계약서상 공사대금 외에 추가된 공사금액에 대한 공급시기는 합의가 이루어진 때임

○○세무서장이 2011.5.4. 청구법인에게 한 2010년 제2기분 부가가치세 230,618,660원의 부과처분은, 2010.12.31 (주)○○외 5개 시공사로부터 교부받은 매입 세금계산서의 매입세액 594,391,510원 중 업무위탁수수료 관련 매입세액 15,962,110원을 제외한 매입세액 578,429,400원을 매출세액에서 공제하여 이를 경정합니다.

청구법인은 2006년 ○○시가 발주한○○시 하수관거정비 BTL 민간투자사업(이하 ‘ 쟁점사업 ’이라 한다을 영위할 목적으로 2006. 6월 설립된 특수목적법인으로서, 하수관거정비 시설물 건설 공사를 위하여 (주)△△△△산업 외 5개 건설사(이하 ‘시공사들’이 라 한다)와 2006.6.20. 도급계약을 체결하였고, 이에 따라 시공사들은 2006.6.22. 착공하여 2010.3.21. 공사를 완료하고 ○○시로부터 쟁점사업에 대한 준공확인필증을 2010.3.23일 교부받았으며, 청구법인은 같은 날 ○○시에 ○○하수관거를 기부하였고, 2010.11.8. △△△△공단이 ○○시에 총사업비를 확정 통보하였읍니다. 2010.12월 대주단과 건설출자자간의 공사용역 기성잔금을 확정하고, 청구법인과 시공사는 2010.12.31 공사(변경)도급계약서를 작성하고, 시공사들로부터 기성잔금 5,940백만원(이하 ‘쟁점기성잔금’ 이라 함)에 대한 세금계산서를 교부받아 2010년 제2기 확정 부가가치세 신고시 전액 매입세액 공제하여 환급신청하였다. 처분청은 2011.5.4. 쟁점기성잔금에 대하여 공급시기를 준공일인 2010.3.21.로 보아 사실과 다른 세금계산서로서 매입세액 불공제대상으로 판단하여 2010년 제2기 부가가치세 230,618,660원을 결정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2011.7.29 이건 심사청구를 제기하였다. [ 민간투자사업의 세부일정 ]

○ 2006.6.22.∼ 2010.3.21.: 공사기간 (계약서상 공사금액 46,794백만원), 세금계산서 8회 46,794백만원 수수

○ 2010.3.21: 준공일(○○시청), 기부채납일, 관리운영권 부여

• 2010년 제1기 부가가치세 예정신고시 영세율매출 65,218백만원 신고

○ 2010.5.20: 총민간투자비 확정을 위한 준공협상 개시

○ 2010.7.28: 총민간투자비 감액하겠다는 계획 통보(○○시청)

○ 2010.8.27: 청구법인 ○○시청에 총민간투자비 최종 승인 요청

• 2010년 제2기 부가가치세 예정신고시 영세율매출 417백만원 감액신고

○ 2010.11.8: △△△△△△ 공단 총민간투자비 확정, ○○시에 통보

○ 2010.12.31: 대주단과 건설출자자간의 공사용역 기성 잔금 협상 종료, 공사(변경)도급계약서(59억 증액) 작성 및 세금계산서 발행

• 가. 청구법인 사업개요 청구법인은 ○○시장과 BTL 민간투자사업 협약을 체결하여 청구법인의 자금과 기술을 도입하여 하수관거시설을 준공하여 ○○시에 기부채납하고 청구법인은 20년간 동 시설의 관리운영권을 부여받아 ○○시에 임대함으로서 시설임대료를 받아 투자금을 회수하고, 20년동안 청구법인이 ○○시청으로부터 동 시설의 유지관리 및 운영의 대가로서 인건비, 유지관리비 등 시설의 운영에 소요되는 운영비를 받게 되는 BTL 사업방식의 사업시행법인(SPC법인)입니다.
• 나. 역무의 제공이 완료되고 공급가액이 확정된 시점을 총민간투자비가 확정된 2010.12.31로 보아야 한다.

1. 총민간투자비 확정일은 2010.12.31. 이다 (가) 설계변경과 물가변동분의 확정 공사금액은 청구법인과 ○○시청간에 2005.6.14. 체결된 실시협약서에는 46,736백만원(VAT별도) 이나 동 금액은 공사도급계약서 제19조(설계변경으로 인한 계약금액의 조정) 및 제20조(물가변동으로 인한 계약금액의 조정)에 따라 준공시점에 협상을 통한 정산과정을 거쳐 계약금액이 확정된다고 명시하였읍니다. (나) 주무관청과의 총민간투자비 확정 준공이후인 2010.5.20. 청구법인과 ○○시청간에 실시협약서 내용대로 설계변경분과 물가정산분을 감안하여 총민간투자비 확정을 위한 준공 협상을 개시하였고, ○○시장으로 부터 2010.7.28. 정부지급금 변경(감액) 계획을 통보 받았으며, 청구법인이 2010.8.27. 총민간투자비 최종승인요청서를 ○○시장에게 발송하여, △△△△공단에서 2010.11.8. 총민간투자비를 최종 확정하여 ○○시에 통보하였읍니다.

① 2010.7.28. “○○시의 ○○시 하수관거BTL 정부지급금 산정에 따른 감액 계획 통보”의 공문은 총민간투자비가 감액되어 확정되었다는 내용이 아니고, 감독기관인 △△△△공단이 기성공정율을 재산정하여 검토한바 총민간투자비가 298백만원정도 감액되었으니 청구법인이 총민간투자비 변경안을 ○○시에 제출해 달라는 협조 공문으로 총민간투자비가 확정된 것이 아닙니다.

② 위 공문의 내용에 의거 청구법인은 2010.8.18. 공문으로 총민간투자비 64,801백만원으로 최종승인의 요청을 ○○시에 하게 되고, 2010.11.8. 감독기관인 △△△△공단은 정부지급금이 64,801백만원이 적정하다는 공문을 ○○시에 통보하였읍니다. (다) 대주단(貸主團)과의 협상에 의한 도급금액의 확정

① 총민간투자비가 확정되면 그 내용은 본사업과 관련하여 대출을 해준 재무적 투자자인 금융기관(이하 ‘대주단’이라 칭한다)에 통보되며, 대주단은 당초 약정했던 투자수익률을 침해하는 일이 없는지 검토하게 되며 만일, 투자수익율의 침해 요인이 있다면 건설출자자의 공사 도급금액을 감액하여 투자수익율을 유지하게 됩니다.

② 대주단은 최초 대출약정시 투자수익율을 침해하는 여하의 사유가 발생했다고 판단되면 건설출자자에게 그 부담을 전가할 수 있기 때문에 건설출자자 입장에서는 건설용역 공급가액의 최종확정은 주무관청과의 협상과 더불어 대주단과의 협상이 완료된 2010.12.31에 비로소 확정 된 것입니다.

2. 역무의 제공이 완료되고 공급가액이 확정된 시점이 공급시기임 용역제공의 완료시에 공급가액이 확정되는 통상적인 용역공급의 경우에는 역무제공의 완료시가 공급시기가 된다 할 것이나, 계약당사자간 용역의 존부나 용역의 내용 등에 대한 다툼이 발생하여 당해 용역의 제공자가 용역대가 지급일이나 용역 제공이 완료된 날에 대가를 지급받지 못한 경우에는 계약당사자 중 일방에게 그 책임을 돌려야 할 명백한 사유가 존재하지 아니하는 한, 당사자간 합의 등에 의하여 당해 용역의 대가가 확정되는 날을 공급시기로 보는 것이 타당하다고 할 것입니다. 2010.11.8. 총민간투자비가 확정되고 대주단의 수익률을 감안하여 공사도급변경계약이 2010.12.31 확정하고 동일자로 세금계산서를 교부받았읍니다. 결론적으로 민자사업의 특성상 총민간투자비가 확정되고 대주단의 수익률을 감안된 시점에 비로소 공급가액이 확정된다고 할 수 있으며, 2010.12.31.이 부가가치세법 시행령 제22조 제3호 에 정한 ‘역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정된 때’에 해당되는 것이다.

• 다. 건설용역과 무관한 업무위탁수수료는 매입세액으로 인정함이 타당하다. 2010.12.31.자 (주)△△△△산업으로부터 일반사무위탁관련 업무위탁수수료 159,621천원 매입액은 건설관련 매입에도 해당되지 아니함에도 불구하고 불공제 되었으므로 매입세액으로 인정함이 타당하다.

• ○○하수관거(주)는 직원이 없는 특수목적법인(일명 SPC)으로 모든 업무를 건설출자자중 주관사인 △△△△건설(주)에서 수행하도록 되어 있다.

• ○○시청 및 △△△△△△공단, 대주단 그리고 건설출자자, 설계회사 등 본 사업과 관련된 일련의 업무를 △△△△건설(주)에 위탁하여 업무를 처리하고 민간투자비가 정산을 마치는 시점에서 그 수수료를 지급하도록 규정되어 있다.

• 위탁수수료 159,621천원은 △△△△건설(주)가 청구법인의 업무대행에 대한 수수료로 계약내용에 따라 민간투자비가 정산된 이후에 지급한 것으로 시공사의 건설용역에 대한 매입세금계산서와는 내용이 전혀 다른 것입니다.

• 라. 사전열람후 제출한 추가의견은 아래와 같다.

○ 2010.12월중 ○○시청으로부터 총민간투자비를 최종 통보받아 일련의 과정을 거친후 도급금액 확정되었다.

• 청구법인의 주주는 금융출자자(일명 CI)와 건설출자자(일명 FI) 11개법인 으로 구성되어 있으며 주무관청으로부터 총민간투자비가 확정되면 대주단 동의를 받고 주주총회를 열어 도급금액을 확정하여 집행을 하는 절차를 거치도록 되어있다..

• 12월초에 ○○시청으로부터 △△△△△△공단의 총민간투자비를 확정금액을 통보받아 각 금융기관인 대주단과 협의 완료후에 재차 주주총회의를 소집 하여 최종 도급금액을 결정하여 집행하는 복잡한 절차를 거치다 보니 시간이 걸릴 수 밖에 없는 실정입니다.(○○시청 확인공문 첨부)

○ 대주단(貸主團)이 총민간투자비에 의해 최종 투자수익율을 확정하여야만 공사도급금액이 정해짐

• 대주단(재무출자자)과 차주(借主)인 ○○하수관거(주) 및 건설출자자 간에 2006. 6.20.체결한 대출약정서 내용에 의하면, “총사업비 변경 및 공사기간 연장을 주무관청이 인정하지 아니한다 해도 시공회사가 차주에게 어떠한 청구나 요청을 할 수 없다”고 하고 있다.

• 공사비가 증가되거나 공기의 연장 등으로 소요자금이 증가되었으나 주무관청으로부터 총민간투자비의 증가로 인정받지 못하면 건설출자자들의 시공지분비율에 의해 연대하여 책임과 비용을 부담한다고 규정하고 있다. ※ ○○시 하수관거정비 BTL 민간투자사업 프로젝트금융 대출약정서 제6항 1호(공사도급계약 및 관리운영계약의 체결) 첨부 ※ 대출약정서중 건설출자자약정서 제4항(준공 및 운영에 관한 책임) 첨부

• 가. 쟁점공사는 부가가치세법시행령 제22조 제2호 의 규정에 의한 완성도기준지급 조건부 건설용역의 공급에 해당하며, 준공일 이후에 기성 잔금에 대한 세금계산서를 교부받은 것으로서 쟁점기성잔금에 대한 건설용역의 공급시기는 용역제공이 완료된 준공일(2010.3.21.)이다. 쟁점공사는 장기건설공사로서 청구법인과 시공사간 체결한 도급계약서 및 기성청구 현황 등에 의하면 완성도기준지급 조건부 건설용역에 해당한다. 장기건설공사로 완성도기준지급 조건부로 공사를 진행하여 기성을 청구하고 세금계산서를 발행하다, 준공시점에 증가된 공사금액이 확정되지 않아 금액이 확정되는 시점으로 공급시기를 본 청구법인의 의견은 논리에 모순 이 있으며, 당초 도급계약에 의해 2010.3.21일 세금계산서가 발행되어야 하며 추후 금액 변동에 대하여는 수정세금계산서 발행 사유 에 해당한다고 판단된다. 준공시점인 2010.3.21.에 공사기성이 100% 달성되어 사실상 이 시점에 공사용역 제공이 완료된 이상 쟁점기성잔금에 대한 공급시기는 준공일로 보아야 한다.
• 나. 청구법인은 2010.3.21을 준공일로 한 준공필증을 2010.3.23일 ○○시로부터 교부받고 같은 날 ○○시에 기부채납을 하였으며, 2010년 제1기 부가가치세 예정신고시 영세율 매출로 65,218백만원을 신고하고 매출세금계산서합계표에도 거래상대방을 ○○시청(4-83-0**)으로 공급가액 65,218백만원을 기재하고 있고, 2010.7.28일 ○○시로부터 총민간투자비 417백만원 변경(감액) 통보를 받고 2010년 제2기 예정신고시 영세율 매출 △417백만원을 신고한 사실이 있다. 이는 2010.3.21 준공 및 기부채납 당시에 사실상 총민간투자비가 확정되었고, 다만 당사자간에 세부적인 이견차이로 공사금액 변경의 여지가 다소간 있었을 뿐이며, 2010.7.28일 ○○시로부터 감액통보된 후 2010.11.8. △△△△공단의 검토를 거쳐 확정된 일련의 과정을 볼 때, 준공 및 기부채납당시에는 투입된 공사비가 잠정적으로 확정된 것이므로 공급시기가 도래한 것으로 보아야 하고, 사후에 증액이나 감액된 경우 수정세금계산서를 교부할 사항이므로 청구법인의 주장은 이유가 없다.

• 가. 쟁 점 이 건의 쟁점은 ① 기성잔금에 대한 건설용역의 공급시기를 용역제공이 완료된 준공일로 볼 것인 지, 공급가액이 확정되는 때로 볼 것인지 여부, ② 업무위탁수수료에 대한 부가가치세 매입세액공제 인정여부 를 가리는데 있다.
• 나. 관련 법령 등 1) 부가가치세법 제9조 【거래 시기】

① (생략)

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 따른 시기가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 세금계산서 또는 제32조의 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급 시기로 본다.

④ 제1항과 제2항에 따른 공급 시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 부가가치세법시행령 제22조 【용역의 공급시기】 법 제9조제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. (단서 생략)

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도 기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 3) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항 4) 부가가치세법시행령 제59조 【수정세금계산서 발급사유 및 발급절차】

① 법 제16조제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다. <개정 2010.2.18, 2010.12.30, 2011.5.30, 2012.2.2>

1. ∼ 2. (생략)

3. 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우: 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급한다.

4. (생략)

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다.

• 가. 세무조사의 통지를 받은 경우
• 나. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우
• 다. 세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우
• 라. 그 밖에 가목부터 다목까지에 따른 사항과 유사한 경우로서 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우

6. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우: 재화 및 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 세금계산서를 작성하되, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다. 다만, 제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다.

7. (이하생략) 5) 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조 【정의】

1. "사회기반시설"이란 각종 생산활동의 기반이 되는 시설, 당해 시설의 효용을 증진시키거나 이용자의 편의를 도모하는 시설 및 국민생활의 편익을 증진시키는 시설로서, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 시설을 말한다. 가.∼사. (생략)

• 아. 하수도법 제2조제3호 의 규정에 따른 하수도, 동법 제2조제9호의 규정에 따른 공공하수처리시설, 같은 법 제2조제10호에 따른 분뇨처리시설 및 물의 재이용 촉진 및 지원에 관한 법률 제2조제7호 에 따른 하·폐수처리수 재이용시설 2.∼7. (생략) 6) 사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조 【민간투자사업의 추진방식】 민간투자사업은 다음 각호의 1에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다. <개정 2002.12.11, 2005.1.27>

1. 사회기반시설의 준공과 동시에 당해시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식(제2호에 해당하는 경우를 제외한다)

2. 사회기반시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하되, 그 시설을 국가 또는 지방자치단체 등이 협약에서 정한 기간동안 임차하여 사용·수익하는 방식

3. 사회기반시설의 준공후 일정기간동안 사업시행자에게 당해시설의 소유권이 인정되며 그 기간의 만료시 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식

1).

○○하수관거 준공일이 2010.3.21.인 사실, 2010.3.23 쟁점사업목적물을 기부채납한 사실, 쟁점기성금액에 대하여 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

2. 공사개요

• 가) 하수관거정비 건설공사를 위하여 청구법인과 시공사간 체결한 공사도급계약서의 주요 내용은 다음과 같다. 공 사 명

○○시 하수관거정비 BTL 민간투자사업 건설공사 문 서 명 공사도급계약서

① 공사도급계약서

② 공사도급 (변경)계약서

③ 작성 일자

2006. 6. 20. ‘미기재’ ‘미기재’ 계약금액 합 계 51,409백만원 51,409백만원 61,251백만원 공급가액 46,736백만원 46,736백만원 55,683백만원 세 액 4,673백만원 4,673백만원 5,568백만원 가격산정 2005.6.14.불변가격 2005.6.14.불변가격 ‘미기재’ 공사 기간

2006. 6. 22.∼ 54개월

2006. 6. 22. ∼2010. 4. 30.

2006. 6. 22. ∼2010. 3. 21. 대금 지급 기성금 매분기 1회 기성금 매분기 1회 ‘미기재’ 계약상대자 (시공사) 6개 건설사 6개 건설사 6개 건설사

• 나) 공사 착공일부터 기성 잔금 확정시까지 청구법인과 시공사간 기성청구 및 세금계산서 수수 현황은 다음과 같으며, 2010. 2기분 5,940백만원이 심사청구 대상 쟁점기성잔금이다. (단위: 백만원) 구 분 과세기간 기성 청구 기성 지급 세금계산서 청구일자 금액 지급일자 금액 발행일자 금액

2006. 2기

① '06.12.29 1,350 '07.4.12 1,350 '06.12.29 1,350

2007. 1기 '07.4.27 (선급금) 585 '07.5.03 644 '07.5.02 644

2008. 1기

② '08.1.30 3,409 '08.2.5 '08.9.30 3,409 358 '08.1.28 '08.6.02 3,409 358

2008. 2기

③ '08.8.28

④ '08.12.24 4,591 8,543 '08.9.30 '08.12.31 4,591 9,257 '08.9.11 '08.12.29 4,591 9,257

2009. 1기

⑤ '09.4.24 8,550 '09.4.30 10,411 '09.4.24 10,411

2009. 2기

⑥ '09.8.05

⑦ '09.9.28 2,100 3,870 '09.8.25 '09.10.20 4,745 4,322 '09.8.10 '09.10.12 4,745 4,322

2010. 1기

⑧ '10.1.19 10,807 '10.2.5 10,807 '10.2.4 10,807

2010. 2기

⑨ '10.12.27 5,940 (미지급) 5,940 '10.12.31 5,940 합 계 49,745 미지급포함 55,834 55,834 ＊ ‘기성청구’란

① ∼⑨은 기성청구 회수임(예, ① ⇒ 제1회 기성청구) ＊ 기성청구 금액과 기성지급 금액간 차이는공사계약 일반조건 제20조에 의한 물가변동비 반영에 따라 발생한 것임. 다) 청구법인은 (주)○○외 5개 시공사로부터 쟁점기성잔금에 대한 세금계산서를 교부받아 2010년 제2기 부가가치세 확정신고시 매입세액으로 신고하였다. 번호 매입처 상호 세금계산서 발행 일자 공급가액 세액 1 ㈜○○

2010. 12. 31 2,280 228 2 ****개발㈜

2010. 12. 31 1,272 127 3 **토건㈜

2010. 12. 31 809 81 4 ㈜***건설

2010. 12. 31 578 58 5 ㈜△△△△산업

2010. 12. 31 539 54 6 ****건설㈜

2010. 12. 31 462 46 합 계 5,940 594 라) 공사도급계약서에 첨부된 ‘공사계약 일반조건’ 주요내용은 다음과 같다. 제15조 (공사기간)

① 착공일과 준공일은 계약서에 명시된 일자로 한다.

③ 준공일은 계약상대자가 성과보증기간을 포함한 이 공사를 완성하고 당사에게 서면으로 준공검사를 요청하고 주무관청이 당사에게 교부하는 준공확인필증에서 준공사실을 인정한 날을 말한다. 제20조 (물가변동으로 인한 계약금액의 조정)

① 물가변동으로 인한 계약금액의 변경은 기성지급일이 속하는 분기의 직전분기까지의 건설 GDP 디플레이터 범위 내에서 적용한다.

③ 계약금액은 건설 GDP 디플레이터 변동분을 적용하여 별도의 변경계약 체결없이 변경된 것으로 간주하되, 연1회 서면에 의한 변경계약을 체결하는 방식으로 물가변동비가 반영된 당해 연도까지의 계약금을 확정하기로 하며, 준공시점에서 최종 정산하기로 한다. 제34조 (기성대가의 지급)

① 계약상대자는 매 분기별로 기성대가를 청구하고, 당사는 매분기마다 지급하는 것을 원칙으로 하며, 제25조에 의한 검사를 완료하는 날까지 기성부분에 대한 대가지급청구서를 현장감독원의 확인을 거쳐 당사에 제출 하여야 한다.

② 당사는 검사완료 통지 접수일로부터 14일 이내 에 검사된 내용에 따라 기성대가를 확정하여 계약상대자에게 지급하여야 한다.(단서 생략) 제35조 (준공대가의 지급)

① 계약상대자는 공사를 완성한 후 제25조의 규정에 의한 검사에 합격한 때에는 제31조의 제1항에 정한 하자보수충당금을 납부한 후 소정절차에 따라 기성대가의 지급을 청구할 수 있다.

② 당사는 제1항의 청구를 받은 때에는 그 청구를 받은 날로부터 14일 이내에 그 대가를 지급한다.(단서 생략)

• 마) 기성검사 및 공사 관리·감독 기관 ⇒ △△△△△△공단 △△△△공단은 공사관리감독 및 기성․준공 검사를 수행하고 검사 결과를 ○○시와 청구법인에게 통보하였다.

① 기성검사 결과 통보: 준공 이전까지 총 8회(최종회 2009.12.30) <예시> △△△△공단 기성검사 결과 요약(제8회분) (단위: 백만원) 계약금액 전회 누계기성 금회 신청금액 금회 지급액 기성금 누계 검사금액 감액 금액 비율 46,794 33,001 10,930 10,807 123 43,808 93.62

② 준공검사 결과 통보: 2010. 3. 16∼2010. 3. 17까지 준공검사후 2010. 3. 19. ○○시에 준공검사 결과를 통보하였으며, 그 내용은 아래와 같다 △△△△공단**지역본부 수신자: ○○시장, ○○하수관거(주) 대표이사, 제목: ○○시 하수관거BTL 민간투자사업 준공검사 결과 알림

2. ○○시 하수관거 BTL 민간투자사업 시설공사의 준공검사 결과

• 공사기간: 2006.6.22∼ 2010.3.21

• 공사금액: 46,794백만원 △△△△공단**지역본부장 시행 공사관리1팀-298 (2010.3.19)

• 바) 시설물 기부채납 및 준공확인필증 교부

○ 청구법인은 하수관거정비 시설물을

2010. 3. 22.

○○시에 기부채납 기 부 서

1. 재산의 표기: ○○시 하수관거 BTL 민간투자사업 본 시설

2. 기부자: ○○하수관거정비(주)

4. 기부재산가격: 총투자비: 일금 60,793백만원 2010.3.22

○○시하수관거(주)

○ ○○시는 △△△△공단의 준공검사 결과를 확인하고 청구법인에게 다음 준공확인필증 을 교부하였다(교부일자: 2010. 3. 23.) 준 공 확 인 필 증

5. 공사기간(준공년월일): 2006. 6. 22.∼2010. 3. 21.(45개월)

6. 준공시설(국가귀속여부): 관리운영 20년후 국가 귀속 2010년 3월 23일

○ ○ 시 장

3. 청구인이 제시한 증거자료

• 가) ○○시청이 정부지급금 감액 계획 통보 공문

○ ○ 시 수신자: ○○하수관거(주), △△△△공단 제목: ’05년 ○○시 하수관거BTL 정부지급금 산정에 따른 변경(감액) 계획 통보 1∼2 생략

3. ○○시 하수관거 BTL 민간투자사업 실시협약 제56조 제3항의 규정에 의거 정부지급금 산정에 따른 변경(감액)계획을 아래와 같이 통보하오니 변경협약(안)을 우리시에 송부하여 주시기 바랍니다.

• 가. 총민간투자비 변경 (당초 65,099백만원→변경 64,801백만원)

○ ○ 시 장 시행 상하수도사업소 - 7793 (2010.7.28)

• 나) 상기 ○○시청의 변경(감액)계획 통보에 대하여 청구법인은 2010.8.18. 총민간투자비 최종승인요청 공문을 ○○시에 제출하였다.

○○하수관거(주) 일자: 2010.8.18 수신: ○○시장 제목: ○○시 하수관거 BTL 총민간투자비 확정에 따른 최종승인요청의 건

3. 귀 시와 당사 및 △△△△공단의 총민간투자비에 대한 협상이 아래와 같이 완료됨에 따라 귀 시의 최종승인을 요청하오니 승인하여 주시기 바랍니다.

• 총민간투자비 변경(실집행기준 민간투자비 65,099백만원→최종승인 민간투자비 64,801백만원) 다) △△△△공단에서 ○○시장에게 보낸 총민간투자비 확정 공문 △△△△공단 수신자:○○시장 제목: ’05년 ○○시 ○○시 하수관거BTL 정부지급금 산정내역 검토내역 송부

2. ○○시 상하수도사업소-11430호(’10.11.3)호와 관련「’05년 ○○시 ○○시 하수관거정비 임대형민자사업(BTL) 정부지급금 산정내역 검토의견을 붙임과 같이 보내드립니다. 붙임: 정부지급금 산정내역 검토 1부. 끝. 시행 민자지원팀-1715(2010.11.8) 정부지급금 산정내역 검토

(1) 총민간투자비: 64,801백만원

• 라) 시공사들은 2010.12.28일 청구법인에게 기성신청을 하고, 청구법인과 시공사들간에 2010.12.31. 공사(변경)도급계약서를 작성하고 같은 날 쟁점기성잔금에 대한 세금계산서를 발행하였다. 공사(변경)도급계약서 용역명: ○○시 하수관거정비 BTL 민간투자사업 건설공사 준공금액: 61,251백만원 착공년월일: 2006.6.22 준공년월일: 2010.3.21 변경내용: 당초 계약금액 51,409백만원, 변경계약금액 61,251백만원 변경전 준공년월일: 2010.4.30, 변경 준공년월일: 2010.3.21 이계약의 증거로써 계약서를 작성하여 당사자의 기명날인후 각각 1통씩 보관한다 2010.12.31 발주처: ○○하수관거(주) 계약상대자: △△△△산업 외 5

4. 처분청은 2011.3.23. 광주지방국세청 과세사실판단자문위원회 회부하여 2011.3.29일 자문회의 의결 결과를 통보받고 과세하였으며, 주요내용은 아래와 같다.

① 과세쟁점사실 ○○시 하수관거정비 BTL 민간투자사업을 영위하기 위해 완성도기준지급 조건부로 건설사에게 하도급한 건설용역 중 기성잔금 59억원에 대한 공급시기를 용역제공이 완료된 준공일(2010.3.23)로 볼 것인지, 물가변동을 반영한 최종 공사금액이 확정된 날(2010.12.31)로 볼 것인지 여부이다.

② 의결내용 - 납세자의 의견을 채택하지 아니한다.

③ 사유: 쟁점공사의 기성잔금에 대한 공급시기는 용역의 제공이 완료된 준공일(2010.3.23)로 보는 것이 타당함

5. 유사사례인 조심2011광1399(2011.12.19) 목포시 하수관거사업과 쟁점사업과 비교표 발주처 **시청

○○시청 공사명 목포시 하수관거정비 BTL

○○시 하수관거정비 BTL 공사준공일 2010.4.12 2010.3.21 기부채납일 2010.4.12 2010.3.23 총민간투자비 확정 2010.6.28 2010.11.8 기성잔금 세금계산서 교부일자 2010.6.30 2010.12.31 공사대금지급조건

① 기성고에 따라 공사대금 지급

② 물가상승율과 총사업비 확정내역을 감안하여 준공 이후 공 사비를 최종정산 하기로 약정 목포시와 동일 기성고에 따른 세금계산서교부 여부 기성고에 따른 12회 세금계산서 발행 기성고에 따른 8회 세금계산서 발행 재결청의 공급시기 판단 청구법인과 사업시행자간에 공사비 정산에 관한 최종합의가 이루어진 때 (2010.6.30) 6). 업무위탁수수료와 관련하여 계약서 등의 내용은 다음과 같다.

• 가) 당초 업무위탁계약서의 대금 지급관련 약정사항

○○하수관거정비B시 민간투자시설사업 업무위탁계약서 본 계약서는 2006.6.20. 체결됨 위탁자(갑): ○○하수관거(주) 수탁자(을): (주)△△△△산업 제3조 (갑의 의무)

(1) 갑은 본 계약기간동안 을의 업무수행과 관련하여 을에게 매 분기말로부터 15일 이내에 업무위탁수수료를 지급한다. 을은 매분기말로부터 5일 이내네 갑에게 분기별 업무위탁수수료를 청구하여야 한다

• 나) 변경업무위탁계약서 변경업무위탁계약서 계약일 2010년 12월 당초 업무위탁계약에서 정한 계약기간동안 수탁자의 업무수행과 관련한 보수로서 159,621천원을 실시협약상 민간투자비의 정산을 마치는 시점에 본 계약서 체결일로부터 5일내 지급 다). 용역은 2006.6월∼2010.10월까지 제공하였으나, 세금계산서는 2010.12.31. 총액 159,621천원으로 발행하였다.

7. 사전열람후 추가의견과 관련된 증거자료 제출내용은 다음과 같다

• 가) ○○시청 공문(2012.1.13 시행)

○ ○ 시 수신자: ○○하수관거(주) 대표이사 제목: ○○시 하수관거 BTL사업 정부지급금 산정관련 회신

2. 우리시 하수관거 정비 BYL 민간투자사업이 2010.3.21일 준공되었으며, 실시협약 제56조 1항에 따라 사업시행자인 ○○하수관거(주)에서 산정한 정부지급금에 대하여 △△△△△△공단 검토결과 민간투자비를 공사 기성공정률에 따라 산정한 경과 변경실시계획에 따라 산정된 민간투자비와 차이가 발생하여 이에 대한 협의 조정이 필요함에 따라 △△△△공단 주관하에 주무관청인 우리시와 사업시행자가 협의 조정한 결과를 반영하여 협약 제56조 3항에 따라 재산정된 정부지급금에 대하여 2010.11.18 △△△△공단의 검토 완료후 2010.12월중 귀사와 협의하여 지급한 2010년 4/4분기 정부지급금 지급분에 반영하였음 을 회신하오니 참고하시기 바랍니다.

○ ○ 시 장 (인) 시행: 상하수도사업소-580(2012-1.13) ＊ 상기내용중 **공단 검토 완료일 2010.11.18은 2010.11.8을 잘못 기재한 것임

• 나) ○○시 하수관거정비 BTL 민간투자시설사업 프로젝트금융 대출약정서 및 건설출자자 약정서 내용은 아래와 같다.

○ ○○시 하수관거정비 BTL 민간투자시설사업 프로젝트금융 대출약정서 제6항 공사도급 및 관리운영계약의 체결

1. 차주는, 도급금액이 실시협약상 인정받은 비용을 초과하지 아니하고, 공사를 수행하는 과정에서 비용증가, 공기연장의 사유가 발생하더라도 등 사유에 대하여 주무관청이 실시협약상 총사업비변경 및/또는 공사기간이 연장을 인정하지 아니하는 한 시공회사가 차주에 대하여 어떠한 청구나 요청도 하지 아니하는 것을 내용으로 공사도급계약을 체결하고 유지하여야 한다. 건설출자자 약정서

• 가. 소요자금의 증가: 건설출자자들은 공사비의 증가, 공사기간의 지연 등 본건 시설의 공사와 직접적으로 연관되어 본건 사업에 소요되는 자금이 증가하고, 동소요자금의 증가가 주무관청으로부터 총민간투자비의 증가로 인정받지 못하는 경우 건설출자자들간의 시공지분율에 따라 연대하여 건설출자자들의 책임과 비용으로 본건 시설을 준공할 것을 확약한다.(이하 생략)
• 라. 판단 《쟁점ⓛ에 대한 판단》 부가가치세법 시행령 제22조 에서 용역의 공급시기에 대하여 통상적인 경우 역무제공이 완료되는 때, 용역을 계속적으로 공급하는 경우 대가의 각 부분을 받기로 한 때, 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때라고 하고 있다. 이 건의 경우 청구법인과 시공사간에 준공일까지 계약서상 공사금액인 46,794백만원을 초과하여 49,894백만원의 세금계산서를 8회에 걸쳐서 수수하였으며, 물가변동분 등 추가된 공사비 잔액 5,781백만원에 대하여는 당사자간 협의에 의해 공사금액이 확정된 2010.12.31일 변경도급계약서를 작성하고 세금계산서 수수하였다. 청구법인과 시공사들은 공사도급계약을 체결하여 공사를 시행하면서, 기성고에 따라 공사대가를 지급하기로 약정하였고, 물가상승율과 총사업비(사업시행자와 ○○시장이 약정한 민간투자사업비) 확정내역 등을 감안하여 공사비를 최종 정산하기로 약정하였으며, 이 건 거래가 ○○시장과 사업시행자간의 재화거래가 아니라, 사업시행자와 시공사들간의 용역거래인 점과 공사비 지급조건 및 이 건 공사비가 동 공사비 지급조건에 따른 최종 정산분인 점 등을 감안하면, 단순히 도급공사의 목적물인 하수관거시설이 준공된 시점을 용역의 공급시기로 단정하기는 어렵고, 물가변동내역 및 총사업비 확정내역 등을 반영하여 청구법인과 시공사들간에 공사비 정산에 관한 최종합의가 이루어져야 비로소 용역의 공급시기가 도래한 것으로 보는 것이 합리적이라 할 것이다(같은 뜻: 조심2011광1399, 2011.12.19) 따라서, 이상의 사실을 종합하여 보면 처분청이 쟁점기성잔금에 대하여 공급시기를 준공일로 보아 쟁점기성잔금과 관련된 부가가치세 매입세액을 2010년 제2기 부가가치세 매출세액에서 공제하지 아니한 당초 처분은 잘못이라 판단된다. 《쟁점②에 대한 판단》 청구법인은 직원이 없는 특수목적법인으로 모든 업무를 건설출자자중 주관사인 △△△△건설(주)에서 수행하도록 되어 있으며, 2006.6.20. 작성된 업무위탁계약서를 보면 ‘매분기말로부터 5일이내에 청구하고 15일내 업무위탁수수료를 지급 하도록 약정하였으며’, 용역은 2006. 6월경부터 2010.12월까지 제공한 것으로 보인다. 따라서 업무위탁수수료에 대한 세금계산서는 매 분기별로 수수하여야 함에도 2010.12.31. 일괄하여 4년 7개월의 업무위탁수수료 합계 159,621천원에 대한 세금계산서를 수수한 것은 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 매입세액 공제를 부인한 당초 처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 의 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.