재화의 공급시기가 속한 과세기간 이후에 발행된 사실과 다른 세금계산서이므로 매입세액 공제 안됨

• 가. 청구법인은 2010.6.16. 청구외 최(이하 “양도인”이라 한다)으로부터 시 **동 *가 272-1 소재 지하1층 지상3층의 상가건물(연면적 2,735㎡, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2,550백만원에 매입하여 소유권 이전등기 하였고, 양도인으로부터 매입세금계산서(건물분 공급가액 1,429백만원, 세액 149백만원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 2010.9.3. 처분청에 부가가치세 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점세금계산서를 공급시기가 상이한 사실과 다른 세금계산서로 보아 2010.9.15. 청구인에게 경정청구 거부통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.12.27. 이의신청을 제기하였고, 기각 결정에 따라 2011.4.21. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인은 첫째, 부동산매매계약체결시 매도인과 매수인간 건물분에 대한 부가가치세를 거론하지 못하고 계약을 체결하였고, 둘째, 매도인이 세금계산서 발행시 부가가치세 문제로 의견이 상반되어 매수인 입장으로는 궁금하여 국세청, 익산세무서, 세무사사무소에 상담결과 부동산매매계약서에 부가가치세별도 문구가 기록되지 아니 할 때에는 부가가치세가 포함된 금액으로 인정한다 하여, 부가가치세 포함된 금액으로 세금계산서 발행을 매도인에게 요청하였다. 셋째, 건물분에 대한 부가가치세 포함된 금액으로 세금계산서를 넘겨주지 아니하여 부득이 2010.08.13. 거래사실 확인신청서(매입자발행세금계산서 발급용)를 익산세무서에 접수하였다. 넷째, 2010.08.17일 매도인으로부터 2010.06.16일 발행일자 토지분 계산서 1,121백만원, 2010.06.16일 발행일자 건물분 세금계산서 1,429백만원(부가가치세 별도) 등기우편물이 접수되었다. 다섯째, 2010.09.02일 매도인과 매수인간 부가가치세 별도 합의서 작성 후 공증하였으며, 여섯째, 2010.09.02일 거래사실 확인신청서(매입자발행세금계산서 발급용)를 취하 하였다. 일곱째, 2010.09.03일 과세표준 및 세액의 경정청구서를 접수하였고, 여덟째, 2010.09.27일 익산세무서 재산법인세과로부터 경정청구 거부통지를 받았다. 아홉째, 2010.12.27일 익산세무서에 이의신청서를 접수하였고 열 번째, 2011.01.24일 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없다는 통지를 받았다.
• 나. 상기 내용과 같이 청구법인은 사실과 다른 내용은 전혀 없으며, 부동산매매계약서 작성 시 매도인과 매수인간 부가가치세포함, 별도 여부를 거론하지 못하여 발생된 사유에 해당한다.
• 다. 매수자입장으로서는, 매도자가 부가가치세 별도 금액을 결재하여 주지 아니한다는 이유로 발행한 세금계산서를 넘겨주지 아니하여 부득이 거래사실 확인신청서(매입자발행세금계산서)를 신청할 수밖에 없었다. 거래사실 확인신청서(매입자발행세금계산서)를 신청하지 아니하면 무조건 청구인은 일방적으로 피해 볼 수밖에 없기에 신청하였다.
• 라. 매수자 입장으로서는 2010.1기 부가가치세확정 신고 시 세금계산서를 넘겨받지 못하여 부가가치세확정 신고를 할 수 없었으며, 매도자가 2010.1기 부가가치세확정신고 하지 아니하고 수정신고한 부분까지 매수자가 피해를 볼 수는 없는 것이기에 너무 억울하다.
• 마. 청구법인이 거래사실확인신청을 한 이후 매도자가 2010.08.17. 부가가치세 수정신고를 한 것으로 미루어 쟁점 세금계산서는 공급시기가 속하는 과세기간 이후에 발급된 세금계산서로 판단하는 것은 처분청의 오류라 생각한다.
• 바. 청구인이 거래사실 확인신청서(매입자발행세금계산서 발급용)를 취하한 이유는 모든 것이 사실이고, 부가가치세문제가 합의 되었기에 취하 하였다.
• 사. 2010.9.2일 부가가치세 문제에 대하여 매도인과 매수인간 부가가치세별도 합의서 작성 공증하고, 2010.9.2일 거래사실 확인신청서(매입자발행세금계산서 발급용)를 취하 하였으며, 2010.6.16일 발행된 세금계산서를 첨부하여 2010.9.3일 접수한 과세표준 및 세액의 경정청구서를 재검토하여 선처하여 주기 바란다.

• 가. 청구법인은 2010.08.13 익산세무서에 매입자발행세금계산서 발급용 거래사실 확인신청서(접수번호 2010-403-*)를 건물 공급대가 1,429백만원으로 신청한 바 있으므로 공급자가 재화 또는 용역을 공급하고 부가가치세법 제16조 또는 부가가치세법시행령 제54조 규정에 따른 세금계산서 교부시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 것으로 판단된다.
• 나. 청구법인이 제출한 불복이유서 청구이유 넷째에 의하면 ‘쟁점세금계산서’를 2010.08.317에 등기우편물에 의하여 청구법인이 교부받은 것으로 확인되므로 ‘쟁점 세금계산서’는 공급시기(2010.06.16)가 속하는 과세기간(2010.01.01～2010.06.30) 이 경과한 후에 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성한 세금계산서로 판단된다.
• 다. 또한 ‘이 사건 부동산’의 공급자 최이 2010.07.26. 제출한 2010.1기 부가가치세 확정신고서에는 ‘이 사건 부동산’과 관련된 세금계산서를 신고한 사실이 없으며, 청구법인이 익산세무서에 거래사실 확인 신청을 한 이후에 공급자 최이 ‘쟁점 세금계산서’에 대해 2010.08.17 부가가치세 수정신고를 한 것으로 미루어 ‘쟁점 세금계산서’는 공급시기가 속하는 과세기간 이후에 발급된 세금계산서로 판단된다.
• 라. 청구법인은 ‘쟁점 세금계산서’가 공급시기 또는 공급시기 이후 동일 과세기간 내 또는 세금계산서 발급특례 규정된 기간 안에 교부받은 세금계산서라는 객관적인 증거서류를 제출하지 못하고 있다.
• 마. 따라서 청구법인이 ‘쟁점 세금계산서’에 대하여 매입세액 공제 신청한 경정청구는 부가가치세법 제17조 제2항2호 의 규정에 해당되어 매출세액에서 공제할 수 없음을 통지한 이 사건 처분은 적법하며, 청구인의 주장은 이유가 없으므로 기각되어야 할 것이다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 과세기간 이후에 교부받은 세금계산서로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련법령 등 1) 부가가치세법 제9조 【거래 시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 따른 시기가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 세금계산서 또는 제32조의 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급 시기로 본다.

④ 제1항과 제2항에 따른 공급 시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(정정) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항 3) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 제16조제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

3. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

4. 비영업용 소형승용자동차의 구입과 임차(임차) 및 유지에 관한 매입세액

5. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액

7. 제5조제1항 또는 제2항에 따른 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 것은 제외한다. 4) 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】

② 법 제17조제2항제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간내에 발급받은 경우

• 다. 사실관계 청구법인에 대한 ‘이의신청 결정서’에 따르면 다음의 사실들이 확인된다.

1. 청구법인은 2010.4.1. 프라자 최(일반과세자)과 쟁점부동산 매매계약을 체결하면서 총 양수가액은 2,550백만원으로하고 그 중 건물가액은 1,429백만원으로 하여 2010.6.16.소유권이전등기를 완료 하였는 바, 거래시기가 속하는 2010.1기 부가가치세 확정신고시에는 당해 거래분을 매입 세액으로 신고하지 않았다가 2010.9.3.쟁점세금계산서 상 매입세액을 2010.1기 매출세액에서 공제하여 달라는 내용의 경정청구를 제출하였고,

2. 처분청은 쟁점세금계산서가 거래시기 이후에 발행된 세금계산서로서 매출세액에서 공제할 수 없다고 경정청구를 거부하였음이 심리자료에 의하여 확인된다.

3. 청구법인은 쟁점부동산 매매계약 체결 시 세법지식이 부족하여 건물분 부가가치세에 대하여 명확히 거론하지 못하였고 거래당사자간에 분쟁이 발생하여 세금계산서 교부가 지연되었다고 주장하고 있다.

4. 쟁점부동산의 매매계약서에 의하면 총 매매대금은 2,550백만원이고 계 약금 355백만원(2010.4.1.), 중도금 510백만원(2010.5.1.), 잔금 1,685백만원(2010.6.10) 이며 임대보증금 390백만원은 승계하는 것으로 나타나고 있으며 대금지급내역은 아래와 같다.

○ 매매대금 지급내역 구 분 지급일자 금 액(원) 비 고 계약금 2010.4.01. 355,000,000 계좌이체 중도금 2010.4.30 510,000,000 계좌이체 잔 금 2010.6.16 800,143,313 대출금상환 2010.6.18 300,000,000 미지급금으로 처리 하고 임차인이 건물 명도 후 임대료 등 정산 2010.7.02 174,856,687 2010.7.06. 20,000,000 합 계 2,160,000,000

5. 쟁점부동산의 등기부등본에 의하면 매매를 원인으로 2010.6.16. 청구법인으로 소유권이 이전된 것으로 확인되고 있으며, 매도인은 2010.8.17.쟁점 건물분 거래가액 1,429,000천원을 매출과세표준에 가산하여 수정신고 한 것으로 확인된다. 6) 청구법인은 매도인과 분쟁으로 세금계산서를 교부받지 못하자 2010.8.13. 매매계약서상의 건물가액인 1,429,000천원을 공급대가로하여 거래사실확인신청서(매입자발행세금계산서 발급용)를 제출하였다가 2010.9.2. 동 신청을 취하한 사실이 확인된다.

7. 청구법인은 2010.8.17. 매도인으로부터 2010.6.16.자 토지분 계산서 1매 (1,121백만원)와 건물분 세금계산서 1매(공급가액 1,429백만원, 세액 142백만원)를 우편으로 교부받았다고 확인하고 있으며,

8. 이건 거래와 관련 당사자간에 쟁점부가가치세에 대하여 공증한 합의서 내용에 의하면 “건물분 부가가치세는 별도로 표기하되 부가가치세는 매도인 본인의 자금으로 납부하기로 하고, 만약 매수인이 쟁점부동산 매매와 관련하여 건물분에 대한 부가가치세를 환급받을 시에는 환급받은 금액만 매도인에게 지급하기로 한다”는 내용이다.

• 라. 판단 1) 부가가치세법 제17조 제2항 제2호 에 따르면 교부받은 세금계산서에 제16조제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하되, 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외하는 것으로 규정되어 있고, 제16조 제1항 제4호에서는 필요적 기재사항의 하나로서 작성연월일을 규정하고 있다.

2. 청구법인은 2010.1기 부가가치세 신고기간이 경과한 2010.8.13. 공급가액 1,299백만원, 세액 129백만원이 기재된 매입자발행세금계산서를 첨부하여 거래사실 확인신청서를 처분청에 접수하였으나, 이후 양도인으로부터 받은 발행일자가 2010.06.16.로 되어있는 공급가액 1,429백만원의 건물분 세금계산서를 제출하면서 부가가치세 경정청구를 하였는바, 청구법인이 작성한 매입세금계산서와 양도인이 작성한 매출세금계산서의 공급가액이 상이하고, 이러한 세금계산서 관련 사항에 대해서 공급시기가 경과한 2010.09.02.에 청구법인과 양도인이 합의한 사실, 그리고 이러한 합의에 따라 청구법인이 거래사실 확인신청서를 취하한 것으로 보이는 점, 아울러 쟁점세금계산서가 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 세금계산서라는 객관적인 증빙자료 등을 제출하지 못하는 점 등에 비추어 볼 때 쟁점 세금계산서는 공급시기가 속하는 과세기간 이후에 작성된 세금계산서로 판단되며,

3. 특히, 세금계산서가 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류로서 그것을 거래시기에 발행·교부하게 하는 것은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이기도 하지만, 나아가 전단계 세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법 체계에서 세금계산서 제도는 당사자간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 갖고 있으며, 세액의 산정 및 상호검증이 과세기간별로 행하여지는 부가가치세의 특성상 위와 같은 상호검증 기능이 제대로 작동하기 위해서는 세금계산서의 작성 및 교부가 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 정상적으로 이루어지는 것이 필수적이라 할 수 있다.

4. 따라서 매입세액을 공제받을 수 있는 것은 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우에 한한다고 보아야 하므로(대법원2004두10425, 2005.6.23, 대법원2002두5771, 2004.11.18. 같은 뜻) 처분청이 쟁점세금계산서를 공급시기가 속한 과세기간 이후에 교부받은 세금계산서로 보아 경정청구를 거부한 처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국 세기본법 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.