실지거래한 과세기간 경과 후 세금계산서를 교부받았다가 실지거래가 있던 과세기간에 맞게 수정세금계산서를 교부받은 경우 경청청구 대상인지 여부

• 가. 청구법인(‘주식회사 ○○세상’이었다가 2010.1.7. ‘주식회사 ○○○’으로 변경)은 2006.8.22. 개업 이후 생활잡화, 의류, 화장품 등의 도소매업을 영위하는 계속사업자로, 2009.6.25. 경기도 ○○시 ○○동 1**1-*번지 소재 ○○제약 김○○(이하 ‘○○제약’이라 한다)으로부터 ‘여우발(발 각질 제거용품)’ 30,000set (공급가액 658,636,363원, 부가가치세 65,863,637원, 이하 ‘쟁점재화’라 한다)를 공급받고, 2009.12.21. 쟁점재화에 대한 세금계산서(이하 ‘이 사건 당초 세금계산서’라 한다)를 교부받아 2010.1.25. 2009년 제2기 부가가치세 확정신고를 하면서 동 매입세액 65,863,637원을 매출세액에서 공제하였다.
• 나. 그 후 청구법인은 ○○제약으로부터 이 사건 당초세금계산서에 대한 취소 세금계산서(2009.12.21.로 소급 발행)와 함께 쟁점재화에 대하여 발행일을 2009.6.25.로 소급 기재한 세금계산서(이하 ‘이 사건 수정세금계산서’라 한다)를 교부받아, 2010.2.9. 쟁점세금계산서상의 매입세액을 공제대상 매입세액에서 제외하여 2009년 제2기분 부가가치세를 수정신고함과 동시에, 이 사건 수정세금계산서에 근거하여 그 세액 65,863,637원을 2009년 제1기의 매입세액으로 공제하여 달라는 내용의 부가가치세 경정청구를 하였다.
• 다. 처 분청은 청구인의 2009년 제2기분 부가가치세 수정신고를 받아들여 이 사건 당초세금계산서의 매입세액을 불공제하여 2009년 제2기분 부가가치세를 경정․결정하고, 청구인의 위 2009년 제1기 부가가치세 경정청구에 대하여는 이 사건 수정세금계산서가 쟁점재화의 공급시기 이후에 교부된 세금계산서이므로 매입세액을 공제받을 수 없다 하여 2010.3.15. 경정청구를 거부하였다. 청구인은 이 경정청구 거부처분에 불복하여 2010.4.28. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인은 홈쇼핑 또는 인터넷 쇼핑회사에 미용제품 등을 납품․판매하는 회사로서 2009.4.7. ○○제약에서 쟁점재화를 납품받기로 계약을 체결(공급가액 658,636,363원과 부가가치세 65,863,637원 합계 724,500,000원)하고, 이중 360,000,000원은 계약 당일인 2009.4.7.에, 잔액 364,500,000원은 2009.6.1.에 온라인 송금하고, 당해 제품의 입고는 2009.6.25. 완료되었으나, ○○제약으로부터 2009.12.21.자로 이 사건 당초세금계산서를 교부받아 2009년 제2기 확정 부가가치세 신고 시 공제대상매입세액으로 신고하였다.
• 나. 위 확정신고 후 이 사건 당초세금계산서의 작성일자가 잘못 기재된 것을 알고 2010년 1월말경 ○○제약으로부터 쟁점재화의 실제 입고일인 2009.6.25.로 수정기재한 세금계산서를 교부받아 2010.2.9. 이 사건 당초세금계산서 매입세액을 공제대상 매입세액에서 제외하여 2009년 제2기분 부가가치세 수정신고와 동시에 2009년 제1기에 대하여 이 사건 수정세금계산서 매입세액을 공제대상 매입세액으로 하여 이를 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다.
• 다. 처분청은 이건 경정청구와 관련하여 2010.3.8.부터 이틀간 현지확인조사를 실시하여 이 사건 당초세금계산서가 실물거래가 수반된 정상 세금계산서라는 점은 인정하였으나, 단지 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서라는 이유로 경정청구 거부처분을 하였으나, 이 사건 당초세금계산서는 실물의 이동이 수반된 사실거래이고, 그 대금의 지급 사실 또한 금융증빙을 통하여 명확히 입증되고 있고, ○○제약 경리실무자의 착오로 이 사건 당초세금계산서 작성일자를 착오로 기재한 것일 뿐 고의성이 전혀 없다.
• 라. 부가가치세법 시행령 제59조 제4항 에는 ‘기 발행한 세금계산서의 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우 세무서장이 경정하기 전까지는 수정한 세금계산서를 작성’할 수 있도록 규정하고 있으며, 관련 예규에서도 ‘공급자가 세금계산서상의 작성연월일이 착오로 기재된 세금계산서를 교부한 경우 부가가치세법 제59조 의 규정에 의하여 세금계산서를 수정 교부할 수 있다’고 규정하고 있다.
• 마. 결론 청구법인은 당초 교부받을 당시 착오에 의해 작성일자가 잘못 기재된 이 사건 당초세금계산서를 수취하였기는 하나 그 거래내용이 실물이 수반된 사실거래이고, 처분청의 경정이 있기 전에 납세자가 스스로 착오를 수정하여 신고하였음에도 쟁점재화에 해당하는 매입세액을 공제할 수 없다는 경정청구 거부처분은 부당하므로 취소되어야 한다.

• 가. 부가가치세법 제16조 제1항 및 같은 법 시행령 제59조에는 ‘세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우’에 수정세금계산서를 발급할 수 있다고 규정하고 있는바, 수정세금계산서의 교부요건은 당초 적법하게 세금계산서가 교부되었어야 하는 것이며, 이는 곧 당초의 행위인 세금계산서를 법에 정한 교부시기에 적법하게 교부한 경우에 가능한 것이다. 따라서 당초에 세금계산서를 교부하지 않았거나, 교부시기 이후에 교부한 경우에는 수정세금계선서를 교부할 수 없는 것이므로 청구법인의 주장을 받아들일 수 없다.
• 나. 또한 쟁점재화의 인수일은 2009.6.25.이며, 쟁점재화의 공급시기가 2009.6.25.인 것과 쟁점재화 거래에 대한 이 사건 당초세금계산서를 2009.12.21.자로 교부받은 것에 대하여는 다툼이 없는 사실이며, 따라서 쟁점세금계산서는 공급시기 이후에 발행된 세금계산서에 해당하는 것이며, 이는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 매입세액을 공제받을 수 없는 것이다. 따라서 청구법인이 주장하는 수정세금계산서는 수정세금계산서가 아니고 쟁점재화의 당초 공급일로 소급하여 발행한 세금계산서이므로 경정청구를 거부한 이건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 실지 거래한 과세기간이 경과한 이후 다른 과세기간에 세금계산서를 교부받아 매입세액공제신고를 하였다가 실지 거래가 있던 과세기간에 맞게 수정세금계산서를 교부받아 경정청구를 하는 경우 당해 경정청구를 받아들일 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 국세기본법 제45조의2 【경정등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청ㆍ심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

○ 부가가치세법 제9조 【거래 시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때

○ 부가가치세법 시행령 제21조 【재화의 공급시기】

① 법 제9조 제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업 전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.(개정 2006.2.9)

1. 현금판매ㆍ외상판매 또는 할부판매의 경우에는 재화가 인도되거나 이용가능하게 되는 때

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.(개정 2006.12.30)

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항(개정 2007.12.31)

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.(개정 2008.12.26) 1의2. 제16조제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항제1호부터 제4호까지에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

② 법 제17조 제2항 제1호의2 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.(개정 2009.2.4)

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받은 경우

5. 법 제16조제2항에 따른 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화나 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 교부받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우

○ 부가가치세법 시행령 제53조 【세금계산서】

① 법 제16조 제1항 제5호에 따라 세금계산서에 기재할 사항은 다음 각 호와 같다.(개정 2007.2.28)

2. 공급받는 자의 상호ㆍ성명ㆍ주소 2의2. 공급하는 자와 공급받는 자의 업태와 종목

7. 제6조의3에 따라 사업자단위과세의 승인을 얻은 사업자의 경우 실제로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 종된 사업장의 소재지 및 상호(신설 2007.2.28)(이하생략)

○ 부가가치세법 시행령 제59조 【수정세금계산서 교부사유 및 교부절차】 법 제16조제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 교부할 수 있다.

1. 당초 공급한 재화가 환입된 경우: 재화가 환입된 날을 작성일자로 기재하고 비고란에 당초 세금계산서 작성일자를 부기한 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부의 표시를 하여 교부한다.

2. 계약의 해제로 인하여 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우: 계약이 해제된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 기재하고 비고란에 계약해제일을 부기한 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부의 표시를 하여 교부한다.

3. 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우: 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 기재하고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 부의 표시를 하여 교부한다.

4. 재화 또는 용역을 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 내국신용장이 개설되었거나 구매확인서가 발급된 경우: 내국신용장 등이 개설된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 기재하고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 부기하여 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 교부하고, 추가하여 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 부의 표시를 하여 작성하고 교부한다.

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 기재된 경우: 세무서장이 경정하여 통지하기 전까지 세금계산서를 작성하되, 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 작성하여 교부하고, 수정하여 교부하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 교부한다.

• 다. 사실관계

1. 쟁점재화의 공급시기가 2009.6.25.이라는 사실과 ○○제약은 쟁점재화에 대한 세금계산서를 2009.12.21.자로 청구법인에게 교부한 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

2. 청구법인은 2009.4.7. ○○제약과 쟁점재화의 공급에 대한 계약을 체결하고 2009.6.25. 쟁점재화를 전량 공급받은 사실이 심리자료에 의하여 확인되는바, 그 내용은 다음과 같다.

○ 계약일자: 2009.4.7.

○ 대금결제: 계약금 2009.4.7. 360,000천원(인터넷뱅킹) 잔 금 2009.6.1. 364,500천원(인터넷뱅킹)

○ 물품인수: 2009.6.25. 300Box(1Box 100개)

3. 쟁점재화와 관련하여 ○○제약이 청구법인에게 발행한 세금계산서 내용은 다음과 같다. 구분 작성연월일 품목 수량 공급가액(원) 세액(원) 합계금액(원) 당초 2009.12.21 화장품(여우발) 30,000set 658,636,363 65,863,637 724,500,000 취소 2009.12.21 화장품(여우발) -658,636,363 -65,863,637 -724,500,000 수정 2009.6.25 화장품(여우발) 658,636,363 65,863,637 724,500,000

4. 청구법인과 ○○제약은 쟁점재화에 대하여 2009년 제2기 확정신고 시 매입과 매출로 각 신고한 사실이 국세청 전산시스템에 의하여 확인되며, 청구법인은 2010.2.9. 2009년 제2기에 대하여 이 사건 당초세금계산서에 해당하는 매입세액을 감액하여 수정신고를 하고, 2009년 제1기에 대하여는 2009.6.25.자로 소급하여 교부받은 세금계산서를 반영하여 처분청에 경정청구를 하였다.

5. 처분청은 청구법인의 위 2009년 제1기 경정청구에 대하여 현지확인 조사를 실시하여 ‘공급시기 이후에 교부받은 세금계산서이므로 관련규정에 의거 매입세액을 공제할 수 없다’는 사유로 2010.3.15. 청구법인에게 경정청구 거부통지를 하고 ○○제약에 대하여 수정신고 미이행 자료를 파생한 사실이 처분청의 조사복명서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

• 라. 판단 1) 국세기본법 제45조의2 제1항 은 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세사업자가 신고한 과세표준 및 세액이 부가가치세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하거나 신고한 환급세액이 부가가치세법에 의하여 신고하여야 할 환급세액에 미달하는 때는 당해 과세표준 및 세액의 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 관계증빙서류를 갖추어 관할세무서장에게 그 과세표준 및 세액의 경정을 청구할 수 있도록 규정하고 있다.

2. 부가가치세는 부가가치세법의 규정에 따라 적법하게 발행교부된 세금계산서에 의거하여 거래징수 및 환급신고(매입세액공제신고)가 이루어져야 함은 물론 위 국세기본법상 경정청구를 할 때에도 역시 적법하게 발행 교부된 세금계산서에 의거하여야 한다고 할 것인바, 세금계산서의 교부시기와 공급시기 및 작성일자가 불일치하는 경우에는 당해 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 보아야 할 것이고, 세금계산서를 교부한 이후에 당해 세금계산서의 기재사항에 착오나 정정사유가 발생한 경우에는 부가가치세법시행령 제59조 의 규정에 따라 수정세금계산서를 발행 교부할 수 있도록 하고 있으나 이 경우 수정세금계산서라는 것은 재화나 용역의 공급시기에 적법하게 작성 교부된 세금계산서에 대하여 그 착오기재내용 등을 수정하기 위한 것이므로 거래 당시 세금계산서를 교부하지 않았다든지, 적법하게 작성 교부된 세금계산서가 아닌 경우에는 그에 대한 수정세금계산서를 교부할 수 없다 할 것이다(감심2002-2, 2002.1.9. 같은 뜻).

3. 살피건대, 청구법인이 ○○제약에 2009.4.7.과 2009.6.1.에 지급한 쟁점재화 대금 계 724,500천원에 대한 공급시기(실제거래시기)는 2009.6.25.로서 2009년 제1기에 속한 날인데도 청구법인은 2009년 제2기에 속한 날인 2009.12.21.을 공급시기로 하여 작성된 이 사건 당초세금계산서를 ○○제약으로부터 교부받아 2010.1.25. 2009년 제2기 부가가치세 신고 시 쟁점재화에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하여 신고한 후에 공급시기를 2009.6.25.로 하여 작성된 이 사건 수정세금계산서를 교부받아 2010.2.9.자로 이 사건 경정청구를 하였음이 인정된다. 위 관계법령의 규정에서 본 바와 같이 2009.6.25.(2009년 제1기 과세기간)에 쟁점재화의 공급이 실제 있었다고 하더라도 그 과세기간이 경과한 2009.12.21.에 세금계산서를 발행 교부할 수 없는 점, 수정세금계산서는 적법하게 발행 교부된 세금계산서에 대하여 교부하는 것이나 이 사건 수정세금계산서의 기초가 되는 이 사건 당초세금계산서는 사실과 다른 세금계산서이므로 이를 근거로 하여 발행 교부된 이 사건 수정세금계산서 역시 적법한 세금계산서로 볼 수 없는 점, 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 세금계산서를 발급받은 경우 해당 공급시기가 속하는 과세기간 내에 발급받은 경우에 한하여 매입세액을 공제받을 수 있는 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 경정청구를 거부한 것은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.