없무와 관련있는 매입세액으로 공제대상에 해당

북광주세무서장이 2011.

3.

22. 청구법인에게 한 2010년 제2기분 부가가치세 9,751,200원의 환급처분은, 2010년 제2기 중에 진원건설주식회사로부터 발급받은 매입세금계산서의 매입세액 9,500,000원을 매출세액에서 공제하여 이를 경정합니다.

청구법인은 J남 DD군 WW면 GG리 336번지 외4필지(이하 “쟁점사업장”이라 한다)에서 청국장제조업을 영위하는 영농조합법인으로서, 2010년 제2기 확정 부가가치세 신고시 기계장치구입(공급가액 234,872천원)와 공장보수공사(공급가액 95,000천원, “이하 ”쟁점공사“라 한다) 관련 매입세액을 매출세액에서 공제받는 매입세액으로 하여 환급신고하였다. 처분청은 청구법인에 대한 환급현지확인 결과, 쟁점사업장은 청구법인의 대표자 LH근(이하 “건물주”라고 한다) 개인소유로서, 쟁점공사는 개인건물에 대한 시설투자로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 2011.

2.

22. 2010년 제2기 확정 부가가치세 환급신청액 20,201,200원 중 9,751,200원만 환급하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.

5.

청구법인은 청국장이라는 식품을 제조하는 법인으로서, 쟁점공사는 식품위생법 등에 의한 청결유지와 시설기준을 준수해야 하고, 기계장치를 설치하기 위한 사업장 내부에 세척실, 대두증자실, 발효실, 제품혼합실을 구분하는 판넬공사, 창호잡철공사, 설비공사, 타일바닥공사 등을 청구법인의 사업을 위하여 청구법인이 주체가 되어 실시한 보수공사임에도 처분청이 건물주 개인이 시설투자한 것으로 본 것은 부당하다. 아울러, 대금지급과 관련하여 영세한 법인의 경우 대표자 개인자금을 차입하는 경우가 많은 것인바, 쟁점공사대금도 청구법인의 예금계좌에서 결제된 것은 가수금계정에, 대표자가 결제한 금액은 단기차입금계정에 부채로 계상하였으며, 쟁점공사비를 장부상 건물(시설투자)로 계상하여 감가상각을 통하여 비용처리하는 등 모든 시설의 사용에 대한 책임을 청구법인이 지고 있음에도 처분청이 쟁점공사를 건물주 개인의 공사로 보아 관련 매입세액을 불공한 처분은 부당하다.

쟁점사업장은 청구법인의 대표자 개인소유 건물로서, 기존판넬 철거, 바닥철거후 타일공사, 레미콘사용 등은 개인소유 건물 자체의 재산적 가치를 증가시키는 공사에 해당하고, 6차례의 대금지급도 건물주 개인통장에서 주로 지급되었으며, 청구법인이 쟁점공사비를 건물계정에 계상한 것은 개인소유의 건물에서 분리하여 또다른 건물계정을 계상한 것으로서 회계상모순이라 할 것이므로 쟁점공사 관련 매입세액을 사업과 직접 관련없는 지출에 대한 매입세액으로 보아 불공제한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 처분청이 쟁점공사 관련 매입세액을 불공제한 처분이 정당한지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련 법령 1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

3. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액 2) 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할 세무서장, 사업장 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 "사업장 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고한 내용에 오류 또는 탈루(탈루)가 있는 경우

3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(포탈)할 우려가 있는 경우

• 다. 사실관계

1. 쟁점사업장은 J남 DD군 WW면 GG리 336번지 외4필지에 소재한 일반철골구조의 조립식공장 및 창고건물(토지 1,300㎡ 건물 528㎡)로서, 청구법인과 건물주가 체결한 임대차계약서에 의하면, 2010.

1. 10.부터 2020.

12. 31.까지 20년간 임대기간동안 임대료를 20백만원 지급하는 것으로 기재되어 있고, 청국장제조 및 기타 이용시설(공장)으로만 사용하는 조건으로 체결된 사실이 임대차계약서, 등기부등본, 건축물관리대장에 의하여 확인된다. 2) 청구법인은 5명의 조합원(대표자 LH근 60%, 나머지 4명 각 10% 출자)이 설립한 법인으로서, 부 가가치세 과세대상인 청국장을 제조판매하고, 주요매출처는 식료품도매업체들이며, 과세기간별 부가가치세 신고상황은 다음과 같다. (단위: 천원) 과세기간 매출금액 매입금액 납부세액 2008년 제1기 86,794 6,318 6,690 2008년 제2기 156,856 38,907 9,326 2009년 제1기 128,772 12,285 9,638 2009년 제2기 163,179 31,331 10,560 2010년 제1기 149,976 19,370 11,331 2010년 제2기 229,679 388,120 △15,844

3. 쟁점공사 관련 『민간건설공사 표준도급계약서』에 의하면, 도급인은 청구법인으로, 수급인은 청구외 JW건설주식회사로 표기되어 있고, 공사계약금액은 104,500천원(부가가치세 포함)이며, 공사기간은 2010.

8. 16.～2010.

9. 30.로 기재되어 있다. 청구법인은 쟁점공사 금액을 자산(건물)으로 계상한 후 감가상각을 통하여 비용처리한 사실이 법인세신고서 및 관련 장부 등에 의하여 확인된다. 아울러, 쟁점공사 관련 견적서에 의하면, 공사현장명이 『JHH 영농조합법인 공장 보수공사』로 표기되어 있고, 견적금액은 공사금액과 이윤을 포함하여 95백만원(부가가치세 별도)으로 기재되어 있으며, 공사별로 세부공사내역은 다음과 같다. (단위: 천원) 공사 항목 (견적가액) 세부 공사내용 판넬공사 (46,866) 칸막이 판넬설치공사 재료비(29,370), 노무비(11,038), 경비(6,458) 창호잡철공사 (14,221) 판넬도어, C-채널공사 등 재료비(7,777), 노무비(4,482), 경비(1,961) 설비공사 (5,445) 바닥컷팅 및 철거, 봉수장치공사 등 재료비(2,385), 노무비(3,060) 기타공사 (21,592) 판넬과 바닥철거, 타일공사, 바닥방수공사 등 재료비(10,122), 노무비(6,201), 경비(5,268)

4. 쟁점공사 관련 대금은 다음과 같이 예금계좌에서 바로 송금하는 방식으로 지급한 사실이 은행예금거래내역서에 의하여 확인되며, 청구법인은 청구법인의 예금계좌에서 결제된 것은 가수금계정에, 대표자가 결제한 금액은 단기차입금계정에 부채로 계상하였다가 사업연도말에 가수금반제 처리하여 잔액이 없는 사실이 청구법인이 제시한 분개장 및 계정별원장에 의하여 확인된다. 지급일자 예금계좌(명의자) 송금액(천원) 수취자

14. 601-5-03*7(LH근) 20,900 JW건설㈜

3. 601-5-03*7(LH근) 20,000 JW건설㈜

8. 601-5-02*9(청구법인) 21,800 JW건설㈜

20. 601-5-02*9(청구법인) 10,000 JW건설㈜

15. 601-5-03*7(LH근) 10,000 JW건설㈜

26. 601-5-03*7(LH근) 21,800 JW건설㈜ 합 계 104,500

• 라. 판 단 처분청은 쟁점공사가 개인소유 건물 자체의 재산적 가치를 증가시키는 공사에 해당하고, 대금지급도 건물주 개인통장에서 주로 지급되는 등 청구법인의 사업과 직접 관련없는 지출에 대한 매입세액이라고 주장하나, 사업자가 임차한 건물을 사업목적에 적합하도록 개수하면서 임차기간 종료후에 원상회복조건으로 설치하는 실내인테리어․내장공사물품 등의 자산은 기타의 감가상각자산에 해당되고(서삼46015-10418, 2003.3.13.), 그 자산을 임차인의 자산으로 계상하여 감가상각을 통하여 비용처리하는 것인바, 위 사실관계와 같이 쟁점공사의 경우 청구법인의 사업목적에 적합하도록 청구법인이 주체가 되어 시행한 것이고, 주요공사인 칸막이를 판넬로 설치하는 등 임차기간이 종료후 원상회복이 가능한 시설들이며, 청구법인이 자산으로 계상하여 감가상각을 통하여 비용처리하고 있는 점 등에 비추어 쟁점공사를 청구법인의 업무와 관련없는 공사로 보기는 어렵다 할 것이다. 아울러, 처분청은 쟁점공사의 대금지급 과정에서 일부 금액을 대표자에게 차입하여 지급한 것을 건물주 개인이 시설투자한 것으로 보았으나, 자금사정이 어려운 영세법인의 경우 대표자로부터 차입하는 경우가 많은 점, 대표자가 나머지 조합원을 위하여 개인재산을 지출할 이유가 없는 점, 청구법인이 차입금 등으로 장부에 계상하여 법인세를 신고한 점 등에 비추어 처분청의 주장은 신빙성이 없다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점공사를 청구법인의 업무와 관련없는 지출로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분은 잘못되었다고 판단된다.

이건 심사청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.