초과환급신고가산세를 면제할 정당한 사유가 없으므로 당초처분 정당함

청구법인은 20××.8.1.부터 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 3××번지에서 식육포장 제조업을 운영하고 있는 사업자로서, 청구법인이 개업하기 이전에 동 소재지에서 동일업종으로 사업을 영위하였던 ㈜□□□□시스템(이하 “ 청구외법인 ”이라 한다)으로부터 기계장치 등 유형자산을 매입하고 그에 따른 매입세금계산서 총 ×매 ×××,×××천원(공급가액, 이하 “ 쟁점매입액 ”이라 한다)를 수취한 후 20××.10.25. 2010년 제2기 부가가치세 예정신고시 쟁점매입액을 시설투자에 따른 고정자산 매입분으로 매입세액 공제하여 조기환급 신고하였다. 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 환급 현지확인을 실시하여 청구법인이 과․면세 겸업 사업자로서 청구외법인으로부터 매입한 기계장치 중 면세사업에 해당하는 매입세액 전액과 과세․면세 사업에 공통되는 매입액에 해당되는 부분에 대한 공통매입세액을 계산하여 매입세액 불공제하고, 초과환급가산세 ×,×××,×××원을 가산하여 20××.12.2. 20××년 제2기 부가가치세 ×××,×××원을 경정․결정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 20××.5.3. 이 건 심사청구를 제기하였다.

세법에서 정한 청구법인이 고정자산 취득 및 면세와 과세의 구분에 따른 안분계산 내역에 대한 과세처분 결정은 사실관계에 의한 실질과세로 이해하더라도

1. 청구법인은 20××.7.22. 청구외법인으로부터 기계장치 등을 양수하여 그 고정자산에 대하여 20××.8.25. 월별 조기환급신청을 하였으나 처분청에서는 “포괄적 양도양수인지 여부와 결재일과 계약서 내용이 불분명하다는 사유로 전자신고한 조기환급신고 자료를 삭제요청하며 20××년 제2기 예정신고때 실적과 함께 신고하는 것이 좋겠다”라는 의견을 제시하여 청구법인은 그것을 수용하고 20××.9.2. 전자신고자료 삭제요청서를 제출하고 20××년 제2기 예정신고시 고정자산 취득으로 인한 조기환급 부가가치세 신고를 하였다. 따라서 청구법인은 신고내용대로 환급될 것이라고 기대하고 있었으나 처분청은 앞서 청구외법인의 기계장치가 면세에 사용되는 기계임을 알았음에도 불구하고 납세자인 청구법인에게 그 사실을 인지시키지 않고 단순히 계약서 내용이 불분명하다고만 설명하고 차후에 신고하라고 했던 것은 잘못된 처사로 여겨지고 또한 차후에 실지조사를 통하여 결과를 납세자에게 책임을 물어 가산세 부과처분 하는 것은 부당하다. 2) 부가가치세법 제24조 제1항 및 제2항에 의하면 청구법인의 부가가치세 환급은 고정자산 취득으로 인한 조기환급으로, 신고기한 후 15일 내인 20××.11.10.까지 환급조치 되었어야 한다. 그럼에도 불구하고 20××.11.11.에 실지조사하여 신고내용이 잘못되었다고 국세기본법 제47조 의 4(초과환급가산세) 가산세 부과처분하는 것은 부당하다. 실지조사를 할 것이면 먼저 20××.11.10. 이전에 부과처분 결정했어야 하고 또한 그 결과에 대해서도 납세자가 이해할 수 있도록 하여야 할 것이다.

3. 실지조사하여 부가가치세 신고내용이 세법에서 정한 신고와 달라 정정하여야 된다는 것을 알았을 지라도 앞서 월별 조기환급신고에서 담당자가 다시 신고하라는 것처럼 정정하고 가산세를 부과처분 하지 않았을 수도 있었을텐데 가산세 부과처분 한다는 것은 이해되지 않는다.

청구법인은 청구외법인으로부터 매입한 쟁점기계장치는 면세매출 제조 관련시설로 전액 매입세액 불공제한 것은 매입처가 양도시점에서 과․면세 겸업법인으로 전환한 상태였다고 하더라도 달라질 것이 없으며 초과환급신고 가산세는 세법에 따라 신고납부할 세액을 사업자가 환급받을 세액으로 신고하거나 신고한 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 세액을 초과하는 경우에 가산세를 부과하는 것으로 사업자가 환급신고하였으나 납부할 세액이 있는 경우에는 납부할 세액을 과소신고한 것으로 보아 과소신고가산세 규정을 적용하는 것으로 청구법인에게 초과환급신고 가산세를 부과한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 초과환급신고 가산세 부과의 적정여부.
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① (생 략)

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. ～ 5. (생 략)

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액(이하 생략) 2) 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장․사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자 가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정 신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있을 때 3) 부가가치세법 제24조 【환급】

① 사업장 관할 세무서장은 각 과세기간별로 그 과세기간에 대한 환급세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업자에게 환급하여야 한다.

② 사업장 관할 세무서장은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급세액을 사업자에게 환급할 수 있다.

1. 제11조의 영세율을 적용하는 경우

2. 사업 설비를 신설ㆍ취득ㆍ확장 또는 증축하는 경우 4) 부가가치세법 시행령 제68조 【결정․경정사유의 범위】

① 삭제

② 법 제21조 제1항 제4호에 규정하는 사유가 있는 경우에는 다음 각 호에 게기하는 것으로 한다.

2. 사업장의 이동이 빈번하다고 인정되는 지역에 사업장이 있는 때

3. 휴업 또는 폐업상태에 있는 때

4. 법 제32조의 2 제4항의 규정에 의하여 신용카드가맹점 또는 현금영수증가맹점 가입대상으로 지정받은 사업자가 정당한 사유없이 신용카드가맹점 또는 현금영수증가맹점으로 가입하지 아니한 경우로서 사업규모나 영업상황으로 보아 신고내용이 불성실하다고 판단되는 때

5. 제73조 제3항에 따른 영세율등조기환급신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

③ 제79조의 2 제1항 각호에 규정하는 사업중 국세청장이 정하는 업종을 영위하는 사업자로서 동일장소에서 계속하여 5년이상 사업을 영위한 자에 대하여는 객관적인 증빙자료에 의하여 과소신고한 것이 명백한 경우에 한하여 경정할 수 있다. 5) 부가가치세법 시행령 제72조 【환급】

① 법 제24조제1항에 규정하는 환급세액은 각 과세기간별로 그 확정신고기한 경과후 30일내(법 제24조 제2항의 경우에는 15일이내)에 사업자에게 환급하여야 한다.

② 관할세무서장은 법 제21조의 규정에 의한 결정ㆍ경정에 의하여 추가로 발생한 환급세액을 지체없이 사업자에게 환급하여야 한다.(이하 생략) 6) 국세기본법 제47조 의 4【초과환급신고가산세】

① 납세자가 법정신고기한까지 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 세법에 따라 신고납부하여야 할 세액을 납세자가 환급받을 세액으로 신고하거나 납세자가 신고한 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 경우에는 그 환급신고한 세액 또는 그 초과환급신고한 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 이 경우 납세자가 환급신고를 하였으나 납부하여야 할 세액이 있는 경우에는 납부하여야 할 세액을 과소신고한 것으로 보아 제47조의 3을 적용한다. 다만, 부가가치세법 제17조 의 2 제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항에도 불구하고 부당한 방법으로 초과환급신고한 세액이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

1. 부당한 방법으로 초과환급신고한 세액에 대한 가산세액: 초과환급신고한 세액 중 부당한 방법으로 초과환급신고한 세액의 100분의 40에 상당하는 금액

2. 제1호 외의 부분에 대한 가산세액: 초과환급신고한 세액 중 부당한 방법으로 초과환급신고한 세액 외의 세액의 100분의 10에 상당하는 금액

③ 초과환급신고가산세의 부과에 관하여는 제47조의 2 제5항 및 제6항을 준용한다.

• 다. 사실관계 1) 청구법인의 세무대리인은 20××.8월 제출한 20××년 제2기(7월 월분) 부가가치세 조기환급신고서 전자신고자료 삭제요청서를 20××.9.2. 제출하였음이 나타난다. 2) 국세통합시스템에 의하면 청구법인의 20××년 제2기 부가가치세 신고내용은 아래와 같다. (표 생 략) 3) 처분청의 현지확인 결과 복명서에 의하면 매입세액 중 면세전용 8,045천원과 공통매입세액 안분계산 후 13,721천원 불공제 함이 나타난다. 4) 처분청이 작성한 경정결의서 내용은 아래와 같다. (표 생 략)
• 라. 판단 청구법인은 과세와 면세 구분 착오로 신고한 부가가치세 조기환급신고한 것에 대해 처분청의 초과환급가산세 부과는 부당한 것이라고 주장하는바, 이에 대해 살펴본다. 초과환급신고가산세를 규정하고 있는 국세기본법 제47조 의 4 제1항은 “납세자가 법정신고기한까지 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 세법에 따라 신고납부하여야 할 세액을 납세자가 환급받을 세액으로 신고하거나 납세자가 신고한 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 경우에는 그 환급신고한 세액 또는 그 초과환급신고한 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.”라고 규정하고 있는데 이는 결국 부당환급을 방지하기 위하여 마련된 법이라고 할 수 있다. 청구법인의 경우 당초 쟁점기간에 대한 부가가치세 신고시 실제로는 면세전용 및 과세․면세 공통사업용도에 사용하면서도 공제받지 못할 매입세액을 환급받을 세액으로 신고한 사실에 대하여 처분청이 위와 같은 관련 규정에 따라 매입세액을 불공제하고 가산세를 가산하여 이 건 부가가치세를 경정고지한 것은 정당하고, 가산세를 면제해 줄 정당한 사유가 없으므로 위 사실관계와 관련법령을 종합하면 청구법인의 쟁점매입액의 과다공제에 대하여 초과환급가산세를 부과한 처분청의 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.