계약에 따라 취득한 설비의 대가를 지급하였고, 그 설비가 사업을 위해 사용하였거나 사용할 예정인 이상 부가가치세의 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적가치가 있는 것을 포함되는 것이므로 관련 매입세액은 공제대상으로 보는 것임
계약에 따라 취득한 설비의 대가를 지급하였고, 그 설비가 사업을 위해 사용하였거나 사용할 예정인 이상 부가가치세의 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적가치가 있는 것을 포함되는 것이므로 관련 매입세액은 공제대상으로 보는 것임
**세무서장이 2011.1.11. 청구법인에게 경정․고지한 2005년도 제2기분 부가가치세 335,147,230원의 부과처분은 이를 취소합니다.
청구법인은 주식회사
○○○○반도체(이하 “○○○○”라 한다)가 2009.
12.
발행주식의 97.65.%를 소유하고 있는 ○○○○의 자회사로서, 주로 ○○○○ 공장의 시설관리용역업을 영위하고 있는 법인이다.
○○○○는 1999년 9월 ◇◇◇◇◇ 열병합발전유한회사(이하 “◇◇◇◇◇”이라 한다)에게 열병합발전설비(이하 “쟁점설비”라 한다)를 양도하고, 2019년까지 20년간 ◇◇◇◇◇으로부터 쟁점설비에서 생산되는 전기와 스팀을 공급받는 계약(이하 “에너지공급계약”이라 한다)을 체결하였다.
○○○○는 2005.
3.
23. ◇◇◇◇◇으로부터 쟁점설비를 재매수하고 에너지공급계약을 조기해지하는 대가로 1,188억원(부가가치세 별도)을 지급하는 계약(이하 “설비재매수계약”이라 한다)을 체결하였으며, 청구법인은 2005.
4.
1. 설비재매수계약과 관련한 ○○○○의 권리ㆍ의무 일체를 인수하는 계약(이하 “쟁점인계ㆍ인수계약”이라 한다)을 체결하였다. 청구법인은 2005.
8.
31. 쟁점인계ㆍ인수계약과 관련하여 ◇◇◇◇◇에게 지급할 1,188억원 중 에너지공급계약의 조기해지에 따른 대가 391억원(이하 “쟁점계약해지보상금”이라 한다) 및 쟁점설비 중 처분할 열병합발전설비 2호기 기계장치(이하 “2호기”라 한다)의 예상처분손실금 172억원(이하 “쟁점예상처분손실금”이라 한다) 합계 563억원을 ○○○○ 로부터 보전받는 계약(이하 “쟁점보전금지급계약”이라 한다)을 체결하였다. 청구법인과 ◇◇◇◇◇은 2006.
3.
30. 쟁점설비 구매가격 1,188억원 중 시설자산 797억원과 쟁점계약해지보상금 391억원으로 구성되어 있다는 것에 공식적으로 상호합의하였다. 청구법인은 설비재매수계약, 쟁점인계․인수계약 및 쟁점보전금지급 계약에 따라 2005년부터 2009년까지 ◇◇◇◇◇에게 20차례로 나누어 대금을 지급하고 2009.
12.
31. 쟁점설비를 인수하였다. 청구법인은 2009.
12.
31. 쟁점설비를 인수하였는바, 쟁점설비의 취득가액에서 쟁점계약해지보상금 391억원 및 쟁점예상처분손실금 172억원을 제외한 625억원만 취득가액으로 회계처리하고, 그에 대한 부가가치세 매입세액(이하 쟁점계약해지보상금 및 쟁점예상처분손실금에 대한 매입세액을 “쟁점매입세액”이라 한다)은 각 과세기간별로 청구법인의 매출세액에서 공제하여 부가가치세 신고하였다. **세무서장은 국세청 처분청의 감사지적에 따라 쟁점 매입세액을 청구법인의 사업과 직접 관련이 없는 것으로 보아 이를 불공제하여 2011.1.11. 2005년 제2기분 귀속 부가가치세 335,147,230원 을 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.4.8. 이 건 심사청구를 하였다.
첫째, 국세기본법 제14조 (실질과세)에서 실질과세의 원칙에 대해 규정하고 있고, 부가가치세법 제6조 (재화의 공급) 제1항에서 “재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.”라고 규정하고 있는바, 위 2개의 법규정 내용을 종합하여 보면 법인세법상 특별한 언급이 없어 법인소득금액 등을 계산함에 있어서는 국세기본상 실질과세의 원칙이 지켜져야 하는 것으로 보이는 반면 부가가치세법 제6조 제1항 은 “계약상 원인”이라는 문언을 채용함으로써 재화의 공급에 있어서는 국세기본법상 실질과세를 배척하고 사적 자치의 원칙(계약내용결정의 자유)을 존중하고 있는 것으로 보아야 한다. 둘째, 처분청은 청구법인이 법인세 목적상으로는 쟁점계약해지보상금과 2호기 쟁점예상처분손실금 보전액을 쟁점설비의 취득가액에서 제외시키고 부가가치세 목적상으로는 이 금액을 매입금액에 포함시키는 것은 논리적 모순이라고 주장하나, 청구법인이 세무상 그렇게 처리한 것은 경제적 실질과세원칙이 법인세 목적에는 적용되나 부가가치세 목적에는 적용될 수 없도록 한 세법구조와 이를 확인한 국세청의 법인세ㆍ부가가치세 예규에 따른 것이었다. 셋째, 쟁점계약해지보상금은 청구법인이 ○○○○로부터 설비재매수계약을 포괄하여 인수하고 그 대가로 ◇◇◇◇◇에게 지급한 금전의 일부에 포함되는바, 쟁점계약해지보상금은 쟁점설비의 공급과 대가관계에 있다 할 것이므로 부가가치세 과세표준에 포함되어야 한다. 넷째, 쟁점설비는 2010.
1.
26. 청구법인에서 인적분할된 주식회사 ◆◆파워(이하 “◆◆파워”라 한다)에 인계되어 ◆◆파워의 업무(법인 등기부상 목적사업)에 직접 사용되고 있으며, 쟁점설비를 가동ㆍ관리ㆍ운영하는 대가로 ○○○○를 비롯한 단지 내 업체들로부터 연간 248억원(2호기 83억원 포함)의 수익을 창출하고 있다. 아울러, ◆◆파워는 ○○○○의 자회사로서, 1, 2호기 모두 ○○○○의 요청에 따라 가동ㆍ유지ㆍ관리하고 있으며, ○○○○의 요청이 없을 때는 언제라도 가동을 중단해야 하는 입장임에도 처분청서는 2호기의 운전여부가 ○○○○의 의사결정에 따라 이루어진다고 하여 이를 업무무관으로 보아 관련 매입세액이 불공제 대상이라고 주장하는 것은 사실관계를 오인한 것으로 부당하다. 다섯째, 부가가치세법 제17조 제1항 제1호 에 따르면 자기의 사업을 위하여 사 용되었거나 사용될 재화의 공급에 대한 매입세액 전부를 매출세액에서 공제되는 대상으로 규정하고 있고, 매입세액의 공제 여부가 부가가치세 납부세액을 결정하는 가장 중요한 요소 중의 하나이기 때문에 그 공제 여부를 해석에 맡겨두지 아니하고 법에 제한적·열거적으로 규정하고 있는바(대법94누1449, 1995.12.21 참조), 사업자가 공급받은 재화를 자기의 사업을 위해 사용하였다면 그 매입세액 전부를 공제해줘야지, 그 재화의 매입을 위해 지급한 금전의 각 구성요소별로 매입세액 공제여부를 판단하는 것은 아니다. 여섯째, 부가가치세법 제17조 제2항 에서 매출세액에서 공제되지 아니하는 매입세액에 대해 열거하고 있는바, 제3호의 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’ 등 동 규정에서 열거하고 있지 않은 것은 매입세액 불공제 대상에서 제외되는 것으로 보아야 하는바, 처분청의 주장대로 청구법인이 쟁점계약해지보상금 및 쟁점예상처분손실금을
○○○○로부터 보전 또는 전달받아 ◇◇◇◇◇에게 지급하였다 하더라도, 청구법인은 공급받은 쟁점설비를 청구법인의 사업을 위해 사용하였을 뿐만 아니라 쟁점매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 에 열거하는 불공제대상 매입세액도 아니다. 또한, 국고보조금을 교부받아 건설하는 시설투자에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 하는 것이라는 기존 심판례(국심95서2739, 1996.7.3.)에 비추어 보더라도, 쟁점매입세액은 청구법인의 매출세액에서 공제되어야 한다.
첫째, 쟁점계약해지보상금은 에너지공급계약의 조기해지에 따라 ○○○○ 가 부담해야 할 손실금으로서 청구법인이 단순히 전달자 역할을 한 것에 불과하고, 예상처분손실액 보전금은 2호기 처분 시 예상되는 손실액을 매입대금 지급 시마다 보전받아 ◇◇◇◇◇에게 지급한 금전에 해당하며, 청구법인은 설비재매수계약 및 인수ㆍ인계계약과 관련하여 ◇◇◇◇◇에게 지급한 1,188억원 중 쟁점계약해지보상금 및 쟁점예상처분손실금 보전액 563억원을 제외하고 쟁점 설비의 취득가액을 625억원으로 하여 장부에 계상하였다. 국세청 과세사실판단자문위원회에서도 이 같은 청구법인의 회계처리가 정당하다는 결정을 하였던바, 청구법인이 이 건 과세전적부심사청구에서는 쟁점계약해지보상금 및 쟁점예상처분손실금을 쟁점설비에 대한 대가의 일부로 지급하였으므로 쟁점설비의 매입대금에 포함된다는 주장은 모순이다. 둘째, 쟁점설비 공급과 관련하여 ◇◇◇◇◇이 발행ㆍ교부하고 청구법인이 수취한 (세금)계산서상 품목내역, 쟁점보전금지급계약, 청구법인ㆍ○○○○ㆍ◇◇◇◇◇ 간 합의내용 등에 따르면 청구법인이 ◇◇◇◇◇에게 지급한 쟁점계약해지보상금은 쟁점설비의 공급과는 별도로 에너지공급계약의 조기해지에 따라 ○○○○가 부담해야 할 손해보상금 성격의 금전으로서, 쟁점계약해지보상금은 ○○○○의 사업을 위해 지급한 것이지 청구법인의 사업을 위해 지급된 것이 아니고, 쟁점설비의 공급과 대가관계에 있지도 아니하므로 쟁점설비의 공급과 관련하여 청구법인이 ◇◇◇◇◇에게 지급한 1,188억원을 그 실지귀속에 따라 구분하여 청구법인의 사업을 위한 재화의 공급과 관련 없는 매입세액은 청구법인의 매출세액에서 공제할 수 없는 것이다. 셋째, ○○○○는 전력비 지출액을 줄이기 위해 즉, 자기의 사업을 위해 2호기를 재매수하여 매각하기로 결정하였고, 2호기 처분에 따른 쟁점예상처분손실금을 청구법인에게 보전하여 주고 그 금액을 처분이 확정되는 귀속사업연도 손금으로 처리할 예정이다. 그리고, 청구법인은 쟁점예상처분손실금 보전액을 쟁점설비 취득가액에서 제외하였고, 2호기는 인수하는 시점부터 가동이 중단된 상태로 현재에 이르고 있으며, 2호기의 운전 여부는 ○○○○의 의사에 따라 결정되는바, 2호기의 매매대금 344억원 중 쟁점예상처분손실금 보전액 172억원은 ○○○○의 사업을 위해 사용되었거나 사용될 재화의 공급을 위해 지급된 금전이므로 이에 대한 매입세액을 청구법인의 매출세액에서 공제할 수 없는 것이다.
매입세액이 공제대상 매입세액인지 여부를 가리는 데 있다.
① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.
2) 부가가치세법 제6조 (재화의 공급)
① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다. 3) 부가가치세법 제13조 (과세표준)
① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액을 합한 금액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.
1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가
2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가
3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우: 자기가 공급한 재화의 시가 4) 부가가치세법 제17조 (납부세액)
① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액
② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
3. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액 5) 부가가치세법 시행령 제48조 (과세표준의 계산)
① 법 제13조제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다. 6) 부가가치세법 시행령 제52조 (부당대가 및 에누리 등의 범위)
① 법 제13조제1항제3호 및 제4호에 규정하는 부당하게 낮은 대가는 사업자가 그와 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어서 재화와 용역의 공급가액에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되는 시가보다 낮은 대가로 한다. 7) 부가가치세법 시행령 제60조 (매입세액의 범위)
③ 법 제17조제2항3호에 규정하는 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 소득세법 시행령제78조 또는 법인세법 시행령제48조, 제49조제3항 및 제50조에 규정하는 바에 따른다. 8) 국세기본법 제14조 (실질과세)
① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(명의)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 9) 법인세법 제4조 (실질과세)
② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익 등의 명칭이나 형식에도 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다. 10) 법인세법 시행령 제48조 (공동경비의 손금불산입)
① 법인이 당해 법인 외의 자가 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중 다음 각 호의 기준에 의한 분담금액을 초과하는 금액은 당해 법인의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. 11) 법인세법 시행령 제49조 (업무와 관련이 없는 자산의 범위 등)
① 법 제27조제1호에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각 호의 자산을 말한다.
1. 다음 각 목의 1에 해당하는 자산.(이하 생략)
2. 다음 각 목의 1에 해당하는 동산
① 법 제27조제2호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 해당 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주 등이 아닌 임원과 소액주주 등인 임원 및 사용인은 제외한다.)이 주로 사용하고 있는 장소ㆍ 건축물ㆍ물건 등의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금(이하 생략)
2. 해당 법인의 주주 등(소액주주 등은 제외한다)이거나 출연자인 임원 또는 그 친족이 사용하고 있는 사택의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금 13) 소득세법 시행령 제78조 (업무와 관련 없는 지출) 법 제33조 제1항 제13호에서 “직접 그 업무와 관련이 없다고 인정되는 금액”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 사업자가 그 업무와 관련 없는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 발생하는 취득비ㆍ유지비ㆍ수선비와 이와 관련되는 필요경비
2. 사업자가 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 타인(종업원을 제외한다)이 주로 사용하는 토지ㆍ건물 등의 유지비ㆍ수선비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금
1. ○○○○가 제출한 소명서(이하 “소명서”라 한다) 및 에너지공급계약서 등 관련계약서에 따르면, 쟁점설비는 크게 토지와 1호기 및 2호기로 구성되어 있는바, 1호기는 스팀을 주로 생산하는 스팀터빈, 2호기는 전력을 주로 생산하는 복합터빈이고, ○○○○는 일정량 이상의 에너지를 공급받아야 하며, ◇◇◇◇◇에게 적정마진을 보장하여야 한다고 기재되어 있다. 또한, 원료(유류)단가 상승액 보전조항(Fuel adjustment)에 따라 에너지공급단가를 조정할 수 있다고 기재되어 있다.
2. ◆◆파워는 2010.
1.
26. 청구법인을 분할하여 설립한 ○○○○의 자회사(발행주식의 99.65% 소유)로서, 2010년 사업연도 수입금액은 248억원이며, 사업목적은 ●●도 **에 소재하는 250 메가와트 열병합발전소 또는 기타 집단 에너지사업 설비에 대한 자금운용, 동 발전소 및 설비의 취득, 동 발전소 및 설비 소유, 운영, 관리 및 유지 업무를 담당하고 있다.
3. 유가의 급격한 상승으로 한국전력 등으로부터 에너지를 구입하는 것에 비해 ◇◇◇◇◇으로부터 에너지를 공급받는 단가가 높아짐에 따라, ○○○○는 2005.
3.
23. ◇◇◇◇◇으로부터 쟁점설비를 재매수하고 에너지공급계약을 조기 해지하는 대가로 1,188억원을 지급하는 계약을 체결하였는바, 대금지급은: 2005년 9월부터 2009년 12월까지 20회에 거쳐 연불 지급하기로 되어 있다.
4. ○○○○, 청구법인, ◇◇◇◇◇은 2005.
6.
2. 쟁점인계․인수계약에 동의하는 3자간 계약을 체결함
5. ○○○○의 의뢰에 의하여 ●●회계법인이 쟁점설비에 대한 평가를 마 치고 작성한 보고서(2005년 8월 작성한 것으로 추정됨)의 내용은 아래와 같다.
○ 법인세법상 자산가치는 취득가액을 원칙으로 하며 천재지변 등 특별한 사유가 발생하지 않는 한 감액할 수 없고, 기업회계기준에서는 유형자산 의 가치를 참고하여 측정하는바, 세법 및 기업회계기준에 의하여 2호기 의 매각가치 또는 공정가치를 평가할 수 없다.
○ 따라서, 법원공시 경매 낙찰률의 평균에 따른 매각 추정가치의 산정은 가능한 대안이며, 이에 따라 평가한 2호기의 공정가치는 아래와 같다.
• 수원지방법원 여주지원의 낙찰률(66.1%)과 전국경매 낙찰률(72.1)을 평 균한 낙찰률(48.37%)을 적용하여 공정가치를 평가여야 하나, 계산의 편 의상 50%를 적용한 가액을 2호기의 공정가치(172억=344억*50%)로 한다
6. 청구법인은 ◇◇◇◇◇에게 지급할 설비재매수계약금 1,188억원 중 563억원을 ○○○○로부터 보전받는 계약을 2005.
8.
31. 체결하였으며, 쟁점보전금지급계약에 따르면, 보전금을 지급하는 목적은 청구법인이 ○○○○의 ‘설비재취득계약’상의 지위를 승계함으로써 부담하게 되는 경제적 불이익을 보전하기 위함인 바, 그 보전금은 에너지공급계약의 조기해지에 따른 쟁점계약해지보상금 391억원 및 2호기의 쟁점예상처분손실금 172억원으로 구성되고, 설비재매수계약에 따른 매매대금 지급시기(연불)별로 매매대금을 지 급하는 날의 전날에 ○○○○가 청구법인에게 보전금을 지급하며, 쟁점예상처분손실금 172억원은 청구법인이 2호기를 인수한 후, 실제로 처분할 때 확정되는 손실과 비교하여 정산하기로 약정하였다.
7. 청구법인과 ◇◇◇◇◇은 2006.
3.
30. 설비재매수계약금액 1,188억원 중 391억원은 계약해지보상금이라는 사실에 합의하여 아래와 같은 계약을 체결하였으며, 쟁점계약해지보상금은 ‘에너지공급계약을 조기해지한 데 따라 ○○○○가 부담해야 할 보상금 성격의 금전’이라는 데 대해 청구법인과 처분청서 간에 다툼은 없다.
○ 2005.
3.
23. ◇◇◇◇◇과 ○○○○ 간 설비재매수계약이 체결되었고,
4.
1. ○○○○와 청구법인 간 쟁점인계ㆍ인수계약이 체결되었으며,
6.
2. ◇◇◇◇◇, ○○○○, 청구법인이 쟁점인계ㆍ인수계약에 동의하였다.
○ ◇◇◇◇◇과 ○○○○ 간 체결된 설비재매수계약금은 1,188억원(재고자 산 및 부가가치세 제외)이다. 이런 관계로 양측(◇◇◇◇◇, 청구법인)은 그들의 계약내용은 다음과 같이 정리되어 구성되었음을 확실히 하고 싶 어한다: 797억원은 설비자산가액(토지가액 92억원 포함)이고, 391억원은 에너지공급계약의 조기해지에 따른 보상금이다.
8. 청구법인은 설비재매수계약 및 쟁점인계ㆍ인수계약에 따라 2005년부터 2009년까지 ○○○○로부터 쟁점계약해지보상금과 쟁점예상처분손실금 563억원을 현금으로 지급받아 ◇◇◇◇◇에게 지급하였고, 2005년 사업연도부터 2009년 사업연도까지 재매수가액 1,188억원에서 쟁점계약해지보상금 및 예상처분손실 차감한 625억원을 건설가계정으로 계상하였다가 대금의 완납시점인 2009년 사업연도에 유형자산계정으로 대체하였다.
9. ○○○○는 2005년 설비재매수계약 체결 시 쟁점계약해지보상금 391억원은 2005년 사업연도 잡손실로 회계처리하고, 2호기 쟁점예상처분손실금 172억원은 2005년～2009년 사업연도 보전금 지급 시마다 잡손실로 회계처리하였다가 2005년～2009년 사업연도 법인세신고 시마다 손금불산입 유보처분으로 세무조정한 사실이 소명서 등에 의하여 확인된다.
10. 청구법인은 ◇◇◇◇◇에게 재매수대금 1,188억원을 연불지급하였고, 쟁점계약해지보상금 391억원은 과세거래가 아닌 계약 해지에 따른 보상금이라는 해석(서면인터넷방문상담2팀-1198, 2005.7.25.)에 따라 5차까지 계산서로 발행하다, 당해 대가는 그 명목여하에 불구하고 재화의 공급과 대가관계가 있는 것이므로 부가가치세 과세대상이라는 새로운 해석(서면인터넷방문상담 3팀-1920, 2006.8.28.)에 따라 ◇◇◇◇◇이 ▲▲지방국세청 조사국으로부터 부가세 15억원을 추징당하자 6차부터 과세거래로 보아 세금계산서를 발급한 사실이 조사서 등에 의하여 확인된다.
11. ◇◇◇◇◇은 1999.
8.
1. ●●도 시 ●●동 408-1번지에서 전기를 발전하는 사업을 목적으로 개업한 외투법인으로 ****(일본법인)이 주식을 100% 소유하고 있으며, 쟁점설비 양도 후 다른 사업을 위해 형식적으로 법인격을 유지하고 있는 사실이 국세청전산자료에 의하여 확인된다. 아울러, ◇◇◇◇◇은 쟁점계약해지보상금 391억원을, 에너지공급계약을 해지하는 계약의 체결일(2005.3.23.)이 속하는 2005년 사업연도 익금으로 계상하여 법인세 신고하였다가, 익금의 귀속연도는 대금청산일이라는 국세청 예규(서면상담2팀-1552, 2006.8.22.)에 따라 2008년 4월 쟁점계약해지보상금 391억원을 2005년 사업연도 익금에서 제외(익금불산입)하는 경정청구를 하여 해당 법인세를 환급받았다가, 2009년 사업연도 법인세신고시 유형자산처분이익으로 익금산입하여 법인세를 납부한 사실이 국세청전산자료에 의하여 확인된다.
- 라. 판단
1. 먼저, 쟁점계약해지보상금의 관련 매입세액이 공제대상 매입세액인지 여부에 대하여 살펴본다. 부가가치세 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금 ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적가치가 있는 것을 포함하며, 사업의 양도ㆍ양수과정에서 양도ㆍ양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가ㆍ인가 등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용ㆍ명성ㆍ거래선 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가 방법에 따라 유상으로 취득한 금액은 부가가치세 과세표준에 포함되는 것인 바, 청구법인은 쟁점인계․인수계약에 따라 계약대가 전부를 ◇◇◇◇◇에게 지급하였고, 쟁점계약해지보상금은 청구법인이 인수한 쟁점인계․인수계약에 포함된 대가이므로 그 대가는 명목이나 지급방법에 불구하고 재화의 공급과 대가관계에 있다고 보아야 할 것이며, 쟁점인계․인수계약과 관련하여 ○○○○가 부담한 마이너스 프리미엄 성격의 손실금을 청구법인과 ◇◇◇◇◇ 간 체결된 계약에 따라 청구법인이 ◇◇◇◇◇에게 지급한 재화나 용역의 공급대가에서 제외할 수는 없다 할 것이다. 또한, 청구법인이 ◇◇◇◇◇에게 지급한 쟁점계약해지보상금은 ◇◇◇◇◇ 이 갖고 있는 에너지를 공급할 수 있는 권리, 즉 영업권에 대한 대가로도 볼 수 있으므로, 그 자체만으로 재화의 공급과 대가관계에 있는 것이라 할 것이다. 아울러, 청구법인이 ◇◇◇◇◇에게 재매수대금 1,188억원을 20차례로 나누어 지급하였는바, ◇◇◇◇◇은 쟁점계약해지보상금이 과세거래가 아닌 계약해지에 따른 보상금이라는 해석(서면인터넷방문상담2팀-1198, 2005.7.25.)에 따라 5차까지 계산서로 발행하다, 당해 대가는 그 명목여하에 불구하고 재화의 공급과 대가관계가 있는 것이므로 부가가치세 과세대상이라는 새로운 해석(서면인터넷방문상담 3팀-1920, 2006.8.28.)에 따라 6차부터 과세거래로 보아 세금계산서를 발급하여 부가가치세를 거래징수한 것이다. 따라서, 쟁점계약해지보상금은 부가가치세 과세표준에 포함되어야 하며, 청구 법인은 자기의 사업을 위하여 쟁점계약해지보상금을 ◇◇◇◇◇에게 지급하였으므로 쟁점계약해지보상금에 대한 세금계산서 수취분은 부가가치세 매입 세액 공제대상임에도 처분청이 쟁점설비의 공급과 대가관계가 없고 청구법인의 사업을 위한 재화의 공급과 관련이 없다고 본 것은 잘못되었다고 판단된다.
2. 다음으로 쟁점예상처분손실금 관련 매입세액이 공제대상 매입세액인지 여부에 대하여 살펴본다. 부가가치세법 제6조 (재화의 공급)제1항에서 “재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다”라고 규정하였고, 같은 법 제13조(과세표준) 제1항 제3호에 재화의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 “재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우: 자기가 공급한 재화의 시가”라고 규정하면서도 ‘재화의 공급에 대하여 부당하게 높은 대가를 받는 경우’에 대해서는 언급하고 있지 않은 점을 고려할 때 부가가치세법은 재화의 공급에 대해 시가보다 부당하게 높은 대가를 지급하는 경우에도 사적자치(私的自治)를 존중하고 있다. 또한, 부가가치세법 제17조 제1항 제1호 에 따르면 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 공급에 대한 매입세액 전부를 매출세액에서 공제되는 대상으로 규정하고 있고, 매입세액의 공제 여부가 부가가치세 납부세액을 결정하는 가장 중요한 요소 중의 하나이기 때문에 그 공제 여부를 해석에 맡겨두지 아니하고 법에 제한적·열거적으로 규정하고 있는바(대법94누1449, 1995.12.21 참조), 사업자가 공급받은 재화를 자기의 사업을 위해 사용하였다면 그 매입세액 전부를 공제해줘야지, 그 재화의 매입을 위해 지급한 금전의 각 구성요소별로 매입세액 공제여부를 판단하는 것은 아니며, 부가가치세법 제17조 제2항 에서 매출세액에서 공제되지 아니하는 매입세액에 대해 열거하고 있고 제3호의 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’ 등 동 규정에서 열거하고 있지 않은 것은 매입세액 불공제대상에서 제외되는 것으로 보아야 하는바, 청구법인이 ◇◇◇◇◇과 ○○○○ 간 설비재매수계약 및 ○○○○와 청구법인 간 인계ㆍ인수계약 등에 따라 쟁점설비를 공급받는 대가 1,188억원을 지급하였고, 쟁점설비를 청구법인의 사업을 위해 사용하였거나 사용할 예정인 이상 부가가치세의 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적가치가 있는 것을 포함 되는 것이며, 쟁점설비 공급에 대하여 부당하게 높은 대가를 지급하였다거나 쟁점설비가액 중 일부의 대금을 ○○○○로부터 보전받아 지급하였다는 이유로 쟁점설비의 공급에 대한 매입세액 중 일부라도 청구법인의 매출세액에서 공제하지 않을 수는 없다 할 것이다. 실제로 쟁점설비는 청구법인에서 인적분할된 ◆◆파워에 인계되어 ◆◆파워의 업무(법인 등기부상 목적사업)에 직접 사용되고 있으며, 쟁점설비를 가동ㆍ관리ㆍ운영하는 대가로 ○○○○를 비롯한 단지 내 업체들로부터 연간 248억원(2호기 83억원 포함)의 수익을 창출하고 있다. 처분청의 주장대로 청구법인이 쟁점예상처분손실금을 ○○○○로부터 보전 또는 전달받아 ◇◇◇◇◇에게 지급하였다 하더라도, 청구법인은 공급받은 쟁점설비를 청구법인의 사업을 위해 사용하였을 뿐만 아니라 쟁점쟁점예상처분손실금은 부가가치세법 제17조 제2항 에 열거하는 불공제대상 매입세액에도 해당되지 아니한다. 따라서, 처분청이 쟁점예상처분손실금을 청구법인의 사업을 위한 재화의 공급 과 관련이 없어 관련 매입세액이 공제대상이 아니라고 본 것은 잘못되었다고 판단된다.
이건 심사청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.