당초 계산서 교부된 과세거래에 대하여 경정청구에 의하여 매입세액 공제가 가능여부

• 가. 청구법인은 2006.11.29. 사업을 개시하여 00시 00구 00동 259-2 소재 호텔 지하에서 룸싸롱을 영위하는 법인으로서 건물 소유주인 청구외 법인 (주)관광호텔(이하 “청구외법인”이라 한다)으로부터 지방세 중과분 재산세에 대한 면세계산서를 공급받았으나 이후 청구외법인이 이를 과세대상으로 수정신고하여 청구법인도 소급하여 2007년 제2기 공급가액 40,297,630원, 2008년 제2기 공급가액 33,537,900원, 2009년 제2기 공급가액 35,360,010원, 합계 109,195,540원의 매입세금계산서(이하 “쟁점 매입세금계산서”라 한다)를 재발급받은 후 매입세액을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나 처분청은 과세거래를 계산서로 교부한 경우 수정세금계산서를 교부할 수 없다는 사유로 2010.10.11. 경정청구를 거부하였다.
• 나. 청구인은 이에 불복하여 2010.11.2. 이의신청을 거쳐 2010.12.31. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 면세계산서 발행과정을 보면, 청구법인은 건물소유주인 청구외법인을 형식상 납세의무자로 보고 실질적인 납세의무자는 청구법인으로 생각하여 과세용역이 아닌 면세용역으로 잘못알고 재산세 중과분에 대하여 적법하게 관할 세무서에 제출하였다. 현행 부가가치세의 특성상 최종 조세부담자는 재화 및 용역의 소비자이므로 사업자는 면세계산서를 발행하나 세금계산서를 발행하나 사업자의 조세 부담은 동일하므로 구태여 조세부담을 줄이려고 계산서를 고의적으로 선택하여 발행할 이유가 없는 것이다. 따라서 세법적용을 잘 모르기 때문에 착오에 의하여 면세계산서를 발행한 것이지 고의로 면세계산서를 발행한 것은 아니다.
• 나. 청구법인은 청구외법인의 정당한 수정신고에 의하여 국세기본법 제45조의2 (경정 등의 청구)의 규정에 의하여 기한내 적법하게 청구한 것으로써 경정청구에 대한 납득할 만한 사유 없이 기각하였다. 관련 해석(제도46015-12132,2001.7.14)에 의하면 “수정세금계산서를 교부받은 사업자는 동 세금계산서에 의하여 경정청구를 통하여 매입세액을 공제받을 수 있는 것임”이라고 한 바와 같이 거래상대방인 사업자가 기재사항에 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에 수정세금계산서를 교부하고 이를 공급받은 사업자는 동 수정세금계산서에 의하여 경정청구가 가능하고 매입세액을 공제받을 수 있는 것이며, 이는 거래상대방인 청구외법인이 수정세금계산서에 의하여 수정신고하여 부가가치세를 납부하고 처분청도 수정신고를 수리하여 부가가치세를 정당한 것으로 수납한 것이다.
• 다. 경정청구 기각사유를 살펴보면, 거부통지서상 “당해 거래는 세금계산서를 교부받지 않은 것으로 매입세액 공제가 불가하므로 귀사의 경정청구를 기각 처리함”이라고 설명하고 있다. 청구법인은 세금계산서를 교부받지 않은 것이 아니고 관련 예규(부가46015-1173,1996.6.17.)에서 “사업자가 부가가치세가 면세되는 재화나 용역을 제공하고 착오로 세금계산서를 교부하였을 경우 세금계산서를 수정하여 교부하고 추가로 계산서를 교부할 수 있으며 이 경우 경정청구할 수 있는 것임”이라는 해석에 의하여 같은 법리로 착오에 의하여 용역의 공급시기에 면세계산서를 적기에 발행 신고한 것으로써 수정세금계산서를 발행․교부하고 경정청구할 수 있는 것이다. 따라서 처분청이 세금계산서를 교부받지 않은 것으로 간주하고 기각한 것은 잘못된 과세처분이다.
• 라. 처분청은 세금을 납부하는 수정신고에 대하여는 정당하게 처리하고 세금을 환급하는 경정청구에 대하여는 기각하는 것은 국세기본법 제1조 (목적) “…과세의 공정을 도모하며…”라고 한 공정과세 원칙을 위배하고 있으며, 같은 의미의 국세 기본법 기본통칙1-0…1(목적) “…합리적이고 객관적인 해석기준을 정립함으로써…” 규정도 위배하고 있다. 처분청이 기각근거로 제시한 예규(부가46015-2405,1994,11.28.)는 그 후의 예규(부가46015-1173,1996.6.17.)에 의하여 효력이 상실된 예규로써 이를 근거로 경정청구를 기각하는 것은 잘못이다. ※ 부가46015-2405,1994.11.28. 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하고 소득세법 제189조 의 규정에 의하여 계산서를 작성교부한 경우에는 부가가치세법 시행령 제59조 의 규정에 의한 수정세금계산서를 교부할 수 없는 것임.
• 마. 처분청의 의견서에 대한 항변내용은 다음과 같다.

1. 수정세금계산서는 청구법인이 발행한 것이 아니고 청구외법인인 거래상대방이 면세계산서를 착오에 의하여 발행한 것이고 수정신고하여 세금을 납부한 것에 대하여 청구법인은 당해 수정세금계산서를 교부받아 경정청구 한 것 뿐인데 처분청은 어떠한 근거로 경정청구를 거부하는지 알 수 없다.

2. 처분청은 수정세금계산서는 청구법인이 발행한 것이 아니고 청구외법인인거래 상대방이 발행한 것으로써 발행주체를 오해하고 있는 것이다.

3. 관련 해석(재조세 46019-135,2003.4.7) 및 국세기본법 기본통칙 45의2-0…1(경정 등의 청구)에서 “ 국세기본법 제45조의2 제1항 의 규정에 의한 경정 등의 청구는 과세표준 신고서를 법정신고기한 내에 제출한 후 최초의 과세표준 및 세액에 대하여 수정신고를 한 경우에도 경정청구기한 내에는 수정신고한 과세 표준 및 세액에 대하여 경정청구를 할 수 있는 것이다”라고 해석하고 있는 바, 이와같이 정당하게 수리된 수정신고에 대하여는 경정청구가 가능한 것인데도 처분청은 구체적인 설명없이 경정청구를 거부하였다.

• 바. 이와같이 청구법인의 주장에 대하여 납득할 만한 처분청의 답변이 없으므로 처분청의 부과처분에 대하여 심사청구 등의 불복을 함으로써 청구법인은 시간과 금전적으로 손실이 발생하고 있으며, 이와같은 청구법인의 주장에 대하여 납득할 수 있도록 심리하여 주시기 바랍니다.

• 가. 사업자가 재화 또는 용역을 공급받고 부가가치세법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 동 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것(제도46013-10095,2001.3.16.)이며,
• 나. 과세거래를 계산서로 교부한 경우 수정세금계산서를 교부할 수 없음에도 불구하고 수정세금계산서를 교부하였다(부가46015-2405,1994.11.18.).
• 다. 청구법인은 당초 계산서상 공급대가 2007년 제2기 40,297,630원, 2008년 제2기 33,537,900원, 2009년 제2기 35,360,010원과 동일하게 세금계산서 공급가액을 수취하였으므로 당초 부담하지도 않은 매입세액 공제를 주장하나 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 당초 계산서 교부된 과세거래에 대하여 추후 경정청구에 의하여 매입세액 공제가 가능한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항 2) 부가가치세법 시행령 제59조 【수정세금계산서 교부사유 및 교부절차】 법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 교부할 수 있다.

1. 당초 공급한 재화가 환입된 경우: 재화가 환입된 날을 작성일자로 기재하고 비고란에 당초 세금계산서 작성일자를 부기한 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 교부한다.

2. 계약의 해제로 인하여 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우: 계약이 해제된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 기재하고 비고란에 계약해제일을 부기한 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 교부한다.

3. 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우: 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 기재하고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 교부한다.

4. 재화 또는 용역을 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 내국신용장이 개설되었거나 구매확인서가 발급된 경우: 내국신용장 등이 개설된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 기재하고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 부기하여 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 교부하고, 추가하여 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 부(負)의 표시를 하여 작성하고 교부한다.

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 기재된 경우: 세무서장이 경정하여 통지하기 전까지 세금계산서를 작성하되, 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 작성하여 교부하고, 수정하여 교부하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 교부한다. 3) 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때 4) 국세기본법 제45조의2 【경정등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달 하는 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때

2. 소득 기타 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있은 때

3. 조세조약의 규정에 의한 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어진 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때

5. 제1호 내지 제4호와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 경과후에 발생한 때 5) 소득세법 시행령 제211조 【계산서의 작성ㆍ교부】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 다음 각호의 사항이 기재된 계산서 2매를 작성하여 그중 1매를 공급받는 자에게 교부하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호와 성명 또는 명칭

• 다. 사실관계

1. 처분청은 청구법인이 경정청구한 청구금액에 대하여 거부통지하였음이 관련 공문(00법인세과-4107,2010.10.11.)에 의하여 아래와 같이 거부통지 사유가 확인된다. 『귀사가 2010년 7월 30일 우리서에 제출한 경정청구서를 검토한 결과, 귀사는 당초 (주)*관광호텔(청구외법인)(109-81-1****)으로부터 받은 계산서를 매입처별세금계산서합계표에 추가하여 매입세액공제 요청을 하였으나 당해 거래는 세금계산서를 교부받지 않은 것으로 매입세액공제가 불가하므로 귀사의 경정청구를 기각 처리함을 통지함.』

2. 청구법인이 2010.7.30. 제출한 각 과세기간별 과세표준 및 세액의 경정청구서, 부가가치세 예정 수정신고서, 매입처별세금계산서합계표상의 청구금액은 다음과 같음이 확인된다. <표1> 경정청구세액 (단위:천원) 과세기간 발행일 공급가액 청구세액 계산서 발행 비고 2007년 제2기 2007.7.30. 40,298 4,029 40,298 2008년 제2기 2008.7.15. 33,538 3,353 33,538 2009년 제2기 2009.7.15. 35,360 3,536 35,360 합 계 109,196 10,918 109,196 3) 청구법인은 “유흥주점 중과재산세 및 교육세”의 명목으로 청구외법인으로부터 아래 <표2>과 같이 계산서를 수취한 사실이 확인된다. <표2> 계산서 수취내역 과세기간 발행일 공급자 공급받는자 공급가액 2007년 제2기 2007.07.30. (주)관광호텔 청구법인 40,298 2008년 제2기 2008.07.15. (주)관광호텔 청구법인 33,538 2009년 제2기 209.07.15. (주)*관광호텔 청구법인 35,360 (단위: 천원)

4. 00지방국세청장은 청구외법인에 대한 세무조사를 하였고, 청구외법인이 청구법인에게 발행한 계산서의 공급가액을 과세거래로 조사하였으며, 이에 따라 청구외법인은 계산서의 공급가액을 공급대가로 하여 수정신고후 자진신고․납부하였음이 확인된다.

5. 청구법인이 임대료에 포함하여 지급한 유흥주점 중과재산세 지급액을 서울지방국세청장이 과세거래로 본 사실, 청구외법인이 과세거래로써 수정신 고한 사실을 근거로, 청구법인은 2010년 7월중 당초 계산서를 발행받은 날짜로 소급하여 청구외법인으로부터 아래 <표3>와 같이 세금계산서를 교부받고, 소급하여 교부받은 세금계산서를 첨부하여 “과세표준 및 세액의 경정청구서’”를 2010.7.27. 처분청에 신고하였다. <표3> 청구법인의 수정신고내역 과세기간 세금계산서 발행일자 공급자 공급 받는자 경정청구세액 공급가액 세액 2007년 제2기 2007.07.30. (주)관광호텔 청구법인 40,298 4,029 2008년 제2기 2008.07.15. (주)관광호텔 청구법인 33,538 3,353 2009년 제2기 2009.07.15. (주)*관광호텔 청구법인 35,360 3,536 (단위: 천원) 6) 00지방국세청장이 2010.12.14. 결정한 이의신청결정문(이의2010서***호)상의 판단부분은 다음과 같다. 『 부가가치세법 제16조제1항 에 의하면 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 동법 제9조에서 정하는 거래시기에 세금계산서를 발급받도록 하고 있으며, 동법 제17조제1항은 이와 같이 발급받은 세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제하도록 하고 있는 반면, 동조 제2항제1의2호에 의하면 동법 제16조제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우에는 매출세액에서 공제하지 아니하도록 하고 있다. 이 사건의 경우 신청인의 경정청구의 근거가 된 쟁점 세금계산서들은 공급시기를 달리하여 소급하여 발행받은 것으 로써, 부가가치세법 제16조제1항 의 규정에 의한 세금계산서를 교부받은 것으로 볼 수 없는 것이므로 동 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없는 것이며(제도 46103-10095, 2001.3.16. 같은 뜻), 청구법인은 당초 발급받았던 계산서를 근거로 세금계산서를 수정하여 재발급받은 것이라고 주장하나, 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하고 소득세법 제189조 의 규정에 의한 계산서를 작성․교부한 경우에는 부가가치세법시행령 제59조 의 규정에 의한 수정세금계산서를 교부할 수 없는 것인 바(부가46015-2405, 1994.11.28. 같은 뜻), 위와 같은 법리에 따라 처분청이 한 이 사건 경정청구 거부처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 』

7. 수정세금계산서 작성교부와 관련된 판례․예규 등의 내용은 다음과 같다.

○ 제도46015-12132, 2001.7.14. 사업자가 세금계산서(수정세금계산서 포함)를 교부한 후 그 기재사항에 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 부가가치세법시행령 제59조 본문의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있는 것이며, 수정세금계산서를 교부받은 사업자는 동 세금계산서에 의하여 국세기본법 제45조 의 2 규정에 의한 경정청구를 통하여 매입세액을 공제받을 수 있는 것임.

○ 부가46015-1173, 1996.6.17. 사업자가 부가가치세가 면제되는 재화나 용역을 제공하고 착오로 세금계산서를 교부하였을 경우에는 세금계산서를 수정하여 교부하고 추가로 계산서를 교부할 수 있으며, 이 경우 경정청구 할 수 있는 것임.

○ 제도46013-10095, 2001.3.16. 사업자가 재화 또는 용역을 공급받고 부가가치세법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 동 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것임.

○ 부가46015-2405, 1994.11.28. 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하고 소득세법 제189조 의 규정에 의한 계산서를 작성·교부한 경우에는 부가가치세법시행령 제59조 의 규정에 의한 수정세금계산서를 교부할 수 없음.

○ 재조세46019-135, 2003.4.7. 국세기본법 제45조의2 제1항 의 규정에 의한 경정 등의 청구는 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 후 최초의 과세표준 및 세액에 대하여 수정신고를 한 경우에도 경정청구기한 내에는 수정신고한 과세표준 및 세액에 대하여 경정청구를 할 수 있는 것임.

○ 서면3팀-1929, 2005.11.2. 사업자가 부가가치세가 면제되는 재화나 용역을 제공하고 착오로 인하여 세금계산서를 교부하였을 경우에는 수정신고 기한내에 수정 세금계산서를 교부하고 추가로 계산서를 교부할 수 있음.

• 라. 판단 청구외법인이 당초 과세용역을 면세용역으로 하여 계산서를 교부하였으나 수정신고에 의하여 수정세금계산서를 작성․교부하여 이를 공급받은 청구법인은 동 수정세금계산서에 의한 매입세액을 매출세액에서 공제를 할 수 있다고 주장하고 있으나 이에 대하여 살펴보면,

○ 청구법인의 경정청구의 근거가 된 쟁점세금계산서는 당초부터 청구법인이 세금계산서를 교부받아야 하나 계산서를 교부받은 것으로 결론적으로 면세가 과세로 전환됨에 따라 쟁점세금계산서의 경우 공급시기를 달리하여 소급하여 발행받은 것이 되므로 부가가치세법 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받은 것으로 볼 수 없는 것이므로 동 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없는 것이며,

○ 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하고 소득세법 시행령 제211조의 규정에 의한 계산서를 작성․교부한 경우에는 부가가치세법 시행령 제59조의 규정에 의한 수정세금계산서를 교부할 수 없는 것인 바(부가46015-2405, 1994.11.28. 같은 뜻), 따라서 이를 교부받은 청구법인은 쟁점세금 계산서상 매입세액을 사실과 다른 세금계산서로 보아 공제받을 수 없는 것이다.

○ 상기 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살펴볼때, 이 사건 경정청구 거부처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.