청구법인이 폐기물처리업허가를 받지 아니한 이상, 허가권자인 지방자치단체와 계약체결하고 그 지휘・감독 하에 음식물처리용역을 공급하였더라도 이를 면세대상으로 볼 수 없으나, 과세표준에 포함하여 신고한 전자세금계산서를 추후 취소하였다 하여 전자세금계산서 미발급가산세를 적용한 것은 잘못임
청구법인이 폐기물처리업허가를 받지 아니한 이상, 허가권자인 지방자치단체와 계약체결하고 그 지휘・감독 하에 음식물처리용역을 공급하였더라도 이를 면세대상으로 볼 수 없으나, 과세표준에 포함하여 신고한 전자세금계산서를 추후 취소하였다 하여 전자세금계산서 미발급가산세를 적용한 것은 잘못임
○○세무서장이 청구법인에게 2012.10.11. 한 2011년 제2기 부가가치세35,957,720원의 경정청구 거부처분과 2012.11.9. 한 2011년 제2기 부가가치세 12,479,340원의 부과처분은, 이 중 2012.11.9. 한 2011년 제2기 부가가치세 12,479,340원의 부과처분을 취소합니다
청구법인은 2011.5.2. 개업하여폐기물관리법에 의한 폐기물처리업 허가를 받지 아니한 상태에서 2011.5.4. ○○시장과 음식물자원화시설(이하 “쟁점시설”이라 한다) 운영 등에 관한 위·수탁협약을 체결하여 음식폐기물처리용역(이하 “쟁점용역”이라 한다) 및 쟁점시설 유지관리용역 등을 제공한 것에 대하여 세금계산서를 교부하고 공급가액을 부가가치세 과세표준에 포함하여 신고하였다가, 쟁점용역이 면세에 해당하는 것으로 보아 2011년 제2기에 쟁점용역에 대하여 교부한 세금계산서 6매(공급가액 623,968천원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 취소하고 이를 계산서로 수정발급한 후, 해당 금액을 과세표준에서 차감하여 부가가치세 35,957천원을 환급하여 달라고 2012.8.13. 처분청에 경정청구를 하였다. 처분청은 청구법인이 폐기물처리업 허가를 받지 아니한 상태에서 ○○시장에게 공급한 쟁점용역은 부가가치세 면세대상에 해당하지 아니한다는 이유로 2012.10.11. 경정청구 거부통지를 하고, 발행이 취소된 쟁점세금계산서에 대하여 전자세금계산서 미발급가산세를 적용하여 2012.11.9. 청구법인에게 2011년 제2기 부가가치세 12,479,340원을 경정·고지하였다. 청구법인은 위 처분에 불복하여 2013.1.11. 이 건 심사청구를 하였다.
1. 청구법인은 2011.5.4. ○○시장과 ○○시의 음식물자원화시설에 대한 민간위탁사무의 위·수탁협약을 체결하여 ○○시의 직접적인 지도·감독 하에 ○○시에게 쟁점용역을 제공하고 있는바, 부가가치세 과세사업자로 음식물폐기물 처리시설도 제조하므로 당초 쟁점용역에 대하여도 세금계산서를 발행하여 부가가치세를 신고·납부하였으나, 채산성에 어려움이 있어 다른 동종 업체들과 비교하여 본바, 뒤늦게 부가가치세 면세사업이라는 사실을 알게 되었다.
2. 비록 청구법인의 과실로 2012.10.25. ○○시장으로부터 허가기간을 2011.5.4.로 소급하여 허가를 받아 뒤늦게 허가요건을 충족하였지만, 당초 폐기물처리업의 허가권자인 ○○시장이 운영능력 및 전문성 등을 고려하여 청구법인과 음식물자원화시설 위·수탁협약을 체결하였으며, 청구법인은 ○○시 소유의 음식물자원화시설을 무상으로 제공받고 ○○시장의 실질적 관리 및 지휘·감독 하에 음식폐기물처리용역을 제공하였기 때문에 허가는 형식적인 기준에 불과하여 ○○시장도 사전에 별도의 허가를 요구한 적이 없었다. 3) 부가가치세법 시행령 제29조 제11호 에서 “폐기물관리법제25조의 규정에 의하여 폐기물처리업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물처리용역”은 부가가치세가 면제된다고 규정하고 있는바, “허가”를 해석함에 있어서 용어에 의한 형식적 기준이 아니라, 실질적으로 그 지도·감독을 받는 관계에 있거나 지휘·감독을 받은 사실이 있는 때에는 허가를 받은 것으로 보아야 할 것이다.
4. 위와 같이 청구법인은 처음부터 허가권자인 ○○시장과 직접 계약을 할 수 있었던 점만을 놓고 보아도 이미 모든 면에서 ○○시청의 허가기준에 충족한 쟁점시설을 무상으로 제공받아 그의 실질적인 관리 및 지휘·감독 하에 쟁점용역을 제공하였기 때문에 굳이 허가권자의 허가를 별도로 받을 필요가 없었음에도, 처분청이 실질을 무시하고 지나치게 형식적인 기준을 요구하는 것은 부당하다.
5. 따라서 청구법인이 쟁점용역을 공급한 과세기간에 폐기물처리업 허가를 받지는 아니한 상태였으나, 허가권자인 ○○시장과 음식물자원화시설 민간위탁사무의 위·수탁협약서를 체결하고, ○○시장의 직접적인 지도·감독 하에 ○○시장의 위탁을 받아 제공한 쟁점용역에 대하여 부가가치세를 면제하여 경정청구한 부가가치세 35,957,730원을 환급하고, 2012.11.30. 납기로 고지한 부가가치세 12,479,340원을 취소하여야 한다.
1. 청구법인은 폐기물처리 기계장치 및 설비 등을 주로 제조하는 법인으로 폐기물관리법에 의한 폐기물처리 시설·장비 및 기술인력 등 요건을 갖추고 있지 아니하여, 폐기물처리업의 허가를 득하지 못한 상태에서 ○○시의 위탁을 받아 ○○시가 수집·운반한 음식물쓰레기를 처리하고, 처리량에 따라 처리비용을 받고 있으며, 음식물쓰레기를 처리하여 생산된 사료 및 퇴비는 청구법인에게 귀속되고 있다. 2) 부가가치세법 제12조 제1항 및 부가가치세법 시행령 제29조 제11호 에서는 폐기물관리법 제25조 의 규정에 의하여 생활폐기물 또는 의료폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 의료폐기물의 수집·운반 및 처리용역을 부가가치세가 면세되는 의료보건 용역으로 규정하고 있고, 폐기물관리법 제14조 제2항 및 폐기물관리법 시행령 제8조 제1항 에서는 폐기물관리법 제25조 의 제3항에 따른 폐기물처리업 허가를 받은 자에게 자치단체의 조례에 따라 생활폐기물 처리를 대행할 수 있다고 규정하고 있는바, 폐기물처리업 허가를 받지 아니한 청구법인이 음식물쓰레기를 처리하는 것은 폐기물관리법상 위법한 행위이며, 쟁점용역은 부가가치세상의 면세용역에도 해당하지 아니한다.
3. 또한 청구법인이 쟁점용역이 면세대상이라고 주장하면서 그 근거로 제시한 조세심판원의 결정(국심2000전1102, 2000.12.22)은 조세법규를 해석함에 있어 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는다(대법원 1987.5.26. 선고 86누92판결, 대법원 2000.12.26. 선고 98두1192 판결 같은 뜻)는 조세법률주의에 위배되는 사실관계 및 조세법률을 잘못 이해하여 유추·확장 해석한 것이며, 이후 국세청 예규 및 판례에서는 폐기물처리업 허가를 받지 아니한 사업자가 지방자치단체와 위·수탁계약에 의하여 제공한 폐기물처리용역은 부가가치세 과세대상임을 명확히 하고 있다.
4. 한편, 청구법인은 처분청의 경정청구 거부통지를 받은 후에 ○○시장으로부터 폐기물종합재활용업의 허가를 소급하여 받았으므로 쟁점용역이 면세 대상이라 주장하나, 폐기물처리업 허가를 받지 아니한 사업자가 지방자치단체의 위탁을 받아 제공한 음식물쓰레기 처리용역은 과세대상이라는 처분청의 경정청구 거부통지를 받고서 청구법인은 폐기물처리 시설·장비 및 기술인력 등 요건을 갖추고 있지 아니하여 폐기물처리업 허가를 받을 수 없자, 허가기간을 ○○시장과의 위·수탁 계약기간과 동일하게 하여 폐기물종합재활용업으로 조건부 허가를 받았으므로 쟁점용역을 면세대상으로 볼 수 없다.
5. 청구법인은 경정청구를 거부하고, 가산세를 적용하여 12,479천원을 부과한 처분은 부당하다 주장하고 있으나, 청구법인이 ○○시에 제공한 쟁점용역을 면세대상으로 보아 이미 발급된 쟁점세금계산서를 2012.2.17. (전자)수정세금 계산서(공급가액 △623,968천원)를 발급하여 임의로 취소함으로써 2011년 제2기 부가가치세 신고서상 세금계산서 기재금액 770,095천원(공급가액)과 전자세금계산서 발급금액 146,127천원의 차액 623,968천원에 대하여 전자세금계산서 가산세 과소신고 자료가 2012.5.24. 생성되어 출력됨에 따라 부가가치세법 제22조 제3항 에 의거 전자세금계산서 미발급가산세를 적용하여 12,479천원을 경정·고지한 것으로서 경정청구 거부에 따른 가산세가 아니다. 또한 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법에 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하므로 청구주장은 이유 없다.
① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액 2) 부가가치세법 시행령 제29조 【보건의료용역의 범위】 법 제12조제1항제5호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각 호에 규정하는 것(의료법또는수의사법에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다. 11.폐기물관리법제25조의 규정에 의하여 생활폐기물 또는 의료폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 의료폐 기물의 수집ㆍ운반 및 처리용역과 같은 법 제29조의 규정에 의하여 폐기물처리시설의 설치승인을 얻거나 그 설치의 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역 3) 부가가치세법 제22조 【가산세】
③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액(제2호의 경우에는 그 세금계산서에 적힌 금액을 말한다)에 대하여 100분의 2에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.
1. 제16조에 따른 세금계산서를 발급하지 아니한 경우
4. 폐기물관리법 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “폐기물”이라 함은 쓰레기, 연소재, 오니, 폐유, 폐산, 폐알카리 및 동물의 사체 등으로서 사람의 생활이나 사업활동에 필요하지 아니하게 된 물질을 말한다.
2. “생활폐기물”이란 사업장폐기물 외의 폐기물을 말한다.
3. “사업장폐기물”이라 함은대기환경보전법,수질환경보전법또는 소음·진동관리법에 따라 배출시설을 설치·운영하는 사업장이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사업장에서 발생되는 폐기물을 말한다.
4. (생략)
5. “의료폐기물”이란 보건·의료기관, 동물병원, 시험·검사기관등에서 배출 되는 폐기물 중 인체에 감염 등 위해를 줄 우려가 있는 폐기물과 인체 조직 등 적출물, 실험 동물의 사체 등 보경·환경보호상 특별한 관리가 필요하다고 인정되는 폐기물로서 대통령령으로 정하는 폐기물을 말한다. 5의2. “처리”란 폐기물의 수집, 운반, 보관, 재활용, 처분을 말한다.
6. “처분”이란 페기물의 소각·중화·파쇄·고형화 등의 중간처분과 매입하거나 해역으로 배출하는 등의 최종처분을 말한다.
7. “재활용”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 활동을 말한다.
8. “폐기물처리시설”이란 폐기물의 중간처분시설, 최종처분시설 및 재활용 시설로서 대통령령으로 정하는 시설을 말한다. 제14조【생활폐기물의 처리 등】
① 특별자치도지사, 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 관할 구역에서 배출되는 생활폐기물을 처리하여야 한다. 다만, 환경부령으로 정하는 바에 따라 특별자치도지사, 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 지정하는 지역은 제외한다.
② 특별자치도지사, 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 해당 지방자치단체의 조례로 정하는 바에 따라 대통령령으로 정하는 자에게 제1항에 따른 처리를 대행하게 할 수 있다. 제25조【폐기물처리업】
① 폐기물의 수집ㆍ운반, 재활용 또는 처분을 업(이하 “폐기물처리업”이라 한다)으로 하려는 자(음식물류 폐기물을 제외한 생활폐기물을 재활용하려는 자와 폐기물처리 신고자는 제외한다)는 환경부령으로 정하는 바에 따라 지정폐기물을 대상으로 하는 경우에는 폐기물 처리 사업계획서를 환경부장관에게 제출하고, 그 밖의 폐기물을 대상으로 하는 경우에는 시ㆍ도지사에게 제출하여야 한다. 환경부령으로 정하는 중요 사항을 변경하려는 때에도 또한 같다.
② 환경부장관이나 시ㆍ도지사는 제1항에 따라 제출된 폐기물 처리사업계획서를 다음 각 호의 사항에 관하여 검토한 후 그 적합 여부를 폐기물처리사업계획서를 제출한 자에게 통보하여야 한다.
1. 폐기물처리업 허가를 받으려는 자(법인의 경우에는 임원을 포함한다)가 제26조에 따른 결격사유에 해당하는지 여부
2. 폐기물처리시설의 입지 등이 다른 법률에 저촉되는지 여부
3. 폐기물처리사업계획서상의 시설ㆍ장비와 기술능력이 제3항에 따른 허가 기준에 맞는지 여부
4. 폐기물처리시설의 설치ㆍ운영으로 사람의 건강이나 주변 환경에 영향을 미치는지 여부
③ 제2항에 따라 적합통보를 받은 자는 그 통보를 받은 날부터 2년(제5항제1호에 따른 폐기물 수집ㆍ운반업의 경우에는 6개월, 폐기물처리업 중 소각시설과 매립시설의 설치가 필요한 경우에는 3년) 이내에 환경부령으로 정하는 기준에 따른 시설ㆍ장비 및 기술능력을 갖추어 업종, 영업대상 폐기물 및 처리분야별로 지정폐기물을 대상으로 하는 경우에는 환경부장관의, 그 밖의 폐기물을 대상으로 하는 경우에는 시ㆍ도지사의 허가를 받아야 한다. 이 경우 환경부장관 또는 시ㆍ도지사는 제2항에 따라 적합통보를 받은 자가 그 적합통보를 받은 사업계획에 따라 시설ㆍ장비 및 기술인력 등의 요건을 갖추어 허가신청을 한 때에는 지체 없이 허가하여야 한다.
③ (생략)
⑤ 폐기물처리업의 업종 구분과 영업 내용은 다음과 같다.
1. 폐기물 수집ㆍ운반업: 폐기물을 수집하여 재활용 또는 처분 장소로 운반 하거나 폐기물을 수출하기 위하여 수집ㆍ운반하는 영업
2. 폐기물 중간처분업: 폐기물 중간처분시설을 갖추고 폐기물을 소각 처분, 기계적 처분, 화학적 처분, 생물학적 처분, 그 밖에 환경부장관이 폐기물을 안전하게 중간처분할 수 있다고 인정하여 고시하는 방법으로 중간처분하는 영업
3. 폐기물 최종처분업: 폐기물 최종처분시설을 갖추고 폐기물을 매립 등(해역 배출은 제외한다)의 방법으로 최종처분하는 영업
4. 폐기물 종합처분업: 폐기물 중간처분시설 및 최종처분시설을 갖추고 폐기물의 중간처분과 최종처분을 함께 하는 영업
5. 폐기물 중간재활용업: 폐기물 재활용시설을 갖추고 중간가공 폐기물을 만드는 영업
6. 폐기물 최종재활용업: 폐기물 재활용시설을 갖추고 중간가공 폐기물을 제13조의2에 따른 용도 또는 방법으로 재활용하는 영업
7. 폐기물 종합재활용업: 폐기물 재활용시설을 갖추고 중간재활용업과 최종 재활용업을 함께 하는 영업 제29조【폐기물처리시설의 설치】
① 폐기물처리시설은 환경부령으로 정하는 기준에 맞게 설치하되, 환경부령 으로 정하는 규모 미만의 폐기물 소각 시설을 설치ㆍ운영하여서는 아니 된다.
② 제25조제3항에 따른 폐기물처리업의 허가를 받았거나 받으려는 자 외의 자가 폐기물처리시설을 설치하려면 환경부장관의 승인을 받아야 한다. (단서 생략) 5) 폐기물관리법 시행령 제8조【생활폐기물의 처리대행자】 법 제14조제2항에서 "대통령령으로 정하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.
1. 법 제25조제3항에 따른 폐기물처리업의 허가를 받은 자(이하 "폐기물처리업자"라 한다)
2. 법 제29조제2항에 따른 폐기물처리시설의 설치자로서 음식물류, 농ㆍ수 ㆍ축산물류 폐기물(이하 “음식물류 폐기물”이라 한다)을 재활용하는 자
1. 청구법인(“을”)과 ○○시장(“갑”)이 2011.5.4. 체결한 쟁점협약의 주요 내용은 아래와 같다.
1. 각 시설물의 유지관리
2. 처리시설의 운영 및 유지관리
3. 처리장 운영
4. 기타시설의 유지관리
○○시 음식물자원화시설
1. 위치: ○○시 ○○동 197-4번지 일원
2. 시설규모: 지하 1층, 지상 2층
3. 부지면적: 15,532㎡, 연면적 2,021.46㎡
4. 처리용량: 50톤/일
- 다) 시설 및 장비의 관리
(1) “을”은 시설물을 수탁 운영함에 있어 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하여야 하며 관계법령을 준수하여야 한다.
(2) “을”은 시설물을 운영함에 있어 악취, 소음·진동, 침출수 등으로 인하여 일체의 환경오염이 발생되지 않도록 하여야 하며, 이로 인한 민원발생 등은 “을”의 책임으로 해결한다. (3) “을”은 시설물의 파손, 고장이 발생되지 않도록 점검 정비를 수시로 실시 하여야 하며 파손 또는 고장 시에 지체 없이 수리를 하고 수리비용은 “을”이 부담한다.
(4) 노후 시설물의 교체 시에는 그 비용을 “갑”의 부담으로 하며, “을”은 교체 3개월 전에 “갑”에게 통보하며, “갑”의 승인을 득하여야 한다.
- 라) 처리대상
(1) “을”은 ○○시 관내에서 배출되는 음식물류쓰레기를 처리하여야 한다.
(2) 음식물의 1일 처리량은 50톤/일로 한다.
(3) 일요일과 공휴일에도 “갑”이 음식물을 공급할 시 “을”은 이를 처리하여야 한다.
(4) “갑”이 수집운반한 음식물을 “을”은 반입 당일 처리하여야 한다.
- 마) 위탁비용의 처리
(1) 처리시설 위탁운영에 따른 비용(이하 “위탁운영비”라 한다)은 협약 시 협의된 톤당 처리비용(80,000원/톤)으로 지급한다.
(2) 위탁운영비는 매년 초에 통계청 소비자물가지수 변동률 또는 원가분석용역에 의한 상호 협의 하에 조정할 수 있다. 다만, 협의조정이 불가능할 시에는 “갑”의 해석에 따른다.
- 바) 사료·토비의 생산 및 귀속 “갑”이 반입하는 음식물을 이용하여 “을”은 가축 또는 농가에 공급할 수 있는 양질의 사료·퇴비를 생산하여야 하며, 생산된 사료 또는 퇴비는 “을”의 소유로 한다.
- 사) 법령 등의 준수 “을”은 시설을 수탁운영함에 있어 폐기물관리법을 비롯한 제반 법규와 ○○시 폐기물 관리 조례 등을 준수하여야 한다.
2. ○○시장이 2012.10.25. 폐기물관리법 제25조제3항 및 같은 법 시행규칙 제28조제6항에 따라 청구법인에게 허가한 폐기물처리업 중 폐기물종합재활용업의 허가증상의 주요 내용은 아래와 같다. 주소(사무실) 경기도 ○○시 ○○동 196-4 전문처리분야 폐기물종합재활용업 (
○○시 음식물자원화시설 민간위탁 운영) 영업대상 폐기물 음식물류폐기물 처리시설 소재지 경기도 ○○시 ○○동 196-4 시설 장비 퇴비화시설 50톤/일 허가 조건
1. 다른 사람에게 자기의 성명 또는 상호를 사용하여 폐기물을 수집·운반 또는 처리하거나 그 허가증을 다른 사람에게 빌려 주어서는 아니 됨
2. 폐기물 처리와 관련한 민원 또는 환경오염(악취) 발생 시는 다각적인 방안을 강구하여 민원이 발생되지 않도록 조치할 것
3. 기타 허가권자가 지시하는 제반사항을 준수하여야 하며, 허가조건 제반 지시사항을 위반하는 경우 그 허가를 취소하거나 영업의 전부 또는 일부에 대하여 정지를 명할 수 있음
4. 허가기간은 ○○시 음식물자원화시설 민간위탁 운영기간 (2011.5.4.～2013.5.3.)으로 하며 종료시 허가증을 반납 하여야 함
3. 청구법인은 쟁점협약에 따라 ○○시장에게 음식물자원화시설에 대한 보수 및 정비 용역, 음식물처리용역을 제공하고 받은 대가에 대하여 2011년 제1기 및 2011년 제2기 부가가치세 신고 시 아래와 같이 부가가치세 과세표준에 포함하였다. (단위: 천원) 구 분 과세표준 비 고 소계 시설정비·보수 음식물처리 계 1,245,404 613,945 631,458 2011년 제1기 475,309 467,818 7,490 2011년 제2기 770,095 146,127 623,968
4. 청구법인은 2012.12.7. 쟁점용역이 면세용역에 해당한다고 보아 전자세금계산서 교부분을 취소하고 계산서로 재교부 하였으며, 2012.8.13. 당초 과세분으로 신고한 2011년 제1기부터 2011년 제2기까지의 쟁점용역관련 공급가액을 부가가치세 과세표준에서 차감하여 경정청구를 하였다. (단위:천원) 구분 경정청구 세액 과세표준 증감 세금계산서 취소금액 계산서 교부금액 계 36,055 △631,458 631,458 694,604 2011년 제1기 97 △7,490 7,490 8,240 2011년 제2기 35,958 △623,968 623,968 686,364
- 라. 판 단 청구법인이 폐기물처리업 허가를 받지 아니한 상태에서 허가권자인 ○○시장에게 음식폐기물 처리용역을 제공한 경우 해당 용역의 공급에 대하여 부가가치세를 면제할 수 있는지 여부에 대하여 본다. 1) 부가가치세법 시행령 제29조 제11호 에서 폐기물관리법 제25조 규정에 의하여 생활폐기물 또는 의료폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 의료폐기물의 수집·운반 및 처리용역과 부가가치세법 제29조 의 규정에 의하여 폐기물처리시설의 설치승인을 얻거나 그 설치의 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역을 면세되는 의료보건용역으로 규정하고 있고, 폐기물의 수집·운반, 재활용 또는 처분을 업으로 하려는 자는 환경부령이 정하는 바에 따라 폐기물처리사업계획서를 환경부장관에게 제출한 후 환경부장관으로부터 적합통보를 받아 환경부령이 정하는 기준에 의한 시설·장비 및 기술능력을 갖추어 환경부장관의 허가를 받아야 한다고 규정하고 있다.
2. 우리청에서는 폐기물관리법에 의하여 생활폐기물 처리업의 허가를 받은 사업자가 지방자치단체로부터 생활폐기물 처리를 위탁받아 당해 생활폐기물 처리용역을 공급하는 경우에는 부가가치세법 시행령 제29조 제11호 의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것이나, 폐기물관리법에 의한 허가를 받지 아니한 사업자의 위탁 관리·운영용역은 부가가치세법 제1조 의 규정에 의하여 부가가치세가 과세된다고 해석 (서면인터넷방문상담3팀-1433, 2005.9.1. 및 제도46015-12224, 2001.7.19. 참조)하고 있다.
3. 이 건의 경우 청구법인이 폐기물관리법 등 관련 규정에 따라 폐기물처리업에 관한 허가를 받지 않았음은 당사자 사이에 다툼이 없는 이상, 허가권자인 ○○시장과 음식물자원화시설 운영 등에 관한 위·수탁협약(이하 “쟁점협약”이라 함)을 체결하고 ○○시장의 지휘·감독 하에 쟁점용역을 공급하였다는 점만으로 쟁점용역이 부가가치세 면세대상에 해당한다고 볼 수는 없다 하겠다.
4. 또한, 청구법인이 처분청으로부터 경정청구 거부통지를 받은 이후인 2012.10.25. 허가기간을 2011.5.4.부터 2013.5.3.까지로 하여 ○○시장으로부터 폐기물 종합재활용업에 대한 허가증을 교부받았다 하여 쟁점용역에 대하여 부가가치세를 면제할 수도 없다 하겠다.
5. 다만, 당초 청구법인이 쟁점용역을 부가가치세 과세대상으로 보아 2011년 제2기에 쟁점세금계산서(전자세금계산서)를 교부하고 그 공급가액을 부가가치세 과세표준에 포함하여 확정신고를 하였다가, 그 후에 쟁점용역이 면세 대상에 해당하는 것으로 보아 전산으로 쟁점세금계산서를 취소하였다는 이유로 전자 세금계산서 미발급가산세를 적용하여 청구법인에게 부가가치세 12,479,340원을 경정·고지한 부분은 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제65조제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.