청구인은 당초 경정청구에 대한 거부처분 통지를 받은 경우 동일한 경정청구를 다시 할 수 없고, 당초 경정청구 거부처분에 대한 불복절차를 통하여 그 과세표준과 세액을 다투는 것이 타당함
청구인은 당초 경정청구에 대한 거부처분 통지를 받은 경우 동일한 경정청구를 다시 할 수 없고, 당초 경정청구 거부처분에 대한 불복절차를 통하여 그 과세표준과 세액을 다투는 것이 타당함
1. 청구인이 2010.10.26. 제기하였던 2차 경정청구시 청구인은, ①청구인이 공급시기 도래에 따라 수분양자들에게 교부한 세금계산서 공급가액 14,923백 만원에서 청구인이 수분양계약자들에게 대금을 회수하지 못한 부분의 공급가액 3,641백만원을 차감한 가액인 11,282백만원에 대해 매출감세금계산서(공급가액 △11,282백만원)를 청구외법인에게 발행하였고, ②미회수부분인 3,641백만원에 대해서는 수분양계약자들에게 동 금액을 매출감세금계산서로 발행하였는데, 그 청구사유는 위 금액에 대한 매출은 사업양수자인 청구외법인이 인식하여야 하는 것이므로 이를 경정하여 환급해 달라는 것 이었다 그러나 3차 경정청구는, 청구인이 수분양자들에게 부가가치세법상 중간지급조건부 공급에 따른 공급시기 도래로 인하여 세금계산서를 교부한 부분에 대해 또다시 청구외법인에게 사업양수도시 동 부분을 포함하여 세금계산서를 교부한 것은, 명백한 부가가치세 이중과세이므로 청구외법인에 사업양수도를 원인으로 세금계산서를 교부 시 청구인이 수분양자들에게 교부한 세금계산서 공급가액을 차감한 금액을 사업양수도시 공급가액으로 하여 교부하여야 함이 정당하므로 이를 경정하여 달라는 것인 바, 종전경정청구의 청구사유인 경정청구액에 대한 매출액의 인식은 청구외법인이 인식하여야 하므로 수분양자들과 청구외법인으로부터 거래징수하여 납부한 부가가치세를 경정하여 달라는 것과, 이 건 청구사유인 중간지급조건부 공급의 부가가치세법상 공급시기 도래 분에 대하여 수분양자들에게 부가가치세를 거래징수하여 납부한 부분을 또다시 사업양수도시 청구외법인에게 거래징수 납부하여 부가가치세를 이중으로 납부하였으므로 청구외법인에게 거래징수 납부한 부가가치세를 경정하여 달라는 것은 그 신청사유가 동일하다 볼 수 없다.
2. 설사 백번 양보하여 동일한 사유에 해당하는 경정청구라 본다 하더라도 국세기본법 제45조의2 제1항 은 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있을 뿐, 위 경정청구 기간 내라고 하더라도 동일한 사유에 기하여는 재차 경정청구를 할 수 없다는 취지의 규정을 두고 있지 아니하고, 통상 거부처분은 관할 행정청이 국민의 처분신청에 대하여 거절의 의사표시를 함으로써 성립되고, 그 이후 동일한 내용의 새로운 신청에 대하여 다시 거절의 의사표시를 한 경우에도 새로운 거부처분이 있는 것으로 볼 수 있으므로, 원고가 1차 경정청구를 하였다가 피고에 의하여 거부되었다고 하더라도 경정청구 기간 내라면 다시 경정청구를 할 수 있는 것이고, 이에 대하여 피고가 다시 거절의 의사표시를 하면 이를 새로운 거부처분으로 보아 그에 대한 취소소송을 제기할 수 있다고 할 것(수원지법 2007구합5920, 2008.10.22, 같은 뜻) 이므로, 설령 종전 경정청구와 이 건 경정청구가 동일한 사유라 하더라도, 종전 경정청구에 대한 처분청의 거절의 의사표시가 있은 뒤, 경정청구 기간 내에 다시 경정청구를 제기한 이 건 경정청구는 적법하며, 이에 대해 다시 처분청이 거절의 의사표시를 한 것에 대해 청구인은 이를 새로운 거부처분으로 보아 그에 대한 조세불복을 제기할 수 있는 것이다.
1. 기발행세금계산서 등의 내역 (단위: 백만원) 구 분 계산서 공급가액 세금계산서 공급가액 부가세 계 중간지급조건부 공급시기 도래분 25,931 14,923 1,492 42,346 분양대금 회수액 22,290 12,829 1,283 36,402 미회수 분양대금 3,641 2,094 209 5,944
2. 양수도대상부동산 양수도대금의 결정 <표> 양수도일 현재 양수도대상 자산·부채의 내역 예금 17,380백만원 채무 508,879백만원 채권 394백만원 양수도대상부동산 백만원 사업시행권등 양수도계약은 채무 508,879 백만원을 인수하는 조건으로 예금 17,380백만원, 채권(원천징수반환채권) 394백만원, 양수도대상부동산을 청구인이 양수법인에게 양도한 것이다. 즉, 양수법인이 508,879백만원에 청구인의 예금, 채권, 양수도대상부동산을 매입한 것이고, 인수채무에서 인수자산 중 예금과 채권을 상계하여 양수도대상부동산만을 대상으로 고려해보면, 양수도대상부동산을 491,105백만원에 청구인으로부터 매입한 것이다. 계약서상 인수채무 중 “수분양계약자에 대한 분양대금 반환채무”는 36,401백만원으로 기재되어 있으나 이는 오류로 보임. 계약서 7p “라”항을 살펴보면 양수법인은 청구인이 수분양자들과 체결한 분양계약을 모두 승계하였는 바, 당해 분양계약 관련하여 양수법인이 인수하는 채무는 분양선수금 총액 42,346백만원(부가세포함)이며 승계자산에 분양미수금 5,944백만원(부가세포함)이 기재되어야 할 것이나, 이 둘을 가감하여 순액인 36,401백만원으로 승계부채란에만 기재한 것으로 보임 이 때, 양수도대상부동산의 평가는 위 표의 대차차액인 491,105백만원으로 하였다. 즉, 이 491,105백만원은 양수도대상부동산 전체(토지 17,490㎡, 미완성건축물 170,841.46㎡)에 대한 가치평가액이다. 청구인은 위 양수도대상부동산 가치평가액 491,105백만원에 대하여 계산서 442,713백만원(토지분), 쟁점세금계산서 48,390백만원(건물분)를 발행하였다.
3. 올바른 세금계산서 발행방법 위와 같은 건에 대해서 국세청 예규는 부동산매매업을 영위하는 사업자 갑이 건물을 신축하면서 일반인에게 중간지급조건부로 분양하고 계약금 및 중도금을 지급받은 상태에서 당해 미완성 건축물을 타사업자 을에게 양도한 경우로서, 사업자 갑과 일반인과의 당초 분양계약이 취소되지 아니한 경우에는 당해 미완성 건축물의 전체 가액에서 당초 사업자 갑이 일반인으로부터 지급받은 계약금 및 중도금 등을 제외한 금액(사업자 을로부터 실질적으로 지급받기로 한 금액)을 과세표준으로 하여 사업자 을에게 세금계산서를 교부하도록 하고 있다. 위 예규는 부가가치세 이중과세를 방지하기 위한 것(사업자 갑이 중간지 급조건부 공급시기 도래에 의해 일반인에게 공급한 부분을 또다시 사업자 갑이 사업자 을에게 공급하게 되는 모순을 방지하기 위함)으로, 간단한 예를 들어 설명해 보겠다. A: 주택신축판매 사업자, B: A로부터 미완성주택을 매입하는 사업자 C: A와 분양계약을 체결한 분양자 A가 건설중이던 미완성주택의 공정가치: 100 A가 C에서 수령한 계약금: 30 B는 A가 체결한 분양계약을 모두 승계함 위와 같은 사례에서 A가 B에게 미완성주택을 양도하는 경우, A는 당해 미완성주택의 공정가치가 100이므로 B에게 100만큼의 대가를 받고 양도하게 될 것이다. 이때 B는 A가 C와 체결한 분양계약을 그대로 승계하였으므로 양도대가를 “현금 70의 지급”과 “분양선수금 채무 30을 인수”하는 방식으로 지급하게 될 것이다. 즉 당해거래의 양도가액은 100이 되는 것이고, 그 양도대금을 현금 70과 채무인수 30의 방법으로 지급하게 되는 거래인 것이다. 부가세 과세표준은 명목여하에 불구하고 거래상대방으로부터 받는 대가관 계가 있는 모든 금전전가치가 있는 것을 포함하는 것이므로 일반적인 경우라면 위 거래의 부가세과세표준은 대가로 수취한 “70+30=100”이 되어야 하는 것이나, 그럼에도 불구하고 국세청이 예규에서 이 100을 부가세 과세표준으로 하지 않고 70을 과세표준으로 하도록 하는 까닭은, 만약 100을 과세표준으로 한다면 이미 30부분은 A가 C에게 부가세법상 중간지급 조건부공급에 의하여 부가세법상 공급이 완료된 부분임에도 같은 부분을 또다시 A가 B에게 부가세법상 공급을 하게 되는 모순을 방지하기 위함이며 부가세가 이중으로 과세되는 현상을 방지하기 위함이다. 이러한 까닭에 A가 B에게 미완성주택을 양도할 때는 전체 양도가액 100에서 30을 차감한 70을 과세표준으로 하여 세금계산서를 교부하도록 하는 것이다. 위 사례를 청구인의 사건에 그대로 적용하여 본다면, 주택신축판매업을 영위하는 사업자 청구인이 양수도대상부동산을 신축하면서 수분양자들에게 중간지급조건부로 분양하고 계약금 및 중도금 40,853백만원을 지급받은 상태에서 당해 양수도대상부동산을 타사업자 양수법인에게 491,105백만원에 양도한 경우로서, 사업자 청구인과 수분양자들과의 당초 분양계약이 취소되지 아니한 경우에는 당해 양수도대상부동산의 전체 가액 491,105백만원에서 당초 사업자 청구인이 수분양자들로부터 지급받은 계약금 및 중도금 40,853백만원을 제외한 금액(사업자 을로부터 실질적으로 지급받기로 한 금액)을 과세표준으로 하여 사업자 양수법인에게 세금계산서를 교부하여야 하는 것이다. 즉 양수법인은 양수도대상부동산의 공정가치 평가액인 491,105백만원(위 사례의 100 해당액)에 청구인으로부터 매입하는 것이나, 대금의 지급을 “기타채무 인수 450,252백만원(위 사례의 70 해당액)”와 “분양선수금 채무의 인수 40,853백만원(위 사례의 30 해당액)”의 방법으로 하는 거래인 것이다. 이때 40,853백만원 부분은 이미 청구인이 수분양자들에게 부가세법상 중간지급조건부 공급시기 도래에 의하여 세금계산서를 교부하였으므로, 당해 부분을 또다시 청구인이 양수법인에게 부가세법상 공급을 할 수는 없는 것이어서 청구인이 양수법인에게 세금계산서를 교부할 때에는 당해거래의 총 양도가액 491,105백만원에서 40,853백만원을 차감한 450,252백만원을 과세표준으로 하여 교부하여야 하는 것이다. ※ 설명의 편의를 위하여 세금계산서 부분, 계산서 부분을 구분하지 아니하였음
2. 설령, 동일한 경정청구로 보지 않는다 하더라도 부가가치세의 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함하는 것이며, 소득세법상 사업소득에 대한 총수입금액의 계산은 사업과 관련하여 무상으로 받은 자산의 가액과 채무의 면제 또는 소멸로 인하여 발생하는 부채의 감소액은 총수입금액에 이를 산입하는 것인 바, ㅇㅇ숲 1블럭 주상복합사업 사업시행권 등 양수도계약서와 변경계약서 및 부동산 매매계약서 부동산 매매 변경계약서 등을 보면, 매매대금은 수분양계약자에 대한 분양대금 반환채무 36,401백만원이 포함된 인수채무액 508,879백만원에서 매수인이 매도인으로부터 양수받은 이 건 토지신탁 관련 수입 및 지출금액 17,380백만원과 원천징수 대여금 반환채권액 394백만원을 공제한 금액으로 건물분과 토지분을 합산한 491,104백만원으로 한다고 되어 있으며, 건물분을 48,391백만원으로, 토지분을 442,713백만원으로 구분하여 기재하고 있고, 채무를 면책적으로 인수하거나 해당 채무의 채권자가 청구인 및 양도인에 대하여 해당 채무를 면책함으로써 양도인에 대한 양수도대금의 지급에 갈음한다고 되어 있는 바, 쟁점세금계산서 등은 정당하게 발급된 것으로 보인다.
1. 경정청구시 제출한 수정세금계산서와 관련 하여 청구외법인에게 확인(공문번호: 부가가치세과-*, 2011.5.2.)한 바, 당해사업 중 청구인과의 거래는 2009년 7월 15일자 매매계약서에 따라 이루어졌으며 이후 이를 수정한 사실이 없다는 회신(문서번호 2011-2, 2011.5.4.)를 받았고,
2. 또한 청구외법인이 2009. 7. 15. 부동산 매매 변경계약서에 의하여 교부받은 매입세금계산서 48,391백만원과 매입계산서 442,713백만원을 2009년 2기 부가가치세 예정신고시 반영하여 신고하였으며, 부가가치세 4,617백만원을 환급받은 사실과, 2009년 2기 부가가치세 예정신고분에 대하여 수정신고한 사실이 없음이 국세전산시스템에 의하여 확인되는 등으로 볼 때, 이 건 수정세금계산서는 거래상대방의 동의 없이 청구인이 일방적으로 발행한 것으로 적법한 수정세금계산서로 볼 수 없으므로 경정청구를 거부한 당초 처분은 정당하다.
① 청구인이 미완성건물과 토지 전체를 양도하고 세금계산서를 발행함에 있어, 총공급가액에서 일반(수)분양자에게 기발행한 세금계산서 공급가액을 제외하여야 하는 지 여부
② (쟁점① 인용시 심의) 청구인이 발행한 수정세금계산서를 적법한 수정세금계산서로 볼 수 있는지 여부
1. 제45조 의2 【경정 등의 청구】
① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다. <개정 2010.12.27>
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 2) 국세기본법 제55조 【불 복】
① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 3) 국세기본법 제61조 【청구기간】
① 심사청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다. 4) 국세기본법 제65조 【결 정】
① 심사청구에 대한 결정은 다음 각호의 규정에 의하여야 한다.
1. 심사청구가 부적법하거나 제61조에 규정하는 청구기간이 지난 후에 있었거나 심사청구 후 제63조 제1항에 규정하는 보정기간 내에 필요한 보정을 하지 아니한 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다. 5) 부가가치세법 제13조 【과세표준】
① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.
1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가
2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가
3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가 3의 2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가
4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가
② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.
3. 공급받는 자에게 도달하기 전에 파손ㆍ훼손 또는 멸실된 재화의 가액
5. 공급대가의 지급지연으로 인하여 지급받는 이자로서 대통령령이 정하는 연체이자
6. 재화 또는 용역을 공급한 후의 그 공급가액에 대한 할인액으로서 대통령령이 정하는 할인액
⑤ 제1항부터 제4항까지 외에 과세표준의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 6) 부가가치세법 시행령 제48조 【과세표준의 계산】
① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다. 7) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】
① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항
⑦ 제1항부터 제6항까지에서 규정한 사항 외에 세금계산서의 작성ㆍ교부에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 8) 부가가치세법 시행령 제59조 【수정세금계산서 교부사유 및 교부절차】 법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 교부할 수 있다.
2. 계약의 해제로 인하여 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우: 계약이 해제된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 기재하고 비고란에 계약해제일을 부기한 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 교부한다.
5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 기재된 경우: 세무서장이 경정하여 통지하기 전까지 세금계산서를 작성하되, 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 작성하여 교부하고, 수정하여 교부하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 교부한다.
1. 청구인은 ㅇㅇ숲 1블럭 주상복합사업을 영위하던 중 2009.7.15. 사업시행권 등을 청구외법인에게 양도하고 2009년 2기 부가가치세 예정신고를 하면서 청구외법인에게 발급한 매출세금계산서 1매 48,390백만원을 부가가치세 과세표준에 포함하고, 매출계산서 1매 442,713백만원을 면세사업 수입금액에 포함하여 신고하였음이 국세전산시스템에 의하여 확인된다.
2. 청구인은 2010.10.26. 2009년 2기 부가가치세 예정신고분에 대한 경정청구를 하면서 청구외법인을 공급받은자로 한 공급가액 △11,282백만원의 매출감세금계산서 1매를 제출하였으나, 이에 대하여 처분청은 2011. 1. 13. 청구인에게 경정할 이유 없음을 통지하였다.
3. 청구인은 2011.3.14. 이 건 이의신청과 관련 된 2009년 2기 부가가치세 예정신고에 대한 경정청구를 하면서 공급가액 △48,390백만원의 매출감세금계산서 1매와 공급가액 37,108백만원의 매출세금계산서 1매를 제출하였으나, 이에 대하여 처분청은 2011.5.17. 청구인에게 부가가치세법 제16조제1항 및 같은법시행령 제59조에 의한 수정세금계산서에 해당되지 아니하므로 경정할 이유가 없다고 통지하였다.
4. 청구인은 이 건 이의신청을 제기하면서 당초 청구외법인에게 발급한 매출세금계산서 공급가액 48,390백만원에서 14,923백만원이 차감된 33,468백만원의 매출세금계산서 1매를 제출하였다.
5. ㅇㅇ숲 1블럭 주상복합사업과 관련 청구인의 수탁자인 청구외 ㅇㅇ신탁주식회사를 양도인으로하고, 청구외법인을 양수인으로, 주식회사 ㅇㅇ건설을 양수인 겸 시공사로 하여 2009.6.9. 체결한 ‘ㅇㅇ숲 1블럭 주상복합사업 사업시행권 등 양수도계약서’ 제2조제2항에 의한 양수도대금의 지급란 (가)목 양수도대금을 보면 “이 계약에 따른 양도대상자산의 양수도 금액은 499,525백만원으로 한다.”라고 되어 있으며, (다)목 양수도대금의 지급 ①에 의하면, “양수인은 이 계약 제3조에 의하여 양수인이 인수하는 동 조 각호의 채무를 이 계약서 및 관련 계약서에 정하여진 바에 따라 면책적으로 인수하거나 해당 채무의 채권자가 청구인 및 양도인에 대하여 해당 채무를 면책함으로써 양도인에 대한 양수도대금의 지급에 갈음하기로 한다. 이를 명확히 하면, 양수인의 위 채무에 대한 면책적 채무인수 또는 해당 채무의 채권자의 청구인 및 양도인에 대한 해당 채무의 면제에 의하여 매매대금이 지급된 것으로 간주된다.”라고 기재되어 있다. 또한, 위 계약서 제3조제1항 채무인수 란을 보면 “양수인은 양수도대금의 범위 내에서 아래 각호의 채무를 그 순서에 따라 1순위, 2순위, 4순위, 5순위의 채무에 대해서는 면책적으로 인수하거나 해당 채무의 채권자가 청구인 및 양도인에 대하여 해당 채무를 면제하는 의사표시를 하도록 하고, 제3순위 채무에 대해서는 해당 채무의 채권자가 신탁부동산의 매각이 완료되고, 양수인 및 양수인 겸 시공사가 이 건 사업의 시행자로서 지위를 취득함을 조건으로 노ㅇㅇ가 위 채권자에 대하여 부담하는 대출원리금 채무 일체를 면제하기로 하는 합의서가 체결되도록 하여야 한다.”라고 기재되어 있다.
6. 양도인과 양수인은 2009. 7. 15. 사업시행권등의 양수도 변경계약서를 체결하였으며, 이 변경계약서에서 양수도대금을 508,879백만원으로 변경하고 인수채무 내용을 아래와 같이 변경하였다.
○ 인수채무 내역 (단위:백만원) 순위 인수채무내용 금액 비고 당초 변경 1 제세공과금 등 0 0 신탁보수 0 0 양수도계약체결 등의 비용 0 0 2 수분양계약자에 대한 분양대금 반환채무 31,576 36,402 노ㅇㅇ의 설계ㆍ감리비 채무 543 543 3 노ㅇㅇ의 대주들에 대한 대출원리금 상환채무 353,000 353,000 노ㅇㅇ의 우리은행에 대한 대출원리금 상환채무 38,800 38,800 4 시공사의 대주들에 대한 대위변제에 따른 상환채무, 시공사의 자금보충에 따른 투자사 업비 기타 노ㅇㅇ의 시공사에 대한 상환채 무 36,196 36,487 5 노ㅇㅇ의 시공사에 대한 미지급 공사비 채 무 39,410 43,647 합 계 499,525 508,879
7. 양수도계약서 제2조제3항(라)를 보면, “양수인은 부록Ⅰ에 명시된 분양계약에 대하여 이 계약 체결 후 지체없이 늦어도 거래종결일까지, 수분양계약자의 동의를 받아 분양계약상 양도인의 지위를 포괄양수하여야 하며, 주택보증이 보증한 분양 보증의 주채무자를 양수인으로 변경하여야 한다.”라고 되어 있다.
8. ‘ㅇㅇ숲 1블럭 주상복합사업 사업시행권 등 양수도계약서’ 와 관련하여 청구인의 수탁자인 청구외 ㅇㅇ신탁주식회사를 매도인(갑)으로하고, 청구외법인과 주식회사 ㅇㅇ건설을 매수인(을)으로 하여 2009.6.9. 체결한 부동산 매매계약서를 보면, 제2조 매매대금란에 “매매대금은 인수채무액 금499,525백만원에서 매수인이 매도인으로부터 양수받은 이 건 토지신탁 관련 수입 및 지출금액(현금) 금12,816백만원과 원천징수 대여금 반환채권액 394백만원을 공제한 금액으로 아래 건물과 토지분을 합산한 486,314백만원으로 한다.” 라고 되어 있으며, 건물분을 43,601백만원으로, 토지분을 442,713백만원으로 구분하여 기재되어 있으며, 제3조 매매대금 지급방법란에는 “을”과 “갑” 등이 체결한 2009년 6월 9일자 사업시행권 등 양수도계약에 따라 “을”이 인수한 채무(위 표 인수채무 내역 당초분)에 대하여 동 채무의 면책적 인수 또는 채무의 채권자가 채무자에 대하여 해당 채무를 면제함에 따라 해당 인수/면제금액 범위 내에서 상기 매매대금의 지급에 갈음하기로 한다고 되어 있다.
9. 2009.7.15. 체결한 부동산 매매 변경계약서를 보면 “매매대금은 본 부동산 매매 변경계약서의 인수채무액(위 표 인수채무액 변경분) 금508,879백만원에서 매수인이 매도인으로부터 양수받은 이 건 토지신탁 관련 수입 및 지출금액(현금) 17,380백만원과 원천징수 대여금 반환채권액 394백만원을 공제한 금액으로 아래 건물분과 토지분을 합산한 491,104백만원으로 한다.” 라고 되어 있으며, 건물분을 48,390백만원으로, 토지분을 442,713백만원으로 구분하여 기재되어 있다.
10. 청구외법인은 2009.7.15. 부동산 매매 변경계약서에 의하여 교부받은 매입세금계산서 48,390백만원과 매입계산서 442,713백만원을 2009년 2기 부가가치세 예정신고시 반영하여 신고하였으며, 부가가치세 4,617백만원을 환급받은 사실과, 2009년 2기 부가가치세 예정신고분에 대하여 수정신고한 사실이 없음이 국세전산시스템에 의하여 확인된다.
11. 처분청은 청구인이 경정청구시 제시한 공급가액 △48,390백만원의 매출감세금계산서 1매와 공급가액 37,108백만원의 매출세금계산서 1매에 대하여 청구외법인에게 거래사실 확인을 요청하였는바, 청구외법인은 2009.7.15. 매매계약서에 따라 거래가 이루어졌고 공급가액은 48,390백만원이며, 이를 수정한 사실이 없다는 내용의 답변서를 제출하였다.
- 나. 청구인이 매수자에게 양도한 사업시행권 등의 총매매대금은 인수부채 508,879백만원에서 인수자산 17,774백만원을 차감한 491,104백만원이며, 동 매매대금은 건물분 48,390백만원과 토지분 442,713백만원으로 구분되어 쟁점세금계산서 등이 발행된 사실과, ㅇㅇ숲 1블럭 주상복합사업과 관련하여 수분양자들에게 기 발행한 매출세금계산서 공급가액 14,922백만원에 대해서는 청구인과 처분청이 다툼이 없다.
- 라. 판단
- 가. 본안심리에 앞서 이건 심사청구가 적법한지를 살펴보면,
1. 경정청구제도를 도입하기 전부터 납세의무자의 권익구제를 위해 국세기본법에서 처분에 대한 불복절차를 규정하고 있었으나, 과세관청의 처분에 의하여서가 아닌 납세의무자의 신고에 의하여 과세표준과 세액이 확정된 경우에는 불복대상인 처분이 존재하지 아니하여 납세의무자가 처분에 대한 불복절차를 통해 그 과세표준과 세액에 대하여 다툴 수 없게 되므로, 납세의무자가 과세관청에 자신이 신고한 과세표준과 세액의 경정을 청구할 수 있도록 하는 경정청구제도가 도입되어, 법정신고기한내에 과세표준과 세액을 신고한 자는 법정신고기한으로부터 3년 내 과세관청에 경정청구를 하고, 그 경정청구에 대한 과세관청의 거부처분에 대하여 불복을 하는 방법으로 자신이 신고한 과세표준과 세액을 다툴 수 있게 되었다.
2. 그런데 납세의무자가 과세관청으로부터 경정청구에 대한 거부처분을 받은 경우, 거부처분에 대한 불복절차를 밟지 않고 국세기본법상 경정청구 기간 내라고 해서 언제든지 과세관청에 동일한 경정청구를 다시 할 수 있다고 한다면, 결과적으로 경정청구거부처분에 대한 불복청구기간(처분일로부터 90일)이 경정청구기간(법정신고기한으로부터 3년)으로 연장되는 것과 같게 되어 국세기본법이 불복청구기간을 단기의 불변기간으로 규정하고 있는 취지에 반하게 되며, 아울러 이미 경정청구 거부처분에 대하여 불복을 한 납세의무자가 다시 동일한 취지의 경정청구를 할 수 있게 됨으로써 양 절차가 중복 진행되어 처분에 대한 불복제도와 경정청구제도의 기능이 중첩적으로 작용, 상호 충돌될 소지가 있는 점 등에 비추어 볼 때, 경정청구기간 내라고 하더라도 납세의무자가 이미 관세관청에 자신이 신고한 과세표준과 세액에 대하여 경정청구를 하여 과세관청으로부터 그에 대한 경정청구거부처분을 받은 경우에는 당초의 경정청구와 동일한 경정청구를 다시 할 수 없고, 경정청구거부처분에 대한 불복절차를 통하여 그 과세표준과 세액을 다투어야 한다고 하는 것이 처분에 대한 불복제도와 함께 경정청구제도를 규정하고 있는 국세기본법에 대한 체계적 해석 및 법규의 합목적적 해석에 부합한다(심사양도2010-0207, 2010.09.27, 국심2006서0378 2006.10.18, 같은 뜻)고 보인다.
- 나. 이 건의 경우, 2010.10.26. 청구인은 수분양계약자에게 분양하고 기매출 인식된 14,923백만원(공급받는자가 청구외법인: 11,282백만원, 공급받는자가 수분양 계약자 3,600백만원)은 청구외법인의 매출로 인식하여야 하므로 이를 취소 하여 환급하여 달라는 2차 경정청구를 하였으나 처분청이 이를 거부하는 통지를 2011.1.13. 하였고, 2011.3.14. 3차 경정청구는 공급받는자를 청구외법인으로하여 발행한 수분양계약자 수정세금계산서 11,282백만원을 쟁점 사업시행권 등의 양도 시 발행한 세금계산서 공급가액에서 제외해달라는 것으로, 2차, 3차 경정청구의 실질은 수분양계약자에게 기발행한 세금계산서 금액을 청구인의 2009년 2기 부가가치세 과세표준에서 제외시켜 달라는 동일사유의 청구로 보인다.
- 다. 따라서 위 사실관계를 종합해 볼 때, 처분청의 2차 거부통지만이 불복대상인 처분으로 볼 수 있고 3차 거부통지는 청구인의 권리 또는 이익을 새로 침해하는 것이 아닌 단순한 사실로서의 통지에 불과하여, 이는 불복청구의 대상이 되는 처분이 되지 않는 것(심사양도2010-0207, 2010.09.27, 같은 뜻)인바, 청구인은 2차 거부통지를 수령한 2011.1.13.부터 90일 이내에 불복청구를 하였어야 하나, 2011.7.6. 이의신청 및 2011.11.9. 이 건 심사청구를 하였으므로, 이는 청구기간을 도과한 부적법한 청구로 판단된다.
이 건 심사청구는 불복청구기간이 경과되어 적법한 청구가 아니므로 국세기본법 제65조 제1항 제1호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.