부가가치세 환급 적정 여부

• 가. 청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 686-2번지 ○○빌딩 3층에 본점을 두고 0000항공(주)라는 상호로 2006.2.15. 개업하여 서비스업(항공기임대 컨설팅)을 영위하고 있는 계속사업자로서, 2008.12.31. 청구외법인 000항공(주)(이하 “000항공(주) 또는 쟁점거래처”라 한다) 및 (주)00솔루션(이하 “(주)00솔루션 또는 쟁점거래처”라 한다)에게 항공기위탁관리비를 지급하고 관련 매입세금계산서 2,220백만원(세액: 222백만원, 이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)을 교부받아 2008년 제2기분 부가가치세 신고시 매출과표가 없으므로 이를 전액 환급세액으로 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 000항공(주) 및 (주)00솔루션으로부터 수취한 쟁점매입세금계산서중 공제대상에 해당되는 관련 부가가치세 53,142,991원을 환급한다는 세무조사결과통지서는 2009.4.15.자로, 국세환급금 공탁사실 통보서는 2009.5.15.자에 각각 청구인에게 통보하였다.
• 다. 이에 대하여 청구법인은 환급세액을 전부 환급하지 아니하고 일부만을 환급하는 것은 부당하다며 2009.7.23. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 처분청은 환급받을 세액 222,342,991원중 53,142,991원(가산금 △522,920원 별도)만을 환급통지하였고, 환급통지시 환급통지서는 지급사유가 아닌 공탁사유로 통지하였다.
• 나. 청구인은 정당한 거래에 대한 매입세금계산서를 수취한 후 신고하였음에도 불구하고 처분청에서 미환급세액에 대하여 매입세액이 불공제된다고 일방적인 재량에 의하여 결정하여 조사결과통지를 하였는 바, 조사에 관한 내역 및 증빙 등 구체적인 통지도 없이 조사결정한 것으로써 청구인은 이에 불복하여 심사청구를 제기하오니 재심사하여 미환급한 부가가치세를 조속히 환급하여 주기 바란다.
• 다. 부가가치세 매입세액의 불공제 근거는 실물거래가 없었다는 등의 사유가 아닌 과세기간을 도과하여 세금계산서를 발행하였다는 사유로 불공제한 것으로 보이지만, 쟁점거래처와의 거래에서 그 기간을 특정하지 않았으며, 항공기 구매 및 용역비의 발생과정 등이 약정서상 명시되지 아니한 것으로 이는 거래처에서 거래시기를 정할 수 밖에 없는 것이다. 따라서 구체적인 불공제 사유를 명시하여 사본을 제시하여야 거래상대방인 쟁점거래처로부터 그 원인을 파악하여 환급세액 통지의 부당성 여부를 판단할 수 있을 것으로 사료된다.

• 가. 000항공(주)이 발행한 쟁점매입세금계산서상 공급가액 1,020백만원은 2008.7.1.～12.31.기간의 항공기․헬기 1,2호기에 대한 비용으로서 510백만원만 당해 과세기간에 해당하나, 나머지 공급가액 510백만원은 소유권 이전이 되지 않은 항공기 및 헬기 2호기 비용으로서 매입세액 불공제 대상이며,
• 나. 또한, (주)00솔루션이 발행한 쟁점매입세금계산서상 공급가액 1,200백만원은 2008.1.1.～12.31. 기간의 항공기․헬기 1,2호기에 대한 유류비로 확인되며, 소유권이 이전된 300백만원만 정비비로써 소유권이 이전되지 않은 항공기 및 헬기 2호기 비용 공급가액 900백만원은 매입세액 불공제 대상에 해당된다.
• 다. 이와 같이 청구인이 항공기 및 헬기 임대컨설팅 영위 목적으로 2006년 6월 29일과 2007년 3월 7일에 각각 000항공(주) 및 (주)00솔루션과 L410 항공기 및 SW4 헬기 부대 서비스 및 옵션장비 및 부품매매와 관련하여 물품공급계약을 체결하고 항공기 2대, 헬기 2대를 도입하기로 하고 계약을 체결하였으나, 항공기 1호기, 헬기 1호기만 소유권이 이전되었으며, 2호기에 대하여는 물품대금 및 옵션비용 등이 현재까지 지급되지 않아 소유권이 이전되지 않은 상태이므로 공급시기가 상이한 세금계산서 수취분으로서 관련 쟁점매입세액 141백만원은 불공제하고 나머지 금액인 공급가액 53,142,991원에 대하여 환급결정하여 통지한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 부가가치세 매입세액을 환급하는 것이 적정한지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다) 으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재 되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

3. (이하생략) 2) 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때 3) 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다. 4) 부가가치세법 제9조 【거래시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

② ～③ (중략)

④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 5) 부가가치세 법시행령 제21조 【재화의 공급시기】

① 법 제9조 제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업 전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 현금판매·외상판매 또는 할부판매의 경우에는 재화가 인도되거나 이용 가능하게 되는 때

2. (이하생략) 6) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다.(단서 생략)

• 다. 사실관계 1) 2008년 제2기분 부가가치세 환급세액 53,142,991원에 대한 부가가치세 경정결의서에 의하면, 1,410백만원은 위탁관리비 및 정비비용을 과다하게 수취한 금액으로서 당해 매입세액을 불공제하고 아래 <표1>과 같이 부가가치세를 경정․고지하였음이 확인된다. <표1> 부가가치세 경정내역 구 분 신고 경정 증감액 매출세액 0 0 0 매입세액 222,342,991 81,342,991 △141,000,000 고지(환급)세액 △222,342,991 △81,342,991 141,000,000 기납부세액 △222,342,991 0 222,342,991 가산세액 0 28,200,000 28,200,000 차감고지(환급)세액 0 △53,142,991 △53,142,991 (단위:원) 2) 처분청의 청구법인에 대한 “부가가치세 조사종결 복명서”상의 주요 조사내용은 다음과 같다.
• 가) 조사상황 법인세과에서 2008년 제2기분에 대한 부가가치세 환급세액을 검토하는 중 매출과표 없이 고액의 환급만 발생하고 실제 사업여부 등이 불투명하므로 조사과에 조사를 의뢰한 건으로서 2일간의 현장조사를 거쳐 실시한 부가가치세 경정조사이다.
• 나) 매출조사 청구법인은 2006.6.29.자에 000항공(주)와 항공기 및 헬기부대 서비스 및 옵션장비, 부품매매와 관련하여 계약을 체결하고 항공기2대 및 헬기2대를 도입 하기로 하였으나 제작기간이 장기간 소요되고 항공기 등록증명서를 발급받기 위하여 장시간 시험비행 등 부대비용이 소요되므로 조사일 현재까지 매출은 발생하지 아니하였음.
• 다) 매입조사

○ (주)00솔루션으로부터 수취한 정비비용 내역을 살펴보면, 2008.1.1.～12.31. 기간의 항공기 1,2호기 및 헬기1,2호기에 대한 정비비용으로서 2008.1.1.～6.30.까지의 정비비는 1호기에 대한 정비비용이며, 2008.7.1.～12.31.까지는 2호기에 대한 정비비용으로 확인됨

○ 000항공(주)로부터 수취한 위탁관리비 내역 검토한 바, 2008.7.1.～12.31.까지의 항공기 및 헬기 2호기의 대한 정비비용을 함께 수취한 것으로 확인되어 2008년 제1기 확정시 매출한 공급대가 1,475백만원에 대하여 불부합자료 발생하여 검토한바,

• 2008.6.30. 발행한 세금계산서 492백만원은 2007.10.1.～12.31. 항공기 및 헬기 1,2호기에 대한 항공기 위탁관리비용인 것으로 확인됨.

• 2008.6.30. 발행한 세금계산서 983백만원은 2008.1.1.～6.30. 항공기 및 헬기 1,2호기에 대한 위탁관리비용인 것으로 확인됨 3) 처분청은 000항공(주) 및 (주)00솔루션으로부터 확인서를 징취하였는 바, 확인사실 및 위탁관리비 내역은 다음과 같다.

• 가) 확인사실

○ 000항공(주)가 2008.12.31. 발행한 세금계산서 1,020,000,000원은 2008.7.1.～12.31. 기간 동안의 항공기 위탁관리비용임을 확인함. → 불공제대상

○ 000항공(주)가 2008.6.30. 발행한 세금계산서 447,000,000원은 2007.10.1.～12.31. 기간 동안의 항공기 위탁관리비용임을 확인함.

○ 000항공(주)가 2008.6.30. 발행한 세금계산서 894,000,000원은 2008.1.1.～6.30. 기간 동안의 항공기 위탁관리비용임을 확인함.

○ (주)00솔루션이 2008.12.31. 발행한 세금계산서 1,200,000,000원은 2008.1.1.～12.31. 기간 동안의 항공기 정비비임을 확인함.→ 불공제 대상

• 나) 위탁관리비 내역

○ 000항공(주)의 위탁운영비 내역(단위:백만원): 2,361백만원 L410/1호기(825), L410/2호기(550), SW-4/1호기(450), SW-4/2호기(180) 기타비용(356)

○ (주)00솔루션의 정비비 내역(단위:백만원): 1,200백만원 <기간분류> 2008년 제1기분(제1호기:300, 제2호기:300) 2008년 제2기분(제1호기:300, 제2호기:300) <용도분류> 유류대(132), 조종사인건비(37), 내국인기술자 인건비(291), 외국인기술자인건비(127), 시설(141), 장비(341), 기타 사무실 임대료 등(131) 4) 항공기 도입 및 각사 역할 및 소유권이전 단계는 다음과 같다.

• 가) 각사 역할

○ (주)00솔루션: 항공기 국내 수입자(항공기 수입 대리점)

○ 000항공(주): 항공기 위탁운영사(국내판매 운영 대리점)

○ 청구법인: 납세의무자(항공기 최종 실수요자)

• 나) 소유권 이전 단계

○ 소유권이전완료: L410(항공기) 제1호기 및 SW4(헬기) 제1호기

○ 소유권이전 지연: L410 제2호기 및 SW4 제2호기 5) 처분청이 청구법인을 조사시 항공기 등록원부상 소유권이 000항공(주)로부터 청구법인에게 이전된 항공기는 L410 제1호기 및 SW4 제1호기로서 2008.1.3.과 2008.5.17. 각각 이전되었음이 확인된다. 6) 처분청은 청구법인에게 국세환급금 공탁 사실을 아래와 같은 내용으로 통보(00세무서 운영지원과-2414, 2009.5.15.)하였음이 확인된다. <통보내용> 청구법인의 2008년 제2기분 부가가치세 일반환급금 53,665,910원(환급가산금 522,920원 포함)중 00구청, 000000공단 강서지사, 00000000강서지사의 선순위채권(10,074,550원) 선 지급후 환급금 43,591,360원에 대하여 채권양도통지서와 채권가압류 법원결정문이 송달되어 서울0000법원 공탁번호 09년금 제2165호(2009.5.14.)로 공탁하였음을 알려드림 7) 청구법인 2009.1.25. 신고한 2008년 제2기 부가가치세 신고내용을 살펴보면 다음과 같다. <표2> 부가가치세 신고내역 (단위:원) 구 분 과세표준 세 액 비고 과세표준 및 세액 0 0 매입세액 2,219,880,000 221,988,000 납부(환급)세액 △221,988,000 예정신고미환급세액 354,991 차가감 납부할 세액 △222,342.991 8) 청구법인이 매입처로부터 수취한 2008년 제2기분 매입세금계산서의 내역을 보면 다음과 같다. <표3> 공급가액 및 품목 내역 (단위:원) 일 자 공급가액 세액 품 목 매입처 비고 2008.12.31 1,020,000,000 102,000,000 항공기위탁관리비 000항공(주) 2008.12.31 1,200,000,000 120,000,000 항공기위탁관리비 (주)00솔루션 2008.12.31. △120,000 △12,000 세무대리용역 다온세무회계컨설팅 합 계 2,219,880,000 221,988,000 9) 청구법인(乙)이 2006년 6월 29일 000항공(주)(甲)와 작성하여 제출한 “물품공급계약서”의 주요내용(제5조: 대금의 결제와 소유권이전)은 다음과 같으며, 2007.3.7. 작성된 계약서도 당해 관련 조항은 계약조건이 유사함을 알 수 있다.

• 가) 을은 계약시점에서 10%의 선수 계약금을 지불키로하고, 35%중도금은 엔진 제작사 도착후에 지불하며, 35% 2차중도금은 체코 제작사내 생산완료후 을이 대금을 지불하기로 한다. 잔금20%는 선적서류 제시로 을이 갑에게 지급한다. 갑의 요청시 을은 2차 중도금, 잔금 등 55% 해당금액을 L/C오픈하여 체코제작사로 직접 Pay한다. 단, 갑의 요청에 의거 유리한 구매성사를 위해 전액 일시불로 갑에게 지불할 수 있다.
• 나) 전 항의 지급기일에 지급되지 않아 제품대금의 지불이 연체되는 경우 지급기일로부터 7일이 도과한 날로부터 연 18%의 연체이자를 적용하기로 한다.
• 다) 소유권이전은 대금지불 Payment가 완료되는 동시에 이전하기로 한다. 10) 청구법인(甲)과 000항공(주)(乙)이 2007년 11월 24일 L410 E20항공기 등의 위탁운영에 대하여 체결한 “항공기 위탁운영 계약서”상 위탁관리비용관련 주요내용은 다음과 같다.
• 가) 제4조(인도): 항공기 인도는 상호 협의하여 세부 날짜가 확정되고 항공기가 정상 가동되는 시기에 항공기와 관련된 일체의 장비 및 예비부품을 함께 갑과 을의 입회하에 00비행장에서 인도를 행한다. 단 세금계산서가 발행되어 납품된 경우는 옵션 계산서 날짜를 기준으로 한다.
• 나) 제6조(위탁관리비용): 항공기 정비비용, 항공기 운항비용, 부품교환비용 등은 전액 갑이 부담한다. 을은 갑의 비용지출에 대하여 항공기 사용수익금을 항공기 사용자로부터 받아 선 대체후 사후 정산한다.
• 라. 판단

1. 청구법인이 000항공(주)으로부터 수취한 쟁점매입세금계산서상 위탁관리비용중 일부 금액(510백만원)은 항공기 등을 매입한 후 항공기 등록원부상 청구법인 명의로 등록이 되지 아니한 즉, 소유권이 이전되지 아니한 항공기 등에 대한 위탁관리비용으로서 기간미도래분이므로 매입세액을 불공제한 것이며,

2. 마찬가지로 (주)00솔루션으로부터 수취한 쟁점매입세금계산서상 항공기 정비비용중 일부 금액(900백만원)은 항공기 등을 매입한 후 항공기 등록원부상 청구법인에게 소유권이 이전되지 아니한 항공기 등에 대한 위탁관리비로서 이에 대한 매입세액을 불공제한 것이다.

3. 따라서 이건의 경우 항공기 등의 소유권이 쟁점거래처로부터 청구법인에게 이전되기 전에 수취한 매입세금계산서로서 청구법인이 환급청구한 매입세액중 일부 금액 169,200,000원은 부가가치세법 제17조 제2항 의 규정에 의하여 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 환급하지 아니하고 과세기간내에 공급시기가 도래한 금액 53,142,991원중 선순위채권을 제외한 나머지 금액에 대하여만 환급이 가능하다는 내용으로 청구법인에게 통보한 국세환급금 통보는 정당한 처분으로 판단된다.

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 기각결정한다.