적법하게 작성 교부된 세금계산서가 아닌 경우에는 수정세금계산서를 교부할 수 없는 것임

00 세무서장이 2011.7.11. 청구법인에게 경정·고지한 2007년 제2기∼2010년 제1기 과세연도 부가가치세 466,292520원, 2006∼2009사업연도 법인세 10,257,860원의 부과처분은 부당과소신고가산세 적용대상금액에서 이미 발행된 매출세금계산서에 따라 인도된 재화의 공급가액을 차감하는 것으로 하여 이를 경정하고, 나 머지 청구는 기각합니다.

청구법인은 00도 00시 00동 1720-26 ○○의료기기산업기술단지 1-116번지에서 의료용품 및 의료기구를 도소매하는 법인으로, 2007년 제2기～2008년 제2기 중 (주)ooo 등 거래처에 공급가액 2,878백만원 매출세금계산서(이하 “쟁점선매출세금계산서”라 한다)를 교부하였고, 2008년 제1기～2010년 제1기 중 (주)ooo 등 거래처에 매출을 취소하는 공급가액 △1,952백만원 수정세금계산서(이하 “쟁점수정세금계산서”라 하며, 쟁점 선매출세금계산서와 함께 “쟁점매출세금계산서”라 한다)를 교부하였으며, 2006년 제2기～2008년 제1기 중 (주)ooo로부터 공급가액 312백만원, (주)***로부터 공급가액 456백만원, (주)## 공급가액 159백만원의 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취하여 각각 부가가치세 신고를 하였다. 00지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대하여 세무조사를 실시한 후, 청구법인이 의도적으로 실물 거래없이 쟁점선매출세금계산서를 발행한 후 쟁점수정세금계산서를 발행하였다하여 쟁점선매출세금계산서와 쟁점수정세금계산서 모두를 사실과 다른세금계산서로, 쟁점선매출세금계산서에 따라 공급되었으나 발행일이 속하는 과세기간 이후에 공급된 물량(공급가액 874백만원)은 매출누락으로, 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 확정하여 처분청에 과세자료 통보하였다. 처분청은 과세자료 통보내용에 따라 2011.7.11. 청구법인에게 2007년 제2기∼2010년 제1기 부가가치세 466,292520원(가산세 319,715천원 포함) 및 2006∼2009사업연도 법인세 10,257,860원을 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.10.7. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 청구법인은 공급계약 체결로 재화의 공급이 확정된 때(계약물품의 전부가 인도되기 전에) 세금계산서를 발행하고 매출을 인식하였으며, 반품되거나 인도되기 전에 공급계약이 취소된 경우 수정세금계산서를 발행하였는바, 이러한 세금계산서 교부는 재화의 이동이 필요한 경우라도 재화의 공급이 확정되면 세금계산서를 교부해야 하는 것으로 인식하고 있었던 청구법인 담당자의 단순착오에 의한 것이다.
• 나. 처분청은 당초 발행분(쟁점선매출세금계산서)과 수정발행분(쟁점수정매출세금계산서) 모두를 사실과 다른세금계산서로 보아 세금계산서관련 가산세를 부과하고, 수정세금계산서가 발행된 과세기간의 과세표준 감소분과 당초 발행 세금계산서에 의하여 실제로 공급된 물량 중 과세기간이 다른 공급분을 모두 매출누락으로 보아 부당 과소신고 가산세(40%)를 적용하였는바, 이러한 것은 단순착오에 대한 이중 삼중의 부과로 부당하다.
• 다. 쟁점 매입세금계산서는 다음 소명내용과 같이 정상 세금계산서이다.

1. (주) ooo로 수취한 세금계산서는 00 섬유에서 생산하는 원자재(Mesh)를 매입하고 대금을 송금한 것으로 정상세금계산서이다. 세금계산서(천원) 대금결제(천원) 날짜 금액 날짜 금액 비고 2006-09-05 69,300 2006-09-18 99,000 2006-09-22 16,500 2006-09-26 184,800 2006-10-16 99,000 2006-10-31 50,000 2006-11-15 49,000 2006-12-20 16,500 2006-12-28 33,000 2006-12-29 49,500 2007-01-16 9,900 2007-01-16 9,900 [합계] 300,300 300,300

2. (주)000로부터 수취한 세금계산서는○○ 섬유에서 생산하는 원자재(Mesh)를 영업담당 김00상무가 ○○공장으로 직접 운반하여 왔으며 Mesh대금을 지급한 것으로 정상세금계산서이고, (주)00엔지니어링에서 생산하는 원자재 Needle를 관리담당 장00 이사가 (주)000를 통하여 세금계산서를 교부받고 대금을 지급한 것으로 정상세금계산서이다. 다만, Needle은 제조과정에서 급하게 필요한 경우가 있어 (주)000 곽00 사장이 직접 5회에 걸쳐 분할 입고한 것일 뿐이며, 이는 제품제조에 필수불가결한 원자재로서 실제 매입한 것이다. 세금계산서 대금결제 날짜 금액 날짜 금액 비고 46,200 69,300 188,100 115,500 43,560 2009-02-18 109,801 하나 39,600 2009-12-31 392,459 외상매입금 [합계] 502,260 502,260

3. (주)## 수취한 세금계산서는 청구법인 의 요실금치료기기제품과 다른 외부에서 매입한 밴드 등 의료용품을 (주)### 직원이 판매(영업)를 대행한 데 대한 지급수수료를 지급하고 교부받은 매입세금계산서로 정상세금계산서이다. 다만, 지급수수료를 지급하면서 단기대여금으로 회계처리 하였을 뿐 이를 상계처리를 하지 않았다.

• 가. 청구법인은 외형상 회사가치를 증가시키기 위해 의도적으로 매출세금계산서를 과다하게 발행한 후 이를 취소하는 수정세금계산서를 발행하였는 바, 당초 발행세금계산서와 수정 발행세금계산서 모두는 사실과 다른 세금계산서이며, 과세표준 감소분에 대하여 부당과소 가산세를 적용한 것은 정당하다.
• 나. 청구법인이 제출한 ㈜000 매입 거래 소명서를 보면, 청구법인(김00)이 제3의 거래처로부터 매쉬(Mesh)를 구입한 후 세금계산서는 청구법인의 이사이자 청구외 ㈜000의 대표이사인 장00의 지시로 ㈜000로부터 수취하였음이 확인되고, (주)000에서 니들(Needle)을 매입하였으나 당초 세금계산서를 파기하고 ㈜000로부터 세금계산서를 수취하였음이 확인되는 바, ㈜000로부터 수취한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 경정한 처분은 정당하다.
• 다. 청구법인은 (주)## 공급가액 99백만원을 발행하였고, (주)## 공급가액 159백만의 세금계산서를 수취하였으나 ㈜## 청구법인과 같은 사무실을 사용하며 급여처리, 인사기록관리 등 일체를 청구법인이 수행하는 명목상 회사에 불과하고, 판매대행용역이라고 주장하는 159백만원도 근거자료(명세 등) 및 수수료 산정에 관한 기준 및 계산 근거가 없는바, 청구법인과 ㈜## 수수된 세금계산서는 실물거래가 없는 허위의 세금계산서이다.

• 가. 쟁 점 쟁점선매출세금계산서와 쟁점수정세금계산서 모두를 사실과 다른세금계산서로 본 것이 정당한지, 과세표준 감소분에 대하여 부당과소가산세를 부과한 것이 정당한 지, 쟁점매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제9조 【공급시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호의 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 않은 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 따른 시기가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 세금계산서 또는 제32조의 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급 시기로 본다.

2. 부가가치세법제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(정정) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다. <개정 2010.1.1 부칙>

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항 3) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 제16조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항" 이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 4) 국세기본법 제45조 의 2【경정등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 5) 국세기본법 제47조 의 3【과소신고가산세】

① 납세자(부가가치세법제29조에 따라 납부의무가 면제된 자는 제외한다)가 법정신고기한까지 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미치지 못하는 경우에는 과소신고한 과세표준 상당액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 단서 “생략”

② 제1항에도 불구하고 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

1. 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준에 대한 가산세액: 과세표준 중 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "부당과소신고과세표준"이라 한다)이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 40에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "부당과소신고가산세액"이라 한다). 단서 “생략” 6) 국세기본법 시행령 제27조 【무신고가산세】

② 법 제47조의 2 제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 방법"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법을 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기록

2. 거짓 증명 또는 거짓 문서의 작성

3. 거짓 증명 등의 수취(거짓임을 알고 수취한 경우만 해당한다)

5. 재산의 은닉이나 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐

6. 그 밖에 국세를 포탈하거나 환급·공제받기 위한 사기, 그 밖의 부정한 행위

• 다. 사실관계

1. 조사청이 제시한 (주)# 법인세통합조사서에 의하면, 조사청은 ㈜## 법인자금 부당유출혐의 확인목적으로 (주)# 지배하에 있던 청구법인에 대하여 세무조사를 실시한 것으로 확인되며, 조사청이 제시한 청구법인의 가공 매출세금계산서 발행 및 매출누락 내역은 다음과 같다. (백만원) 거래처 2007.2기 2008.1기 2008.2기 2009.1기 신고 금액 가공 매출 신고 금액 가공 매출 매출 누락 신고 금액 가공 매출 매출 누락 신고 금액 가공 매출 매출 누락 1,500 1,434 -825 -825 390 -660 -184 34 0 0 0 36 600 477 166 60 2 -45 204 282 270 57 -332 -270 286 270 1 91 -6 0 3 -90 -120 55 124 69 27 -10 -69 270 281 90 -112 -521 -90 12 168 59 113 -36 48 -23 19 60 57 39 39 42 -27 24 0 0 99 99 0 합계 2,701 2,228 -98 -345 481 -1,174 -504 37 238 -165 319

2. 조사청이 제시한 고발서 등 심리자료에 의하면, 조사청은 2007.8.9. (주)# (주)***를 통해 청구법인을 지배하게 된 임# 외견상 회사가치를 증가시킨 후 매각하기 위하여 의도적으로 실제보다 과다하게 쟁점매출세금계산서를 발행하고, 실제 재화의 인도가 일어나는 시점에는 세금계산서를 미교부하였다하여, 당초 세금계산서 발행분(쟁점선매출세금계산서)과 수정세금계산서 발행분(쟁점수정세금계산서)을 모두 사실과 다른 세금계산서로 확정하였고, 당초 발행된 세금계산서에 기초하여 실제로 공급한 재화에 대하여는 당초 발행된 세금계산서와 동일한 과세기간 내에 인도된 것은 당초 발행된 세금계산서에 포함된 것으로, 과세기간 이후 분은 과세기간을 달리한다하여 매출누락으로 결정한 것으로 나타난다.

3. 조사청이 제시한 부가가치세 과세표준 및 세액 결의서 등 심리자료에 의하면, 처분청은 과세표준 과소신고(△가공매출 취소로 인한 과세표준 중가분-1,952백만원, 당초 발행된 세금계산서에 기초하여 실제로 공급하였으나 과세기간 이후 공급된 것으로 보아 증가되는 과세표준 증가분-874백만원)금액에 대하여 모두 부당과소가산세(40%)를 부과한 것으로 나타난다.

4. 청구법인은 쟁점선매출세금계산서 및 쟁점수정세금계산서를 발행한 것은 당초 거래처로부터 초도 물량 및 매출 수량을 확정하여 해당 과세기간에 발주서를 받고 발주서에 따라 세금계산서를 발행하였으나 계획된 매출 소진 및 출고 요청이 미흡하거나 계약이 해제되어 이를 취소하는 수정세금계산서를 발행하였다고 주장하면서 대리점 계약서, 대리점 발주서 등을 제출하였다.

5. 청구법인의 2008년 사업연도 감사보고서에 의하면, 청구법인은 2008년도에 최초로 기업회계기준을 적용하여 재무제표를 작성하면서, 전기의 매출인식의 귀속시기와 관련한 중대한 오류를 수정하고, 그 오류의 영향을 반영하여 비교 표시되는 전기재무제표를 재작성하였음이 나타나며, 그 내용은 다음과 같다. (백만원) 오류발생연도 매출액 매출원가 손익수정액 2007 △2,258 800 △1,458 6) 조사청이 제시한 청구법인의 위장매입세금계산서 수취 내역은 다음과 같다. (백만원) 거래처 2006.2기 2007.1기 2007.2기 2008.1기 신고 금액 위장 매입 신고 금액 위장 매입 신고 금액 위장 매입 신고 금액 위장 매입 (주)ooo 303 303 9 9 (주)# 381 381 75 75 (주)### 159 159 합계 303 303 9 9 540 540 75 75 7) 청구법인은 위장 매입세금계산서에 대하여 조사 시 다음과 같이 소명하였음이 심리자료에 확인된다.

• 라. 판 단 세금계산서는 재화의 공급시기 즉, 재화의 이동이 필요한 경우 재화가 인도되는 때, 재화의 이동이 필요하지 않은 경우 재화가 이용가능하게 되는 때, 그 이외의 경우 재화의 공급이 확정되는 때 발급하여야 하며, 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오 등의 사유가 발생한 경우에는 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있으나, 적법하게 작성 교부된 세금계산서가 아닌 경우에는 수정세금계산서를 교부할 수 없는 것인바, 살피건대, 청구법인은 2007년 제2기에 재화의 공급이 확정되었다하여 사실과 다르게 재화의 인도전에 세금계산서를 발급하였고, 적법하게 작성 교부된 세금계산서가 아닌 경우에는 수정세금계산서를 발급할 수 없음에도 과세기간을 달리하여 2008년 제1기∼20010년 제1기에 수정세금계산서를 발행하였는바, 쟁점선매출세금계산서와 쟁점수정세금계산서를 부가가치세법 제16조 에 따른 적법한 세금계산서로 보기는 어려운 것으로 판단된다. 또한, 청구법인은 쟁점매입세금계산서가 실제거래처로부터 실물을 매입하고 수취한 세금계산서라고 주장하나, ㈜## 및 ooo로부터 수취한 매입 세금계산서는 청구법인이 제3의 거래처로부터 원자재를 구입한 후 세금계산서만 수취하였음이 청구법인이 제출한 소명서 및 임00 진술서 등에 의하여 확인되고, (주)## 수취한 매입 세금계산서는 (주)## 판매용역을 제공하였다는 근거자료 및 수수료 산정에 관한 기준 및 계산 근거가 없는바, 쟁점매입세금계산서를 실제 매입처로부터 수취한 세금계산서라고 인정할 수는 없는 것으로 판단된다. 따라서, 쟁점매출세금계산서와 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라 할 것이고, 허위증빙의 수수를 통하여 부당하게 과세표준을 과소신고한 것은 100분의 40에 상당하는 부당과소신고가산세 적용대상인바, 처분청의 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 다만, 처분청의 부당과소신고가산세 적용대상금액 중 쟁점선매출세금계산서에 따라 실제 공급된 재화는 그 재화를 공급한 사실과 쟁점선매출세금계산서를 교부한 사실이 거래의 형태·금액 등에 비추어 서로 상관관계를 갖는 하나의 거래에 해당하는 것이고, 과세기간을 달리할 뿐 이미 신고되었다 할 것이어서 이를 새로운 별개의 매출누락으로 볼 수는 없다 할 것인바, 부당과소신고가산세 적용대상금액에서 이를 제외함은 별론으로 한다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.