업무위탁계약관계에서 세금계산서를 위탁자명의로 발급하거나 발급받아야 함

청구법인은 ×××시설관리공단(이하 “공단”이라 한다)과 ×××구체육관 외 7개 사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)에 대한 위ㆍ수탁운영계약을 체결하고 주차요금, 테니스장 임차료, 현수막 지정게시대 임차료 등의 수입금액을 청구법인의 세입으로 귀속시키고 부가가치세 신고도 청구법인의 매출로 신고하면서 쟁점사업과 관련한 매입세액 중 건물신축비, 유지관리비 등 공단 명의로 교부받은 일부 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)의 매입세액을 청구법인과 공단 모두가 공제받지 아니하였다. 청구법인은 2007년 제1기부터 2010년 제2기 기간동안의 쟁점세금계산는 공급받는 자의 명의는 공단이지만 실제로는 쟁점사업과 관련된 매입세금계산서이므로 부가가치세(96,730,960원)를 환급받기 위하여 2011.10.21. 경정청구를 하였다. 처분청은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 2011.12.9. 경정청구를 거부하는 통지를 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2012.1.3. 이 건 심사청구를 제기하였다.

공단은 청구법인이 전액 투자한 기관으로 위ㆍ수탁계약에 의하여 청구법인의 업무를 대행하고 있으며 수탁받은 업무집행에 있어 구청으로부터 감독 및 통제를 받아 운영되고 있다. 국세기본법 제14조 (실질관세) 제1항에서 ‘과세의 대상이 되는 거래의 귀속이 명의(공단)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자(청구법인)가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자(청구법인)를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다’는 실질과세원칙에 따라 실제 거래귀속은 청구법인으로 보아야 한다. 쟁점세금계산서의 공급받는 자가 공단의 고유번호로 기재된 것은 단순한 업무상의 착오에 의한 것으로 위ㆍ수탁계약서 등에 의하여 공급받는 자가 공단이 아닌 청구법인이라는 사실을 확인할 수 있다. 부가가치세법 시행령 제60조 (매입세액의 범위)에 의거 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재되었더라도 다른 필요적 기재사항 및 임의적 기재사항에 의하여 거래사실이 확인되는 경우에는 공제가능한 매입세액으로 보아야 하므로 쟁점세금계산서의 매입세액을 공제하는 것이 타당하다.

국가ㆍ지방자치단체 등이 부가가치세법 시행령 제38조 제3호 에 규정하는 부가가치세가 과세되는 사업을 영위하는 경우 당해 사업과 관련된 매입세액공제에 있어서는 일반사업자와 동일하게 부가가치세법이 적용됨 사업자가 재화 또는 용역을 공급받고 교부받은 세금계산서에 공급받는 자의 등록번호 등이 사실과 다르게 기재 된 경우 당해 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 보는 것이 타당하므로 당초 처분은 타당함

• 가. 쟁점 수탁자인 공단명의로 교부받은 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서 인지 여부이다.
• 나. 관련 법령 1) 부가가치세법 제12조 【면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 18. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 2) 부가가치세법 시행령 제38조 【국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역에 대한 면세범위】 법 제12조제1항제18호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것을 말한다.

1. 우정사업 운영에 관한 특례법에 따른 우정사업조직이 우편법 제15조제1항 에 규정된 부가우편역무중 소포우편물을 방문접수하여 배달하는 용역

2. 철도건설법에 규정하는 고속철도에 의한 여객운송용역

3. 부동산 임대업, 도매 및 소매업, 음식점업ㆍ숙박업, 골프장ㆍ스키장운영업, 기타 스포츠시설 운영업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다. 3) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항 5) 부가가치세법 시행령 제53조 【세금계산서】

① 법 제16조제1항제5호에 따라 세금계산서에 기재할 사항은 다음 각 호와 같다.

2. 공급받는 자의 상호ㆍ성명ㆍ주소 2의2. 공급하는 자와 공급받는 자의 업태와 종목

7. 사업자단위과세사업자의 경우 실제로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 종된 사업장의 소재지 및 상호 6) 부가가치세법 시행령 제58조 【위탁판매 등의 경우의 세금계산서의 발급】

① 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우에 수탁자 또는 대리인이 재화를 인도하는 때에는 수탁자 또는 대리인이 위탁자 또는 본인의 명의로 세금계산서를 발급하며, 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 인도하는 때에는 위탁자 또는 본인이 세금계산서를 발급할 수 있다. 이 경우에는 수탁자 또는 대리인의등록번호를 부기하여야 한다.

② 위탁매입 또는 대리인에 의한 매입의 경우에는 공급자가 위탁자 또는 본인을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한다. 이 경우에는 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 부기하여야 한다. <개정 2010.2.18> 7) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 제16조제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 8) 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

① 법 제17조 제2항 제1호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법 제16조에 따라 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 또는 법 제32조의2제1항에 따른 신용카드매출전표등의 수령명세서(정보처리시스템으로 처리된 전산매체를 포함하며, 이하 "신용카드매출전표등 수령명세서"라 한다)를 국세기본법 시행령 제25조제1항 에 따라 과세표준수정신고서와 함께 제출하는 경우 1의2. 법 제16조에 따라 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표등 수령명세서를 국세기본법 시행령 제25조의3 에 따라 경정청구서와 함께 제출하여 제70조에 규정하는 경정기관이 경정하는 경우 1의3. 법 제16조에 따라 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표등 수령명세서를 국세기본법 시행령 제25조의4 에 따른 기한후과세표준신고서와 함께 제출하여 관할세무서장이 결정하는 경우 1의

4. 법 제16조에 따라 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표의 거래처별등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 적힌 경우로서 발급받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우

② 법 제17조 제2항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제7조제1항에 따라 사업자등록을 신청한 사업자가 제7조제3항에 따른 사업자등록증발급일까지의 거래에 대하여 해당 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 적어 발급받은 경우

2. 법 제16조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 적혔으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 경우(제54조제1항에 따라 발급받은 경우를 포함한다) 《국가ㆍ지방자치단체 등이 공급하는 재화 또는 용역에 대한 과세전환》

□ 국가 등이 공급하는 재화 또는 용역이 면세에서 과세로 전환된 것은 부가가치세법 시행령 제38조 를 2006.2.9.(19330호) 아래와 같이 개정하면서 관련 부칙에서 2007.1.1.부터 적용하도록 하였음 [개정전] 제38조 【국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역에 대한 면세범위】 법 제12조제1항제17호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호의 용역을 제외한 것을 말한다. 1. 우정사업운영에관한특례법에 의한 우정사업조직이 우편법 제15조제1항 에 규정된 부가우편역무중 소포우편물을 방문접수하여 배달하는 용역 2. 고속철도건설촉진법에 규정하는 고속철도에 의한 여객운송용역 [개정후] 제38조 【국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역에 대한 면세범위】 법 제12조제1항제17호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호의 용역을 제외한 것을 말한다. <개정 2006.2.9> 1. 우정사업운영에 관한 특례법에 의한 우정사업조직이 우편법 제15조제1항 에 규정된 부가우편역무중 소포우편물을 방문접수하여 배달하는 용역 2. 철도건설법에 규정하는 고속철도에 의한 여객운송용역 3. 부동산 임대업, 도·소매업, 음식·숙박업, 골프장·스키장운영업, 기타 운동시설 운영업. 다만, 국방부 또는 국군조직법에 따른 국군이 군인사법 제2조 의 규정에 따른 군인, 군무원인사법 제2조 의 규정에 따른 군무원 그 밖에 이들의 직계존비속 등 재정경제부령이 정하는 자에게 제공하는 용역을 제외한다. [부칙 제19330호, 2006.2.9.] 제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제26조 제1항 제5호 및 제5호의2의 개정규정은 2006년 7월 1일부터 시행하고, 제38조제3호 및 제64조제3항제1호의3의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다. 다. 사실관계 청구법인과 공단의 관계를 보면, 공단은지방공기업법제76조 및×××구 조례에 의거 설립되고 청구법인이 전액 투자한 법인으로, 청구법인과의 위탁운영계약에 의하여 위임받은 범위 내에서 과세사업장의 운영을 관리하는 업무대행기관인바, 청구법인이 부동산 임대업 및 기타 운동시설 운영업을 자기의 명의와 계산으로 영위하고 공단은 단순히 관리․운영만을 대행하고 있다. 위탁운영계약서에 의하면, 공단의 사업장(청구법인의 과세사업장)에서 발생하는 모든 수입금은 청구법인의 징수결의에 의하여 금고에 납입(구세입 조치)되고, 공단의 예산은 청구법인의 세출예산에 편성되어 있으며, 과세사업장의 재산은 청구법인의 소유이고, 청구법인은 공단의 사업계획서와 수입금내역서를 검토한 후 관리비용(인건비, 사무관리비, 수선관리비 등)을 예산으로 승인하며, 월별로 보조금(위탁운영비)을 교부하고, 공단은 예산범위 내에서 집행하도록 되어 있으며, 청구법인과 공단의 위․수탁관리의 범위에 위탁시설의 유지보수 및 안전관리에 관한 사항, 장비․비품․물품 등의 구입 및 제작 등에 관한 사항이 포함되고, 사업계획에 따른 예산 범위 내에서 집행하도록 계약되어 있다. 따라서, 공단이 청구법인으로부터 소유 부동산과 기타 운동시설의 관리ㆍ 운영을 포괄적으로 위탁받아 자기의 명의와 계산으로 부동산 임대용역을 공급 하거나 기타 운동시설 운영업을 영위하고 그 수입금액을 자기의 수입금액으로 계상하는 경우에 해당되지 아니하고, 청구법인이 부동산 임대업 및 기타 운동시설 운영업을 자기의 명의와 계산으로 영위하고 공단은 단순히 관리만을 대행하는 것으로 이는상법제101조(의의)에서 규정하는 위탁매매에 해당한다. 그런데 부가가치세법제6조(재화의 공급) 제5항에서 위탁매매에 의한 매매에 있어서는 위탁자가 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 보나, 위탁자를 알 수 없는 경우에는 그러하지 아니한다고 규정하고, 같은 법 시행령 제58조(위탁판매 등의 경우의 세금계산서의 발급) 제2항은 위탁매입에 의한 매입의 경우에는 공급자가 위탁자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부한다고 규정하고 있는 바, 수탁자가 위탁자로부터 위탁을 받아 매입하는 경우에는 위탁자는 공급자로부터 자기의 명의로 세금계산서를 교부받으면 다시 자기의 명의로 위탁자에게 세금계산서를 교부하도록 규정하고 있다(부가가치세법통칙 16-58-5). 또한, 같은 법 제17조 제2항 제1호의2에서 사업자가 교부받은 세금계산서의 기재사항이 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 제16조 제1항 제2호는 세금계산서의 필요적 기재사항의 하나로서 ‘공급받는 자의 등록번호’를 규정하고 있으며, 다만 같은 법 시행령 제60조 제2항 제2호에서 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 예외적으로 매입세액을 공제할 수 있도록 규정하고 있는바, 여기서 ‘사실과 다르게 기재된 경우’라 함은 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받은 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 의미하는 것으로서, 이와 같은 규정은 부가가치세가 내국세 수입의 막대한 부분을 차지하고 있을 정도로 국가재정수입의 기초를 이루고 있는 상황에서 이른바 전단계세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법체계상 당사자간의 거래를 노출시킴으로써 세금계산서의 정확성과 진실성을 담보할 목적 아래 마련된 일종의 제재규정이라 할 것이다(대법원 2009.1.15. 선고 2008두19642 판결 참고). 라. 판단 위 관계법령과 사실관계 등을 종합하여 살펴보면, 청구법인과 공단의 관계는 청구법인이 쟁점사업장의 관리 및 운영을 관리공단에게 위탁하여 쟁점사업장의 수익ㆍ비용 및 위험 등을 청구법인의 책임과 계산으로 부담하고 관리공단은 위탁받은 업무를 대행하는 대가로 운영비 등을 지급받는 일반적인 업무 위ㆍ수탁계약 관계이다. 그런데 부가가치세법 시행령 제58조 제2항에서 위탁매입의 경우 공급자는 위탁자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부하여야 한다고 규정하고 있다. 따라서 공급받는 자를 위탁자인 청구법인이 아니라 수탁자인 관리공단으로 하여 교부받은 쟁점세금계산서는 ‘사실과 다른 세금계산서’로 매입세액이 공제되지 아니하는 것(조심 2010서1644, 2010.12.23. 같은 뜻)으로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.