지점에 세금계산서미교부가산세를 부과하고 동일 거래에 본점에 세금계산서불성실가산세를 과세한 처분은 잘못임

○○○세무서장이 2013.7.5. 청구법인에게 한 부가가치세 2008년 제1기분 140,000원, 2009년 제1기분 480,000원, 2009년 제2기분 760,000원, 2010년 제1기분 900,000원, 2010년 제2기분 930,000원, 2011년 제1기분 984,420원, 2011년 제2기분 448,270원, 2012년 제1기분 438,000원의 각 부과처분을 모두 취소합니다.

• 가. 청구법인은 2001.4.21.

○○

○○

○○ 1502-1번지에서 개업하여 부동산 임대 및 매매, 자동차부품 제조업을 영위하는 본점 법인이다.

• 나. 청구법인은 2006.12월

○○

○○ 구

○○ 동 728-35번지 소재 부동산(이하 “ 지점 ①”이라 한다)을 취득하여 미등록 임대를 하다 2011년 8월 양도하였고, 2008년 12월

○○

○○

○○ 1759-6번지 소재 부동산 (이하 “ 지점 ②”라 한다) 을 취득하여 미등록임대를 운영하다 2012.11.20. 직권 등록 되어 현재까지 임대업을 운영하고 있다.

• 다. ○○○ 세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 2012년 11월 청구법인에 대한 사업장 현지확인을 실 시하여 지 점 ①, ②의 부동산 임대용역을 청구법인이 일괄하여 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 신고․납부하였음을 확인하여 지점에 대한 사업자 등록 직권 등록 후 청구법인은 5백만원, 지점 ①은 7백만원, 지점 ②는 13백만원의 부가가치세 가산세를 고지․결정하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 과세전적부심사청구를 거쳐 2013.8.7. 이 건 심사청 구를 제기하였다.

• 가. 청구법인이 제출하여야 할 매출처별세금계산서합계표는 완전하게 제출하였음에도 세금계산서를 발급하지 않아 신고가 누락된 다른 임대사업 장에 대해 가산세를 적용하고, 다시 청구법인에 동일사항에 대해 가산세를 적용하는 것은 이중으로 가산세를 부과하는 것이다.
• 나. 청구법인은 부동산 매매를 목적으로 취득한 지점 ①, ②를 양도될 시점 까 지 일시적으로 임대 하였고, 그 기간의 임대수입에 대하여 업무를 총괄 하는 본점에서 타 부동산 임대소득과 합산하여 부가가치세를 신고하였다.
• 다. 부동산매매업을 영위하는 사업자가 분양목적으로 건물을 신축하였으나 분양되지 아니하여 일시적으로 임대하다가 분양하는 경우, 부가가치세법 시행규칙 제1조 1항의 규정의 부동산매매업에 해당하고, 부동산매매 업의 사업장은 업무를 총괄하는 장소이므로 사업자의 신청에 의한 등록을 강제할 수 없다고 보여지며 또한, 법인사업자가 대부분이라 그때마다 사업자등록 및 폐업신고를 빈번하게 해야 하는 납세자의 불편이 따르니 사업자등록을 신청할 수 있다고 해석함이 바람직하다.
• 라. 가산세 제도는 조세채권의 확보를 용이하게 하고, 성실한 납세의무의 이행을 담보하기 위한 제도인바, 청구법인은 복잡한 세법에 대한 이해가 부족했 을 뿐 조세를 회피하거나 납세의무를 해태할 의도가 전혀 없었음에도 가산세를 부과한 것은 과세권행사의 범위를 일탈한 부당한 처분이다.
• 마. 처분청이 2008년 1기부터 2012년 2기까지 10개 과세기간의 신고내용에 대해 한 번도 지도한 적이 없어 청구법인은 정당한 신고로 인정할 수 밖에 없었으므로 이 건 가산세를 부과한 것은 신의성실의 원칙에 어긋난다.

• 가. 지점이 공급한 용역을 본점에서 용역을 공급한 것으로 사실과 다른 세금 계산 서를 교부했으니 구 부가가치세법 제22조 제4항 제2호 에 의거 본점에 세금계산서불성실가산세를 과세한 처분은 정당하다.
• 나. 지점 ①은 2006년 12월 취득하여 2011년 8월 양도하였고, 지점 ②는 2008년 12월 취득 후 현재까지 보유하고 있어 그 보유기간으로 보아 일시적 임대로 볼 수 없을 뿐만 아니라, 부동산매매업의 사업자가 법인인 경우에는 그 법인의 등기부상의 소재지(등기부상의 지점소재지를 포함), 개인인 경우 에는 그 업무를 총괄하는 장소가 사업장이므로 각 지점에 대하여 세금계산서 미발급가산세 또는 미등록가산세(간주임대료부분)와 무신고가산세 를 부과한 처분은 정당하다.
• 다. 부가가치세는 신고납세제도를 채택하고 있는 세목으로 과세관청이 별도의 결정절차 없이 납세의무자의 신고에 의하여 납부할 세액을 확정하는 제 도 이며, 처분청이 납세의무자에게 신뢰의 대상이 될 수 있는 공적인 견해 표명을 한 사실이 없는바 신의성실의 원칙에 위배된다는 청구법인의 주장은 이유 없다.

• 가. 쟁점 미등록 지점의 매출을 본점 매출에 포함하여 부가가치세를 신고․납부한 것에 대해 본점에 세금계산서불성실가산세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련법령

1. 구 부가가치세법 제5조 【등록】

① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다.(단서 생략)

② ～ ⑧ (생략)

2. 구 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말 한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. (이하 생략)

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항

3. 구 부가가치세법 제22조 【가산세】

① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호에 따른 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제5조제1항의 규정에 따른 기한 이내에 등록을 신청하지 아니한 경우 에는 사업개시일부터 등록을 신청한 날이 속하는 예정신고기간(예정신고 기 간이 지난 경우에는 그 과세기간을 말한다)까지의 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액

2. (생략)

② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제16조에 따라 교부한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 기재되지 아니하거나 사실과 다른 경

2. ～ 3호 (생략)

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액(제2호의 경우에는 그 세금계산서에 기재된 금액을 말한다)에 대하여 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제 한다.

1. 제16조에 따른 세금계산서를 교부하지 아니한 경우

2. ～ 3의2. (생략)

④ 사업자가 제1호 및 제2호에 해당하는 경우에는 제출하지 아니하였거나 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 분의 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을, 제3호에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 1천분의 5에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. (단서 생략)

1. (생략) 2. 제20조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매출처별세금계산서합계 표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

3. (생략)

⑤ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 매입처별 세금 계산서합계표에 따르지 아니하고 세금계산서에 따라 공제받은 매입세액 에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 적어 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 다만, 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 적힌 경우로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 거래 사실이 확인되는 부분의 공급가액 에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제17조제2항제2호 단서에 따라 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

2. 제20조제1항 및 제3항에 따른 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니 하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우. 다만, 대통령령으로 정하는 경우 는 제외한다.

3. 제20조제1항 및 제3항에 따라 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 적어 신고한 경우

⑨ 제1항이 적용되는 부분에 대하여는 제2항 및 제4항을 적용하지 아니하고, 제3항이 적용되는 부분에 대하여는 제1항ㆍ제4항 및 제5항을 적용하지 아니하며, 제4항이 적용되는 부분에 대하여는 제2항을 적용하지 아니한다.

4. 구 부가가치세법 시행령 제4조 【사업장의 범위】

① 법 제4조제1항의 사업장은 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래 의 전부 또는 일부를 행하는 장소로 한다. 다만, 다음 각 호의 사업에 있어서는 해당 호에 따른 장소를 사업장으로 한다.

1. ～ 2. (생략)

3. 건설업·운수업과 부동산매매업에 있어서는 사업자가 법인인 경우에는 그 법인의 등기부상의 소재지(등기부상의 지점소재지를 포함한다. 이하 같다), 개인인 경우에는 그 업무를 총괄하는 장소(단서 생략)

4. 부동산임대업에 있어서는 그 부동산의 등기부상의 소재지

5. ～ 15. (생략) 5) 국세기본법 제47조 의 2【무신고가산세】

① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정 신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법, 농어촌특별세법 및 종합부동산세법에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액(이하 "산출세액등"이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 한다. (단서 생략)

1. ～ 3. (생략)

4. 부가가치세: 부가가치세법에 따른 납부세액

5. ～ 8. (생략)

• 다. 사실관계 1) 청구법인은 임대사업과 관련하여 지점 ①, ②의 사업장관할세무서장에게 사업자등록을 하지 않았고, 지점 ①, ②의 매출액을 청구법인 매출액에 포함하여 부가가치세를 신고․납부한 사실에는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다. 2) 국세통합시스템에 의하면, 청구법인과 지점 ①, ②의 사업자등록내역 및 청구법인이 발급한 지점 ①, ②의 세금계산서는 아래와 같다. 상 호 업태 및 종목 개업일 (폐업일) 사업장 소재지 <사업자등록 내역> <지점 매출 세금계산서 발급내역> 과세기간 공급가액 귀속 사업장 2008년 제1기 14,000 지점 ① 2009년 제1기 48,000 지점 ② 2009년 제2기 76,000 지점 ① 28,000 지점 ② 48,000 2010년 제1기 90,000 지점 ① 42,000 지점 ② 48,000 2010년 제2기 93,000 지점 ① 45,000 지점 ② 48,000 2011년 제1기 98,442 지점 ① 53,042 지점 ② 45,400 2011년 제2기 44,827 지점 ② 2012년 제1기 43,800 지점 ② (천원)

3. 처 분청이 청구법인과 지점 ①, ②에 대해 고지한 부가가치세 가산세는 아래와 같다. 사업장 과세 연도 가산세 구분 합 계 세금계산서 불성실 무신고 미등록 세금계산서미발급 본점 2008.1기 140 140 2009.1기 480 480 760 760 2009.2기 900 900 2010.1기 930 930 2010.2기 984 984 2011.1기 448 448 2011.2기 438 438 2012.1기 5,080 5,080 합 계 572 280 4 288 지점① 2008.1기 1,120 560 560 2009.2기 1,680 840 840 2010.1기 1,800 900 900 2010.2기 2,122 1,061 1,061 2011.1기 7,294 3,641 4 3,649 합 계 1,960 960 13 987 지점② 2009.1기 1,951 960 10 981 2009.2기 1,971 960 17 994 2010.1기 1,972 960 17 995 2010.2기 1,860 908 15 937 2011.1기 1,838 897 15 926 2011.2기 1,800 876 16 908 2012.1기 13,352 6,521 103 6,728 합 계 (천원) * 지점 ①, ②의 미등록가산세는 간주임대료 부분에 대한 것임

• 라. 판단 처분청은 지점①, 지점②가 공급한 용역을 청구법인이 공급한 것으로 사실과 다른 세금계산 서를 교부하였으므로 지점

①, 지점②는 세금계산서미교부가산세를, 청구법인에게는 세금계산서불성실가산 세를 과세하였으나 부가가치세 제22조 제9항의 가산세 중복적용배제 규정은 과세대상인 거래를 단위로 그 거래의 납세의무자에게 적용되는 것인바, 미등록 지점에 대하여 세금계산서미교부가산세를 부과하였다면 동일거래에 대해 본점에 다시 세금계산서 불성실 가산세를 부과한 것은 가산세 중복적용배제 규정을 위반한 것이므로(서울행정법원 2012.8.24. 선고 2012구합1761 판결 참조) 처분청이 지점 ①, ②에 대하여 세금계산서미교부가산세를 과세하고 동일 거래에 대해 청구법인에게 세금계산서불성실가산세를 과세한 처분은 가산세 중복적용배제 규정을 위반하여 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 심리결과 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.