관할관청의 부가가치세 경감세액의 해당 경감요건 미충족 자료통보에 의거 동 세액을 추징함은 정당함

• 가. 청구법인은 일반택시 운수업을 영위하는 법인으로 2009.2기부터 2010.1기까지 일반택시 운송사업자의 부가가치세 납부세액 경감세액(이하 “택시경감세액”이라 한다) 70,584,018원 공제 받은 후, 택시경감세액 중 8,524,000원(2009.2기∼2010.1기)을 청구법인의 직원 퇴직금으로 사용(이하 “쟁점경감세액” 이라 한다) 하였다.
• 나. 00광역시장은 쟁점경감세액을 부가가치세의 확정신고 납부기한 종료일부터 1개월 이내에 여객자동차 운수사업법에 따른 일반택시 운수종사자에게 현금으로 지급하지 아니한 것으로 보아 조세특례제한법 제106조의7 제3항 에 의하여 2011.9.21. 처분청에 자료 통보하였고, 이에 따라 처분청은 00광역시장으로부터 통보 온 자료내용에 따라 조세특례제한법 제106조의7 제3항 에 의하여 부가가치세 11,660,990원(2009.2기 6,304,190원, 2010.1기 5,356,800원)을 2011.11.30. 납기로 결정․고지(이하 “이 사건 처분”이라 한다)하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.12.21. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 처분의 부당성 건설교통부(운전 91100-311, 2001.3.9) 질의회신 3항에 의하면 부가가치세 경감세액 사용범위 및 방법 등에 대하여 관계법령에서 구체적으로 규정하고 있지 않으나 ‘택시종사자의 처우개선등을 위한 도입취지에 부합토록 하여 노·사 자율도록....세부기준에 대하여서는 노·사간 근로협약 등을 통하여 이루어져야 할 것입니다.’라고 설명하고 있다. 또한 00광역시 택시운송조합을 경유하여 시달된 00시 대중교통과-5171호(2007.5.22)의 [부가가치세 경감세액 사용내역 작성시 유의사항]에도 ‘퇴직금부분을 임금에 포함하여 신고내역을 작성’토록 지시한 바 있다. 00시 대중교통과-11522호(2007.11.30)의 2007년도 상반기 부가가치세 경감세액 점검결과 통보 시에도, 개선사항으로 ‘부가가치세 경감세액 중 근로자 퇴직금 반영액에 대한 증빙서류 작성(내부결재 필할 것)을 지시하고 있다. 00시가 2009.11.23. 00택시노동조합연맹 진정건의 회신에도 2009.10.7~11.13 전 업체에 대하여 부가가치세 경감세액 사용내역에 대하여 지도 점검한 결과 목적외 사용, 사업주의 유용등 중대위반사항이 없이 정상지급된 것이 확인되었다고 회신하고 있다. 00시 대중교통과-195호(2010.1.7)의 부가가치세 경감세액 사용실태 점검협조공문에도 점검 시 준비서류 등에 ‘퇴직금(간접임금)반영(정산)액 내역서를 제출토록하고 또한 사용내역 총괄표에도 기재토록 지도’한 바 있어 이에 따라 집행하였다. 00시의 지속적인 택시 부가가치세 경감세액 사용실태 점검시마다 근로자의 퇴직금정산액 내역 등을 제출함으로서 적정성을 점검받았다. 부가가치세 경감세액을 근로자 처우개선 등 직접임금으로 사용하게 되면 간접임금인 퇴직금도 같이 상승하게 되는데 청구법인은 경감세액에 따른 상승분만큼 간접임금으로 지급하였다. 그러므로 청구법인이 지급한 퇴직금(간접임금)은 국토해양부의 지침대로 근로자 처우개선 등을 위하여 사용하였다 할 것이다. 상기의 관계당국의 각종 공문 및 회신, 사용내역 점검등에 따라 청구법인은 적법하게 집행하였음에도 불구하고 작금에 와서 부가가치세 경감분 중 퇴직금반영이 택시 부가가치세 경감세액 사용지침에 위반(목적외 사용)이라고 하는 것은 00시의 행정신뢰성 등을 크게 훼손하는 것이며, 청구법인은 아무런 잘못없이 억울한 처지가 되어 추징금을 물게 되었으므로 이를 충분히 고려하여 부당한 세무행정처분을 취소하여야 한다. 따라서 위와 같이 국토해양부와 00시청이 부가가치세 경감세액 사용과 관련하여 보낸 공문과 사용지침에 따라 그대로 지켜온 청구법인은 00시청의 이중적인 행정으로 인한 선의의 피해자이므로 처분청의 부가가치세 추징은 마땅히 정정되어야 할 것이다.
• 나. 사전열람 후 추가주장 처분청의 ‘청구법인이 청구법인의 직원 퇴직금으로 사용한 쟁점경감세액에 대하여 관리․감독하는 건설교통부장관(00광역시 대중교통과)이 택시경감세액을 부당사용(목적 외 사용)분으로 명시하여 조세특례제한법 제106조의7 제3항 에 의거 과세자료 통보 온 건으로 이에 대하여 부가가치세 추징한 것은 정당하다.’라는 의견과, 국토해양부가 작성한 민원회신(대중교통과-2906) 및 질의회신(대중교통과-3214, 2011.8.16)에도 일반택시사업자가 부가가치세 경감세액을 퇴직적립금 명목으로 사용한 것은 부가가치세를 경감해 주기 이전부터 사용자가 부담하던 부분을 부가가치세 경감세액으로 잘못 사용한 예로 사료된다고 회신하였으나, 국토해양부의 택시 부가가치세 경감세액 사용지침에 따르면 부가가치세 경감세액은 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상을 위한 목적으로 사용하여야 하며, 부가가치세를 경감해 주기 이전부터 사용자가 부담해 왔던 부분에 사용하는 것을 금지하고 있는데, 택시 부가가치세 경감세액을 운수종사자의 처우개선 및 복지향상을 위하여 급여 및 수당 등으로 지급하여 일반택시사업자가 부담하는 퇴직금이 늘었다면 이것은 고스란히 일반택시사업자의 경영부담으로 작용하게 될 것이다. 바꾸어 말해, 택시 부가가치세 경감세액을 당초부터 부담해 왔던 퇴직적립금 명목으로 사용한다면 당연히 위 지침을 위반하는 것이 맞지만 당초에는 부담하지 않았던 임금분이 늘어남으로 인해 늘어난 퇴직금에 사용하는 것은 본 취지에 어긋난다 하기는 어렵다. 그리고 위 퇴직금에 대하여 인정이 되지 않는다고 하면 부가가치세 경감을 받지 않는 것이 택시운송사업자 입장에서는 경영부담을 줄이는 길이 됨이 논리에 맞을 것이다. 이는 곧 부가가치세 경감을 받아 직접임금 등에만 사용을 하고 간접임금 상승분은 고스란히 일반택시사업자가 경영부담으로 떠안던지 부가가치세 경감을 받지 않던지 양자택일을 해야 하는데 운수종사자들에게만 혜택이 돌아가고 일반택시사업자에게는 영업손실로 돌아오는 정책은 쉽게 이해하기가 어렵다.

• 가. 청구법인이 청구법인의 직원 퇴직금으로 사용한 쟁점경감세액에 대하여 택시운송사업자를 관리․감독하는 건설교통부장관(00광역시 대중교통과)이『여객자동차 운수사업법』에 따른 일반택시 운수종사자에게 현금으로 지급하지 아니한 것으로 보아 조세특례제한법 제106조의7 제3항 에 의거 관할 세무서로 통보하였으며, 이에 대하여 과세관청은 같은 법 같은 조항에 의거 부가가치세 과세 처분은 정당하다. 즉, 쟁점경감세액에 대하여 관리․감독하는 건설교통부장관(00광역시 대중교통과)이 택시경감세액을 부당사용(목적 외 사용)분으로 명시하여 조세특례제한법 제106조의7 제3항 에 의거 과세자료 통보 온 건으로 이에 대하여 부가가치세 추징한 것은 정당하다.
• 나. 한편 청구법인이 주장하는 쟁점경감세액에 대하여 관리․감독하는 건설교통부장관(00광역시 대중교통과)의 지시 및 규정을 성실히 이행하였는데도 불구하고 부당사용 자료통보는 행정신뢰성을 훼손한다는 주장에 대해서는 과세관청 입장에서 논할 사항이 아니다.

• 가. 쟁점 매출누락분의 부가가치세 경감세액을 운수종사자에게 지급하지 않았 다는 내용의 관할구청 공문에 따라 쟁점경감세액을 추징한 처분의 당 부를 가리는 데 있다
• 나. 관련법령 및 판례․예규 등 1) 조세특례제한법(2008.12.26. 9272호로 개정되기 전의 것) 제106조의 7【일반택시 운송사업자의 부가가치세 납부세액 경감】

① 여객자동차 운수사업법상 일반택시 운송사업자에 대하여는 부가가치세 납부세액의 100분의 50을 2008년 12월 31일까지 종료하는 과세기간분까지 경감한다.

② 제1항에 의한 경감세액은 국토해양부장관이 정하는 바에 따라 여객자동차 운수사업법상 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용한다.

③ 국토해양부장관은 여객자동차 운수사업법상 일반택시 운송사업자가 제1항의 규정에 따라 경감된 세액을 경감된 부가가치세의 신고납부기한 종료일부터 6개월 이내에 제2항의 규정에 따라 사용하지 아니한 것을 확인한 경우에는 이를 즉시 국세청장 또는 일반택시 운송사업자 관할 세무서장에게 통보하여야 하며, 이를 통보받은 국세청장 또는 일반택시 운송사업자 관할 세무서장은 다음 각 호의 규정에 따라 계산한 금액의 합계액을 추징한다.

1. 여객자동차 운수사업법상 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상을 위하여 사용하지 아니한 경감세액 상당액

2. 다음 산식에 따라 계산한 제1호의 경감세액 상당액의 이자상당액 이자상당액 ＝ 제1호의 경감세액 상당액 × 제1항의 규정에 따라 경감된 부가가치세의 신고납부기한 종료일의 다음날부터 추징세액의 고지일까지의 기간(일) × 3/10,000

3. 제1호의 경감세액상당액의 100분의 20에 해당하는 금액의 가산세

2. 조세특례제한법(2008.12.26. 9272호로 개정되기 전의 것) 제106조의7 【일반택시 운송사업자의 부가가치세 납부세액 경감】

① 여객자동차 운수사업법상 일반택시 운송사업자에 대하여는 부가가치세 납부세액의 100분의 90을 2011년 12월 31일까지 종료하는 과세기간분까지 경감한다.

② 제1항에 의한 경감세액은 국토해양부장관이 정하는 바에 따라 여객자동차 운수사업법상 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용한다.

③ 국토해양부장관은 여객자동차 운수사업법상 일반택시 운송사업자가 제1항의 규정에 따라 경감된 세액을 경감된 부가가치세의 신고납부기한 종료일부터 6개월 이내에 제2항의 규정에 따라 사용하지 아니한 것을 확인한 경우에는 이를 즉시 국세청장 또는 일반택시 운송사업자 관할세무서장에게 통보하여야 하며, 이를 통보받은 국세청장 또는 일반택시 운송사업자 관할세무서장은 다음 각호의 규정에 따라 계산한 금액의 합계액을 추징한다.

1. 여객자동차 운수사업법상 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상을 위하여 사용하지 아니한 경감세액상당액

2. 다음 산식에 따라 계산한 제1호의 경감세액상당액의 이자상당액 이자상당액=제1호의 경감세액상당액 × 제1항의 규정에 따라 경감된 부가가치세의 신고납부기한 종료일의 다음날부터 추징세액의 고지일까지의 기간(일) × 3/10,000

3. 제1호의 경감세액상당액의 100분의 20에 해당하는 금액의 가산세 3) 여객자동차운수사업법 제21조 【운송사업자의 준수 사항】

① 대통령령으로 정하는 운송사업자는 제24조에 따른 운전업무 종사자격 을 갖추고 여객자동차운송사업의 운전업무에 종사하고 있는 자가 이용자에게서 받은 운임이나 요금의 전액을 그 운수종사자에게서 받아야 한다.(이하 생략)

• 다. 사실관계

1. 청구법인의 부가가치세 신고내용 및 경정내용은 다음과 같다. (천원) 기분 신 고 경 정

경감세액 납부세액 경감세액 납부세액 경감세액 2009.2기 41,279 37,151 41,279 32,627 4,524 2010.1기 37,147 33,147 37147 29,432 4,000 합계 78,426 70,298 78,426 62,059 8,524

2. 처분청이 작성한 택시부가가치세 경간세액 부당사용 검토조사서에 의하면, 00광역시 대중교통과-10978 (2011.8.25)호에 의한 수보자료에서 조세특례제한법 제106조 의 7에 의거 여객자동차운수사업법에 따른 일반택시 운송사업자에게 경감한 부가가치세를 국토해양부의 관련지침이 정하는 바에 따라 지급하지 아니하여(8,524천원을 퇴직금으로 목적외 사용), 여객자동차운수사업법 상 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상을 위하여 사용하지 아니한 경감세액 상당액 8,542천원, 경감된 부가가치세의 납부불성실가산세 1,431천원 및 경감세액의 100분의 20에 해당하는 금액의 신고불성실가산세 1,705천원 합계 11,660천원이 추징하려고 한다고 기재되어있다.

3. 00광역시가 처분청에 보낸 일반택시 운송사업자의 부가세 경감세액 부당사용 통보(대중교통과-12198, 2011.9.21.)에 의하면 00광역시는 청구법인이 여객자동차운수사업법에 따른 일반택시 운송사업자에게 경감한 택시 부가가치세를 국토해양부의 관련지침이 정하는 바에 따라 지급하지 아니하였으니(퇴직금으로 목적외 사용) 조세특례제한법 제106조 의 7 제3하에 의하여 조치를 하여 달라고 통보하였다.

4. 2005.4월에 작성한 국토해양부의 “택시 부가세 경감세액 사용지침”의 내용은 아래와 같다.

• 가) 기본원칙

(1) 부가가치세 경감세액 전액을 근로자의 처우개선 및 복지향상을 위한 목적으로만 사용(목적외 사용금지)

(2) 사용자가 근로자 개개인에게 현금으로 지급. 다만, 경감세액의 일부를 사업장별 과반수 이상의 근로자들이 현금이외의 다른 방법으로 사용하는 것을 요구하는 경우 예외를 인정(현금지급: 기본급, 수당, 복리후생비 등의 명목으로 지급)

(3) 현금지급 방법․시기, 근무일수에 따른 일할 계산방법 등에 관한 세부사항은 근로자 대표와 사용자가 자율적 결정

• 나) 세부 방안

(1) 근로자 개개인별 현금 지급 시, 과세기간 중 종사한 모든 근로자에게 균등하게 사용자가 직접 지급하되, 근무일수 등에 따른 차등지급 가능

(2) 사용자는 경감세액 사용의 투명성 제고를 위해 별도의 지출장부를 관리하고, 근로자 개개인에게 현금으로 직접 지급하는 경우 개인별 지급금액을 고지하며, 경감세액의 일부를 기본급에 포함하여 지급하는 경우 전체 지출규모 파악이 가능하도록 지출장부에 명기

(3) 사용자는 근로자 대표와 공동으로 서명 또는 날인한 경감세액 사용내역을 매분기 익월말까지 관할관청에 보고

• 다) 금지사항

(1) 부가가치세를 경감해 주기 이전부터 사용자가 부담해 왔던 부분에 사용(운전복, 창립기념 및 명절선물, 야유회비, 수재의연금 등)

(2) 근로자가 아닌 관리직 직원의 후생복지를 위해 사용

(3) 사용자의 경영개선, 노동조합 운영비 등을 위해 사용․지원

(4) 지원대상에서 근로자의 일부를 제외하거나 정당한 사유없이 차별 지원하는 행위 등

5. 00광역시 택시운송사업조합과 00택시노동조합연맹(00택시사업노동조합)00지역본부가 2004.3.18. 작성한 노사합의서 및 부가가치세 경감액 사용액 사용에 대한 노사합의서에 의하면 근로자측과 사용자측은 다음과 같이 합의하였다.

1. 조세감면규제법 법률 제4952호(1995.8.4.) 및 조세특례제한법 법률 제7003호(2003.12.30.)에 의거 택시운임에 부과되는 부가가치세 감면(경감)액에 대하여

• 가. 건설교통부 운정 91101-545호(1995.7.26.)와 건설교통부 도교 91101-590(1995.8.19.)에 의거
• 나. 부가가치세 감면(경감)액의 구체적인 사용방법에 대하여 노사간의 협의를 통해 자율적으로 집행 토록한 지시 방침에 따라

2. 00광역시 택시운송사업조합과 00택시노동조합 연맹(00택시산업노동조합) 00지역본부간 2004년도 단체협약 및 임금협정 갱신 체결시

• 가. 2004.1.1.부터 2006.12.31.까지 부가가치세 경감액에 대해서는 근로자측 월 대당 3,000원(연맹분:1,500원, 지역본부분:1,500원) 중에는 월 대당 1,500원은 00지역 본부 발전기금 및 정책 기금으로 지급하고
• 나. 나머지 부가가치세 경감분은 기본금 및 승무수당, 성실수당, 퇴직금 등 임금에 포함키로 합의하였으므로 상호간 일체 이의를 제기하지 않기로 한다.

6. 00광역시 택시운송사업조합과 00택시노동조합연맹(00택시사업노동조합)00지역본부가 2007.3.1. 작성한 노사합의서에는 부가가치세 경감분 전액은 기본급, 승무수당, 성실수당 등 직접 임금과 퇴직금 등 간접부담금에 전액 포함되어 있으므로 상호간 일체 이의를 제기하지 않는다고 기재되어 있다.

7. 00광역시 택시운송사업조합과 00택시노동조합연맹(00택시사업노동조합)00지역본부가 2009.9.3. 작성한 노사합의서에는 ‘2009년 1월부터 확대 시행된 부가가치세 경감분은 기본급, 승무수당, 성실수당 등의 직접임금과 간접임금에 전액 포함되어 있으므로 상호간 일체의 이의를 제기하지 않는다. 단, 2009년 1월부터 시행된 추가 경감분 40%에 대해서는 8개월분(1월∼8월) 중 2009년 8월분 급여 지급(9월 10일)시 8월분 임금에 한하여 최저임금 부족분을 보전하고, 남은 금액은 5개월간 9월 급여분(10월10일)부터 분할 지급한다.’ 또는 ‘2009년 1월부터 확대 시행된 부가가치세 경감분 90% 중 지금까지 지급되고 있는 50%(95,800원)와 추가로 감면된 40%(4,2000원)은 임금에 포함되어 있으므로 상호간 일체의 이의를 제기하지 않는다. 단 부가가치세 경감액 중 임금에 포함된 금액외에 나머지 금액이 발생될 경우 매분기 신고월 급료시에 현금으로 지급한다.’라고 기재되어 있다.

8. 건설교통부가 2001.3.9. 시행한 질의회신(문서번호 운정91100-311)에 의하면 부가가치세 경감세액은 사용범위 및 방법 등에 대하여 관계법령에서 구체적으로 규정하고 있지 않으나, 택시종사자의 처우개선 등을 위한 도입취지에 부합되도록 하여 노․사 자율로 정하도록 되어 있으나, 단체협약을 통하여 노․사가 협의를 하였다 하더라도 사업자가 부담하여야 할 부분을 부가가치세 경감분에서 사용하는 경우 및 노동조합장의 급료를 지급하는 경우 등은 부가가치세 경감의 도입취지상 부절적할 것으로 판단되니, 관할관청은 운수종사자 전체를 위한 처우개선 등으로 사용할 수 있도록 지도․감독 등에 철저를 기하여야 할 것으로 판단된다고 기재되어 있다.

9. 00광역시가 작성한 일반택시 운송자 부가가치세(2007년 1기 예정) 경감세액 통보(대중교통과-5171, 2007.5.22.)에 첨부된 부가가치세세액 작성시 유의사항에서는 부가세 경감액을 임금에 포함하여 지급하므로(간접임금으로 간주) 퇴직금부분을 임금에 포함하여 신고내역을 작성하되 4대보험 비용은 불포함하도록 되어 있다.

10. 00광역시가 작성한 택시부가세 관련 진정에 대한 회신(수신자: 00택시노동조합연맹 위원장, 대중교통과-12848)에 의하면 부가세 경감액 사용내역에 관하여 지도․점검(기간: 2009.10.7.∼11.13, 대상; 2008년도 3/4분기∼2009년도 1/4분기)을 실시하였고 점검결과 목적외 사용, 사업주의 유용 등 중대 위반사항이 없이 정상 지급된 것으로 확인된다고 기재되어 있다.

11. 국토해양부가 작성한 민원회신(대중교통과-2906)에 의하면 00택시노동조합 연맹 위원장의 2010년 7월 이전에 발생한 일반택시 부가세 경감세액을 퇴직금적립금 명목으로 사용하는 것이 정당한지에 대한 질의에 대하여 국토해양부는 일반택시사업자가 경감세액을 퇴직적립금 명목으로 사용한 것은 부가세를 경감해 주기 이전부터 사용자가 부담하던 부분을 부가세 경감세액으로 잘못 사용한 예로 사료된다고 회신하였다.

12. 국토해양부가 작성한 질의회신(대중교통과-3214, 2011.8.16.)에 의하면 00광역시장(대중교통과장)의 노사합의서에 의하여 부가세 경감세액을 퇴직금적립금으로 반영한 것이 2005년 4월부터 시행한 “택시 부가세 경감세액 사용지침”에 위반되는지에 대한 질의에 대하여 국토해양부는 택시 부가세 경감세액 사용지침(2005.4)에 따르면 부가세 경감세액은 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상을 위한 목적으로 사용하여야 하며, 부가세를 경감해 주기 이전부터 사용자가 부담해 왔던 부분에 사용하는 것을 금지하고 있는바, 부가세 경감세액을 퇴직적립금 명목으로 사용한 것은 지침에 위반된다고 회신하였다.

• 라. 판단 조세특례제한법 제106조 의 7에 의하면 일반택시 운송사업자는 부가가치세 경감세액을 국토해양부장관이 정하는 바에 따라 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용하여야 하고, 국토해양부장관은 운송사업자가 위 규정에 따라 경감된 세액을 경감된 부가가치세의 신고납부기한 종료일부터 6개월 이내에 사용하지 아니한 것을 확인한 경우에는 즉시 국세청장 등에게 통보하고, 국토해양부장관(또는 관할구청장)으로부터 통보받은 국세청장(또는 관할세무서장)은 미사용 경감세액 등을 추징하여야 하여야 하다. 살피건대 국토해양부에서 판단한 것과 같이 일반택시사업자가 경감세액을 퇴직적립금 명목으로 사용한 것은 부가가치세를 경감해 주기 이전부터 사용자가 부담하던 부분을 부가가치세 경감세액으로 잘못 사용한 것이므로 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용한 것으로 인정하기는 어려운 것으로 판단된다. 또한 일반택시 운송사업자에 대한 부가가치세 경감세액을 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용하였는지 여부에 대한 확인은 국토해양부장관의 업무에 속하는 것이므로, 국토해양부장관의 위임을 받은 00광역시장이 처분청에 청구법인이 경감세액을 운수종사자의 처우개선 등으로 쟁점경감세액을 사용하지 아니하였다고 통보하였으므로, 이를 통보받은 처분청이 위 법령에 따라 경감세액을 추징한 이 사건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.