당해 토지의 소유자가 아닌 사업자가 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출의 성격을 갖는 비용을 지출한 경우 그에 관련된 매입세액은 특별한 사정이 없는 한 매입세액 불공제 대상인 토지관련 매입세액에 해당하지 않음
당해 토지의 소유자가 아닌 사업자가 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출의 성격을 갖는 비용을 지출한 경우 그에 관련된 매입세액은 특별한 사정이 없는 한 매입세액 불공제 대상인 토지관련 매입세액에 해당하지 않음
○○세무서장이 2009.12.1. 청구인에게 경정고지한 2008년 2기분 부가가치세 39,660,237원 및 2009년 1기분 부가가치세 40,061,148원의 부과처분은 청구외 (주)○○플러스이엔씨와의 거래분 공급가액 2008년 2기 218,000,000원 및 2009년1기 218,000,000원, 청구외 ○○개발(주)와의 거래분 공급가액 2008년 2기 32,000,000원 및 2009년 1기 80,372,263원과 관련된 각 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하여 경정합니다.
청구법인은 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 242-8번지 소재에서 2008.5.20. 주택신축판매업을 사업개시한 법인으로 2008년 제2기 과세기간부터 2009년 제1기 과세기간(이하 “쟁점과세기간”이라 한다) 중 청구외 (주)○○플러스이앤씨(이하 “○○플러스”라 한다)로부터 공급가액 436,000천원에 상당하는 매입세금계산서를, 청구외 ○○개발주식회사(이하 “○○개발”이라 한다)로부터 공급가액 112,372천원에 상당하는 매입세금계산서를, 청구외 (주)○○금속(이하 “○○금속”이라 한다)으로부터 공급가액 144,324천원에 상당하는 매입세금계산서 합계 공급가액 692,696천원(이하 “쟁점매입” 이라 한다)에 상당하는 매입세금계산서를 수취하고 관련 매입세액(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 매출세액에서 공제하여 2008년 제2기 과세기간 37,763천원, 2009년 제1기 과세기간 36,578천원의 부가가치세를 환급신고 하였다. 처분청은 2009.8.28.부터 2009.9.7.까지 부가가치세 환급 현지확인을 실시하여 쟁점매입은 청구법인이 ○○도 ○○시 ○○읍 ◎◎리 산 1번지 일원 도시개발사업(이하 “쟁점사업” 이라 한다) 및 공동주택 신축사업을 진행하면서 사업타당성 검토 등을 위해 지출한 것으로서 이는 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 자본적 지출에 해당하므로 관련 매입세액은 부가가치세 매출세액에서 공제할 수 없는 토지관련 매입세액이라고 보아 2009.9.17. 2008년 제2기 과세기간 부가가치세 39,660,237원, 2009년 제1기 과세기간 부가가치세 40,061,148원을 과세한다는 과세예고통지를 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2009.10.13. 과세전적부심사청구를 하였으나 2009.11.12. 불채택 결정되어 처분청은 2009.12.1. 쟁점과세기간에 대한 부가가치세 합계 79,721,385원을 부과처분 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2009.12.23. 이 건 심사청구를 제기하였다.
① 계획수립, 기초조사
② 도시개발구역 지정
③ 도시개발구역 지정고시
① 조합설립인가 신청
② 사업시행자 지정
③ 실시계획 인가
① 환지계획서 작성
② 환지예정지 지정
③ 환지처분
① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액
② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액
3. 비영업용 소형승용자동차의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액 3의 2. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령이 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액
4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액
⑤ 제1항의 규정에 의하여 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 당해 사업자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 납부세액 또는 환급세액을 재계산하여 제19조의 규정에 의한 당해 과세기간의 확정신고와 함께 관할세무서장에게 이를 신고납부하여야 한다.
⑥ 제2항 제4호의 규정에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 재화를 과세사업에 사용하거나 소비하는 때에는 그 사업자는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다. 2) 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】
⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 "대통령령이 정하는 토지관련매입세액"이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.
1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액
2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액
3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 3) 부가가치세법시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】
① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세공급가액 면세사업에 관련된 매입세액 ＝ 공통매입세액× (──────) 총공급가액
③ 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 당해 재화의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.
1. 당해 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 100분의 5 미만인 경우의 공통매입세액
2. 당해 과세기간중의 공통매입세액이 2만원 미만인 경우의 매입세액
3. 제48조의 2 제3항 제3호의 규정이 적용되는 재화에 대한 매입세액
④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율 4) 부가가치세법 제62조 의 2【납부세액 또는 환급세액의 재계산】
① 법 제17조 제5항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 감가상각자산에 대한 매입세액이 법 제17조 제1항, 이 영 제61조 및 제61조의 2의 규정에 의하여 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율과 당해 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때에는 그 재계산한 기간)에 적용하였던 비율간의 차이가 100분의 5 이상인 경우에 한하여 적용한다.
② 제1항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산에 의하여 납부세액에 가산 또는 공제하거나 환급세액에 가산 또는 공제하는 세액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 본문 후단의 규정을 준용한다.
1. 건물 또는 구축물 (2001.12.31. 개정) 가산 또는 공제되는 세액 ＝ 당해 재화의 매입세액 × 5 증가되거나 감소된 면세공급 (1 － ─── × 경과된 과세기간의 수) × 가액의 비율 또는 증가되거나 100 감소된 면세사용면적의 비율
2. 기타의 감가상각자산 (2000.12.29. 개정) 가산 또는 공제되는 세액 ＝ 당해 재화의 매입세액 × 25 증가되거나 감소된 면세공급 (1 － ── × 경과된 과세기간의 수) × 가액의 비율 또는 증가되거나 100 감소된 면세사용면적의 비율 5) 부가가치세법 제63조 【면세사업용 감가상각자산의 과세사업용 전환시 공제되는 매입세액의 계산】
① 사업자가 법 제17조 제6항에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 때에 공제하는 세액은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 각 호 외의 부분 후단을 준용한다.
공제되는 세액＝취득당시 해당 재화의 면세사업과 관련하여 공제되지 아니한 매입세액 ×(1－5/100×경과된 과세기간의 수)
공제되는 세액＝취득당시 해당 재화의 면세사업과 관련하여 공제되지 아니한 매입세액 ×(1－25/100×경과된 과세기간의 수)
② 사업자가 법 제17조 제6항에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하거나 소비하는 때에 공제하는 세액은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한 금액으로 하되, 그 과세사업에 의한 과세공급가액이 총공급가액 중 100분의 5 미만인 경우에는 공제세액이 없는 것으로 본다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 각 호 외의 부분 후단을 준용한다.
공제되는 세액＝취득당시 해당 재화의 면세사업과 관련하여 공제되지 아니한 매입세액×(1－5/100×경과된 과세기간의 수)×(과세사업에 사용ㆍ소비한 날이 속하는 과세기간의 과세공급가액/과세사업에 사용ㆍ소비한 날이 속하는 과세기간의 총공급가액)
공제되는 세액＝취득당시 해당 재화의 면세사업과 관련하여 공제되지 아니한 매입세액 ×(1－25/100×경과된 과세기간의 수)×(과세사업에 사용ㆍ소비한 날이 속하는 과세기간의 과세공급가액/과세사업에 사용ㆍ소비한 날이 속하는 과세기간의 총공급가액)
③ 제2항을 적용함에 있어서 해당 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 그 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각 호의 순서에 의한다. 다만, 취득시 면세사업과 관련하여 매입세액이 공제되지 아니한 건물을 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
1. 총매입가액에 대한 과세사업에 관련된 매입가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 과세사업에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 과세사업에 관련된 예정사용면적의 비율
④ 제3항에 따라 안분계산한 매입세액을 공제한 경우에는 면세사업용 감가상각자산의 과세사업용 사용ㆍ소비로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각 호의 산식에 따라 정산한다.
1. 제3항 제1호 및 제2호에 따라 공제매입세액을 안분계산한 경우
2. 제3항 제3호에 따라 공제매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액＝취득당시 해당 재화의 면세사업과 관련하여 공제되지 아니한 매입세액×(1－5/100×경과된 과세기간의 수)×(과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 과세사용면적/과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총사용면적)－기공제 매입세액 6) 도시개발법 제2조 【정의】
① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "도시개발구역"이란 도시개발사업을 시행하기 위하여 제3조와 제9조에 따라 지정ㆍ고시된 구역을 말한다.
2. "도시개발사업"이란 도시개발구역에서 주거, 상업, 산업, 유통, 정보통신, 생태, 문화, 보건 및 복지 등의 기능이 있는 단지 또는 시가지를 조성하기 위하여 시행하는 사업을 말한다.
② 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에서 사용하는 용어는 이 법으로 특별히 정하는 경우 외에는 이 법에서 이를 적용한다. 7) 도시개발법 제4조 【개발계획의 수립 및 변경】
③ 지정권자는 환지(환지) 방식의 도시개발사업에 대한 개발계획을 수립하려면 환지 방식이 적용되는 지역의 토지면적의 3분의 2 이상에 해당하는 토지 소유자와 그 지역의 토지 소유자 총수의 2분의 1 이상의 동의를 받아야 한다. 환지 방식으로 시행하기 위하여 개발계획을 변경(대통령령으로 정하는 경미한 사항의 변경은 제외한다)하려는 경우에도 또한 같다.
⑤ 지정권자가 도시개발사업의 전부를 환지 방식으로 시행하려고 개발계획을 수립하거나 변경할 때에 도시개발사업의 시행자가 제11조제1항제6호의 조합에 해당하는 경우로서 조합이 성립된 후 총회에서 도시개발구역의 토지면적의 3분의 2 이상에 해당하는 조합원과 그 지역의 조합원 총수의 2분의 1 이상의 찬성으로 수립 또는 변경을 의결한 개발계획을 지정권자에게 제출한 경우에는 제3항에도 불구하고 토지 소유자의 동의를 받은 것으로 본다. 8) 도시개발법 제6조 【기초조사 등】
① 도시개발사업의 시행자나 시행자가 되려는 자는 도시개발구역을 지정하거나 도시개발구역의 지정을 요청 또는 제안하려고 할 때에는 도시개발구역으로 지정될 구역의 토지, 건축물, 공작물, 그 밖에 필요한 사항에 관하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 조사하거나 측량할 수 있다. 9) 도시개발법 제11조 【시행자 등】
① 도새개발사업의시행자(이하 “시행자”라 한다)는 다음 각 호의 자 중에서 지정권자가 지정한다. 다만, 도시개발구역의 전부를 환지 방식으로 시행하는 경우에는 제5호의 토지 소유자나 제6호의 조합을 시행자로 지정한다.
2. 도시개발구역의 토지소유자가 도시개발을 위하여 설립한 조합(도시개발사업의 전부를 환지방식으로 시행하는 경우에만 해당하며, 이하 “조합”이라 한다)
1. 청구법인은 2008.5.20. 주택신축판매업을 목적사업으로 사업자등록한 법인으로 법인등기부등본에 의하면 주택신축판매업 외에 부동산 개발 및 분양업, 건축․토목공사업, 대지 조성업 등을 목적사업으로 하고 있는 것으로 나타나며, 2008년 2기 및 2009년 1기 부가가치세 신고 시까지 매출실적이 없는 것으로 확인된다.
2. 청구법인은 2008년 일자 미상일에 ◎◎지구 도시개발사업(쟁점사업)과 공동주택 건설사업을 추진 중이던 청구외 주식회사 ◎◎디앤씨(이하 “양도인”이라 함)로부터 쟁점사업 등에 관한 권리 일체를 양수하여 향후 결성될 지주조합의 토지조성원가에 포함될 조사․설계용역 등을 대신하여 수행한 것에 불과하고 쟁점매입은 청구법인의 대행용역 및 컨설팅용역매출에 대응하는 매입으로서 관련 매입세액은 청구법인의 토지관련 매입세액에 해당하지 아니한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴보면,
3. 청구법인의 주식이동상황명세서에 의하면 위 사업권 양도양수계약서에 기재된 청구외 ○○건설(주)는 청구법인의 발행주식 20%를 소유한 법인으로 확인되고, 청구법인의 단기차입금 계정별 원장에 의하면 청구법인은 위 사업권 양수대금 12억원 중 9억원을 청구외 ○○건설(주)로부터 단기차입하여 2008.5.23.까지 4회에 걸쳐 상환 완료한 것으로 장부기재 되어 있고,
4. 국세통합시스템에 수록된 자료의 확인에 의하면 양도인은 2007.6.1. 부동산시행사업을 목적사업으로 사업개시한 법인으로 위 사업권 양도와 관련하여 2008년 1기 (확정)과세기간 부가가치세 신고 시 사업권 양도대금 12억원 중 9억원을 해당 기간 매출로 신고하고 관련 매입액으로 16,117천원을 신고하면서 이 중 감정평가법인에게 지급한 10,000천원에 해당하는 매입은 토지관련 매입으로 보아 관련 매입세액을 공제받지 못할 매입세액으로 신고하고, 청구법인은 위 사업권 양수대금 9억원 관련 매입세액을 매출세액에서 공제받을 매입세액으로 공제하여 신고하였으며 이에 대한 처분청의 불공제 사실은 없는 것으로 나타난다.
5. 청구법인은 위 사업권 양수 후 이 건 심리와 관련된 거래상대방으로부터 아래와 같이 수수료를 지급하고 부가가치세 신고 시 토지매입 대행용역 계약금 500,000천원에 대한 매입세액은 토지관련 매입세액으로서 부가가치세 매출세액에서 공제받지 못할 매입세액으로 신고하였으며, 나머지는 매출세액에서 공제할 매입세액으로 신고한 것으로 나타난다. (단위: 천원) 거래처 합 계 ’08.2기 ’09.1기 거래내용 비고 합 계 1,192,696 835,232 357,464
○○플러스 436,000 218,000 218,000 도시개발 조사․설계용역수수료 지급
○○개발 612,372 532,000 80,372 토지 매매계약 및 지주 (사용)동의서 징구용역 ’08.2기 500,000
• 토지관련 매입세액 공제부인신고
○○금속 144,324 85,232 59,092 청구법인의 금융채무에 대한 연대보증 대가로 보증수수료 지급
6. 청구법인은 2008.11.27. 쟁점사업과 관련하여 사업계획 수립 등에 필요한 조사․설계 용역을 수행하기 위하여 ○○플러스와 조사․설계 용역계약을 체결하였는바 해당 계약서 기재내용을 보면,
- 가) 계약 기본내용
① 사업개요
• 위치: ○○도 ○○시 ○○읍 ◎◎리 산 1번지 일원
• 면적: 약 220,000평
② 계약금액: 55억원(VAT 포함)
③ 계약기간: 2008. 11. 27. ～ 2010. 6. 30.(실시계획인가․고시일까지)
④ 지체상금율: 지체 일수 1일당 단계별 지급금 1/1,000
⑤ 계약이행 보증금: 계약금액의 10%
- 나) 용역계약의 조건내용
① 제2조 『용역의 명칭 및 정의』
• 용역명칭: 도시개발사업 조사설계 용역
• 기본업무: 과업의 목적인 성해도시개발사업 개발계획 수립, 개발구역지정 승인, 실시계획 인가 및 승인에 필요한 세부내역을 포함한다.
• 추가업무: 계약 목적달성을 위한 기본업무 외 업무(추가 정산문제는 협의에 의한다.)
② 제3조 『용역의 범위』
• 과업면적: 약 220,000평
• 과업범위: 현황종합측량, 토지 및 권리조사, 문화재지표조사, 도시개발계획 수립 및 구역지정신청도서 작성, 사전환경성 검토, 교통성 검토, 경관 검토, 사전재해영향성 검토, 농지/산지 전용협의 및 허가도서 작성, 토목 기본 및 실시설계, 조경 기본 및 실시설계, 지형도면 고시, 토질 조사 및 시험, 환경영향평가, 교통영향평가, 재해영향평가, 에너지 사용계획, 제1종 지구단위계획, 실시계획 인가신청 도서 작성 등 조사․계획․설계 용역
③ 제10조 『양도금지』 당사자 쌍방의 사전승인 없이 제3자에게 양도 또는 대여를 금지한다.
④ 제17조 『계약의 승계』 청구법인과 조사용역법인은 사업추진과정에서 도시개발조합 등 사업추진 주체가 변경될 경우 청구법인과 조사용역법인은 조합(추진위원회)과 협의하여 본 용역을 새로운 사업추진 주체에게 그대로 승계하여야 한다.
7. 청구법인의 부가가치세 신고내역 및 세금계산서 수취내역에 의하면 청구법인은 위 조사․설계용역과 관련하여 2008.12.5. 1단계 착수금(10%) 218,000천원, 2009.1.12. 1단계 착수금 잔액(10%) 공급가액 218,000천원 상당의 매입세금계산서를 수취하고 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 신고한 것으로 확인된다.
8. 2008.7.14. 청구법인과 ○○개발 사이에 체결된 토지매입 및 동의서 징구 용역계약에 의하면, 청구법인은 “토지 매수자 겸 사업시행자”로서 아래와 같은 조건으로 용역계약을 체결키로 한 것으로 기재되어 있고, 계약내용은 아래와 같다.
① 제1조 『계약의 목적』 “갑(청구법인)”은 ○○도 ○○시 ○○면 ◎◎리 일원의 토지 및 동 토지상의 지상물을 매수하거나 동 토지 소유자들로부터 동의서를 징구하여 도시개발사업 및 아파트 신축사업을 하고자 하는 자이다.
② 제2조 『용어의 정의』
• “용역 또는 용역업무”란 “갑”이 도시개발사업을 행하고자 하는 범위 내에 속한 토지 및 그 토지상의 건축물(지장물, 나무, 분묘 등 일체의 지상물건과 불법 건축물 포함)에 대해 매매계약을 체결하거나 토지 또는 토지상의 건축물 소유자들로부터 “갑”이 도시개발사업을 위한 인․허가를 진행할 수 있도록 동의서를 징구하는 일을 말한다.
• “본 사업”이란 “갑”이 ○○시 ○○면 ◎◎리 일원의 토지 및 동 토지상의 지상물을 매수하거나 동 토지 소유자들로부터 동의서를 징구하여 도시 개발사업 및 아파트 신축사업을 하는 것을 말한다.
③ 제3조 『계약 및 동의서 징구면적)
• “갑”이 도시개발사업을 행하고자 하는 범위 내에 속한 토지 중 약 100,000평 이상을 매수하는 것으로 한다
• 도시개발 사업 지구지정 및 조합설립에 관련한 동의서는 매수부지를 포함하여 도시개발법상 법적 요건 이상으로 득한다.
④ 제4조 『부동산 매매 계약서상 조건』 “을”은 “갑”이 추진하는 ◎◎리 도시개발 사업이 원활히 진행될 수 있도록 최소 100,000평 정도의 토지를 최저의 가격으로 매수토록 하며, 1차적으로 토지 매입금액은 계약 후 2개월 이내에 지구지정 신청요건을 충족할 면적 약 30,000평을 평균단가 800,000원 이하로 선매수하고, 평균단가 800,000원 이상부지는 1군 건설기업과 협의하여 P.F방식으로 매입키로 한다.
⑤ 제5조 『용역의 대가 등』 용역의 대가는 도시개발 구역 신청 면적에 편입된 부지에 한하여 매매, 동의서 각각 평당 27,000원을 곱한 금액으로 한다. 단, 매매․동의서가 중복되는 부분 및 국공유지는 제외한다.
⑥ 제6조 『용역대가의 지급시기』 용역의 대가는 다음과 같이 지급키로 한다.
• 토지매입 및 동의서 징구용역 계약시: 5억
• 4조 1항이 충족되어 지구지정 신청 접수시: 5억
• 잔여금 지급시기: 계약 율에 따라 지급
• 도시개발 조합설립 인가 후 잔여금이 있을 경우에는 조합설립 등기 완료 후 1개월 내에 최종 정산한다.
9. 위 용역계약 후 청구법인과 ○○개발은 2008. 12. 26. 조건 내용을 수정하여 다시 계약을 체결하였는바 그 내용을 보면 다음과 같다.
① 제2조 『계약의 목적』 “갑(청구법인)”은 ○○도 ○○시 ○○면 ◎◎리 일원의 토지 및 동 토지상의 지상물을 매수하거나 동 토지 소유자들로부터 동의서를 징구하여 도시개발사업 및 아파트 신축사업을 하고자 하는 자이며,
② 제3조 『용어의 정의』: 수정전 계약과 동일
③ 제4조 『계약 및 동의서 징구면적』
• “을”은 “갑”이 ‘본건사업’을 행하고자 하는 범위 내에 속한 토지 중 약 220,000평(최종 개발계획 승인면적에 의한다)의 70%(도시개발구역지정, 개발계획 승인, 조합설립 충족 요건) 상당의 약 154,000평 이상의 토지(지상권자 포함) 동의서(도시개발구역지정, 개발계획 승인, 조합설립 등)를 조속한 시일 내에 징구토록 한다.
• “을”은 “갑”이 도시개발사업을 행하고자 하는 범위 내에 속한 토지 중 약 30,000평을 도시개발사업구역지정(개발계획 포함) 승인 시(○○도)까지 매수하도록 하여야 한다. 또한, “갑”의 요청이 있을 시 “을”은 추가적으로 토지 매입을 하여야 하고, 구체적인 사항은 상호협의 하에 결정하며, 협의가 안되는 경우 “갑”이 제시하는 면적에 의한다.
④ 제5조 『부동산 매매 계약서상 조건』
• 30,000평 계약조건: 평균단가 800,000원 이하로 매수하고,
• 추가매입토지(예상면적 60,000～70,000평)은 원칙적으로 P.F를 통해서 매수토록 한다.
⑤ 제6조 『용역의 대가 등』 “갑”은 “을”에게 용역의 대가로 도시개발 구역 신청 면적에 편입된 부지에 한하여, 해당 토지 평수에 매매의 경우 평당 27,000원, 동의서 징구의 경우 평당 27,000원을 곱한 금액을 지급한다.
⑥ 제7조 『용역대가의 지급시기』
• 토지매입 및 동의서 징구 용역 계약 시: 5억 (2008. 7. 14. 기체결된 계약에 의하여 지급한 금액으로 대체함)
• 도시개발구역 지정 및 개발계획 승인 신청 제안서 접수 시: 5억
• 도시개발구역 지정 및 개발계획 승인 완료시: 5억
• 실시계획 인가 시: 5억
• 환지예정지 지정공고 후 1개월 내: 잔여금은 최종 정산하여 지급한다(20억원 예상)
10. 위 용역계약과 관련하여 수취한 세금계산서 관련 부가가치세 신고내역은 다음과 같다. (단위: 천원) 교부일 거래 내용 공급가액 세액 매입세액 공제여부 ’08.07.14. 토지매입용역 계약금 500,000 50,000 불공제(토지의 자본적 지출) ’08.12.18. 동의서 징구용역 32,000 3,200 공제 ’09.01.23. 동의서 징구용역 45,454 4,545 공제 ’09.02.26. 동의서 징구용역 14,728 1,472 공제 ’09.02.26. 동의서 징구용역 9,223 922 공제 ’09.02.26. 동의서 징구용역 9,545 954 공제 ’09.04.20. 선급 용역비 1,420 142 공제
11. 청구법인은 쟁점사업에 사용할 용도로 청구외 (주)○○상호저축은행으로부터 170억원을 차입하면서 ○○금속이 연대보증을 한 대가로써 ○○금속에게 보증수수료를 지급하기로 약정하고 2008.5.16. 공증을 받은 것으로 나타나는바 이와 관련된 “금전대차를 위한 보증제공에 관한 계약서” 기재내용에 의하면,
- 가) 전문 기재사항에 의하면,
• “을(청구법인)”은 쟁점사업과 관련하여 구성된 도시개발사업조합과 공동주택 건설사업(이하 “본 건 개발사업”이라 함)을 계획하고 있으며,
• “을”은 본 건 개발사업을 위하여 도시개발지역의 토지 약 54,900평(이하 “매입대상부지”라 함)을 매입하는 한편, 개발조합에 자금을 지원하여 개발조합과 공동주택건설을 위한 부지조성사업(이하 “부지조성사업”이라 함)을 하고자 한다.(“을”은 매입대상부지에 대한 환지로 공동주택 부지를 받을 계획이며, 또한 개발조합에 대한 자금지원 및 부지조성사업의 대가로 개발조합이 환지 후 받게 되는 공동주택 부지를 받기로 하였다.)
• “갑”은 “을”이 계획하고 있는 본 건 개발사업을 위하여 “을”의 (주)○○상호저축은행으로부터의 금 170억원 차입에 연대보증을 제공하고자 하며, “을”은 그에 대한 대가로 보증료 및 사업수익 등을 지급하고자 한다.
- 나) 제1조 『차입을 위한 연대보증의 제공』
① “을”은 “갑”에게 본 건 연대보증의 대가로 저축은행 차입금에 대하여 그 대출일로부터 상환완료일까지 연 1%의 보증료를 지급하기로 한다. 보증료는 매월 1개월 단위로 후취로 지급한다.
② “을”은 본 건 저축은행 차입금을 본 건 개발사업을 위한 사업권의 인수비용, 토지매입을 위한 계약금, 토지용역비용, 개발조합 설립 및 운영비 등 “갑” 및 (주)○○상호저축은행에 신고한 용도로만 사용하여야 한다.
③ “을”은 본 건 저축은행 차입금 대여일로부터 1년 이내에 본 건 개발사업을 위한 금융기관 프로젝트파이낸싱을 통하여 본 건 저축은행 차입금을 전액 변제하여야 하며, “갑”의 본 건 연대보증을 해지시켜야 한다.
- 다) 제3조 『개입권 및 본 건 개발사업 토지(계약)등의 양도』 “을”이 본 건 저축은행 차입금을 만기에 상환하지 못하여 “갑”이 “을”을 대위하여 본건 저축은행 차입금을 변제하는 경우, “갑”은 “을”에 대하여 본건 사업개발사업에 대한 사업권 및 일체의 권리, 매입대상부지에 대한 소유권 또는 매매계약에 따른 매수자로서의 권리, 본건 개발사업을 위한 토지신탁과 관련하여 그 신탁자로서의 지위와 부동산신탁회사에 대하여 가지는 정산금 청구권 등 일체의 권리, 개발조합에 대한 자금지원 및 부지조성사업의 대가로 환지 후 개발조합으로부터 받게 되는 공동주택용지․상업용지 및 주거용지 등 일체의 부동산(“을”이 본 건 개발사업을 통해 가지게 되는 일체의 권리를 의미함)을 “갑” 또는 “갑”이 지정하는 자에게 양도해 줄 것을 청구할 수 있고, “갑” 또는 “갑”이 지정하는 자의 청구가 있는 경우 “을”은 이에 아무런 이의 없이 응하여야 한다.
- 라) 제4조 『시공권 부여 및 사업수익 지급』
① 보증료와 별도로 지급
② “을”은 본건 개발사업의 시공권을 “갑”이 지정하는 자에게 부여하여야 하며, 본 시공에 대한 시공수익이 10% 이상이 되도록 시공도급계약을 체결하여야 한다.
③ “을”은 본건 개발사업에 따른 개발이익을 지급하여야 할 시점(분양계약 90%이상 체결, 분양대금 90%이상 수령)에 분양계약의 체결 및 분양대금 수령이 100%완료된 것으로 가정한 총수입금에서 토지구입대금, 공사비용, 분양수수료, 토지대 및 공사비용 마련을 위한 금융비용 등 “갑”이 인정하는 지출액을 공제한 40%를 “갑”에게 사업수익으로 지급하여야 한다.
12. 청구법인의 부가가치세 신고내용에 의하면 청구법인은 위 보증수수료로 ○○금속에게 2008년 2기 85,232천원, 2009년 1기 59,092천원을 지급하고 이와 관련 매입세액을 매출세액에서 공제한 것으로 확인된다.
13. 청구법인은 이 건 청구 시 청구법인 및 조합의 회계처리(예정)는 아래와 같음을 주장한다.
- 가) 조합 설립 전 청구법인의 회계처리(용역비 100,000원 발생시): 용역을 공급받고 대금지급 후 부가가치세 매입세액 공제신고
- 차) 선급금(용역비) 100,000원 대) 현금․예금 등 110,000원 부가가치세대급금 10,000원
- 나) 조합 설립 후 청구법인의 회계처리: 용역대금 청구
- 차) 미수금(조합) 110,000원 대) 용역수입 100,000원 부가세예수금 10,000원
- 차) 대여금(조합) 110,000원 대) 미수금(조합) 110,000원
- 차) 용역원가 100,000원
- 대) 선급금 100,000원
- 다) 조합의 회계처리
- 차) 건설가계정(용지) 110,000원 대) 미지급금 110,000원
- 차) 미지급금 110,000원
- 대) 차입금 110,000원
- 라) 조합은 토지관련 매입세액으로 매입세액 불공제 신고
4. 청구법인의 법인세 신고내역을 살펴보면,
- 가) 2008년 재무제표와 그 부속명세서상 2008년 토지매입 및 지주 동의서 징구와 관련하여 ○○개발에게 지급한 공급가액 530,000천원 중 500,000천원은 용지계정으로, 나머지 금액 32,000천원과 조사․설계용역과 관련하여 ○○플러스이앤씨에게 지급한 공급가액 218,000천원은 미완성공사(분양)계정으로, ○○금속에 지급한 보증수수료 85,232천원은 지급수수료 계정으로 계상한 것으로 나타나고,
- 나) 2009.6.30. 현재 가결산 재무제표상 조사․설계용역과 관련하여 ○○플러스이앤씨에게 지급한 공급가액 218,000천원과 토지매입 및 토지주 동의서 징구 관련 ○○개발에 지급한 80,372천원은 미완성공사(분양)계정으로, ○○금속에게 지급한 보증수수료 59,092천원은 지급수수료 계정으로 계상한 사실이 확인되며,
- 다) 청구법인이 이 건 심리 시 제시한 대체전표에 의하면 2008.12.31. 현재 미완성공사(분양)계정에 계상한 토지매입 및 지주 동의서 징구용역 및 조사․설계 용역에 대한 대가 250,000천원을 2009.6.30. 가결산 시까지 미완성공사(분양)계정으로 계상하였다가 가결산 후 2009. 1. 1.자로 소급하여 선급금 계정으로 대체한 것을 포함하여 2009.6.30.현재 미완성공사(분양)계정 잔액 548,302천원 모두 선급금 계정으로 대체한 것으로 나타난다.
- 라) 청구법인은 이 건 심리 시 위와 같은 회계처리 사유에 대하여 지주조합이 결성되지 아니하여 선급관련 거래처를 지정할 수 없어 미완성공사(분양)계정으로 계상하였다가 2009.6.30. 가결산 이후 회계감사인이 도시개발사업의 주체가 청구법인이 아니기 때문에 미완성공사(분양)계정으로 계상하는 것은 회계처리 오류라는 지적을 함에 따라 청구법인이 직접 매입한 토지가액을 제외한 금액을 선급금으로 수정하였다고 주장한다.
- 마) 또한, 처분청 조사보고서에 의하면 청구법인은 2008.6.5. 사업부지매입, 토지용역비, 도시개발조합 운영비 용도로 ○○금속의 연대보증으로 인하여 청구외 (주)○○상호저축은행으로부터 170억원을 차입한 것으로 확인되고, 2008년 단기대여금 거래처별 단기대여금 계정을 보면 청구법인은 2008.6.10. 20억원을 대여한 것을 시작으로 청구외 (주)○○○○○캐피탈에 기중 214억원을 대여하고 이중 94억원을 회수한 것으로 확인된다.
15. 국토해양부 도시재생과 직원의 구두 답변에 의하면 도시개발법 제11조 규정에 의하여 도시개발 구역 전부를 환지방식에 의하는 경우 토지소유자 및 그들로 구성된 조합을 시행자로 지정하는 것이며, 이중 ‘토지 소유자’는 해당 구역이 범위가 넓어 다수의 소유자가 존재하는 경우에도 토지 소유자 1인을 시행자로 지정할 수 있는 것이며 그와 같은 사례가 인천지역 도시개발 사업지구 중에 존재하는 것으로 확인된다.
- 마. 판단 도시개발법 제11조 에서는 도시개발구역 전부를 환지 방식으로 시행하는 경우 토지 소유자 또는 토지 소유자로 구성된 지주조합을 시행자로 지정하도록 되어 있고, 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제60조 제6항 소정의 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’은 토지 소유자인 사업자가 당해 토지의 조성 등을 위하여 한 자본적 지출을 의미한다고 봄이 타당하므로, 당해 토지의 소유자가 아닌 사업자가 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출의 성격을 갖는 비용을 지출한 경우 그에 관련된 매입세액은 특별한 사정이 없는 한 매입세액 불공제대상인 토지관련 매입세액에 해당하지 않는다고 할 것(대법원 2007두20744, 2010.1.14)이며, 쟁점사업 지역 내 토지는 다수의 소유자가 존재하고 이들로 구성된 지주조합이 설립되지 아니한 상태에서 청구법인이 향후 지주조합이 결성되었을 때 도시개발사업 대행사로 지정되기 위하여 도시개발사업 시행자로 지정될 지주조합이 행할 도시개발 구역 지정을 위한 기초 조사 및 토지소유주 (토지사용)동의서를 징구하면서 지출한 용역비는 타인 소유 토지의 현실적 가치를 증가시키는 자본적 지출에 해당한다 할 것이므로 관련 매입세액은 청구법인의 매출세액에서 공제되지 아니하는 토지관련 매입세액에 해당하지 아니한다고 판단된다. 다만, 쟁점사업 관련 자금조달을 위하여 금융기관으로부터 자금을 차입하면서 ○○금속에게 지급한 보증수수료는 해당 차입금 일부는 1년 이상의 기간동안 반복적으로 청구외 (주)○○○○○캐피탈에게 대여 용도로 사용되었고, 또 일부는 청구법인의 토지매입을 위하여 사용되었으므로 관련 차입금에 대한 보증수수료는 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 에 규정된 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액 및 토지관련 매입세액에 해당한다고 할 것이므로 관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액으로 봄이 타당하다.
이 건 심사청구는 청구주장에 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.