조사기관의 장부 보관으로 세금계산서가 지연발급되었다고 볼 수 없으므로 가산세 적용은 정당함

청구법인은 고물상 등으로부터 고철을 수집하여 용광로에 투입할 수 있는 규격으로 가공하는 고철가공법인으로, 주거래처인 (주)□OO공업에 대한 2011년 3월분 매출액 5,590백만원(공급가액)에 대한 월합계세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 2011.4.13. 발급하고 부가가치세를 예정신고 납부하였다. 처분청은 쟁점세금계산서가 부가가치세법시행령 제54조 제1항 의 세금계산서 발급특례기한인 2011.4.11.(4.10. 일요일)을 경과하여 발급되었다하여, 2012.3.14. 청구법인에게 세금계산서 지연발급가산세 50,000,000원을 경정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.5.1. 이 건 심사청구를 제기하였다.

OO지방국세청장이 2011.1.7.부터 2011.4.25.까지 청구법인의 2007년～2009 사업연도에 대한 법인세 특별조사를 실시하면서, 당시 사업장에 있던 일계표, 매입․매출원장 등 세무관련 모든 서류(작성중인 서류 포함)를 예치하였고, 청구법인은 동 서류를 2011.4월 말경에 수령하였는바, 쟁점세금계산서를 법정기한 보다 2일 지연한 시점에서 발급하게 된 것은 관련 서류가 조사기관에 예치된 사유로 인한 것으로, 국세기본법 제48조 제1항 의 가산세 감면규정(권한있는 기관에 장부나 서류가 압수 또는 영치)에 해당되는바, 이 건 가산세는 취소되어야 한다.

조사기관이 보관한 장부 및 서류는 조사대상 해당 사업연도분의 계량증명서, 급여대장 등으로 쟁점세금계산서 발급과 무관하고, 서류의 보관일은 2011.1.7.이고, 쟁점세금계산서는 2011.3월 거래분인바, 쟁점세금계산서 지연발행의 원인을 조사기관의 서류보관에 따른 것이라고 주장하는 것은 사실관계를 오인한 것으로 지연발급 가산세를 부과한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서 지연발급에 대하여 가산세 감면규정을 적용할 수 있는 지
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭 (2010. 1. 1. 개정)

2. 공급받는 자의 등록번호 (2010. 1. 1. 개정)

3. 공급가액과 부가가치세액 (2010. 1. 1. 개정)

4. 작성 연월일 (2010. 1. 1. 개정)

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항 (2010. 1. 1. 개정)

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 “전자세금계산서”라 한다)를 발급하여야 한다. 다만, 법인사업자는 2010년 12월 31일까지, 개인사업자는 2011년 12월 31일까지 전자세금계산서 이외의 세금계산서도 발급할 수 있다. (2010. 1. 1. 개정) 2) 부가가치세법 시행령 제54조 【세금계산서의 발급특례】

① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제16조 제1항에 따라 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(다음 달 10일이 공휴일 또는 토요일인 때에는 해당 일의 다음 날을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다. (2012. 2. 2. 개정)

1. 거래처별로 1역월의 공급가액을 합계하여 해당 월의 말일자를 작성연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우 (2010. 12. 30. 개정) 3) 부가가치세법 제22조 【가산세】

② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1(제3호에 해당하는 경우에는 1천분의 5)에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 다만, 제3호 및 제4호는 법인사업자에 대해서는 2010년 12월 31일까지 적용하지 아니하고 2011년 1월 1일부터 2012년 12월 31일까지는 각각 1천분의 1, 1천분의 3을 적용하며, 대통령령으로 정하는 개인사업자에 대해서는 2011년 12월 31일까지 적용하지 아니하고 2012년 1월 1일부터 2013년 12월 31일까지는 각각 1천분의 1, 1천분의 3을 적용한다. (2011. 12. 31. 개정)

1. 제16조에 따른 세금계산서의 발급시기를 경과한 후 해당 재화 또 는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간(대통령령으로 정하는 경우에는 그 과세기간 말의 다음 달 10일) 이내에 발급하는 경우(2011. 12. 31. 개정) 4) 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. 5) 국세기본법 제49조 【가산세 한도】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 가산세에 대해서는 그 의무위반의 종류별로 각각 5천만원(중소기업기본법 제2조 제1항 에 따른 중소기업이 아닌 기업은 1억원)을 한도로 한다. 다만, 해당 의무를 고의적으로 위반한 경우에는 그러하지 아니하다.

3. 부가가치세법 제22조 제1항 (같은 법 제28조 제3항에서 준용되는 경우를 포함한다)ㆍ제2항ㆍ제4항ㆍ제5항 및 제7항에 따른 가산세 6) 국세기본법 제6조 【천재 등으로 인한 기한의 연장】

① 천재지변이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 이 법 또는 세법에서 정하는 신고, 신청, 청구, 그 밖에 서류의 제출, 통지, 납부를 정해진 기한까지 할 수 없다고 인정하는 경우나 납세자가 기한 연장을 신청한 경우에는 관할 세무서장은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 기한을 연장할 수 있다. 7) 국세기본법 시행령 제2조 【기한연장 및 담보제공】

① 법 제6조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

6. 권한있는 기관에 장부나 서류가 압수 또는 영치된 경우

• 다. 사실관계

1. 처분청은 국세청 전산출력자료(2011년 제1기 전자세금계산서 가산세 과소신고 자료)에 의해, 청구법인이 2011년 3월분 매출세금계산서를 2011.4.13. 발급하였음을 확인하고, 2012.3.14. 청구법인에게 세금계산서 지연발급가산세 50,000,000원을 경정고지 하였음이 심리자료에 의하여 확인된다.

2. 청구법인이 (주)(주)□OO공업에 대한 2011년 3월분 월합계세금계산서(공급가액 5,590백만원)를 2011.4.13. 발급한 사실에 대하여는 다툼이 없다.

3. 국세청통합전산망 신고서 조회에 의하면, 청구법인은 2011년 제1기 부가가치세 예정신고를 법정기한내 정상적으로 이행하였음이 확인된다.

4. 처분청이 제시한 장부･서류 등 일시보관 동의서와 장부･서류 등 반환확인서 등에 의하면, OO지방국세청장은 2011.1.7.부터 2011.4.25.까지 청구법인의 2007년～2009 사업연도에 대한 법인세 세무조사를 실시하였고, 조사 첫날인 2011.1.7. 계량증명서 2BOX, 급여대장 등 파일철 1BOX를 조사당시 청구법인 대표자 은OO의 동의하에 보관하였으며, 2011.4월(일자표시 없음) 예치한 서류를 청구법인에게 반환한 사실이 확인된다.

5. 청구법인은 □OO공업(주)의 경리부장인 정OO의 확인서를 제출하였는바, 그 주요내용은 “2011년 4월 초순경 (주)대한OOO경리부 직원 봉OO로부터 2011년 3월분 거래금액 및 거래량에 대하여 문의(세무조사를 받고 있으며 관련서류가 압수되었다고 말함)를 하여 일주일 정도 후에 거래사실을 알려준 사실이 있고, 청구법인이 세금계산서를 발행하면 그 금액을 발행한 달의 말일까지 확인하는 것이 일상적이다”이라는 것이다.

• 라. 판단 청구법인은 쟁점세금계산서가 권한있는 조사기관에 장부나 서류가 압수 또는 영치되어 지연발급되었으므로 가산세를 부과하는 것은 부당하다고 주장하나, 이 건 관련 조사기관의 장부나 서류보관은 청구법인의 동의하에 이루어진 것으로 언제든지 관련서류의 열람 등이 가능한 점, 청구법인이 쟁점세금계산서 관련 거래가 포함된 2011년 제1기 부가가치세 예정신고는 기한연장 등을 신청하지 아니하고 법정기한 내 정상적으로 이행한 점, 조사기관의 청구법인 서류 보관시점(2011.1.7.)에는 쟁점세금계산서 관련 거래가 발생하지 않은 점 등을 종합하여 보면, 조사기관의 장부나 서류보관으로 쟁점세금계산서가 지연발급되었다고 보기는 어려운 것으로 판단된다. 따라서, 처분청이 쟁점세금계산서 지연발급과 관련하여 청구법인에게 이건 가산세를 부과처분한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.