부가가치세 매입세액공제 여부

청구법인은 ○○ ○○구 ○○동 @@@번지 내 공장용지 2,339.2㎡ 및 공장건물 5,797.22㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다.)을 2006. 4. 25. 청구외 ***공구(주)(이하 “매도법인”이라 한다)와 토지가액 1,350백만원, 건물가액은 2,850백만원, 합계 4,200백만원으로 매매계약을 체결하고 2006.5.9. 소유권이전을 한 후 매도법인으로부터 2006.5.9.자 건물분 세금계산서(공급가액 2,590백만원)를 수취하여 2006년 1기 부가가치세 확정신고시 매입세액공제를 받았다. 처분청은 쟁점부동산 매매계약서상 건물가액 2,590백만원이 감정평가법인의 감정가액인 2,127백만원보다 과대평가되어 합리적인 방법에 의한 과세표준의 안분으로 볼 수 없다며 부가가치세법 제48조의2 (과세표준의 안분계산) 제4항 단서 규정 “실제거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액이 불분명한 경우”에 해당한다고 보아, 청구법인이 매입한 건물가액을 감정가액비율로 안분하여 재계산하고 매매계약서상 건물가액 중 재계산한 가액(2,098백만원)을 초과하는 건물가액분 매입세액을 불공제 하여 2009.12.4. 청구법인에게 2006년 제1기분 부가가치세 72,334,620원을 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.2.23. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 처분청이 쟁점부동산의 전체 매매가액은 인정하면서 매매가액 중 건물가액에 감정가액을 적용하는 것은 위법하다. 부가가치세법시행령 제48조의2 제4항 에서 “토지와 건물을 함께 공급하는 경우에 건물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다”고 규정하고 있으며, 동 조항의 실지거래가액은 당사자 합의에 의하여 결정되는 거래당시의 매매가액으로 시가 또는 감정가액과는 전혀 다른 개념이라 할 것이다. 또한, 실지거래가액은 민법의 최고원리인 사적자치(계약자유)의 원칙(당사자 의사에 따라 자유롭게 계약을 체결하고 사법관계를 규율할 수 있으며, 국가는 되도록 여기에 간섭해서는 안됨)을 근거로 하는 것이므로 분명한 실지거래가액이 있음에도 이를 무시하고 감정가액을 적용하는 것은 위법부당하다.
• 나. 매매계약서상 토지와 건물의 실지거래가액을 분명하게 구분기재하였다. 청구인은 첨부한 쟁점부동산의 매매계약서 내용과 같이 총매매가액 4,200백만원을 토지가액 1,350백만원, 건물가액 2,850백만원(부가가치세 포함)으로 구분하여 분명하게 기재하였으며 매도법인이 2006. 5. 9. 교부한 쟁점부동산의 건물 분 세금계산서를 수취하였다. 설령, 매매계약서상 토지 및 건물가액이 구분기재되지 아니하였다 하더라도 관련 거래증빙에 의하여 각각의 가액을 확인할 수 있는 경우에는 분명하게 구분된 것으로 간주하고 있다.
• 다. 매매계약서상 구분기재된 토지 및 건물가액은 정상적인 거래에 의한 합리적인 방법에 의하여 구분된 것이다. 1) 2006.4.25. 쟁점부동산 계약당시 계약당사자간의 합의로 총매매가액을 4,200백만원으로 결정하면서 토지가액 1,350백만원은 계약당시의 공시지가가 1,239백만원이었으므로 이를 기초로 하여 계약당사자간 합의 결정하였고. 즉 토지면적(2,339.2㎡) x ㎡당 개별공시지가(530,000원) = 1,239,776,000원 2) 건물가액 2,590백만원(부가가치세 별도)은 남동공단내 일반적인 공장건물이 1~3층 정도이나, 쟁점부동산의 건물은 7층으로 이루어져 있으며 특히 이중 5~7층은 쟁점부동산 매매 1년 전인 2005.4.8. 신축된 점을 고려하여 평당 약 1.5백만원으로 계약당사자간 합의 결정한 것이다. [기존 건물(1~4층)면적 989평, 신축 건물면적(5~7층) 764평 합계 1,753평] 즉 1,753평 x 1,478,000= 2,590백만원 일반적인 공장건물 매매시 공장건물은 평당 1~1.5백만원 내외에서 거래 되고 있으며, 신축(철골 철근콘크리트조)시에는 평당 건축비가 2~2.5백만원 내외에서 형성되고 있는 바, 청구법인은 매도법인과 계약당사자간 합의에 의하여 가장 합리적인 방법으로 평가하였던 바 토지가액은 공시지가보다 높게, 건물가액은 실제거래되는 가액을 기준으로 구분하여 분명하게 구분한 것이다.
• 라. 처분청이 근거로 한 감정평가서는 거래금융기관에서 여신가능액을 평가하기 위하여 감정평가법인에 의뢰한 것이며 쟁점부동산 매매계약과는 전혀 무관한 것이다. 청구법인은 앞에서 적시한 바와 같이 2006.4.25. 가장 합리적인 방법으로 토지 및 건물가액을 합의하여 계약체결하고 매매계약서상에 분명하게 구분기재하였다. 처분청이 근거로 한 감정평가서는 #

○○ 공단지점이 여신업무상 독자적으로 감정평가의뢰한 것으로, 청구법인은 2006.5.10. 대출발생시점에서 감정평가내역을 알게 되었는 바, 설령 감정평가 내역을 미리 알았다 하더라도 계약당사자가 전문적인 세법지식을 가지고 있지 아니하므로 감정평가액을 기준으로 매매계약서를 작성할 입장에 있지 아니하였던 것이다.

• 가. 부동산 양도시 건물의 공급가액은 계약서상 구분표시된 건물가액을 실지거래가액으로 하는 것이나 구분표시된 가액이 거래의 규모나 형태 사회통념 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에 한하여 실지거래가액으로 볼 수 있을 것인 바 쟁점부동산 매매계약서상 건물가액 비율은 감정평가서나 매도자인 인 청구외 매도법인의 양도당시 장부가액에서 건물이 차지하는 비율보다 9～15%이상 높은 것으로 확인된다. 구분

① 토지

② 건물

③ 합계

④ 비율(②/③) 매매계약서 1,350,000,000 2,850,000,000 4,200,000,000 67.8% 감정평가서 1,918,144,000 2,127,442,400 4,045,586,400 52.6% 매도자의 장부가액 1,016,386,560 1,416,319,737 2,432,706,297 58.2%

• 나. 따라서 매매계약서에 구분표시된 건물가액은 합리적인 방법에 의한 것으로 볼수 없다고 판단되므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 실제 매매가액 4,200백만원 중 부동산매매계약서에 구분 기재된 토지가액 1,350백만원, 건물가액 2,850백만원이 부가가치세법상 불분명한 경우에 해당하는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련 법령 1) 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가 2) 부가가치세법시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

• 다. 사실관계 1) 청구법인은 2002. 4. 28. 자로 aa건설(주)라는 상호로 설립되어 건축 미장 등의 공사업을 영위하던 법인으로 2006. 3. 8. 자로 現대표이사인 bbb이 법인대표로 취임했고 같은 년 3. 9.자로 법인상호를 청구법인으로 변경하였고, 2006. 3. 8. 다이아공구 제조업을 추가하였다가 동업종을 2006. 7. 4. 삭제하고, 2006. 7. 4. 추가한 부동산임대업은 2007. 11. 28. 삭제하였고, 2007. 11. 28. 전자부품제조업을 추가하였음이 이건 심리자료로 확인된다. 2) 매도법인은 1998. 4. 20. 자로 cc쇼트기계(주)라는 상호로 설립된 법인 으로서 송풍기제조 및 판매업을 영위하던 중, 2005. 2. 5. 다이아공구 관련업을 추가하였고 2005. 3. 23. 부동산임대업을 추가하면서 법인상호를 매도법인으로 변경하였고,

2006. 6. 1.자로 폐업했음이 이건 심리자료에 의해 확인된다.

3. 청구법인의 대표 ccc은 2005. 9. 20. 매도법인의 대표이사로 취임하여 2

006. 5. 4. 사임하였고 쟁점부동산 매매계약일인 2006.4.25. 현재 ccc은 청구 법인과 매도법인의 대표이사로 재직 중이었음이 이 건 심리자료로 확인된다.

4. 세금계산서 수수현황은 다음과 같다.

• 가) 발행일자: 2006. 5. 9. 나)) 거래품목: 공장건물(5761.22㎡) 다)) 공급가액: 2,590,909,090원(공급가액)

5. 쟁점부동산 매매계약서의 내역은 다음과 같다.

• 가) 부동산의 표시 (1) 토지:

○○ ○○구 ○○동 @@@ 공장용지 2393.2㎡

(2) 건물: 위 지상 철골조 철근콘크리트, 샌드위치판넬지붕 계 5,797.22㎡

• 나) 계약일 2006. 4. 25. 잔금지불일 2006.6.30.
• 다) 매매대금: 총 4,200,000,000원

(1) 토지: 1,350,000,000원

(2) 건물: 2,850,000,000원

(3) 계: 4,200,000,000원

6. 쟁점부동산에 대한 감정평가내역은 다음과 같다.

• 가) 감정평가기관: 중앙감정평가법인
• 나) 감정의뢰: # ○○공단 지점
• 다) 감정목적: 신규여신
• 마) 감정평가시점: 2006. 04. 24.
• 바) 평가내역

(1) 토 지 분: 1,918,144,000원(㎡당 820,000원 × 2,339.2㎡)

(2) 건 물 분: 2,127,442,400원(㎡당 366,978원 × 5,797.2㎡)

(3) 계: 4,045,586,400원 7) 쟁점부동산에 대한 매도법인의 2005.12.31. 현재 대차대조표상 가액은 다음 과 같다.

• 가) 토지: 1,016,386,560원,
• 나) 건물: 1,416,319,737원
• 다) 합계: 2,432,706,297원
• 라) 취득후 건물에 대한 자본적지출여부를 조사한 바 해당없음 8) 쟁점부동산에 대한 기준시가는 다음과 같다.
• 가) 토지: 1,333,344,000원(㎡당 570,000원)
• 나) 건물: 1,501,479,980원(㎡당 259,000원)
• 다) 합계: 2,834,823,980원

9. 매매계약과 감정평가 및 장부가액 분석 (단위: 원, %) 구 분 토 지(a) 건 물(b) 합계(c) 비 율 a/c b/a b/c 매매계약서 1,350,000,000 2,850,000,000 4,200,000,000 32.1 211.1 67.8 기준시가 1,333,344,000 1,501,479,980 2,834,823,980 47.1 112.6 52.9 감정평가서 1,918,144,000 2,127,442,400 4,045,586,400 47.4 110.1 52.6 매도법인 장부가액 1,016,386,560 1,416,319,737 2,432,706,207 41.8 139.3 58.2

• 라. 판단 일반적으로 매매계약서상의 매매금액이 실지거래가액임이 확인되고 동 계약서상에 토지가액과 건물가액이 구분 표시되어 있고, 구분 표시된 토지와 건물가액이 당해 토지·건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도 인근 토지 및 건물의 공급가액 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 동 계약서상의 건물가액을 공급가액으로 보아야 할 것이다. 그러나 부동산 매매계약서상에 기재된 매매금액이 실지거래가액임이 확인 되지만 토지와 건물의 가액의 구분이 불분명하거나 그 구분 표시된 가액이 당해 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 합당하지 아니한 경우에는 부가가치세법 제48조의2 제4항 단서 규정에 의거 안분계산하여야 할 것이다. 이 건의 경우 쟁점부동산의 매매계약일 현재 매도법인의 대표이사와 청구법인의 대표이사가 동일하고, 쟁점부동산의 기준시가비율이나 감정가액비율은 토지와 건물가액의 구성비가 크게 다르지 않으나 쟁점부동산의 매매계약서상 총매매금액 중 건물의 구성비는 기준 시가 및 감정가액비율 대비 각 128.1%, 128.8%가 높고 토지가액의 구성비는 기준시가 및 감정가액비율 대비 각 68.2%, 67.7%로 낮게 나타나는 점과 쟁점부 동산 매매 전 매도법인이 취득 후 건물에 대한 자본적 지출이 없었던 점을 고려 하더라도 감가상각이 되지 않는 토지와 달리 건물은 감가상각으로 인해 가치가 체감 하는 것에 비하여 매매계약서상 건물가액이 오히려 올라간 점, 매매계약서상 전체 거래가액은 인정이 되나 토지와 건물가액이 기준시가나 감정가액비율에 비하여 합리적이라고 볼 수 없는 점 등은 토지와 건물 가액이 불분명한 경우라고 할 수 있겠다. 따라서 쟁점부동산의 경우 매매계약일 전일에 당해 부동산을 담보로 여신을 하기 위하여 금융기관에서 의뢰한 공인감정기관의 감정가액이 있으므로 이를 근거로 총매매금액에서 토지와 건물가액을 감정가액 비율로 안분하여 계산한 처분청의 이 건 부과 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.