쟁점매입세금계산서를 공급시기 이후에 교부받은 것으로 볼 수 있는지 여부

청구법인은 2009.2.20. 개업하여 ○○시 ○○구 ○○동 000-32번지에서 의료기기(치과기자재)도매업을 영위하고 있는 법인으로 2009.4.1. 위 사업장에서 청구법인의 대표자인 남○○(이하 “남○○”라 한다)가 청구법인과 같은 업종을 영위하고 있는 청구외 ○○덴탈(이하 “○○덴탈”이라 한다)로부터 공급가액 207,508,539원인 재고자산을 매입하고 2010.3.23. 위 재고자산의 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 신고누락하였다 하여 2009년 1기분 부가가치세 20,750,853원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다. 처분청은 ○○덴탈이 쟁점매입세금계산서를 2010.1.27.～2010.3.23. 기간 중에 2009.4.1.로 소급하여 발행한 것이므로 사실과 다른 매입세금계산서에 해당한다고 보아 2010.5.20. 경정청구 거부통지를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.8.13. 이의신청을 거쳐 2010.12.14. 이 건 심사청 구를 하였

• 가. 공급자인 거래상대방이 정상적으로 과세표준 신고․납부를 하였으므로 공급받는 자는 당연히 매입세액을 공제받아야 하는 것인바, 이를 소급작성한 것으로 보아 한 이 건 처분은 부당하다. 1) 청구법인은 스위스에 소재하는 법인인 S00 ○○(이하 “스위스법인”이라 한다)의 재무담당 책임자인 ○○이 주식 51%를 소유한 스위스법인의 국내 자회사격으로, 청구법인을 설립한 후 ○○덴탈의 재고자산을 청구법인으로 이전하면서 스위스법인의 의견에 따라 증여가 아닌 정상적인 매입매출거래로 진행하기로 하고 쟁점매입세금계산서를 수취하였으나 2009년 1기분 부가가치세 신고당시 남○○와 스위스법인과의 언어소통 문제와 담당 여직원의 실수로 인하여 기타로 신고하게 되었다.
• 가) 청구법인은 영문으로 작성된 재무제표를 스위스법인으로 보내 검토를 받는 등 청구법인 설립부터 경영에 관한 모든 결정을 스위스법인의 지시에 따르고 있는바, 남○○가 ○○덴탈과 청구법인의 대표라도 세금계산서 등을 소급하여 작성할 수 없는 체계이다.
• 나) 쟁점매입세금계산서 관련 거래는 스위스법인이 최종적으로 증여가 아닌 매매계약으로 진행하라는 결정에 따른 것일 뿐 남○○가 재산상 손실을 보면서 ○○덴탈의 재고자산을 청구법인에 증여할 이유가 없다. 2) 거래당시에 세금계산서를 교부하지 아니하고 소급하여 교부한 경우에 당해 세금계산서의 매입세액을 불공제하는 부가가치세법 제17조 의 취지는 당초 거래당시에 세금계산서를 교부하지 아니하고 매출누락을 한 후 그 사실이 추후 밝혀질 것을 알고 세금추징 등의 불이익을 받지 않기 위하여 소급하여 세금계산서를 발행하는 행위를 방지하기 위한 것이므로 정상거래이고 거래상대방이 매출세액을 납부한 이 건의 경우 소급하여 거래가 있는 것처럼 위장한 것이 아니므로 관련 매입세액은 공제되어야 한다. 3) 위와 같이 이 건의 경우 당초 신고 당시 공급자인 거래상대방은 쟁점매입세금계산서와 관련한 매출을 매출과세표준에 포함하여 신고․납부하였으나 청구법인은 스위스법인과의 언어(통역) 착오로 신고 당시 누락하여 매입세액공제를 받지 못하여 경정청구를 하였는바, 쟁점매입세금계산서는 당연히 공제대상에 해당됨에도 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다.

• 가. 청구법인이 쟁점매입세금계산서를 소급하여 작성․수취한 것으로 보아 한 이 건 처분은 정당하다. 1) 공급하는 자가 부가가치세 신고를 하면서 세금계산서 교부분이 아닌 기타매출로 신고하였음에도 단순히 과세표준 신고와 함께 매출세액을 납부하였다고 하여 추후에 소급하여 작성된 쟁점매입세금계산서는 매입세액불공제 대상이고, 따라서, 공급하는 자가 쟁점매입세금계산서에 해당하는 부가가치세를 이미 납부하였다고 하여 당초 발행되지 않은 쟁점매입세금계산서가 착오로 신고누락 되었다는 청구주장은 사실과 부합되지 않는다. 2) 이 건 경정청구 처리과정에서 청구법인이 처분청에 제출한 소명자료에 의하면, 당초에는 ○○덴탈의 재고자산을 청구법인에 증여하는 거래로 계약서를 작성하고 신고를 하였음에도 거래의 실질은 매매거래라고 번복하는 것으로 보더라도 쟁점매입세금계산서는 ○○덴탈의 재고자산을 청구법인에 공급하는 시기에 교부되지 않았음을 반증한다 할 것이다. 3) 청구법인은 2009 사업연도 법인세 신고와 관련하여 당초 약정과 같이 ○○덴탈의 재고자산을 청구법인에 증여하는 것으로 처리하는 경우 자산수증익에 대한 법인세 부담이 크다는 사실을 알고 이를 회피하기 위한 방안으로 이를 매매거래로 번복하여 법인세 신고기간 중인 2010년에 쟁점매입세금계산서를 작성․수취하고 이 건 경정청구를 한 것으로 판단된다. 4) 위와 같은 사실로 보아 쟁점매입세금계산서를 공급시기 이후에 소급하여 작성한 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점매입세금계산서를 공급시기 이후에 소급하여 작성된 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제9조 【거래시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다. (이하 생략) 3) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① (생략)

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (이하 생략) 4) 부가가치세법 제21조 【경정】

① 사업장 관할세무서장․사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 (이하 생략) 4) 국세기본법 제45조 의 2【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② (생략)

③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. (이하 생략)

• 다. 사실관계 1) 청구법인이 2010.5.18.자로 처분청에 제출한 공문(S00-0000001호)에는 ‘2009.4월 ○○덴탈에서 청구법인으로의 재고자산 증여에 대한 거래는 당시 스위스본사와의 이해관계로 인하여 증여거래로 계약서를 작성하고 신고를 하였으나, 그 거래의 실질은 증여가 아닌 재고자산의 매매거래라는 것을 알려드린다.’고 기재되어 있으며, 첨부한 물품매매계약서 기재내용은 다음과 같
• 다. 가) 물품: ○○덴탈의 재고자산 207,508,539원
• 나) 납품기한: 2009.4.1.(계약서 작성일)
• 다) 대금지급: 청구법인의 재정상태가 정상적인 궤도에 올라선 후 분할 지급하기로 함 2) 2009년 1기분 부가가치세 확정신고서에 기재된 ○○덴탈의 매출내역과 청구법인의 매입내역은 다음과 같다.

○○덴탈 청구법인 구분 공급가액(원) 구분 공급가액(원) 매출 세금계산서 발행 22,947,274 매입 세금계산서 수취 65,587,003 신용카드 발행분 11,677,274 불공제 매입세액 2,460,000 기타분 207,508,539 합계 242,133,087 차가감계 62,947,003

• 가) 2009. 1기 부가가치세 확정신고 당시 ○○덴탈은 재고자산 매출을 세금계산서 발행분이 아닌 기타분으로 신고하고, 청구법인이 매입세액 공제를 받지 않은 사실에 대하여는 다툼이 없다.
• 나) 청구법인이 2010.5.18. 제출한 경정청구 해명서에는 쟁점매입세금계산서와 관련하여 ‘증여거래로 계약서를 작성하고 신고를 하였으나 그 거래의 실질은 증여가 아닌 재고자산의 매매거래’라고 기재되어 있는 것으로 확인된다.
• 다) 청구법인은 심리일 현재까지 쟁점매입세금계산서의 금액을 ○○덴탈에 지급한 증빙을 제출하지 않았다. 3) 청구법인의 2009 사업연도와 ○○덴탈의 2009년 과세연도 합계잔액시산표 및 재무제표에 기재된 내용은 다음과 같다. 매입채무(청구법인) 매출채권(○○덴탈) 당기발생 당기 결제 기말잔액 당기발생 당기 회수 기말잔액 372,185,456 62,221,645 309,963,811 255,340,892 27,081,500 228,259,392
• 가) ○○덴탈의 매출채권 기말잔액(228,259,392원)은 청구법인에 귀속된 재고자산 가액(물품가액 207,508,539원 + 세액 20,750,853원)과 동일하다.
• 나) 청구법인의 부가가치세 신고서상 2009년 매입은 다음과 같다. (단위: 원) 구분 매입금액 세액 합계① 불공제금액 세액 합계② 차감(①-②) 1기예정 23,962,035 2,396,202 26,358,237 1,349,090 134,910 1,484,000 24,874,237 1기확정 65,587,003 6,558,670 72,145,673 2,640,000 264,000 2,904,000 69,241,673 2기예정 87,436,194 8,743,619 96,179,813 2,640,000 264,000 2,904,000 93,275,813 2기확정 58,844,949 5,884,483 64,729,432 2,640,000 264,000 2,904,000 61,825,432 합계 235,830,181 23,582,974 259,413,155 9,269,090 926,910 10,196,000 249,217,155
• 다) 청구법인의 2009사업연도 매입채무(총 발생액 372,185,456원)는 위 나)의 차감액(249,217,155원)과 ○○덴탈의 매출채권 기말잔액(228,259,392원)을 합한 금액(477,476,547원)보다 105,291,091원이 적은 것으로 확인된다.
• 라. 판 단 청구법인은 공급자인 거래상대방이 정상적으로 과세표준 신고․납부를 하였으므로 공급받는 자인 청구법인은 당연히 매입세액을 공제받아야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. 청구법인과 ○○덴탈은 2009.1기분 부가가치세를 신고하면서 쟁점매입세금계산서의 매입처별세금계산서합계표와 매출처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 사실이 확인되고, ○○덴탈은 2009.1기분 부가가치세를 신고하면서 쟁점매입세금계산서의 금액을 기타분 매출로 신고한 사실과 심리일 현재까지 쟁점매입세금계산서에 대한 대금지급을 하지 않은 사실로 보아 2009.4.1. ○○덴탈이 재고자산을 청구외법인에 제공할 당시 쟁점매입세금계산서 금 액을 증여하기로 하였다는 사실이 보다 신빙성이 있는 것으로 보이고, 2009.4.1. 쟁점매입세금계산서를 발행하였으나 착오로 신고하지 못하였다는 청구주장은 신빙성이 없는 것으로 보인다. 부가가치세는 거래상대방이 신고․납부하였다는 사실만으로 매입자의 매입세액이 매출세액에서 공제되는 것이 아니고, 공급시기가 지난 후 발행하는 등 사실과 다른 세금계산서로 확인되는 경우 이를 매입세액으로 공제하지 아니하는 것인바, 이 건의 경우 쟁점매입세금계산서는 처분청 의견과 같이 청구법인의 결산시기인 2010년 초에 발행된 것으로 보는 것이 보다 합리적이라 할 것이므로 이를 공급시기가 경과하여 발행한 세금계산서로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.