쟁점세금계산서가 사실과 다른세금계산서로 보아 매입세액 불공제는 정당함

1. QQ세 무서장이 2013.1.7. 청구인에게 한 2011.1.1.～2011.12.31.사업연도 법인세 00,000,000원의 부과처분은 청구법인이 (주)WWWW로부터 교부받은 매입세금계산서의 공급가액 00,000,000원을 손금에 산입하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

2. 나머지 청구인의 청구주장은 기각한다.

청구법인을 1999.3.20. OO QQ OO 000-00에서 주유소업을 운영하는 사업자로 (주)WWWW(이하 “쟁점거래처”라고 한다)에서 2011.11.30. 공급가액 00,000천원(부가가치세 별도, 이하 “쟁점금액”이라 한다)의 매입세금계산서 1매(이하 “쟁점세금계산서”라고 한다)를 수취하여 2011년 제2기 부가가치세 신고시 매입세액으로 신고했고, 2011.1.1.～12.31.사업연도(이하 “2011사업연도”라고 한다) 법인세 신고시 쟁점금액을 매입원가에 산입하여 신고하였다. EEE세무서장(이하 “조사관서”라고 한다)은 쟁점거래처에 대한 조사를 실 시하여 쟁점세금계산서가 실물거래 없이 발급된 가짜세금계산서라고 보아 QQ세무서장(이하 “처분관서”라고 한다)에게 통보했고, 처분관서는 통보내용에 따라 매입세액을 불공제하여 2011년 제2기 부가가치세 00,000천원과 매입원가를 손금불산입하여 2011사업연도 법인세 00,000천원을 2013.1.7. 경정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2013.3.22. 이의신청을 거쳐 2013.7.19. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 쟁점거래처와의 거래 경위 청구법인은 RRRRR 직원이었던 청구외 TTT(이하 “TTT”이라 한다)이 쟁점거래처 영업이사로 옮겼다고 찾아와서 당시 거래하고 있던 YYYY보다 리터당 30원이 싼 가격으로 경유를 공급하겠다고 여러 차례 권유하여 석유 제품 공급계약서를 작성하고 쟁점금액을 매입했으며, 본래 쟁점거래처를 잘 알지 못하였고, 쟁점거래처의 본점 소재지가 OO OO OO동 000-0로 되어 있지만 하치장이 평택에 있어서 평택에서 출하하는 것으로 알고 있었다. 석유제품 공급계약서에도 보면, 공급자의 주소가 OO OO OO OOOO7로 되어 있는 것으로 알 수 있고, TTT은 공급계약을 할 때 공급자가 쟁점거래처의 하치장이므로 세금계산서를 본점에서 발행하고, 본점 거래통장(UUUU AA지점)으로 입금하도록 하여 본점 발행의 쟁점세금계산서를 수취하고 본점 명의의 예금통장에 매입대금을 입금하였던 것이다.
• 나. 거래사실 및 금융거래 확인 석유류를 거래한 사실은 거래사실확인서, 실거래자 TTT의 주민등록증, 판매자가 석유류를 저장해온 하치장(현장의 항공사진, 석유류 저장․급유시설 사진, 건축물대장, 토지대장), 대금입금통장(쟁점거래처 명의의 UUUU 계좌), 송금한 청구법인의 예금통장 사본 및 청구법인의 금융거래내역 조회(청구법인의 SSSS 계좌) 등에 의하여 실지로 석유류가 거래되고 0,000만원의 거래대금이 인터넷자동이체거래로 입금된 사실이 확인된다.
• 다. 회사장부에 의한 확인 청구법인의 판매용 석유류의 상품수불부와 상품재고 명세서를 보면, 이 건 경우의 매입수량이 장부상 반영되어야 상품수불부 상의 경유의 매입수량과 경유의 재고량이 장부와 일치하게 되고, 이 건 경유의 매입가액이 상품수불부에서 빠지면 판매한 석유에 대한 매출원가가 과소 계상되는 결과가 되어 법인의 소득금액이 부당하게 과다 계상되는 문제점이 발생하게 된다.
• 라. 부과처분의 부당성 상기와 같이 청구법인이 실지로 석유류로 매입하였다는 것은 증거가 명확히 입증되는 사실이며, 청구법인이 증거자료로 제출하는 금융거래자료 등 입증 자료에 대하여는 수령자인 쟁점거래처의 내부의 일로 청구법인이 확인할 수 없으므로 입금된 거래대금의 흐름에 대하여는 처분관서에서 조사권을 행사하여 확인하여야 할 것이며, 청구법인이 억울한 세금을 부담하게 하여서는 아니 될 것이다.
• 마. 예비적 청구 쟁점세금계산서의 공급자인 쟁점거래처가 실물거래 없이 가짜세금계산서를 발행한 것이 확실하다면, 실지로 석유류를 판매한 TTT이 OO도 OO시에 있는 석유류 저장창고에서 경유를 공급하고 세금계산서를 쟁점거래처의 명의를 빌려 발행한 것으로 밖에 볼 수 없는데, 이 경우 위장거래에 해당하여 부가가치세는 매입세액이 불공제되어 부가가치세액을 추징하더라도, 법인의 소득금액을 계산함에 있어서 매입금액을 매출원가로 인정하지 않는다면 상품수불부나 상품재고명세서의 경우 재고량과 맞지 않게 되므로 불합리하게 되고, 금융자료 등 증거자료와 장부에 의하여 실물거래가 있었음이 명확히 입증되므로 법인세는 취소되어야 하며, 소득금액 변동통지도 취소하여야 한다.
• 바. 결언 세금계산서를 발행한 사업자에게 문제가 된 것인데, 쟁점거래처의 영업이사라고 주장하는 TTT과 공급계약을 하였으며, 실지거래자인 공급자가 쟁점거래처의 OO지점이라고 하였고, 쟁점거래처의 예금계좌로 송금하는 방식으로 대금을 지불하도록 하였을 뿐 아니라, 실지거래자가 자신의 차량으로 석유류를 운송해 왔으므로 세금계산서 발행자에게 문제가 되리라고는 청구법인이 예상할 수 없었으며, 앞서 기술했듯이 제시한 입증자료와 같이 청구법인이 실지로 석유류를 매입한 것은 사실로 확인되므로 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 부당하며, 세금계산서를 발행한 사업자에게 문제가 있어서 위장세금계산서 수취에 해당하여 매입세액이 공제되지 아니하여 부가가치세는 납부하여야 한다고 하더라도 실지로 경유를 매입한 것은 사실이므로 법인세는 취소되어야 한다. (추가 의견서)
• 사. 처분관서는 청구법인이 쟁점거래처의 직원인 TTT과 거래했다는 주장에 대하여 TTT이 ㈜RRRRR의 직원이었을 뿐 쟁점거래처에 근무한 사실이 없다 고 하며 청구법인과 쟁점거래처의 거래사실을 부인하는 근거로 제시하고 있으면서, 처분관서는 다시 쟁점거래처의 직원인 TTT의 운송지시를 받고 평택하치장으로부터 경유를 직접 운반하였다고 확인한 DDD에 대하여는 TTT의 강요에 의하여 운송(경유)확인서를 거짓 작성하였다는 진술을 하였다고 주장을 하고 있는데 처분관서의 앞의 주장에서와 같이 TTT이 이 사건 석유류 거래에 관련이 없는 자였다면 왜 자신과 아무 관련도 없는 청구법인의 석유류 거래사실을 증명하기 위하여 청구법인을 대리하여 DDD에게 확인서를 써달라고 강요했는지 하는 점에 대하여는 설명을 할 수 없는 모순이 드러난다.
• 아. 청구법인이 처분관서에 제출한 이의신청의 심리과정에서 처분관서의 납 세자보호담당관실 세무조사관이 직접 청구법인을 방문하여 청구법인이 제출한 상품수불부와 재고현황이 일치한다고 확인한 사실이 있으며, 동 조사 자료를 제출받아 확인할 것을 요청한다.
• 자. 이 건에서 쟁점거래처가 자료상으로 밝혀졌다는 사실만으로 청구법인이 경유를 매입한 사실이 없이 허위 세금계산서만 수취하였다고 보는 것은 잘못이며, 실거래당사자인 거래상대방이 무자료 경유을 팔기 위하여 쟁점거래처를 도용했는지, 실지로 쟁점거래처가 무자료 석유류를 팔고 매입자료가 없으니 매출자료도 신고하지 아니하였는지에 대하여 과세관청이 조사권을 행사하여 밝혀 낼 수 있을 뿐이고 청구법인이 입증할 수 없으며, 다만 TTT의 거래요청에 따라 경유를 공급받고, 쟁점거래처의 예금계좌에 경유대금을 송금하고 쟁점세금계산서를 수취하여 세무신고를 한 것으로 실지로 경유를 매입하여 판매한 것은 사실이다. 이는 거래당사자인 TTT의 사실확인서, TTT의 의뢰를 받아 경유를 운송한 DDD의 운송사실확인서, 청구법인의 상품수불부, 처분관서의 현장 확인 조사로 밝혀진 재고현황 등 객관적 사실에 의하여 거래사실이 입증된다.

청구법인이 실지 매입처라고 주장하는 쟁점거래처는 조사관서의 자료상 조사(2011.10.1.～12.31.)에서 자료상으로 확정된 법인으로 개업(2011.10.21.) 이후 직권폐업일(2012.1.19.)까지 유류를 매입한 사실이 전혀 없고, 단기간에 고액의 매출세금계산서를 발행한 자료상으로 쟁점거래처와 대표자 FFF는 OO지방검찰청에 고발되었다. 청구법인은 쟁점거래처의 영업이사라고 찾아온 TTT과 거래하였다고 주장하나, TTT은 쟁점거래처에 근무한 사실이 없고, 청구법인의 기존 거래처인 (주)RRRRR의 직원이었으며, 평택소재 저유소와 동일 지번에 위치한 지점 건물 소유자(임대인) GGG은 임대차계약서는 작성하였으나 저유소 관리인 HHH에게 직접 확인한 후, 전임차인 (주)JJJJJ가 2011년 1월까지 사용한 이후에는 저유소를 사용한 사실이 없다고 진술하였으며, 세금계산서 거래신고 내역도 없다. 또한 저유소 임대차계약일(2011.11.15.)이 유류 공급일(2011.11.11.)보다 늦은 점, 쟁점거래처의 지점 사업장이 있었음에도 부산에 위치한 쟁점거래처의 본점 세금계산서를 수취한 점, 유류운송차량은 하지장이나 저장소에서 유류를 운반할 때 사전에 운송차량, 유종, 용량 등을 사전에 신고하여 승인이 나야만 정문 출입이 가능하나 청구법인은 관련 자료를 제시하지 못한 점, 운송차량 및 운전기사 표기된 출하전표를 제시하지 못한 점, 거래일자가 2011.11.11., 2011.11.25., 2011.11.30.의 별개 일자이나 출하전표는 205979～81로 연결되어 있는 점, 거래일 이후인 2011.12.13.에 OO도지사로부터 석유판매업 등록이 수리되었고, 대금 입금 즉시 타계좌로 분산 이체한 조사관서의 조사결과 등 모든 사실과 정황이 실지 재화의 공급이 이동한 정상적인 거래로 볼 수 없다. 운송(경유)사실확인서를 작성한 DDD에게 2013.7.25. 오전 10시쯤 전화통화하여 확인한바 DDD은 OO도 OO WWWW 저유소에서 경유를 청구법인에 운반한 사실이 없고, TTT이 시간이 오래되어 법적으로 아무 문제가 없으니 확인서를 써 달라고 5차례 이상의 강요해 거짓 작성하였다고 진술하였으며, 허위 확인서에 대한 확 인서를 받고자 수차례 통화를 시도하였으나 전화를 받지 않았으며, 운반에 사용한 차량소유 KKKK)의 세금계산서 거래내역을 확인한바 쟁점거래처와 거래내역이 없다. 청구법인이 실지거래 증빙으로 제출한 상품수불부는 상기 DDD의 진술내용에서 확인되는 바와 같이 실지 매입이 없음에도 불복청구를 위하여 사후에 작성한 것으로 판단된다. 청구법인은 1999년 주유소를 개업하여 다년간 운영한 사업자로서 그동안의 경험을 통해 유류공급의 정상적인 구조와 유통경로, 유류업계에 널리 퍼진 자료상 거래의 실태와 위험성에 대하여 충분히 알고 있었을 것으로 보이며, 출하일자와 별개의 출하전표와 일련번호, 유류운반 운전자의 사실과 다른 확인서 수취, TTT이 쟁점거래처에 근무한 사실도 없었음에도 근무했다고 작성한 TTT의 거래사실확인서 등으로 보아 실물거래가 없는 가공세금계산서로 판된되므로 예비적청QQ서 청구한 법인세 00,000천원에 대한 취소 청구도 받아들일 수 없다.

• 가. 관련법령

① 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

② 쟁점세금계산서를 위장 거래로 보아 쟁점금액을 손금으로 인정할 수 있는지 여부

• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 (2013.1.1. 제11608호로 개정되기 이전) 제17조 【납부세액 】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 2) 부가가치세법 (2013.1.1. 제11608호로 개정되기 이전) 제21조【결정 및 경정 】

① 사업장 관할 세무서장, 사업장 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 "사업장 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고한 내용에 오류 또는 탈루(脫漏)가 있는 경우

3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우 3) 법인세법 (2013.1.1. 제11603호로 개정되기 이전) 제19조【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으 로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 4) 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】 법 제19조제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

• 다. 사실관계

1. 처분관서는 아래와 같이 조사관서로부터 과세자료를 통보받아 경정하였고, 부가가치세 경정결의서에 의하면 쟁점세금계산서를 가짜세금계산서로 보아 쟁점금액 00,000,000원의 부가가치세 0,000,000원을 매입세액에서 불공제하여 2011년 제2기 부가가치세 00,000,000원을 경정했고, 법인세 경정결의서에 의하면 쟁점금액을 가공매입으로 보아 손금불산입하고 2011사업연도 법인세 00,000,000원을 경정 결의한 내역이 나타난다. <과세자료 내역>

2. 처분관서에서 제출한 심리자료는 다음과 같다.

• 가) 조사관서의 쟁점거래처 통합조사 종결보고서의 주요내용
• 나) 처분관서에서 조사관서에게 송부한 “거래처 현지확인 의뢰에 대한 결과 회신”의 주요내용 ※ 청구법인과 쟁점거래처와의 거래분에 대하여 조사관서는 처분관서에게 현지확인을 의뢰하였고, 처분관서에서 이에 대한 결과를 회신한 공문임
• 다) 처분관서는 이 건 거래를 운송했던 차량 기사(DDD)와 2013.7.25. 오전 10시경 유선통화과정에서, 운송차량은 본인(DDD)의 배우자 명의의 KKKK으로 사업자등록된 차량이자, OO소재 KKKK(주)에 등록된 지입차량으로 나타났고, KKKK의 2011년 제2기 부가가치세 신고내역에 의하면 청구법인 및 쟁점거래처와 신고된 거래 내역이 나타나지 않는다.

3. 청구법인에서 제출한 심리자료는 다음과 같다. 사실확인서 TTT 상기 본인은 (주)WWWW 영업이사로 재직중 ZZZZ주유소에서 기름(경유) 주문을 받아 회사 WWWW 법인통장으로 입금을 받고 WWWW의 저유소(OO시 OO읍 OOOO7)에서 출하해서 ZZZZ 주유소에서 도착시켜 드렸습니다. 거래내역 2011.11.11. 경유 20,000L, 2011.11.25. 경유 20,000L 2011.11.30. 경유 20,000L를 거래금액 합계 00,000,000원입니다. 2013.1.29. TTT 날인

• 가) TTT의 사실확인서
• 나) DDD의 사실확인서 ※상기와 동일한 내용의 확인서를 2013.9.23. 재차 제출함
• 다) 청구법인의 SSSS계좌에서 청구외법인의 UUUU 계좌로 00,000,000원을 이체한 사본(처분관서에서 제출한 금융이체 내역과 같음) 및 청구외법인의 UUUU 계좌의 통장 표지 사본을 제출하였다.
• 라) 석유제품 공급계약서 사본
• 마) OO OO시 OO읍 OOOO7의 위성사진, 건축물관리대장 (위험물저장소 2동 소재), 토지대장 사본을 제출하였다.
• 바) 저장소 임대차 계약서 사본에 의하면 임대인 과 (주)WWWW는 2011.11.15.부터 1년간 보증금 원, 월세 원에 OO OO시 OO 읍 OO리 0-00에 대한 임대차 계약을 체결한 내용이 나타난다.

4. 이의신청 결정문(QQ2013-0013, 2013.4.21.)에 의하면 이의신청 심리과정에서 심리담당자가 확인한 사실관계의 주요내용은 다음과 같다.

• 가) 쟁점거래처는 법인등기부등록상 부산광역시에 소재하며 본점설립일은 2011.10.18.로 확인되고 OO도 OO에 소재하고 있는 지점은 2011.10.24. 설치 등록한 것으로 나타나며, OO지점의 석유판매업 등록 및 사업자등록을 위해 지점사업장 임대인과 저장소임대차계약서를 2011.11.15.에 작성하였으며 이를 근거로 2011.12.13. OOO 지사로부터 석유판매업 등록 수리되었고, OO세무서에 2011.12.14. 지점사업자등록신청을 하였으며, 사업자등록신청일 현재를 수익사업개시일로 기재한 것으로 사업자등록신청서 및 부속서류에 의해 확인한 것것으로 나타난다. 나) 청구법인이 제출한 2011년 1월～2013년 4월까지 상품수불현황 명세를 제출하여 살펴본바 아래와 같이 매출․매입이 이루어진 것으로 확인되었으며, 2013.4.16. 현재 휘발유 00,000ℓ, 경유 000,000ℓ, 등유 00,000ℓ의 재고가 남아있는 것으로 기재되어 있고, 상품수불현황의 재고와 실제 남아있는 재고가 일치하는지 여부를 알아보기 위해 2013.4.16. 청구법인 사업장에 방문하여 유류 재고를 확인 ※ 한바 상품수불현황과 거의 일치함을 확인한 것으로 나타난다. 과세기간 경유(ℓ) 매입 경유(ℓ)매출 및 총매출액(천원) 경유(ℓ) 재고 경유(ℓ) 매출 휘발유 등 총매출액 2011년 1기 2011년 2기 2012년 1기 2012년 2기 2013.1.1.～ 2013.4.16. ※ 현장에서 경유재고를 측정하는 사진
• 다) 쟁점거래처의 영업이사로 재직하며 청구법인에게 경유를 공급하였다고 기술된 거래사실확인서를 작성하여 준 청구외 TTT을 국세청통합전산망에서 확인한바, 2011.6.30.까지 (주)RRRRR의 직원이었던 것으로 확인되며, 쟁점거래처에서 근무하였다는 사실은 확인되지 않는 것으로 나타난다.
• 라) 국세청통합전산망에 의하면 청구법인의 부가가치세 및 법인세 신고서에 나타난 부가율 및 매출원가 비율은 다음과 같이 나타난다. < 부가가치세 신고 및 경정에 따른 부가율 현황 > (단위: 천원, %) < 법인세신고서상 손익계산서에 따른 매출총이익률 현황 > (단위: 천원, %) * 부가가치세 신고서와 법인세 신고서의 손익계산서상의 매출액 차이는 자가공급 및 고정 자산 매출에 따른 차이
• 라. 판단 첫째, 청구인은 실제 거래한 후 쟁점세금계산서를 정상적으로 수취했다면 부가가치세 매입세액 불공제가 부당하다고 주장하는바 이에 대하여 살펴본다. 조사관서의 쟁점거래처에 대한 조사보고서에 의하면 쟁점거래처는 매입이 전무하고 매출액 100%가 가공 매출로 판단되어 자료상 행위자로 고발된 업체인 점, 쟁점거래처는 저유소 시설을 사용한 사실이 없는 것으로 나타난 점, 금융거래의 경우 수 십 개의 계좌를 개설하여 거래대금을 입금 받으면 대부분 1회에 현금으로 인출했고 입․출금 은행이 유류 매입처(주유소) 인근에 소재 하는 등 정상거래를 위장하기 위한 자금 세탁으로 보이는 점 등을 볼 때 쟁점거래처가 정상사업자라고 보아 쟁점세금계산서상 유류를 매입하였다고 보이지 않으므로 쟁점세금계산서상의 부가가치세 매입세액을 공제하기는 어렵다고 판다된다. 둘째, 쟁점세금계산서를 위장 거래로 보아 쟁점금액을 청구법인의 손금으로 인정할 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다. 청구법인이 제출한 유류 수불 부상 경유 재고현황이 이의신청 심리과정에서 심리담당자의 현장방문을 통해 확인된 경유 재고현황과 거의 일치하는 등 실물 입고된 경유가 있었고, 관련 매출이 있었다는 청구주장에 신빙성이 있어 보이는 점, 청구법인의 2011년 제1기부터 2012년 제2기까지 신고된 부가가치율을 보면 0.00%～0.0%인데 비 하여 쟁점금액을 매입금액에서 제외한 2011년 제2기 부가가치율이 00.0%로 높게 나타나고 있고, 이는 통상적으로 유류 판매마진이 일정한 수준임을 감안할 때 쟁점금액을 손금(원가)로 인정하는 것이 합리적으로 보이는 점(심사소득 참고) 등을 종합하여 보면 쟁점세금계산서상 공급자가 실제와 다르다 하더라도 청구법인이 쟁점세금계산서 상당의 유류를 실제 공급받은 것으로 보여진다. 따라서, 쟁점세금계산서를 위장세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하되, 쟁점금액을 손금에 산입하여 법인세 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.