청구법인의 대표자 명의로 발급받았다가 청구법인 명의로 수정세금계산서를 교부받은 경우 매입세액 공제가 가능한지 여부

○○세무서장이 2009.5.13. 청구법인에게 한 2008년 제2기 과세기간 부가가치세 경정청구 거부처분은 이를 취소합니다.

청구법인은 2005.10.12. 개업하여 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 0000번지 ○○센터 1층 에이동 000호(이하 “쟁점사업장”이라 한다)에서 의류 도소매업을 영위하는 법인으로서 2008년 2기 과세기간에 대표이사인 청구외 윤○○(이하 “윤○○”이라 한다) 명의로 임대차계약을 체결하고 수취한 임대료․관리비․전기요금 등 62,813천원의 매입세금계산서(이하 “쟁점1세금계산서”라 한다)를 청구법인이 계약당사자라 하여 청구법인 명의의 매입세금계산서를 수정 발급받고, 2008.10.14. 장식용 점토벽돌 구입으로 수취한 150,000원의 매입세금계산서(이하 “쟁점2세금계산서”라 한다)를 착오로 누락하였다 하여 경정청구를 하였다. 처분청은 위 세금계산서가 발행된 임대차계약기간 동안 청구법인이 위 법인소재지에서 사업을 한 이력이 없어 위 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 보아야 한다 하여 2009.5.13. 청구법인의 경정청구를 거부하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.8.6. 이 건 심사청 구를 하였

쟁점1, 2세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니다. 1) 청구법인은 외국계 부동산 사모펀드인 청구외 주식회사○○제1호기업구조조정부동산투자회사(이하 “청구외법인”이라 한다)와 2008년 8월경 부동산임대차계약을 체결하였으나, 청구외법인은 청구법인의 사업자등록이 쟁점사업장이어야 청구법인 명의로 세금계산서를 발행할 수 있다고 주장하면서 청구법인의 사업장소재지를 쟁점사업장으로 변경하면 부동산임대차계약서의 임차인을 청구법인으로 변경하여 주겠다며 계약당사자를 청구법인의 대표이사인 윤○○로 하고 임대료․관리비․전기요금을 청구법인으로부터 지급받으면서 세금계산서는 윤○○ 명의로 발행하였다. 2) 청구법인은 수차례에 걸쳐 청구외법인에게 부동산임대차계약서의 임차자를 청구법인으로 변경하여 달라고 요청하였으나 거절당하였으며, 2009.1.15. 청구법인의 본점 이전등기를 한 후 2009.1.23. 기존 부동산임대차계약서에 대한 승계계약서를 작성한 후 2009년 2월 말경 윤○○ 명의로 발행한 세금계산서를 청구법인 명의로 수정․발행하여 임차인의 지위가 윤○○에서 청구법인으로 원상회복되었으며, 청구외법인에 지급한 임대료․관리비․전기요금을 청구법인이 지급하고 회계처리를 하였다. 3) 위와 같은 사실에도 불구하고 청구법인이 극심한 영업부진으로 새로운 매장 물색, 경비절감 등을 위하여 본점소재지를 일시적으로 이전하였다 하여 사업이력이 없다고 보아 쟁점1세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 경정청구를 거부한 처분은 부당하다. 4) 2008년 9월 매장을 개설하면서 인테리어 장식용 벽돌을 정상적으로 구매하고 단지 신고만 하지 않았음에도 이를 확인하지 않고 사업이력이 없다고 보아 쟁점2세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

쟁점1, 2세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 보아야 한다. 1) 법인등기부상 청구외법인과의 임대차계약기간(2008.9.1.～2010.8.31.) 동안 청구법인이 쟁점사업장에서 사업한 이력이 없다. 2) 청구법인이 쟁점사업장에서 계속적으로 사업을 영위하고자 하였다면 지점 등록 등의 세무상 절차를 거쳐 청구외법인과 지점사업자가 임대차계약을 체결하고 지점사업자 명의로 세금계산서를 수취하여야 함에도 불구하고 윤○○ 명의로 계약하고 세금계산서를 수취하였음은 물론, 임대차계약서에임차인은 임대차목적물의 전부를 휴게음식점 용도 이외의 다른 용도로 사용하여서는 아니된다.라고 기재되어 있어 의류 도소매업을 영위하는 청구법인이 임차한 것으로 볼 수 없다 할 것이다. 3) 위와 같은 점으로 보아 쟁점1세금계산서와 쟁점2세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점1세금계산서와 쟁점2세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다. (이하 생략) 2) 부가가치세법 시행령 제54조 【세금계산서의 교부특례】 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 법 제16조 제1항 단서의 규정에 의하여 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음달 10일까지 세금계산서를 교부할 수 있다.

1. ～ 2. (생략)

3. 관계증빙서류 등에 의하여 실제거래사실이 확인되는 경우로서 당해 거래일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우(생략) 3) 부가가치세법 시행령 제59조 【수정세금계산서 교부사유 및 교부절차】 법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 교부할 수 있다.

1. 당초 공급한 재화가 환입된 경우: 재화가 환입된 날을 작성일자로 기재하고 비고란에 당초 세금계산서 작성일자를 부기한 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부의 표시를 하여 교부한다.

2. 계약의 해제로 인하여 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우: 계약이 해제된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 기재하고 비고란에 계약해제일을 부기한 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부의 표시를 하여 교부한다.

3. 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우: 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 기재하고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 부의 표시를 하여 교부한다.

4. 재화 또는 용역을 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 내국신용장이 개설되었거나 구매확인서가 발급된 경우: 내국신용장 등이 개설된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 기재하고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 부기하여 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 교부하고, 추가하여 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 부의 표시를 하여 작성하고 교부한다.

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 기재된 경우: 세무서장이 경정하여 통지하기 전까지 세금계산서를 작성하되, 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 작성하여 교부하고, 수정하여 교부하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 교부한다 4) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① (생략)

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (이하 생략) 5) 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

① (생략)

② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

1. ～ 2. (생략)

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받은 경우 (이하 생략)

• 다. 사실관계 1) 청구법인이 2008년 청구외법인과 맺은 부동산임대차계약서(청구법인은 최초 계약서라고 주장)에는 다음과 같이 기재되어 있다.
• 가) 임차인 청구법인, 보증인 윤○○, 보증인 윤○준
• 나) 임대차 목적물: 1층 A102(일부), A103(일부), A109～A114(일부) 임대면적 480.83㎡, 전용면적 213.28㎡
• 다) 용도: 임차인은 임대차 목적물의 전부를 휴게음식점 용도 이외의 용도로 사용하여서는 아니된다. 만약, 다른 용도로 사용함으로 인해 발생하는 모든 책임은 임차인에게 있다.
• 라) 임대차 계약기간: 2008.9.1. ～ 2010.8.31.
• 마) 임대차 보증금: 60백만원(계약금 30백만원, 잔금 30백만원)
• 바) 임차인은 본 계약 체결 당시 사업자등록증에 명시된 상호 및 업종으로 임대차 목적물을 사용하여야 하고, 임대인의 서면에 의한 사전 동의 없이 이를 변경하지 못한다. 만약, 임차인이 이를 이행하지 아니함으로 인하여 발생되는 손해가 있는 경우 임차인은 임대인에게 손해배상 하여야 한다. 2) 윤○○이 2008.8.30. 청구외법인과 맺은 부동산임대차계약서(청구법인은 추가․변경 계약서라고 주장)에는 다음과 같이 기재되어 있다.
• 가) 임차인 윤○○, 보증인 윤○○, 임차인의 연대보증인 윤○준
• 나) 임대차 목적물: A102(일부)～A106, A109～A116, A118, 임대면적 1,116.64㎡, 전용면적 495.30㎡
• 다) 용도: 임차인은 임대차 목적물을 현재 용도(첨부된 호별 임대조건표 참조)에 적합한 업종으로 사용해야 된다. 만약, 다른 용도로 사용함으로 인해 발생하는 모든 책임은 임차인에게 있다.
• 라) 임대차 계약기간: 2008.9.1. ～ 2010.8.31.
• 마) 임대차 보증금: 60백만원(계약금 30백만원, 잔금 30백만원)
• 바) 임차인은 본 계약 체결 당시 사업자등록증에 명시된 상호 및 업종으로 임대차 목적물을 사용하여야 하고, 임대인의 서면에 의한 사전 동의 없이 이를 변경하지 못한다. 만약, 임차인이 이를 이행하지 아니함으로 인하여 발생되는 손해가 있는 경우 임차인은 임대인에게 손해배상 하여야 한다. 3) 청구법인은 위 임대차 보증금을 청구법인의 자금으로 지급하고 청구법인의 자산으로 계상하였으며, 이는 청구법인의 장부 사본과 통장 사본에 의하여 확인된다. 4) 쟁점사업장의 건물은 2006년 6월 준공되어 청구외법인이 임대하는 지하 3층, 지상 5층, 연면적 21,910.18㎡인 육아 및 테마쇼핑몰이다. 5) 윤○○은 쟁점사업장에 개인 명의로 사업자등록을 한 사실이 없음이 국세통합전산망에 의하여 확인된다.
• 라. 판 단 1) 처분청은 쟁점1세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보는 이유로 법인 등기부상 청구법인이 쟁점사업장에서 사업한 이력이 없고, 지점 사업자등록도 하지 않았으며, 임대차계약서에 휴게음식점으로만 사용하도록 기재되어 있는 점을 들고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. 청구외법인과 윤○○이 2008.8.30. 맺은 임대차계약서 및 청구외법인과 청구법인이 2008년 8월에 체결한 임대차계약서에는 임대차 목적물을 현재 용도에 적합한 업종으로 사용하여야 하며, 만약 다른 용도로 사용함으로 인해 발생하는 모든 책임은 임차인에게 있다고 기재되어 있고, 임차인은 계약 체결 당시 사업자등록증에 명시된 상호 및 업종으로 임대차 목적물을 사용하여야 하고, 만약 임차인이 이를 이행하지 아니함으로 인하여 발생되는 손해가 있는 경우 임차인은 임대인에게 손해배상을 하여야 한다고 기재되어 있다. 위 임대차계약서에 의하면 청구법인 또는 윤○○은 쟁점사업장을 휴게음식점으로 사용하여야 하나 윤○○은 사업자등록을 하지 않았고 청구법인은 의류 도소매업을 영위하고 있어 쟁점사업장을 휴게음식점으로 사용하면 사업자등록증에 명시된 업종과 다르고, 사업자등록증에 명시된 업종을 영위하면 휴게음식점을 할 수 없게 되어 결국 어떤 용도로도 사용할 수 없게 되는바, 휴게음식점 용도로 사용하여야 한다는 임대차계약서상의 규정은 건물 등기부등본상의 용도와 일치하도록 규정한 것으로 보아야 할 것이다. 쟁점사업장은 지하3층, 지상 5층, 연면적 21,910.18㎡인 육아 및 테마쇼핑몰의 1층에 위치하고 있어 휴게음식점보다는 청구법인의 업종인 의류소매업을 영위하는 것으로 보는 것이 보다 합리적인 점, 임대료․관리비․전기요금 등을 청구법인의 자금으로 지급하였다는 점, 윤○○ 명의로 사업자등록을 하지 않았다는 점 등을 종합하여 볼 때 쟁점사업장은 청구법인이 의류소매업을 영위하기 위하여 임차하였다고 봄이 타당할 것이다. 법인사업자가 사업장을 임차하여 상품의 판매 및 전시를 위한 사업장을 신설하고 임차한 신설사업장에 대한 임대차계약을 본사에서 체결하고 임대료를 본사에서 지급하는 경우 신설사업장이나 본사 어느 쪽에서도 세금계산서를 교부받을 수 있는 것(조법1265-1158, 1982.9.28. 같은 뜻)이므로 쟁점사업장의 임대료 등에 관한 세금계산서를 본점 명의로 수취한 쟁점1세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다고 판단된다. 2) 쟁점2세금계산서는 쟁점사업장의 인테리어 비용을 누락한 것으로 이에 대하여 처분청은 사실과 다른 세금계산서로 보는 이유를 밝히지 않고, 관련 자료를 제출하지 않았으므로 이 또한 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.