농업용 난방기 공급에 부수하는 설치용역은 재화의 공급에 부수하는 용역의 제공으로 볼 수 있음

○○세무서장이 2011.12.2. 청구인의 2008년 제2기~2009년 제2기 부가가치세 경정청구를 거부한 처분은 이를 취소합니다.

• 가. 청구법인은 ○○시 ○○동 1010-11번지에서 2006.12.6. 지중열 냉난방설비 건설업을 주업종으로 하여 개업한 후 2009.3.19. 냉난방제품 도소매업을, 2010.7.14. 농산물건조기 도소매업을 부업종으로 추가하여 사업중인 법인으로, 2008년 제2기～2009년 제2기 부가가치세 과세기간 중 농민 등에게 공급대가 2,119,342,000원(2008년 제2기 1,014,000,000원, 2009년 제1기 895,342,000원, 2009년 제2기 210,000,000원, 이하 “쟁점매출”이라 한다)에 해당하는 난방시스템 설치공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 제공하고, 이를 과세매출로 신고하였으나, 2011.10.24. 쟁점매출에 대해 농업인에게 농업용 난방기 판매, 설치에 따른 영세율을 적용하여 2008년 제2기～2009년 제2기 부가가치세 171,474,000원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점매출은 조세특례제한법 제105조 제1항 제5호 다목에 명시된 농업용 기자재의 공급으로 보기 어렵고, 청구법인의 경정청구 내용은 청구법인의 행정소송에서 다투고 있는 사안(2010년 제1기~제2기 부가가치세를 불복)과 동일한 건으로 동일한 처분에 대한 중복청구에 해당된다고 보아 2011.12.2. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.3.9. 이의신청을 거쳐 2012.6.29. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 쟁점공사는 농업용기자재의 공급에 부수하는 건설용역에 해당하므로 영세율을 적용하여야 한다.

1. 청구법인이 비닐하우스 시설재배(감귤, 화훼) 농가 등에 제공하는 시설은 지하에 있는 일정한 온도의 공기의 열원을 이용한 냉난방시설로서 ○○도에만 존재하는 지하화산암반층(지하 약 40m～70m)이 분포되어 있는 곳까지 시추기계로 굴착공사를 진행하고, 그 속에 PE유공관 및 기타 필요설비자재를 설치하고서 지상에 송풍기, 지열히트펌프를 설치한 후 배관공사를 하는 방식으로 설치되며, 16～18℃의 지하공기를 난방에 이용하여 전기료가 대폭 절약되는 시스템으로 농가의 생산원가가 절감되고, 유해가스 발생이 없어 환경오염이 없는 청정에너지 시설장치로, 청구법인이 동 시설장치를 공급하기 위해서는 지하열원을 이용하기 위한 지하굴착공사와 배관공사가 필수적이므로 이는 재화의 공급에 부수되는 건설용역에 해당된다.

2. 청구법인의 사업자등록사항에 주업종이 건설업으로 되어 있어 주된 행위를 건설업인 용역의 공급으로 볼 수는 있으나, ○○도의 지하수관리 기본조례 제16조에서 지열을 냉난방 에너지원으로 이용하기 위한 시추는 도지사에게 신고해야 한다고 규정하고 있고, 농어업에너지이용효율화(지열)사업 설비공사에 대한 한국농어촌공사 ○○지역본부의 시설공사 입찰공고문에서 사업입찰자격업체를 전문건설업 중 기계설비공사업 면허를 보유하고 있는 업체라고 정하고 있는 등 관할관청에서 해당시설에 요구되는 면허가 있어야 농업용 난방기 사업을 영위할 수 있게 허가를 해주고 있으며, 앞서 살펴본 바와 같이 난방기를 설치하기 위해서는 쟁점공사가 필수적이므로, 청구법인이 제공한 쟁점공사는 재화에 부수되는 건설용역이다.

• 나. 본건과 내용은 동일하고 과세기간만 다른 2010년 제1기, 제2기 부가가치세는 제1심 행정소송에서 승소하여 처분청에서 직권취소하였다. 본건과 내용은 동일(농업용 난방기에 해당)하고 과세기간만 다른 2010년 제1기, 제2기 부가가치세에 대한 ○○지방법원 판결, △△지방국세청장의 ○○세무서장에 대한 직권취소 지시 공문(2012.7.20.), ○○서장의 결정취소 공문(2012.7.26.) 등을 고려하면 쟁점매출은 영세율 적용대상으로 보는 것이 타당하므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 취소되어야 한다.

• 가. 조세특례제한법상 농업용기자재인 농업용난방기의 제공에 대해서만 영세율이 제공되므로 농업용난방기를 사용하여 쟁점공사를 하여주고 그 대가를 일괄하여 받는 경우에는 용역의 공급에 해당하여 영세율 적용대상이 아니다.

1. 청구법인의 경정청구 내용에 대하여 현장확인한 결과, 청구법인은 비닐하우스, 양돈 농가 등에 대하여 정부보조금이 지급되는 농가의 전력비 절감에 효과가 있는 히트펌프 등을 사용한 농업용난방기 설치 공사업체로 발주자인 농민과 동 공사에 대하여 일괄로 공사도급표준계약서를 체결하고 있고, 공사계약 일반조건의 계약내용은 지하공 착정개발, 송풍시스템, 히트펌프 설치이며, 공종별로 보면 찬공공사, 시추공보호자재설치, 작업장기초공사, 착정장비조립 및 해체, 장비운반, 송풍기 설치 및 배관 설치, 히트펌프 설치로 이루어져 있다. 또한, 청구법인은 공사원가 내역서에 의거하여 각 공종별로 재료비, 노무비, 기계경비에 대한 공사원가를 산출한 후 공사금액을 청구하여 그 대가를 일괄하여 지급받고 있다. 청구법인은 위 설치공사에 대해 2010년 제2기 예정 부가가치세 신고 시 영세율을 적용하여 신고하였으나, 처분청은 이에 대한 조기환급 현장확인을 실시하여 청구법인의 영세율 매출신고를 부인하고 부가가치세를 경정․고지하였고, 이에 대한 청구법인의 심판청구는 기각되어 현재 행정소송이 진행 중이다.

2. 청구법인은 건설업 면허를 보유하고 있고 사업자등록증상 주업종이 냉난방설비 건설업으로 등록되어 있는 법인으로, 쟁점공사는 농업용 난방기 기자재를 청구법인이 직접 구매한 후 동 기자재를 사용하여 위의 공종별 공사내역대로 농업용난방기 설치공사를 시공하여 주고 그 대가를 일괄하여 받는 것이고, 공사견적서 상 농업용기자재에 해당하는 히트펌프 단가(설치비 포함)는 총 설치비용의 25% 수준으로 건설용역에 해당하는 농업용난방기 설치 공사의 부수재화로 판단되므로, 이를 영세율이 적용되는 농업용 기자재의 공급으로 보기 어렵다.

3. 위 검토내용과 같이 쟁점매출은 조세특례제한법 제105조 제1항 제5호 다목에 명시된 농업용 기자재의 공급에 해당되는 것으로 보기 어렵고 특히 현재 행정소송에서 다투고 있는 사안과 동일한 건에 해당하여, 동일한 처분에 대하여 중복으로 청구한 경우에 해당하므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점매출에 대하여 영세율을 적용할 수 없다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제1조 【과세대상】

① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.

② 제1항에서 재화라 함은 재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 말한다.

③ 제1항에서 용역이라 함은 재화 이외의 재산적 가치가 있는 모든 역무 및 기타 행위를 말한다.

④ 주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다. 2) 조세특례제한법 제105조 【부가가치세 영세율의 적용】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3호의2는 2009년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용하고, 제5호 및 제6호는 2011년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용한다.

5. 대통령령이 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(농업협동조합법ㆍ 엽연초생산협동조합법 또는 산림조합법에 의하여 설립된 각 조합 및 이들의 중앙회를 통하여 공급하는 것을 포함한다)하는 농업용ㆍ축산업용 또는 임업용 기자재로서 다음 각목의 1에 해당하는 것

• 다. 농촌인력의 부족을 보완하고 농업의 생산성향상에 기여할 수 있는 농업용기계로서 대통령령이 정하는 것

3. 농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용 등에 관한 특례규정 제3조【영세율 적용대상 농·축산·임·어업용기자재의 범위】

③ 법 제105조 제1항 제5호 다목에서 "농업용 기계로서 대통령령이 정하는 것"이라 함은 별표 1의 농업기계를 말한다. 4) 농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용 등에 관한 특례규정 【별표 1】영세율이 적용되는 농업기계

• 다. 사실관계

1. 청구법인과 처분청 사이에 다음 사실에 대하여 다툼이 없다.

• 가) 청구법인이 쟁점공사를 하면서 농업용 난방기를 설치하였다.
• 나) 청구법인은 2006.12.6. 지중열 냉난방설비 건설업(452104)을 주업종으로 하여 개업한 후 2009.3.19. 냉난방제품 도소매업(514361)을, 2010.7.14. 농산물건조기 도소매업(515020)을 부업종으로 추가하여 사업 중인 법인으로, 개업일 이후부터 2009년 제2기 부가가치세 신고까지는 매출 전부를 과세매출로 신고하였으나, 2010년 제1기 부가가치세 신고부터 영세율을 적용하여 매출을 신고하였다.
• 다) 처분청은 2010.11. 청구법인의 2010년 제2기 예정 과세기간 부가가치세 신고에 대한 환급현장확인을 실시하여, 청구법인이 영세율을 적용하여 신고한 매출을 과세매출로 보아 영세율 적용을 부인하고 2010년 제1기～2010년 제2기 예정 과세기간의 부가가치세를 경정․고지하였으며, 청구법인은 이에 불복하여 행정소송을 제기하였고, 청구법인은 축산용 난방기에 대한 영세율 적용부분은 패소하였으나, 농업용 난방기에 대한 영세율 적용부분은 승소하였다.
• 라) 청구법인은 2011.10.24. 쟁점매출에 대해 농업용난방기 판매, 설치에 따른 영세율을 적용하여 2008년 제2기～2009년 제2기 부가가치세 171,474천원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였고, 그 내용은 다음<표1>과 같다. <표1> 부가가치세 신고서 및 경정청구서의 매출금액 (단위: 원) 구분 2008년 제2기 2009년 제1기 2009년 제2기 신고(당초) 경정청구 신고 경정청구 신고 경정청구 과세 1,778,181,779 856,363,625 1,477,520,885 663,573,627 629,090,901 438,181,811 영세율 (쟁점매출)

• 1,014,000,000

• 895,342,000

• 210,000,000 합계 1,778,181,779 1,870,363,625 1,477,520,885 1,558,915,627 629,090,901 648,181,811 환급세액

• 82,041,810

• 72,441,290

• 16,990,900

2. 청구법인이 제기한 행정소송에 대한 ○○지방법원 판결문(축산용 난방기는 패소하고, 농업용 난방기는 승소) 사본에 의하면 다음과 같은 내용이 기재되어 있다.

1. 피고가 2011.1.5. 원고에 대하여 한 2010년 제1기분 부가가치세 66,606,170원의 부과처분 중 28,997,720원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

돼지사육용으로 설치한 난방기는 영세율이 적용되는 농업용기계가 아니라 축산업용 기자재로서 영세율 적용대상이 아님. 농촌에서 원예작물재배용으로 농민에게 공급되는 난방기는 영세율이 적용되는 농업용기계임 이 사건 공사중 지열히트펌프를 이용한 난방기 설치공사는 지하공 천공, 시추공 보호자재의 설치, 작업장 기초작업, 착정장비의 조립과 해체, 장비운반, 송풍기와 배관의 설치, 지열히트펌프의 설치와 같은 공정으로 이루어져 있고, 난방기 외에 터보팬송풍기, 컨트롤박스, PVC관, 주름관 및 엘보, 지하공 보온재, 패널 자재 등 기기가 포함되어 있으며, 전기보일러를 이용한 난방기 설치공사 역시 난방기(전기보일러) 설치 외에 배관 및 온도제어, 전기전원공사 등 공정으로 이루어져 있고, 난방기 외에 출열조, 팬코일 유닛, 배관 등 각종 기기가 포함되어 있는 사실을 인정할 수 있는바, 이와 같이 난방기를 제외한 나머지 기기들과 난방기 자체의 설치를 제외한 나머지 작업공정은 모두 난방기를 공급받는 농가에서 난방기가 제대로 작동하도록 하기 위하여 반드시 필요한 것으로서 거래의 관행으로 보아 통상적으로 난방기의 공급에 부수하여 공급되는 재화 또는 용역이라로 봄이 옳다. 따라서 원예작물재배용으로 농민에게 공급되는 난방기 설치공사의 공급가액에 대하여는 부가가치세 영세율이 적용되어야 한다.

3. △△지방국세청장이 2012.7.20. 처분청에 발송한 ‘일부 직권취소 지시(주식회사 ○○에너지)’ 공문 사본과 처분청이 2010.7.28. 청구법인에게 발송한 ‘부가가치세 부과처분 일부취소’ 공문 사본 등에 의하면 청구법인에게 부과한 2010년 제1기, 제2기 부가가치세 중 축산용 난방기가 아닌 농업용 난방기와 관련된 부분은 영세율이 적용되므로 결정취소한다는 내용이 나타난다.

4. 처분청의 현장확인보고서 및 경정청구에 대한 결과통지서(○○세무서 법인세과-5044, 2011.12.2.) 사본에 의하면 처분청은 청구법인의 경정청구에 대하여 현장확인을 실시하여 ① 청구법인의 경정청구는 처분청이 2010년 제1기～2010년 제2기 부가가치세를 경정․고지한 처분과 동일한 사안에 대한 것으로 심판청구에서 이미 기각되었고, 이에 대한 행정소송이 진행 중으로 이건 경정청구는 동일한 처분에 대한 중복 청구에 해당하는 점, ② 청구법인은 건설업 면허를 보유하고 있고, 사업자등록증상 주업종이 냉난방설비건설업으로 등록되어 있으며, 쟁점공사 시 발주자인 농민 등과 공사에 대한 일괄 공사도급표준계약서를 체결하여 그 대가를 일괄하여 받고 있고, 공사견적서상 농업용 기자재에 해당하는 히트펌프 단가(설치비 포함)는 총 설치비용의 25% 수준으로 건설용역에 해당하는 쟁점공사의 부수재화로 보여 쟁점매출은 조세특례제한법 제1항 제5호 다목에 해당하는 농업용 기자재의 공급으로 보기 어렵고, 부가가치세법상의 용역의 공급에 해당되는 점 등을 근거로 청구법인의 경정청구를 거부한 사실이 나타난다.

5. 청구법인은 경정청구에 대한 결과통지서, 농림수산식품부 질의회신문, 조세심판원 결정문, 국세청 질의회신문, ○○도 지하수관리 기본조례(제16조 발췌), 한국○○공사 ○○지역본부 시설공사 입찰공고문, 경정청구서 사본, 쟁점매출 공사내역서, 공사금액별 공사계약서 및 공사원가계산서 등을 제출하였는바, 이 중 쟁점공사에 대하여 살펴보면 다음과 같다.

• 가) 쟁점공사는 히트펌프, 지열교환기, 온수배관 및 닥트, 송풍기 등을 설치하여 일정한 온도의 지하공기 및 대기 중의 공기열을 사용하여 냉난방을 함으로써 50～80% 정도의 에너지 절감을 이룰 수 있는 난방시스템 설치공사로, 찬공공사, 시추공보호자재설치, 작업장기초공사, 착정장비 조립 및 해체, 장비운반, 배관설비공사, 히트펌프설치공사로 이루어져 있다.
• 나) 발주자는 ○○도의 농업법인 또는 개인이고, 개인 발주자의 경우 쟁점공사 시 별도의 사업이력은 없다는 사실이 국세통합전산망에서 확인된다.
• 다) 사업명은 지하공기를 이용한 에너지절감 시범사업, 원예작물 청정에너지 개발 지원사업 등으로 공사에 따라 히트펌프 또는 전기보일러가 시공되나, 일부 공사는 히트펌프나 전기보일러가 시공되지 않는 경우도 있고, 공사별로 히트펌프, 전기보일러가 공사원가에서 차지하는 비중은 다른 것으로 나타난다.
• 라) 계약서상 공사기간은 1개월～7개월, 공사금액은 12백만원～90백만원으로, 그 중 계약건수가 많은 24백만원공사(공사원가 21,724,892원, 이윤 93,289원, 부가가치세 2,181,819원)의 공사별 견적내역을 예시적으로 살펴보면 다음 <표2>와 같다. <표2> 공사별 견적내역 (단위: 원) 구분 계 재료비 노무비 기계경비 찬공공사 8,265,075 2,592,317 4,986,009 686,749 시추공보호자재설치 1,728,048 1,451,520 242,655 33,873 작업장기초공사 304,855 156,715 148,140

• 착정장비 조립 및 해체 147,994

• 147,994

• 장비운반 399,780

• 123,430 276,350 배관설비공사 5,068,224 4,260,800 807,424

• 히트펌프설치공사 5,500,000 5,000,000 500,000

• 합계 21,413,976 13,461,352 6,955,652 996,972 산재․고용보험료 310,916

6. 청구법인이 2008～2009사업연도 법인세 신고 시 제출한 손익계산서 및 조정후수입금액명세서상에는 수입금액 전부가 공사수입(452104)으로 신고되어 있다.

7. 청구법인의 등기사항 일부증명서를 살펴보면, 청구법인은 목적사업을 지중열을 이용한 냉난방설비 공사업으로 시작하여 2008.7.28. 기계설비 공사업과 신재생에너지(지열, 태양열) 관련사업을, 2009.3.16. 보링그라우팅 공사업과 냉난방(보일러)제품 도소매업을, 2010.7.7. 농산물건조기 도소매업과 위 각호에 부대되는 일체의 사업을 목적사업에 추가한 것으로 나타난다.

8. 국세청 예규(부가46015-4459, 1999.11.5.)의 내용은 아래와 같다. 사업자가 보일러, 탱크 및 펌프, 배관 등으로 구성된 농업용 난방기의 공급에 부수하여 직접 조립ㆍ설치용역을 공급하는 경우에 당해 조립ㆍ설치용역은 농업용 난방기의 공급에 포함되어 조세특례제한법 제105조 의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 것임

9. 2009.10.18.자 농림수산식품부장관의 질의회신문 사본에 “지열히트펌프 등은 농업기계에 해당된다.”는 내용이 기재되어 있다.

10. 청구법인의 2010년 제1기, 제2기 부가가치세 불복에 대한 조세심판원의 결정서 사본에 주요내용은 아래와 같다.

• 가. 청구법인은 2006.12.6.부터 지중열 냉·난방 설비 건설업을 주업종으로 하고, 냉난방제품·농산물건조기 도소매업을 부업종으로 하는 법인으로, 2010년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간 중 축산농가에 공급가액 680,000,000원(이하“쟁점매출액”이라 한다)에 해당하는 난방시스템 설치공사(이하“쟁점공사”라 한다)를 하고 쟁점매출액 관련 세액을 영세율로 하여 부가가치세 신고를 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점매출액 관련 세액이 영세율 적용대상이 아니라고 보아 2011.1.14. 청구법인에게 2010년 제1기 66,606,170원, 제2기 12,432,420원, 합계 79,038,590원의 부가가치세를 경정·고지하였다. <요지> 청구인은 쟁점공사는 농업용 난방기의 공급이므로 영세율을 적용해야 한다고 주장하나, 쟁점공사는 00도의 축산사업 추진계획에 따라 축산시설 현대화를 위한 것으로 축산용 난방기는 영세율이 적용되는 축산용 기자재에 포함되지 않음.
• 라. 판단 청구법인은 쟁점공사가 농업용기자재의 공급에 부수하는 건설용역에 해당하고, 따라서 쟁점매출은 영세율 적용대상이라고 주장하는바, 이에 대하여 살펴본다. 주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고, 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 것(부가가치세법 제1조 제4항)이며, 사업자가 보일러, 탱크 및 펌프, 배관 등으로 구성된 농업용 난방기의 공급에 부수하여 직접 조립ㆍ설치용역을 공급하는 경우에 당해 조립ㆍ설치용역은 농업용 난방기의 공급에 포함되어 조세특례제한법 제105조 의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 것(부가46015-4459, 1999.11.05. 같은 뜻임)인바, 살피건대, 위 사실관계 및 관계법령 등에 의하면 청구법인이 농업용 난방기를 농민 등에게 설치·제공한 것과 관련하여 과세기간만 다른 2010년 제1기, 제2기 부가가치세는 제1심 행정소송에서 승소하여 △△지방국세청장의 직권취소 지시에 따라 처분청에서 결정취소한 사실이 있는 점, 농업용 난방기 설치공사는 지하공 천공, 시추공 보호자재의 설치, 송풍기와 배관의 설치, 지열히트펌프의 설치와 같은 공정으로 이루어져 있고, 난방기 외에 터보팬송풍기, 컨트롤박스, PVC관 등 기기가 포함되어 있는데, 난방기를 제외한 나머지 기기들과 난방기 자체의 설치를 제외한 나머지 작업공정은 모두 난방기를 공급받는 농가에서 난방기가 제대로 작동하도록 하기 위하여 반드시 필요한 것으로서 거래의 관행으로 보아 통상적으로 난방기의 공급에 부수하여 공급되는 재화 또는 용역으로 볼 수 있는 점(○○지방법원 2011구합932, 2012.7.11. 같은 뜻임), 과세기간만 다르고 동일한 내용을 가진 농업용 난방기 설치에 대해 영세율 적용여부가 다르다는 것은 합리적이지 않다는 점 등을 종합하여 고려하면, 쟁점공사는 농업용기자재의 공급에 부수하는 건설용역에 해당한다고 보는 것이 더 합리적이라고 판단된다. 따라서, 처분청이 쟁점매출을 과세매출로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못된 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.