청구법인이 제공하는 교육용역이 부가가치세 면세 대상인지 여부

청구법인은 주무관청으로부터 인․허가를 받지 않은 신학대학원으로, 수강생들로부터 수업료를 받고 인터넷 강의 등을 제공하였다. 처분청은 주무관청으로부터 인가를 받지 않은 청구법인이 제공하는 교육용역은 부가가치세법 제12조 제1항 제6호 에 따른 부가가치세 면세대상에 해당하지 않는다고 보아 청구법인이 부가가치세 신고․납부하지 않은 2010년 제1기～2011년 제2기 수업료 수입에 대하여 부가가치세 165,192,580원을 부과처분 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.5.31. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 청구법인은 목회자 양성을 목표로 세운 신학대학원으로 하나님의 명령을 수행하기 위하여 2010년 개교하였다. 철저한 학사운영과 개혁․보수․정통신학을 교육하고 있으며, 3년의 교육과정(96학점)을 수료하면 목회학석사학위를 취득하며, 교단으로부터 목사안수를 받고 교회목회 및 선교사로 활동하게 된다.
• 나. 신학은 세상 일반학문과 달리 신학박사 학위 또는 목회경험이 많은 교수들이 강의하고 오랜 신앙생활에서 얻어진 성경지식과 영성의 뒷받침 속에서만 수업이 가능한 학문으로 신앙심 깊은 신도들만 공부할 수 있는 학문으로 아무나 신학대학원을 세울 수 없으며, 기독교 신학교육은 국가에서도 감당하기 어려운 교육이다.
• 다. 신학대학원도 국가의 학교설립에 관한 기준에 맞춰 학교가 세워져야 함은 당연하다. 그러나 기준이 마련되어 있지 않다하여 영적지도자가 많이 요구되는 이 시대에 학교를 세우지 않을 수 없다.
• 라. 교부금은 인가받은 학교에만 지원되므로 청구법인은 전혀 받지 못하고 있는 실정이다.
• 마. 고등교육법 제30조 의 대학원 대학은 고등교육법 제2조 제1호 의 대학의 한 형태로 규정되어 있고, 고등교육법 제2조 에서 대학과 사이버대학을 구분하여 규정하고 있으며, 하위규정에서도 대학은 대학 설립 운영규정에 따라, 사이버대학은 사이버대학 설립 운영규정에 따라 구체적인 설립 및 운영이 규율되고 있음에 비추어 고등교육법 제2조 제1호 의 대학은 비사이버형태의 대학원 대학만을 포함한다고 보아야 하므로 사이버 형태의 대학원 대학은 고등교육법상 규율되고 있지 않으며, 사이버대학원 대학교 설립 운영규정이 없어 인가를 받지 못하고 있는 실정이다.
• 바. 따라서 사이버대학원 대학교는 고등교육법 제2조 가 정하고 있는 학교에 포한되지 않는 별개의 교육시설, 즉 법외적인 교육시설로 존재할 수밖에 없다. 학교설립과 인가 문제에 대하여 교과부(지금의 교육부)에 문의 상담하였으나 인가 기준이 없어 인가서류를 받을 수 없다는 답변을 들었고, 이에 2012.9.19. 교과부에 ‘사이버대학원대학교 인가 기준 마련’에 대한 청원서를 제출하였으나 아직까지 가부에 대한 답변은 없으며, 인가 기준도 마련되지 않고 있는 실정이다.
• 사. 교과부에서는 인가해 주지 않고 국세청에서는 인가 받지 않은 학교이므로 일반사업자로 간주하여 부가가치세를 내야 한다고 판정하니 혼란스러울 뿐이며, 국가가 교부금으로 지원해야 마땅한 학교에 세금을 부과한다는 것은 상식적으로 있을 수 없는 일로 세금을 많이 징수하여 국가 운영과 발전에 사용할 수 있도록 하는 것이 국세청의 임무인줄은 알지만 무리한 집행으로 목회자 양성을 위하여 세워진 청구법인으로부터 부가가치세를 징수하는 것은 부당하다.
• 아. 종교의 발전과 포교활동을 위해서는 종교지도자(목사)의 양성이 필수적인데, 이를 위해 세워진 학교에 부가가치세를 부과처분한 것은 종교지도자 양성을 방해하는 것이며, 기독교에 대한 차별정책이므로 이 건 부가가치세 부과처분은 취소되어야 한다.

청구법인은 고등교육법상 사이버형태의 대학원이 규정되어 있지 않아 주무관청으로부터 인가를 받지 못하고 있는 상황이므로 실질적인 내용에 따라 부가가치세 과세대상여부를 판단해야한다고 주장하고 있으나, 부가가치세법 시행령 제30조 는 ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록 또는 신고된 학교․학원․강습소․훈련원․교습소, 그 밖의 비영리단체’가 제공하는 교육용역을 부가가치세 면세대상으로 규정하고 있으므로, 주무관청으로부터 인가를 받지 못한 청구법인의 수업료수입에 대하여 부가가치세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 제공하는 교육용역이 부가가치세 면세 대상인지 여부
• 나. 관련법령 등 1) 부가가치세법 제12조 【면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

1. ～ 5.(생략)

6. 교육 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 2) 부가가치세법 시행령 제30조 【교육용역의 범위】 법 제12조제1항제6호에 규정하는 교육용역은 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록 또는 신고된 학교ㆍ학원ㆍ강습소ㆍ훈련원ㆍ교습소 또는 그 밖의 비영리단체나 청소년활동진흥법 제10조제1호 에 따른 청소년수련시설에서 학생ㆍ수강생ㆍ훈련생ㆍ교습생 또는 청강생에게 지식ㆍ기술등을 가르치는 것으로 한다.

• 다. 사실관계
• 가. 국세통합전산망에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. 1) 청구법인은 2009.11.1. 개업하여 기독교 지도자 양성을 고유목적사업으로 하여 고유번호(1-82-***)를 처분청으로부터 발급 받았다.

2. 청구법인은 2009.11.1. 개업일 이후 부가가치세 및 법인세 등을 신고한 내역이 없다.

• 나. 처분청의 부가가치세 조사 종결보고서 보충조서의 내용은 다음과 같다.

1. 청구법인은 주무관청으로부터 인․허가를 받지 않은 신학대학원으로 인터넷 강의 등을 제공하고 수강생으로부터 수업료를 수취한 사실이 있어 부가가치세 과세대상여부에 대한 확인을 위하여 조사대상으로 선정함

2. 부가가치세 과세대상 여부에 대한 조사 주무관청으로부터 인가를 받지 아니한 상태에서 인터넷 강의 등을 제공하고 그 대가로 수업료 등을 수취하는 경우 이는 부가가치세 과세대상으로 청구법인 명의의 신한은행계좌에 대한 금융조사 결과 2010년～2011년에 걸쳐 수강생으로부터 받은 수업료 등 1,284백만원을 적출함

• 다. 청구법인은 2012.9.19.에 교육과학기술부에 제출한 “사이버 대학원대학교 인가기준 마련”을 제출하였으며, 그 내용은 다음과 같다.

1. 현재 본교가 교육과학기술부로부터 정식인가를 받지 못해 내년 배출되는 첫 졸업생들부터 국내 활동의 입지에 상당한 제약이 초래된다.

2. 디지털 강국 대한민국 위상에 걸맞도록 사이버 신학대학원대학교 인가기분을 조속히 마련해 주어 역량 있는 차세대 전문가들이 현장에서 더욱 능동적으로 국위를 선양하며 하나님께로부터 부여 받은 은사와 부르심에 각자의 능력을 유감없이 발휘할 수 있도록 기반을 조성해 주기 바란다.

3. 우리 사이버신학대학원 설립된지 3년이 되었고 규모도 일반 오프라인 신학대학원대학교 만큼 되므로 한시적으로 조건부 인가를 해 줄 수는 없는가? 학교의 성장이나 운영의 적정성이 인정되면 정식인가해 주는 조건부인가가 가능한지 문의 한다.

• 라. 판단 위와 같은 관련법령과 사실관계를 종합해 보면, 청구법인은 사이버대학원 대학교는 고등교육법 제2조 가 정하고 있는 학교에 포함되지 않는 별개의 교육시설로, 학교설립과 인가 문제에 대하여 교과부(지금의 교육부)에 문의 상담하였으나 인가 기준이 없어 부득이하게 인가를 받지 못하였으므로 처분청의 이 건 부가가치세 부과처분은 부당하다고 주장하고 있으나, 부가가치세법 제12조 와 같은법 시행령 제30조에 정부의 허가 또는 인가를 받은 학교․학원․강습소․훈련원․교습소 기타 비영리단체 및 청소년활동진흥법 제10조 제1호 에 의한 청소년수련시설에서 학생․수강생․훈련생․교습생 또는 청강생 등에게 지식·기술 등을 가르치는 교육용역에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있는데, 면세대상인 교육용역은 주무관청의 허가․인가 또는 승인을 얻어 설립하거나 주무관청에 등록 또는 신고한 학원․강습소 등 및 청소년기본법에 의한 청소년수련시설에서 지식․기술 등을 가르치는 것을 말하며 이 경우 지식 또는 기술의 내용은 불문으로 하는 것이다(부가가치세법 기본통칙 12-30···1 참고). 관련법령과 부가가치세가 사업자가 아니라 재화 또는 용역의 공급에 대하여 과세하는 점 등을 함께 고려하면 부가가치세법 면제대상인 교육용역은 주무관청의 허가․인가 또는 승인을 얻어 설립하거나 주무관청에 등록 또는 신고한 비영리단체 등이 주무관청으로부터 허가․인가 또는 승인을 얻어 제공하거나 주무관청에 등록 또는 신고한 교육용역에 한정된다고 해석하는 것이 타당하다고 할 것이다. 그렇다면, 청구법인이 쟁점용역에 대하여 주무관청으로부터 허가․인가 또는 승인을 받거나 또는 그 용역에 대하여 주무관청에 등록․신고하지 아니한 이상 당해 용역을 부가가치세 면제대상인 교육용역으로 보기는 어렵다고 할 것이다(국심 2006부2046, 2006.12.04, 재소비-471, 2005.1.16. 같은 뜻임). 따라서 처분청이 쟁점용역을 부가가치세 과세대상으로 보아 인터넷 강의 등을 제공하고 수강생들로부터 수업료 명목으로 지급받은 대가에 대하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.