조세특례제한법 제108조의 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제 특례대상인지 여부

청구법인은 ○○ ○○ ○○ 115-7 ○○빌딩 ○○○호에서 (주)○○무역이라는 상호로 2009.10.13. 개업 후 현재까지 전자상거래 소매업을 영위 중인 사업자로 청구외(주)○○유통 등으로부터 2009년 2기 중 자동차 4대(이하 “쟁점자동차”라 한다, 총 취득가액 74,901,000원)를 구입하고 2009년 2기 부가가치세 확정신고 및 예정신고시 조세특례제한법 제108조 의 재활용폐자원등에 대한 매입세액 공제 특례를 적용하여 6,809,179원의 매입세액(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 공제받아 부가가치세를 신고․환급받았다. 처분청은 쟁점자동차들이 모두 중고자동차가 아닌 것으로 보아, 쟁점매입세액 중 세금계산서 발행분 매입세액 3,289,818원을 제외한 3,519,361원에 대해서는 매입세액 불공제를 하여 청구법인에게 부가가치세 4,055,007원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2010.8.26. 이건 심사청구를 제기하였다.

처분청은 청구법인이 매입한 중고자동차가 1년 미만의 중고자동차임을 이유로 청구법인의 재활용매입세액 공제를 부인하였다. 그러나 1년 미만의 자동차에 대해 재활용매입세액공제 대상에서 제외하는 조세특례제한법시행령 제11조 의 규정은 2010년 개정규정으로 2009년도에는 이러한 규정이 없었다. 또 처분청은 청구법인이 실제로는 중고자동차수출업을 영위하면서 사업자등록은 전자상거래업으로 되어 있다고 하나, 청구법인은 설립과 동시에 무역협회에 정회원(등록번호: ****)로 등록하였고, 현재는 중고자동차 수출업도 추가 등록되어 있다. 또 처분청은 청구법인의 직원이 (주)○○유통으로부터의 매입분에 대해 재활용폐자원 및 중고품 매입세액 공제신고를 한 것에 대해 착오신고임을 인정하였다고 하나, 이건 관련 업무는 2009년 당시 그 직원의 업무가 아니었던바, 이건 진술은 사실과 다르다. 결국 청구법인은 정당하고 합법적인 방법으로 차를 매입하고 수출하였으며, 처분청이 2010년도에 개정된 법률을 근거로 2009년 부가가치세를 경정․고지하는 것은 신뢰보호의 원칙에도 어긋나는 것인바, 이건 부가가치세 부과처분은 취소하여주기 바란다.

청구법인은 전자상거래업으로 사업자 등록을 하였으나, 실제로는 청구외 (주)○○유통, (주)○○○유통, (주)○○○ 등과 함께 자동차를 매입하거나, 개인명의로 매입하여 수출하는 방식으로 자동차 수출업을 영위하였다. 청구법인은 자동차제작년월일이 1년 미만인 중고자동차에 대해서는 재활용매입세액 공제를 적용하지 않는다는 조세특례제한법 제110조 제4항2호 의 규정이 2010년에 개정되어 청구법인의 2009년 부가가치세 결정에는 이를 적용할 수 없다고 주장하나, 동 규정은 제3자의 명의를 이용하여 신차를 수출하는 방법으로 매입세액공제특례제도를 부당하게 이용하는 사례를 방지하기 위하여 기존의 판례를 법규정에 반영하여 명확히 한 것일 뿐이다. 결국 쟁점매입세액을 불공제한 처분은 정당하며 청구주장은 이유없다.

• 가. 쟁점 쟁점자동차가 조세특례제한법 제108조 의 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제 특례대상인 중고자동차에 해당하는지 여부이다.
• 나. 관련법령

1. 조세특례제한법 (2010.1.1. 법률 제9924호로 개정 전) 제108조 【 재활용폐자원등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례 】

① 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 국가ㆍ지방자치단체 기타 대통령령이 정하는 자로부터 재활용폐자원 및 중고품을 2009년 12월 31일까지 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 재활용폐자원에 대하여는 취득가액에 106분의 6을 곱하여 계산한 금액을, 중고품에 대하여는 취득가액에 110분의 10을 곱하여 계산한 금액을 부가가치세법 제17조제1항 의 규정에 의한 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다.

2. 조세특례제한법 (2010.02.18, 시행령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제110조 【재활용폐자원등에 대한 부가가치세매입세액공제 특례】

④ 법 제108조의 규정에 따라 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용폐자원 및 중고품(이하 이 조에서 "재활용폐자원등"이라 한다)의 범위는 다음과 같다. <개정 2006.2.9 부칙>

2. 중고품: 자동차관리법에 따른 자동차 (중고자동차에 한한다)

⑤ 법 제108조의 규정에 의한 매입세액공제를 받고자 하는 자는 부가가치세법 제18조 또는 동법 제19조의 규정에 의한 신고시 기획재정부령이 정하는 재활용폐자원등의 매입세액공제신고서에 소득세법 제163조 또는 법인세법 제121조 의 규정에 의한 매입처별계산서합계표 또는 영수증을 첨부하여 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 이 경우 재활용폐자원등의 매입세액공제신고서에 다음 각호의 사항이 기재되어 있지 아니하거나 그 거래내용이 사실과 다른 경우에는 매입세액을 공제하지 아니한다. <개정 2000.1.10 부칙, 2004.3.17 부칙, 2005.2.19 부칙, 2008.2.29 부칙>

3. 조세특례제한법 (2010.02.18, 시행령 제22037호로 개정된 것) 제110조 【재활용폐자원등에 대한 부가가치세매입세액공제 특례】

④ 법 제108조의 규정에 따라 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용폐자원 및 중고자동차(이하 이 조에서 "재활용폐자원등"이라 한다)의 범위는 다음과 같다. <개정 2006.2.9 부칙, 2010.2.18 부칙>

2. 자동차관리법에 따른 자동차 중 중고자동차. 다만, 중고자동차를 수출하는 경우로서 자동차등록령 제8조에 따른 자동차등록원부에 기재된 제작연월일부터 같은 영 제32조에 따른 수출이행여부신고서에 기재된 수출신고수리일까지의 기간이 1년 미만인 자동차는 제외 한다.

4. 자동차관리법 (1995.12.29. 법률제5104호로 개정되기 전의 것) 제2조【정의】

5. "중고자동차"라 함은 자동차(이륜자동차를 제외한다. 이하 이 호에서 같다)의 제작·조립 또는 수입을 한 자로부터 법률행위 또는 법률의 규정에 의하여 자동차를 취득한 때로부터 사실상 그 성능을 유지할 수 없을 때까지의 자동차를 말한다.

• 다. 사실관계

1. 이건 청구법인의 2009년도 2기분 부가가치세 경정시 재활용매입세액공제 관련 처분청의 검토 내용은 다음과 같다.

• 가) 청구법인은 일반과세자인 (주)○○유통(129-86-*)으로부터의 매입분을 재활용폐자원 및 중고품 매입세액 공제 신고한바, 이에 대해 착오신고이며, 개인 명의로 자동차를 구매하였다고 인정한 것으로 기재되어 있다.
• 나) 이에 대한 처분청의 검토내용을 보면, 청구법인의 부가가치세 신고서, 자동차 등록증 및 매매계약서 등을 검토한바, 청구법인은 전자상거래업으로 사업자등록을 하였으나, 실제로는 자동차 수출업을 영위하였으며, 타인의 명의로 차를 구매 후 청구법인이 다시 매입하는 방법으로 자동차를 수출하고 재활용폐자원 및 중고품 매입세액 공제(6,809,179원)를 받은 것으로 확인되어 세금계산서를 발행한 매입세액 3,289,818원을 제외한 3,519,361원에 대해 매입세액 불공제하는 것으로 기재되어 있다.

2. 쟁점자동차 4대의 제작일, 청구법인 매매내역 등은 처분청 제출 자료를 통해 다음과 같이 확인된다. 차명 제작일 최초 매매내역 청구법인 매매내역 매수자 매수일 자등차등록일 ～말소일 매입가액 매수일 매입가액 수출 선적일 라세티 JA69E 2009.9.30. 이

○○ 2009.11.6. 2009.11.9.～11.16. 18,196천원 2009.11.25. 19,100천원 2009.11.17. 라세티 JA69E 2009.9.29. 정

○○ 2009.11.9. 2009.11.9.～11.9. 18,196천원 2009.11.23. 19,100천원 2009.11.17. i-30 cw 2009.10.21. 김

○○ 2009.11.20. 2009.11.23.～11.26. 17,790천원 2009.12.7. 19,000천원 2009.12.1. i-30 cw (주)○○유통 2009.12.3. 2009.12.3.～12.4. 17,490천원 2009.12.9. 17,701천원 2009.12.9. 합계 74,901천원

• 라. 판단 청구법인은 쟁점자동차는 모두 제작일로부터 수출신고 수리일까지의 기간이 1년 이내이기는 하나, 제작연월일부터 수출이행여부신고서에 기재된 수출신고수리일까지의 기간이 1년 미만인 자동차에 대해 재활용폐자원및 중고품매입세액 공제대상에서 제외하는 조세특례제한법시행령 제110조 제4항2호 의 규정은 2010년부터 신설된 규정이므로 2009년에 매입하여 수출한 쟁점자동차와 관련하여서는 이 규정이 적용될 여지가 없다고 주장한다. 그러나 조세법률주의의 원칙상 조세감면규정도 엄격하게 해석해야 하는바, 관련 규정인 중고자동차를 포함한 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제를 규정한 조세특례제한법 제108조 의 입법취지가 재활용이 가능한 폐자원 및 중고품의 수집과 재활용을 촉진하는 것으로 2010.2.18. 개정 전 조세특례제한법시행령 제110조 제4항2호 에서도 중고품의 범위와 관련하여 그 적용대상을 “자동차관리법에 따른 자동차(중고자동차에 한한다)”로 규정한 점을 고려할 때, 실제로는 신차를 수출하면서도 조세특례제한법 제108조 의 의제매입세액 공제특례제도의 혜택을 보기위해 형식상 타인을 매개로 자동차를 매수한 것으로 하는 경우에는 이건 특례제도의 혜택을 인정하지 않는 것이 타당하다고 판단된다. 이에 쟁점자동차는 사실상 모두 제작일로부터 수출 선적일이 2개월 이내로, 쟁점자동차의 이전 소유자들은 신차를 구입하였으며, 이전소유자들의 자동차 등록일에서 말소일이 모두 일주일 이내인 점, 중고자동차의 가액은 신차의 가액보다 낮게 형성되는 것이 일반적임에도 청구법인의 쟁점자동차 매입가액이 자동차제작증명서 상의 양도가액보다도 큰 점을 볼 때 청구법인은 실제로는 신차를 매입하여 수출하면서도 형식상 중간 취득자를 내세운 것으로 보인다. 따라서 쟁점자동차는 조세특례제한법 시행령 제110조 에서 규정한 중고자동차로 볼 수 없으므로 쟁점자동차에 매입분에 대해서는 조세특례제한법 제108조 의 세액공제 적용을 배제하는 것이 타당하다고 할 것이다(같은 뜻 인천지방법원2005구합4964 2006.09.07., 조심2009중3604 2009.12.28. 등). 따라서 쟁점매입세액 중 3,519,361원을 불공제하여 청구법인에게 부가가치세를 경정․고지한 처분청의 당초 처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.