연장합의된 기간을 총임대계약기간에 포함하여 과세표준을 안분함.

• 가. 청구인은 ○○○○시 ○○구 ○○동 △△△△-△번지 소재 주차장용 토지 1,991.4㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2003.4.30. 취득한 후 쟁점토지 임대에 대하여 2007.7.2.을 개업일로 하여 2007.7.19. 부동산임대업 사업자등록을 하였다.
• 나. ○○지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구인에 대한 개인제세 통합조사를 실시하여,

1. 청구인이 2007.4.7. 청구외 오○○(이하 “임차인”이라 한다)와 쟁점토지 임대차 계약을 체결하면서 임차인의 책임과 계산으로 쟁점토지상에 주차시설 및 점포를 신축하여 임차인의 사업장으로 임대차계약기간(60개월)동안 사용한 후 임대차계약기간 만료 시 청구인에게 그 소유권을 이전하기로 합의하고,

2. 위 계약에 근거하여 임차인은 쟁점토지상에 청구인 명의로 건축허가를 받아 공급가액 960백만원(공사원가 및 설계비)의 자금을 투입하여 지상 2층의 주차시설 2,066.52㎡ 및 지상 1층의 제2종 근린생활시설(일반음식점) 872㎡ 합계 면적 2,938.52㎡의 건축물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축한 사실을 확인하고,

3. 청구인이 임대차계약서상 월 임대료 이외에 임대료 명목으로 쟁점건물 소유권을 취득한 것으로 보아 처분청으로 하여금 2008년 제2기 과세기간분 임대수입금액 신고누락액 32백만원(공급가액, 960백만원×2월/60월)에 대한 부가가치세 5,501,040원의 부과처분을 하도록 하는 한편, 나머지 58개월에 대하여는 부동산임대수입금액 신고누락 및 수입누락 혐의액(공급가액, 960백만원×58/60)으로 과세자료를 통보하였다.

• 다. 처분청은 조사청의 과세자료를 수보한 후

1. 쟁점건물의 취득가액을 기준시가 1,334백만원으로 평가하여 동금액을 2007.4.7.자 임대차계약서상 계약기간 60개월로 안분하여 각 과세기간의 부가가치세를 부과처분 할 것을 과세예고하였으나,

2. 계약당사자간 합의를 통해 연장된 18개월을 추가하여 임대기간을 총 78개월로 하여 과세표준을 산정하라는 2011.1.14.자 과세전적부심사 결정에 따라 2011.2.1. 2009년 1기 부가가치세 15,046,460원, 2009년 2기 부가가치세 14,486,140원, 2010년 1기 부가가치세 13,925,820원, 합계 43,458,420원을 부과처분하였다. 청구인은 이에 불복하여 2011. 4. 19. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구인은 쟁점토지 임대차계약 시 임대차계약기간을 60개월로 하고 동 계약서 단서 조항 제3호에 의거 36개월의 계약기간 연장을 보장한바 있으며,
• 나. 쟁점건물 공사지연으로 기존 임대차계약기간 60개월에서 18개월을 연장하기로 계약당사자간에 합의를 함에 따라 쟁점건물의 총 임대차기간은 114개월이라 할 것이므로 쟁점건물의 취득가액을 114개월로 안분하여 부가가치세 과세표준을 산정하여야 한다.

• 가. 청구인은 2007.4.7.자 주차장 및 점포 임대차 계약 시 당초 부동산 임대차 계약기간을 60개월로 정하면서 계약기간 만료 시 재계약을 통해 36개월을 연장하도록 약정하고,
• 나. 이후 임차인의 임차료 지급 연체를 이유로 청구인이 부동산 인도 등 청구의 소를 제기하여 임차인과 임대차계약기간(60개월)에서 1년 6개월을 연장하는 것으로 당초 계약을 수정하는 데 합의하였으나,
• 다. 해당 부동산 임대차 계약기간 진행 중으로 추가 연장여부가 확정되지 아니하였으므로 당초 임대차계약기간 60개월에 합의를 통해 수정⋅연장된 임대차계약기간 18개월을 합한 78개월을 총 임대계약기간으로 보아 임대료 수입금액을 산정하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 임차인의 책임과 계산으로 신축한 건물을 임대인 명의로 등기한 경우 선수취 임대료로 보아 임대기간 동안 부가가치세 과세표준을 안분함에 있어 안분대상 총 임대기간 산정 시 확정 임대기간에 약정 임대연장기간을 가산하여야 하는지 여부를 살피는 데 있다.
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제7조 【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다. 2) 부가가치세법 제9조 【거래시기】

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 3) 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가 4) 부가가치세법 시행령 제22조 【용역의 공급시기】 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

4. 제49조의 2 제1항ㆍ제2항 및 제4항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일 5) 부가가치세법 시행령 제49조의2 【부동산임대용역 등에 대한 과세표준계산의 특례】

④ 사업자가 2과세기간 이상에 걸쳐 부동산임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우에는 당해 금액을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 그 과세표준으로 한다. 이 경우 월수의 계산에 관하여는 소득세법 시행령제51조 제2항의 규정을 준용한다. 6) 소득세법 시행령 제51조 【총수입금액의 계산】

① 부동산임대소득에 대한 총수입금액의 계산에 있어서 선세금에 대하여는 그 선세금을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 연도의 합계액을 그 총수입금액으로 한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 월수의 계산은 기획재정부령이 정하는 바에 의한다.

7. 상가임대차보호법 제11조【차임 등의 증감청구권】

① 차임 또는 보증금이 임차건물에 관한 조세, 공과금 그밖의 부담의 증감이나 경제사정의 변동으로 인하여 상당하지 아니하게 된 때에는 당사자는 장래에 대하여 그 증감을 청구할 수 있다. 그러나 증액의 경우에는 대통령령이 정하는 기준에 따른 비율을 초과하지 못한다. 8) 상가건물 임대차보호법 제4조 【차임 등 증액청구의 기준】 법 제11조제1항의 규정에 의한 차임 또는 보증금의 증액청구는 청구당시의 차임 또는 보증금의 100분의 9의 금액을 초과하지 못한다.

• 다. 사실관계

1. 부동산등기부등본 및 건축물 관리대장에 의하면, 가) 쟁점토지의 당초 지목은 ‘전’이었으나 토지구획정리사업으로 2003.3.7. 주차장용 토지로 환지되었으며,

• 나) 청구인은 2001.11.7. 매매를 원인으로 2003.4.30. 쟁점토지를 취득하여,
• 다) 청구인 명의로 2007.7.11. 건축허가를 받아 쟁점토지상에 제2종 근린생활시설 일반음식점 872㎡, 자동차 관련시설 1,2층 면적합계 2,066.52㎡의 쟁점건물을 신축하여 2008.11.12. 사용승인을 받아 2009.1.9. 청구인 명의로 소유권 보존등기를 한 것으로 나타난다. 2) 국세청 전산정보자료에 의하면, 청구인은 쟁점토지 임대에 대하여 2007.7.2.을 사업개시일로 하여 2007.7.19. 부동산임대업 사업자 등록을 하였으며, 2009년 중 조사청의 개인제세 통합조사를 받은 것으로 확인된다.

3. 2010.6.14. 조사청 과세자료 통보서류 및 부가가치세 결정결의서 등에 의하면,

• 가) 청구인은 조사청의 세무조사 중 쟁점토지를 임차인에게 임대하면서 임차인이 향후 5년간 사용조건으로 건물을 신축하여 본인에게 기부채납한 사실이 있으며, 임차인이 수취하여야 할 건물신축관련 공급가액 960백만원에 상당하는 세금계산서를 본인 명의로 수취하여 부가가치세를 부당하게 환급받은바 있다고 하여 2009.10.28. 확인서를 작성한 것으로 나타나고,
• 나) 조사청은 청구인의 위 확인서에 근거하여 위 공급가액 960백만원을 부동산 임대료수입금액으로 보아 사용승인일인 2008.11.12.부터 60개월로 안분하여 납세의무가 성립한 2개월분의 임대수입금액 32백만원에 대하여 2008년 2기 부가가치세 5,501,040원을 처분청으로 하여금 부과처분하도록 하는 한편, 나머지 역월에 대하여는 임대료를 선수취한 것으로 보아 다음과 같이 과세자료를 통보한 것으로 확인된다. [표생략]

4. 위 조사청의 과세자료를 수보한 처분청은, (가) 쟁점건물의 취득가액을 기준시가 1,334백만원으로 평가하고, 동 금액을 소유권 보존등기일인 2009.1.9.부터 60개월로 안분하여 부가가치세 과세표준을 산정하여 2009년 제1기부터 2010년 1기까지의 부가가치세를 부과처분하기로 하였다가, 청구인이 쟁점토지 임대와 관련하여 임차인을 상대로 민사소송을 제기하여 임대차계약기간을 18개월 연장하는 것으로 합의하고 소를 취하하였다는 청구인 주장이 과세전적부심사 시 채택됨에 따라 쟁점건물 기준시가에 의한 취득가액 1,334백만원을 78개월로 안분하여 2011.2.1.이 건 부가가치세를 고지하고, 나머지 역월에 대하여는 과세자료로 등록하는 한편, (나) 쟁점건물 기준시가 평가액 1,334백만원에 대하여 임차인이 토지 임대료 명목으로 쟁점건물 소유권을 이전한 것으로 보아 재화의 공급에 해당한다고 하여 2011.2.1. 임차인에게 2009년 제1기 부가가치세 195,603,990원을 부과처분한 사실이 확인된다. (다) 한편, 임차인은 선급 임차료 명목으로 청구인에게 쟁점건물 신축자금을 지급하였을 뿐이므로 재화의 공급에 해당하지 아니한다고 하여 2011.5.9. 이의신청을 한 사실이 국세청 전산정보자료를 통해 확인되고, (라) △△지방국세청장의 2011.6.23.자 이의신청 결정문에 의하면 쟁점건물의 시가를 쟁점건물 신축취득에 소요된 실제 경비 1,035백만원으로 하여 부가가치세 과세표준과 세액을 경정하도록 하고 나머지 임차인의 청구는 기각한 것으로 나타난다.

5. 조사청 세무조사 시 제시된 쟁점토지 임대차 계약서 및 쟁점건물 신축과 관련된 제서류는 다음과 같다.

• 가) 2007.4.7.자 “주차장 및 점포 임대차 계약서” 기재내용

(1) 목적물의 표시(쟁점토지): ○○○○시 ○○구 ○○동 △△△△-△ 약 602.4평(1,991㎡)

(2) 주요 계약내용 (가) 제1조 (사용목적): 갑은 표시 재산(이하 ‘재산’이라 한다)을 을(임차인)에게 임대하고 을은 자신이 주차장 및 점포(건축후)로 사용한다. (나) 제2조 (보증금): 을은 임차보증금조로 금 200백만원정을 갑에게 예치한다. (라) 제3조 (월세): ① 을은 월세조로 금 11백만원정 매월 분을 익월 5일까지 그 사용여하에 관계없이 갑에게 지급한다. ② 월세는 이 계약일로부터 기산하여, 이 계약이 만료 및 해약 취소되었을 경우에는 을이 실제 이 재산을 명도한 날 현재로 갑이 실시하고 있는 임대료 산출기준에 의하여 을이 명도하는 날짜까지의 임대료를 갑에게 지급한다. (마) 제5조 (임대차 기간): 이 임대차 기간은 이 계약일로부터 60개월로 하고 계속 임대차는 재계약에 의한다. 단, 계약기간 만료 후 상호 협의에 의하여 계약기간을 연장할 수 있다. (바) 제8조 (갑의 일방적 해약): ①임대료 및 제6조에 규정한 제비용을 3개월 이상 체불하였을 때 ② 제7조의 선관의무와 금지사항을 위반하였을 때 ③ 위생, 풍기, 관리, 운영 등 공동생활에 지장 있다고 갑이 인정하거나 기타 이 계약조항이 준수되지 않을 때 (자) 단서

① 제1항: 건축허가 시부터 건축 완공 시까지 이에 소요되는 제반비용(취득세 및 등록세 포함) 일체를 을이 부담하며 모든 시설 및 허가사항 모두를 을이 책임을 지고 득하기로 한다.

② 제2항: 건축물 및 시설물 일체를 위 계약 만료 후 갑에게 무상으로 인도하기로 한다.

③ 제3항: 임대료 및 임대차 계약서에 관한 모든 사항은 60개월 후(사회통념에 따라 협의하여)부터 재조정키로 하며 이후 갑은 을에게 36개월간 계약기간 연장을 보장토록 하며, 임대차 계약서상의 각 조항을 제소전 화해신청을 하기로 하고, 이에 소요되는 경비일체는 을이 부담키로 한다.

④ 제6항: 본 토지의 매매가 발생할 경우 임차인의 계약기간은 보장되는 것으로 한다.

⑤ 제8항: 월세임대 계약기간 기산일은 공사기간을 감안하여 계약일로부터 100일 후 2007년 7월 17일 부로 적용하기로 한다.

• 나) 쟁점건물 신축과 관련된 제서류 기재내용을 살펴보면, 위 부동산임대차 계약 후 청구인 명의로 청구외 ○○건축사사무소에게 쟁점건물 설계용역 및 감리용역을 공급가액 42백만원에, 청구외 (주)□□건설에게 쟁점건물 건설공사를 공급가액 920백만원에 의뢰하는 것으로 하여 각각 계약서를 작성한 것으로 되어 있다.

6. 청구인이 이 건 청구 전 과세전적부심사청구 및 이의신청 시 쟁점토지 및 건물의 임대차계약기간이 114월임을 주장하며 제시한 서류는 다음과 같다.

• 가) 2009.4월 경 청구인이 임차인을 상대로 제기한 ‘부동산 인도 등 청구의 소’ 소장 기재내용에 의하면, 청구인은 임차인이 상기 2007.4.7.자 임대차계약서 상 임차료를 연체하자 2009.2.20. 내용증명을 통해 계약해지를 하였다고 주장한 것으로 나타나고, 해당 계약서에 기재된 인정사실은 다음과 같다.

(1) 제1항: 이 사건 임대차계약 체결 (가) 원고(청구인)는 2007.4.7. 쟁점토지에 관하여 임대차 계약을 체결하였고, (나) 피고(임차인)는 쟁점토지 위에 건물을 신축하여 이를 사용하기로 하되, 보증금은 2억원, 월 차임은 11백만원으로 하여(2007.7.17.부터 기산), 임대기간은 계약일로부터 60개월간으로 하였다. (다) 쟁점토지 임대차 계약 시 피고가 피고의 비용으로 건물을 신축하여 영업을 하기로 하였고, 그 사용 여하에 관계없이 건물 건축 중이라 하더라도 토지의 임차료는 계속 지급하기로 하였다. (라) 피고는 (쟁점토지) 임대차 계약 후 건물 공사를 시작하여 건물(쟁점건물)을 완공하였다. 다만, ‘건축물 및 시설물 일체를 계약 만료 후 원고에게 무상으로 인도한다’는 임대차 계약서 단서 조항에 따라 위 건물의 보존등기는 원고명의로 경료하였다.

(2) 제2항: 피고의 차임연체 및 계약해지 (가) 피고는 2007.7.17.부터 월 차임을 전혀 지급하지 아니하였으며, (나) 이 사건 임대차계약서 제8조에 따라 피고의 차임연체가 3개월을 초과하였음이 분명하여 2009.2.20. 내용증명을 통하여 피고와의 이 사건 임대차 계약을 해지하였다.

(3) 제3항: 피고의 의무 피고의 차임연체로 인하여 이 사건 임대차 계약은 해지되었으므로 피고는 (쟁점)건물에서 퇴거한 후 이를 철거하고, 임대목적물인 위 토지를 원고에게 인도하여야 한다.

• 나) 청구인은 위와 같이 쟁점토지에 대한 부동산 인도 등 청구의 소를 제기한 후 2009.6.23. 임차인과 다음과 같이 합의하였다.

(1) 연체된 임대료(2007.7월～2009.5월분 까지)를 일시불로 완납키로 한다.

(2) 임대차 기간을 기존계약서에서 1년 6개월(18개월)을 연장키로 한다.

(3) 구축물 매수 청구권은 임차인이 청구하지 아니한다.

7. 당심에서 2011.6.9, 2011.6.10. 및 2011.7.15. 3회에 걸쳐 임차인에게 2007.4.7.자 임대차계약내용 및 2009.6.23.자 합의내용에 대하여 사실관계를 구두 확인한 바에 따르면,

• 가) 당초 쟁점토지 인접 구청 소유의 토지를 청구인이 매입하기로 하여 쟁점건물 설계 계약을 하였으나 토지 매입이 지연되어 쟁점건물 공사가 지연으로 인한 사업상 손실이 예상되자 임차료를 연체하게 되었으며,
• 나) 임차인의 임차료 연체를 원인으로 청구인과 분쟁이 발생하자, 청구인과 임차인은 공사가 지연됨으로써 사업개시가 늦춰진 기간만큼 계약기간을 연장하는 것으로 1년 6개월을 연장하여 당초 60개월의 임대차 계약기간이 78개월로 수정․변경되어,
• 다) 78개월의 임대차 기간이 종료하고 나면 36개월의 계약 연장이 보장되어 있으므로 이후 36개월을 연장하기로 하면서 월세 조정은 필요로 하므로 재계약을 할 예정이며,
• 라) 쟁점토지 임대차계약서에 의하면 해당 임대차계약의 연장여부는 임차인의 선택에 달려있으며 쟁점토지 임대차 계약은 2007.4.7. 체결되었으나 임대차 계약기간의 기산일은 2007.7.17.로 하였다고 한다.
• 마) 당초 쟁점토지 임대차계약 상황과 관련하여, (1) 청구인은 쟁점토지 상에 광고판을 부착하여 쟁점토지 임대의사를 밝히고 있었고 동 토지의 지목이 주차장용 토지로 되어 있어 건물을 넓게 지어야 할 부지여서 청구인이 소유할 건물의 건축비를 임차인이 부담하기로 하고 임차인이 영위할 사업에 사용할 의도로 임차인 주관하에 쟁점건물을 신축하게 되었고,

(2) 쟁점토지 임대차계약 시 임차인의 비용으로 신축한 건축물을 임대차 계약기간 만료 시 청구인에게 무상으로 이전하겠다는 것은 임차인의 명의로 건물을 신축하여 그 소유권을 이전하겠다는 것이 아니라 임대인의 명의로 신축하고 임대차계약기간 만료 시 점유를 이전하겠다는 의사로 보는 것이 타당하며, 거래 관행상 지상권 등의 문제로 임차인 명의로 건물 보존등기를 한다는 것은 생각할 수조차 없었다고 한다.

• 바) 또한, 임차인은 청구인이 임차인을 상대로 부동산 인도 등 청구의 소를 제기하자 청구인 소유 쟁점토지 상 쟁점건물 신축 시 임차인이 부담한 비용을 선 투자금으로 보아 임대차계약서상 임대기간인 8년 동안 회수하고 나올 생각으로 당초 임대차계약기간 60개월 중 공사지연기간 18개월을 추가하여 당초 임대차계약을 78개월로 수정하는 것으로 합의서를 작성하였다고 진술하였다.

8. 이후, 청구인은 청구인과 임차인 명의로 작성된 2011.7.15.자 확인서를 제시하였는바 동 확인서에는 “임대인 청구인과 임차인 오○○는 ○○시 ○○구 ○○동 △△△△-△호의 목적물임대차계약기간은 연장하여 보장된 총 임대기간을 114개월로 정하였음을 확인합니다.”라고 기재되어 있다.

9. 양 당사자 주장에 따라 쟁점토지 임대차계약서상 월 임대료와 쟁점건물 취득당시 기준시가 평가액을 임대계약기간동안에 안분한 금액을 비교하면 다음과 같으며, 이 때 청구인 주장에 따라 쟁점토지 임대차계약기간을 114월로 하는 경우 연장되는 36개월에 대한 임대료 상승은 상가건물 임대차보호법 제4조 에 따른다. [표생략]

• 라. 판단 부가가치세법 제13조 제1항 제2호 에서는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가를 과세표준으로 하도록 하고 있고, 토지 소유자가 자기의 토지 위에 다른 사업자로 하여금 건물을 신축하여 일정기간 사용하게 하고 그 대가로 건물의 소유권을 취득하는 것은 토지의 임대에 해당하여 부가가치세법 제7조 제1항 의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것으로서 부가가치세 과세표준은 일정기간 토지의 임대용역에 대한 대가로 건물을 선불 또는 후불로 받는 경우에 해당하여 부가가치세법 시행령 제49조의2 【부동산임대용역 등에 대한 과세표준계산의 특례】제4항에 따라 당해 건물의 시가를 일정기간(2과세기간 이상에 걸침)의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액으로 하는 것(부가46015-1519, 2000.06.30.)으로, 청구인이 청구인 소유 쟁점토지를 임차인에게 임대하면서 임차인의 책임과 계산으로 쟁점토지 상에 쟁점건물을 신축하여 임차인의 사업장으로 사용하도록 하고 청구인 명의로 쟁점건물을 취득한 이 사건에 대해 처분청이 쟁점건물의 시가를 기준시가로 평가하여 동 평가액을 2007.4.7.자 쟁점토지 임대차계약서상 기본 임대계약기간 60개월에 공사지연에 따라 당사자가 합의하여 연장한 18개월을 가산하여 총 78개월로 과세표준을 안분하여 각 과세기간의 부가가치세를 부과처분한 데 대하여 당초 임대차계약 시 임차인의 연장요구에 응할 의무가 부여된 36개월을 포함하여 총 114개월을 임대계약기간으로 하여 부가가치세 과세표준을 안분해야 하는지 여부에 대하여 살펴보면, 당초 쟁점토지 임대차 계약 시 청구인과 임차인은 임차인의 책임과 비용으로 청구인 소유 쟁점토지 상에 쟁점건물을 신축하기로 약정하면서 기본 임대계약기간 60개월 이외에 36개월의 계약기간 연장을 보장하였으며, 청구인은 이 건 심리 시 쟁점토지 임대차계약기간은 연장 기간을 포함하여 총 114개월로에 해당한다고 청구인 및 임차인이 연서한 확인서를 제출하고 있고, 당심에서 계약 당사자인 임차인에게 계약체결 경위, 계약서 작성에 포함된 당사자의 의사 등에 대하여 구두 확인한 사항 등을 종합하여 보면 임차인은 쟁점토지 상에 자신의 자본을 투자하여 자신의 사업장으로 사용할 쟁점건물을 신축하면서 신축에 투하된 자본 회수기간을 최소 96개월로 예상하고 물가상승을 고려하여 기본 임대차계약기간을 60개월로 하고 나머지 36개월은 임차인의 선택에 따라 연장보장 계약기간으로 하면서 기본 임대차계약기간 60개월이 종료하면 월 임대료 재산정을 위해 재계약을 하는 것으로 하여 청구인과 쟁점토지 임대차계약을 체결한 것으로 봄이 타당하고, 쟁점토지 임대차계약의 36개월 연장여부가 확정되지 아니하였다 하여 쟁점토지 임대차계약서상 임대기간 60개월에 연장 합의가 이루어진 18월을 가산하여 총 78개월을 임대차계약기간으로 보아 과세표준을 안분하는 경우 상가건물 임대차보호법 제4조 에 의해 월 임대료 상승은 일정률 이하로 제한되는 것을 감안하여 처분청과 청구인이 주장하는 월 임대료 상당액을 비교하면 처분청과 같이 월 임대료를 산정하는 경우 78개월의 월 임대료는 28백만원 정도인 것에 반해 물가상승이 예상되는 연장기간 36개월의 월 임대료는 약 12백만원에 불과하여 경제적 실질에 부합한다고 볼 수 없고, 쟁점토지 임대차계약이 기본 계약기간 60개월에 합의에 의해 연장된 18개월이 종료된 후 임차인이 36개월의 계약기간 연장을 하지 아니한다 하더라도 기부채납 임대건물의 중도 계약 해지 시 잔여 선수임대료는 계약해지일이 속하는 과세기간AAA의 과세표준에 포함하여 부가가치세가 과세되는 것(서면인터넷방문상담3팀-2914, 2007.10.26.)이므로, 쟁점토지 총 임대차계약기간을 114개월로 보아 쟁점건물 사용승인일인 2008.11.12.부터 2017.1.16.의 기간에 대하여 쟁점건물 취득당시 시가를 안분하여 부가가치세 과세표준을 재산정함이 타당하다 하겠다.

이 건 심사청구는 청구주장에 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.