공통매입세액 재계산 시 신고불성실 가산세 정당 여부

• 가. 청구인은 1981.5.1. 개업한 변호사로서 2009년 제1기 - 2010년 제1기(이하 “쟁점기간”이라 한다) 부가가치세 신고 시 과세분 매출이 없어 사무실 임차료에 대한 부가가치세 매입세액을 환급받았다.
• 나. 처분청은 청구인의 쟁점기간 동안 부가가치세 면세분 매출(공증수수료 등)에 따라 공통매입세액에 대한 매입세액을 불공제하고 환급불성실 가산세를 가산하여 2011.2.11. 청구인에게 부가가치세 2,624,640원 (2009년 제1기 1,394,810원, 2009년 제2기 656,230원, 2010년 제1기 573,600원)을 경정고지 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.4.1. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 처분청은 2010.12.1.자 2009년 제2기분 부가가치세가 부당 환급 되었다는 이유로 가산세 없이 506,940원을 반환하라는 납세 고지를 하여 2010.12.28. 반납한바 있다.
• 나. 그러나 이 건 2011.2.11.자 경정 결정하면서 2009년 제1기분 가산세 278,000원, 2009년 제2기분 가산세 149,293원, 2010년 제1기분 가산세 66,662원을 가산하여 부과처분한 것은 부당하다.
• 다. 따라서 처분청이 위와 같이 환급처분을 한 점에 대하여는 그 자체에 처분청 또한 명백한 사무처리상의 오류와 책임이 있음에도 불구하고 전혀 그 내용이나 이유를 모르는 청구인에게 책임이 있는 것처럼 가산세를 부가하였음은 부당하다 아니할 수 없음으로 청구인이 환급 받은 금 2,130,000원을 초과한 가산세 금493,955원의 부과처분은 당연히 취소되어야 할 것이다.

• 가. 청구인은 2009.2기분 환급세액 506,940원이 이중환급되어 2010.12.31. 납기로 고지할 때에는 가산세가 부과되지 아니한 것을 이유로, 2009.1기 ∼2010.1기분 고지세액에 포함된 가산세가 부당하다고 주장하고 있으므로 살펴본다.
• 나. 2009.2기 부가가치세 확정신고 환급신청액 506,940원은 2010.2.10. 일 괄결의되어 환급되었으며, 2010.3.2. 담당공무원이 환급에서 누락된 것으로 보아 개별결의하여 이중환급된 것이고 이 경우 초과환급의 귀책사유가 처분청에 있으므로 청구인에게 가산세를 부과하지 아니하는 것이다.
• 다. 청구인은 사무처리의 내용이나 이유를 모르는 청구인에게 책임이 있는 것으로 가산세를 부과하여 처분이 부당하다고 주장하고 있으나, 청구외 과세기간인 2008.2기에 청구인이 신고한 부가가치세 신고서의 내용을 보면, 과세분 매출 1,614,000원과 면세분 매출 6,713,470원을 기준으로 공통매입세액 1,218,300원을 부가가치세법시행령 제61조 제1항 의 산식에 따라 안분계산하여 공제받지 못할 매입세액 982,170원을 차감하여 신고한 사실도 있다.
• 라. 따라서, 청구인이 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당되지 아니하여 청구인의 주장은 이 유 없다 할 것이다(같은 뜻: 대법원 2001두7886, 2003.01.10).

• 가. 쟁점 공통매입세액 재계산에 따라 불공제되는 부가가치치세에 가산세를 부과할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. - 5. (생략)

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련매입세액 2) 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할 세무서장, 사업장 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 "사업장 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고한 내용에 오류 또는 탈루(脫漏)가 있는 경우

3. - 4. (생략)

② - ③ (생략) 3) 부가가치세법시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 면세공급가액 관련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ─────── 총공급가액 4) 국세기본법 제47조 의4 【초과환급신고가산세】

① 납세자가 법정신고기한까지 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 세법에 따라 신고납부하여야 할 세액을 납세자가 환급받을 세액으로 신고하거나 납세자가 신고한 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 경우에는 그 환급신고한 세액 또는 그 초과환급신고한 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 이 경우 납세자가 환급신고를 하였으나 납부하여야 할 세액이 있는 경우에는 납부하여야 할 세액을 과소신고한 것으로 보아 제47조의3을 적용한다. 다만, 부가가치세법 제17조의2제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항에도 불구하고 부당한 방법으로 초과환급신고한 세액이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

1. 부당한 방법으로 초과환급신고한 세액에 대한 가산세액: 초과환급신고한 세액 중 부당한 방법으로 초과환급신고한 세액의 100분의 40에 상당하는 금액

2. 제1호 외의 부분에 대한 가산세액: 초과환급신고한 세액 중 부당한 방법으로 초과환급신고한 세액 외의 세액의 100분의 10에 상당하는 금액 5) 국세기본법 제47조 의5 【납부·환급불성실가산세】

① (생략)

② 납세자가 환급받은 세액이 세법에 따라 환급받아야 할 세액을 초과하는 경우에는 다음 계산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 초과하여 환급받은 세액 × 환급받은 날의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 6) 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

7. 대법원 2004.09.24, 선고, 2003두10350판결 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으며, 또한 납세의무자가 세무공무원의 잘못된 설명을 믿고 그 신고·납부의무를 이행하지 아니하였다 하더라도 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 수 없음

• 다. 사실관계

1. 청구인은 쟁점기간에 대한 부가가치세 신고 시 과세분 매출이 없어 사무실 임차료에 대한 부가가치세 매입세액을 환급받았으나 처분청은 쟁점기간 동안 부가가치세 면세분 매출(공증수수료 등 수입)에 의한 공통매입세액 재계산에 따라 매입세액을 불공제하여 2011.2.11. 청구인에게 부가가치세 2,624,640원 (2009년 제1기 1,394,810원, 2009년 제2기 656,230원, 2010년 제1기 573,600원)을 경정 고지 한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

2. 청구인의 부가가치세 신고내역이 아래와 같이 국세통합전산망에 의하여 확인된다. 단위: 천원 기분 매출 매입 납부 세액 비고 계 과세 면세 계 일반 불공제 2010.1기 27,276 0 10,138 10,138 0 1,048 2009.2기 8,726 0 8,726 5,069 5,069 0 -506 2009.1기 16,625 0 16,625 11,161 11,161 0 -1,116 2008.2기 8,327 1,614 6,713 2,361 12,183 9,822 -74

3. 쟁점기간에 대한 부가가치세 신고내용에 대하여 당사자간 다툼은 없다.

• 라. 판단 위와 같은 관련법령과 사실관계를 종합해 보면, 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 부가가치세 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 총공급가액에서 면세공급가액이 차지하는 비율을 곱하여 계산하여야 한다. 아울러 납세자가 환급받은 세액이 세법에 따라 환급받아야 할 세액을 초과하는 경우에는 초과하여 환급받은 세액에 환급받은 날의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간에 1일 1만분의 3의 율을 곱하여 산출하는 환급불성실 가산세가 부과된다 할 것이다. 청구인의 경우 당초 쟁점기간에 대한 부가가치세 신고 시 면세 수입금액이 있음에도 불구하고 공통매입세액에 면세관련 매입세액을 산출하여 불공제하지 아니하고 매입세액 전액을 환급받은 사실에 대하여 처분청이 위와 같은 관련규정에 따라 매입세액을 불공제하고 환급불성실가산세를 가산하여 이 건 부가가치세를 경정고지한 것은 정당하다 할 것이다. 따라서 청구주장을 받아들일 수 없으므로 이 건 심사청구는 기각하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.