쟁점세금계산서의 매입세액은 부가가치세 매입세액 공제대상에 해당함

• 가. 청구법인 [2008.5.19. △△컨트리클럽(주)로 설립된 후, 2008.7.7. ◉◉개발(주)로 법인명 변경] 은 ○○도 ◉◉군(이하 “◉◉군”이라 한다)이 추진 중인 ○○도 ◉◉군 ○○면 ●●리(이하 “●●리”라고 한다) 산151-18번지 일대의 ‘◉◉개발촉진지구 ○○스키 리조트 조성사업’(스키장, 관광휴양시설 및 골프장의 복합휴양시설로서 2009.5.8. 개발사업 실시계획 승인) 중 골프장부문(이하 “이 건 골프장 사업”이라 한다) 의 사업시행자로서, 2008.5.9. 청구법인과 ◉◉군은 ●●리 일대의 사업부지 내 용도 폐지되는 군부대시설(토지 57필지 합계 1,039,375㎡ 및 위 지상건물 27개동)을 양여 받는 대신 ○○도 ◉◉군 ○○면 ★★리 일대 25필지 합계 138,100㎡ 토지에 이를 대체할 부대시설(이하 “이 건 대체시설”이라 한다)을 신축하여 군부대를 이전하기로 하는 합의각서(이하 “합의각서”라 한다)를 체결하였고, 이에 따라 청구법인은 2008.5.29 청구외 ◈◈건설(주)(이하 “◈◈건설”이라 한다)와 이 건 대체시설 신축관련 공사도급계약을 체결(2009.9.30. 일부 변경계약 체결)하고(단, 이 건 대체시설의 건축주는 ◉◉군수임), 그 기성고에 따라 공사착공시점부터 2009.9월경까지 공사대금을 지급한바(청구법인이 ▣▣은행으로부터 대출받은 프로젝트 파이낸싱 자금 120억원을 ◉◉군이 지정한 계좌에 예치하고 ◉◉군수가 이를 지급하는 형식임), 시공사인 ◈◈건설로부터 아래와 같이 공급가액 합계 12,035백만원 상당의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부 받고, 사업부지 내 군부대 토지 양여조건으로 대체 군부대 건물신축 후 기부채납 시에는 과세거래로 인정된다고 하여 해당 매입세액에 대하여 공제대상 매입세액으로 신고(단, 2008.2기분에 대하여는 환급경정청구임)하여 이 중 2008.2기분∼2009.1기분(이하 “쟁점과세기간”이라 한다)에 대하여 매입세액을 환급받았다. 기 분 공급자 공급받는 자 매수 공급가액 세 액 비 고 08년 2기 예정 ◈◈건설 청구법인 2 1,122,000 112,200 청구대상 08년 2기 확정 3 2,420,000 242,000 청구대상 09년 1기 예정 4 799,000 79,900 청구대상 09년 1기 확정 2 2,809,000 280,900 청구대상 09년 2기 예정 2 4,885,000 488,500 미환급 소 계 12,035,000 1,203,500 09년 2기 확정 ◈◈건설 청구법인 1 1,962,000 196,200 미신고 합 계 13,997,000 1,399,700 (단위: 천원)
• 나. 이후 2009.9월경 ▣▣은행의 추가대출 중단에 따라 청구법인이 추가예치금 33억원을 조달하지 못하게 되자 ◉◉군은 이를 이유로 2009.9.25. 청구법인에 대한 골프장부문 사업시행자승인 을 취소하고, 같은 날 청구외 (주)◆◆◆골 프 리조트(이하 “◆◆◆”이라 한다)를 골프장부문 사업시행자로 변경 승인한바, 이에 따라 ◆◆◆은 ◈◈건설과 2009.12.18. 공사도급계약을 체결하고, 이 건 대체시설 신축관련 잔여공사를 완료하였다[ 이 건 대체시설은 2010.1.18 준공된바, 공사대금 총액은 15,191백만원(부가가치세 별도)이며, ◈◈건설은 2010.1월경 잔여공사대금 1,194백만원에 대하여 ◆◆◆을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부함].
• 다. 처분청은 청구법인에 대한 골프장부문 사업시행자 지정승인이 취소되어 청구법인이 골프장 건설 사업을 계속하기 어렵고, 청구법인과 ◆◆◆ 사이에 골프장사업부문에 대한 사업양수도도 이루어지지 아니하였으며, 당초 기 부채납의 대가로 양여 받기로 한 골프장사업 예정부지도 ◆◆◆이 받게 되었으므로, 청구법인이 당초 쟁점세금계산서에 의하여 매입세액으로 공제하여 신고한 내용에 대하여 자기의 사업과 관련이 없는 매입으로 기부채납에 따른 매입세액 공제를 받을 수 없다고 보아 해당 매입세액을 불공제하여 2010.8.9. 청구법인에게 2008.2기분 부가가치세 465,249,230원 및 2009.1기분 부가가치세 337,379,350원 을 각 경정․고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2010.11.12. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 부가가치세법 제6조, 같은 법 제17조 제1항, 같은 법 기본 통칙 17-0-9【국가․ 공익단체 등에 무상으로 공급하는 재화의 매입세액 공제】및 관련 예규 등에서 보는 바와 같이 교환거래조건으로 국가 등에 기부채납하는 시설에 대하여는 부가가치세가 과세되는 것이며, 당해 시설의 신축과 관련된 매입세액은 자기의 사업과 관련 있는 매입세액으로 공제받을 수 있다.
• 나. 청구법인이 이 건 대체시설의 신축 관련 추가공사대금 예치의무를 이행하지 못하자 ◉◉군은 골프장부문 사업시행자 지정 승인을 취소하고, ◆◆◆을 새로운 골프장부문 사업시행자로 변경 승인한바, 사업시행자 변경의 경우에 새로운 사업시행자는 이미 진행된 사업에 관하여 사업시행자와 사업양수도계약 등을 체결하고 계속 추진하는 것이 통상적인 것임에도, 당시 이미 상당 정도(약 85% 수준) 사업을 진행한 청구법인은 이 과정에서 완전히 배제된 채 ◉◉군, ◆◆◆ 및 시공사 간 합의이행각서 및 공사도급계약서 변경 등에 의하여 이 건 대체시설 신축공사 및 기부채납이 완료되었다.
• 다. ◉◉군과 ◆◆◆ 간에 체결된 합의이행각서에 의하면, 당초 ◉◉군과 청구법인 간에 이 건 군부대 이전사업과 관련하여 체결한 합의각서에 대하여 ◆◆◆이 승계하여 책임을 이행하도록 되어 있고, ◆◆◆과 ◈◈건설 사이에 체결된 공사도급특약사항에 의하면, 제3조(채무인수) 제①항에서 ‘◆◆◆은 청구법인의 ◈◈건설에 대한 확정된 공사비채무 5,988,700천원 등 일체의 채무를 인수하며...’라고, 같은 조 제②항에서 ‘◆◆◆은 골프장 개발사업 추진을 위해 금융권 대출금 중 ◈◈건설이 중첩적 채무인수한 16,628,420천원 전액을 채무인수한다....’라고, 제4조(공사도급액의 결정)에서 ‘본 계약의 공사비는 공사금액 15,191,000천원(잔여공사금액이 아닌 전체금액)으로 하며...’라고 각 규정되어 있는바, 청구법인과 ◆◆◆ 간 에는 사정상 서로 형식적인 사업양도양수계약서를 작성하지는 못하였지만, 골프장부문 사업시행자로서 사업의 동일성이 그대로 유지․승계되었고, 이 건 대체시설의 신축관련 공사비 채무 등을 그대로 ◆◆◆에서 인수하고 있으므로 실질적으로 사업양수도에 해당한다 할 것이다.
• 라. 골프장부문 사업시행자가 중간에 변경됨이 없이 이 건 대체시설의 신축공사를 완공하여 기부채납이 이루어졌다면 관련 매입세액은 공제받을 수 있으나, 골프장부문 사업시행자가 중간에 바뀌면 변경 전 골프장부문 사업시행자가 부담한 변경 시까지의 이 건 대체시설 신축관련 매입세액은 공제받을 수 없다 는 것은 청구법인의 입장에서 보면 너무나 부당하다. 이 건 대체시설의 신축과 관련된 매입세액은 중간에 사업주체가 변경되었다 하더라도 자기의 사업과 관련 있는 매입세액으로 공제받아야 함은 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】, 같은 법 제17조【납부세액】제1항의 규정에 비추어 당연한바, 그럼에도 불구하고 처분청이 청구법인에 대한 골프장부문 사업시행자 승인이 취소되었다고 하여 청구법인이 이 건 대체시설의 신축공사와 관련하여 부담한 매입세액을 불공제한 것은 관련법령을 오해한 부당한 처분이라고 할 것이다.
• 마. 이 건 대체시설의 실제 시행사(건축주)는 청구법인이 아니라 ◉◉군수로 보아야 할 것이고, 청구법인은 이 건 대체시설의 신축공사에 소요되는 자금의 부담자일 뿐이며, 쟁점매입세금계산서는 골프장으로 사용할 토지의 취득과 관련하여 수취한 세금계산서에 불과하다는 처분청의 의견에 대하여
• 가) 쟁점매입세금계산서가 골프장으로 사용할 토지의 취득 관련 매입세금계산서인지 여부 골프장 시설의 조성과 관련된 매입세액 중 토지와 일체가 되어 코스를 구성 하는 시설의 조성과 관련된 매입세액(토지의 가치를 증가시키는 매입세액)은 부가가치세법 제17조 제2항 제6호 및 동법 시행령 제60조 제6항의 규정에 의하여 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 매출세액에서 공제하지 아니하나, 이 건은 단순한 토지의 취득 또는 골프장 시설의 조성과는 전혀 다른 경우로서 청구법인과 ◉◉군수 사이의 합의각서(교환계약)에 의하여 골프장 예정지로 편입되어 용도폐지되는 군부대시설(토지, 지상건물)을 양여 받는 대신 이를 대체할 ‘ 대체시설’을 신축하여 이전하는 교환거래에 해당하는 것이다. 즉 청구법인의 입장에서는 용도폐지되는 군부대시설(토지, 지상건물)의 취득이라는 ▣▣의 거래만 있는 것이 아니라, 신축 대체시설의 양도라는 또 하나의 거래가 있는 것으로 신축한 대체시설의 양도대금으로 토지 등을 취득하는 것과 똑같은 내용이다. 그리고 이 건 대체시설은 청구법인과 ◈◈건설과의 공사도급계약서에 의하여 공사가 진행되었는데, 청구법인은 ◈◈건설로부터 매월 기성고 검사결과에 따라 매입세금계산서를 정상적으로 교부받았으며 공사대금은 이 건 대체시설의 책임준공을 담보하기 위하여 청구법인은 ◉◉군이 지정하는 계좌에 미리 예치하고 동 계좌에서 ◉◉군이 지출하도록 되어 있었다. 이렇게 하여 완공된 대체시설을 ◉◉군수에게 공급하는 것은 부가가치세법 제6조 제1항 및 동법 시행령 제14조 제1항 제3호의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 재화 의 공급에 해당하기 때문에 이 건 대체시설의 신축관련 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항의 규정에 의하여 자기의 매출세액에서 당연히 공제받을 수 있는 것이며, 따라서 쟁점매입세금계산서가 골프장으로 사용할 토지의 취득 관련 세금계산서에 불과하다는 처분청의 의견은 부당하다.
• 나) 이 건 골프장 사업시행자의 지정 취소로 인해 청구법인이 이 건 대체시설의 실제 시행사(건축주)로서의 지위를 소급적으로 상실하는지 여부 처분청은 청구법인에 대한 골프장 사업시행자의 지정이 취소되었기 때문에 그 지위가 소급적으로 상실되었다고 보아 대체시설을 기부채납할 이유도 없으므로 이 건 대체시설의 신축관련 매입세액은 공제대상이 되지 않는다는 의견이나, 부가가치세법상 사업자(=납세의무자)란 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 자로서 만약 사업자가 인․허가사업을 영위하다가 인․허가조건 위반으로 영업허가 취소 등의 처분을 받고 폐업하는 경우에 사업자의 지위는 소급하여 상실되는 것이 아니라 폐업일 이후부터 사업자가 아닌 것이 된다. 청구법인의 경우를 살펴보면 골프장예정지에 편입되어 용도폐지되는 군부대의 이전사업에 관한 군부대장과 ◉◉군수와의 합의각서(기부채납계약)를 토대로 청구법인은 ◉◉군수와의 체결된 합의각서(교환계약)에 의하여 용도폐지되는 군부대시설(토지, 지상건물)을 양여 받는 대신에 이를 대체할 대체시설을 신축하여 이전하기로 하였으나, 이 건 대체시설의 신축공사가 약 85% 이상 진행 된 상태에서 청구법인의 자금사정으로 추가 예치금을 예치하지 못하였다는 이유로 청구법인에 대한 골프장 사업시행자 지정승인이 취소되고 사업시행자가 ◆◆◆로 변경되었는바, 청구법인에 대한 골프장 사업시행자의 지정승인 및 청구법인과 ◉◉군수 사이에 체결된 합의각서는 원천무효된 것이 아니라 동 지정승인이 취소됨에 따라 동 합의각서가 이행할 수 없는 상태가 된 것이므로, 청구법인에 대한 골프장 사업시행자의 지정승인이 취소되고 골프장 사업시행의 주체가 ◆◆◆로 변경되는 날을 기준으로 변경 전까지는 골프장 사업시행자의 지위가 청구법인에게 당연하게 있는 것이며, 청구법인과 ◉◉군수간의 합의각서 또한 정상적으로 유효한 것이 된다. 따라서 청구법인에 대한 골프장 사업시행자의 지정이 취소되었기 때문에 그 지위가 소급적으로 상실되었다고 보아 이 건 대체시설의 신축관련 매입세액이 공제대상이 되지 않는 것으로 판단한 처분청의 의견은 부당하다.
• 바. 이 건 골프장 사업시행자 승인 취소 및 이에 따른 사업양도에 대하여

1. 골프장 건설단계에서 관련 승인권자의 승인여부는 절대적인 요소인바, 중간에 골프장 사업자가 변경된다면 사업양수도는 필연적으로 뒤따르게 마련이다.

2. 이 건의 발단은 골프장 예정지로 편입될 토지(군부대시설 등 국공유지 78%, 청구법인 소유 20%, 기타 개인소유 2%)의 구매단계에서 골프장 예정지로 편입되어 용도폐지되는 군부대시설을 양여 받는 대신 이를 대체할 부대시설(대체시설)을 신축하여 이전하기로 하였으나, 이 건 대체시설의 신축공사가 약 85% 이상 진행된 상태에서 청구법인의 자금사정으로 추가 예치금을 예치하지 못하였다는 이유로 청구법인에 대한 골프장 사업 승인이 취소되어 해당 골프장 사업시행자가 변경됨으로써 발생한 것인바, 골프장 사업시행자 주체가 정상적으로 변경되는 경우 골프장 사업의 동일성이 그대로 유지․승계될 수밖에 없으므로 골프장 예정지 내의 약 20%를 차지하는 청구법인 소유의 토지를 포함하여 골프장 사업과 관련한 모든 권리와 의무에 대하여 포괄적으로 양수도가 이루어질 것이나, 승인권자인 ◉◉군수, 변경승인된 골프장 사업시행자인 ◆◆◆, 이 건 대체시설의 시공사인 ◈◈건설은 청구법인을 완전히 배제하고 청구법인에 대한 골프장 사업시행자 승인을 취소하였으며, 군부대 이전사업과 관련한 합의각서 및 이 건 대체 시설 공사도급계약서 등을 변경 체결하였다. 그러나 ◆◆◆이 골프장 사업시행을 하기 위해서는 골프장 예정지 내의 약 20%를 차지하는 청구법인 소유의 토지를 승계 받지 아니하고는 불가능한 일로 결국 ◆◆◆이 골프장 사업시행을 하기 위해서는 청구법인의 모든 자산과 부채를 포괄적으로 승계 받지 않으면 안 되는 것인바, 청구법인은 청구법인에 대한 골프장 사업시행자 승인 취소의 부당함과 그로 인한 손해 등에 관하여 소송의 제기를 준비 중에 있으며, 동 소송을 통하여 토지문제를 포함한 골프장 사업의 포괄적 승계에 대한 조정과 협의가 이루어질 것이다.

3. 이 건 골프장 사업권의 사업양도와 관련하여서는 다음의 예규를 참고할 필요가 있으며, 청구법인의 경우 골프장 건설의 초기단계이므로 종업원(사무실에서 전화수신업무 등을 수행한 일용여직원 1명은 이 건 발생 전에 이미 퇴사함)은 없으며, ○○도 ◉◉군 ◉◉읍 ◎◎리 소재 사무실은 관련 사업승인 취소로 인하여 폐쇄하고, 현재 서울특별시 강남구 소재 임시사무실에서 업무를 처리하고 있다.

○서면3팀-662(2006.04.05) 거래당사자간 사업양도양수계약서를 작성하지 않았더라도 사업장별로 모든 권리와 의무를 포괄적으로 이전하는 경우에는 사업양도에 해당하는 것임

○서면3팀-2631(2007.09.19) 사업의 동일성을 상실하지 아니하는 범위 내에서 은행차입금 등의 일부 부채를 제외하여도 사업양도로 보는 것임

• 가. 이 건 골프장 사업의 사업양도 여부와 관련하여, 부가가치세법 기본통칙 6-17-1【사업양도의 범위】에 의하면 ‘법 제6조 제6항 제2호의 규정에 의하여 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도라 함은 사업용자산을 비롯한 물적·인적 시설 및 권리(미수금에 관한 것을 제외한다), 의무(미지급금에 관한 것을 제외한다) 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 말한다.’고 되어 있는바, 이 건의 경우

1. 청구법인과 ◆◆◆ 사이에 이 건 골프장 사업 관련 채권․채무의 양도에 관하여 약정한 사실(계약서 등)이 없고,

2. 청구법인이 이 건 골프장 사업과 관련하여 매입한 ●●리 일대 80필지의 토지(골프장 사업승인구역 내의 약 1/3의 토지임)는 사업용 자산에 해당되어 ◆◆◆에게 승계되어야 하나, 현재 청구법인의 소유로 되어 있으며,

3. ◉◉군은 2009.9.29. 청구법인의 이 건 골프장 사업시행자 지정을 취소하 였고, ◆◆◆과 ◈◈건설 사이에 체결된 2009.12.18.자 공사도급특약사항 제3조 제2 항에 의하면, 청구법인의 이 건 골프장 사업 관련 대출금 중 ◈◈건설이 2009.12.3. 중첩적으로 채무인수한 금액 전액을 ◆◆◆이 채무인수하였으므로 ◆◆◆이 청구법인의 채무를 인수하였다고 볼 수 없으며, ◆◆◆은 사업을 시행하기 위하여 필요한 종업원 및 사업을 총괄하기 위하여 사무를 보는 곳 등의 물적․인적시설 등을 승계하지 않았으므로 청구법인이 ◆◆◆에게 이 건 골프장 사업을 양도하였다고 보기 어렵다.

• 나. 이 건 대체시설의 착공신고필증 및 건축물 대장에는 시행자(건축주) 명의가 ◉◉군수로 등재되어 있으며, 청구법인과 ◉◉군수 사이의 합의각서 상에도 청구법인은 이 건 대체시설의 신축공사에 소요될 자금을 ◉◉군수가 지정하는 계좌에 이체하기만 하면 되고, 실제 공사대금은 ◉◉군수가 기성고에 따라 시공사에 지급하도록 되어 있는 점에 비추어 보면, 청구법인은 이 건 대체시설의 신축공사에 소요되는 자금의 부담자일 뿐 이 건 대체시설의 실제 시행사(건축주)는 청구법인이 아니라 ◉◉군수로 보아야 할 것이다. 그렇다면 청구법인은 당초부터 자기의 사업과 관련하여 취득한 부가가치치세가 과세되는 재화(이 건 대체시설)를 기부채납하기로 약정했다고 보기 보다 골프장 건설에 필요한 토지(●●리 일대 57필지) 취득자금을 대체시설 시행사(건축주)인 ◉◉군수에게 ‘대체시설 신축사업비’ 명목으로 지급하기로 약정하였다고 볼 수밖에 없는 것이고, 이 경우 쟁점세금계산서가 부가가치세법상 매입세액이 공제되지 아니하는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당되는지 여부는 논외로 하더라도, 쟁점세금계산서는 청구법인이 골프장으로 사용할 토지를 취득하기 위한 일련의 업무과정에서 토지취득과 관련하여 수취한 세금계산서에 불과하므로, 그 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제6호 및 같은 법 시행령 제60조 제6항 제1호의 규정에 의하여 매출세액에서 공제할 수 없다.

• 가. 쟁 점 이 건의 쟁점은 쟁점세금계산서의 매입세액이 공제대상인지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 등 1) 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도(引渡) 또는 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 구 부가가치세법 시행령 제17조 【담보제공ㆍ사업양도 및 조세의 물납】(2010.2.18. 개정되기 전의 것)

② 법 제6조제6항제2호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 사업장별(상법에 의하여 분할 또는 분할합병하는 경우에는 동일한 사업장안에서 사업부문별로 양도하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(법인세법 제46조제1항 의 요건을 갖춘 분할의 경우와 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 해당 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

3. 당해 사업과 직접 관련이 없는 토지ㆍ건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령이 정하는 것

3. 구 부가가치세법 제17조 【납부세액】(2010.1.1. 개정되기 전의 것)

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재상항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니 하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

4. 구 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】(2010.2.18. 개정되기 전의 것)

⑥ 법 제17조제2항제4호에서 "대통령령이 정하는 토지관련 매입세액"이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

• 다. 사실관계

1. 청구법인이 제출한 ◉◉군수 발신의 2009.5.8. 시행 ‘◉◉개발촉진지구 개발사업(○○스키리조트) 실시계획 승인 통보’서 및 동 실시계획 승인고시 등 각 사본에 의하면, ◉◉군은 ●●리 산151-18번지 일대 ‘◉◉개발촉진지구 ○○스키 리조트 조성사업’(면적: 3,131,056m 2, 사업시행기간: 2009년～2012년, 소요사업비: 4,254억원) 승인신청 건에 대하여 실시계획을 승인(조건부)하면서 주요시설 중 스키장․관광휴양시설부문은 청구외 (주)○○스키리조트 외 1을, 골프장부문은 청구법인을 각 사업시행자로 지정한 내용이 나타난다.

2. 청구법인이 제출한 △△컨트리클럽(주)(청구법인의 종전 상호, “을”)와 ◉◉군수(“갑”) 사이에 2008년 체결된 ‘합의각서’ 사본에 의하면, 이 건 쟁점과 관련하여 다음과 같은 내용이 나타난다. “제2조 (용어의 정의)

1. ‘이전대상시설’(이하 “양여재산”)이라 함은 ○○스키리조트 조성사업의 시행을 위하여 용도폐지되는 ○○면 ●●리 소재 국방 소유의 토지 및 국방시설을 말한다.

2. ‘대체시설’(이하 “기부재산”)이라 함은 ○○면 ●●리 소재 국방․군사시설 이전을 위하여 관계 부대장이 요구하는 지역 및 장소에 제공하는 토지 및 건물․기타 시설을 말한다. 제3조 (기본방침)

1. 기부재산 설치사업비는 ‘을’의 부담으로 한다.

2. ‘을’의 사업비 부담액은 본 사업과 관련하여 ‘갑’과 관계 부대장 간에 체결한 합의각서상의 기부재산 설치사업비와 00사단에서 관리하는 포병훈련시설 이전사업비로 한다. 제4조 (합의사항)

1. ‘을’은 본 합의각서 체결 후 2008.6.17.까지 60억원을 ‘갑’이 정하는 금융계좌로 예치하여야 하며 잔액 30억원은 공사비 부족 정도에 따라 ‘갑’과 ‘을’이 협의하여 예치하기로 한다.

2. ‘을’이 상기 1항을 위반시에는 사업시행자 지정을 취소한다.

3. ‘갑’은 ○○스키리조트 조성사업 공동사업시행자가 계획하고 있는 스키장, 콘도미니엄, 유스호스텔의 착공시기와 관계없이 실시계획 인가 후 ‘을’의 골프장 부분 착공을 허가하며, 공사완료 후 준공요건을 갖출 경우 준공 승인하기로 한다.

8. 기성금 등 공사비의 지출은 기성검사 결과에 의한 ‘을’의 서면통보 내용을 ‘갑’이 검토․확인하여 지출한다.

10. ‘을’이 ○○리조트 골프장사업 관련 권리를 상실하였다 하더라도 본 이전사업은 시공사의 책임 하에 계속 추진하여야 하며 양여재산의 취득 등 모든 재산권은 ‘갑’과 공동사업 시행자가 상호 협의하여 결정한다. 단, 골프장 개발사업이 ‘을’의 귀책사유가 아닌 ‘갑’의 행정적, 법률적인 문제로 인하여 인허가가 불가할 경우 ‘을’은 본 이전사업을 중단할 수 있으며 예치금 반환을 요청할 수 있다.”

3. 청구법인이 제출한 △△컨트리클럽(주)(도급인, “갑”)와 ◈◈건설(수급인, “을”) 사이에 2008.5.29. 체결된 ‘부대군용시설 이전공사 공사도급계약서’ 및 청구법인과 ◈◈건설 사이에 2009.4월 체결된 ‘○○부대 군용시설 이전공사 공사도급(1차 변경) 계약서’ 각 사본에 의하면, 이 건 쟁점과 관련하여 다음과 같은 내용이 나타난다. 구 분 시설공사 도급계약서 (2008.5.29. 체결) 시설공사도급 (1차 변경)계약서 (2009.4월 체결) 공사명 OO부대 군용시설 이전공사 공사장소 ◉◉군 ○○면 ★★리 산61번지 일원(군용시설), ◉◉시 ☆☆동 418-2, 397-1(연립관사) 공사기간

2008. 5.29. 착공

2009. 2.28. 준공 2008.5.29. 착공 2009.9.30. 준공 도급금액 12,500백만원(부가세 별도) 14,113백만원 (부가세 별도) 대금지급 시기․방법 착공일로부터 매 1개월 기성율에 따라 현금지급 총 칙 본 공사 완료 후 대상시설이 ‘◉◉군’ 명의로 등록 후 국방부에 기부 채납되고 기부채납 후 00부대의 이전대상시설 및 해당부지를 관련절차 승인을 득한 후 ‘갑’이 양여받을 수 있도록 함

4. 청구법인이 제출한 ◈◈건설 발행의 세금계산서, 기성청구서 및 기성요약서 등 각 사본에 의하면, 이 건 대체시설공사(군부대이전공사)와 관련하여 청구법인은 ◈◈건설에게 다음 내역과 같이 기성금을 각 지급하고, 세금계산서를 발급받은 내용이 나타난다. 순번 세금계산서상 공급일자 공급가액 부가가치세 합계금액 1 2008.08.21. 483,000,000 48,300,000 531,300,000 2 2008.09.05. 639,000,000 63,900,000 702,900,000 3 2008.10.09. 693,000,000 69,300,000 762,300,000 4 2008.11.07. 1,083,000,000 108,300,000 1,191,300,000 5 2008.12.08. 644,000,000 64,400,000 708,400,000 6 2009.03.31. 799,000,000 79,900,000 878,900,000 7 2009.04.29. 1,733,000,000 173,300,000 1,906,300,000 8 2009.06.04. 1,076,000,000 107,600,000 1,183,600,000 9 2009.07.03. 1,590,000,000 159,000,000 1,749,000,000 10 2009.08.04. 1,555,000,000 155,500,000 1,710,500,000 11 2009.09.03. 1,740,000,000 174,000,000 1,914,000,000 12 2009.10.05. 1,962,000,000 196,200,000 2,158,200,000 합 계 13,997,000,000 1,399,700,000 15,396,700,000 (단위: 원) ※ 단, 2010.1.15. 발생한 기성분(1,194백만원, 부가세 별도)은 ◈◈건설이 ◆◆◆에게 매출세금계산서 교부함

5. 청구법인이 제출한 ◉◉군수 발신의 2009.9.30. 시행 ‘개발촉진지구 개발사업(○○스키리조트) 사업시행자 지정 변경 및 실시계획 승인 취소 통보’, 2009.9.25.자 ‘개발촉진지구사업 시행지정(변경)’(◉◉군고시 제2009-55호) 및 2009.9.25.자 ‘개발촉진지구 개발사업(○○스키리조트) 실시계획 승인 취소 고시’(◉◉군고시 제2009-56호) 각 사본 등에 의하면, 다음과 같이 이 건 골프장사업 부문의 사업시행자가 청구법인에서 ◆◆◆로 변경된 내용이 나타난다. “○ 개발촉진지구 개발사업(○○스키리조트) 사업시행자 지정

• 당초: (주)○○스키리조트 대표이사 왕♧♧, (주)●●●팰리스 대표이사 최◇◇, ◉◉개발(주) 대표이사 민♠♠

• 변경: (주)○○스키리조트 대표이사 왕♧♧, (주)●●●팰리스 대표이사 최◇◇, (주)◆◆◆골프리조트 대표이사 최▣▣ ※ 변경사유: 군부대 이전사업 이행예치금 미입금에 의한 합의각서 제4조 불이행 및 대주주단 계약취소에 따른 공동사업자의 지정 취소 요구

○ 개발촉진지구 개발사업(○○스키리조트) 실시계획

• 당초: 2009.5.8. 승인

• 변경: 2009.9.25. 취소 ※ 취소사유: 공동사업시행자의 자진 취소 요청”

6. ◈◈건설이 2010.1.15. 청구법인에게 발송한 ‘△△CC 조성사업 관련 공사도급계약 해지 통보의 건’ 사본에 의하면, ◈◈건설은 청구법인이 사업시행자 자격 및 공사비 확보 등 공사도급계약서상 계약조건을 위반하였음을 이유로 공사도급계약 해지를 통보하는 내용이 나타난다.

7. ◆◆◆(도급인, “갑”)과 ◈◈건설(수급인, “을”) 사이에 2009.12.18. 체결된 ‘○○부대 군용시설 이전공사 공사도급계약서’ 사본에 의하면, 이 건 쟁점과 관련하여 다음과 같은 내용이 나타난다. 【공사도급 특약사항】 “제3조 (채무인수)

② “갑”은 ○○스키리조트 조성사업 중 골프장 개발사업 추진을 위해 금융권의 대출금 중 “을”이 2009.12.3. 중첩적 채무인수한 16,628,420,818원 전액을 채무인수한다.”

8. ◉◉군수, ◆◆◆ 및 (주)○○스키리조트 사이에 2009.12월 체결된 ‘합의 이행각서’ 사본에 의하면, 다음과 같은 내용이 나타난다. “

1. ◉◉군 ○○면 ★★리 61번지 일대에 조성중인 군부대 이전사업과 관련하여 ◉◉군이 △△컨트리클럽(주) 대표이사 이★★{현, ◉◉개발(주) 대표이사 민♠♠}과 2008.6.4. 공증 받아 체결한 합의각서에 대하여 2009.10.26. ○○스키리조트 조성사업 공동시행사로 변경 승인 지정된 (주)◆◆◆골프리조트 대표이사 최▣▣와 ○○스키리조트 왕♧♧이 모두 승계하여 책임 이행한다.

2. (주)◆◆◆골프리조트 대표 이사 최▣▣와 (주)○○스키리조트 대표이사 왕♧♧은 군부대 이전사업에 대하여 시행사인 ◉◉군에 법적인 민ㆍ형사상의 책임을 묻지 않는다.

3. ◉◉군은 기부 및 양여재산 명세서(첨부2)에 명시된 양여재산을 (주) ◆◆◆골프리조트 또는 동사가 지정하는 자에게 명의이전을 하기로 하며, 그 시기는 상호 협의하여 결정한다.”

9. 이 건 대체시설에 대한 일반건축물대장 사본에 의하면, 동 시설은 2010.1.15. ◉◉군수 명의로 소유자 등록이 되었으며, 착공일자는 2008.7.5., 사용승인일자는 2010.1.18., 건축주는 ◉◉군수, 설계자 및 감리자는 청구외 (주)♧♧♧건축사무소, 공사시공자는 ◈◈건설로 각 기재되어 있다.

10. ◉◉군수가 발행한 2008.7.8.자 착공신고필증 사본에 의하면, 이 건 대체시설의 건축주는 ◉◉군수로 되어 있으며, 착공예정일은 2008.7.5.로 기재되어 있다.

11. ◆◆◆이 2010.4.12., 청구법인이 2010.4.13. 처분청에게 각 발송한 조회회신문 각 사본에 의하면, 청구법인과 ◆◆◆ 간에는 이 건 대체시설이나 이 건 골프장 사업과 관련하여 양도․양수 계약 등 어떠한 계약도 체결한 사실이 없으며, ◆◆◆은 이 건 대체시설 공사와 관련하여 기성고를 제외하고 인수한 잔여도급금액이 1,194백만원(부가세 별도)임을 확인하는 내용이 나타난다.

12. 처분청이 2010.4.5. 작성한 ‘사업장 현지확인 복명서’에 의하면, 청구법인의 소재지인 ◉◉군 ◉◉읍 ◎◎리 44-32는 임차건물이며, 임대차기간이 2008.5.16.～2009.5.15.로 되어 있으나, 2008.10월 경 사무실을 폐쇄하였고, 동 장소는 다른 사람이 임차하여 당구장으로 사용하고 있다는 현지확인내용이 나타난다. 13) 처분청이 2010.4.1. 작성한 ‘부가가치세환급 현지확인 복명서’ 및 청구법인에 대한 부가가치세 경정결의서에 의하면, 청구법인이 쟁점세금계산서에 의하여 매입세액으로 공제하여 신고한 내용에 대하여 처분청은 ‘군부대시설공사 사업과 관련 없는 매입으로 불공제’하여 2010.8.9. 청구법인에게 2008.2기분 부가가치세 465,249천원 및 2009.1기분 부가가치세 337,379천원 을 각 경정․고지한 것으로 나타난다.

• 라. 판 단 청구법인은 ◆◆◆에게 이 건 골프장 사업을 포괄적으로 양도하였다고 주장하나, 청구법인과 ◆◆◆ 사이에 이 건 골프장 사업 관련 채권․채무의 양수도에 관하여 약정한 사실이 없는 점, 청구법인이 이 건 골프장 사업과 관련하여 매입한 사업용 자산(토지) 및 기타 물적․인적시설 등을 ◆◆◆에게 승계한 사실도 없는 점 등에 비추어 보아 청구법인이 ◆◆◆에게 이 건 골프장 사업을 포괄적으로 양도하였다고 보기는 어려운 것으로 판단된다. 한편 청구법 인은 합의각서에 따라 시공사와 공사도급계약을 체결하고 이 건 대체시설의 신축공사에 소요되는 자금을 전액 부담하면서 사업시행자로서 역할을 실질적으로 수행한바, 청구법인을 이 건 대체시설 신축공사의 시행자로 볼 수 있는 점, 이에 시공사인 ◈◈건설은 청구법인을 공급받는 자로 하여 쟁점세금계산서를 발급하였고, 처분청도 당초 쟁점과세기간에 대하여 매입세액을 환급하여 준 점, 청 구법인이 이 건 골프장 사업과 관련하여 차입한 대출금은 시공사인 ◈◈건 설 및 ◆◆◆이 중첩적으로 채무인수한 것일 뿐 청구법인의 채무가 소급적으로 소멸된 것은 아니며, 이 건 대체시설 신축공사의 기성효과도 소급적으로 상실되었다고 보기 어려운바, 청구법인에 대한 이 건 골프장 사업시행자의 지정이 취소되었다고 하여 그에 따른 법률효과가 소급적으로 무효로 된 것으로 보 기는 곤란한 점, 이 건 대체시설 신축공사를 실질적으로 승계한 ◆◆◆은 자신이 공사대금을 부담한 잔여공사부분에 대하여만 시공사로부터 세금계산서를 교부받은바, 청구법인은 ◆◆◆에게 실질적으로 기부채납의 대상이 되는 미완성건물을 양도한 것으로 볼 수 있는 점, 이 건은 단순한 토지의 취득 또는 골프장 시설의 조성과는 다른 경우로서 골프장 예정지로 편입되어 용도폐지되는 군부대시설을 양여 받는 대신 이를 대체할 대체시설을 신축하여 이전하는 교환거래에 해당하므로 이 건 대체시설의 신축관련 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보기 어려운 점 등 위 사실관계 및 관계법령을 종합하여 보면, 청구법인과 ◆◆◆ 간 미완성건물의 양도에 대하여 부가가치세가 과세되는 재화의 공급에 해당하는 것으로 보아 과세하는 것은 별론으로 하고, 이 건 대체시설을 ◉◉군수에게 공급하는 것은 부가가치세가 과세되는 재화의 공급에 해당한다 할 것이므로, 이 건 대체시설의 신축관련 쟁점세금계산서상의 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항 에 의하여 매출세액에서 공제받을 수 있는 것으로 봄이 타당하다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.