 검사를 하여야 한다 하였고, 특약사항 제8조(기성부분금) ① “갑”은 “을”의 요청에 따라 착공신고서가 제출된 날로부터 매 1개월이 경과하는 달의 말일 기준으로 준공 시까지 공사대금의 70%를 기성 부분금으로 지급하고(이하생략), ②“을”은 하도급업체로부터 당해 공사대금 지급확인서를 수령하여 “갑”에게 기성검사 및 기성 부분금 지급을 요청할 수 있으며, 이때 “갑”은 “을”의 기성검사 및 기성부분금 지급요청 후 10일이내 검사를 완료하고 검사완료일로부터 10일이내 완성된 기성을 지급하는 것으로 한다. 단, “갑”의 사정에 의하여 20일을 초과하지 아니하는 범위안에서 대가의 지급기간을 연장할 수 있다고 한 바, ④ 본조의 규정에 불구하고, 공사비 지급과 관련하여 영화관 피분양자의 중․ 잔금이 “갑”이 정한 해당 월에 미납되어 공사비 지급이 부족한 경우,“을”의공사비는 분양 수입금 및 “을”의 신탁계정 대여금의 범위 내에서 집행하기로 하되, 그 금원이 부족할 시 영화관 피분양자의 중․잔금의 납부이행 또는 추가 분양대금 납부가 이루어 질 때까지 그 지급을 유보한다. 유보된 금액에 대해서는 연 12%의 이자를 적용하여 “병”이 “을”에게 지체상금을 지급하기로 한다 로 되어 있으며, 구 부가가치세법제9조 제2항에는 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다고 규정하고 있고, 구부가가치세법시행령제22조 제2호에서 완성도기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때로 규정하고 있으며, 구부가가치세법시행규칙제9조 제1항 제1호에서 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우는 재화가 인도되기 전 또는 재화가 이용 가능하게 되기 전이거나 용역의 제공이 완료되기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우로서 계약금을 지급하기로 한 날부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 6월 이상인 경우로 규정하고 있으며, 쟁점공사는 공사도급계약상 공사기간이 2011.12.01.~2012.8.31, 기성금은 매월 말일 기준으로 기성청구검사 완료 후 10일 이내 지급하는 것으로 약정되어부가가치세법시행령제22조 제2호에 따라 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우에 해당하여 각 대가를 받기로 한 때가 공급시기이며, 건설공사 계약에 따른 2012.1월부터 4월까지 세금계산서 및 대금 지급 내용을 보면 아래 명세와 같이 매월 말일에 기성청구를 하여 신탁회사의 기성 확정을 거쳐서, 계약내용과 같이 청구금액의 70%를 정확하게 지급(신탁회사에서 보유중인 현금 및 신탁차입)하고 정상적인 세금계산서를 수취한 것으로 확인되었으며, 2012.5.31일 기성 청구한 공사대금 1,000,000천원(공사대금의 70%인 700,000천원, 부가가치세 포함)의 경우 5월 31일 기성청구 후 6월 10일에 기성 확정하여 6월 20일 확정된 시점을 구 부가가치세법 제9조 【거래시기】에 대가의 각 부분을 받기로 한 때로 보아 세금계산서를 수수하여야 하나, 청구법인은 2012.7.23에 동 금액만큼의 세금계산서를 수령한 것으로 확인되어 쟁점 세금계산서의 공급시기가 사실과 다른 것으로 매입공제 부인하는 것이 타당하며. 청구법인은 분양수입금(현금)과 공사기성금의 70% 중 작은 금액이 공사비 지급약정금액에 해당된다고 주장하나 1차에서 4차까지의 거래내역을 보면 기성대가 지급청구권이 확정된 때에 공사대금지급(차입 및 분양수입금)하고 세금계산서가 정상적으로 발급되었고, 또한 청구법인은 분양형 신탁계약서 제7조(공사비지급방법)에 『공사기성금은 분양수입금 범위 내에서 기성율에 따라 현금 지급한다』라는 문구에 의거 수입금액과 공사 기성율의 중 작은 것으로 공급시기로 보아야 한다고 주장하나 기본통칙 9-22-2를 보면‘지급일이 명시되지 아니한 완성도 기준지급조건부 건설공사의 공급시기는 공사완성도가 결정되어 그 대금을 지급받을 수 있는 날’을 그 공급시기로 본다고 되어 있으며 이 건의 경우 신탁계약서상 분양 수입금의 범위 내에서 지급한다고 되어 있어 공사 금액의 지급일이 명시되지 아니하여 공사완성도가 결정된 날을 건설공사의 공급시기로 봄이 타당하다고 판단되며, 또한 청구법인이 주장하는 신탁 계약서상 수입금범위 내에서 지급하겠다는 것은 공사도급계약서 특약사항 제8조②항에 의거 공사완성도가 결정된 후, 특약사항 제8조 ④항에 의거 공급시기가 도래된 이후 공사대금을 수입금이 있을 때 지급하고, 지급하지 못할 경우에 지체상금(연12%)을 지급하겠다고 까지 한 것으로 보아 당초 결정된 공사완성도 확정시점을 공급시기로 봄이 타당하다고 판단된다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 것으로 보아 매입세액 불공제 한 것이 적정한 지 여부
• 나. 관련법령 등 1) 부가가치세법 제9조 【거래 시기】

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 따른 시기가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 세금계산서 또는 제32조의 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급 시기로 본다.

④ 제1항과 제2항에 따른 공급 시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 부가가치세법 시행령 제22조 【용역의 공급시기】 법 제9조제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호에 따른다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도 기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

4. 제49조의2제1항ㆍ제2항 및 제4항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일 3) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 제16조제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 4) 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

② 법 제17조 제2항 제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 경우(제54조 제1항에 따라 발급받은 경우를 포함한다) 5) 부가가치세법 제22조 【가산세】

② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1(제3호에 해당하는 경우에는 1천분의5)에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 다만, 제3호 및 제4호는 법인사업자에 대해서는 2010년 12월 31일까지 적용하지 아니하고 2011년 1월 1일부터 2013년 12월 31일까지는 각각 1천분의 1, 1천분의 3을 적용하며, 대통령령으로 정하는 개인사업자에 대해서는 2011년 12월 31일까지 적용하지 아니하고 2012년 1월 1일부터 2014년 12월 31일까지는 각각 1천분의 1, 1천분의 3을 적용한다.

1. 제16조에 따른 세금계산서의 발급시기를 경과한 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간(대통령령으로 정하는 경우에는 그 과세기간 말의 다음 달 10일) 이내에 발급하는 경우 6) 부가가치세법 시행령 제48조 【과세표준의 계산】

④ 완성도기준지급 및 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하거나 계속적으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 계약에 따라 받기로 한 대가의 각 부분을 과세표준으로 한다. 7) 국세기본법 제47조의3 【과소신고·초과환급신고가산세】

① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 및 농어촌특별세법 에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 과세표준 또는 납부세액을 신고하여야 할 금액보다 적게 신고(이하 이 조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다.

• 다. 사실관계 1) 이 건 관련하여 청구인에 대한이의신청 결정문에 따르면, 다음의 내용이 확인된다.

○ 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료 및 국세청 전산자료 등에 의하면 다음과 같은 사실들이 확인된다. 가) 청구법인은 부동산업/부동산매매업을 영위하고 있는 법인이다. 나) 청구법인의 각 과세기간별 부가가치세 신고내역은 아래와 같다.(표생략) 다) 처분청은 매출처 ㅇㅇ건설로부터 2012. 7. 23. 작성일자로 수취한 쟁점세금계산서 1매 636,363천원(공급가액)이 2012. 5. 31. 기성청구, 2012. 6. 10. 검사완료, 2012. 6. 20.(검사완료일로부터 10일 이내 확정된 기성을 지급한다) 확정된 시점을 용역의 공급시기로 보아 2012. 7. 23. 작성일자로 수취한 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 매입세액 불공제한 사실이 확인된다. 라) 매입세액 불공제에 따른 초과환급신고 가산세 6,363천원 및 지연수취 가산세 11,951천원을 적용하여 환급감 경정한 사실이 확인된다. 마) 청구법인과 처분청은 건축공사 표준 계약서의 특약사항 제8조(기성부분금) 제2항(“갑”은 “을”의 기성검사 및 기성부분금 지급 요청 후 10일이내 검사를 완료하여야 하고 검사완료일로부터 10일이내 확정된 기성을 지급하는 것으로 한다)에 의거 A플라자 도급공사의 용역의 공급시기를 완성도기준지급 조건부에 의한 용역의 제공에 해당하는 것에 대해서는 다툼이 없다. 바) 청구법인은 위탁자(갑) 청구법인, 수탁자(을) ㅇㅇ신탁 주식회사, 시공사(병) DD건설 주식회사(2011. 10. 6. 주식회사 ㅇㅇ건설로 변경), 우선수익자(정) 주식회사 DD은행, 위탁자의 의무 이행 보증인(무) 주식회사 갑 간에 분양형 토지신탁계약서를 체결하였으며, 계약서 내용은 아래와 같다.

(1) 분양형 토지신탁관련 계약 내용은 아래와 같다.(표생략) (2) A 플라자 복합상가 신축공사관련 공사도급계약서 내용은 아래와 같다.(표생략) 사) A플라자 복합상가 집합건물의 등기사항전부증명서상 건물내역은 아래와 같다 아) 처분청의 경정청구 현장확인 조사보고서 상의 내용은 아래와 같다.

(1) A플라자 복합상가 도급공사와 관련하여 매입세금계산서를 수취하였으나 거래시기 차이로 검토할 필요가 있으므로 현장확인 대상자로 선정한다고 기재되어 있다. (2) 기성청구 및 매입세금계산서 수취내역(표생략) (3)

2012. 제1기 ㅇㅇ건설로부터 수취한 세금계산서 내역을 보면 현금을 지급한 날을 기준으로 세금계산서를 수취한 것으로 확인되어 2012. 제1기에 수취하여야하는 2,758백만원과 수취한 세금계산서 2,122백만원의 차이 636백만원을 2012. 제2기 예정에 수취한 것으로 확인되어 매입세액 불공제한 것으로 기재되어 있다.

(4) 2012. 제2기 월별 세금계산서 수취한 내역 중 2012. 7월, 2012. 8월에 수취하여야하는 세금계산서를 2012. 9월에 수취한 1,195백만원에 대하여는 매입세액공제하고 세금계산서 지연수취 가산세 부과한 것으로 기재되어 있다. 자) 청구법인에서 이의신청시 제출한 자료내용은 아래와 같다. (1) A플라자 복합상가 공사와 관련하여 분양수입금액, 기성청구서 및 지급약정액 내역을 보면 아래와 같다.(표생략) (2) A플라자 복합상가 공사와 관련하여 공사비 지급, 세금계산서 수수내역을 보면 아래와 같다.(표생략) (3) M플라자 복합상가의 월별 분양수입금액 상세내역은 아래와 같다.(표생략) 2) 청구법인이 제출한공사비 지급약정액 계산서에 따르면, 2012.1월부터 3월까지는 분양수입금은 없으나 세금계산서는 기성금액의 70%가 발행되었고, 2012.4월은 분양수입금이 569,700천원이나 세금계산서 발행은 기성금액의 70%인 714,000천원, 2012.5월은 분양수입금이 105,591천원이고 기성금액의 70%는 700,000천원이나 세금계산서는 발행되지 않은 것으로 나타난다.

• 라. 판단 청구법인은 신탁계약서 제7조(공사비지급방법)에『공사기성금은 분양수입금 범위 내에서 기성율에 따라 현금 지급한다』라는 문구에 의거 분양수입금과 공사기성율 중 적은 금액이 공급가액이라고 주장하므로 이에 대해 살펴보면, 쟁점공사가 완성도기준지급 조건부에 의한 용역의 제공에 해당하는 것에 대해서는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없는바, 동 조건에 따른 용역의 공급시기는 구 부가가치세법 제9조 제2항 및 같은법 시행령제22조 제2호에 따라 ‘그 대가의 각 부분을 받기로 한 때 ’가 공급시기가 되는 것인데, 이 건 쟁점공사도급계약서 및 특약사항에 따르면, 준공 시까지 공사대금의 70%를 기성 부분금으로 지급하고 잔여 30%는 ㅇㅇ신탁(주)의 신탁보수의 상환 및 변제가 완료된 이후에 지급하기로 되어있으며, 아울러 기성검사 완료일로부터 10일이내 완성된 기성을 지급하는 것으로 되어있는바, 쟁점세금계산서 관련하여, 시공사는 2012.5.31. 공사대금 1,000,000천원(공급대가)을 기성청구 하였고, 동 청구에 대한 검수는 2012.6.12. 이루어졌으므로 이후 10일이 되는 2012.6.22.이 대가의 각 부분을 받기로 한때인 용역의 공급시기가 되어 기성공사대금의 70%인 700,000천원(공급대가)의 세금계산서가 발행되었어야 하나, 공급시기가 속하는 과세기간을 경과한 2012.7.23.에 쟁점세금계산서가 발행 된 점, 청구법인이 제출한공사비 지급약정액 계산서에 따르면, 청구법인의 주장 과는 달리, 2012.1월부터 3월까지는 분양수입금은 없으나 세금계산서는 기성금액의 70%가 발행되었고, 2012.4월은 분양수입금이 569,700천원이나 세금계산서 발행은 기성금액의 70%인 714,000천원, 2012.5월은 분양수입금이 105,591천원이고 기성 금액의 70%는 700,000천원이나 세금계산서는 발행되지 않은 것으로 나타나는 점, 만일 청구법인의 주장대로, 쟁점공사의 용역대가가 특약사항에 따라 분양수입금 범위 내에서 공급가액이 결정되어야 한다면, 완성도에 따라 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 이미 확정되었음에도 불구하고, 청구법인의 분양수입금 상태에 따라 세금계산서 공급가액이 달라지는 문제점이 있는 점, 아울러 쟁점공사도급계약서 특약사항 제8조 제4항에 따르면, 분양수입금 등이 부족한 경우 추가 분양대금 납부가 이루어질 때까지 그 지급을 유보하되 유보된 금액에 대해서는 연 12%의 이자를 적용하여 청구법인이 시공사에게 지체상금으로 지급하기로 되어 있는바, 신탁계약서의 분양수입금 범위 내에서의 지급 규정은 공급가액 확정에 대한 것이 아닌 단순한 현금 지급시기에 관한 약정에 불과한 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 공제를 부인하고 이 건 부가가치세를 과세한 처분청의 고지처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로국세기본법제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.