청구법인이 실제 도급계약서상의 금액보다 부풀려서 매입세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제받은 것에 대하여 부가가치세를 경정고지한 것은 정당함

청구법인은 미곡도정업을 영위하는 영농조합법인으로 청구외 (주)○○종합건설(이하 “청구외법인”이라 한다)과 ○○시 ○○면 ○○리 194-20에 미곡처리장을 신축(이하 “쟁점공사”라 한다)하기로 도급계약을 체결하였고, 청구법인은 2005.12.26. 공급가객이 2,825,100천원인 매입세금계산서 3매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)을 교부받아 2005년 제2기 부가가치세 신고시 매입세액 282,510천원을 매출세액에서 공제하였다. 처분청은 청구법인에 대하여 2008.12.15.～2009.2.27.까지 조세범칙조사를 실시하여 쟁점공사와 관련하여 청구외법인이 제공한 실제 건설용역의 공급가액이 1,405,255천원임에도 청구법인이 공급가액을 2,825,100천원으로 부풀려서 쟁점세금계산서를 수취하였다 하여 그 차액 1,419,844천원에 대한 매입세액 공제를 부인하여 2009.3.17. 청구법인에게 2005년 제2기분 부가가치세 28,396천원 및 2006년 1기분 부가가치세 182,620천원, 합계 211,017천원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.6.16. 이의신청을 거쳐 2009.10.21. 이 건 심사청구를 제출하였다.

• 가. 청구법인은 당초 2005.5.20.과 2005.8.5. 두 번에 걸쳐 청구외법인과 턴키(Turn-Key)방식으로 <표1>의 계약내용과 같이 총 3,307,700천원(공급가액)으로 건축공사, 도장설비공사, 저온저장고 신축공사를 하기로 2005.5.20.과 2005.8.5. 두 번에 걸쳐 쟁점공사에 대한 일괄도급계약을 체결하였다. < 표1 > 쟁점공사의 계약 및 세금계산서 수취내역 (단위: 천원) 일괄도급계약 계약내용 ’05.12.26 세금계산서 수취내역 계약일자 공사명 계 공급가액 세액 합계 공급가액 세액 합 계 3,638,470 3,307,700 330,770 3,107,610 2,825,100 282,510 ’05.05.20 관리동 건축공사 608,300 553,000 55,300 1,319,010 1,199,100 119,910 공장동 건축공사 710,710 646,100 64,610 공장동 기계공사 1,837,660 1,670,600 167,060 825,000 750,000 75,000 ’05.08.05 저온저장고 481,800 438,000 43,800 963,600 876,000 87,600
• 나. 청구법인은 쟁점공사의 일괄도급계약을 체결한 이후 건축공사 및 기계설비 내용의 변경으로 인하여 여러 차례 도급금액을 변경하였으나, 쟁점공사를 기간 내에 조속히 마무리하기 위하여 변경즉시 계약서를 작성하지 못하고 현장소장과 상호확인 후 차후 정산하기로 하고 공사를 진행하였으며, 그 후 청구법인의 시설자금 조기대출과 청구외법인의 어음부도로 인한 공사마무리 문제로 인하여 공사내용에 대하여 상호정산 후 쟁점세금계산서를 교부받았다.
• 다. 청구외법인은 자체 자금사정이 어렵다며 쟁점공사의 조속한 마무리를 위해서 공사초기 성토작업과 관련된 공사비를 청구법인이 해당업자에게 직접 지급해 줄 것을 요청함에 따라 청구법인이 대금을 선지급한 후 현장소장과 정산하기로 하였으며, 공사도중에 청구외법인이 하도급업자들에게 공사대금을 지급하지 못하자 하도급업자들은 청구법인에게 직접 그들에게 대금지급을 해달라고 여러 차례 요구하였다. 그 후 공사 막바지에 청구외법인의 어음부도가 발생하자 청구법인은 쟁점공사의 완공을 위해 청구외법인의 하도급업체인 청구외 (주)△△△시스템 (이하 “(주)△△△”이라 한다) 및 청구외 □□전업사(이하 “□□전업사”라 한다)의 공사대금뿐만 아니라 기타 장비사용료 및 성토작업용 흙 대금까지도 아래와 같이 해당업자들에게 직접 지급하였으나, 청구법인과 이들 간에 도급계약이 체결된 사실은 없다. 결과적으로 청구법인이 쟁점공사와 관련하여 청구외법인 및 그 하도급업체 등에게 총 2,703,831천원(공급가액)을 지급하였고, 청구외법인으로부터 쟁점세금계산서(2,825,100천원, 공급가액)를 수취하였으며, 차액 121,269천원은 현장에서 증빙없이 지급한 것이므로 쟁점세금계산서는 실제거래를 수반한 정상적인 세금계산서로 매입세액공제 대상이다. 만약 청구법인이 청구외법인과 별도로 하도급업체와 도급계약을 체결하였다면 그들에게 실제 지급한 금액에 대한 매입세금계산서를 수취하지 않을 이유가 없다. < 표2 > 쟁점공사 관련 대금 지급내역 (단위: 천원) 구 분 지 급 처 공급가액 비 고 합 계 2,825,100 쟁점공사대금 지급내역 청구외법인 1,405,256 처분청 조사내역 (청구법인 직접지급) (주)△△△ 901,364

□□전업사 81,818 장비사용료 등 161,473 청구법인 추가증빙 제출 흙대금(온○○) 89,624 흙대금(송○○) 64,296 현장 현금지급 121,269 증빙없이 현장지급 라. 기계설비 업체인 (주)△△△은 청구외법인과 공급가액을 기준으로 1차 현미부 기계설치공사 272,727천원 및 2차 정미부 기계설치공사 529,545천원의 하도급계약을 각각 체결하였는데, 1차 현미부 기계설치공사에 대하여는 완공시점인 2005.12.31.에 원도급자인 청구외법인에게 매출세금계산서를 발행하였고, 2차 정미부 기계설치공사에 대하여는 청구외법인의 부도로 부득이 하게 청구법인에게 매출세금계산서를 발행하였다. 마. 처분청은 청구법인 및 청구외법인의 이사인 청구외 배흥규(이하 “배흥규”라고 한다)를 조세범처벌법 위반행위로 2009.4.28. ○○경찰서에 고발하였는바, 청구외법인의 대표이사 이○○과 하도급업체 (주)△△△의 대표는 청구외법인이 일괄 도급받아 쟁점공사를 시행하였고, (주)△△△은 원도급자인 청구외법인과 계약하고 기계를 설치하였으나 원도급자의 자금사정 악화로 공사대금 회수가 어려워 청구법인에 직접 지불을 요청하여 공사대금을 수취한 것이라고 청구법인의 주장과 동일하게 진술하였으며, 동 고발사건은 2009.9.28. 전주지방검찰청에서 증거불충분으로 혐의 없다고 불기소되었으므로 재조사 결정하여야 한다.

• 가. 청구외법인과 쟁점공사에 대하여 일괄도급계약을 체결한 것으로 인정할 수 없다.

1. 청구법인은 쟁점공사에 대한 일괄도급계약의 근거로 2005.5.20.자 관리동 건축공사계약서(553,000천원), 2005.5.20.자 도정라인 건축․기계설치 공사계약서(2,316,700천원) 및 2005.8.5.자 저온저장고 공사계약서(438,000천원), 총 3건의 도급계약서(계약금액 합계 3,307,700천원, 공급가액 기준)를 제시하고 있다.

2. 그러나 청구외법인과 일괄도급계약이 이루어졌다면 위와 같이 일자를 달리하여 공사 및 건물 종류별로 3건의 도급계약서를 작성할 이유가 없다.

3. 또한, 청구법인과 청구외법인 간에는 청구법인이 제시한 위 3건의 계약서 외에도 2005년 6월에 작성된 미곡처리장 신축계약서(공급가액 5,350,000천원), 2005.8.16.자 도급계약서(공급가액 4,240,000천원) 및 처분청이 과세근거로 삼은 도급계약서 3건 등 서로 다른 계약서가 여러 건 존재하는 등 청구법인의 주장을 신뢰할 수 없다.

• 나. 처분청 조사과정에서 청구법인이 청구외법인과 작성된 2005.6.14.자 공급대가 1,003백만원인 계약서(건축동 405백만원, 저온창고 295백만원, 냉동창고 39백만원, 공장동 275백만원), 2005.8.4.자 공급가액 310백만원인 계약서(옹벽, 포장, 배수관설치공사) 및 2005.10.24.자 공급가액 38백만원인 계약서(추가공사)가 실제계약서라고 청구법인의 실질 대표인 송○○, 이사 배○○ 및 청구외법인의 대표이사 이○○이 임의진술하였으며, 배○○가 보관하고 있는 쟁점공사 관련 지출내용을 기록한 수첩의 내용과 거의 일치하는 것으로 확인되므로 처분청의 당초처분은 정당하다.
• 다. 통상적인 경우 많은 시설대출금을 신청하기 위하여 종합건설회사와 일괄도급방식으로 계약하지만 종합건설회사의 책임 등의 한계로 실제는 공종별로 별도 계약하는 것이 업계의 관례여서 청구법인도 전문적인 기술이 필요한 도정설비 등은 청구외법인이 도급받지 아니하고, (주)△△△에서 직접 시공하였다고 청구법인의 실질적인 대표자 송○○(이하 “대표 송○○”이라 한다)이 2009.1.12. 조사공무원에게 진술하였다.
• 라. 청구법인의 주장대로 청구외법인이 쟁점공사를 일괄수주하였다면, 청구법인이 전체 공정에 대한 공사대금을 청구외법인에게 지급하고, 청구외법인은 하도급업체인 (주)△△△ 등에게 결제하는 방식이어야 함에도 청구법인이 청구외 (주)△△△ 및 □□전업사에 직접 결제한 점, 쟁점공사를 총괄관리한 배○○의 수첩에도 쟁점공사에 대한 공사비 지급사항을 처음부터 끝까지 청구외법인, (주)△△△, □□전업사 등으로 명확히 구분하여 관리한 점 등으로 보아 쟁점공사를 청구외법인이 일괄수주하였다는 청구법인의 주장은 신뢰할 수 없다.
• 마. 청구법인은 청구외법인과 쟁점공사를 일괄도급계약하였고, 청구외법인과 (주)△△△ 간에 2005.9.15과 2005.11.16. 2번에 걸쳐 총 882,500천만원(공급대가)의 도급계약이 체결되었는데, (주)△△△이 1차분에 대한 세금계산서는 2005.12.31. 청구외법인에게 발행하고, 2차분은 청구외법인의 부도로 청구법인에게 500,000천원(공급대가)의 세금계산서를 발행하였다고 주장하나, 청구법인이 (주)△△△에 2005.6.15～2006.7.25.까지 총 15회에 걸쳐 992백만원을 지급하여 그 금액이 서로 상이하고, 청구외법인은 2006년 제2기분 부가가치세 확정신고를 정상적으로 이행한 이후인 2007.2.27. 폐업한 사실로 보아 청구주장은 설득력이 없다.
• 바. 청구법인이 청구외법인과 체결한 일괄도급계약과 관련된 것이라며 추가로 제출한 흙 매입대금 및 장비사용료 지급자료는 청구법인이 제출한 확인서 및 금융증빙만으로는 그 내용이 금전대차에 따른 지급인지, 벼 등 곡식수매에 따른 대금수수인지 불확실한 점, 청구외법인의 계산과 책임하에 이루어진 건설용역의 일부라는 객관적인 증거가 없는 점, 배○○가 쟁점공사대금 지출사항을 업체별로 기록․관리한 수첩에도 이와 관련한 결제내용이 발견되지 않은 점 등을 감안해 볼 때, 청구주장은 신빙성이 없다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서상의 거래금액이 실제 거래금액보다 과다한지 여부
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제7조 【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화․시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다. 2) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 제16조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 3) 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할 세무서장, 사업장 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 "사업장 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고한 내용에 오류 또는 탈루(탈루)가 있는 경우

3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(포탈)할 우려가 있는 경우

• 다. 사실관계 1) 청구법인은 쟁점공사를 청구외법인과 총 계약금액 3,307,700천원(공급가액)에 일괄도급계약을 체결하였다고 주장하면서 2005.5.20. 및 2005.8.5. 작성된 건설공사표준도급계약서 3매와 그에 부수된 공사원가 계산서 및 내역서를 제출하였는데, 다음과 같은 사실이 확인된다. (단위: 천원) 계약일자 공사내용 공사금액 (공급가액) 수급인 공사기간 2005.5.20 관리동 건축 553,000 청구외법인 ’05.06.1～12.30 2005.5.20 공장동 건축 646,100 〃 ’05.06.1～12.30 기계설치공사 1,670,600 〃 ’05.06.1～12.30 2005.8.5 저온창고 건축 438,000 〃 ’05.8.10～12.10 합계 3,307,700 〃
• 가) 위 도급계약서는 본문이 1페이지 분량이고, 추가로 공사원가계약서 및 내역서가 첨부되어 있으며, 도급인(청구법인)과 수급인(청구외법인)의 고무인과 도장이 찍혀 있다.
• 나) 그러나 도급금액이 고액임에도 공사와 관련한 대금지급시기 및 조건은 물론이고 구체적인 특약사항도 기재되어 있지 아니하다.
• 다) 또한, 2005.5.20.자 도정라인공사 관련 도급계약서의 공사원가계산서상에는 공사대금 총 2,316,700천원(공급가액) 중 기계설치대금 1,670,600천원과 공장동 건축대금 646,100천원으로 구분되어 있다.
• 라) 그렇다면 청구법인이 2005.9.15과 2005.11.16. 2번에 걸쳐 청구외법인과 (주)△△△ 간에 882,500천원(공급대가)의 도급계약이 체결되었다고 주장한 것과 배○○가 관리한 수첩에 청구법인이 2005.6.15.～2006.7.25. 기간 중 총 15회에 991,500천원을 (주)△△△에 지급한 것으로 기재된 것과 큰 차이가 있음을 알 수 있다.

2. 처분청이 쟁점공사에 관한 실제 도급계약서라면서 제출한 총 3건의 도급계약서를 살펴본바, 다음과 같이 사실이 확인된다. (단위: 천원) 계약일자 공사내용 공사금액 (공급가액) 수급인 공사기간 2005.06.14 건축동 368,182 청구외법인 ’05.06.14～9.14 저온창고 267,727 냉동창고 35,545 공장동 250,000 2005.08.04 옹벽, 포장, 배수관설치 310,000 〃 ’05. 8월～10월 2005.10.24 추가공사 38,000 〃 합계 1,269,454

• 가) 2005.6.14.자 도급계약서에 의하면, 당초 전체 공사금액을 1,013,500천원(공급대가)으로 작성하였다가 저온창고의 금액을 295,500천원에서 285,000천원으로 감액하여 전체 공사금액을 1,003,000천원으로 수정하고 수정된 부분에 청구법인과 청구외법인이 각각 날인하였으며, 계약서 본문 외에 28개 조항의 민간건설공사 표준도급계약 일반조건 및 공사시 특수조건이 첨부되어 있으며, 계약서 및 첨부서류에는 각 장마다 쌍방의 간인이 찍혀 있다.
• 나) 2005.8.4.자 도급계약서에는 계약서 본문 외에 19개 조항의 공사도급 계약조건 및 계약 시담서가 첨부되어 있으며, 계약서 및 첨부서류에는 각 장마다 쌍방의 간인이 찍혀 있다.
• 다) 2005.10.24.자 도급계약서에는 계약서 본문 외에 28개 조항의 민간건설공사 표준도급계약 일반조건이 첨부되어 있고, 각 장마다 쌍방의 간인이 찍혀 있다.

3. 위에서 청구법인과 처분청이 쟁점공사에 관한 실제 계약서라고 각각 주장하면서 제시한 3건씩의 계약서 이외에도 세무조사과정에서 2건의 도급계약서가 추가로 발견되었는데, 그 내용을 살펴보면 다음과 같다.

• 가) 2005. 6월 작성된 도급계약서는 도급금액이 5,350,000천원(공급가액)으로 기재되어 있으나 계약일자, 공사장소 및 대금지급조건 등이 중요한 내용이 구체적으로 기재되어 있지 아니하다.
• 나) 2005. 8. 16.자 도급계약서는 도급금액이 4,240,090천원(공급가액)으로 기재되어 있으나 대금지급조건 등이 기재되어 있지 아니하다.

4. 청구법인의 대표 송○○은 2009.1.12. 처분청의 조사공무원과의 문답과정에서 조사공무원이 “청구외법인이 도급받은 공사내역 중 도정설비 등 내부기계장치 및 그 설비공사도 포함되어 있습니까?”라고 묻자, “아닙니다. 도정설비는 전문기술이 필요한 부분이라 (주)△△△에서 납품하여 시공하였습니다”라고 진술하였음이 나타난다.

5. 처분청이 배○○가 쟁점공사의 공사비 지출내역을 기록한 것이라고 제출한 수첩 사본에 의하면, 표지에2005년 공사지출내역라고 제목이 붙어 있고 공사비 지급사항이 각 거래처별로 페이지를 달리하여 작성되었는데, 청구외법인에게 1,545,781천원, (주)△△△에게 991,500천원, □□전업사에게 90,000천원씩을 각각 지급하였음이 나타난다.

6. 청구법인의 대표 송○○ 및 배○○, 청구외법인 대표이사 이○○이 처분청의 조세범칙조사과정에 각자 2번씩 처분청에 출석하여 진술한 전말서 및 문답서에 의하면, 다음과 같은 내용이 나타난다.

• 가) 대표 송○○의 문답서(2009.1.12) 및 전말서(2009.1.18)에 의하면, 청구법인이 쟁점공사와 관련하여 청구외법인과 계약한 금액은 1,396,300천원(공급가액 1,269,363천원)인데, 쟁점매입세금계산서(공급가액 2,825,100천원)을 수취하고, 청구외법인에게 실제로는 1,545,781천원을 지출하였으며, 위 계약서상 공사금액과 실제 지출금액과의 차액 149,481천원이 발생한 이유는 청구외법인에서 쟁점세금계산서상의 부가가치세 282,510천원을 부가가치세 신고시 납부하여야 한다고 이를 지급해 줄 것을 요청하여 배○○와 상의하여 결제해 준 것이라고 진술하였음이 확인된다.
• 나) 배○○의 문답서(2009.1.9) 및 전말서(2009.1.17)의 내용을 보면, 2005년 6월에 작성된 도급금액 5,350,000천원(공급가액)의 계약서, 2005.8.16.에 작성된 도급금액 4,240,090천원(공급가액)의 도급계약서는 금융기관에서 대출을 받기 위해 작성된 계약서이며, 청구외법인에 실제공사비로 지급한 금액은 1,545,781천원이라고 답변하고, 쟁점공사와 관련한 청구외법인과의 거래를 종합하여 보면, 매입세금계산서 금액은 3,107,610천원(공급대가)이고, 계약서상 공사금액은 1,396,300천원(공급대가)이며, 청구외법인에 실제 지출된 금액은 1,545,781천원인바, 계약서상 공사금액과 지출금액과의 차액 149,481천원이 발생한 이유는 청구외법인에 부가가치세 282,510천원을 지급하기 위한 명목으로 지출한 금액이라고 답변하였으며,
• 다) 청구외법인 대표 이○○는 2009.1.19.자 문답서에서 쟁점공사의 실지 공사금액은 1,396,300천원(공급대가)이며 세금계산서 발행금액은 3,107,610천원(공급대가)으로 1,711,310천원(공급대가)을 실제보다 과다 발행한 사실이 있다고 진술하였으며, 쟁점공사의 공사대금으로 1,545,781천원을 수령하였는데, 동 금액에는 쟁점세금계산서에 대한 부가가치세 282,500천원이 포함되어 있다고 답변하였음이 나타난다.

7. 청구법인은 당초 청구외법인과의 일괄도급금액에 포함된 것이나 원활한 공사마무리를 위해 선지급한 것이라면서 2005.5.6.～2006.10.24. 기간 중 장비사용료 등 177,620천원(공급대가)에 관한 63건의 지출명세서와 법인의 입출금거래내역서를, 청구외 온○○ 및 송○○(이하 “온○○ 및 송○○”이라 한다)으로부터 총 169,312천원(공급대가)의 흙을 매입하였다면서 온○○ 및 송○○의 사실확인서, 흙 작업 내역서 및 흙대금을 결제한 입출금거래내역서를 제출하였다.

• 가) 장비사용료 등의 지출내역을 살펴본바, 포크레인 불도저 등의 장비사용료 외에 각종 자재대금, 설계․측량비, 조경공사․옹벽․전기공사비․관로매설공사비, 조립식 건축에 대한 인건비, 도색비 및 계근대 설치비 등 여러 종류의 비용이 섞여 있고, 1회 지급액이 최고 22,870천원부터 최저 80천원까지로 큰 차이를 보이고 있으나, 대금 자체는 은행을 통하여 결제된 것으로 확인된다.
• 나) 온○○ 및 송○○의 사실확인서에는 동일하게 “본인은 본인 소유의 논 및 임야를 개간하면서 발생한 흙을 첨부된 내용과 같이 ○○영농조합에 판매하고 그 대금을 수령했음을 확인합니다”라고 기재되어 있으며, 온○○은 2005.4.30.～2006.6.27 기간 중 총 63회에 걸쳐 70,725천원(공급대가) 상당을, 송○○은 2005.2.1.～2006.5.24. 기간 중 총 49회에 걸쳐 98,587천원(공급대가) 상당의 흙을 각각 청구법인에 반입하고, 흙 대금은 각자의 은행계좌를 통하여 결제받은 것으로 확인된다.

8. 청구외법인은 2006년 제2기분 부가가치세 확정신고를 정상적으로 이행하고, 2007.2.27. 폐업하였음이 국세통합전산망에 의하여 확인된다.

• 라. 판단 1) 청구법인은 쟁점공사에 대하여 청구외법인과 총 계약금액 3,307,700천원(공급가액)에 일괄도급계약을 체결하였다고 주장하면서 2005.5.20. 및 2005.8.5. 작성된 건설공사표준도급계약서 3매와 그에 부수된 공사원가 계산서 및 내역서를 제시하였으나,
• 가) 청구외법인과 일괄도급계약을 체결하였다면 일자를 달리하여 공사종류별 및 건물종류별로 3건의 도급계약서를 작성할 특별한 이유가 없는 점,
• 나) 동 도급계약서는 본문이 1페이지에 불과하고, 도급금액이 고액임에도 공사와 관련한 대금 지급시기 및 조건은 물론이고 구체적인 특약사항이 이례적으로 기재되어 있지 아니한 점,
• 다) 청구법인의 주장대로 청구외법인이 쟁점공사를 일괄수주하였다면, 청구법인이 전체 공정에 대한 공사대금을 청구외법인에게 지급하고, 청구외법인은 하도급업체인 (주)△△△ 등에게 결제하는 방식이어야 함에도 청구법인이 (주)△△△ 및 □□전업사에 직접 결제한 점,
• 라) 더욱이 쟁점공사를 총괄관리한 배○○의 수첩에도 쟁점공사에 대한 공사비 지급사항을 처음부터 끝까지 청구외법인, (주)△△△, □□전업사 등으로 명확히 구분하여 관리한 것으로 확인되는 점,
• 마) 또한, 청구법인이 제시한 위 3건의 도급계약서와 별도로 세무조사과정에서 청구법인과 청구외법인을 각각 '도급인'과 '수급인'으로 하여 2005. 6월 작성된 도급금액 5,350,000천원(공급가액)의 도급계약서 및 2005. 8. 16.자 도급금액 4,240,090천원(공급가액)인 도급계약서가 추가로 발견된 점 등을 감안해 볼 때, 청구법인이 쟁점공사에 대하여 청구외법인과 일괄도급계약을 체결하였다는 주장은 신빙성이 없어 보인다.

2. 청구법인은 앞에서 본 바와 같이 쟁점공사에 대하여 청구외법인과 일괄도급계약을 체결하였고, 그 후 청구외법인과 (주)△△△ 간에 2005.9.15과 2005.11.16. 2번에 걸쳐 공급대가 합계 882,500천원의 하도급계약이 체결되었는데, (주)△△△이 1차분에 대한 세금계산서는 2005.12.31. 거래상대방인 청구외법인에게 발행하고, 2차분은 청구외법인의 부도로 청구법인에게 500,000천만원(공급대가)의 세금계산서를 발행하였다고 주장하나,

• 가) 청구법인의 대표 송○○이 2009.12.12. 처분청의 조사공무원에게 도정설비는 전문기술이 필요한 부분이라 (주)△△△에서 납품하여 시공함으로써 청구외법인이 도급받은 공사내역 중 도정설비 등 내부기계장치 및 그 설비공사는 포함되어 있지 않다는 취지로 답변한 점,
• 나) 청구법인이 실제 도급계약서라고 제시한 2005.5.20.자 도정라인공사 관련 도급계약서에 첨부된 공사원가계산서에는 공사대금 총 2,316,700천원(공급가액) 중 기계설치대금이 1,670,600천원과 공장동 건축대금 646,100천원으로 구분되어 있는데, 동 공사와 관련하여 청구외법인과 (주)△△△ 간에 2005.9.15.과 2005.11.16. 2번에 걸쳐 체결된 하도급계약서상 도급금액은 총 802,273천원(공급가액)으로서 당초 청구법인과 청구외법인간의 도급금액 1,670,600천원(공급가액)의 2분의 1에도 못 미치는 점,
• 다) 배○○가 관리한 수첩에 청구법인이 2005.6.15.～2006.7.25. 기간 중 총 15회에 991,500천원을 (주)△△△에 지급한 것으로 기재되어 있는바, 이는 위 청구법인과 청구외법인간의 도급금액 1,670,600천원(공급가액)은 물론이고 청구외법인과 (주)△△△ 간의 하도급금액 802,273천원(공급가액)과도 일치하지 아니하는 점,
• 라) 청구외법인은 2006년 제2기분 부가가치세 확정신고를 정상적으로 이행하고, 2007.2.27. 폐업한 점 등을 감안해 볼 때, 청구주장은 설득력이 없어 보인다.

3. 반면에, 처분청이 세무조사과정에서 쟁점공사에 관한 총 3건의 도급계약서(공급대가 1,396,300천원)를 찾아내어 이를 실제 도급계약서라면서 제출하였는데, 사실관계 부분에서 살펴본 바와 같이 동 계약서는 내용이 구체적이어서 청구법인에서 제시한 여타 계약서와는 큰 차이가 있는바, 실제 도급계약서일 가능성이 높다 할 것이다.

4. 또한, 청구법인의 대표 송○○ 및 이사 배○○, 청구외법인 대표이사 이○○이 처분청의 조세범칙조사과정에 각자 2번씩 처분청에 출석하여 진술한 전말서 및 문답서에서 위 3인이 일관되게 쟁점공사의 실지 공사금액은 1,396,300천원(공급대가)이며 세금계산서 발행금액은 3,107,610천원(공급대가)으로 1,711,310천원(공급대가)을 실제보다 과다 발행하였고, 계약서상 공사금액보다 149,481천원이 더 많은 1,545,781천원을 공사대금으로 수령하였는데, 그 이유는 쟁점세금계산서에 대한 부가가치세 252,500천원을 전부 결제하기 위하였다고 진술하였다. 이는 청구인이 처분청이 실제 도급계약서라고 제시한 것과 계약금액(1,385,800천원)이 거의 일치하는데, 차액 10,500천원은 2005.6.14.자 도급계약서의 공사금액이 1,013,500천원(공급대가)에서 1,003,000천원으로 수정되었으나, 실제공사는 당초 계약금액(1,013,500천원, 공급대가)대로 이루어진 데서 기인한 것으로 추정된다. 그리고 청구법인의 대표 송○○ 등 3인이 확인한 위 공사비 지급금액은 배○○가 쟁점공사의 공사비 지출내역을 기록한 수첩에서 청구외법인에게 지급한 것으로 기재한 금액과 일치하고 있다. 그렇다면, 청구법인이 청구외법인과 쟁점공사에 대하여 총 3,307,700천원(공급가액)에 일괄도급계약을 체결하였다는 주장은 인정하기 어렵다 할 것이다.

5. 청구법인이 원활한 공사 추진을 위해 업자들에게 직접 지불한 공사비라고 주장하는 장비사용료 등 177,620천원(공급대가) 및 흙 대금 169,311천원(공급대가)의 지급이 청구법인과 청구외법인 간에 쟁점공사에 대한 도급계약이 체결되기 이전인 2005.2.1.에 시작되어 2006.10.24.까지 이루어진 점으로 보아 쟁점공사에 대한 도급계약과는 무관한 것으로 보여진다.

6. 따라서 처분청이 쟁점공사와 관련하여 청구법인이 쟁점세금계산서의 공급가액을 실제 거래금액보다 과다하게 수취하여 매입세액을 부당하게 공제받은 것으로 보아 관련 매입세액을 공제부인하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.