쟁점전자세금계산서에 대해 발급시기를 경과하여 발급된 것으로 보아 지연발급가산세를 부과할 수 있음

이 건 심사청구는 기각합니다.

청구법인은 ○○ ○○○ ○○○○ ○○○에서 △△△△△△ 도매업을 영위하는 법인으로서 2011년 제2기 부가가치세 과세기간의 공급가액 중 5,773,155,044원에 대하여 전자세금계산서를 발급하고 부가가치세를 신고․납부하였다. 처분청은 청구법인이 2011년 제2기 부가가치세 과세기간동안 발급한 전자세금계산서 금액 중 1,019,077,000원(이하 “쟁점전자세금계산서”라 한다)을 지연발급한 사실을 확인하여 쟁점전자세금계산서에 대하여 부가가치세법 제22조 의 규정에 따라 지연발급가산세(이하 “쟁점가산세”라 한다)를 적용하여 2012.9.7. 청구법인에게 2011년 제2기분 부가가치세 10,190,770원을 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 과세전적부심사청구를 거쳐 2012.12.3. 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인은 전자세금계산서 발급대행사업자인 ○○○(이하 “ASP사업자”라 한다)를 통하여 전자세금계산서를 발급하고 있으며, ASP사업자를 통해 확인한 쟁점전자세금계산서 발급 로그데이타를 보면 공급일의 다음달 10일이내에 발급함과 동시에 거래처의 이메일로 세금계산서를 전송하고, 공급일의 다음달 15일 이내에 국세청에 전송했으므로 쟁점전자세금계산서는 적법하게 발급한 것이다.
• 나. 로그데이타의 쟁점전자세금계산서 발급시간을 보면 2011.10.13. 12:05:54경 동시에 발급된 것으로 표시되나, 전자세금계산서 제도 상 동 시간대에 다수 건의 전자세금계산서를 발급하여 공급받는자의 이메일로 전송하는 것은 불가능하다.
• 다. ASP사업자의 지연발급가산세 소명신청 공문에 의하면 ASP사업자가 전자세금계산서 발급시스템을 변경하여 “발급일=국세청전송일”로 표시되는 것이며, 기한내 발급․전송된 전자세금계산서는 소명신청 대상이라고 명기되어 있는 점으로 보아 쟁점전자세금계산서의 발급시간은 시스템상의 단순 표시오류이므로 쟁점가산세는 취소되어야 한다.

청구법인은 ASP사업자의 발급시스템이 기존에는 “발급일=이메일전송일”로 적용되다 2011.8.17.부터 “발급일=국세청전송일”로 변경된 사실을 인지하지 못하고 쟁점전자세금계산서를 공급일의 다음달 10일 이후에 국세청에 전송함으로써 지연발급된 것이므로 쟁점가산세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점전자세금계산서에 대해 발급시기를 경과하여 발급된 것으로 보아 지연발급가산세를 적용할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다.(이하 생략)

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 "전자세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다.(단서 생략)

③ 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하였을 때에는 대통령령으로 정하는 기한까지 대통령령으로 정하는 세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하여야 한다. 2) 부가가치세법 시행령 제53조 의 2【전자세금계산서】

② 법 제16조제2항 본문에서 "대통령령으로 정하는 전자적 방법"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 같은 조 제1항 각 호의 기재사항을 계산서 작성자의 신원 및 계산서의 변경여부 등을 확인할 수 있는 공인인증시스템을 거쳐 정보통신망으로 발급하는 것을 말한다. <개정 2010.2.18>

2. 전자거래기본법 제18조, 제23조 및 제24조에 따른 표준인증을 받은 실거래 사업자를 대신하여 전자세금계산서 발급업무를 대행하는 사업자의 전자세금계산서 발급 시스템을 이용하는 방법

④ 법 제16조제3항에서 "대통령령으로 정하는 기한"이란 다음 각 호의 구분에 따른 날을 말한다.

1. 제54조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우: 전자세금계산서 작성연월일이 속하는 달의 다음 달 15일 3) 부가가치세법 시행령 제54조 【세금계산서 발급특례】

① 사업자가 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제16조제1항에 따라 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음달 10일까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

3. 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일자를 작성연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우 4) 부가가치세법 시행규칙 제16조 의 2【전자세금계산서】

① 법 제16조제2항에 따른 전자세금계산서는전자거래기본법제24조제1 항에 따라 제정된 전자세금계산서의 표준에 따라 생성ㆍ발급ㆍ전송되어야 한다. 5) 부가가치세법 제22조 【가산세】

② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.(단서 생략)

1. 제16조에 따른 세금계산서의 발급시기를 경과하여 발급하거나 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 경우 6) 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

• 다. 사실관계

1. 청구법인의 2011년 제2기 부가가치세 신고내용이 아래와 같이 국세통합전산망에 의하여 확인된다. (단위: 천원) 부가가치세 신고 매출처별 세금계산서 합계표 과세 세금계산서 과세기간종료일 다음달15일까지 전송된 전자세금계산서 발급분 기타 위 전자세금계산서 외의 발급분 영세율 세금계산서

• 기타 과세표준 합계 매출세금계산서 합계

2. 처분청의 전자세금계산서 가산세 과세자료에 의하면 2011년 제2기 과세기간에 청구법인이 발급한 전자세금계산서 중 쟁점가산세가 적용되는 전자세금계산서는 다음과 같다. (단위: 건, 천원) 건수 작성연월일 발급연월일 (전자서명일) 전송연월일 공급가액 합계 가산세

3. 청구법인은 쟁점전자세금계산서를 발급기한내에 적법하게 발급하였음에도 발급연월일이 10.13.로 표시된 것은 ASP사업자의 발급시스템 오류로 인한 것으로 주장하고 있는 바, ASP사업자 측에서 동사 시스템 사용자들한테 발송한 “전자세금계산서 지연발급 가산세 소명 신청의 건” 공문 내용을 보면 국세청 고시에 따라 발급 즉시 전송하도록 시스템을 변경하여 전자서명일(발급일)은 기존의 “이메일 전송일”이 아닌 “국세청 신고일”로 하고, 11일부터 15일까지 국세청에 신고한 건은 사용자 과실이 포함되어 있으므로 소명신청 대상에서 제외라고 기재하고 있다.

4. ASP사업자가 위의 공문에서 언급한 국세청 고시 제2011-12호(2011.5.9) 전자세금계산서 시스템을 구축․운영하는 사업자가 지켜야 할 사항에 관한 고시내용은 다음과 같다. 제5조(발급,전송)

④ 전자세금계산서 시스템사업자는 정당한 사유 없이 전송을 지연시키는 기능을 운영하여 매출자에게 미전송(지연전송 포함) 위험을 야기하거나 매입자의 부가가치세 신고를 불편하게 하여서는 아니 된다. 제11조(등록취소 등)

① 세무서장은 전자세금계산서 시스템사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 하는 경우에는 (중략) 등록을 취소할 수 있다.

4. 발급된 전자세금계산서를 전자서명일로부터 상당한 기간이 경과한 후에 지속적으로 국세청에 전송하여 사업자에게 부가가치세 신고를 불편하게 하는 경우

5. 청구법인이 발급한 전자세금계산서는 △△△△△(주)와 연동되어 발급․전송되는 것으로 확인되며, △△△△△(주) 측의 “전자세금계산서 메일 발송 로그데이타 확인의 건” 공문에 의하면 청구법인이 발급시스템 상에서 쟁점전자세금계산서를 작성하여 거래처의 이메일로 전송한 시간 및 국세청에 신고한 시간이 확인된다.

• 가) 로그데이터 내역의 구성항목은 발행시간, wtime, 메일 발송시간, 작성일자 등으로 구성되어 있고, 전자세금계산서가 발급시스템에 작성되어 저장된 시간(wtime)순으로 최초 및 최종 작성된 데이터를 각 5건씩 비교하면 다음과 같다.
• 나) 동 내역에 의하면 청구법인이 쟁점전자세금계산서를 작성하여 발급시스템에 저장한 시기는 2011.9.2.〜10.10.이며, 발급시스템 저장과 동시에 거래처 이메일로 전송하였고, 2011.10.13. 12:05경 일괄적으로 국세청에 신고한 사실이 확인된다.
• 라. 판단 부가가치세법 시행규칙 제16조의2 에 제1항에 의하면 전자세금계산서는 전자거래기본법 제24조 제1항에 따라 제정된 전자세금계산서의 표준에 따라 생 성․ 발급․전송된 파일을 말하는 것이며, 전자세금계산서는 반드시 전자서명을 하게 되어 있고, 전자서명이 되지 않은 상태에서 전달된 세금계산서는 전자세금계산서가 아니다. ASP사업자의 전자세금계산서 발급시스템이 종전에는 거래처에 이메일을 전송하는 시점에 전자서명을 포함하여 발급되었으나 2011.8.17.부터 국세청에 전송하는 시점에 전자서명을 포함하여 발급되는 것으로 변경되었음에도 청구법인은 이를 전혀 인지하지 못하고 이메일 전송시점을 발급시기로 잘못 판단하여 공급시기의 다음달 10일 이후에 쟁점전자세금계산서를 발급한 것으로 보여진다. 청구법인은 쟁점전자세금계산서 발급시기가 거래처 이메일 발송일이라고 주장하나, 이는 전자세금계산서를 발급하기 전에 거래처가 확인하여 착오발급을 줄이기 위한 것으로 ASP사업자가 시스템이용자의 편의를 위해 제공하는 절차에 불과하다. 쟁점전자세금계산서에 전자서명이 이루어져 국세청에 전송된 시점이 2011.10.13.로 확인되므로 세금계산서 발급시기를 경과하여 지연발급한 쟁점전자 세금계산서에 대해 지연발급가산세를 적용하여 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.