관할관청의 부가가치세 경감세액의 해당 경감요건 미충족 자료통보에 의거 동 세액을 추징함은 정당함

청구법인은 택시운송업을 영위하는 법인으로 노사합의에 따라 ‘정액사납금’제를 실시하면서, 2008년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고시 소속 운전기사들이 납입한 정액사납금을 과세표준으로 하여 부가가치세 신고를 하였다. 처분청은 2009. 3월 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 미터기록 및 수입금액 인지시스템(이하 “타코미터”이라 한다)상의 운송수입금액과 부가가치세 신고금액과의 차이금액(2008년 제1기 226,372천원, 2008년 제2기 367,271천원 합계 593,643천원)을 운송수입금액의 누락으로 보아, 조세특례제한법 제106조의7 제1항 (일반택시운송사 업자의 부가가치세 납부세액 경감)에 따라 2008년 제1기 11,318,610원, 2008년 제2기 18,335,052원 합계 29,653,662원(이하 “쟁점경감세액”이라 한다)의 부가가치세를 경감하고, 2009.5.1. 청구법인에게 2008년 제1기 부가가치세 14,533,097원 및 2008년 제2기 부가가치세 22,810,154원 합계 37,343,251원을 경정․고지(이하 “1차고지”라 한다)한 후 2009.10.29. ○○구청장이 경감세액은 조세특례제한법 제106조의7 제2항 에 따라 택시운송종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용하여야 하는 것임에도 쟁점경감세액은 운수종사자에게 지급되지 아니하였다고 처분청에 통보하자, 이를 수보한 처분청은 조세특례제한법 제106조의7 제3항 에 따라 쟁점경감세액의 경감을 취소하고 2010.1.4. 청구법인에게 2008년 제1기 부가가치세 15,375,199원 및 2008년 제2기 부가가치세 23,888,738원을 경정․고지(이하 “2차고지”라 한다)하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.3.30. 이의신청(결정일 2010.5.14.)을 거쳐 2010.8.18. 이 건 심사청구를 제기하였다.

세무조사 결과에 의하면 처분청에서도 2008년 매출누락 593,643천원을 익금산입하고, 부가가치세 59,364천원을 포함한 653,007천원을 급여로 손금산입하여 청구법인이 수령한 정액사납금을 초과한 금액은 모두 운전기사들에게 귀속되었다고 보고 있는바, 다시 청구법인이 쟁점경감세액을 종업원들의 복지후생 등에 사용하지 않았다고 과세하는 것은 부당하며, 오히려 국토해양부장관의 위임을 받은 ○○구청장의 판단 오류로 보낸 내용에 대하여 시정요구를 해야 함에도 이를 단순히 ○○구청장의 업무내역으로 넘기는 것은 부당하다.

3. 처분청(과세예고관서) 의견 조세특례제한법 제106조의7 제3항 은 “국토해양부장관은여객자동차 운수사업법상 일반택시 운송사업자가 제1항의 규정에 따라 경감된 세액을 경감된 부가가치세의 신고납부기한 종료일부터 6개월 이내에 제2항의 규정에 따라 사용하지 아니한 것을 확인한 경우에는 이를 즉시 국세청장 또는 관할 세무서장에게 통보하여야 하며, 이를 통보받은 국세청장 또는 관할 세무서장은 다음 각 호의 규정에 따라 계산한 금액의 합계액을 추징한다.”라고 규정하고 있으므로, ○○구청으로부터 쟁점경감세액이 조세특례제한법 제106조의7 제2항 의 규정대로 사용되지 않은 사실을 통보(2009.10.29. 교통행정과-3@@@@호)받아 추징한 이 건 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 매출누락분의 부가가치세 경감세액을 운수종사자에게 지급하지 않았 다는 내용의 관할구청 공문에 따라 쟁점경감세액을 추징한 처분의 당 부를 가리는 데 있다
• 나. 관련법령 및 판례․예규 등 1) 조세특례제한법 제106조 의 7【일반택시 운송사업자의 부가가치세 납부세액 경감】

① 여객자동차 운수사업법상 일반택시 운송사업자에 대하여는 부가가치세 납부세액의 100분의 50을 2008년 12월 31일까지 종료하는 과세기간분까지 경감한다.

② 제1항에 의한 경감세액은 국토해양부장관이 정하는 바에 따라 여객자동차 운수사업법상 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용한다.

③ 국토해양부장관은 여객자동차 운수사업법상 일반택시 운송사업자가 제1항의 규정에 따라 경감된 세액을 경감된 부가가치세의 신고납부기한 종료일부터 6개월 이내에 제2항의 규정에 따라 사용하지 아니한 것을 확인한 경우에는 이를 즉시 국세청장 또는 일반택시 운송사업자 관할 세무서장에게 통보하여야 하며, 이를 통보받은 국세청장 또는 일반택시 운송사업자 관할 세무서장은 다음 각 호의 규정에 따라 계산한 금액의 합계액을 추징한다.

1. 여객자동차 운수사업법상 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상을 위하여 사용하지 아니한 경감세액 상당액

2. 다음 산식에 따라 계산한 제1호의 경감세액 상당액의 이자상당액 이자상당액 ＝ 제1호의 경감세액 상당액 × 제1항의 규정에 따라 경감된 부가가치세의 신고납부기한 종료일의 다음날부터 추징세액의 고지일까지의 기간(일) × 3/10,000

3. 제1호의 경감세액상당액의 100분의 20에 해당하는 금액의 가산세 2) 여객자동차운수사업법 제21조 【운송사업자의 준수 사항】

① 대통령령으로 정하는 운송사업자는 제24조에 따른 운전업무 종사자격 을 갖추고 여객자동차운송사업의 운전업무에 종사하고 있는 자가 이용자에게서 받은 운임이나 요금의 전액을 그 운수종사자에게서 받아야 한다.(이하 생략)

• 다. 사실관계

1. 청구법인의 부가가치세 신고내용 및 경정내용은 다음과 같다. (천원) 기분 신 고 경 정

경감세액 매출액 경감세액 매출액 경감세액 2008.1기 1,005,624 24,775 1,231,997 36,093 11,318 2008.2기 973,392 18,883 1,340,663 37,218 18,335 합계 1,979,016 43,658 2,572,660 73,311 29,653

2. 처분청의 조사보고서에 의하면, 2008년 매출누락액에 대하여 부가가치세 경정결정하고, 동 누락액을 법인의 과세소득금액 계산상 익금산입함과 동시에 급여로 보아 손금산입하는 것으로 기재되어 있고, 처분청이 청구법인에게 통지한 세무조정사항 및 소득금액변동통지내용도 매출누락 593,643,279원을 익금산입하고, 급여 653,007,606원을 손금산입하는 것으로 되어 있다.

3. ○○구청 교통행정과-3@@@@(2009.10.29.)호에 의하면, 쟁점경감세액은 조세특례제한법 제106조의7 제2항 의 규정대로 청구법인 운수종사자들의 처우개선 및 복지향상을 위해 사용하여야 하나 현재까지 운수종사자에게 지급되지 않은 것으로 기재되어 있다.

4. 청구법인이 제출한 자료와 내용은 다음과 같다.

• 가) 2009.3월 작성된 김AA 등 20인의 확인서 2001.12월말 이후 당시 근로자들이 정액입금제로 운행할 것을 강력히 요구하여 회사에는 노사합의된 사납금만을 납입하고, 사납금에 초과된 수익에 대해서는 회사에 입금하지 않았다.
• 나) 2009.11월 작성된 김AA길 등 18인의 확인서 청구법인에서는 미터기 금액에서 노사합의된 사납금에 초과된 금액에 대해서는 개개인이 보유하고 있다. 청구법인은 노사합의된 사납금만을 운송수익금으로 간주하여 신고하였고, 2009. 3월 세무조사시 과세한 금액은 미터금액과 기신고한 운송수입금의 차액을 운송수입금액 누락분으로 근로자들은 당시 회사의 요청에 따라 근로자들이 사납금 초과액을 보유하고 있다는 내용의 확인서를 세무서에 제출하였다. 사납금 초과액에는 이번 세무조사에서 경정한 부가가치세액과 부가가치세 경감액이 포함되어 있으므로 2009.3월 처분청에서 조사 과세한 부가가치세 경감액은 이미 근로자들에게 선지급되었음을 확인한다.
• 다) 2005.2.4. 청구법인과 노동조합이 체결한 합의각서상 부가가치세 경감액의 사용처는 다음과 같다.

(1) 급여에 근무일 1일당 부가가치세 감면액 2,000원과 부가가치세 경감액으로 지급한 급여로 인하여 발생되는 4대 보험의 회사부담분과 퇴직금 및 기타 수당도 부가가치세 경감액에서 지급한다.

(2) 가칭 근무장려비는 근무일수에 따라 월 10,000원～20,000원을 1월～3월분은 5월 25일, 4월～6월분은 8월 25일, 7월～9월분은 11월 25일, 10월～12월은 2월 25일 부가가치세 경감세액에서 개별지급한다.

(3) 그 외 청구법인은 노동조합에 등록대수 당 월 3,000원을 복지비로 부가가치세 경감세액에서 지급한다.

• 라) 2006.11.29. 체결한 청구법인과 노동조합의 임금협정서에 의하면, 기준운송수입금은 매그너스와 EF쏘나타를 기준으로 오전․오후 평균 91,000원으로 하고, 임금은 월 26일을 결근없이 승무한 자를 기준으로 타사에서 정한 근로장려금 및 기준 운송수입금 인상으로 인한 부가가치세 추가 환급액을 포함하여 총 851,198원으로 하며, 위 임금에는 부가가치세 경감세액 56,727원이 포함되어 있다.

5. 청구법인이 제출한 2002.8.10.부터 2009.10.15.까지의 부가가치세 경감액 사용내역에 의하면, 위 기간동안의 부가가치세 경감액은 308,148천원이고, 급여 등으로 사용된 금액은 485,222천원이며, 이 중 2008년 경감액은 44,531,611원이고, 2008년 지출액(급여, 퇴직급여 및 성실근무장려비 등으로 지출)은 65,683,905원으로 경감액에 비하여 초과사용한 금액은 21,152,294원이다.

6. 2005.4월에 작성한 국토해양부의 “택시 부가세 경감세액 사용지침”의 내용은 아래와 같다.

• 가) 기본원칙

(1) 부가가치세 경감세액 전액을 근로자의 처우개선 및 복지향상을 위한 목적으로만 사용(목적외 사용금지)

(2) 사용자가 근로자 개개인에게 현금으로 지급. 다만, 경감세액의 일부를 사업장별 과반수 이상의 근로자들이 현금이외의 다른 방법으로 사용하는 것을 요구하는 경우 예외를 인정(현금지급: 기본급, 수당, 복리후생비 등의 명목으로 지급)

(3) 현금지급 방법․시기, 근무일수에 따른 일할 계산방법 등에 관한 세부사항은 근로자 대표와 사용자가 자율적 결정

• 나) 세부 방안

(1) 근로자 개개인별 현금 지급시, 과세기간 중 종사한 모든 근로자에게 균등하게 사용자가 직접 지급하되, 근무일수 등에 따른 차등지급 가능

(2) 사용자는 경감세액 사용의 투명성 제고를 위해 별도의 지출장부를 관리하고, 근로자 개개인에게 현금으로 직접 지급하는 경우 개인별 지급금액을 고지하며, 경감세액의 일부를 기본급에 포함하여 지급하는 경우 전체 지출규모 파악이 가능하도록 지출장부에 명기

(3) 사용자는 근로자 대표와 공동으로 서명 또는 날인한 경감세액 사용내역을 매분기 익월말까지 관할관청에 보고

• 다) 금지사항

(1) 부가가치세를 경감해 주기 이전부터 사용자가 부담해 왔던 부분에 사용(운전복, 창립기념 및 명절선물, 야유회비, 수재의연금 등)

(2) 근로자가 아닌 관리직 직원의 후생복지를 위해 사용

(3) 사용자의 경영개선, 노동조합 운영비 등을 위해 사용․지원

(4) 지원대상에서 근로자의 일부를 제외하거나 정당한 사유없이 차별 지원하는 행위 등

• 라. 판단 조세특례제한법 제106조 의 7에 따르면, 일반택시 운송사업자에 대하여는 부가가치세 경감세액은 국토해양부장관이 정하는 바에 따라 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용하여야 하고, 국토해양부장관은 운송사업자가 위 규정에 따라 경감된 세액을 경감된 부가가치세의 신고납부기한 종료일부터 6개월 이내에 사용하지 아니한 것을 확인한 경우에는 즉시 국세청장 등에게 통보하도록 규정되어 있으므로. 일반택시 운송사업자에 대한 부가가치세 경감세액을 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용하였는지 여부에 대한 확인은 국토해양부장관의 업무에 속하는 것이고, 이를 위임받은 ○○구청장이 처분청에 청구법인이 경감세액을 운수종사자의 처우개선 등으로 이 건 경감세액을 사용하지 아니하였다고 통보하였으므로, 이를 통보받은 처분청이 위 법령에 따라 경감세액을 추징한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.