공익법인에 부동산을 출연한 출연자가 면세사업을 운영하는 경우에도 공익법인이 인수한 채무액을 부가가치세 과세표준으로 하는 것임

이 건 심사청구는 기각합니다.

청구인은 부동산 임대사업에 공하던 ○○시 ○○동 832-7 소재 부동산 (이하 “쟁점부동산”이라 함) 을 동 부동산임대사업의 공동사업자인 △ △이 대표자로 되어 있는 의료법인 △△의료 재단에 2009.1.15. 출 연(감정평가액 6,930백만원) 시 당초 쟁점부동산에 설정되어 있던 채무액 2,892백만원을 인수하는 조건의 부담부증여를 한 사실이 있다.

○○ 세무서장(이하 “처분청”이라 함)은 국세청의 세원관리 취약분야에 대한 기획감사에서 쟁점부동산의 건물은 부가가치세가 과세되는 재화의 공급에 해당된다는 통보를 받고 청구인에게 2009년 제1기 부가가치세 124,662,670원을 경정고 지 하였다.

• 가. 공익단체인 의료법인에게 쟁점부동산을 출연하는 경우 부가가치세 과세표준은 당해 의료법인이 인수하는 채무액으로 하는 것으로써 이를 적용하여 부가가치세 과세표준을 계산하여야 한다.
• 나. 재산 출연당시 신청인외 △△은 자신소유의 건물에서 개인병원을 운영하여 부가가치세 면세용으로 사용하고 있었으므로, 출연재산의 건물 평가는 기준시가를 적용해야 하고 면세분 1/2은 차감하여 전체 건물분 기준시가 384,782,046원의 1/2인 192,391,023원을 과세표준으로 하여 부가가치세가 경정 되어야 한다.

• 가. 청구인의 부가가치세 과세표준은 부가가치세과-1197(2012.11.30)에 따라 의료법인 △△의료재단이 인수한 채무액인 2,892백만원에 대하여 부가가치세 과세표준을 산정하는 경정 결정을 직권시정 하였다.
• 나. 또한, 청구인은 공동사업자인 △△이 의료법인에 출연하기 전까지 면세대상인 개인병원을 직접 운영하였으므로 동 면적은 부가가치세가 과세되는 재화의 공급에 해당하지 않는다고 주장하고 있으나,

1. 서면인터넷방문상담3팀-897(2008.5.7.)호를 보면 “ 공동사업자와 당해 공동 사업자의 구성원이 임차인으로서 운용하는 면세사업자는 별개의 사 업자로서 공동사업자가 자기의 부동산임대사업과 관련하여 취득한 당해 건 물에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제가 가능한 것”이라고 해석하고 있고,

2. 쟁점부동산 임대업에 대한 부가가치세 신고시 첨부한 부동산임대공급가액명세서를 조회한 바, △△이 운영하는 개인병원과 개별적 으로 임대계약(계약기간: ’06.4.6.∼’08.12.31.)을 체결하고 보증금 400백만원, 월세 4,600천원을 수령을 하였으며,

3. 종합소득세 신고 시에는 쟁점 부동산임대 용역에서 발생한 임대소득을 각각 1/2씩 지분대로 안분하여 종합소득금액에 합산 하여 신고한 내역이 조회되는 점 등을 볼 때 부동산 임대사업과 개인병원 면세 사업은 별개의 사업장으로 운영된 사실이 확인되므로 개인병원을 운영했던 면 적을 과세표준에서 제외하여 재경정하여야 한다는 청구인의 주장 또한 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁점 공익법인에 출연된 공동사업자의 면세사업장에 대하여 공동사업자 지분 1/2이 부가가치세가 면세되는지 여부 및 부가가치세 과세표준을 건물기준시가로 하여야 하는지 여부
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다. 2) 부가가치세법 제12조 【면세】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

19. 국가ㆍ지방자치단체ㆍ지방자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역 3) 부가가치세법 시행령 제39조 【공익단체의 범위】

① 법 제12조 제1항 제18호에 규정하는 공익단체는 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법 시행령제12조 각호의 1에 규정하는 사업을 하는 단체로 한다.

② 공익사업을 위하여 주무관청의 승인을 얻어 금품을 모집하는 단체는 제1항의 규정에 해당하지 아니하는 경우에도 법 제12조 제1항 제18호의 적용에 있어서는 공익단체로 본다. 4) 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가 5) 부가가치세법 시행령 제48조 【과세표준의 계산】

① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함한다. 6) 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 【공익법인 등의 범위】 법 제16조 제1항에서 공익법인 등 이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 자를 말한다.

4. 의료법또는정신보건법의 규정에 의한 의료법인 또는 정신의료법인이 운영하는 사업 7) 소득세법 제88조 【양도의 정의】

① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(상속세 및 증여세법 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.

• 다. 사실관계

1. 청구인은 2004.2.17. 쟁점부동산으로 임대사업을 개시하고 2009.1.15. 쟁점부동산을 의료법인 △△의료 재단에 출 연하고 폐업하였으며, 개업 시에는 지분 20%로 공동사업자로 참가하였으나 2006.9.25. △△과 각각 50%씩 지분을 취득하여 폐업 시까지 부동산 임대업을 하였음이 국세통합시스템에 의해 확인된다.

2. 청구인이 부가가치세 신고 시 제출한 ‘부동산임대공급가액명세서’를 수록한 국세통합시스템을 확인한 결과 임차인에 대한 내용은 다음과 같다. (단위: 천원) 임차인 등록번호 2008년 제2기 2008년 제1기 보증금 월임대료 보증금 월임대료 약국 10,000 600 10,000 600 A의원 150,000 2,600 150,000 1,800 B의원

• - 250,000 800 합 계 160,000 3,200 410,000 3,200 * A의원 대표자는 △△으로 청구인과 공동사업자임

3. 청구인과 쟁점부동산의 공동사업자인 △△이 2008년 과세연도 종합소득세 신고시 제출한 사업소득명세서의 내용을 보면 다음과 같음. (단위: 천원) 구 분 청구인 △△ 비 고 상 호

○○○클리닉

○○○클리닉 사업자등록번호 총수입금액 19,200 19,200 소득금액 8,051 8,051 대표 공동사업자 성 명 청구인 청구인 주민등록번호

4. 부가가치세 과세표준 계산 시 의료법인 △△의료재단이 2,892백만원을 인수한 사실에 대하여 부가가치세 과세표준은 채무액으로 해야 한다는 청구인의 주장에 대해서는 처분청에서 다음과 같이 부가가치세 과세표준을 직권시정한 사실이 확인된다. ◦ 감정평가액: 6,930,000,000원 ◦ 부담부증여액: 2,892,000,000원 ◦ 건물기준시가: 225,943,940원 ◦ 토지공시지가: 1,668,450,000원 2,892,000,000원 × 225,943,940원 = 340,862,728원 1,668,450,000원 + 225,943,940원×1.1

• 라. 판단 청구인이 부담부증여에 대한 부가가치세 과세표준은 의료법인 △△의료재단이 인수한 채무액으로 하여야 한다는 주장에 대해서는 처분청에서 직권 시정 하였으므로 심리 제외하고, 공동사업자인 △△이 의료법인에 출연하기 전 까지 부가가치세 면세대상인 개인병원을 직접 운영하였으므로 △△의 지분 50%는 부가가치세가 과세되는 재화의 공급에 해당하지 않는다고 주장하고 있으나, 쟁점부동산 임대업에 대한 부가가치세 신고 시 첨부한 부동산임대공급가액명세서에서 공동사업자인 △△이 운영하는 개인병원과 개별적 으로 임대계약을 체결하고 보증금 및 월임대료를 수령을 하였으며, 종합소득세 신고 시에는 쟁점 부동산에서 발생한 임대소득을 공동사업자 지분에 따라 안분하여 종합소득금액에 합산 하여 신고한 점 등을 볼 때 부동산 임대사업과 개인병원 면세 사업은 별개의 사업장으로 운영된 사실이 확인되므로, 공동사업자 △△이 개인병원을 운영하였다고 하여 △△의 지분에 해당되는 1/2을 부가가치세 과세표준에서 제외하여 재경정하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다. 또한, 부가가치세 과세표준은 건물 기준시가에 의해 산정하여야 한다는 주장을 살펴보면, 사업자가 부가가치세법 시행령제39조제1항에서 규정하는 공익단체인 의료법인에게 무상으로 공급하는 재화는 같은 법 제12조제1항제19호의 규정에 의하여 부가가치세를 면제하나, 동 사업자의 채무를 당해 의료법인이 인수하는 조건으로 기부하는 경우 그 채무액에 상당하는 부분은 같은 법 제6조제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것으로, 이 경우 부가가치세 과세 표준은 당해 의료법인이 인수하는 채무액으로 하는 것으로(부가가치세과-1197, 2012.11.30), 청구인의 경우 토지와 건물 등을 함께 출연하였으므로 출연한 쟁점부동산의 기준시가(건물기준시가 + 토지기준시가)에서 건물기준시가가 차지하는 비율이 의료법인이 인수한 채무액에서 차지하는 금액을 쟁점부동산의 부가가치세 과세표준으로 산정한 처분청은 달리 잘못이 없다고 하겠다.

이 건 심사청구는 청구인의 주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.