쟁점용역 관련 매입세액이 토지관련매입세액에 해당하는지 여부

• 가. 청구인은 2008.9.4. 경기도 화성군 팔탄면 **리 산 ## 29,157㎡ 및 동소 산 ## 42,050㎡(이하 “쟁점임야”라 한다)을 사업장소재지로 하여 부동산임대업을 영위할 목적으로 처분청에 사업자등록을 마치고, 2008.9.10. 경기도 군포시 *동 # 있는 주식회사 ○○○○기획(이하 “○○○○기획”이라 한다)으로부터 수취한 192,000,000원(공급가액)의 세금계산서(1매이며 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)에 대하여 2008.10.27. 2008년 제2기 부가가치세신고를 통하여 쟁점세금계산서의 매입세액 19,200,000원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 전액 환급받았다.
• 나. 처분청은 환급현지확인을 통하여 쟁점매입세액은 토지관련매입세액에 해당되는 것으로 보고 2009.3.2. 쟁점매입세액을 불공제하여 가산세를 포함한 2008년 제2기 부가가치세 21,770,880원을 청구인에게 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.5.29. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구인은 쟁점임야를 준산업단지로 지정받으면 쟁점임야의 2분의 1(이하 “쟁점일부1임야”라 한다) 지상에 아파트형공장을 신축하여 임대할 목적으로 2008.9.4. 처분청에 사업자등록하였다.
• 나. 청구인은 ○○○○기획과 2008.9.9. 쟁점일부1임야를 준산업단지로 지정받기 위한 업무를 ○○○○기획이 대행하도록 하는 용역(이하 “쟁점용역”이라 함)계약을 체결하고 2008.9.10. 계약금을 지급함에 따라 ○○○○기획으로부터 쟁점세금계산서를 수취하였으며 2008.10.27. 2008년 제2기예정 부가가치세 신고를 통하여 매입세액 19,200,000원 전액을 환급받았다.
• 다. 쟁점용역대금은 쟁점일부1임야를 준산업단지로 지정받기 위한 업무를 대행시키는 대가로 지출된 비용으로서 장차 부동산의 임대를 통한 수익창출에 기여하는 일반관리비에 해당된다.
• 라. 쟁점용역대금은 쟁점일부1임야의 형질을 변경하거나, 공장부지 및 택지의 조성 등을 위한 비용도 아니고 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 비용도 아니어서 토지관련매입세액과는 구별된다.

처분청에서 환급현지확인을 통하여 확인한 결과 청구인이 쟁점일부1임야를 준산업단지로 지정받기 위하여 제공받은 쟁점용역과 관련된 쟁점매입세액은 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 자본적지출로 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 에서 규정하는 토지관련매입세액에 해당하므로 쟁점용역과 관련된 매입세액을 불공제하여 2008년 제2기 부가가치세를 경정고지한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점매입세액이 토지관련매입세액에 해당하는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

1. 부가가치세 제17조【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 2) 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】

⑥ 법 제17조제2항제4호에서 "대통령령이 정하는 토지관련 매입세액"이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 3) 부가가치세법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 X 면세공급가액 총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각 호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신출 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 에정사용면적의 비율 4) 산업입지 및 개발에 관한 법률 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

7. “준산업단지”라 함은 도시 또는 도시주변의 특정지역에 입지하는 개별공장들의 밀집도가 다른 지역에 비하여 높아 포괄적 계획에 따라 계획적 관리가 필요하여 제8조의 3에 따라 지정된 일단의 토지 및 시설물들을 말한다. 5) 산업입지 및 개발에 관한 법률 제8조 의 3【준산업단지의 지정】

① 준산업단지는 시장(특별시장ㆍ광역시장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)ㆍ군수 또는 구청장이 지정한다. <개정 2008.12.26 부칙>

② 시장ㆍ군수 또는 구청장은 제1항에 따른 준산업단지를 지정하려는 때에는 미리 공장의 소유자들의 의견을 듣고 준산업단지 정비계획을 수립하여 관계 행정기관의 장과 협의한 후 지정하여야 한다.

③ 준산업단지의 지정기준 및 방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

④ 제5조, 제7조 내지 제7조의4, 제10조 내지 제13조, 제16조, 제18조, 제18조의2, 제19조의2 내지 제27조, 제30조 내지 제33조, 제36조 내지 제38조, 제46조, 제47조, 제48조, 제48조의2, 제50조는 준산업단지에 관하여 준용한다. 다만, 제12조는 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 개발행위에 대하여 제한이 필요하다고 인정하여 지정ㆍ고시한 지역에 한하여 준용한다.

⑤ 면적ㆍ위치 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 준산업단지에 대하여는 제28조 및 제29조에 따라 비용을 보조하거나 시설을 지원할 수 있다. 6) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가
• 나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것 7) 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

③ 법 제97조제1항제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

1. 청구인은 1974.3.26. 경기도 화성시 팔탄면 **리 산 ## 29,157㎡ 및 산 ### 42,050㎡를 취득하여 심사청구일 현재 보유하고 있다.

2. 국세통합전산망자료에 의하여 쟁점임야와 관련된 청구인 및 주변지역에서 공장을 운영하는 △△산업 등 7개 사업자(이하 “△△산업 등”이라 한다)의 사업자등록현황을 확인한바 아래와 같다. 사 업 자 등록번호 상 호 (법인명) 사업장(법인) 소 재 지 개업일 업태 종목 비 고 215-07 -##### 리 산 ### 2008.9.4. 부동산 임대 청구인 134-18 -##### △△산업 리 ###-## 1981.7.1. 제조 외 문틀 외 139-81 -##### (주)하이테크 남동공단 1999.8.1. 제조 미장합판 외 133-81 -##### (주)전자 리 ###-## 1993.1.27. 제조 외 가스기기 외 136-81 -##### *코리아 (주) 리 ###-## 1990.4.1. 제조 외 자동차부품 외 138-81 -##### (주)엘텍 리 ###-## 1992.3.10. 제조 외 배전반 외 139-81 -##### (주)엔시스 리 ###-## 1986.4.1. 제조 외 방진패드 외 123-81 -##### (주)공조 **리 ###-## 1995.2.1. 제조 외 공조기부품 외

3. 청구인은 쟁점임야를 준산업단지로 지정받는 조건으로 쟁점임야의 2분의 1(이하 “쟁점일부2임야”라 한다)을 △△산업 등에게 양도하기로 하였다고 주장하면서 쟁점일부2임야의 매매계약서를 제시하였는바 주요내용은 다음과 같다.

1. 매매 부동산(지분)의 표시

• 가. 경기도 화성시 팔탄면 **리 산 ### 임야 29,157㎡의 1/2지분
• 나. 경기도 화성시 팔탄면 **리 산 ### 임야 42,050㎡의 1/2지분

• 가. 매도인 갑: 청구인
• 나. 매수인 을: △△산업 등

제1조(매매대금의 지급방법)

① 위 표시 부동산(지분)의 매매대금 및 지급 시기는 아래와 같다. ․매매대금: 금 9,477,600,000원정 ․계약금: 금 947,760,000원정은 2008.9.1.(계약시) 지급 ․잔대금: 금 8,529,840,000원정은 준산업단지 실시계획 승인 후 즉시

② 잔대금은 준산업단지 실시계획 승인 후 즉시 지급하여야 한다. 단, 실시계획승인 여부와 관련 없이 2009.1.31.을 넘지 못한다.(2008.12.31. 준산업단지 지정의 지연으로 기한이 2009.5.31.로 수정됨) 제11조(매매계약의 효력)

① 본 건 매매계약은, 본 건 매매목적물이 산업입지 및 개발에 관한 법률상 준산업단지로 지정될 것을 전제로 한 계약임을 확인한다.

② 2008.12.31.까지 본 건 목적물에 관하여 준산업단지 지정이 이루어지지 않거나 토지거래 허가를 득하지 못할 경우, 그 다음날 0시부터 당사자 쌍방은 특별한 의사표시 없이 본 건 매매계약을 해제하고 토지거래허가신청절차를 포기한다. 제12조(본 건 매매목적물 외 나머지 2분의1 지분에 관하여)

① 매수인은 본 건 매매목적물 외 나머지 2분의1 지분에 관하여 매도인이 산업입지법상 공동시행자가 될 수 있도록 적극 협조하여야 한다.

② 여하한 사정으로 매도인이 제1항에 정한 공동시행자가 되지 못한 경우, 매수인은 추후 시행자로서 본 건 매매목적물 외 나머지 2분의1 지분에 대해서는 수용권을 행사할 수 없다. 수용권을 행사할 경우 매수인은 연대하여 수용 보상금 외에 제③항에 정한 매매대금을 약정손해금으로서 배상하여야 한다.

③ 제②항 전단의 경우 매도인은 선택적으로 본 건 매매목적물 외 나머지 2분의1 토지에 관하여 산업입지법상 환지를 청구하거나 또는 이를 평당 금 160만원(총매매대금 17,232,090,000원)에 매수를 청구할 수 있다.

④ 매도인이 제③항에 정한 환지를 청구할 경우, 매수인은 추후 시행자로서 기 매수한 본 건 매매목적물과 동일한 조건으로 환지처분하여야 한다.

⑤ 매도인이 제③항에 정한 매수를 청구할 경우, 매수인은 연대하여 2009.3.31.까지 매매대금을 지급하여야 한다. 만일 위 지급을 지연하여 매도인이 현행 세법상 중과세를 부담할 경우, 연 20%의 지연배상 외에 2009.12.31. 경과로 발생한 세금 중 중과부분을 배상하여야 한다.

4. 청구인은 2008.9.9. ○○○○기획과 쟁점일부1임야를 준산업단지로 지정받기 위한 업무를 대행하는 쟁점용역계약을 체결한 사실이 확인된다. 한편 청구인은 △△산업 등이 ○○○○기획과 쟁점일부2임야를 준산업단지로 지정받기 위한 업무를 대행하는 별도의 용역계약을 체결하였다고 주장하나 계약체결 여부는 확인되지 아니하며 청구인과 ○○○○기획간 체결된 용역계약서에 기재된 주요내용은 다음과 같다. ◉ 계약명칭: 구장준산업단지 공동시행관련 용역계약서 ◉ 계약일자: 2008.9.9. ◉ 계약서내용: 제1조(계약의 목적) 본 계약은 청구인이 본 사업의 공동시행자로 참여함에 있어 필요한 준산업단지 인․허가 용역업무를 ○○○○기획에게 위임하고, 이에 따른 청구인과 ○○○○기획의 권리와 의무를 정함을 목적으로 한다. 제4조(○○○○기획의 지위)

○○○○기획은 구장준산업단지 협의회에 대하여 본 사업의 진행을 위한 용역 업무를 수행하면서 신규개발토지인 화성시 팔탄면 **리 산 ## 외 1필지(총 71,207㎡의 2분의 1)의 토지소유자인 “청구인”에 대한 용역 업무를 수행하는 지위를 가진다. 제5조(용역 대상지역)

○○○○기획이 청구인에게 제공할 용역 대상지역은 경기도 화성시 팔탄면 **리 산 ## 산##(총 71,207㎡의 2분의 1)의 지역을 대상으로 한다. 제6조(용역의 범위)

① ○○○○기획이 수행하는 용역은 준산업단지 지정 및 개발에 관한 용역을 내용으로 한다.

② ○○○○기획이 수행하는 용역의 구체적인 내용은 다음 각 호와 같다.

1. 준산업단지 지정요청에 필요한 상담, 서류작성 등 일체의 업무

2. 준산업단지 실시계획 승인에 필요한 업무

3. 기타 설계 및 감리, 제영향평가 등 위 사업을 진행하기 위한 일체의 인․허가 용역업무 제8조(인․허가 용역비의 산정)

① 용역비는 금 6억4천만원(부가가치세 별도)으로 한다.

② 용역대금에는 설계 및 감리대금, 환경영향평가 등 제 영향평가 비용을 포함한다.

5. 청구인은 ○○○○기획으로부터 수취한 쟁점세금계산서 사본 1매와 2008.9.10. ○○○○기획에 211,200,000원을 송금한 이체확인증을 제시하고 있는바 쟁점세금계산서를 보면 작성일자가 2008.9.10.이고 공급가액은 192,000,000원이며 품목은 ‘구장준산업단지용역 계약금’으로 기재되어 있다.

• 라. 판단 사업자가 부가가치세가 과세되는 사업에 사용할 목적으로 지출하는 비용과 관련된 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항 의 규정에 의하여 매출세액에서 공제되는 것이나, 토지의 취득 및 토지조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 및 동법 시행령 제60조 제6항의 규정에 의하여 매출세액에서 공제되지 아니하는 것인바 청구인이 ○○○○기획으로부터 제공받은 쟁점용역은 쟁점일부1임야를 준산업단지로 지정받기 위한 상담, 서류작성 및 기타설계와 감리 등의 업무에 관한 것으로서 쟁점일부1임야위에 공장을 신설하거나 새로운 산업시설물을 설치하는 것도 아니고 공장진입을 위한 도로를 신설하는 것도 아니면서, 장차 쟁점일부1임야가 준산업단지로 지정되면 그 가치를 현실적으로 증가시키는 효과를 가져올 것이므로 청구인이 지출한 쟁점용역대금은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당한다고 보아야 할 것이다. 토지의 가치를 증가시키기 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 이를 매출세액에서 공제하지 않더라도 토지의 취득원가에 산입되고 토지는 비상각자산이므로 장차 그 토지를 처분할 때에 양도차익을 산정함에 있어서 필요경비 또는 손금에 산입하는 방법으로 회수되는 점에 비추어 볼 때 쟁점매입세액은 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 에 규정하는 토지의 자본적지출에 관련된 매입세액에 해당하므로 처분청이 쟁점매입세액을 공제하지 아니한 당초 처분은 정당하다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.