토지와 건물의 일괄공급 시 그 과세표준은 실지거래가액이 되는 것임

△△세무서장이 2011.5.2. 청구법인 에게 경정․고지한 2 006년 제2기 부가가치세 1,863,588,510원의 부과처분은, 청구법인이 2006.12.28. 청구외 △△프로젝트금융투자주식회사에게 소유권 이전한 ○○시 ○○구 ○○동 14번지 외 26필지 지상소재 건물 29,222.87㎡의 거래가액을 매매계약서상 거래가액 ‘0’원으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

• 가. 청구법인은 1977.12.7. ○○시 ○○구 ○○동 14번지를 본점소재지로 하여 설립된 법인으로,
• 나. 수익성 악화에 따라 경영정상화를 목적으로 2002.9.30. 채권단과 기업구조조정에 관한 M.O.U.를 체결하고, 경영정상화 계획의 일환으로 ○○시 ○○구 ○○동 14번지 외 26필지 4,739.4㎡ 및 그 지상건물 29,222.87㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 청구외 △△프로젝트금융투자 주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)에게 2006.12.28. 880억원에 일괄양도하면서 건물분 매매가액은 “0원”으로 약정하였다.
• 다. ○○지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인의 2006년 사업연도에 대한 법인제세 일반통합조사를 실시하여 쟁점건물 및 그 부수토지의 일괄공급에 대하여 토지와 건물의 실지거래가액의 구분이 불분명하다고 보아 일괄 매매가액을 기준시가로 안분하여 건물 공급분 부가가치세 과세표준을 105억원으로 산정하고 이외 전시회 입장료 수입금액 누락 등에 대하여 2006년 제2기 과세기간 부가가치세 1,863,588,510원을 부과처분 하도록 본점 소재지 관할 세무서장에게 결정결의서 등을 통보하였으며,
• 라. 관할 세무서장은 위 결정결의서 내용과 같이 2011.5.2. 2006년 제2기 과세기간 부가가치세 1,863,588,510원을 청구법인에게 부과처분하였다.
• 마. 청구인은 이에 불복하여 2011. 7. 1. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 토지와 건물의 일괄양도 시 건물의 공급가액은 실지거래가액에 따라야 한다.

1. 구 부가가치세법 제13조 제5항 및 같은 법 시행령 제48조의2 제4항에 의하면 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 등을 함께 공급하는 경우 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의하고, 예외적으로 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분하도록 하고 있으며,

2. 세법에 의한 장부 기타의 증빙서류에 의하여 토지의 가액과 건물의 가액이 구분되어 있는 경우에는 그 기재에 허위 또는 누락이 있다고 인정되지 아니하는 이상 그 구분기재가액을 실지거래가액으로 보아 토지의 가액과 건물의 가액을 구분하여야 하는 것이다.

3. 청구법인 소유 쟁점건물 및 그 부수토지는 도시환경정비사업구역 내에 속한 부동산으로서,

• 가) 청구법인은 채권단과의 경영정상화 약정을 이행하기 위하여 부동산을 매각하여 그 자금으로 부채를 상환할 목적으로 쟁점건물 및 그 부수토지를 양도하고자 하였으며,
• 나) 청구외법인은 기존건축물을 철거하고 건물을 신축․분양할 목적으로 쟁점건물 및 그 부수토지를 양수하기로 함에 따라,
• 다) 2008.10.12. 쟁점건물 및 그 부수토지를 일괄매매하기로 약정하면서 “매매 대상 토지상의 기존 건물을 철거한 후 신축 예정이므로 기존 건물에 대한 가액은 없는 것으로 한다”, “매매대금 총액: 건물 0원, 토지 일금 구백원정(900억원)”이라고 합의하였다.

4. 따라서, 쟁점건물 및 그 부수토지의 매매계약서상 거래가액이 허위로 기재되었다고 인정되지 아니하는 이상 매매계약서상 건물 거래가액 “0원”을 실지거래가액으로 인정하여야 한다.

• 나. 쟁점건물 및 그 부수토지의 일괄 거래가액은 토지의 가치만을 기준으로 하여 산정․합의된 가액이다.

1. 이 사건 매매계약 당시 쟁점건물 면적의 대부분을 차지하고 있는 청구법인 본관 건물은 준공일로부터 무려 40년이나 경과된 낙후된 건물로, 청구법인과 청구외법인 모두 쟁점건물의 철거를 예정하고 있어 쟁점건물의 거래가액은 없는 것으로 합의하였으며

2. 실제로 2006.12.28. 쟁점건물 및 부수토지를 양도받은 청구외법인은 쟁점건물을 다른 용도로 사용하지 아니한 채 2007.4.1. 쟁점건물을 철거하였다.

3. 또한, 쟁점건물 및 그 부수토지 매매계약이 체결되기에 앞서 청구법인은 쟁점건물 부수토지를 포함한 ○○ ○○구 ○○동 14번지 외 토지 5,872.9㎡를 자체개발할 목적으로 외부감정평가법인에게 감정평가를 의뢰한 사실이 있으며, 동 평가서상 총 평가금액 1,116억원을 기준으로 이 사건 부동산 매매계약 체결 시 토지거래가액을 산정하면 하면 944억원(4,965.8㎡×19백만원)에 상당하고,

4. 위 감정평가액으로 환산한 부수토지 매매가액이 쟁점건물 및 그 부수토지 매매계약서상 거래가액과 유사하므로 매매계약서상 거래가액은 모두 토지 매매에 대한 대가임을 알 수 있는바 매매계약서상 건물분 거래가액 “0원”은 실지거래가액으로 인정되어야 한다.

• 다. 쟁점건물 및 부수토지 양도 후 멸실 전 기간동안의 부동산 무상사용이익과 청구외법인의 신축건물에 대한 청구법인의 우선매수청구권은 쟁점건물의 양도와 대가관계에 있지 아니한다.

1. 조사청은 청구법인이 쟁점건물 및 그 부수토지의 일괄 매매계약 시 “건물의 가액은 없는 것으로 한다.”고 약정하였으나 쟁점건물 및 그 부수토지를 양수한 청구외법인이 쟁점건물 철거 후 건물을 신축․분양할 때 업무시설 2,000평을 우선매수할 수 있는 청구권을 부여받은 사실이 있고,

2. 쟁점건물 및 부수토지 양도 후 쟁점건물 멸실 전까지 쟁점건물을 무상사용한 사실로 동 청구권 및 무상사용 이익 상당액과 쟁점건물의 매매와 대가관계가 있다고 볼 수 있다고 주장하고 있으나,

3. 쟁점건물 등의 매매계약 체결 후 청구법인의 본점 이전 절차가 예상과 달리 약 1개월 정도 지연되었으며,

4. 쟁점건물의 양도와 관련하여 쟁점건물의 철거주체 및 그 비용부담을 누가 하는지 여부와 상관없이 청구외법인이 신축한 건물의 일정 면적을 청구법인이 우선 매수할 수 있는 청구권을 부여받았다는 것은 동 우선매수청구권이 토지 소유권에 기인한 것임을 알 수 있고,

5. 실제로 나대지 상태로 토지를 매도하는 경우에도 신축건물에 대한 우선매수청구권을 부여받는 사례가 있는 점에 비추어 보면 철거예정인 쟁점건물의 매도와 신축건물에 대한 우선매수청구권의 취득이 대가관계에 있다고 보기 어렵다.

6. 따라서, 쟁점건물의 양도와 신축건물에 대한 우선매수청구권의 부여 사이에 대가관계가 있다는 것을 전제로 하여 쟁점건물 및 그 부수토지의 매매거래가액이 불분명한 것으로 보아 일괄 양도가액을 양도당시의 건물 및 토지의 기준시가로 안분하여 건물분 부가가가치세 과세표준을 산정한 이 건 처분은 부당하다.

• 라. 쟁점건물 및 부수토지 매매계약 전의 양해각서 기재내용을 쟁점건물 및 부수토지 매매가액에 대한 약정서로 볼 수 없다.

1. 조사청은 청구법인이 청구외 ○○건설주식회사(이하, “○○건설”이라 한다.)와 2006.9.18. 쟁점건물 및 부수토지 매매에 관한 양해각서를 체결한 후 2006.9.29. ○○건설주식회사와 부동산매매계약을 체결하면서 ○○건설이 프로젝트금융투자회사를 설립하기로 하여 2006.10.12. 청구외법인과 본 계약을 체결한 사실에 대하여,

2. 2006.9.18.자 ○○건설과의 양해각서에 쟁점건물 및 부수토지의 일괄 양도가액을 900억원으로 하면서 “건물분 부가세별도”라고 기재하고 있다는 이유로 2006.10.12.자 부동산매매계약 시 청구외법인과 건물분 거래가액은 없는 것으로 약정한 사실을 부인하였으나,

3. 일반적으로 양해각서는 그 자체로서 종국적인 법률상의 효과를 부여하는 것이 아니라 일정기간 동안 일방 당사자에 대하여 제3자와의 협의 또는 교섭을 금지함으로써 타방 당사자에게 배타적 협상권을 부여하는 동시에 당사자 사이의 본 계약 체결에 대한 협력의무를 부과함에 그 목적이 있는 것으로,

4. 2006.9.18. ○○건설주식회사와 양해각서를 체결할 당시에는 부동산의 매매대금에 관해서는 구체적인 협의를 하지 못한 상태였으며, 이후 청구법인은 청구외법인과 쟁점건물의 철거주체 및 매매대금 등에 대하여 구체적인 내용을 협의하여 청구외법인이 쟁점건물을 인도받은 후 철거하기로 하고, 900억원의 매매대금 중 건물이 차지하는 부분이 있다고 볼 수 없어 건물공급에 따른 부가가치세는 발생하지 않는다는 점에 관하여 합의한 후 이를 최종적으로 2006.10.12.자 매매계약에 반영하였는바 양해각서의 기재내용으로 쟁점건물 및 부수토지에 대한 매매대금이 확정되었다고 할 수 없다.

• 가. 사업자가 실지거래가액으로 신고한 가액이 사회통념에 비추어 합당하다고 인정되지 아니한 경우 토지와 건물가액이 불분명한 경우에 해당한다.

1. 토지와 건물을 일괄 공급하는 경우에 건물의 공급가액은 실지거래가액에 의하는 것이 원칙이나, 실지거래가액 중 토지와 건물의 가액이 불분명한 경우에는 기준시가 등에 따라 계산한 가액으로 안분하여야 하는 것으로,

2. 사업자가 신고한 토지와 건물의 실지거래가액이 사회통념에 비추어 합당하다고 인정되지 아니한 경우는 토지와 건물가액이 불분명한 것에 해당되어 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 제3호 에 따라 기준시가로 안분하여 그 과세표준을 산정하여야 한다.

• 나. 쟁점건물 양도 당시 재산적 가치는 “0원”이라고 할 수 없다.

1. 청구법인은 2006.12.28. 쟁점건물의 소유권을 청구외법인에게 이전한 후에도 2007.2.1.까지 쟁점건물을 사업장으로 사용한 사실이 있고 그 외 임대사업장이 존재하는 것으로 나타나며,

2. 쟁점건물 중 1970.1.23. 준공된 본관 18,534.76㎡ 및 별관 875.5㎡의 양도당시 기준시가는 3,183백만원, 1989.11.7. 준공된 신관 9,347.17㎡ 및 주차타워 465.44㎡의 양도당시 기준시가는 6,854백만원에 달할뿐만 아니라, 양도당시 청구법인의 재무제표상 건물의 장부가액도 11,092백만원(취득가액 16,303백만원, 감가상각누계액 5,211백만원)에 달하여 양도당시 쟁점건물의 재산적 가치가 “0원”이라고 볼 수 없다.

3. 청구인은 이 사건 매매계약이 체결되기 약 1년 전에 이 사건 토지에 대한 감정평가법인의 감정평가를 받은 사실과 관련하여

• 가) 동 평가금액을 기준으로 쟁점건물 부수토지의 가액을 환산하면 944억원으로 쟁점건물 및 부수토지의 매매계약서상 매매가액 900억원과 유사하다 하여 매매계약서상 매매대금 전액이 토지 양도에 대한 대가임을 주장하나,
• 나) 감정평가법인의 감정가액은 토지만을 평가한 것으로 그 감정평가서를 기초로 하여 부동산 매매계약서상 건물 거래가액 “0원”이 합리적 가격산정을 거친 실지거래가액이라는 주장은 받아들이기 어렵다.
• 다. 쟁점건물 본 매매계약 체결 전 양해각서 작성 시 “건물분 부가가치세는 별도”라고 정하고 있고, 쟁점건물 공급가액을 “0원”으로 하는 대신 신축건물에 대한 우선매수청구권을 부여받은 것으로 보아 토지 및 건물의 실지거래가액이 불분명한 경우에 해당한다.

1. 청구법인은 ○○건설이 출자하여 설립한 프로젝트파이낸싱 법인인 청구외법인과 쟁점건물 및 부수토지 매매계약을 체결하기 전 2006.9.18. ○○건설과 “본사 부동산매각을 위한 양해각서”를 체결하면서

• 가) 해당 양해각서에는 “매매대금 900억원(건물분 부가세 별도)”라고 기재한바 있고,
• 나) “(○○건설의) 사업완료 후 신축빌딩 중 업무시설 2,000평 우선매수청구권(3.3㎡당 700만원) 부여”를 조건으로 하고 있으며,

2. 쟁점건물 및 부수토지를 양수하여 건물을 신축 중에 있던 청구외법인이 2010.7.경 재매각 협상을 개시하여 2011.2.경 청구외 ○○사모부동산유한회사에 3.3㎡당 1,680만원 상당으로 신축건물을 매각하면서,

3. 청구법인이 위 신축건물에 대한 우선매수청구권을 행사하는 대신 시세차익(약 200억원)에 대한 보상을 협상 중이라는 언론보도 사실이 있는 점 등을 종합하여 볼 때 쟁점건물의 매각과 신축건물에 대한 우선매수청구권 사이에 대가관계가 있다고 할 것이다.

4. 따라서, 쟁점건물 및 부수토지 매매계약 시 그 거래가액을 900억원으로 하면서 쟁점건물 거래가액을 “0원”으로 한 것은 그 토지와 건물의 거래가액이 불분명한 경우에 해당한다 할 것이므로 토지 및 건물 매매대금 880억원을 기준시가로 안분하여 건물 공급분 부가가치세 과세표준을 산정한 후 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 토지 및 건물을 일괄양도하면서 건물의 매매가액을 “0원”으로 약정한데 대하여 건물분 공급가액 “0원”을 부인하고 일괄매매가액을 기준시가로 안분하여 과세표준을 산정한 처분이 정당한지 여부
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제6조【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

⑦ 제1항에 규정하는 재화의 공급에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

⑤ 제1항 내지 제4항 이외에 과세표준의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 3) 부가가치세법 시행령 제48조 【과세표준】

① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함한다. 4) 부가가치세법 시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물 등에 대한소득세법제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초공급시기)가 속하는 과세기간의 직전과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다

• 다. 사실관계

1. 법인등기부등본 및 회계감사보고서에 의하면,

• 가) 청구법인은 1977.12.7. ○○시 ○○구 ○○동 14번지를 본점소재지로 하여 설립된 법인으로,
• 나) 수익성 악화에 따라 경영정상화를 목적으로 2002.9.30. 채권단과 기업구조조정에 관한 M.O.U.를 체결한 것으로 나타난다.

2. 조사청의 법인사업자 조사종결보고서 등에 의하면,

• 가) 조사청은 2011.2.14.부터 2011.3.17.까지 법인세 통합조사를 실시하여 쟁점건물 과 그 부수토지 양도 및 전시회입장료 수입금액 누락 등을 확인하고 처분청으로 하여금 2011.5.2. 이 사건 2006년 제2기 과세기간 부가가치세 1,863,58,510원의 부과처분을 하도록 한 것으로 나타나고,
• 나) 쟁점건물 및 부수토지 일괄양도에 따른 쟁점건물분 부가가치세 과세표준에 대한 다툼 외에 청구법인과 조사청 사이에 다툼은 없다.

3. 조사청이 청구법인에 대한 세무조사 결과 쟁점건물 및 부수토지의 일괄 매매계약서상 총 매매가액 880억원, 건물분 매매가액 “0원”을 부인하고 총 매매가액 880억원을 양도당시 토지 및 건물 기준시가를 기준으로 안분하여 건물 공급분 부가가치세 과세표준을 산정한 근거서류는 다음과 같다.

• 가) 사건 일자별 흐름

(1) 2005.8.20. 토지 감정평가

• ○○시 ○○구 ○○동 14번지 외 37필지(청구법인 외 타법인 소유토지 6필지 포함) 5,871.72㎡에 대한 개발평가

(2) 2006.9.18. ○○건설과 청구법인 본사 부동산 매각을 위한 양해각서(MOU)체결, 계약이행보증금 40억원 수령

(3) 2006.9.29. ○○건설과 쟁점건물 및 부수토지 부동산 매매계약서(본계약) 작성

(4) 2006.10.12. ○○건설이 출자한 PF법인인 청구외법인과 쟁점건물 및 부수토지 부동산 매매계약

• 2006.10.13. 계약금 50억원 수령

(5) 2006.12.21. 타법인 소유토지를 제외한 청구법인 소유토지 및 쟁점건물을 매매대상 부동산으로 하여 부동산 매매계약서 재작성

• 중도금 360억원 수령

(6) 2006.12.28. 잔금 45억원 수령

(7) 2007.2.1. 사업장이전

(8) 2007.4.1. 청구외법인 쟁점건물 철거

(9) 2010.7.28. 청구외법인 신축 중인 건물 매각계약 체결

(10) 2010.11.30. 청구외법인 신축 건물 준공(2010.12.10. 사용승인)

(11) 2011.2.14. 청구외법인 신축건물 매매거래 종료

• 나) 위 쟁점건물 및 부수토지 매매거래와 관련하여 처분청이 제시한 각 서류의 기재내용은 다음과 같다.

(1) 2005.8.20. 토지 감정평가표 기재내용 (가) 청구법인은 본사 사옥 일대의 부지를 개발하여 지하 5층, 지상 19층 규모의 공동주택 및 업무․근린생활시설 신축사업을 추진할 계획으로, (나) 청구법인 소유 쟁점건물 부수토지 및 타법인 소유 토지 전체 대지 면적 5,872.9㎡에 대하여 감정평가법인에게 토지감정평가를 의뢰한 것으로 나타나고, (다) 해당 감정평가서 감정대상물에 대한 평가조건 기재내용에 의하면, “청구법인에서 제시한 목록과 사업계획서에 맞게 개발사업이 완료되었을 때를 전제로 하여 토지가격을 산정하는 조건부 감정평가건”이라고 기재되어 있으며, (라) 위 평가조건에 맞추어 인근지역 비교표준지의 개별공시지가를 이용한 시간가격(1)(18,861천원/㎡) 산출 시 1.05676의 시점수정을, 개발법에 의한 시산가격 산출시 개발사업 계획기간을 30개월로 보아 미래 분양수입의 현재가치에서 개발비용의 현재가치를 차감하여 시간가격(2)(19,486천원/㎡)를 산출하고 이를 종합하여 감정대상 토지의 ㎡당 평가액을 19,000천원으로 산정한 것으로 나타난다.

(2) 2006.9.18. ○○건설과의 양해각서 체결 (가) 청구법인의 2006.9.18.자 “본사 부동산 매각을 위한 양해각서(MOU) 체결의 건” 내부 기안문에 의하면,

① 경영정상화 계획에 의거 본사 일대 부동산 매각을 위한 양해각서를 체결하고자 함을 밝히고 있고,

② 그 주요내용을 아래와 같이 기술하고 있다.

․토지: ○○시 ○○구 ○○동 14번지 외 34필지(1,502.15평) ․건물: 상기 토지의 지상 건물 일체

․매매대금: 900억원(건물분 부가세 별도)

• 계약보증금: 양해각서 체결시 40억원(본계약 체결시 계약금의 일부로 전환)

• 계약금: 90억원(본계약 체결시 계약보증금 제외 50억원 입금)

• 중도금: 매매대금의 40%(본 계약시 합의)

• 잔 금: 매매대금의 50%(사업시행인가 후 명도완료 시) ․ 사업완료 후 신축빌딩 중 지상 업무시설 2,000평 우선매수청구권 부여(평당 700만원) ․ 신축빌딩에 제호 대형간판 및 현수막 설치 공간 제공 ․ 신축빌딩 외벽에 전광판 설치 ․ 신축빌딩에 최대 2,000평 범위내 임차우선권 부여

3. 양해각서 체결시기: 2006.9.18. 예정 (나) 청구법인은 위 내부기안문과 동일하게 2006.9.18. ○○건설과 양해각서 작성하고 동일자에 계약이행 보증금 40억원을 수표로 수취하였다. 【2006.9.18. 양해각서 주요내용】 청구법인(갑)은 아래 매매예정 부동산을 매도할 의사가 있고, ○○건설(을)은 동 부동산을 매수할 의사가 있는바, 당사자들은 매매예정 부동산에 대한 매매계약 본계약을 체결하기에 앞서 매각이 당사자 사이의 상호신뢰를 바탕으로 원만히 애행될 것을 확신하며 다음과 같이 합의한다. 제2조 (매매예정 부동산)

• 토지: 위 내부기안문 기재내용과 동일

• 건물: 위 내부기안문 기재내용과 동일 ※ “갑”의 소유가 아닌 토지는 잔금지급일까지 “갑”의 책임하에 “을”에게 소유권 이전이 되도록 하며, “갑”은 명도계획서를 작성하여 본 계약 전까지 “을”에게 제출하여야 한다. 제3조 (매각조건)

① “갑”은 매매예정 토지에 시행되는 ○○구 ○○2구역 도시환경정비사업 시행인가를 완료한다.

② “을”은 ○○2구역 도시환경정비구역 사업완료 후 신축빌딩 중 지상 업무시설 2,000평(계약면적기준)에 대한 우선매수청구권을 “갑”에게 부여한다. 이때 매수가격은 평당 700만원(건물분 부가세별도)으로 하고 우선매수청구권 행사시기 및 위치는 본계약시 별도로 합의하여 정한다.

③ “을”은 신축빌딩에 제호 대형간판 및 현수막을 설치할 공간을 “갑”에게 제공한다.

④ “을”은 “갑”의 요청시 신축빌딩 외벽에 전광판(16m× 8.8m)을 설치한다.

⑤ “을”은 “갑”이 필요에 따라 요구하면 신축빌딩 최대 2,000평(계약면적 기준)의 범위내에서 임차우선권을 “갑”에게 부여하며, 임차우선권 행사시기 및 위치는 본 계약시 별도로 합의하여 정한다.

⑥ 향후 신축건물 매수자가 결정될 경우 “을”은 전항의 내용을 매수자와의 계약서에 명기하여야 한다. 단, 임차조건은 “갑”과 신축건물 매수자와 합의하여 결정한다. 제4조 (대금지급조건)

① 매매대금: 900억원(건물분 부가세별도)

② 계약보증금: “을”은 양해각서 체결시 40억원을 “갑”에게 지급하며, 이는 본계약 체결시 계약금의 일부로 전환된다.

③ 계약금: “을”은 본계약 체결시 계약금 90억원(매매대금의 10%) 중 계약보증금을 제외한 50억원을 “갑”에게 지급한다.

④ 중도금: 매매대금의 40%로 하며, 본 계약시 “갑”, “을”이 협의하여 지급일자를 결정한다.

⑤ 잔금: “을”은 도시환경정비사업 시행인가 후 명도완료시 매매대금의 50%를 “갑”에게 지급한다.

(3) 2006.9.29. 쟁점건물 및 부수토지 본계약 체결 청구법인은 ○○건설과 쟁점건물 및 부수토지 매매에 관한 2006.9.18.자 양해각서 체결 후 2006.9.29. 본계약을 체결하면서 총 매매대금은 900억원으로 하고, “쟁점건물 철거 후 건물 신축예정으로 쟁점건물 거래가액에 대하여는 없는 것”으로 합의하였으며, 계약서 주요내용은 다음과 같다. 【2006.9.29. 부동산 매매계약서】 갑: 청구법인 을: ○○건설 아래 매매 부동산 표시의 매도인(갑)과 매수인(을)은 다음과 같은 조건으로 부동산 매매계약을 체결한다. 단, “을”은 향후 프로젝트금융투자회사(PFV)를 설립할 예정이며, “갑”은 PFV 설립 시 본계약에서 정한 내용을 승계하여 계약자 명의를 “을”에서 설립될 “PFV법인”으로 변경하는 데 동의한다.

□ 매매 부동산의 표시 1. 토지: ○○ ○○구 ○○동 14번지 외 34필지 4,965.8㎡(1,502.15평) 2. 건물: 위 지상 부속 건물 일체 제2조 매각조건 ① ○○ 2-1구역 도시환경정비구역내 “갑”의 소유가 아닌 토지는 잔금지급일까지 “갑”의 책임하에 “을”에게 소유권이전 및 명도되도록 한다.(관련 비용 “을”부담) ② “갑”은 매매 토지에 시행되는 ○○구 ○○ 2-1구역 도시환경정비사업 시행인가를 완료하여야 하며(중략) ③ “을”은 ○○2-1구역 도시환경정비구역 사업완료 후 신축건물 중 가칭 A동(기존 건물 신관 쪽) 상위층 업무시설 2,000평(계약면적기준)에 대한 우선매수청구권을 “갑”에게 부여한다. 단, 구체적인 위치는 기존건물 명도완료 후 3개월 이내에 “갑”과 “을”이 합의하여 결정한다. ④ 전항의 우선매수청구권은 사용검사 완료 후 30일 이내에 행사하여야 하며, 상기 권리는 제3자에게 양도하거나 담보로 제공하지 못한다. 단, “을”은 신축건물 완공 시기는 사업승인일로부터 4년 이내로 하며, 구체적인 시기는 “갑”과 “을”이 협의하여 변경할 수 있다. ⑤ “을”은 신축건물 완공 후 “갑”에게 제3항의 “갑”이 우선매수청구한 층과 연결되는 층의 업무시설 최대 2,000평(계약면적 기준)의 범위 내에서 임차우선권을 부여한다. 단, 임차우선권의 행사시기는 기존건물 명도완료 후 3개월 이내에 하여야 한다. ⑥ 향후 신축건물 매수자가 결정될 경우 “을”은 제3항 내지 제5항의 내용을 매수자와의 계약서에 명기하여야 한다. 단, 임차조건은 “갑”과 신축건물 매수자가 협의하여 결정한다. ⑦ “을”은 “갑”에게 신축빌딩에 제호 대형 간판 및 현수막을 설치할 공간을 제공한다. ⑧ “을”은 “갑”의 요청 시 신축빌딩 외벽에 뉴스전광판(16m× 8.8m)을 설치한다. 제3조(매매대금 및 지급방법) ① 매매부동산의 매매대금은 다음과 같이 지급한다. ※ 매매부동산 중 토지는 도시환경정비사업부지로서 매수자인 “을”은 매매대상 토지상의 기존 건물을 철거한 후 신축예정이므로 기존 건물에 대한 가액은 없는 것으로 한다. ※ 매매대금 총액: 건물 0원, 토지 일금 구백억원정) 제8조(기타사항) ① 향후 프로젝트금융투자회사(PFV)가 설립될 경우 “을”은 이 계약에서 정한 내용, 특히 제2조에서 정한 매각조건이 유지되도록 하여야 한다. (4) 2006.10.12. 청구외법인 설립에 따른 매수인 변경 계약 (가) ○○건설은 2006.9.29. 청구법인과 쟁점건물 및 부수토지 매매계약을 체결한 후 32.55%의 지분을 출자하여 2006.10.12. 부동산 개발 및 공급을 목적사업으로 한 청구외법인을 설립하였으며, 【청구외법인 주주 현황】

(단위: %) 주 주 명 지 분 주 주 명 지 분

○○건설(주) 32.55 00(주) 29.45 (주)00은행 5.00 기타(개인) 33.00 (나) 2006.10.12. 청구법인은 2006.9.29.자 부동산 매매계약서와 동일한 내용으로 매수인의 명의를 청구외법인으로 변경하여 매매계약서를 재작성하였다.

(5) 2006.12.21. 부동산매매가액 변경 계약 (가) 청구법인과 청구외법인은 2006.10.12.자 부동산 매매계약서상 매매대상 목적 부동산 토지(○○ ○○구 ○○동 14번지 외 34필지 4,965.8㎡) 중 타법인 소유 토지를 제외하고, (나) 순수 청구법인 소유 토지 ○○ ○○구 ○○동 14번지 외 26필지 토지 4,739.4㎡ 및 쟁점건물을 매매대상 부동산으로 하면서, (다) 그 매매가액을 정정하여 “매매대금 880억원, 건물 0원”으로 변경하여 부동산매매계약을 체결하였다.

(6) ○○시 ○○구 고시문 공고자료에 의하면, (가) 2006.8.24. 쟁점건물 부수토지 일대가 도시환경정비구역으로 최초 지정(○○시고시 제2006-292호)된 후, (나) 위 쟁점건물 및 부수토지 매매계약 내용상 청구법인의 의무와 같이 2006.12.18. 청구법인을 사업시행자로, 사업기간을 2006.12.18.부터 2010.12.17.까지로 하여 도시환경정비사업 시행인가(○○시○○구 고시 제2006.60호)를 받아, (다) 쟁점건물 및 부수토지의 소유권 이전을 원인으로 하여 2009.3.10부터 30일간의 공람기간을 거쳐 2007.4.20. 도시환경정비사업 시행자 변경인가(○○시○○구고시 제2007-15호)를 받은 것으로 나타난다. (7) 도시 및 주거환경정비법 제4조 의 3【정비구역등 해제】제1항 제3호에서는 “도시환경정비사업을 토지등소유자가 시행하는 경우로서 토지등소유자가 정비구역으로 지정․고시된 날로부터 5년이 되는 날가지 사업시행인가를 신청하지 아니한 경우” 정비구역의 지정을 해제하도록 하고 있다.

(8) 부동산 매매계약서 첨부서류 및 건축물 관리대장에 의하여 확인되는 쟁점건물의 준공시기 및 연면적은 아래와 같고, 2006.12.28. 청구법인에게 부수토지와 함께 그 소유권이 이전되어, 본관은 2007.4.1.에 그 외 건물은 2007.7.7.에 멸실된 것으로 기재되어 있다. 【쟁점건물 내역】 구 분 본 관 신 관 별 관 소 재 지

○○ ○○ ○○ 14

○○ ○○ ○○ 17-1외 25필지

○○ ○○ ○○ 17-11외 3필지 대지면적 2,126.30㎡ 2,411.09㎡ 274.41㎡ 연 면 적 18,534.76㎡ 9,347.17㎡ 465.44㎡ 875.50㎡ 건물규모 지하1층~지상13층 지하3층~ 지상8층 지상6층 주차타워 지하1층~지상4층 준공일자 1970.1.23. 1989.11.7. 1989.11.7.

(9) 국체청 전산정보자료에 의하면, 청구법인은 쟁점건물을 본사 사옥으로 사용하다가 2007.2.1. 본점소재지를 현재의 소재지로 옮긴 것으로 확인되고 쟁점건물 임대사업장 현황은 다음과 같다. 【임차 사업장 내역】 상 호 업종 개업일 폐업일 비고 서비스/광고 2000.09.29. 2008.03.31. 쟁점건물 철거일 2007.4.1. 2007.7.7. 음식/구내식당 1998.09.01. 2007.06.30. 금융/은행 1969.03.03. 2007.02.02. 서비스/광고 2006.07.24. 2007.01.31. 음식/한식 2004.03.10. 2007.03.12.

(10) 처분청 부가가치세 결정결의서 및 그 첨부서류에 의하여 확인되는 쟁점건물 공급분 과세표준 산정 내역은 다음과 같다. (단위: 백만원) 구 분 취득가액 감가누계액 장부가액 양도당시 기준시가 안분가액 합 계 43,241 5,211 38,030 52,099(100%) 88,063 토 지 26,938

• 26,938 45,246(87%) 76,478 건 물 계 16,303 5,211 11,092 6,853(13%) 11,585 ‘70.1.23.준공 3,183 ‘89.11.7.준공 3,670

4. 청구법인의 2006사업연도 장부계상 내역 및 재무제표 기재내역은 다음과 같다.

• 가) 쟁점건물 및 부수토지 양도대금 수취 및 처분손익 인식 현황 (단위: 백만원) 일자 차 변 대 변 비 고 계정과목 금액 계정과목 금액 2006.9.18. 제예금 4,000 선수금 4,000 계약이행보증금 2006.10.13. 제예금 5,000 선수금 5,000 계 약 금 2006.12.21. 제예금 36,000 선수금 36,000 중 도 금 2006.12.28. 제예금 44,593 선수금 44,593 잔 금 2006.12.28. 선수금 88,063 토지 26,938 처분손익 인식 감가상각누계액 2,730 건물 16,302 감가상각누계액 2,405 유형자산처분이익 50,033 감가상각누계액 55 감가상각누계액 19 나) 청구법인의 2006사업연도 감사보고서에 첨부된 2006.1.1.부터 2006.12.31.까지의 현금흐름표상 투자활동으로 인한 현금흐름 기재내역을 보면 토지의 처분으로 인한 현금 유입액 620억원, 건물의 처분으로 인한 현금 유입액 317억원, 합계 937억원의 현금유입이 있었음을 공시하였고,
• 다) 청구법인은 2006.12.28. 쟁점건물 및 부수토지 소유권 이전 후에도 2007.1월 및 2월 쟁점건물 임대료수입이 발생하여 이를 장부에 계상한 사실이 계정별 원장을 통해 확인된다.
• 라) 또한, 2007.1.15.자 재산종합 보험배서신청서 및 금융거래증빙에 의하면, 청구법인은 2006.12.28. 쟁점건물 및 부수토지의 소유권을 이전한 후, 쟁점건물을 피보험물로 한 보험을 해지하여 잔여 보험계약기간(2007.1.1.∼2007.8.1)에 대한 보험금 5백만원을 2007.3.22. 환급받은 것으로 나타난다.

5. 청구외법인의 재무제표 및 감사보고서에 의하면,

• 가) 2006.12.31. 현재 재고자산(건설용지) 계정 잔액은 918억원으로서 이중 건물철거비용으로 ○○건설(주)에게 지급한 24억원이 포함되어 있다고 되어 있고,
• 나) 2010.7.28. 신축건물 및 그 부수토지를 매각하기로 매매계약(매매대금 2,838억원)을 체결한 후 2011.2.14. 소유권 이전거래를 종료하였다고 기재되어 있다.

6. 이 건 심사청구와 관련하여 청구외법인은 아래와 같은 서류를 제시하였다.

• 가) 청구외법인의 건물 신축에 관한 2007.1.23.자 공사도급계약서에 의하면,

(1) 시공자는 청구외 ○○건설주식회사로서,

(2) 명도완료예정일 2007.2.10.부터 철거기간 4개월을 포함하여 총 36개월을 공사기간으로 하여,

(3) 공급가액 75,532백만원에 공사도급계약을 체결한 것으로 나타난다.

• 나) ○○지방노동청장의 석면해체 제거작업 허가증 교부서류에 의하면, 쟁점건물 철거작업을 위하여 2007.4.10. 청구외 00기초건설(주)가 석면해체 및 제거작업의 허가신청을 하여 2007.5.18. 동 작업허가가 완료된 것으로 되어있다.
• 다) 청구외법인의 2007사업연도 손익계산서에 의하면 370백만원의 임대료수입이 발생한 것으로 나타나고, 이에 대하여 청구외법인이 제시한 계정별원장 거래내역 및 2006.12.28. 임대차계약서에 의하면,

(1) 청구법인은 쟁점건물 및 그 부수토지를 2006.12.28. 청구외법인에게 양도하면서 동 건물 및 부수토지를 2007.1.1.부터 2007.2.3.까지를 보증금 100백만원, 임차료 370백만원(VAT제외)에 임차하는 계약을 체결하기로 하고,

(2) 2007.2.3. 동 건물의 명도를 확약하였으며,

(3) 청구외법인은 2006.12.28. 임대차 계약 시 임대보증금과 임대료 및 부가가치세 합계 507백만원을 수취하여 선수금으로 계상한 뒤 307백만원은 2007.1.1.수입임대료 계정으로 대체하였으며, 보증금 100백만원은 2011.10.19. 선수금 반제처리 한 것으로 확인된다.

• 라) 청구외법인이 제시한 기타서류에 의하여 청구외법인이 2008.3.31. 건물 착공신고필증을 받아 공사를 개시하여 2010.12.10 신축건물 사용승인을 받은 것으로 나타나며, 2007년 8월 중에 촬영하였다는 사진에 의하면 2007년 8월 중 건물의 철거는 완료되지 아니하였으나 건물 철거를 위한 가설재가 건물 외벽에 설치되어 있다.

7. 청구법인 및 조사청 모두 쟁점건물 및 부수토지 매매계약과 관련하여 청구법인이 청구외법인의 신축건물에 대한 우선매수청구권 행사 및 권리 포기와 관련한 객관적 증거서류는 제시하지 못하고 있고, 조사청은 쟁점건물 및 부수토지 매매계약서상 거래가액 900억원(건물 거래가액 “0원”)은 토지와 건물의 구분이 불분명하다는 언론보도자료를 제시하고 있는바 그 내용은 다음과 같다. 【자료출처】 【보도내용】 『00은 7일 보도자료를 내고 “최근 이사회와 그룹 사장단 회의를 열어 올해 입주 예정인 ○○동 사옥 입주를 보류하고, 2014년 완공예정인 00 내 사옥에 그룹계열사 전체가 입주하기로 의결했다”고 밝혔다. (중략) 00은 옛 사옥 터에 들어선 오피스빌딩의 상층부 2천평을 140억원, 평당 7백만원에 사들일 수 있는 우선매수청구권을 갖고 있다. 이 오피스빌딩은 지난해 7월 ○○건설이 워크아웃에 따른 자산구조조정의 일환으로 독일계 부동산 펀드인 00투자금융에 2,839억원(평당 1,680만원) 가량에 팔았다. 한국이 권리를 행사해 입주할 경우 당장 차액만 190억원을 상회한다. 문제는 해당 건물이 준공 승인된 지난해 11월 말로 거슬로 올라간다. 00은 준공일로부터 한 달 이내에 우선매수청구권을 행사해야 함에 따라 지난해 12월 15일 ○○건설 측에 권리를 행사하겠다는 내용 증명을 보냈다. 이에 ○○은 12월 30일까지 매수대금 140억원을 내라고 통보했으며 00은 이 대금을 내지 않은 것으로 전해졌다. (중략) 청구법인 관계자는 “2006년 ○○과 계약할 당시 우선매수청구권 대금에 대한 상환 기간 등 세부적인 내용은 상호 협의해 결정하기로 계약했다”며 “○○ 측이 일방적으로 대금 상환을 통보한 터라 우선매수청구권은 여전히 유효하다”고 말했다. 이와 관련, ○○건설 관계자는 “계약사항이라 코멘트할 부분이 없다”며 답변을 유보했다. 청구법인은 현재 ○○ 측에 우선매수청구권에 상응하는 보상을 요구하며 협상을 진행 중인 것으로 알려졌다. 청구법인은 일단 최근 이사회와 그룹 사장단이 결정했듯 ○○동 사옥 입주를 보류하고 우선매수청구권에 따른 보상금을 00 사옥에 투입하겠다는 방침인 것으로 보인다. 00 내 건립되는 청구법인 사옥은 1천평 부지에 지하 5층, 지상15층, 연면적 12,062평 규모로 지어진다. 이 건물을 짓는 데는 총 200억원이 소요될 것으로 보고 있다.

• 라. 판단 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 경우 그 건물의 공급가액은 실지거래가액에 의하는 것이나, 사업자가 실지거래가액으로 신고한 토지의 가액과 건물의 가액의 구분이 건물의 규모와 형태, 제3자간에 일반적으로 거래된 가격 등 사회통념에 비추어 합당하다고 인정되지 아니하는 경우에는 불분명한 경우로 보아 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제4항 단서에 따라 건물의 과세표준을 계산하는 것으로, 청구법인이 도시환경정비사업구역내에 소재한 쟁점건물과 그 부수토지를 일괄공급함에 있어 건물의 공급가액을 ‘0’원으로 약정한 데 대하여 처분청이 이를 부인하고 위 법 단서조항에 따라 건물의 과세표준을 재계산하여 이 건 부가가치세를 부과한 처분이 정당한지 살펴보면, 청구법인은 쟁점건물 및 부수토지 매각 전 쟁점건물을 철거하고 부지개발 사업에 대한 검토를 하고 있었고, 청구외법인 또한 쟁점건물을 인수하여 철거한 후 신축건물 분양을 목적으로 설립되어 청구법인 및 청구외법인 모두 쟁점건물의 철거를 예정하고 매매계약을 체결한 점, 쟁점건물은 도시환경정비사업구역내에 소재하고 있고, 쟁점건물 양도 직전 도시환경정비사업 시행인가를 받아 5년 이내에 사업을 개시하지 아니하면 사업시행인가가 취소되는 점으로 보아 경제적 잔존내용연수가 상당하다고 보기 어렵고 4개동 중 2개동은 내용연수가 36년 이상 경과되어 노후화가 진척된 건물인 점, 쟁점건물의 소유권을 이전받은 청구외법인은 매매가액 전액을 건설용지 계정으로 계상하고, 실제 이를 철거하고 건물을 신축한 점, 쟁점건물 매각 전 외부감정평가법인의 시산가격을 시점수정 전 가액으로 환산(18,861천원/㎡÷1.05676)하여 2006.10.12. 쟁점건물 및 부수토지 매매계약서상 토지가액을 산정하면 886억원으로 매매계약서상 토지 거래가액 900억원과 유사하여 매매계약서상 거래가액은 토지거래가액으로만 구성된 것으로 볼 수 있는 점으로 보아 청구법인이 쟁점건물 및 그 부수토지를 일괄 공급하면서 건물의 공급가액을 ‘0’원으로 구분 기재한 것은 경제적 합리성을 결여한 행위라거나, 조세부담의 회피를 위하여 거래당사자간 합의에 의하여 의도한 행위라고 보기 어렵다. 따라서, 처분청이 청구법인의 쟁점건물 및 그 부수토지의 일괄 매매계약서상 토지와 건물의 구분 거래가액이 불분명한 것으로 보아 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제4항 단서 규정에 따라 건물의 과세표준을 재산정하여 이 건 부과처분에 이르게 된 것은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.