보증금을 취득잔금과 상계하고 계속 임대하였으므로 사업의 포괄적양수에 해당함.

청구법인은 ○○남도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○-○번지에서 2000.6.19.부터 현재까지 통신기기 매매업을 영위하는 법인으로 2009.10.13. 청구외 박○○(이하 “양도인”이라 한다)으로부터 ○○남도 ○○시 ○○구 □□동 △△-△번지 △△△△타운 1층 106호 건물 84.36㎡, 토지 22.11㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득하고, 양도인이 교부한 건물분 공급가액 720백만원에 대한 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)에 상당하는 매입세액 72백만원을 2009년 2기 과세기간 부가가치세 신고 시 고정자산 매입에 따른 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하였다. 처분청은 청구법인의 쟁점부동산 취득은 사업의 포괄적 양도양수에 해당하여 쟁점세금계산서 관련 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없는 것으로 보아 2010.11.11. 청구법인에게 2009년 제2기 과세기간분 부가가치세 85,216,800원을 부과처분하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.2.10. 이의신청을 거쳐 2011.5.25. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인은 쟁점부동산을 부동산임대업을 목적으로 취득한 사실이 없다. 청구법인은 2000년경부터 통신기기 매매업을 영위하면서 상권이 크고 번화가에 위치한 쟁점부동산을 취득하여 사업의 확장 및 이전을 목적으로 쟁점부동산을 취득하였을 뿐 부동산임대업을 목적으로 쟁점부동산을 취득한 것이 아니다.
• 나. 쟁점부동산의 임대는 청구법인의 의사와 무관하다. 청구법인의 쟁점부동산 취득 당시 양도인과 청구외 배○○(이하 “임차인”이라 한다) 사이에 쟁점부동산 임대차 계약이 진행 중에 있어 쟁점부동산 취득 후 임차인에게 쟁점부동산의 인도를 요구하여 그 영업사정을 감안하여 2010.4월 까지 쟁점부동산을 인도하기로 하였음에도 차일피일 미뤄 현재까지 쟁점부동산을 점유하고 있을 뿐 청구법인이 쟁점부동산을 임대할 의사를 가진 것은 아니다.
• 다. 청구법인은 쟁점부동산의 취득과 관련하여 권리와 의무를 포괄적으로 승계하지 아니하였다. 청구법인이 쟁점부동산 취득 당시 양도인이 임차인에게 반환하여야 할 임대보증금을 청구법인이 양도인에게 지급해야할 취득대금 잔금의 일부와 상계하였다고 하나 이는 임대차계약이 존속중인 부동산의 매매에 있어서의 관행이라 할 것이고, 청구법인이 쟁점부동산을 담보로 하여 설정된 근저당권을 해제할 것을 조건으로 하여 쟁점부동산을 취득하였다는 것은 청구법인이 쟁점부동산의 임대와 관련한 권리와 의무를 포괄적으로 승계하지 아니하였음을 입증한다 할 것이므로 처분청이 쟁점부동산의 매매를 사업의 포괄적 양도양수로 보아 쟁점매입세금계산서 관련 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

• 가. 쟁점부동산의 취득과 관련하여 임대인의 권리와 의무를 승계하였다. 청구법인은 쟁점부동산 취득 시 양도인과 임차인 사이의 쟁점부동산 임대차 관계의 해소를 약정으로 함이 없이 임대보증금 등 150백만원 일체를 청구법인이 부담하기로 하면서 청구법인의 재량에 따라 기존 임차인과 새로이 계약을 체결하도록 약정한 사실이 해당 부동산매매계약서에 의하여 확인되므로 청구법인은 쟁점부동산의 임대와 관련한 채권과 채무를 승계하였다고 할 것이다.
• 나. 사업의 동일성이 유지되었다. 청구법인의 제세 신고서에서 확인되는 바와 같이 청구법인은 부동산 임대업에 공한 쟁점부동산을 취득한 후 계속적으로 쟁점부동산을 임차인에게 임대하였으므로 이는 사업의 양도인과 양수인 사이에 사업의 동일성이 유지되었다 할 것이므로 쟁점매입세금계산서 관련 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없는 것으로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인의 쟁점부동산 양수가 재화의 공급에 해당하지 아니하는 사업의 양도양수에 해당하는지 여부를 살피는 데 있다.
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다. (중략)

⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령이 정하는 것 2) 부가가치세법 시행령 제17조 【담보제공ㆍ사업양도 및 조세의 물납】

② 법 제6조 제6항 제2호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 사업장별(상법에 의하여 분할 또는 분할합병하는 경우에는 동일한 사업장 안에서 사업부문별로 양도하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(법인세법제46조 제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우와 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 해당 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

3. 당해 사업과 직접 관련이 없는 토지ㆍ건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령이 정하는 것 (이하생략)

• 다. 사실관계

1. 쟁점부동산 건축물 (총괄)관리대장 및 부동산등기부등본에 의하면,

• 가) 쟁점부동산이 소재한 지하 2층, 지상 10층의 제2종 근린생활시설 ‘△△△△타운’은 청구외 △△건설(주)가 2001.9.18. 건축허가를 받아 27개호를 2002.9.9. 신축하여,
• 나) 쟁점부동산 양도인 명의로 2002.9.17. 보존등기 된 후, 2009.9.14.자 매매를 원인으로 2009.10.13. 청구법인에게 그 소유권이 이전되었으며,
• 다) 쟁점부동산 양수 전인 2006.11.15.자 근저당권(채권최고액 360백만원, 채무자 청구외 주식회사□□) 설정등기는 청구법인의 쟁점부동산 소유권 이전 등기일인 2009.10.13.에 말소되었으나, 2009.3.17.자 전세권 설정 등기는 심리일 현재까지 말소되지 아니한 것으로 나타난다.

2. 국세청 전산정보자료에 의하면,

• 가) 쟁점부동산 양도인은 2001.10.9. 쟁점부동산이 소재한 ○○남도 ○○시 ○○구 □□동 △△-△번지(구획정리 전 16BL)를 사업장 소재지로, 상호를 ‘△△△빌딩’으로 하여 부동산 분양 및 임대업에 대하여 사업자등록 후
• 나) 2002.10.23. 상호를 ‘□□△△△△타운’으로, 사업장소재지를 쟁점부동산 및 동소 105호(건물 27.36㎡)로 하여 사업자등록 정정신고를 하였으며,
• 다) 쟁점부동산은 2002.9.9. 신축된 후 2002.9.30.부터 아래와 같이 임대된 것으로 나타난다. 사업장 소재지 상호 개업일 폐업일 쟁 점 부 동 산

○○○ 2002.9.30. 2004.10.11. △△△△타운 105호, 106호(쟁점부동산)

○○○ 2005.3.22. 2007.3.5. 쟁 점 부 동 산

○○○ 2007.3.22. 2009.3.31. 쟁 점 부 동 산

○○○ 2009.3.30.

• 라) 양도인은 2009년 제1기 부가가치세 과세기간까지 쟁점부동산 임대에 대하여 부가가치세 신고를 하였으며,

• 마) 2009.10.13. 쟁점부동산을 청구법인에게 1,000백만원에, 동소 □□△△△△타운 105호를 2009.11.23.를 청구외 문○○에게 197백만원에 양도하고, 청구법인에게 쟁점부동산 양도 시 교부한 쟁점세금계산서 관련 부가가치세에 대하여는 신고납부한 사실이 없다.
• 바) 청구법인은 2009년 2기 과세기간분 부가가치세 신고 시 쟁점부동산의 양수와 관련하여 양도인이 2009.9.14. 교부한 공급가액 720백만원의 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 신고하고, 2010년 2기 과세기간분 부가가치세 신고 시 까지 쟁점부동산을 보증금 70백만원, 월 임대료 3백만원에 임대하였다고 하여 부가가치세를 신고납부한 것으로 나타나며, 2009.10.28. 부동산임대업을 부업종으로 추가하여 사업자등록정정신고를 한 것으로 확인된다.

3. 청구법인과 양도인을 거래당사자로 한 2009.9.14.자 부동산매매계약서 기재내용을 보면,

• 가) 매매대금은 1,000백만원으로, 잔금 지급예정일은 2009.10.13.로 하면서,
• 나) 특약사항으로서 “잔금 중 칠억오천만원을 현실로 지급하고, 전세입자에 대한 부담분(전세보증금, 명도, 원상회복 등 일체의 부담)을 일억오천만원으로 평가하여 잔금지급에서 공제하되, 전세입자와 새로이 계약을 체결하는 문제는 전적으로 매수인의 재량으로 하기로 한다.”라고 기재되어 있고,

4. 쟁점부동산 매매계약 시 임대계약기간 만료 전으로 유효한 양도인과 임차인 사이의 2009.3.7.자 부동산 임대계약서 기재내용을 보면,

• 가) 보증금은 70백만원으로, 월 임대료는 3백만원으로 하고,
• 나) 임대기간은 2009.3.11.부터 2012.3.10.까지 36개월로 하며,
• 다) 임차인은 임대인에게 시설비 및 권리금 일체를 요구할 수 없으며, 전세권 설정 시 임대인은 동의한다고 되어 있다.

5. 양도인과 임차인 사이의 2009.3.7. 부동산 임대계약에 근거하여 임차인은 쟁점부동산에 전세권을 2009.3.17. 설정하였으며, 청구법인인의 쟁점부동산 양수 후에도 동 전세권 등기는 말소되지 아니한 사실이 쟁점부동산 등기부등본을 통해 나타난다.

6. 청구법인이 이 건 심사청구 시 제시한 서류를 살펴보면 다음과 같다. 가) 양도인은 쟁점부동산의 양도와 관련하여 2009.9.14. 건물분 공급에 대하여 공급가액 720백만원의 쟁점세금계산서를, 토지분 공급에 대하여 공급가액을 200백만원으로 하여 계산서를 청구법인에게 교부하였음이 세금계산서 사본 등을 통해 확인된다.

• 나) 청구법인은 쟁점부동산을 취득한 후 임차인에게 쟁점부동산의 점유를 청구법인에게 이전할 것을 요구하였으나 임차인이 차일피일 미뤄 현재까지 쟁점부동산을 점유․사용하였음을 주장하며 그에 대한 증거서류로서 제출한 임차인의 각서 기재내용은 다음과 같다.

(1) 2009.10.7.자 임차인의 각서에 의하면, 임차인은 2010.4.30.까지 쟁점부동산의 점유를 청구법인에게 이전하는 것으로,

(2) 2010.5.7.자 임차인의 각서에 의하면, 임차인은 2011.4.30.까지 쟁점부동산의 점유를 청구법인에게 이전하는 것으로 기재되어 있다.

• 라. 판단 부가가치세법 제6조 제6항 및 같은 법 시행령 제17조 제2항에서 정한 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도라 함은 사업용 재산을 비롯한 물적․인적시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것(대법원2004두8422, 2006.4.28.선고. 같은 뜻)을 말하는 것으로, 부동산매매업을 영위하는 자가 건물을 신축한 후 일시적으로 임대하여 오다가 이를 양도한 것에 불과하다면 이는 부동산매매업자로서의 사업활동에 해당하는 것으로 보아 그 재화의 양수인이 해당 재화를 부동산임대업에 공하였다고 하더라도 위 법 소정의 사업의 양도에 해당하지 아니한다고 봄이 타당하다 할 것(대법원93누524, 1993.4.27.선고. 같은 뜻)이므로, 청구법인의 쟁점부동산 양수행위가 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도․양수에 해당하는지 여부에 대하여 살펴보면, 쟁점부동산 양도인은 2001.10.9. 쟁점부동산을 포함한 지하2층, 지상 10층 규모의 근린생활 시설 및 위락․숙박시설에 대하여 부동산매매업 및 임대업 사업자등록 후, 매매된 상가 호를 제외하고 쟁점부동산 외 1개호의 상가만을 사업장으로 하여 2002.10.23. 사업자등록정정신고 후 쟁점부동산을 청구법인에게 양도하기까지 약 7년 동안 부동산임대업자로서 부가가치세 등을 신고납부하고, 쟁점부동산 양도와 관련하여 교부한 세금계산서에 대하여는 관련 부가가치세를 신고납부하지 아니한 점으로 보아 양도인은 사실상 부동산매매업 폐업 후 부동산임대업만을 영위한 것으로 보이고, 청구법인은 쟁점부동산 취득 시 양도인이 제3자에게 쟁점부동산을 임대하고 있는 사실을 알고 양도인이 쟁점부동산에 관한 임대차계약 종료 시 임차인에게 반환할 임대보증금과 청구법인이 양도인에게 지급해야할 부동산 양수대금의 잔금을 상계한 점으로 보아 사실상 양도인의 임대보증금을 승계한 것으로 봄이 타당하며, 쟁점부동산 양수 후 청구법인은 2009.10.28. 부동산임대업을 법인의 부업종으로 등록한 후 이 건 부가가치세 부과처분 시까지 계속하여 쟁점부동산을 임대하면서 쟁점부동산 임대에 따른 부가가치세를 신고납부한 점으로 보아 쟁점부동산의 양도인과 양수인인 청구법인간에 쟁점부동산 임대업에 대한 사업의 동일성이 유지되었다 할 것이므로, 청구법인의 쟁점부동산 양수행위는 부가가치세법 제6조 제6항 및 같은 법 시행령 제17조 제2항에서 정한 재화의 공급에 해당하지 아니하는 사업의 양도에 해당한다고 판단된다. 따라서, 처분청이 청구법인이 쟁점부동산 양수와 관련하여 양도인으로부터 수취한 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없는 것으로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다하겠다.

이 건 심사청구는 청구주장에 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.