구체적 증빙없이 가공매출이라고 주장하므로 이를 받아들일 수 없음

처분청은 청구법인이 2010.4월 쟁점거래처1로부터 수취한 2008.1기 공급가액 60,280천원, 2008.2기 공급가액 342,321천원 합계 402,601천원의 매입 및 2010.1월 쟁점거래처2로부터 수취한 2008.2기 공급가액 150,000천원의 매입, 공급가액 총 552,601천원의 매입(이하 “쟁점가공매입세금계산서들”이라 한다)을 가공매입거래로 확정한 결과, 2011.2.10. 청구인에게 2008년 사업연도 법인세 198,021,343원 및 부가가치세 95,340,826원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2011.5.3. 이의신청을 거쳐 2011.9.6. 이건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 쟁점세금계산서들이 가공매입에 따른 세금계산서임은 인정하지만 그 이유는 쟁점매출처 등의 추가세금계산서 교부요구를 거절하지 못하여 가공매출세금계산서(이하 “쟁점가공매출세금계산서 등”이라 한다)를 교부하였고 이에 대응한 가공매입세금계산서를 수취한 것이므로 쟁점세금계산서의 가액들을 가공매입이라 부인하면 이에 대응하는 쟁점가공매출세금계산서들의 매출도 상계하여야 한다.
• 나. 처분청은 조사사무처리규정을 위반하였다.

1. 청구법인은 조사과정에서 압수수색 등에 관하여 부당한 처분을 받았다.

2. 조사당시 청구법인의 대표가 사무실에 없었으며, 대표는 조사에 관하여 유무선상으로 어떠한 통보 및 허락도 하지 않았으나, 담당조사관은 무단으로 사무실 하드디스크를 복사하였으며 사무실의 판매용 비치제품을 무단으로 훼손하였으며

3. 이 사건으로 인하여, 상가 내 청구법인의 부도설 및 검찰수사설 등으로 매출채권회수의 지연 및 신규거래의 거절 등의 심각한 영업손해를 가져왔고, 현재 근무중인 직원들의 회사에 대한 불신 및 동요로 인하여, 정상적인 거래처 관리 등의 불가능을 가져와 이후 종업원들이 퇴사 등을 하였다.

4. 또한 청구법인의 대표는 이 건 조사기간 동안 담당조사관으로부터 조사관의 요구에 따라 제출한 서류에 대하여 일관되게 허위서류라는 이야기만 들었을 뿐이며, 제출한 서류가 왜 허위인지에 대하여는 한 번도 설명을 듣지 못하였다.

5. 따라서 이 사건 부과처분은 조사사무처리규정을 위반한 위법한 처분이므로 취소되어야 한다.

3. 처분청(과세예고관서) 의견

• 가. 청구인은 쟁점매출처들과의 거래 중 일부가 가공매출이라 주장하나 “쟁점매출처들”은 모두 처분청의 거래사실확인에 대한 회신 시 정상거래를 주장하며 거래명세표, 금융계좌증빙 등을 제시하였는바 쟁점가공매출혐의세금계산서 등에 대하여 가공거래로 특정할 만한 혐의점이 없다. 처분청의 청구법인에 대한 거래질서관련 조사 시에는 쟁점세금계산서 중 2008.2기 쟁점거래처1로부터 수취한 2008.1기 공급가액 60,280천원, 2008.2기 공급가액 342,321천원 및 쟁점거래처2로부터 수취한 공급가액 150백만원 중서 100백만원만을 제외한 5천만원은 실지거래 주장하였으나 처분청이 이를 부인하여 부가가치세 및 법인세가 과세되자, 거래명세표에 가공거래 표시만 하여 가공매출을 주장하는 것이다.
• 나. 처분청은 조사사무처리규정 제17조 및 조사관리지침을 준수하였다.

1. 처분청은 금융거래 현장확인은 지방청 승인 후 정당하게 실시되었으며

2. 청구법인 사업장에 방문하여 회계담당에게 거래관련 기록을 물어보자 컴퓨터 회계프로그램이 없다고 하여 회계담당의 양해를 얻어 컴퓨터를 확인하였으나 아무런 내용이 없어 그냥 나왔으며

3. 세무조사통지서 및 세무조사결과통지서 또한 청구법인에 직접교부하여 수령증을 수취하였고 청구법인의 영업에 방해가 되지 않기 위해서 청구법인 대표의 요청에 따라 오후나 저녁에 주로 조사가 이루어졌을 뿐만 아니라 전말서의 내용대로 강압적인 조사가 전혀 없었으므로 처분청이 조사관리지침을 위반하여 당초부과처분을 취소하여야 한다는 청구법인 주장은 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁점

1. 가공매입에 대응하는 가공매출을 인정할 수 있는지 여부 및

2. 처분청이 조사사무처리규정을 위반하였는지와 위반하였다면 이 사건 부과처분에 영향을 미치는지 여부를 가리는 데 있다.

• 나. 법령 등

○ 국세기본법 제81조 의2 【납세자권리헌장의 제정 및 교부】

① 국세청장은 제81조의3부터 제81조의16까지에 규정된 사항과 그 밖에 납세자의 권리보호에 관한 사항을 포함하는 납세자권리헌장을 제정하여 고시하여야 한다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따른 납세자권리헌장의 내용이 수록된 문서를 납세자에게 내주어야 한다.

1. 조세범 처벌절차법에 따른 범칙사건(이하 "범칙사건"이라 한다)에 대한 조사를 하는 경우

2. 법인세의 결정 또는 경정을 위한 조사 등 부과처분을 위한 실지조사를 하는 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우

○ 국세기본법 제81조 의3 【납세자의 성실성 추정】 세무공무원은 납세자가 제81조의6제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 납세자가 성실하며 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정하여야 한다.

○ 국세기본법 제81조 의4 【세무조사권 남용 금지】

① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조제1항제3호(제66조제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우

5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

○ 국세기본법 제81조 의7 【세무조사의 사전통지와 연기신청】

① 세무공무원은 국세에 관한 조사를 위하여 해당 장부, 서류 또는 그 밖의 물건 등을 조사하는 경우에는 조사를 받을 납세자(납세자가 제82조에 따라 납세관리인을 정하여 관할 세무서장에게 신고한 경우에는 납세관리인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 조사를 시작하기 10일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지하여야 한다. 다만, 범칙사건에 대하여 조사하는 경우 또는 사전에 통지하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항에 따른 통지를 받은 납세자가 천재지변이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 조사를 받기 곤란한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무관서의 장에게 조사를 연기해 줄 것을 신청할 수 있다.

③ 제2항에 따라 연기신청을 받은 관할 세무관서의 장은 연기신청 승인 여부를 결정하고 그 결과를 조사 개시 전까지 통지하여야 한다.

○ 국세기본법 제81조 의8 【세무조사 기간】

① 세무공무원은 조사대상 세목ㆍ업종ㆍ규모, 조사 난이도 등을 고려하여 세무조사 기간이 최소한이 되도록 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사 기간을 연장할 수 있다. <개정 2010.1.1>

1. 납세자가 장부ㆍ서류 등을 은닉하거나 제출을 지연하거나 거부하는 등 조사를 기피하는 행위가 명백한 경우

2. 거래처 조사, 거래처 현지확인 또는 금융거래 현지확인이 필요한 경우

3. 세금탈루 혐의가 포착되거나 조사 과정에서 조세범 처벌절차법 제1조 에 따른 조세에 관한 범칙사건으로 조사유형이 전환되는 경우

4. 천재지변이나 노동쟁의로 조사가 중단되는 경우

5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우

② 세무공무원은 제1항에 따라 세무조사 기간을 정할 경우 조사대상 과세기간 중 연간 수입금액 또는 양도가액이 가장 큰 과세기간의 연간 수입금액 또는 양도가액이 100억원 미만인 납세자에 대한 세무조사 기간은 20일 이내로 한다. <신설 2010.1.1>

③ 제2항에 따라 기간을 정한 세무조사를 제1항 단서에 따라 연장하는 경우로서 최초로 연장하는 경우에는 관할 세무관서의 장의 승인을 받아야 하고, 2회 이후 연장의 경우에는 관할 상급 세무관서의 장의 승인을 받아 각각 20일 이내에서 연장할 수 있다. 다만, 세금계산서에 대한 추적조사가 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제2항의 세무조사 기간의 제한 및 이 항 본문의 세무조사 연장기간의 제한을 받지 아니한다. <신설 2010.1.1>

④ 세무공무원은 납세자가 자료의 제출을 지연하는 등 대통령령으로 정하는 사유로 세무조사를 진행하기 어려운 경우에는 세무조사를 중지할 수 있다. 이 경우 그 중지기간은 제1항부터 제3항까지의 세무조사 기간 및 세무조사 연장기간에 산입하지 아니한다. <신설 2010.1.1>

⑤ 세무공무원은 제4항에 따라 세무조사를 중지한 경우에는 그 중지사유가 소멸하게 되면 즉시 조사를 재개하여야 한다. 다만, 조세채권의 확보 등 긴급히 조사를 재개하여야 할 필요가 있는 경우에는 세무조사를 재개할 수 있다. <신설 2010.1.1>

○ 국세기본법 제81조 의9 【세무조사 범위 확대의 제한】

① 세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다.

② 세무공무원은 제1항에 따라 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다.

○ 국세기본법 제81조 의10【장부ㆍ서류 보관 금지】

① 세무공무원은 세무조사의 목적으로 납세자의 장부 또는 서류 등을 세무관서에 임의로 보관할 수 없다. 다만, 납세자의 동의가 있는 경우에는 세무조사 기간동안 일시 보관할 수 있다.

② 제1항 단서에 따라 일시 보관하고 있는 장부 또는 서류 등에 대하여 납세자가 반환을 요청한 경우에는 조사에 지장이 없는 한 즉시 반환하여야 한다. 이 경우 세무공무원은 장부 또는 서류 등의 사본을 보관할 수 있고, 그 사본이 원본과 다름없다는 사실을 확인하는 납세자의 서명 또는 날인을 요구할 수 있다

○ 국세기본법 제81조 의 12 【세무조사의 결과 통지】 세무공무원은 범칙사건의 조사, 법인세의 결정 또는 경정을 위한 조사 등 대통령령으로 정하는 부과처분을 위한 실지조사를 마쳤을 때에는 그 조사 결과를 서면으로 납세자에게 통지하여야 한다. 다만, 폐업 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 조세특례제한법 제100조의18제1항 에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외 하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다. 1.~2. 생략

(이하생략)

○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 생략

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 (이하생략)

○ 법인세법 제67조 【소득 처분】 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

○ 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 󰡒납부세액󰡓이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 󰡒매출세액󰡓이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 󰡒매입세액󰡓이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 󰡒환급세액󰡓이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 󰡒필요적 기재사항󰡓이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장관할세무서장사업장관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

• 다. 사실관계 1) 청구법인이 2010.4월 청구외 쟁점거래처1로부터 수취한 2008년 제1기 매입세금계산서 2건 공급가액 60,280천원, 2008년 제2기 매입세금계산서 10건 공급가액 342,321천원 합계 402,601천원 및 2010년 제1월 쟁점거래처2로부터 수취한 2008년 제2기 매입세금계산서 5건 공급가액 150,000천원, 총 552,601천원은 실물거래 없는 가공매입세금계산서인 점에는 다툼이 없다.

2. 청구법인이 주장하는 2008년 제2기 ‘가공’매출세금계산서 교부내역은 다음과 같다. 사업자등록번호 2008년 제2기 공급가액 비고 113-86- 104,283,100 206-81- 74,489,000 101-81- 193,467,245 119-81- 169,604,842 계 541,844,187

3. 청구법인은 위 2)의 거래가 가공거래라고 주장하며 이를 입증할 구체적인 자료는 제시하지 못하였고,

4. 처분청은 이 건 세무조사와 관련하여 위 2)의 거래처들로부터 위 2)의 거래가 정상거래임을 ‘거래명세표’ 또는 ‘금융계좌증빙’등으로 회신받았다며 일례로 ○○○○ (주)가 회신한 ‘거래내용확인서’ 등을 제시하였다. (제시한 서류 내용)

○ 거래내용확인서: 정상거래주장

○ 처분청이 보낸 질문서에 대한 답변: 정상거래주장하며 거래대금을 청구법인에 입금하였고, 위 거래를 입증할 대(對)청구법인 ‘거래처조회전표’, 및 ‘거래처원장’ 을 제시하였다.

5. 처분청은 청구법인이 거래질서정상화 조사관리지침에 의거 자료상자료수취자로 확정하고 구 조세범처벌절차법 제3조 및 동법 제9조의 규정에 따라 청구법인 대표 김○○은 통고처분하고 조세범처벌절차법 제12조 에 따라 통고처분을 이행할 자력이 없다고 보아 즉시 고발조치한 사실이 확인된다.

• 라. 판단 쟁점1에 관하여 청구법인은 쟁점매입세금계산서 등이 가공매입세금계산서임은 인정하지만 쟁점매출처 등의 추가세금계산서 교부요구를 거절하지 못하여 가공매출세금계산서를 교부하고 이에 대응하는 쟁점매입세금계산서를 수취한 것이므로 쟁점매입세금계산서를 부인하면 이에 상당하는 쟁점매출세금계산서의 매출액도 감액결정하여야 한다고 주장하여 이에 대하여 살펴본다. 쟁점매입세금계산서가 가공매입세금계산서라는 점에는 다툼이 없는 바, 처분청이 이 건과 관련하여 쟁점매입세금계산서의 매입세액을 불공제하고, 공급가액 상당액을 손금불산입한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 또한, 청구법인은 쟁점매출세금계산서가 가공매출세금계산서이므로 가공매출상당액을 매출액에서 감액하여야 한다고 주장하면서 이를 입증할 구체적인 증거를 제시하지 못하는 바, 달리 청구법인의 주장을 인정하기는 어렵다 하겠으므로 처분청의 당초 처분은 잘못이 없다고 판단된다. 쟁점2에 관하여 청구법인이 이 건 세무조사와 관련하여 처분청이 조사사무처리규정 등을 위반하였으므로 부과처분을 취소하여야 한다고 주장하여 이에 대하여 살펴본다. 처분청이 이 건 세무조사를 함에 있어 조사사무처리규정을 위반하여 세무조사를 하였다고 볼 만한 증빙이 없을 뿐만 아니라, 조사사무처리규정은 국세청훈령으로서 행정기관 내부의 사무처리준칙에 불과할 뿐 대외적인 구속력이 있는 법규명령으로 보기 어렵고, 설령 처분청이 조사사무처리규정을 위반하였다고 하더라도 그러한 사유만으로 이 사건 처분을 위법하다고 볼 수 없는 것(서울고등법원 2008.12.19, 2007누34707 같은 뜻임)이고, 조세법은 강행규정이므로 세법이 정한 과세요건을 충족하면 과세관청은 세법이 정하는 바에 의하여 징수하여야 하는 것이므로, 처분청이 이 사건 세무조사과정에서 청구법인에게 과세요건을 충족한 사실이 있음을 확인하여 부과처분한 것에 달리 잘못이 있다고 보이지 않는다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.