쟁점세금계산서가 정당하게 발행된 것인지 여부

북대구세무서장이 2010.11.5. 청구법인에 한 2010년 제1기 부가가치세 250,600,870원의 부과처분은, a가 청구법인에 양도한 ab아파트 201동 401호 등 25채의 양도가액을 5,082,740,250원으로 하여, 이를 기준으로 그 과세표준과 세액을 경정한다.

청구외 주식회사a (이하 “a”라 한다)는 경북 00시 c동 소재 c주공 아파트재건축정비사업조합 (이하 “재건축조합”이라 한다) 과 c주공아파트 재건축도급공사 (이하 “쟁점용역”이라 한다) 를 지분제로 계약하였다. 청구법인은 a가 쟁점용역을 수행하고 그 대가로 받았다는 재건축아파트25채 (ab아파트 201동 401호 외 24채) 를 2010.3.25. a로부터 67억원에 매입하고 그 중 부가가치세 과세대상인 국민주택규모 초과분 14채 (이하 “쟁점아 파트”라 한다) 에 대해 공급가액 31억원의 세금계산서 (이하 “쟁점세금계산서”라 한다) 를 교부받아 매입세액을 매출세액에서 공제하는 부가가치세신고를 하였다. 처분청은 재건축조합 명의로 등기되어 있는 쟁점아파트의 실소유자를 재건축 조합으로 보아, 실소유자 명의가 아닌 a 명의로 발행된 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 당해 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 2010.11.5. 이건 부가가치세 250,600,870원을 청구법인에 부과처분하였다. 청구인은 이에 불복하여 2010.12.17. 이건 심사청구를 제기하였다.

a이 지분제 계약에 따라 쟁점용역을 수행하고 그 대가로 받은 쟁점아파트는 a의 소유로서 그 공급자는 당연히 a가 된다 할 것이다. 따라서, 청구법인이 쟁점아파트를 a로부터 공급받고 쟁점세금계산서를 a 명의로 수취하여 그 매입세액을 매출세액에서 공제한 것은 정당하다. 설령, 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라 하더라도, 청구법인은 선의의 취득자이므로 그 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다.

쟁점아파트는 재건축조합 명의로 등기되어 있으므로 그 공급자는 당연히 재건축조합이 된다 할 것이다. 따라서, a 명의로 발행된 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 당해 매입세액을 매출세액에서 불공제한 것은 정당하다. 또한, 쟁점아파트 양도 당시 쟁점아파트가 재건축조합 명의로 등기되어 있던 사실, 매매계약서상 매도인도 재건축조합이라는 사실 등에 비추어, 청구법인은 쟁점아파트의 실질 소유자가 재건축조합이라는 사실을 충분히 알고 있었을 것이므로, 청구법인이 선의의 취득자라는 청구주장은 이유가 없다.

• 가. 쟁 점 이건의 쟁점은 a를 쟁점아파트 실소유자로 보아 a가 발행한 쟁점세금 계산서를 정상적인 세금계산서로 볼 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련 법령

○ 부가가치세법 제16조 (세금계산서) ⓛ 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정 발급 할 수 있다

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호가지의 사항 외의 대통령령에 정하는 사항

○ 부가가치세법 제17조 (납부세액) ⓛ 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출 세 액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니 한다

1. 제20조 제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사 실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우위 매입세액은 제외한다. 2. 제16조 제1항. 제2항. 제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

3. 사업과 직접관련이 없는 지출에 대한 매입세액

4. 비영업용 소형승용자동차의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액

5. 접대비 및 이와 유사한 비용으로 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지관련 매입세액

7. 제5조 제1항 또는 제2항에 따른 등록을 하기전의 매입 세액. 다만, 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

• 다. 사실관계

1. a는 경북 00시 c동 소재 c주공아파트재건축정비사업조합 (재건축조합) 과 c주공아파트 재건축도급공사 (쟁점용역) 를 지분제로 계약하였는바, 그 주요 내용은 다음과 같다.

○ 계약일: 2005.5.2.

○ 사업시행방법: 일괄사업시행방법(확정지분제 시행방법)

○ 일반분양대금의 관리: 일반분양자에 분양하여 발생되는 일반분양대금은 “을(a)”이 관리한다.

○ 공사비 충당: 신축되는 건축물 중에서 조합원 배정분 아파트를 제외한 일반분양자에게 분양하는 아파트 분양수입과 조합원이 납부하는 부담금으로 “을”의 공사 비를 충당하기로 한다.

2. 청구법인은 a가 쟁점용역을 수행하고 쟁점아파트를 그 대가로 받았다며 그 증거로 재건축조합이 2010.3.30. 확인한 확인서를 제시하였는바, 그 내용은 다음과 같다. ‘ 쟁점아파트에 대한 등기부등본상 소유자는 재건축조합 명의로 되어 있으나 실질적인 권리 소유자는 a임을 확인하며, 쟁점아파트를 청구법인에 매각처리 함에 추후 어떠한 이의제기를 하지 않음을 확인합니다’ 3) 쟁점아파트에 대한 등기부등본에 의하면, 쟁점아파트가 청구법인에 양도될 당시 등기 명의자는 재건축조합으로 나타나며(2008.9.22. 보존등기), a가 쟁점 아파트를 장부에 계상하였다는 사실은 확인되지 아니하고, 쟁점아파트와 같은 단지인 ab아파트 304동 206호, 301동 608호 외 다 수의 아파트에 대하여는 대물변제를 사유로 a 명의로 등기 이전된 후 양도 되었음이 확인된다.

4. 쟁점아파트에 대한 매매계약서의 주요내용은 다음과 같다.

○ 계약일: 2010.3.25.

○ 부동산의 표시: ab아파트 201동 401호 외 24채(쟁점아파트)

○ 매매대금: 6,776,987,000원(계약금 311,101,000원 계약시 지급, 잔금은 입주지정일로부터 24개월)

○ 매도인: c주공재건축정비사업조합(매도 대리인: a)

○ 매수인: 청구법인 5) 법정관리 중인 a는 자금압박으로 쟁점아파트 매매대금 잔금(64억원)을 25% 할인 조건으로 조기에 납부하여 줄 것을 청구법인에게 요청하였고 청구 법인은 이에 응하여 할인된 잔금 47억원을 2010.3.30. a에 지급하였음이 금융 자료 등에 의해 확인된다.

• 라. 판 단 청구법인은, a가 지분제 계약에 따라 쟁점용역을 수행하고 그 대가로 쟁점아파트를 대물변제 받았으므로 그 실질 소유자는 a로서, 그 공급자는 a가 된다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. a와 재건축조합(c주공아파트재건축정비사업조합)이 쟁점용역(c주공 아파트 재건축도급공사)에 대한 공사계약을 ‘신축되는 건축물 중에서 조합원 배정분 아파트를 제외한 일반분양자에게 분양하는 아파트 분양수입과 조합원이 납부하는 부담금으로 a의 공사비를 충당하기로 한다’는 내용의 “지분제 계약” 으로 체결하였고, 재건축조합이 ‘쟁점아파트의 실질 소유자는 a이다’라고 확인한 사실 등에 비추어, 쟁점아파트는 a가 쟁점용역을 제공하고 그 대가로 대물변제 받은 것으로 봄이 상당하다 할 것이다. 따라서, 쟁점아파트 실질소유자를 a로 보아야 할 것이므로, 청구법인이 쟁점 아파트를 매입함에 있어 그 실질 소유자인 a 명의의 세금계산서(쟁점세금계산서)를 수취하여 그 매입세액을 매출세액에서 공제한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 다만, 청구법인이 쟁점아파트 매매대금 중 잔금을 조기납부 함으로써 매매대금이 67억원에서 50억원으로 할인되었음에도 청구법인은 할인된 매매대금 50억원에 대해 수정세금계산서 및 계산서를 수취하지 아니하고 당초 수취한 세금계산상 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 부가가치세를 신고하 였는바, 이는 잘못이므로, 할인된 매매대금 50억원(5,082,740,250원) 을 기준으로 이건 부가가치세 과세표준과 세액을 경정하여야 할 것이다.

이건 심사청구는 청구주장 일부가 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.