미등록사업자는 매입세액 불공제하고, 불가항력을 이유로 미등록가산세를 취소할 수 없음

• 가. 청구인은 ○○ ○○ 904-4 소재 청구외 △△△△요양병원(이하 “쟁점병원” 이라 한다)의 구내식당(2011.3.9. 직권등록, 한식점업, 이하 “쟁점사업장” 이라 한다.)에서 사업자등록을 하지 않고 2007.4.부터 2010.4.까지 환자 및 쟁점병원 직원 등을 대상으로 음식점업을 영위하였다.
• 나. 처분청은 2010.11.10.부터 2010.11.29.까지 쟁점병원에 대한 개인사업자 통합조사를 실시한 결과, 청구인을 쟁점사업장의 2007.4.부터 2010.4.까지 영업실적에 대한 실질사업자로 보아 부가가치세법 제21조 (결정 및 경정) 및 동법 제22조(가산세)에 의거 동기간의 매출액 2,635,784,230원에 대하여 2007년 제1기~2010년 제1기 부가가치세 365,159,630원(미등록가산세 23,961,673원 포함), 2007~2009년 과세연도 종합소득세 57,826,586원을 부과하였다.
• 다. 청구외 △△△△보험공단(이하 “△△△△보험공단” 이라 한다)은 부당수급을 이유로 청구인으로부터 환자식사비 113,613,620원을 환수하였고, 이의신청과정에서 이러한 사실이 감안되어 최초 매출액 2,635,784,230원 에서 환수당한 113,613,620원이 감액되어 쟁점식당의 총매출액은 2,522,170,610원(이하 “쟁점매출액”)이 되었으며, 그에 따라 부가가치세 16,546,290원, 종합소득세 40,377,035원이 경정감되었다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2011.6.28. 이의신청을 거쳐 2011.10.12. 심사청구를 제기하였다.

• 가. (매입세액 불공제는 부당) 청구인을 부가가치세법상 미등록사업자로 보아 매입세액(의제매입세액) 불공제하는 것은 부당하다. 청구인은 당초 쟁점사업장 쟁점매출액에 대해 의료보건용역으로 분류하여 면세공급하였으나, 처분청은 실질과세원칙에 의하여 과세로 의제하였는바, 쟁점병원명의로 수취한 총 매입액 1,487,402,646원의 매입세금계산서 및 매입계산서(이하 “쟁점매입”, “쟁점매입세금계산서”, “쟁점매입계산서” 라 한다)에 대해서도 실질과세원칙을 적용하여 매입세액공제를 하여야 할 것이다. 위 주장을 뒷받침 하는 근거로 “타인의 명의로 사업자등록을 하고 부가가치세 신고납부를 한 명의위장사업자에 대하여 경정하는 경우 그 타인의 명의로 교부받은 세금계산서의 매입세액은 국세기본법 제14조 의 규정에 의하여 명의위장사업자의 매출세액에서 공제하며 미등록가산세를 적용하지 아니한다(기본통칙 22-0-1)”는 기본통칙이 있다.
• 나. (미등록가산세는 부당) 쟁점병원의 요구에 의하여 사업자등록을 할 수 없었는바, 이는 불가항력에 의한 것이므로 미등록가산세를 부과하는 것은 실질과세원칙에 위배되어 부당하다. 청구인은 2007.4.28. 쟁점병원과 “△△△△요양병원 원내식당 계약서”에 서명날인함으로써 계약을 체결하였으나, 당시 청구인의 입장은 병원 측의 요구에 일방적으로 순응할 수밖에 없는 상황으로 쟁점병원 측에서 구내식당을 직영하는 것으로 하면 △△△△보험공단으로부터 환자 기본식대에 직영가산금을 추가로 받을 수 있었기 때문에 쟁점병원 사업자등록증에 구내식당업을 업종 추가하고 쟁점병원에서 직영하는 것처럼 세무회계처리는 하였으며, 기본식대는 청구인에게 지급되었고, 직영가산금은 쟁점병원이 수령하였다. 청구인은 생계의 문제로 인하여 사회적 약자이었고 따라서 병원 측의 요구를 그대로 따를 수밖에 없는 상황에서 불가피하게 사업자미등록으로 사업을 영위할 수밖에 없었던 것인데 그로 인한 ‘사업자미등록 가산세’를 부과하는 것은 부당하고, ‘ 부가가치세법 기본통칙 22-0-1’에서도 미등록가산세를 적용하지 아니한다고 규정하고 있다.
• 다. (청구인에 기납부세액 공제해야 함) 처분청이 실질과세의 원칙에 따라 쟁점식당 사업소득에 대해 청구인에게 종합소득세를 부과하였음에도 불구하고 △△△△보험공단으로부터 환자식대 수령시 원천징수세액(소득세 3%)을 쟁점병원의 기납부세액으로 공제하는 것은 실질과세의 원칙상 부당하다. (예비적 청구: 청구인의 총수입은 2,266백만원 임) 쟁점병원에서 당초 필요경비로 계상한 1,785,834,840원을 필요경비 불산입한 후 쟁점병원이 쟁점사업장에 실제 지급한 2,265,741,810원을 필요경비로 원가추인하였는바, 쟁점병원이 쟁점사업장에 실제 지급한 필요경비를 청구인의 총수입금액으로 보아야 한다.

• 가. (매입세액 불공제는 정당) 쟁점병원이 수취한 쟁점매입세금계산서 및 쟁점매입계산서는 부가가치세법 제17조 제2항 에서 규정한 등록 전 매입세액 또는 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 매입세액 불공제 대상이고, 미등록사업자로서 의제매입을 받기 위한 서류를 미제출하였으므로 의제매입세액 불공제 대상이다. 청구인이 근거로 들고 있는 기본통칙 22-0-1는 타인의 명의로 사업자등록을 하고 부가가치세 신고납부를 한 명의위장사업자에 한정된 것으로 청구인은 당초 사업자등록 신청조차 하지 않았고, 또 타인명의로 사업자등록을 하거나 부가가치세를 신고납부한 사실이 없으므로 위 통칙 적용대상이 아니다. 또한, 청구인은 등록된 부가가치세 과세사업자도 아니고 면세농산물 등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 관할세무서에 제출하지도 않았으므로 부가가치세법 제17조 제3항 의 의제매입세액 요건에 해당하지 않는다.
• 나. (미등록가산세는 정당) 쟁점병원의 요구에 따라 사업자등록을 못한 사유는 국세기본법 제48조 의 정당한 사유에 해당하지 않으므로 미등록가산세 부과는 정당하다.
• 다. (쟁점병원에 기납부세액 공제해야 함) 청구인은 쟁점사업장을 직접 경영하면서 4대 보험, 급여, 세금정산 등은 쟁점병원 명의로 처리하도록 하였고, 기납부세액에 관한 협의는 쟁점병원과 청구인 쌍방간에 해결하여야 할 사항으로 판단되므로 청구인의 기납부세액으로 인정해달라는 주장은 인정할 수 없다. (예비적 청구: 청구인의 총수입은 2,522백만원임) 쟁점사업장의 쟁점매출액은 쟁점병원의 지급금액과 상관없는 총 식대발생금액 2,522,170,610원이고, 위 금액이 청구인의 총수입금액이 되어야 한다.

• 가. 쟁점 1) 미등록사업자 매입세액(의제매입세액) 공제 가능 여부 2) 불가항력을 이유로 미등록가산세 취소 가능 여부 3) △△△△보험공단이 쟁점병원에 환자식비 지급시 원천징수한 소득세액을 청구인의 기납부세액으로 공제받을 수 있는지 3)-1(예비적 청구) 청구인의 총수입금액을 쟁점병원으로부터 지급받은 2,266백만원으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제5조 【등록】

① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다. 2) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다. <개정 2010.1.1>

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 제16조제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

3. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

4. 비영업용 소형승용자동차의 구입과 임차(賃借) 및 유지에 관한 매입세액

5. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액

7. 제5조제1항 또는 제2항에 따른 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

③ 사업자가 부가가치세를 면제받아 공급받은 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물(이하 "면세농산물등"이라 한다)을 원재료로 하여 제조ㆍ가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급에 대하여 과세되는 경우(제12조제4항에 따라 부가가치세를 면제받지 아니하기로 하고, 제11조에 따라 영세율이 적용되는 경우는 제외한다)에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다.

④ 제3항은 사업자가 제18조 및 제19조에 따른 신고와 함께 대통령령으로 정하는 바에 따라 면세농산물등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 사업장 관할 세무서장에게 제출하는 경우에만 적용한다. 3) 부가가치세법 제22조 【가산세】

① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호에 따른 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제5조제1항의 규정에 따른 기한 이내에 등록을 신청하지 아니한 경우에는 사업개시일부터 등록을 신청한 날이 속하는 예정신고기간(예정신고기간이 지난 경우에는 그 과세기간을 말한다)까지의 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액

2. 사업자가 대통령령이 정하는 타인의 명의로 제5조의 규정에 따른 등록을 하고 실제 사업을 영위하는 것으로 확인되는 경우 사업개시일부터 실제 사업을 영위하는 것으로 확인되는 날이 속하는 예정신고기간(예정신고기간이 지난 경우에는 그 과세기간을 말한다)까지의 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액 4) 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. 5) 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(명의)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 6) 국세기본법 제51조 【국세환급금의 충당과 환급】

① 세무서장은 납세의무자가 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부ㆍ이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다. 7) 소득세법 제127조 【원천징수의무】

① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 지급하는 자(제3호의 소득을 지급하는 자의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)는 이 절의 규정에 따라 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

3. 대통령령으로 정하는 사업소득(이하 "원천징수대상 사업소득"이라 한다) 8) 소득세법시행령 제184조 【원천징수대상 사업소득의 범위】

① 법 제127조 제1항 제3호ㆍ법 제129조 제1항 제3호ㆍ법 제144조 제1항 및 제2항과 법 제164조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 사업소득”이란 부가가치세법 제12조 제1항 제4호 및 동항 제13호에 따른 용역의 공급에서 발생하는 소득을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 제외한다. (2007. 2. 28. 개정)

1. 부가가치세법 시행령 제29조 제4호 에 따른 조제용역의 공급으로 발생하는 사업소득 중 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 계산한 의약품가격이 차지하는 비율에 상당하는 소득 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

2. 부가가치세법 시행령 제35조 제1호 바목에 따른 용역의 공급으로 발생하는 소득 (2007. 2. 28. 개정) 9) 부가가치세법 제12조 【면 세】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다

4. 의료보건용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 것과 혈액 (1980. 12. 13. 개정) 10) 부가가치세법 기본통칙 22-0-1【명의위장사업자에 대한 부가가치세법 적용】(2011.2.1. 개정 전의 것) 타인의 명의로 사업자등록을 하고 부가가치세 신고납부를 한 명의위장사업자에 대하여 경정하는 경우 그 타인의 명의로 교부받은 세금계산서의 매입세액은 국세기본법 제14조 의 규정에 의하여 명의위장사업자의 매출세액에서 공제하며 미등록가산세를 적용하지 아니한다.

• 다. 사실관계

1. 청구인과 처분청 사이에 다음의 사실에 대해서 다툼이 없다.

• 가) 쟁점사업장의 2007.4.～2010.4. 매출액은 2,522,170,610원이다(최초 매출액 2,635,784,230원에서 △△△△보험공단으로부터 환수당한 환자식사비 113,613,620원이 이의신청과정에서 차감되었음).
• 나) 쟁점사업장의 2007.4.~2010.4. 쟁점매입액은 1,487,402,646원이다.
• 다) 처분청은 쟁점사업장이 미등록으로 사업 중인 것을 확인하고 2011.3.9. 개업일을 2007.4.1.로 하여 사업자 직권 등록하였다.
• 라) △△△△보험공단은 쟁점병원에 지급한 환자식대에 대해서 3%의 소득세 원천징수를 하였고, 처분청은 쟁점병원의 기납부세액으로 원천징수세액을 공제하였다.

2. 쟁점병원과 청구인 사이에 작성된 2007.4.28.자 ‘△△△△ 병원 원내 식당 계약서’ 사본에 의하면 청구인이 쟁점병원의 구내식당사업을 2007.4.28.부터 2010.4.27.까지 운영하기로 합의한 사실이 기재되어 있고, 쟁점사업장 직원의 4대 보험, 급여, 세금정산 등은 쟁점병원의 명의로 처리하되, 실제 부담은 쟁점사업장이 하는 것으로 나타난다.

3. 쟁점병원 대표자 청구외 김○○이 작성한 2010.11. 확인서 사본에 “…김미숙과 임대차계약을 맺어 임대기간 동안 발생된 식대수입금액 2,635,784,230원(미지급금 395,617,732원)을 지급하고 식당사업자로부터 1,785,834,040원의 지출증빙을 제시받아 필요경비로 신고하였음을 정히 확인합니다.”라고 기재되어 있다.

4. 2011.7.19.자 ○○고등법원 제1민사부 조정조서 사본에 의하면 청구인은 쟁점병원으로부터 식대 관련 미지급금을 지급받은 사실이 나타난다.

• 라. 판 단 청구인을 부가가치세법상 미등록사업자로 보아 매입세액(의제매입세액) 불공제하는 것은 부당하다고 청구인은 주장하는바, 이에 대해 살펴본다. 미등록사업자의 매입세액공제여부와 관련, 당해 사업자가 미등록사업자인 상태에서 수취한 매입세금계산서는 등록전 매입세액에 해당하는 것으로 매입세액 불공제는 정당한 것(국심2003부3741, 2004.03.08. 같은 뜻임)이고, 음식점업을 영위하는 일반과세자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물 등을 원재료로 하여 음식용역을 공급하고 의제매입세액공제를 받고자 하는 경우에는 부가가치세 신고 시 의제매입세액공제신고서와 매입처별계산서합계표나 신용카드매출전표 등 수취명세서를 관할세무서장에게 제출하여야 하는 것(부가가치세과 - 3081, 2008.9.16.같은 뜻임)인바, 살피건대, 위 사실관계 및 관계법령 등에 의하면 처분청은 2011.3.9. 쟁점사업장에 대해 직권으로 사업자 등록을 하였으므로 그 이전에 청구인은 미등록 사업자라는 점, 쟁점매입세금계산서는 2007.4.~2010.4.에 쟁점병원 명의로 교부받은 것으로 처분청이 직권으로 사업자 등록하기 전의 매입세금계산서이라는 점 등을 고려하면 처분청이 쟁점매입세금계산서에 대해 매입세액 불공제한 처분은 타당하고, 또 청구인은 등록된 부가가치세 과세사업자도 아닐 뿐만 아니라 면세농산물 등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 처분청에 제출하지 않아 의제매입세액 공제를 받기 위한 요건을 충족하지 못하였으므로 쟁점매입계산서에 대해 매입세액 불공제한 처분은 타당하다. 그리고, 청구인은 쟁점병원의 요구에 의하여 사업자등록을 할 수 없었는데, 이는 불가항력에 의한 것이므로 미등록가산세를 부과하는 것은 실질과세원칙에 위배되어 부당하다고 주장하는바, 이에 대하여 살펴본다. 미등록사업자의 가산세 부과와 관련, 사업자등록 신청을 하지 아니한 채 사업자등록이 된 타인의 명의를 차용하여 사업을 영위한 경우에 미등록가산세를 부과하는 것(대구고등법원2008누1833, 2009.5.8. 같은 뜻임)인바, 살피건대, 위 사실관계 및 관계법령 등에 의하면 처분청은 2011.3.9. 쟁점사업장이 미등록된 것으로 보아 직권으로 사업자 등록하였는바, 청구인은 사업자등록 신청도 하지 않아 음식점업을 영위하였으므로 미등록가산세를 부과하는 것은 타당하고, 쟁점병원측의 요구에 의해서 사업자등록을 할 수 없었다는 청구인의 주장은 쟁점병원과 청구인 사이의 주관적인 사정으로 미등록가산세와 관련된 세법상의 의무이행을 불가능하게 하는 정당한 사유에 해당하지 아니한다고 판단된다(심사법인2009-0043, 2009.11.11. 같은 뜻임). 또한, 청구인은 처분청이 실질과세의 원칙에 따라 쟁점식당 사업소득에 대해 청구인에게 종합소득세를 부과하였음에도 불구하고 △△△△보험공단으로부터 환자식대 수령시 원천징수세액(소득세 3%)을 청구인이 아닌 쟁점병원의 기납부세액으로 공제하는 것은 부당하다고 주장하는바, 이에 대해 살펴본다. 의료업자가 환자에게 병원 외부 식당의 식사를 제공하고 식대를 진료비와 함께 받는 경우 당해 식대는 의료수입금액에 산입하는 것(소득46011-605, 1999.02.12. 같은 뜻임)인바, 살피건대, 위 사실관계 및 관계법령 등에 의하면 △△△△보험공단은 쟁점병원에 지급한 환자식대에 대해서 3%의 소득세 원천징수를 하였고, 쟁점병원의 기납부세액으로 원천징수세액을 공제하였는바, △△△△보험공단으로부터 수령한 환자식대는 쟁점병원의 의료수입금액을 구성하는 점, 쟁점사업장이 쟁점병원으로부터 수령하는 식대수입은 쟁점병원의 의료수입금액과 별개라는 점 등을 고려할 때 환자식대에서 원천징수한 세액을 청구인이 아닌 쟁점병원의 기납부세액으로 공제하는 것이 타당하므로 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 청구인은 만약 기납부세액 공제를 받지 못한다면 청구인의 총수입금액을 쟁점병원이 쟁점사업장에 실제 지급한 2,266백만원으로 보아야 한다고 주장하나, ○○고등법원 조정조서 사본 등에 의하면 청구인은 쟁점병원으로부터 식대수입으로 2,522백만원을 지급받은 사실이 나타나므로 청구인의 위 예비적 청구는 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.