쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 있는지 여부

○○ 세무서장이 2010.6.10. 청구법인에게 경정․고지한 부가가치세 623,691,160원 (2003년 2기 506,794,240원, 2004년 1기 116,896,920원)은 이를 취소합니다.

청구법인은 1990.4.20. 개업하여

○○ 시

○○ 구

○○ 동 009-9번지에서 컴퓨터부품 및 주변기기 제조업을 영위하는 법인의 지점법인으로, 1991.9.8. 개업하여

○○ 도

○○ 시

○○ 구

○○ 읍

○○ 리 06-10번지에서 컴퓨터부품 및 주변기기 제조업을 영위하면서 청구외 주식회사

○○ 시스(이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 2003년 2기에 634,000,000원, 2004년 1기에 2,536,000,000원의 매입세금계산서(합계 3,170,000,000원 이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취하여 매입세액공제를 하였다.

○○ 세무서장(이하 “조사관서”라 한다)은 청구외법인에 대한 자료상혐의자 조사를 실시하여 청구법인과의 거래분 중 2003년 1기 거래분은 정상거래로, 2003년 2기와 2004년 1기 거래분은 가공거래 혐의가 있는 것으로 하여 처분청에 자료를 통보하였다. 처분청은 청구법인에 대하여 위 자료통보에 의한 대한 부가가치세 추적조사를 실시하여 쟁점매입세금계산서만 가공매입으로 하여 2010.6.10. 청구법인에게 부가가치세 623,691,160원(2003년 2기 506,794,240원, 2004년 1기 116,896,920원)을 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.8.20. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 쟁점매입세금계산서를 가공거래로 보아 한 이 건 처분은 부당하다. 1) 조사관서의 청구외법인에 대한 자료상혐의자 조사복명서에 의하면 청구외법인이 청구법인에게 발행한 쟁점매입세금계산서에 대하여 조사한 결과는 아래와 같으며, 조사결과 처분청에 위장․가공거래 혐의자료를 통보하였다.
• 가) 청구법인은 2006.3.31. 폐업된 법인으로 대표자 성○○과 통화한바 영업 관련 서류는 없다고 주장하며, 조사대상 법인계좌 확인한바 금융거래내역이 2003년부터 1,844백만원이 확인됨
• 나) 2003년 1기 정상거래, 2003년 2기～2004년 1기 가공거래 혐의 2) 처분청은 2009.5.20.경 청구법인에 과세자료해명안내문을 발송하고 청구법인의 대표자에게 전화하였으나 다른 사람이 전화를 받았다고 하여 이 건 처분을 하였는바, 청구법인은 이 건 처분과 관련하여 해명기회도 갖지 못하였다. 3) 이 건 부과처분 직전에 동일한 처분이 있어 이의신청을 하였는바, 취하를 권유하다가 청구법인이 불응하자 갑자기 직권취소를 하고 처분부존재로 각하 처분한 후 다시 이 건 처분을 함은 선뜻 납득하기 어렵다. 4) 청구법인은 처분청이 청구법인을 ○○경찰서에 자료상으로 고발하여 ○○경찰서에 관련 자료를 제출하고 정상거래임을 설명하려고 하였으나 ○○경찰서는 ‘공소권 없음’ 처분을 하였다. 5) 청구법인은 2006년 3월경 사업실패 후 대표자의 도피 및 채권자들의 사무실 집기 및 서류 폐기 조치로 관련 서류를 찾을 수 없는 상태로, 현 상황에서 확인할 수 있는 금융거래자료를 다음과 같이 제출한다.
• 가) 2003년 2기～2004년 1기 중 청구법인이 ○○은행 구매자금으로 청구외법인에 결제한 금액 853,480,650원에 대한 금융거래내역 1부.
• 나) 2003년 2기 중 청구법인이 ◈◈은행 구매자금으로 청구외법인에 결제한 금액 1,054,072,470원에 대한 금융거래내역 1부.
• 다) 청구법인이 어음을 발행하여 ○○은행에서 만기일에 지급한 2003년 2기～2004년 결제총액 3,639,279,804원에 대한 금융거래내역 1부. 6) 청구외법인 대표이사 권○환에게 문의한바, 조사관서의 조사 당시 청구외법인의 가공매출․가공매입은 모두 시인하였고, 청구법인과의 거래는 정상거래로 진술하였다고 하였으며, 조사관서가 조사결과 통보한 ‘위장․가공거래 혐의자료’는 대부분의 거래처가 정상거래로 입증되어 활용처리된 사실이 확인되고 있다. 7) 위와 같이 청구법인의 쟁점매입세금계산서가 실제거래를 하고 대금을 지급한 사실이 확인되고, 조사관서에서 ‘위장․가공거래 확정자료’가 아닌 ‘위장․가공거래 혐의자료’로 통보한 거래처는 대부분 정상거래임이 확인되는바, 이와 같은 사실을 고려하지 않고 ‘위장․가공거래 혐의자료’로 통보되었다 하여 관련 사실을 확인하지 않고 과세한 이 건 처분은 부당하다.

1) 처분청의 부가가치세 추적조사 당시 청구외법인으로부터 수취한 쟁점매입세금계산서가 재화와 용역의 공급이 없는 가공매입세금계산서로 확인되어 2010년 2월 납기로 고지하였으나 2010.4.26. 청구법인의 이의신청서 접수 당시 과세기간 오류가 발견되어 결정취소하고 2010년 6월에 이 건 처분을 하였으며, 이에 따라 청구법인이 제기한 이의신청은 처분부존재로 각하처리 되었다. 2) 청구외법인을 조사할 당시 조사관서에서 청구법인 대표자 성○○과 통화한바 영업 관련 서류가 없다고 주장하여 청구법인의 법인계좌를 조사한 후 금융거래내역이 확인되는 2003년 1기는 정상거래로, 금융거래내역을 확인할 수 없는 2003년 2기～2004년 2기는 가공거래 혐의자료로 통보하였다. 3) 청구법인과 청구외법인의 2003년 2기 거래금액은 2,536백만원(공급가액)이고 2004년 1기 거래금액은 634백만원(공급가액)으로 총 거래금액은 3,170백만원(공급가액)이나 청구법인이 제시한 금융거래내역을 보면 ○○은행 구매자금으로 결제한 금액은 853백만원이고 ◈◈은행 구매자금으로 결제한 금액은 1,054백만원으로 총결제금액 1,907백만원은 총거래금액 3,170백만원과 많은 차이가 발생한다. 4) 청구법인이 ○○은행 구매자금으로 결제하였다고 제출한 금융증빙은 1건을 제외하고 모두 청구법인의 본사와 청구외법인의 거래이지 청구법인과의 거래내역이 아니고, ◈◈은행 구매자금을 결제하였다는 금융증빙은 청구외법인과의 거래여부를 확인할 수 없다. 5) 청구법인이 어음을 발행하여 ○○은행에서 지급한 2003년 2기～2004년의 결제총액 3,639백만원의 금융거래내역도 청구외법인과의 거래를 명확하게 입증할 근거가 없다. 6) 위와 같이 쟁점매입세금계산서가 실제거래라는 사실을 입증할 객관적인 증빙이 없으므로 이를 가공거래로 보아 한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점매입세금계산서를 가공거래에 의한 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련 법령 1) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다. (이하 생략) 2) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① (생략)

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (이하 생략)

• 다. 사실관계 1) 청구법인의 부가가치세 신고내역은 다음과 같다. 기분 매출과표 매입과표 (거래금액) 납부세액 비고 2003.1기 18,426 17,538 (1,825) 58 정상거래 2003.2기 25,837 21,157 (2,536) 462 가공거래혐의 2004.1기 13,682 13,795 (634) -10 " 2) 청구법인의 본점은 청구외법인으로부터 매입세금계산서를 수취한 사실이 없는 것으로 국세통합전산망에 의하여 확인된다. 3) 청구법인은 청구외법인과 거래한 내역을 입증하기 위하여 ○○은행과 ◈◈은행이 발급한 명세를 제출하였는바, 그 내용은 다음과 같다. 가) 2010.1.21. ○○은행

○○ 금융센터에서 발급한 2003.7.1.～2004.12.31. 청구외법인 구매자금 추심의뢰 명세 및 자금 결제명세의 기재내용 거래일자 공급가액 대출금액 어음발행일 어음금액 사업자 2003.08.01 19,648,200 19,648,200 2003.08.14 19,648,200 청구법인 2003.08.14 123,934,800 123,934,800 2003.08.22 123,934,800 본점 2003.08.14 73,565,690 73,565,690 2003.08.25 73,565,690 본점 2003.08.28 244,598,310 244,598,310 2003.09.01 244,598,310 본점 2003.09.16 155,421,200 155,421,200 2003.09.18 155,421,200 본점 2003.09.22 76,366,400 76,366,400 2003.09.29 76,366,400 본점 2003.09.25 116,936,050 116,936,050 2003.09.29 116,936,050 본점 소계 810,470,650 810,470,650 810,470,650 2004.01.16 43,010,000 0 2004.02.06 43,010,000 본점 합계 853,480,650 810,470,650 853,480,650

• 나) 2010.1.20. ◈◈은행 ○○지점에서 발급한 2003.7.1.～2004.12.31. 수신기관별 거래내역의 기재내용 거래일자 거래금액 내역 상대계좌 비고 2003.07.31 380,369,000 구매자금 17191000134905 청구외법인 계좌 2003.09.25 150,346,350 " " " 2003.09.25 13,451,460 " " " 2003.11.04 27,225,000 " " " 2003.11.25 3,274,700 " " " 2003.11.25 238,645,000 " " " 2003.12.01 238,645,000 " " " 2003.12.22 2,115,960 " " " 합계 1,054,072,470
• 다) 위 가)와 나)의 합계금액: 2003년 2기 1,864,543,120원, 2004년 1기 43,010,000원 4) 청구법인은 어음 결제금액 3,639,279,804원(2003년 2기 2,329,317,847원, 2004년 1,309,961,957원) 중 청구외법인과의 거래분을 확인하여 달라고 ○○은행 ○○금융센터에서 2010.1.18. 발급한 유동성 거래내역조회 문서를 제출하였으나 보관기간 5년이 경과되어 확인할 수 없다. 5) 조사관서에서 2008년 10월 작성한 청구외법인에 대한 자료상혐의자 조사 복명서에 기재된 내용은 다음과 같다.
• 가) 조사실적 귀속 신고내용 적출(가공)금액 혐의금액 비고 매출 매입 매출 매입 매출 매입 합계 39,233 35,922 1,074 1,447 24,662 6,997 05년 6,711 6,738

• 460 2,648 3,395 04년 14,402 11,260 1,074 628 9,676 2,597 03년 18,120 17,924

• 365 12,338 1,005

• 나) 매출처 조사

(1) 거래내역확인서를 발송하여 회신된 내용 중 금융증빙 등에 의하여 정상거래임이 확인되는 29개 업체 8,196백만원과 가공확정된 거래 이외의 업체는 가공거래혐의자료 파생

(2) 파생된 자료의 업체는 대부분 폐업 등으로 소명하지 않은 업체임

• 다) 매입처 조사

(1) 거래내역확인서를 발송하여 회신된 내용 중 금융증빙 등에 의하여 정상거래임이 확인되는 29개 업체 26,223백만원과 가공확정된 거래 이외의 업체는 가공거래혐의자료 파생

(2) 파생된 자료의 업체는 대부분 폐업 등으로 소명하지 않은 업체임 6) 청구법인을 제외한 자료파생된 매출처 14개 업체와 매입처 10개 업체 중 ○○전자(주), (주)◈◈전자, ○○개발(주) 등 정상거래로 처리되었으며, 매출 및 매입을 가공으로 과세한 (주)○○테크도 정상거래로 재경정 하였음이 국세통합전산망에 의하여 확인된다. 7) 처분청에서 2009년 12월 작성한 청구법인에 대한 부가가치세 추적조사 종결보고서에 기재된 내용은 다음과 같다.

• 가) 조사실적 기별 신고금액 적출금액 비고 매출 매입 매출 매입 계 17,418 17,355

• 3,170 자료 파생된 금액만 가공거래로 확정 2004.1기 4,589 6,514

• 2,536 2003.2기 12,829 10,841

• 634 ※ 2004년 1기는 예정분만 기재하였으며, 적출금액은 2003년 2기 2,536백만원, 2004년 1기 634백만원으로 기재하여야 함

• 나) 조사내용

(1) 2006.3.31. 부도로 인해 직권폐업 시점까지 사업장 변동내역 확인불가

(2) 실물거래 없는 가공매출세금계산서 발행사실은 확인할 수 없음

(3) 기 자료상으로 고발된 청구외법인 외에 실물거래 없는 가공매입세금계산서를 확인할 수 없음 8) 처분청은 위 조사결과에 의하여 ○○경찰서에 청구법인과 대표자를 자료상으로 고발하였으나 ○○경찰서는 시효경과로 인하여 ‘공소권 없음’ 처분을 하였다. 9) 청구법인이 처분청의 경정․고지에 대하여 이의신청을 하였으나 처분청은 2003년 2기분을 2004년 1기분으로, 2004년 1기분을 2003년 2기분으로 오류 결정하였다 하여 직권시정하고 처분의 부존재로 각하한 사실이 확인된다.

• 라. 판단 청구법인은 청구외법인과 실제 거래를 하고 쟁점매입세금계산서를 수취하였다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. 청구외법인과 거래한 사실이 없는 청구법인의 본사에서 청구외법인에 지급한 금액이 2003년 2기 1,865백만원, 2004년 1기 43백만원인 사실이 ○○은행 및 ◈◈은행의 구매자금 대출현황으로 확인되는바, 이는 지점 거래분을 본점에서 결제한 것으로 보이므로 청구법인은 최소한 위 금액만큼은 청구외법인과 실제 거래한 것으로 보아야 할 것이고, 청구법인의 어음 결제금액 3,639백만원(2003년 2기 2,329백만원, 2004년 1기 1,310백만원) 중 청구외법인과의 거래분이 얼마인지는 금융기관의 자료 보관기간이 경과되어 확인할 수 없으나, 위 어음 결제금액과 별도로 청구법인이 구매자금을 이용하여 청구외법인에 1,908백만원을 지급한 사실이 확인되므로, 위 어음 결제금액 중 지급사실이 확인되지 않는 1,263백만원이 포함되어 있을 것으로 추정된다 할 것이다. 위와 같이 청구법인이 금융기관의 구매자금을 대출하여 청구외법인에 대금을 지급한 사실, 청구외법인의 매출․매입 75,155백만원 중 2,521백만원(3.35%)만 가공거래로 확정된 사실, 조사관서가 가공거래 혐의자료로 파생한 자료가 대부분 실거래로 인정된 사실 등으로 보아 청구법인은 청구외법인과 실제 거래를 하고 쟁점매입세금계산서를 수취한 것으로 보이므로 청구법인이 청구외법인으로부터 수취한 쟁점매입세금계산서를 가공거래로 보아 한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.