사실과 다른 세금계산서를 수취한 경우 실제 비용의 지출이 인정된다 하더라도 국세부과제척기간은 10년에 해당함

청구법인은 서울 서초구 ○○동 400-13에서 화물운송주선업을 영위하는 사업자로서 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 1404-22 소재 합자회사 ◎◎화물(이하 “쟁점거래처”이라 한다)로부터 2000년 1기 ～ 2001년 1기 부가가치세 과세기간 중 공급가액 합계 131,781,000원(2000년 1기 35,280,000원, 2000년 2기 41,675,000원, 2001년 1기 54,825,000원)의 매입세금계산서 26매(이하 “쟁점세금계산서”라고 한다)를 교부받아 부가가치세 매입세액 공제를 하였다. △△세무서장은 2006.12.5.～2007.3.22. 기간 중 쟁점거래처에 대하여 자료상조사를 실시하여 2007.3.22. 쟁점거래처를 부분자료상으로 확정하고, 쟁점세금계산서를 위장가공확정자료로 처분청에 통보하였다. 처분청은 쟁점세금계산서에 대한 매입세액을 불공제하여 2009.3.17. 청구법인에게 2000년 제1기분 부가가치세 10,143,000원, 2000년 제2기분 부가가치세 11,598,152원, 2001년 제1기분 부가가치세 14,761,631원, 합계 36,502,783원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2009.6.12. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인이 쟁점거래처 소속 차량을 이용하여 화물을 운송하고 쟁점거래처의 팀장인 김☆☆(이하 “김☆☆”라 한다)를 통하여 차주 6인에게 운송료를 정산하여 차주별 계좌로 송금해 주고 쟁점세금계산서를 수취하였음이 원시서류인 차주별 운송비 지급내역, 일일배차 현황, 차주별 운송비정산서, 차주의 확인서 등에 의하여 확인됨에도 처분청이 운송료를 지급받은 김☆☆ 외 5인이 쟁점거래처의 차주인지 여부가 불분명하다는 이유로 쟁점세금계산서에 대한 매입세액을 불공제한 것은 부당하다. 나. 쟁점세금계산서 수취는 정상적인 실물거래에 의하여 이루어진 것이고, 설령 정상거래가 아니다 하더라도 거래과정에서 청구법인이 부가가치세를 거래징수당한 사실이 확인될 뿐만 아니라 처분청의 과세전적부심사결정에서도 실물거래가 있었음을 인정하였음에도 부과제척기간을 10년으로 적용한 것은 부당하다.

• 가. 처분청이 2008.1.9. 과세전적부심사결정에서 청구법인이 쟁점거래처로부터 수취한 쟁점세금계산서에 대하여 운송료 지급사실이 각종 증빙자료에 의하여 확인된다고 보아 관련 매입금액을 법인세법상 손금으로 인정하였으나, 청구법인으로부터 운송료를 수취하였다는 김☆☆ 외 5인이 쟁점거래처의 차주임이 확인되지 아니하므로 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액 공제를 부인한 것은 정당하다.
• 나. 청구법인이 사실과 다른 거래를 통하여 쟁점세금계산서를 수취하였으므로 이에 대한 부가가치세 매입세액을 공제받은 것은 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈한 경우에 해당하므로 부가가치세 부과제척기간을 10년으로 적용한 것은 정당하다.

• 가. 쟁 점

1. 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

2. 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는 경우 부가가치세 부과제척 기간을 10년으로 볼 수 있는지 여부

• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 " 필요적 기재사항" 이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 2) 부가가치세법 제21조 【경정】

① 사업장 관할세무서장사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때 3) 국세기본법 제26조 의 2【국세부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 " 조세조약" 이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

• 다. 사실관계

1. 국세통합시스템에 의하면, 쟁점거래처는 2004.3.30～2004.5.31. 기간 중 □□ 세무서장의 범칙조사에 의하여 자료상으로 판명되어 관계기관에 고발되었음이 확인되고, 2006.12.5～2007.3.22. 기간 중 △△세무서장으로부터 자료상혐의조사를 받아 2007.3.22. 세금계산서 교부위반 등 부분자료상으로 확정되었으나 관계기 관에 고발된 사실은 없는 것으로 나타난다.

2. 처분청은 △△세무서장이 2007.3.22. 쟁점세금계산서를 위장가공확정자료로 통보함에 따라 청구법인이 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취한 것으로 보아 2007.10.26. 청구법인에게 2000년 제1기분～2001년 제1기분 부가가치세 3건, 36,502,783원 및 2000년～2001년 사업연도 법인세 2건, 34,082960원을 과세예고통지하였으며, 2008.1.9자 과세전적부심사결정에서 쟁점세금계산서와 관련하여 청구법인이 운송료를 지급한 사실이 일일배차현황표, 운송료지급명세서, 청구법인의 통장사본 등에 의하여 확인되나, 이를 수취한 김☆☆ 외 5인이 쟁점거래처의 차주인 것은 확인되지 아니한다는 이유로 쟁점세금계산서 관련 매입금액은 법인세 손금산입하고 부가가치세 매입세액은 공제하지 아니한 것으로 결정하였음이 심리자료에 의하여 확인된다.

3. 청구법인은 쟁점거래처의 소속차량을 이용할 경우에 차주를 수배하는 것부터 차주와의 운송비 정산, 세금계산서 수취까지 전 과정이 김☆☆를 통하여 정상적인 거래가 이루어졌다고 주장하면서 쟁점세금계산서와 관련한 일일배차현황, 운송비 지금내역, 거래사실 소명서 및 김정수의 확인서를 제출하였다. < 화물운송 차량 및 대금지급 내용 > 차량번호 기사성명 운송비수령자 비 고 경기 86바 1340 김☆☆(팀장) 이영란(배우자) 농협-- 김☆☆ 직접송금 및 어음 미상 1716 김정수 김정수 온라인 송금 미상 1627 안미옥 온라인 송금 미상 5119 황금도 황금도 농협-- 미상 9487 김태우 김태우 온라인 송금 미상 7339 조용만 조용만 온라인 송금

4. 김정수의 2008.1.25.자 확인서에 의하면, “본인이 2000년 1월부터 2001년 3월 말까지 ○○시 소재 ◎◎화물 ◆◆◆, ★★★ 사장이 운영하던 회사에서 화물차 경기 ▲▲바 13○○호 운전기사 김☆☆와 본인차량 서울 ▼▼아 17○○호 차량으로 같이 화물을 운송한 사실이 있으며 그 과정에서 2000.4～2001.3월까지 기간동안 ○○○물류(주) ◇◇◇ 사장님의 화물을 운송한 사실이 있음을 확인합니다”라고 기재되어 있다.

5. 국세통합시스템에 의하면, 청구법인이 쟁점거래처의 팀장이었다고 주장하는 김☆☆는 1998.2.10.～1998.12.31. 기간 중 경기도 ○○시 ○○면 ○○리 산 33번지에서 ‘□□특수’를, 2001.4.10.～2006.2.2. 기간 중에는 경기도 ○○시 ○○ 1364번지에서 ‘▽▽물류’라는 화물운수업을 영위하였으며, 김◉◉는 2000.8.1～2002.12.31. 기간 중 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 994-5에서 ‘◐◐운수’라는 상호의 화물운수업을 영위하였음이 국세통합시스템에 의하여 각각 확인된다.

6. 청구법인이 제출한 증빙서류에는 김☆☆ 외 5인의 인적사항과 차량등록번호 등이 명확하게 나타나 있지 않아서 이들이 실제로 차량을 소유하고 있었는지, 그리고 쟁점거래처의 차주였는지 여부가 확인되지 아니한다.

7. 이에 대하여 청구법인은 일일배차현황 등 제출증빙에 의하여 김☆☆ 등 5인이 쟁점거래처의 차주인 사실은 확인이 되지 아니하나, 이는 쟁점거래 관련 장부의 보존기간이 이미 경과된 데다 화물차량의 내용연수도 4년 정도로 이들이 소유하고 있었던 차량이 대부분 노후화되어 폐차된 사유로 이를 입증할 수 없으며, 김☆☆외 5인 중에서 5명의 차주는 연락부재로 확인서를 징취하지 못하였다고 주장하고 있다.

• 라. 판단

1. 먼저 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부에 대하여 본다. 첫째, 청구법인은 쟁점세금계산서와 관련하여 김☆☆ 외 5인에게 운송료지급하였다고 주장하면서 그 중 김◉◉의 확인서만을 제출하였으나, 쟁점거래처의 팀장이었다는 김☆☆와 위 김◉◉가 쟁점세금계산서의 거래가 이루어질 당시 독자적으로 사업자등록증을 발급받아 운수업을 영위하고 있었음이 국세통합시스템에 의하여 확인되고 있어 김☆☆와 김◉◉가 쟁점거래처에 소속되어 운송을 하였다는 청구인의 주장은 신빙성이 없어 보인다. 둘째, 청구법인이 제출한 증빙자료에 의하여도 김☆☆ 외 5인이 쟁점거래처의 차주였는지 여부를 확인할 수 없는 점 등을 감안할 때, 청구법인이 쟁점거래처로부터 운송용역을 공급받은 것으로 보기는 어렵다 할 것이다. 그렇다면, 청구법인은 김☆☆ 외 5인에게 화물운송을 의뢰하여 운송료를 지급하고, 실지 거래관계가 없는 쟁점거래처를 통하여 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 보이므로 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 판단된다.

2. 다음으로 사실과 다른 세금계산서로 보아 부과제척기간 10년을 적용한 것이 타당한지에 대하여 본다. 청구법인이 김☆☆ 외 5인에게 화물운송에 따른 운송료를 지급하고, 실지 거래관계가 없는 쟁점거래처를 통하여 사실과 다른 쟁점세금계산서를 수취하여 부가가치세 매입세액을 공제한 것은 국세기본법 제26조 의 2 제1항 제1호의 사기 기타 부정한 행위에 해당한다 할 것이다.(조심2008서0318, 2008.5.7. 같은 뜻) 따라서 처분청이 쟁점세금계산서를 위장세금계산서로 보아 부과제척기간 10년을 적용하여 부가가치세를 과세한 것은 정당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.