쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제함

• 가. 청구법인은 ○○시 ○○ ○○동 1가 10번지 ○○빌딩에서 (주)○○해운이라는 상호로 외항화물운송업과 화물운송중개업을 영위하는 법인으로 2011년 제1기 중 청구외 (주)○○서비스(이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 매입세금계산서 6매 168,660,496원을 교부받아 부가가치세 신고시 매입세액으로 16,866,049원을 공제받았다.
• 나. 처분청은 청구법인이 2011년 제1기 예정 및 확정 부가가치세 신고시 매입세액 공제한 쟁점매입세금계산서에 대하여 실제 용역 거래 없이 교부받은 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 매입세액 불공제하고, 초과환급가산세 및 세금계산서불성실가산세를 적용하여 4,474,210원을 고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.12.21. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. (쟁점매입세금계산서는 청구법인이 청구외법인으로부터 실제 용역을 공급받고 수취한 것으로 사실과 다른 세금계산서가 아님) 청구법인은 청구외법인으로부터 선박관리용역(선박의 건조 개시일로부터 선박인도 종료일까지 제공하는 것으로 그 구체적인 내용은 선박의 취득 업무, 선박의 매각 업무, 선박의 용선과 운항 업무, 선박의 관리 업무, 수입의 청구와 징수 업무 등)을 제공받고 쟁점매입세금계산서를 수취하였으므로 청구법인을 공급받은 자로 한 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니다. <사전열람후 추가의견>
• 나. 청구법인이 나용선계약상 관련 비용을 용선자가 부담하는 것의 내용에 대하여 적법 및 유효성 여부를 변호사를 통해 검토를 받았는바, 계약자유의 원칙에 비추어 용선자가 관련비용을 부담하는 것은 적법하고, 또 선박의 실질적인 도입주체이자 사용수익자인 용선자가 나용선계약상 제비용을 부담하는 것은 적절하다.

(청구법인이 아닌 선주가 실제 선박관리 용역을 공급받았으므로 청구법인을 공급받은 자로 기재한 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서임) 청구외법인이 제공한 선박관리 용역은 일반적으로 선주의 지위에 있는 자에게 제공하는 것으로 용선자인 청구법인이 선박관리 용역을 제공받았다고 볼 수 없다. 청구법인과 ○○코퍼레이션(이하 “선주”라 한다)과의 나용선계약서, 청구외법인과 △△코퍼레이션(이하 “舊선주”라 한다)의 용역계약서, 선주변경과 관련한 계약 부속 서류(2010년 4월 1일자 용역계약에 대한 부속서) 등에 의하면 실제 용역의 제공을 받는 자는 선주로 보아야 하고, 청구법인은 선주가 부담하여야 할 대금을 대신 지급하였을 뿐 실제 청구외법인으로부터 용역을 제공받았다고 볼 수 없다.

• 가. 쟁점 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분이 정당한지 여부
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다. <개정 2010.1.1 부칙>

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항 2) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 제16조제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 3) 부가가치세법 제22조 【가산세】

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액(제2호의 경우에는 그 세금계산서에 적힌 금액을 말한다)에 대하여 100분의 2에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

3. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 제16조에 따른 세금계산서를 발급받은 경우

• 다. 사실관계

1. 청구법인과 처분청 사이에 다음 사실에 대하여 다툼이 없다.

• 가) 청구외법인은 파나마 소재 舊선주(△△코퍼레이션)에게 선박건조기간중 선박관리용역을 제공하기로 하고 2010.4.1. 다음과 같은 내용의 용역계약을 체결하였다(계약당사자는 청구외법인과 舊선주임).

3. 청구외법인의 의무와 권한위임된 용역의 범위 본 계약상의 조건과 선주의 의무를 고려하여, 전 계약기간 동안 청구외법인은 수탁자로서 의무인 본 조항에 열거된 모든 의무를 충실하게 수행하여야 하고, 선주의 모든 권한을 가진 합법적인 대리인으로서 아래 사항을 이행할 책임과 권한을 가진다. 3.1. 선박의 취득 업무 3.2. 선박의 매각 업무 3.3. 선박의 용선과 운항 업무 3.4. 선박의 관리 업무 3.5. 선주의 요구에 충족되는 회계시스템의 구축 3.6. 수입의 청구와 징수 업무 3.7. 선주에게 용역의 상세내역을 기술한 월간보고서 제공 업무

(ⅰ) 선박건조 개시일로부터 선박인도 종료일까지 선주는 선박건조계약상 선박 계약가격의 1.25%를 관리비로서 청구외법인에게 선박건조 개시일부터 매월 분할 지급 하기로 한다.

• 나) 그 후 선주가 선주로 변경되면서 청구법인은 선주와 2010.8.20. 다음과 같은 내용의 나용선계약을 체결하였다. 4.3. 비용 (a) 용선자(청구법인) 는 선주의 요구 에 따라 전액보상조건 으로 선박의 인도여부에 상관없이 (ⅰ) 본 계약서와 매매서류 그리고 관련 법률의견서에 따른 초안 작성, 협상, 준비, 제작, 실행, 등록과 등기, 그리고 선주의 권리와 권한의 보존과 집행 및 (ⅱ) 대출계약서에 따라 지불해야 하는 계약금 혹은 금액의 지불 또는 대출계약서에 따른 그러한 지불의무와 관련된 선주 또는 그의 대리점이나 거래업체에 의해 합리적으로 발생한 모든 비용 (선주의 변호사, 대리인, 회계사 또는 기타 전문가에게 지급해야 하는 법률비용과 수수료)을 지불하기로 한다. (b) 또한 용선자 는 선주의 요구 에 따라, 선박의 인도여부에 상관없이, 본 계약서와 매매서류상의 모든 관련 관할권 또는 모든 조세당국에 의해 강제되는 선주의 설립과 유지 또는 파나마 선박 등록 (선주의 변호사, 대리인, 회계사 또는 기타 전문가에게 지급해야 하는 법률비용과 수수료를 포함)을 위한 모든 연간세금, 부가세, 경비 또는 수수료 뿐만 아니라 모든 인지세, 등록세, 등기세 또는 기타 세금과 수수료를 지급하기로 한다.
• 다) 청구법인은 선주와 2010.8.20. 나용선계약을 체결하면서 같은 날 다음과 같은 내용의 2010년 4월 1일자 용역계약에 대한 부속서를 체결하였다(계약당사자는 舊선주, 선주, 청구법인, 청구외법인).

1. 舊선주는 용역계약이 선주와 청구외법인에게 인계되는 것에 동의하고, 선주는 용역계약하에서 이미 발생한 권리와 책임을 포함한 舊선주의 모든 권리와 책임을 수용하고, 용역계약상의 모든 사항에 대하여 이행하고 수행하여야 할 모든 책임과 의무를 적절하고 엄격하게 이행하고 수행하는 것에 동의한다.

3. 용선자(청구법인)는 용역계약에 규정된 선주가 지급해야 할 금액에 한정하지 않고 용역계약 또는 선박과 관련하여 발생하는 모든 보수, 비용, 경비를 선주의 요구에 따라 부담 하고 지급하기로 한다.

• 라) 청구법인과 청구외법인이 2010.8.20. 다음과 같은 내용의 용역계약서를 체결하였다. 제2조(용역계약등의 업무의 범위 및 역할)

① 청구외법인은 선량한 관리자의 주의로 다음의 업무를 수행한다.

1. 본건 용역과 관련하여 청구법인의 선박건조와 관련한 일체의 자문

2. 본건 용역과 관련하여 청구법인의 선박건조와 관련한 조선소, 선박감리사의 감독 및 업무지시

3. 본건 용역과 관련하여 청구법인의 선박건조중 필요한 대외적인 업무

4. 본건 용역과 관련하여 기타 본건 사업의 수행을 위해 필요한 제반 부수 업무 제4조(수수료의 지급 등)

① 청구법인은 제2조에 다른 업무수행에 대가로 청구외법인에게 ＄396,415을 선박계약서 건조기간의 일할로 나눈 금액을 월로 계산하여 매월 25일 청구한다.

• 마) 청구법인은 선주가 부담하여야 할 용역대금을 청구외법인에게 지급하였고, 청구외 법인은 용역대금을 지급한 청구법인에게 세금계산서를 발행하였으며, 청구법인은 2011년 1기 예정 및 확정 부가가치세 신고 시 아래표와 같은 쟁점매입세금계산서를 근거로 매입세액 공제하여 환급 신청하였다. (단위: 원) 작성일자 공급가액 부가가치세 합계 지급일자 2011.1.26. 29,346,259 2,934,626 32,280,885 2011.1.27. 2011.2.25. 26,566,668 2,656,667 29,223,335 2011.2.28. 2011.3.25. 29,411,746 2,941,175 32,352,921 2011.3.29. 2011.4.25. 27,393,340 2,739,334 30,132,674 2011.4.29. 2011.5.25. 28,678,286 2,867,828 31,546,114 2011.5.31. 2011.6.24. 27,264,197 2,726,419 29,990,616 2011.6.30. 합계 168,660,496 16,866,049 185,526,545

2. 처분청이 작성한 환급신고 검토조사서 사본에 다음과 같은 내용이 기재되어 있다. ㅇ 매입처인 (주)○○서비스는 선박건조 개시일로부터 선박인도 종료일까지 선주의 업무를 대행하기로 선주와 계약을 체결하고 선주에게 용역을 제공함 ㅇ (주)○○해운은 선주에게 발생하는 모든 비용을 부담한다는 선주와의 계약에 의해 용역대금을 (주)○○서비스에 지급함 ㅇ (주)○○서비스가 용역을 제공하는 대상은 선주이며, 세금계산서도 선주에게 발행하여야 하나(선주가 외국법인이므로 발행의무 없음) 당 법인으로 발행하여 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 부당 환급 혐의 있음

3. 법률사무소 ○○이 2011.2.15. 작성한 ‘나용선계약상 관련비용에 관한 용선자의 계약상의무’ 사본에 “계약자유의 원칙에 비추어 당사자의 자유로운 의사결정에 의해 체결된 나용선계약에 따라 용선자가 관련 비용을 부담하는 것은 적법하고 유효함”, “계약의 경제적 목적에 비추어 볼때도 선박의 실질적인 도입주체이자 사용수익자인 용선자가 나용선계약상 제비용을 부담하는 것은 적절한 것으로 판단됨”라는 내용이 기재되어 있음

• 라. 판단 쟁점매입세금계산서는 용선자인 청구법인이 선박관리업자인 청구외법인으로부터 실제 용역을 공급받고 수취한 것으로 사실과 다른 세금계산서가 아니라고 청구법인은 주장하는바, 이에 대하여 살펴본다. 세금계산서상 공급받는 자가 누구인지와 관련, 세금계산서는 계약상 법률상 원인에 의해 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 교부하여야 하는 것으로 재화나 용역의 실제 공급받는 자가 누구인지에 대한 판단은 계약내용, 대가의 지급관계, 유효한 계약인지의 여부 등 거래의 실질에 따라 판단하여야 하는 것(부가가치세과-475, 2011.5.11. 같은 뜻임)인바, 살피건대, 위 사실관계 및 관계법령 등에 의하면 선박관리 용역계약(청구외법인과 선주 간) 등에 따라 선박관리업자인 청구외법인이 실제 용선자인 청구법인이 아닌 선주에게 선박건조 개시일로부터 선박인도 종료일까지 선박관리용역을 제공하기로 한 점, 용선자인 청구법인은 선주에게 발생하는 모든 비용을 부담한다는 선주와의 계약에 의해 선박관리 용역대금을 선박관리업자인 청구외법인에게 지급한 점, 용역의 공급받는 자와 비용부담자는 반드시 일치하는 것은 아니라는 점 등을 종합하여 고려하면, 선박관리업자인 청구외법인이 선박관리 용역을 제공하는 대상은 선주이고, 세금계산서도 실제 선박관리 용역을 공급받은 자인 선주에게 발행하여야 하나(선주가 외국법인이므로 발행의무 없음) 용선자인 청구법인에게 발행한 것으로 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 판단된다. 따라서, 용선자인 청구법인이 선박관리업자인 청구외법인으로부터 교부받은 쟁점매입세금계산서는 부가가치세법 제22조 제3항 제3호 의 규정에 의한 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서를 발급받은 경우에 해당하므로 매입세액을 불공제하고 가산세를 부과한 당초 처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.