쟁점세금계산서가 중복으로 발행된 세금계산서인지 여부

• 가. 청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 ‘△△△’(이하 “△△△”라 한다) 라는 상호로 1990.09.10. 개업하여 2007.12.31. 폐업한 철물․설비부속품 도소매업을 영위한 사업자로서, 청구인이 2006년 제2기 부가가치세 신고 시 공급가액 125,518천원의 매출세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 (주)□□(이하 “청구외법인”이라 한다)에 발행하고도 이를 신고누락한 데 대하여 처분청은 2009.05.11. 2006년 제2기 부가가치세 18,213,970원을 경정․고지하였다.
• 나. 청구인은 이에 불복하여 2009.08.11. 이의신청을 거쳐 2009.11.30. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 쟁점세금계산서는 당초 △△△에서 건축자재를 공급하기로 하고 매출세금계산서를 발행하였으나, 실제는 청구인이 대표자로 있는 (주)***에서 건축자재를 공급하고 매출세금계산서를 발행한 이중 세금계산서인데 청구외법인이 착오로 중복신고(매입세액 중복공제)한 것이다. 착오 신고한 사실에 대하여 청구외법인의 대표이사인 남○○이 인감증명서를 첨부하여 확인서를 제출하였고 2009.12.31. ○○세무서에 수정신고도 하였다.
• 나. 청구인의 2006년 제2기 부가가치세 신고내역은 매출 232,045천원, 매입 212,508천원으로 부가율이 8.42%이나, 쟁점세금계산서가 매출누락된 것이라면 매출액이 357,563천원이나 되어 부가율이 40.56%로서 상식적으로 이해하기 어려운 부가율이 계산되는 사실로 보아도 이 건 부과처분은 취소되어야 한다.

• 가. 청구인이 쟁점세금계산서가 이중으로 발행된 것이라 주장하며 관련 증빙서류를 제출하여 검토한바, 청구외법인은 쟁점 과세기간 이전부터 청구인 및 (주)과 거래한 사실이 있으며, 이중 발행되었다고 주장하는 세금계산서를 살펴보면 발행일은 2006.07.31.로 동일하지만 공급자를 (주)으로 하여 발행된 세금계산서는 공급가액 125,253,199원, 품목란에 “동관 KS-L타입 외”로 기재되어 있으며, 공급자를 △△△로 하여 발행된 쟁점세금계산서는 공급가액 125,518,390원, 품목란에 “동티 외”로 기재되어 있는바 공급가액 및 품목이 서로 상이하여 동일 거래에 대해 중복 발행된 세금계산서라 보기 어렵다.
• 나. 청구외법인이 2009.5월 작성한 확인서에 ‘쟁점세금계산서와 관련하여 청구인과 거래한 사실이 없고 경리직원이 착오로 중복신고하였다’고 기재되어 있으나, 청구외법인은 2008.03.17. 폐업된 사업자로 동 확인서는 입증자료로 신빙성이 없다고 할 것이다. 따라서 청구인이 발행한 쟁점세금계산서의 공급가액을 매출누락으로 보아 부가가치세 부과한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서가 중복으로 발행된 세금계산서인지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

• 다. 사실관계 1)

○○세무서장은 청구인이 2006년 제2기 과세기간 중 공급가액 125,518천원의 쟁점세금계산서를 청구외법인에 발행하고도 이를 신고누락 하였다하여 2009.02.11. 처분청으로 과세자료를 통보하였다. ○○세무서장이 과세자료로 통보한 쟁점세금계산서를 보면, 거래일자는 2006.07.31. 공급가액은 125,518천원, 품목은 “동티 외”로 기재되어 있고, (주)***이 청구외법인에게 발행한 세금계산서를 보면, 거래일자 2006.07.31. 공급가액은 125,253천원, 품목은 “동관KS-L타입 외”라고 기재되어 있음이 확인된다. 2) 청구외법인의 대표자 남○○이 2009.5월 작성한 확인서에는 남○○의 인감증명서를 첨부되어 있으며, 그 내용은 다음과 같다.

○ 당회사는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○빌딩 5층에 주소를 둔 건설업체로서 건축자재를 2006년 7월 △△△ 신○○으로부터 건축자재를 매입키로 하였으나, 신○○씨가 대표자로 있는 (주)에서 건축자재를 매입하고 세금계산서를 이중으로 교부 받아 △△△ 매입세금계산서를 폐기하여야 하나, 경리사원의 착오로 △△△, (주) 매입세금계산서를 모두 신고 한 사실이 있음을 확인하며 안성공업사로부터 매입한 사실이 없음을 확인함. 3) 국세통합전산망에 의하면 △△△의 2006년 신고 매매총이익률은 12.85%이며 쟁점세금계산서를 실제 매출로 인정할 경우 매매총이익률은 33.5%가 되며, 전국평균 매매총이익률은 12.64%이다. 또한 청구외법인은 서○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 건설 설비․전기공사업을 1992.09.13 개업하여 2008.03.17. 폐업하였으며, 청구외법인은 쟁점세금계산서로 인하여 2006년 제2기 부가가치세 이중공제한 데 대하여 2009.12.31. 노원세무서에 수정신고한 사실이 확인된다.

• 라. 판단 △△△사를 공급자로 발행된 쟁점세금계산서와 (주)을 공급자로 하여 발행된 세금계산서가 중복으로 발행된 세금계산서인지를 살펴본다. 공급자를 (주)으로 하여 발행된 세금계산서는 발행일자 2006.07.31. 공급가액 125,253,199원, 품목란에 “동관 KS-L타입 외”로 기재되어 있으며, 공급자를 △△△로 하여 발행된 쟁점세금계산서는 발행일자 2006.07.31. 공급가액 125,518,390원, 품목란에 “동티(동관의 일종) 외”로 기재되어 있다. 두 세금계산서를 비교하여 볼 때, 발행일자가 2006.07.31.로 서로 동일하고 품목은 동관(구리관)으로 서로 유사한 것으로 보여지며 공급가액은 265,191원의 차이가 있으나 이는 실무상 있을 수 있는 차이라고 판단되고, △△△ 의 2006년 신고 매매총이익률은 12.85%인데 쟁점세금계산서를 실제 매출로 인정할 경우 매매총이익률은 33.5%가 되어 전국평균 매매총이익률 12.64%를 크게 초과하는 점, 청구외법인의 대표자인 남○○이 이 건과 관련하여 △△△와는 거래한 사실이 없다고 확인한 점, 청구외법인이 쟁점세금계산서로 인하여 매입세액을 중복으로 공제받은 데 대하여 2009.12.31. 수정신고한 점 등으로 보아 청구주장에 신빙성이 있다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.